Makefile

MACHTYPE=x86_64

CC=gcc
CFLAGS=-O -Wall
HG_INC=-I./inc -I./htslib
HG_DEFS=-D_FILE_OFFSET_BITS=64 -D_LARGEFILE_SOURCE -D_GNU_SOURCE -DMACHTYPE_$(MACHTYPE)

O1 = aliType.o apacheLog.o asParse.o axt.o axtAffine.o \
    base64.o bits.o binRange.o \
    blastOut.o blastParse.o boxClump.o boxLump.o bPlusTree.o\
    cda.o chain.o chainBlock.o chainConnect.o chainToAxt.o \
    chainToPsl.o cheapcgi.o codebias.o colHash.o common.o \
    correlate.o dgRange.o diGraph.o dlist.o dnaLoad.o dnaMarkov.o \
    dnaseq.o dnautil.o dnaMotif.o dtdParse.o dystring.o \
    emblParse.o errabort.o errCatch.o \
    fa.o ffAli.o ffScore.o filePath.o fixColor.o flydna.o fof.o \
    fuzzyShow.o gapCalc.o gdf.o gemfont.o gfNet.o gff.o gfxPoly.o \
    gifcomp.o gifdecomp.o gifLabel.o gifread.o gifwrite.o hash.o hex.o \
    histogram.o hmmPfamParse.o hmmstats.o htmlPage.o htmshell.o \
    https.o internet.o intExp.o jointalign.o jpegSize.o \
    keys.o kxTok.o linefile.o localmem.o log.o \
    maf.o mafFromAxt.o mafScore.o md5.o \
    memalloc.o memgfx.o mgCircle.o mgPolygon.o mime.o net.o nib.o nibTwo.o \
    nt4.o obscure.o oldGff.o oligoTm.o options.o osunix.o pairHmm.o phyloTree.o \
    pipeline.o portimpl.o pscmGfx.o psGfx.o psl.o pslGenoShow.o \
    pslShow.o pslTbl.o pslTransMap.o psPoly.o pthreadWrap.o qa.o quickHeap.o quotedP.o \
    ra.o rangeTree.o rbTree.o repMask.o rle.o rnautil.o rudp.o scoreWindow.o \
    seqOut.o seqStats.o servBrcMcw.o servcis.o \
    servCrunx.o servcl.o servmsII.o servpws.o shaRes.o \
    slog.o snof.o snofmake.o snofsig.o \
    spacedColumn.o spacedSeed.o spaceSaver.o \
    sqlNum.o sqlList.o subText.o synQueue.o tabRow.o textOut.o tokenizer.o trix.o \
    twoBit.o udc.o verbose.o vGfx.o wildcmp.o wormdna.o \
    xa.o xAli.o xap.o xmlEscape.o xp.o 

O2 = bandExt.o crudeali.o ffAliHelp.o ffSeedExtend.o fuzzyFind.o \
    genoFind.o gfBlatLib.o gfClientLib.o gfInternal.o gfOut.o gfPcrLib.o gfWebLib.o ooc.o \
    patSpace.o supStitch.o trans3.o

all: blat.o jkOwnLib.a jkweb.a htslib/libhts.a
	$(CC) $(CFLAGS)  -o pblat blat.o jkOwnLib.a jkweb.a htslib/libhts.a  -lm -lpthread -lz -lssl -lcrypto
	rm -f *.o *.a

jkweb.a: $(O1)
	ar rcus jkweb.a $(O1)

jkOwnLib.a: $(O2)
	ar rcus jkOwnLib.a $(O2)

blat.o: blatSrc/blat.c
	$(CC) $(CFLAGS) $(HG_DEFS) $(HG_INC) -c -o blat.o blatSrc/blat.c

$(O1): %.o: lib/%.c
	$(CC) $(CFLAGS) $(HG_DEFS) $(HG_INC) -c -o $@ $<

$(O2): %.o: jkOwnLib/%.c
	$(CC) $(CFLAGS) $(HG_DEFS) $(HG_INC) -c -o $@ $<

htslib/libhts.a:
	cd htslib && make

clean:
	rm -f *.o *.a pblat