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冷战结束后，联合国在维和方面有显著的扩展，在十年内的维和行动数量超过过去四十年。在1988年和2000年间，通过的安理会决议数量翻了超过一倍，维和的预算也增加超过十倍。联合国调停结束萨尔瓦多内战，成功进行纳米比亚的维和任务，并监督了南非种族隔离和柬埔寨红色高棉统治之后的民主选举。1991年，联合国授权美国领导的同盟军事行动，击退伊拉克对科威特的入侵。1971年至1985年担任副秘书长的布莱恩·厄克特后来说这些行动的成功为联合国带来一种“虚假复兴”——在之后，联合国的任务变得更为艰难。

联合国宪章原本目的是阻止一个国家对另一个国家的进攻，但在90年代初联合国面临许多同时发生的严重国内危机，包括索马里、海地、莫桑比克和前南斯拉夫。在美国于摩加迪沙之战中损失惨重而撤出之后，联合国在索马里的行动被普遍认为是失败的；而联合国在波黑的行动则因为面对种族清洗显得任务不清和不果决而成为“世界的笑柄”。1994年，联合国卢旺达援助团在安理会无法决断的情况下没能对卢旺达大屠杀进行介入。

在冷战的最后数十年中，联合国受到来自美国和欧洲的批评家的批评，被指管理不善和腐败。1984年，美国总统罗纳德·里根停止对联合国教科文组织的资助，英国和新加坡也紧随其后。1992年至1996年在任的联合国秘书长布特罗斯·布特罗斯-加利对秘书处进行改革，在一定程度上精简了组织的规模。他的继任者科菲·安南（1997年-2006年在任）面对美国撤资的威胁进行进一步的管理改革。

20世纪90年代末和21世纪初，联合国授权的国际介入形式多样。联合国在塞拉利昂的任务得到英国皇家海军陆战队的支持，而对阿富汗的入侵则由北约领衔。2003年，在安理会决议未能通过授权的情况下，美国仍然入侵伊拉克，新一轮的对联合国是否有效的争论就此展开。在秘书长潘基文任下，联合国维和行动介入苏丹的达尔富尔冲突和刚果民主共和国的基伍冲突，并派出观察员和化学武器核查人员前往叙利亚内战。2013年，对联合国于2009年在斯里兰卡内战末期的行动的内部审查表明，该组织遭遇“系统性的失败”。在2010年海地地震中，有101名联合国人员殉职，这是联合国历史上最为惨痛的损失。