fba_data.jl

# data file for flux balance analysis in systems biology
# From Segre, Zucker et al "From annotated genomes to metabolic flux
# models and kinetic parameter fitting" OMICS 7 (3), 301-316.

# Stoichiometric matrix
S = [
# M1  M2  M3  M4  M5  M6
  1 0 0 0 0 0     # R1:  extracellular -->  M1
  -1  1 0 0 0 0   # R2:  M1 -->  M2
  -1  0 1 0 0 0   # R3:  M1 -->  M3
  0 -1  0 2 -1  0 # R4:  M2 + M5 --> 2 M4
  0 0 0 0 1 0     # R5:  extracellular -->  M5
  0 -2  1 0 0 1   # R6:  2 M2 -->  M3 + M6
  0 0 -1  1 0 0   # R7:  M3 -->  M4
  0 0 0 0 0 -1    # R8:  M6 --> extracellular
  0 0 0 -1  0 0   # R9:  M4 --> cell biomass
]';

m,n = size(S);
vmax = [
  10.10;  # R1:  extracellular -->  M1
  100;    # R2:  M1 -->  M2
  5.90;   # R3:  M1 -->  M3
  100;    # R4:  M2 + M5 --> 2 M4
  3.70;   # R5:  extracellular -->  M5
  100;    # R6:  2 M2 --> M3 + M6
  100;    # R7:  M3 -->  M4
  100;    # R8:  M6 -->  extracellular
  100;    # R9:  M4 -->  cell biomass
];