Nextflow GUI + API for open source

[swiri021]

기존에 nextflow는 cli로만 가능하고, gui나 api를 사용하려면 유료 서비스를 이용해야 하는데 이걸 open source로 개발해보는건 어떤가요? 일단 도커베이스로 배포할거고요. 브레인 스토밍 세션을 줌으로 잡아볼까 합니다. 피드백은 언제나 환영입니다.

[duaghk]

메인 코드는 역시 Groovy일까요????? 아님 다른 코드로 포팅도 생각하고 계신걸까요?

[swiri021]

Groovy는 제가 잘하진 못해서 python으로 wrapping정도 생각하고 있어요. nextflowpy package도 있던데 그것도 고려하고 있고요. Flask로 api + gui + sqlite로만 우선 프로토타입 테스트해보고 스택을 postgre나 nosql db쪽으로 좀 늘려가는건 어떨까 싶네요.

[duaghk]

가볍게 시작하기에는 flask가 좋죠.

추후 규모가 커진다면 django로 전환도 노려볼 수 있을 것 같고요.

사실 저는 flask보다는 django를 선호하긴 합니다만...

mq는 panoptes같은 것도 있으니 충분하지 않을까 싶기도 하고요.

[swiri021]

Django가 admin설정이나 db설정은 더 편하고 좋지요. Flask는 전부다 만들어야하니 커스텀허기 좋고요. Repo를 만들었으니 일단 시작해보고 나중에 변경해도 좋을거 같네요

[duaghk]

넵! 혹시 괜찮으시다면, 생각하시는 dataflow 간단하게 작성해주실수 있으실까요? 제가 이쪽은 영 개념이 없어서 정확한 flow를 잘 몰라서.. 혹시 괜찮으시다면 올려주시면 저도 같이 contribute 할 수 있을 것 같습니다!

[swiri021]

네, 우선 시간나는대로 dataflow그려서 repo에 넣어놓겠습니다.