forked from vitzwitz/matching-functions
-
Notifications
You must be signed in to change notification settings - Fork 0
/
Copy pathnotes.txt
35 lines (24 loc) · 1.74 KB
/
notes.txt
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
PCA for motif
pca for recognizing motif in protein
glu = ['CB', 'CG', 'CD', 'OE1', 'OE2', 'O', 'C', 'CA', 'N']
cys = ['CB', 'SG', 'O', 'C', 'CA', 'N']
asn = ['CB', 'CG', 'OD1', 'ND2', 'O', 'C', 'CA', 'N']
Compare glu & cys:
glu_cys = [['CB' n. 'CB', 'CB' n. 'SG', 'CB' n. 'O', 'CB' n. 'C', 'CB' n. 'CA', 'CB' n. 'N'],
['CG' n. 'CB', 'CG' n. 'SG', 'CG' n. 'O', 'CG' n. 'C', 'CG' n. 'CA', 'CG' n. 'N'],
['CD' n. 'CB', 'CD' n. 'SG', 'CD' n. 'O', 'CD' n. 'C', 'CD' n. 'CA', 'CD' n. 'N'],
['OE1' n. 'CB', 'OE1' n. 'SG', 'OE1' n. 'O', 'OE1' n. 'C', 'OE1' n. 'CA', 'OE1' n. 'N'],
['OE2' n. 'CB', 'OE2' n. 'SG', 'OE2' n. 'O', 'OE2' n. 'C', 'OE2' n. 'CA', 'OE2' n. 'N'],
['O' n. 'CB', 'O' n. 'SG', 'O' n. 'O', 'O' n. 'C', 'O' n. 'CA', 'O' n. 'N'],
['C' n. 'CB', 'C' n. 'SG', 'C' n. 'O', 'C' n. 'C', 'C' n. 'CA', 'C' n. 'N'],
['CA' n. 'CB', 'CA' n. 'SG', 'CA' n. 'O', 'CA' n. 'C', 'CA' n. 'CA', 'CA' n. 'N'],
['N' n. 'CB', 'N' n. 'SG', 'N' n. 'O', 'N' n. 'C', 'N' n. 'CA', 'N' n. 'N'],
glu = ['CB', 'CG', 'CD', 'OE1', 'OE2', 'O', 'C', 'CA', 'N']
cys = ['CB', 'SG', 'O', 'C', 'CA', 'N']
matrix between each residue is created
matr = [[ 0.75 , 0.62822557, 0.73821596, 0.73012399, 0.74907559, 0.71252433],
[ 0.62822557, 0.75 , 0.62973673, 0.68444367, 0.62554643, 0.60302383],
[ 0.73821596, 0.62973673, 0.75 , 0.74100804, 0.74242536, 0.71124641],
[ 0.73012399, 0.68444367, 0.74100804, 0.75 , 0.73325502, 0.70223296],
[ 0.74907559, 0.62554643, 0.74242536, 0.73325502, 0.75 , 0.71115396],
[ 0.71252433, 0.60302383, 0.71124641, 0.70223296, 0.71115396, 0.75 ]]