diff --git a/modules/task/task.mod b/modules/task/task.mod index 217dc7fa..97292da8 100755 --- a/modules/task/task.mod +++ b/modules/task/task.mod @@ -12,7 +12,8 @@ mod_name_short=task mod_name='TASK-CONSTRAINED ACTIVATION MODULE' mod_head=${XCPEDIR}/core/CONSOLE_MODULE_RC -################################################################### +####################### +############################################ # GENERAL MODULE HEADER ################################################################### source ${XCPEDIR}/core/constants @@ -211,9 +212,11 @@ if (( ${task_fmriprep[cxt]} == 1 )) refpart="_boldref.nii.gz"; refvol=${imgprt2}${refpart} - strucn="${img1[sub]%/*/*}"; - if [[ -d ${strucn}/anat/ ]]; then + strucfile=$(ls -f ${strucn}/anat/*h5 2>/dev/null) + strucfile1=$(echo $strucfile | cut --delimiter " " --fields 1) + + if [[ -f ${strucfile1} ]]; then strucn=${strucn} else