-
Notifications
You must be signed in to change notification settings - Fork 3
/
Copy pathOG_contig_relationship.pkl
18183 lines (18183 loc) · 169 KB
/
OG_contig_relationship.pkl
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
44
45
46
47
48
49
50
51
52
53
54
55
56
57
58
59
60
61
62
63
64
65
66
67
68
69
70
71
72
73
74
75
76
77
78
79
80
81
82
83
84
85
86
87
88
89
90
91
92
93
94
95
96
97
98
99
100
101
102
103
104
105
106
107
108
109
110
111
112
113
114
115
116
117
118
119
120
121
122
123
124
125
126
127
128
129
130
131
132
133
134
135
136
137
138
139
140
141
142
143
144
145
146
147
148
149
150
151
152
153
154
155
156
157
158
159
160
161
162
163
164
165
166
167
168
169
170
171
172
173
174
175
176
177
178
179
180
181
182
183
184
185
186
187
188
189
190
191
192
193
194
195
196
197
198
199
200
201
202
203
204
205
206
207
208
209
210
211
212
213
214
215
216
217
218
219
220
221
222
223
224
225
226
227
228
229
230
231
232
233
234
235
236
237
238
239
240
241
242
243
244
245
246
247
248
249
250
251
252
253
254
255
256
257
258
259
260
261
262
263
264
265
266
267
268
269
270
271
272
273
274
275
276
277
278
279
280
281
282
283
284
285
286
287
288
289
290
291
292
293
294
295
296
297
298
299
300
301
302
303
304
305
306
307
308
309
310
311
312
313
314
315
316
317
318
319
320
321
322
323
324
325
326
327
328
329
330
331
332
333
334
335
336
337
338
339
340
341
342
343
344
345
346
347
348
349
350
351
352
353
354
355
356
357
358
359
360
361
362
363
364
365
366
367
368
369
370
371
372
373
374
375
376
377
378
379
380
381
382
383
384
385
386
387
388
389
390
391
392
393
394
395
396
397
398
399
400
401
402
403
404
405
406
407
408
409
410
411
412
413
414
415
416
417
418
419
420
421
422
423
424
425
426
427
428
429
430
431
432
433
434
435
436
437
438
439
440
441
442
443
444
445
446
447
448
449
450
451
452
453
454
455
456
457
458
459
460
461
462
463
464
465
466
467
468
469
470
471
472
473
474
475
476
477
478
479
480
481
482
483
484
485
486
487
488
489
490
491
492
493
494
495
496
497
498
499
500
501
502
503
504
505
506
507
508
509
510
511
512
513
514
515
516
517
518
519
520
521
522
523
524
525
526
527
528
529
530
531
532
533
534
535
536
537
538
539
540
541
542
543
544
545
546
547
548
549
550
551
552
553
554
555
556
557
558
559
560
561
562
563
564
565
566
567
568
569
570
571
572
573
574
575
576
577
578
579
580
581
582
583
584
585
586
587
588
589
590
591
592
593
594
595
596
597
598
599
600
601
602
603
604
605
606
607
608
609
610
611
612
613
614
615
616
617
618
619
620
621
622
623
624
625
626
627
628
629
630
631
632
633
634
635
636
637
638
639
640
641
642
643
644
645
646
647
648
649
650
651
652
653
654
655
656
657
658
659
660
661
662
663
664
665
666
667
668
669
670
671
672
673
674
675
676
677
678
679
680
681
682
683
684
685
686
687
688
689
690
691
692
693
694
695
696
697
698
699
700
701
702
703
704
705
706
707
708
709
710
711
712
713
714
715
716
717
718
719
720
721
722
723
724
725
726
727
728
729
730
731
732
733
734
735
736
737
738
739
740
741
742
743
744
745
746
747
748
749
750
751
752
753
754
755
756
757
758
759
760
761
762
763
764
765
766
767
768
769
770
771
772
773
774
775
776
777
778
779
780
781
782
783
784
785
786
787
788
789
790
791
792
793
794
795
796
797
798
799
800
801
802
803
804
805
806
807
808
809
810
811
812
813
814
815
816
817
818
819
820
821
822
823
824
825
826
827
828
829
830
831
832
833
834
835
836
837
838
839
840
841
842
843
844
845
846
847
848
849
850
851
852
853
854
855
856
857
858
859
860
861
862
863
864
865
866
867
868
869
870
871
872
873
874
875
876
877
878
879
880
881
882
883
884
885
886
887
888
889
890
891
892
893
894
895
896
897
898
899
900
901
902
903
904
905
906
907
908
909
910
911
912
913
914
915
916
917
918
919
920
921
922
923
924
925
926
927
928
929
930
931
932
933
934
935
936
937
938
939
940
941
942
943
944
945
946
947
948
949
950
951
952
953
954
955
956
957
958
959
960
961
962
963
964
965
966
967
968
969
970
971
972
973
974
975
976
977
978
979
980
981
982
983
984
985
986
987
988
989
990
991
992
993
994
995
996
997
998
999
1000
(dp0
S'OG0001790'
p1
(dp2
S'VW4'
p3
c__builtin__
set
p4
((lp5
S'scaffold10091_cov218'
p6
aS'scaffold8128_cov148'
p7
atp8
Rp9
sS'Mare'
p10
g4
((lp11
S'scaffold15290_cov65'
p12
aS'scaffold426_cov79'
p13
atp14
Rp15
sS'W1'
p16
g4
((lp17
S'scaffold47938_cov75'
p18
aS'scaffold12892_cov134'
p19
atp20
Rp21
ssS'OG0001890'
p22
(dp23
S'VW4'
p24
g4
((lp25
S'scaffold34809_cov225'
p26
aS'scaffold34892_cov211'
p27
atp28
Rp29
sS'Mare'
p30
g4
((lp31
S'scaffold952_cov71'
p32
aS'scaffold9240_cov92'
p33
atp34
Rp35
sS'W1'
p36
g4
((lp37
S'scaffold53892_cov107'
p38
aS'scaffold57838_cov69'
p39
atp40
Rp41
ssS'OG0001793'
p42
(dp43
S'VW4'
p44
g4
((lp45
S'scaffold979_cov154'
p46
aS'scaffold978_cov183'
p47
atp48
Rp49
sS'Mare'
p50
g4
((lp51
S'scaffold444_cov67'
p52
aS'scaffold13494_cov55'
p53
atp54
Rp55
sS'W1'
p56
g4
((lp57
S'scaffold1701_cov70'
p58
aS'scaffold15731_cov124'
p59
atp60
Rp61
ssS'OG0001795'
p62
(dp63
S'VW4'
p64
g4
((lp65
S'scaffold18214_cov222'
p66
aS'scaffold3250_cov209'
p67
atp68
Rp69
sS'Mare'
p70
g4
((lp71
S'scaffold462_cov72'
p72
aS'scaffold10361_cov51'
p73
atp74
Rp75
sS'W1'
p76
g4
((lp77
S'scaffold10148_cov99'
p78
aS'scaffold6498_cov76'
p79
atp80
Rp81
ssS'OG0001797'
p82
(dp83
S'VW4'
p84
g4
((lp85
S'scaffold987_cov149'
p86
aS'scaffold4886_cov351'
p87
atp88
Rp89
sS'Mare'
p90
g4
((lp91
S'scaffold2592_cov100'
p92
aS'scaffold466_cov101'
p93
atp94
Rp95
sS'W1'
p96
g4
((lp97
S'scaffold15124_cov63'
p98
aS'scaffold22339_cov108'
p99
atp100
Rp101
ssS'OG0002144'
p102
(dp103
S'VW4'
p104
g4
((lp105
S'scaffold6948_cov274'
p106
aS'scaffold6699_cov179'
p107
atp108
Rp109
sS'Mare'
p110
g4
((lp111
S'scaffold4668_cov92'
p112
aS'scaffold2804_cov64'
p113
atp114
Rp115
sS'W1'
p116
g4
((lp117
S'scaffold5960_cov65'
p118
aS'scaffold38008_cov141'
p119
atp120
Rp121
ssS'OG0002140'
p122
(dp123
S'VW4'
p124
g4
((lp125
S'scaffold17512_cov158'
p126
aS'scaffold10366_cov326'
p127
atp128
Rp129
sS'Mare'
p130
g4
((lp131
S'scaffold5283_cov61'
p132
aS'scaffold2790_cov71'
p133
atp134
Rp135
sS'W1'
p136
g4
((lp137
S'scaffold3807_cov105'
p138
aS'scaffold3967_cov66'
p139
atp140
Rp141
ssS'OG0002224'
p142
(dp143
S'VW4'
p144
g4
((lp145
S'scaffold7453_cov163'
p146
aS'scaffold3910_cov214'
p147
atp148
Rp149
sS'Mare'
p150
g4
((lp151
S'scaffold17012_cov101'
p152
aS'scaffold3572_cov58'
p153
atp154
Rp155
sS'W1'
p156
g4
((lp157
S'scaffold10897_cov63'
p158
atp159
Rp160
ssS'OG0002149'
p161
(dp162
S'VW4'
p163
g4
((lp164
S'scaffold19913_cov154'
p165
aS'scaffold35508_cov210'
p166
atp167
Rp168
sS'Mare'
p169
g4
((lp170
S'scaffold2853_cov69'
p171
aS'scaffold12329_cov67'
p172
atp173
Rp174
sS'W1'
p175
g4
((lp176
S'scaffold6437_cov66'
p177
aS'scaffold7194_cov116'
p178
atp179
Rp180
ssS'OG0001899'
p181
(dp182
S'VW4'
p183
g4
((lp184
S'scaffold3282_cov224'
p185
atp186
Rp187
sS'Mare'
p188
g4
((lp189
S'scaffold46684_cov88'
p190
aS'scaffold1007_cov77'
p191
atp192
Rp193
sS'W1'
p194
g4
((lp195
S'scaffold17931_cov63'
p196
aS'scaffold167504_cov85'
p197
atp198
Rp199
ssS'OG0001045'
p200
(dp201
S'VW4'
p202
g4
((lp203
S'scaffold1412_cov235'
p204
aS'scaffold29217_cov317'
p205
atp206
Rp207
sS'Mare'
p208
g4
((lp209
S'scaffold34682_cov108'
p210
aS'scaffold411_cov59'
p211
atp212
Rp213
sS'W1'
p214
g4
((lp215
S'scaffold94664_cov148'
p216
aS'scaffold11692_cov72'
p217
atp218
Rp219
ssS'OG0001895'
p220
(dp221
S'VW4'
p222
g4
((lp223
S'scaffold1404_cov156'
p224
aS'scaffold5051_cov291'
p225
atp226
Rp227
sS'Mare'
p228
g4
((lp229
S'scaffold14844_cov71'
p230
aS'scaffold985_cov66'
p231
atp232
Rp233
sS'W1'
p234
g4
((lp235
S'scaffold100812_cov62'
p236
aS'scaffold1158_cov100'
p237
atp238
Rp239
ssS'OG0001894'
p240
(dp241
S'VW4'
p242
g4
((lp243
S'scaffold29092_cov411'
p244
aS'scaffold3158_cov165'
p245
atp246
Rp247
sS'Mare'
p248
g4
((lp249
S'scaffold968_cov57'
p250
aS'scaffold6480_cov125'
p251
atp252
Rp253
sS'W1'
p254
g4
((lp255
S'scaffold13885_cov142'
p256
aS'scaffold213265_cov125'
p257
atp258
Rp259
ssS'OG0001893'
p260
(dp261
S'VW4'
p262
g4
((lp263
S'scaffold4133_cov176'
p264
aS'scaffold11521_cov238'
p265
atp266
Rp267
sS'Mare'
p268
g4
((lp269
S'scaffold966_cov63'
p270
ag191
atp271
Rp272
sS'W1'
p273
g4
((lp274
S'scaffold10896_cov107'
p275
atp276
Rp277
ssS'OG0001892'
p278
(dp279
S'VW4'
p280
g4
((lp281
g264
ag265
atp282
Rp283
sS'Mare'
p284
g4
((lp285
g270
ag191
atp286
Rp287
sS'W1'
p288
g4
((lp289
g275
atp290
Rp291
ssS'OG0001575'
p292
(dp293
S'VW4'
p294
g4
((lp295
S'scaffold9873_cov235'
p296
atp297
Rp298
sS'Mare'
p299
g4
((lp300
S'scaffold10446_cov98'
p301
aS'scaffold19864_cov84'
p302
atp303
Rp304
sS'W1'
p305
g4
((lp306
S'scaffold24771_cov64'
p307
aS'scaffold35208_cov127'
p308
atp309
Rp310
ssS'OG0001320'
p311
(dp312
S'VW4'
p313
g4
((lp314
S'scaffold10188_cov228'
p315
aS'scaffold1228_cov289'
p316
atp317
Rp318
sS'Mare'
p319
g4
((lp320
S'scaffold37060_cov73'
p321
aS'scaffold3248_cov70'
p322
atp323
Rp324
sS'W1'
p325
g4
((lp326
S'scaffold90279_cov161'
p327
aS'scaffold90278_cov81'
p328
atp329
Rp330
ssS'OG0001282'
p331
(dp332
S'VW4'
p333
g4
((lp334
S'scaffold1178_cov205'
p335
aS'scaffold8210_cov209'
p336
atp337
Rp338
sS'Mare'
p339
g4
((lp340
S'scaffold12632_cov75'
p341
atp342
Rp343
sS'W1'
p344
g4
((lp345
S'scaffold18891_cov66'
p346
aS'scaffold99_cov152'
p347
atp348
Rp349
ssS'OG0000687'
p350
(dp351
S'VW4'
p352
g4
((lp353
S'scaffold3726_cov220'
p354
aS'scaffold43864_cov305'
p355
atp356
Rp357
sS'Mare'
p358
g4
((lp359
S'scaffold3320_cov61'
p360
atp361
Rp362
sS'W1'
p363
g4
((lp364
S'scaffold5036_cov115'
p365
aS'scaffold352_cov73'
p366
atp367
Rp368
ssS'OG0002585'
p369
(dp370
S'VW4'
p371
g4
((lp372
S'scaffold42378_cov315'
p373
aS'scaffold36255_cov269'
p374
atp375
Rp376
sS'Mare'
p377
g4
((lp378
S'scaffold9739_cov94'
p379
aS'scaffold35055_cov91'
p380
atp381
Rp382
sS'W1'
p383
g4
((lp384
S'scaffold16606_cov107'
p385
aS'scaffold42581_cov70'
p386
atp387
Rp388
ssS'OG0002587'
p389
(dp390
S'VW4'
p391
g4
((lp392
S'scaffold3622_cov247'
p393
aS'scaffold2018_cov229'
p394
atp395
Rp396
sS'Mare'
p397
g4
((lp398
S'scaffold9750_cov109'
p399
aS'scaffold23746_cov60'
p400
atp401
Rp402
sS'W1'
p403
g4
((lp404
S'scaffold46569_cov79'
p405
aS'scaffold23696_cov107'
p406
atp407
Rp408
ssS'OG0002668'
p409
(dp410
S'VW4'
p411
g4
((lp412
S'scaffold5892_cov193'
p413
aS'scaffold768_cov263'
p414
atp415
Rp416
sS'Mare'
p417
g4
((lp418
S'scaffold12122_cov53'
p419
aS'scaffold37330_cov55'
p420
atp421
Rp422
sS'W1'
p423
g4
((lp424
S'scaffold3691_cov98'
p425
atp426
Rp427
ssS'OG0002583'
p428
(dp429
S'VW4'
p430
g4
((lp431
S'scaffold10657_cov306'
p432
aS'scaffold4178_cov282'
p433
atp434
Rp435
sS'Mare'
p436
g4
((lp437
S'scaffold9666_cov95'
p438
aS'scaffold9665_cov44'
p439
atp440
Rp441
sS'W1'
p442
g4
((lp443
S'scaffold18914_cov65'
p444
aS'scaffold18912_cov140'
p445
atp446
Rp447
ssS'OG0002664'
p448
(dp449
S'VW4'
p450
g4
((lp451
S'scaffold35795_cov188'
p452
aS'scaffold1252_cov215'
p453
atp454
Rp455
sS'Mare'
p456
g4
((lp457
S'scaffold17907_cov58'
p458
aS'scaffold12010_cov46'
p459
atp460
Rp461
sS'W1'
p462
g4
((lp463
S'scaffold8016_cov129'
p464
atp465
Rp466
ssS'OG0002542'
p467
(dp468
S'VW4'
p469
g4
((lp470
S'scaffold4573_cov200'
p471
aS'scaffold9482_cov230'
p472
atp473
Rp474
sS'Mare'
p475
g4
((lp476
S'scaffold8496_cov75'
p477
aS'scaffold10687_cov51'
p478
atp479
Rp480
sS'W1'
p481
g4
((lp482
S'scaffold1316_cov119'
p483
aS'scaffold5085_cov79'
p484
atp485
Rp486
ssS'OG0002743'
p487
(dp488
S'VW4'
p489
g4
((lp490
S'scaffold27882_cov209'
p491
aS'scaffold36175_cov226'
p492
atp493
Rp494
sS'Mare'
p495
g4
((lp496
S'scaffold19259_cov55'
p497
aS'scaffold16506_cov55'
p498
atp499
Rp500
sS'W1'
p501
g4
((lp502
S'scaffold20419_cov113'
p503
aS'scaffold114_cov72'
p504
atp505
Rp506
ssS'OG0002747'
p507
(dp508
S'VW4'
p509
g4
((lp510
S'scaffold38236_cov294'
p511
aS'scaffold12700_cov150'
p512
atp513
Rp514
sS'Mare'
p515
g4
((lp516
S'scaffold16649_cov90'
p517
aS'scaffold33204_cov76'
p518
atp519
Rp520
sS'W1'
p521
g4
((lp522
S'scaffold5059_cov70'
p523
aS'scaffold5060_cov136'
p524
atp525
Rp526
ssS'OG0002031'
p527
(dp528
S'VW4'
p529
g4
((lp530
S'scaffold7068_cov172'
p531
aS'scaffold1512_cov178'
p532
atp533
Rp534
sS'Mare'
p535
g4
((lp536
S'scaffold4418_cov65'
p537
aS'scaffold1902_cov64'
p538
atp539
Rp540
sS'W1'
p541
g4
((lp542
S'scaffold8782_cov64'
p543
aS'scaffold476_cov90'
p544
atp545
Rp546
ssS'OG0002749'
p547
(dp548
S'VW4'
p549
g4
((lp550
S'scaffold3310_cov167'
p551
aS'scaffold7198_cov282'
p552
atp553
Rp554
sS'Mare'
p555
g4
((lp556
S'scaffold20051_cov88'
p557
aS'scaffold16801_cov94'
p558
atp559
Rp560
sS'W1'
p561
g4
((lp562
S'scaffold17315_cov142'
p563
aS'scaffold17316_cov65'
p564
atp565
Rp566
ssS'OG0002034'
p567
(dp568
S'VW4'
p569
g4
((lp570
S'scaffold8732_cov275'
p571
aS'scaffold5560_cov257'
p572
atp573
Rp574
sS'Mare'
p575
g4
((lp576
S'scaffold1943_cov61'
p577
aS'scaffold10758_cov137'
p578
atp579
Rp580
sS'W1'
p581
g4
((lp582
S'scaffold14579_cov112'
p583
aS'scaffold14578_cov124'
p584
atp585
Rp586
ssS'OG0002130'
p587
(dp588
S'VW4'
p589
g4
((lp590
S'scaffold6713_cov225'
p591
aS'scaffold16317_cov210'
p592
atp593
Rp594
sS'Mare'
p595
g4
((lp596
S'scaffold3230_cov72'
p597
aS'scaffold2697_cov65'
p598
atp599
Rp600
sS'W1'
p601
g4
((lp602
S'scaffold279_cov75'
p603
aS'scaffold7438_cov111'
p604