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FROM amilworks/bisque05-base-xenial
LABEL maintainer="[email protected]"
LABEL build_date="2022-03-24"
########################################################################################
# Linux System Package Installs for BisQue
########################################################################################
RUN apt-get update -qq \
&& apt-get install -y --no-install-recommends --allow-unauthenticated \
ffmpeg \
git \
locales \
less \
libasound2 \
libasound2-data \
libblas3 \
libblas-common \
libbz2-1.0 \
libgdbm3 \
libgdk-pixbuf2.0-0 \
libgdk-pixbuf2.0-common \
libgfortran3 \
libglib2.0-0 \
libglib2.0-data \
libblosc1 \
libgomp1 \
libgv-python \
libice6 \
libjasper1 \
libjbig0 \
libjpeg62 \
liblapack3 \
liblzo2-2 \
libmagic1 \
libogg0 \
libopenjpeg5 \
libopenslide0 \
libopenslide-dev \
liborc-0.4-0 \
libpixman-1-0 \
libpng12-0 \
libpq5 \
libpython2.7-minimal \
libquadmath0 \
libschroedinger-1.0-0 \
libsm6 \
libsqlite3-0 \
libstdc++5 \
libtheora0 \
libtiff5-dev \
libx11-6 \
libx11-data \
libxau6 \
libxcb1 \
libxcb-render0 \
libxcb-shm0 \
libxdmcp6 \
libxext6 \
libxml2 \
libxrender1 \
libxslt1.1 \
libxvidcore4 \
mercurial \
openjdk-8-jdk \
python-minimal \
##### PYTHON 3 #####
build-essential \
vim \
sudo \
curl \
&& apt-get clean \
&& find /var/lib/apt/lists/ -type f -delete
########################################################################################
RUN echo "en_US.UTF-8 UTF-8" >> /etc/locale.gen && locale-gen
ENV LANG en_US.UTF-8
RUN locale
########################################################################################
# COPY BASH Scripts for BisQue
# - Set workdir early as may wipe out contents
########################################################################################
WORKDIR /source
COPY run-bisque.sh bq-admin-setup.sh virtualenv.sh /builder/
COPY start-bisque.sh /builder/start-scripts.d/R50-start-bisque.sh
COPY builder/ /builder/build-scripts.d/
COPY boot/ /builder/boot-scripts.d/
########################################################################################
# RUN BASH Scripts for BisQue
# - Install virtual ENV
# - Set biodev pip index and install pip dependencies
########################################################################################
RUN /builder/virtualenv.sh
ENV PY_INDEX=https://biodev.ece.ucsb.edu/py/bisque/xenial/+simple
########################################################################################
# COPY Source Code
# - Install requirements.txt first to install all python deps
# - Added at the end for easy updates to source code
########################################################################################
COPY source/requirements.txt /source
RUN /builder/run-bisque.sh build
ADD source /source
RUN /builder/bq-admin-setup.sh
########################################################################################
# Install Minio and Argo CLI
########################################################################################
# RUN wget https://dl.min.io/client/mc/release/linux-amd64/mc && chmod +x mc && mv mc /usr/bin/mc
# COPY config.json /root/.mc/config.json
# Download the binary
RUN curl -sLO https://github.com/argoproj/argo-workflows/releases/download/v3.2.8/argo-linux-amd64.gz
# Unzip
RUN gunzip argo-linux-amd64.gz
# Make binary executable
RUN chmod +x argo-linux-amd64 && mv ./argo-linux-amd64 /usr/local/bin/argo
########################################################################################
ENTRYPOINT ["/builder/run-bisque.sh"]
CMD [ "bootstrap","start"]
RUN . /usr/lib/bisque/bin/activate && \
cd /source && \
bq-admin server stop && \
cd bqcore && python setup.py install && \
cd ../bqserver && python setup.py install && cd .. && \
bq-admin deploy && bq-admin server start