From e37c49b70b8a8de0d12c1f28d6ba49c9b6655844 Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: kojix2 Date: Fri, 13 Sep 2024 02:21:58 +0000 Subject: [PATCH] deploy: e0b9a8de128f0898c731882bd9d6133f2ed8b522 --- FFI.html | 2 +- FFI/Pointer.html | 2 +- FFI/Struct.html | 2 +- HTS.html | 2 +- HTS/Bam.html | 2 +- HTS/Bam/Aux.html | 2 +- HTS/Bam/Cigar.html | 2 +- HTS/Bam/Flag.html | 2 +- HTS/Bam/Header.html | 2 +- HTS/Bam/HeaderRecord.html | 2 +- HTS/Bam/Record.html | 2 +- HTS/Bcf.html | 2 +- HTS/Bcf/Format.html | 2 +- HTS/Bcf/Header.html | 2 +- HTS/Bcf/HeaderRecord.html | 2 +- HTS/Bcf/Info.html | 2 +- HTS/Bcf/Record.html | 2 +- HTS/Error.html | 2 +- HTS/Faidx.html | 2 +- HTS/Faidx/Sequence.html | 2 +- HTS/Hts.html | 2 +- HTS/LibHTS.html | 621 ++++++++++---- HTS/LibHTS/BGZF.html | 2 +- HTS/LibHTS/Bam1.html | 2 +- HTS/LibHTS/Bam1Core.html | 2 +- HTS/LibHTS/BamPileup1.html | 2 +- HTS/LibHTS/BamPileupCd.html | 2 +- HTS/LibHTS/Bcf1.html | 2 +- HTS/LibHTS/BcfDec.html | 2 +- HTS/LibHTS/BcfFmt.html | 2 +- HTS/LibHTS/BcfHdr.html | 2 +- HTS/LibHTS/BcfHrec.html | 2 +- HTS/LibHTS/BcfIdinfo.html | 2 +- HTS/LibHTS/BcfIdpair.html | 2 +- HTS/LibHTS/BcfInfo.html | 2 +- HTS/LibHTS/BcfVariant.html | 2 +- HTS/LibHTS/Faidx.html | 2 +- HTS/LibHTS/HFile.html | 2 +- HTS/LibHTS/HtsFile.html | 2 +- HTS/LibHTS/HtsFormat.html | 2 +- HTS/LibHTS/HtsIdx.html | 2 +- HTS/LibHTS/HtsItr.html | 2 +- HTS/LibHTS/HtsOpt.html | 2 +- HTS/LibHTS/HtsReglist.html | 2 +- HTS/LibHTS/HtsTpool.html | 2 +- HTS/LibHTS/KSeq.html | 2 +- HTS/LibHTS/KString.html | 2 +- HTS/LibHTS/SamHdr.html | 2 +- HTS/LibHTS/Tbx.html | 2 +- HTS/LibHTS/TbxConf.html | 2 +- HTS/Tabix.html | 2 +- _index.html | 2 +- file.README.html | 2 +- index.html | 2 +- method_list.html | 1606 ++++++++++++++++++----------------- top-level-namespace.html | 2 +- 56 files changed, 1307 insertions(+), 1028 deletions(-) diff --git a/FFI.html b/FFI.html index 9ab06fa7..ff4d1120 100644 --- a/FFI.html +++ b/FFI.html @@ -107,7 +107,7 @@

Defined Under Namespace

diff --git a/FFI/Pointer.html b/FFI/Pointer.html index 6d85aa29..cfcd030a 100644 --- a/FFI/Pointer.html +++ b/FFI/Pointer.html @@ -194,7 +194,7 @@

diff --git a/FFI/Struct.html b/FFI/Struct.html index 8008e6d5..a8ad6b86 100644 --- a/FFI/Struct.html +++ b/FFI/Struct.html @@ -300,7 +300,7 @@

diff --git a/HTS.html b/HTS.html index ccde3a10..f94fb111 100644 --- a/HTS.html +++ b/HTS.html @@ -383,7 +383,7 @@

diff --git a/HTS/Bam.html b/HTS/Bam.html index 795e2e33..0c39c01d 100644 --- a/HTS/Bam.html +++ b/HTS/Bam.html @@ -3059,7 +3059,7 @@

diff --git a/HTS/Bam/Aux.html b/HTS/Bam/Aux.html index 3dc688ed..c9e8b6ef 100644 --- a/HTS/Bam/Aux.html +++ b/HTS/Bam/Aux.html @@ -826,7 +826,7 @@

diff --git a/HTS/Bam/Cigar.html b/HTS/Bam/Cigar.html index 3719608f..e6692ce5 100644 --- a/HTS/Bam/Cigar.html +++ b/HTS/Bam/Cigar.html @@ -771,7 +771,7 @@

diff --git a/HTS/Bam/Flag.html b/HTS/Bam/Flag.html index 2f374494..af2cc877 100644 --- a/HTS/Bam/Flag.html +++ b/HTS/Bam/Flag.html @@ -1681,7 +1681,7 @@

diff --git a/HTS/Bam/Header.html b/HTS/Bam/Header.html index 07254eec..a7094b48 100644 --- a/HTS/Bam/Header.html +++ b/HTS/Bam/Header.html @@ -1230,7 +1230,7 @@

diff --git a/HTS/Bam/HeaderRecord.html b/HTS/Bam/HeaderRecord.html index b1257f67..372ab932 100644 --- a/HTS/Bam/HeaderRecord.html +++ b/HTS/Bam/HeaderRecord.html @@ -193,7 +193,7 @@

diff --git a/HTS/Bam/Record.html b/HTS/Bam/Record.html index 211273de..6b160975 100644 --- a/HTS/Bam/Record.html +++ b/HTS/Bam/Record.html @@ -3326,7 +3326,7 @@

diff --git a/HTS/Bcf.html b/HTS/Bcf.html index ee5a6bcd..b2028db6 100644 --- a/HTS/Bcf.html +++ b/HTS/Bcf.html @@ -2881,7 +2881,7 @@

diff --git a/HTS/Bcf/Format.html b/HTS/Bcf/Format.html index 689af58c..da328f0d 100644 --- a/HTS/Bcf/Format.html +++ b/HTS/Bcf/Format.html @@ -890,7 +890,7 @@

diff --git a/HTS/Bcf/Header.html b/HTS/Bcf/Header.html index 73f221b7..122aa9b5 100644 --- a/HTS/Bcf/Header.html +++ b/HTS/Bcf/Header.html @@ -1188,7 +1188,7 @@

diff --git a/HTS/Bcf/HeaderRecord.html b/HTS/Bcf/HeaderRecord.html index 28943331..7ecac5c0 100644 --- a/HTS/Bcf/HeaderRecord.html +++ b/HTS/Bcf/HeaderRecord.html @@ -475,7 +475,7 @@

diff --git a/HTS/Bcf/Info.html b/HTS/Bcf/Info.html index 98730db7..f2721259 100644 --- a/HTS/Bcf/Info.html +++ b/HTS/Bcf/Info.html @@ -912,7 +912,7 @@

diff --git a/HTS/Bcf/Record.html b/HTS/Bcf/Record.html index 353b04d4..81934f0b 100644 --- a/HTS/Bcf/Record.html +++ b/HTS/Bcf/Record.html @@ -1488,7 +1488,7 @@

diff --git a/HTS/Error.html b/HTS/Error.html index 707d89c8..81bf6ef6 100644 --- a/HTS/Error.html +++ b/HTS/Error.html @@ -114,7 +114,7 @@ diff --git a/HTS/Faidx.html b/HTS/Faidx.html index 5514148e..b11968af 100644 --- a/HTS/Faidx.html +++ b/HTS/Faidx.html @@ -1368,7 +1368,7 @@

diff --git a/HTS/Faidx/Sequence.html b/HTS/Faidx/Sequence.html index de7d1f26..baf69eb8 100644 --- a/HTS/Faidx/Sequence.html +++ b/HTS/Faidx/Sequence.html @@ -635,7 +635,7 @@

diff --git a/HTS/Hts.html b/HTS/Hts.html index 51991d3e..e97b66c0 100644 --- a/HTS/Hts.html +++ b/HTS/Hts.html @@ -925,7 +925,7 @@

diff --git a/HTS/LibHTS.html b/HTS/LibHTS.html index 4bc1934c..a527044a 100644 --- a/HTS/LibHTS.html +++ b/HTS/LibHTS.html @@ -1255,6 +1255,30 @@

Return a pointer to a BAM record’s next aux field.

+ + + +
  • + + + .bam_aux_remove(pointer) ⇒ pointer + + + + + + + + + + + + + +
    +

    Delete an aux field from a BAM record.

    +
     +
    • @@ -2061,6 +2085,30 @@

    Returns data about a specific modification type for the alignment record.

    + + + +
  • + + + .bam_mods_queryi(pointer) ⇒ int + + + + + + + + + + + + + +
    +

    Returns data about the i^th modification type for the alignment record.

    +
     +
    • @@ -2346,7 +2394,31 @@

    -

    Parses the Mm and Ml tags out of a bam record.

    +

    Parses the MM and ML tags out of a bam record.

    +
     + + + + +
  • + + + .bam_parse_basemod2(pointer) ⇒ int + + + + + + + + + + + + + +
    +

    Parses the MM and ML tags out of a bam record.
    • @@ -14387,6 +14459,67 @@

    + + +
    +

    + + .bam_aux_remove(pointer) ⇒ pointer + + + + + +

    +
    + +

    Delete an aux field from a BAM record. Identical to @c bam_aux_del() apart from the return value

    + + +
    +
    +
    + +

    Returns:

    +
      + +
    • + + + (pointer) + + + + — +
      +

      the return value of attach_function

      +
      + +
      • + +
    + +
    + + + + +
    + 
    +
+
+516
+517
+518
+519
    +     		+ 
    # File 'lib/hts/libhts/sam.rb', line 516
+
+attach_function \
+:bam_aux_remove,
+[Bam1, :pointer],
+:pointer
    +
    @@ -14433,13 +14566,13 @@ 

     
 
-534
-535
-536
-537
    +540 +541 +542 +543 - 
    # File 'lib/hts/libhts/sam.rb', line 534
+      
    # File 'lib/hts/libhts/sam.rb', line 540
 
 attach_function \
 :bam_aux_update_array,
@@ -14494,13 +14627,13 @@ 
    
       
     
 
-528
-529
-530
-531
    
+534
+535
+536
+537
    
     
     
-      
    # File 'lib/hts/libhts/sam.rb', line 528
+      
    # File 'lib/hts/libhts/sam.rb', line 534
 
 attach_function \
 :bam_aux_update_float,
@@ -14555,13 +14688,13 @@ 
    
       
     
 
-522
-523
-524
-525
    
+528
+529
+530
+531
    
     
     
-      
    # File 'lib/hts/libhts/sam.rb', line 522
+      
    # File 'lib/hts/libhts/sam.rb', line 528
 
 attach_function \
 :bam_aux_update_int,
@@ -14616,13 +14749,13 @@ 
    
       
     
 
-516
-517
-518
-519
    
+522
+523
+524
+525
    
     
     
-      
    # File 'lib/hts/libhts/sam.rb', line 516
+      
    # File 'lib/hts/libhts/sam.rb', line 522
 
 attach_function \
 :bam_aux_update_str,
@@ -15971,13 +16104,13 @@ 
    
       
     
 
-684
-685
-686
-687
    
+696
+697
+698
+699
    
     
     
-      
    # File 'lib/hts/libhts/sam.rb', line 684
+      
    # File 'lib/hts/libhts/sam.rb', line 696
 
 attach_function \
 :bam_mods_at_next_pos,
@@ -16032,13 +16165,13 @@ 
    
       
     
 
-696
-697
-698
-699
    
+708
+709
+710
+711
    
     
     
-      
    # File 'lib/hts/libhts/sam.rb', line 696
+      
    # File 'lib/hts/libhts/sam.rb', line 708
 
 attach_function \
 :bam_mods_at_qpos,
@@ -16093,13 +16226,13 @@ 
    
       
     
 
-702
-703
-704
-705
    
+714
+715
+716
+717
    
     
     
-      
    # File 'lib/hts/libhts/sam.rb', line 702
+      
    # File 'lib/hts/libhts/sam.rb', line 714
 
 attach_function \
 :bam_mods_query_type,
@@ -16108,6 +16241,67 @@ 
    
     
   
 
+

    + +
    +

    + + .bam_mods_queryi(pointer) ⇒ int + + + + + +

    +
    + +

    Returns data about the i^th modification type for the alignment record.

    + + +
    +
    +
    + +

    Returns:

    +
      + +
    • + + + (int) + + + + — +
      +

      the return value of attach_function

      +
      + +
      • + +
    + +
    + + + + +
    + 
    +
+
+720
+721
+722
+723
    +     		+ 
    # File 'lib/hts/libhts/sam.rb', line 720
+
+attach_function \
+:bam_mods_queryi,
+%i[pointer int pointer pointer string],
+:int
    +
    @@ -16154,13 +16348,13 @@ 

     
 
-708
-709
-710
-711
    +726 +727 +728 +729 - 
    # File 'lib/hts/libhts/sam.rb', line 708
+      
    # File 'lib/hts/libhts/sam.rb', line 726
 
 attach_function \
 :bam_mods_recorded,
@@ -16215,13 +16409,13 @@ 
    
       
     
 
-635
-636
-637
-638
    
+641
+642
+643
+644
    
     
     
-      
    # File 'lib/hts/libhts/sam.rb', line 635
+      
    # File 'lib/hts/libhts/sam.rb', line 641
 
 attach_function \
 :bam_mplp64_auto,
@@ -16276,13 +16470,13 @@ 
    
       
     
 
-630
-631
-632
-633
    
+636
+637
+638
+639
    
     
     
-      
    # File 'lib/hts/libhts/sam.rb', line 630
+      
    # File 'lib/hts/libhts/sam.rb', line 636
 
 attach_function \
 :bam_mplp_auto,
@@ -16319,13 +16513,13 @@ 
    
       
     
 
-645
-646
-647
-648
    
+651
+652
+653
+654
    
     
     
-      
    # File 'lib/hts/libhts/sam.rb', line 645
+      
    # File 'lib/hts/libhts/sam.rb', line 651
 
 attach_function \
 :bam_mplp_constructor,
@@ -16362,13 +16556,13 @@ 
    
       
     
 
-620
-621
-622
-623
    
+626
+627
+628
+629
    
     
     
-      
    # File 'lib/hts/libhts/sam.rb', line 620
+      
    # File 'lib/hts/libhts/sam.rb', line 626
 
 attach_function \
 :bam_mplp_destroy,
@@ -16405,13 +16599,13 @@ 
    
       
     
 
-650
-651
-652
-653
    
+656
+657
+658
+659
    
     
     
-      
    # File 'lib/hts/libhts/sam.rb', line 650
+      
    # File 'lib/hts/libhts/sam.rb', line 656
 
 attach_function \
 :bam_mplp_destructor,
@@ -16466,13 +16660,13 @@ 
    
       
     
 
-610
-611
-612
-613
    
+616
+617
+618
+619
    
     
     
-      
    # File 'lib/hts/libhts/sam.rb', line 610
+      
    # File 'lib/hts/libhts/sam.rb', line 616
 
 attach_function \
 :bam_mplp_init,
@@ -16527,13 +16721,13 @@ 
    
       
     
 
-615
-616
-617
-618
    
+621
+622
+623
+624
    
     
     
-      
    # File 'lib/hts/libhts/sam.rb', line 615
+      
    # File 'lib/hts/libhts/sam.rb', line 621
 
 attach_function \
 :bam_mplp_init_overlaps,
@@ -16570,13 +16764,13 @@ 
    
       
     
 
-640
-641
-642
-643
    
+646
+647
+648
+649
    
     
     
-      
    # File 'lib/hts/libhts/sam.rb', line 640
+      
    # File 'lib/hts/libhts/sam.rb', line 646
 
 attach_function \
 :bam_mplp_reset,
@@ -16613,13 +16807,13 @@ 
    
       
     
 
-625
-626
-627
-628
    
+631
+632
+633
+634
    
     
     
-      
    # File 'lib/hts/libhts/sam.rb', line 625
+      
    # File 'lib/hts/libhts/sam.rb', line 631
 
 attach_function \
 :bam_mplp_set_maxcnt,
@@ -16674,13 +16868,13 @@ 
    
       
     
 
-690
-691
-692
-693
    
+702
+703
+704
+705
    
     
     
-      
    # File 'lib/hts/libhts/sam.rb', line 690
+      
    # File 'lib/hts/libhts/sam.rb', line 702
 
 attach_function \
 :bam_next_basemod,
@@ -16703,7 +16897,7 @@ 
    
 
    
   
    
     
-
    Parses the Mm and Ml tags out of a bam record.
    
+
    Parses the MM and ML tags out of a bam record.
    
 
 
   
    
@@ -16735,13 +16929,13 @@ 
    
       
     
 
-678
-679
-680
-681
    
+684
+685
+686
+687
    
     
     
-      
    # File 'lib/hts/libhts/sam.rb', line 678
+      
    # File 'lib/hts/libhts/sam.rb', line 684
 
 attach_function \
 :bam_parse_basemod,
@@ -16750,6 +16944,67 @@ 
    
     
   
 
+

    + +
    +

    + + .bam_parse_basemod2(pointer) ⇒ int + + + + + +

    +
    + +

    Parses the MM and ML tags out of a bam record.

    + + +
    +
    +
    + +

    Returns:

    +
      + +
    • + + + (int) + + + + — +
      +

      the return value of attach_function

      +
      + +
      • + +
    + +
    + + + + +
    + 
    +
+
+690
+691
+692
+693
    +     		+ 
    # File 'lib/hts/libhts/sam.rb', line 690
+
+attach_function \
+:bam_parse_basemod2,
+[Bam1, :pointer, :uint32],
+:int
    +
    @@ -16857,13 +17112,13 @@ 

     
 
-570
-571
-572
-573
    +576 +577 +578 +579 - 
    # File 'lib/hts/libhts/sam.rb', line 570
+      
    # File 'lib/hts/libhts/sam.rb', line 576
 
 attach_function \
 :bam_plp64_auto,
@@ -16918,13 +17173,13 @@ 
    
       
     
 
-565
-566
-567
-568
    
+571
+572
+573
+574
    
     
     
-      
    # File 'lib/hts/libhts/sam.rb', line 565
+      
    # File 'lib/hts/libhts/sam.rb', line 571
 
 attach_function \
 :bam_plp64_next,
@@ -16979,13 +17234,13 @@ 
    
       
     
 
-560
-561
-562
-563
    
+566
+567
+568
+569
    
     
     
-      
    # File 'lib/hts/libhts/sam.rb', line 560
+      
    # File 'lib/hts/libhts/sam.rb', line 566
 
 attach_function \
 :bam_plp_auto,
@@ -17022,13 +17277,13 @@ 
    
       
     
 
-588
-589
-590
-591
    
+594
+595
+596
+597
    
     
     
-      
    # File 'lib/hts/libhts/sam.rb', line 588
+      
    # File 'lib/hts/libhts/sam.rb', line 594
 
 attach_function \
 :bam_plp_constructor,
@@ -17065,13 +17320,13 @@ 
    
       
     
 
-545
-546
-547
-548
    
+551
+552
+553
+554
    
     
     
-      
    # File 'lib/hts/libhts/sam.rb', line 545
+      
    # File 'lib/hts/libhts/sam.rb', line 551
 
 attach_function \
 :bam_plp_destroy,
@@ -17108,13 +17363,13 @@ 
    
       
     
 
-593
-594
-595
-596
    
+599
+600
+601
+602
    
     
     
-      
    # File 'lib/hts/libhts/sam.rb', line 593
+      
    # File 'lib/hts/libhts/sam.rb', line 599
 
 attach_function \
 :bam_plp_destructor,
@@ -17169,13 +17424,13 @@ 
    
       
     
 
-540
-541
-542
-543
    
+546
+547
+548
+549
    
     
     
-      
    # File 'lib/hts/libhts/sam.rb', line 540
+      
    # File 'lib/hts/libhts/sam.rb', line 546
 
 attach_function \
 :bam_plp_init,
@@ -17230,13 +17485,13 @@ 
    
       
     
 
-599
-600
-601
-602
    
+605
+606
+607
+608
    
     
     
-      
    # File 'lib/hts/libhts/sam.rb', line 599
+      
    # File 'lib/hts/libhts/sam.rb', line 605
 
 attach_function \
 :bam_plp_insertion,
@@ -17291,13 +17546,13 @@ 
    
       
     
 
-605
-606
-607
-608
    
+611
+612
+613
+614
    
     
     
-      
    # File 'lib/hts/libhts/sam.rb', line 605
+      
    # File 'lib/hts/libhts/sam.rb', line 611
 
 attach_function \
 :bam_plp_insertion_mod,
@@ -17352,13 +17607,13 @@ 
    
       
     
 
-555
-556
-557
-558
    
+561
+562
+563
+564
    
     
     
-      
    # File 'lib/hts/libhts/sam.rb', line 555
+      
    # File 'lib/hts/libhts/sam.rb', line 561
 
 attach_function \
 :bam_plp_next,
@@ -17413,13 +17668,13 @@ 
    
       
     
 
-550
-551
-552
-553
    
+556
+557
+558
+559
    
     
     
-      
    # File 'lib/hts/libhts/sam.rb', line 550
+      
    # File 'lib/hts/libhts/sam.rb', line 556
 
 attach_function \
 :bam_plp_push,
@@ -17456,13 +17711,13 @@ 
    
       
     
 
-580
-581
-582
-583
    
+586
+587
+588
+589
    
     
     
-      
    # File 'lib/hts/libhts/sam.rb', line 580
+      
    # File 'lib/hts/libhts/sam.rb', line 586
 
 attach_function \
 :bam_plp_reset,
@@ -17499,13 +17754,13 @@ 
    
       
     
 
-575
-576
-577
-578
    
+581
+582
+583
+584
    
     
     
-      
    # File 'lib/hts/libhts/sam.rb', line 575
+      
    # File 'lib/hts/libhts/sam.rb', line 581
 
 attach_function \
 :bam_plp_set_maxcnt,
@@ -32646,13 +32901,13 @@ 
    
       
     
 
-666
-667
-668
-669
    
+672
+673
+674
+675
    
     
     
-      
    # File 'lib/hts/libhts/sam.rb', line 666
+      
    # File 'lib/hts/libhts/sam.rb', line 672
 
 attach_function \
 :hts_base_mod_state_alloc,
@@ -32689,13 +32944,13 @@ 
    
       
     
 
-672
-673
-674
-675
    
+678
+679
+680
+681
    
     
     
-      
    # File 'lib/hts/libhts/sam.rb', line 672
+      
    # File 'lib/hts/libhts/sam.rb', line 678
 
 attach_function \
 :hts_base_mod_state_free,
@@ -38779,13 +39034,13 @@ 
    
       
     
 
-655
-656
-657
-658
    
+661
+662
+663
+664
    
     
     
-      
    # File 'lib/hts/libhts/sam.rb', line 655
+      
    # File 'lib/hts/libhts/sam.rb', line 661
 
 attach_function \
 :sam_cap_mapq,
@@ -42083,13 +42338,13 @@ 
    
       
     
 
-660
-661
-662
-663
    
+666
+667
+668
+669
    
     
     
-      
    # File 'lib/hts/libhts/sam.rb', line 660
+      
    # File 'lib/hts/libhts/sam.rb', line 666
 
 attach_function \
 :sam_prob_realn,
@@ -43597,7 +43852,7 @@

    diff --git a/HTS/LibHTS/BGZF.html b/HTS/LibHTS/BGZF.html index 7348cdb8..7e5af46d 100644 --- a/HTS/LibHTS/BGZF.html +++ b/HTS/LibHTS/BGZF.html @@ -125,7 +125,7 @@

    Overview

    diff --git a/HTS/LibHTS/Bam1.html b/HTS/LibHTS/Bam1.html index 485cf20f..33bcb82d 100644 --- a/HTS/LibHTS/Bam1.html +++ b/HTS/LibHTS/Bam1.html @@ -200,7 +200,7 @@

    diff --git a/HTS/LibHTS/Bam1Core.html b/HTS/LibHTS/Bam1Core.html index 6256a0ce..833f4b57 100644 --- a/HTS/LibHTS/Bam1Core.html +++ b/HTS/LibHTS/Bam1Core.html @@ -124,7 +124,7 @@

    Methods inherited from - Generated on Fri Sep 13 01:39:59 2024 by + Generated on Fri Sep 13 02:21:58 2024 by yard 0.9.37 (ruby-3.3.5). diff --git a/HTS/LibHTS/BamPileup1.html b/HTS/LibHTS/BamPileup1.html index 9e99f254..7a229291 100644 --- a/HTS/LibHTS/BamPileup1.html +++ b/HTS/LibHTS/BamPileup1.html @@ -114,7 +114,7 @@ diff --git a/HTS/LibHTS/BamPileupCd.html b/HTS/LibHTS/BamPileupCd.html index 60a6cdc9..82ca20df 100644 --- a/HTS/LibHTS/BamPileupCd.html +++ b/HTS/LibHTS/BamPileupCd.html @@ -114,7 +114,7 @@ diff --git a/HTS/LibHTS/Bcf1.html b/HTS/LibHTS/Bcf1.html index 06a963b2..ff205df7 100644 --- a/HTS/LibHTS/Bcf1.html +++ b/HTS/LibHTS/Bcf1.html @@ -183,7 +183,7 @@

    diff --git a/HTS/LibHTS/BcfDec.html b/HTS/LibHTS/BcfDec.html index c25fe10c..497e1865 100644 --- a/HTS/LibHTS/BcfDec.html +++ b/HTS/LibHTS/BcfDec.html @@ -124,7 +124,7 @@

    Methods inherited from - Generated on Fri Sep 13 01:39:59 2024 by + Generated on Fri Sep 13 02:21:58 2024 by yard 0.9.37 (ruby-3.3.5). diff --git a/HTS/LibHTS/BcfFmt.html b/HTS/LibHTS/BcfFmt.html index 3328d110..aa454e4d 100644 --- a/HTS/LibHTS/BcfFmt.html +++ b/HTS/LibHTS/BcfFmt.html @@ -114,7 +114,7 @@ diff --git a/HTS/LibHTS/BcfHdr.html b/HTS/LibHTS/BcfHdr.html index c53318da..57002aa3 100644 --- a/HTS/LibHTS/BcfHdr.html +++ b/HTS/LibHTS/BcfHdr.html @@ -183,7 +183,7 @@

    diff --git a/HTS/LibHTS/BcfHrec.html b/HTS/LibHTS/BcfHrec.html index 3ea4d47f..3b009ae7 100644 --- a/HTS/LibHTS/BcfHrec.html +++ b/HTS/LibHTS/BcfHrec.html @@ -194,7 +194,7 @@

    diff --git a/HTS/LibHTS/BcfIdinfo.html b/HTS/LibHTS/BcfIdinfo.html index 8ae06364..ecd164ca 100644 --- a/HTS/LibHTS/BcfIdinfo.html +++ b/HTS/LibHTS/BcfIdinfo.html @@ -124,7 +124,7 @@

    Methods inherited from - Generated on Fri Sep 13 01:39:59 2024 by + Generated on Fri Sep 13 02:21:58 2024 by yard 0.9.37 (ruby-3.3.5). diff --git a/HTS/LibHTS/BcfIdpair.html b/HTS/LibHTS/BcfIdpair.html index 0ca9f43f..1f874b34 100644 --- a/HTS/LibHTS/BcfIdpair.html +++ b/HTS/LibHTS/BcfIdpair.html @@ -124,7 +124,7 @@

    Methods inherited from - Generated on Fri Sep 13 01:39:59 2024 by + Generated on Fri Sep 13 02:21:58 2024 by yard 0.9.37 (ruby-3.3.5). diff --git a/HTS/LibHTS/BcfInfo.html b/HTS/LibHTS/BcfInfo.html index 55803609..e22908f7 100644 --- a/HTS/LibHTS/BcfInfo.html +++ b/HTS/LibHTS/BcfInfo.html @@ -114,7 +114,7 @@ diff --git a/HTS/LibHTS/BcfVariant.html b/HTS/LibHTS/BcfVariant.html index 78651038..d17864ed 100644 --- a/HTS/LibHTS/BcfVariant.html +++ b/HTS/LibHTS/BcfVariant.html @@ -135,7 +135,7 @@

    Methods inherited from - Generated on Fri Sep 13 01:39:59 2024 by + Generated on Fri Sep 13 02:21:58 2024 by yard 0.9.37 (ruby-3.3.5). diff --git a/HTS/LibHTS/Faidx.html b/HTS/LibHTS/Faidx.html index 374d6f6f..03811b3f 100644 --- a/HTS/LibHTS/Faidx.html +++ b/HTS/LibHTS/Faidx.html @@ -204,7 +204,7 @@

    diff --git a/HTS/LibHTS/HFile.html b/HTS/LibHTS/HFile.html index 8a9004ee..8ccc8893 100644 --- a/HTS/LibHTS/HFile.html +++ b/HTS/LibHTS/HFile.html @@ -125,7 +125,7 @@

    Overview

    diff --git a/HTS/LibHTS/HtsFile.html b/HTS/LibHTS/HtsFile.html index fbeb03c1..4d1dec56 100644 --- a/HTS/LibHTS/HtsFile.html +++ b/HTS/LibHTS/HtsFile.html @@ -114,7 +114,7 @@ diff --git a/HTS/LibHTS/HtsFormat.html b/HTS/LibHTS/HtsFormat.html index 424442c9..6391c3ba 100644 --- a/HTS/LibHTS/HtsFormat.html +++ b/HTS/LibHTS/HtsFormat.html @@ -124,7 +124,7 @@

    Methods inherited from - Generated on Fri Sep 13 01:39:59 2024 by + Generated on Fri Sep 13 02:21:58 2024 by yard 0.9.37 (ruby-3.3.5). diff --git a/HTS/LibHTS/HtsIdx.html b/HTS/LibHTS/HtsIdx.html index 7888151b..03f05ab4 100644 --- a/HTS/LibHTS/HtsIdx.html +++ b/HTS/LibHTS/HtsIdx.html @@ -204,7 +204,7 @@

    diff --git a/HTS/LibHTS/HtsItr.html b/HTS/LibHTS/HtsItr.html index 21d18270..9343dcf2 100644 --- a/HTS/LibHTS/HtsItr.html +++ b/HTS/LibHTS/HtsItr.html @@ -194,7 +194,7 @@

    diff --git a/HTS/LibHTS/HtsOpt.html b/HTS/LibHTS/HtsOpt.html index cbdb564b..0b56c9d2 100644 --- a/HTS/LibHTS/HtsOpt.html +++ b/HTS/LibHTS/HtsOpt.html @@ -124,7 +124,7 @@

    Methods inherited from - Generated on Fri Sep 13 01:39:59 2024 by + Generated on Fri Sep 13 02:21:58 2024 by yard 0.9.37 (ruby-3.3.5). diff --git a/HTS/LibHTS/HtsReglist.html b/HTS/LibHTS/HtsReglist.html index f31845df..ea0e2f8d 100644 --- a/HTS/LibHTS/HtsReglist.html +++ b/HTS/LibHTS/HtsReglist.html @@ -124,7 +124,7 @@

    Methods inherited from - Generated on Fri Sep 13 01:39:59 2024 by + Generated on Fri Sep 13 02:21:58 2024 by yard 0.9.37 (ruby-3.3.5). diff --git a/HTS/LibHTS/HtsTpool.html b/HTS/LibHTS/HtsTpool.html index 566018d2..13dc575f 100644 --- a/HTS/LibHTS/HtsTpool.html +++ b/HTS/LibHTS/HtsTpool.html @@ -183,7 +183,7 @@

    diff --git a/HTS/LibHTS/KSeq.html b/HTS/LibHTS/KSeq.html index 1c9154f9..0af066cf 100644 --- a/HTS/LibHTS/KSeq.html +++ b/HTS/LibHTS/KSeq.html @@ -124,7 +124,7 @@

    Methods inherited from - Generated on Fri Sep 13 01:39:59 2024 by + Generated on Fri Sep 13 02:21:58 2024 by yard 0.9.37 (ruby-3.3.5). diff --git a/HTS/LibHTS/KString.html b/HTS/LibHTS/KString.html index 5e4a21a2..f557fb47 100644 --- a/HTS/LibHTS/KString.html +++ b/HTS/LibHTS/KString.html @@ -135,7 +135,7 @@

    Methods inherited from - Generated on Fri Sep 13 01:39:59 2024 by + Generated on Fri Sep 13 02:21:58 2024 by yard 0.9.37 (ruby-3.3.5). diff --git a/HTS/LibHTS/SamHdr.html b/HTS/LibHTS/SamHdr.html index d44ba68a..80242bb2 100644 --- a/HTS/LibHTS/SamHdr.html +++ b/HTS/LibHTS/SamHdr.html @@ -194,7 +194,7 @@

    diff --git a/HTS/LibHTS/Tbx.html b/HTS/LibHTS/Tbx.html index 01260e67..09fc7edb 100644 --- a/HTS/LibHTS/Tbx.html +++ b/HTS/LibHTS/Tbx.html @@ -183,7 +183,7 @@

    diff --git a/HTS/LibHTS/TbxConf.html b/HTS/LibHTS/TbxConf.html index a6736bda..372640f4 100644 --- a/HTS/LibHTS/TbxConf.html +++ b/HTS/LibHTS/TbxConf.html @@ -124,7 +124,7 @@

    Methods inherited from - Generated on Fri Sep 13 01:39:59 2024 by + Generated on Fri Sep 13 02:21:58 2024 by yard 0.9.37 (ruby-3.3.5). diff --git a/HTS/Tabix.html b/HTS/Tabix.html index d8e3caa1..6f9466bf 100644 --- a/HTS/Tabix.html +++ b/HTS/Tabix.html @@ -1010,7 +1010,7 @@

    diff --git a/_index.html b/_index.html index 09bc613f..843a4538 100644 --- a/_index.html +++ b/_index.html @@ -544,7 +544,7 @@

    Namespace Listing A-Z

    diff --git a/file.README.html b/file.README.html index f32253e5..29cfba16 100644 --- a/file.README.html +++ b/file.README.html @@ -314,7 +314,7 @@

    License

    diff --git a/index.html b/index.html index 3fc7ae1b..74a9b6d7 100644 --- a/index.html +++ b/index.html @@ -314,7 +314,7 @@

    License

    diff --git a/method_list.html b/method_list.html index 2dd85f14..b86e8f8d 100644 --- a/method_list.html +++ b/method_list.html @@ -329,7 +329,7 @@

    Method List

  • - bam_aux_update_array + bam_aux_remove HTS::LibHTS
    • @@ -337,7 +337,7 @@

    Method List

  • - bam_aux_update_float + bam_aux_update_array HTS::LibHTS
    • @@ -345,7 +345,7 @@

    Method List

  • - bam_aux_update_int + bam_aux_update_float HTS::LibHTS
    • @@ -353,7 +353,7 @@

    Method List

  • - bam_aux_update_str + bam_aux_update_int HTS::LibHTS
    • @@ -361,7 +361,7 @@

    Method List

  • - bam_cigar2qlen + bam_aux_update_str HTS::LibHTS
    • @@ -369,7 +369,7 @@

    Method List

  • - bam_cigar2rlen + bam_cigar2qlen HTS::LibHTS
    • @@ -377,7 +377,7 @@

    Method List

  • - bam_cigar_gen + bam_cigar2rlen HTS::LibHTS
    • @@ -385,7 +385,7 @@

    Method List

  • - bam_cigar_op + bam_cigar_gen HTS::LibHTS
    • @@ -393,7 +393,7 @@

    Method List

  • - bam_cigar_opchr + bam_cigar_op HTS::LibHTS
    • @@ -401,7 +401,7 @@

    Method List

  • - bam_cigar_oplen + bam_cigar_opchr HTS::LibHTS
    • @@ -409,7 +409,7 @@

    Method List

  • - bam_cigar_type + bam_cigar_oplen HTS::LibHTS
    • @@ -417,7 +417,7 @@

    Method List

  • - bam_copy1 + bam_cigar_type HTS::LibHTS
    • @@ -425,7 +425,7 @@

    Method List

  • - bam_destroy1 + bam_copy1 HTS::LibHTS
    • @@ -433,7 +433,7 @@

    Method List

  • - bam_dup1 + bam_destroy1 HTS::LibHTS
    • @@ -441,7 +441,7 @@

    Method List

  • - bam_endpos + bam_dup1 HTS::LibHTS
    • @@ -449,7 +449,7 @@

    Method List

  • - bam_flag2str + bam_endpos HTS::LibHTS
    • @@ -457,7 +457,7 @@

    Method List

  • - bam_get_aux + bam_flag2str HTS::LibHTS
    • @@ -465,7 +465,7 @@

    Method List

  • - bam_get_cigar + bam_get_aux HTS::LibHTS
    • @@ -473,7 +473,7 @@

    Method List

  • - bam_get_l_aux + bam_get_cigar HTS::LibHTS
    • @@ -481,7 +481,7 @@

    Method List

  • - bam_get_qname + bam_get_l_aux HTS::LibHTS
    • @@ -489,7 +489,7 @@

    Method List

  • - bam_get_qual + bam_get_qname HTS::LibHTS
    • @@ -497,7 +497,7 @@

    Method List

  • - bam_get_seq + bam_get_qual HTS::LibHTS
    • @@ -505,7 +505,7 @@

    Method List

  • - bam_hdr_read + bam_get_seq HTS::LibHTS
    • @@ -513,7 +513,7 @@

    Method List

  • - bam_hdr_write + bam_hdr_read HTS::LibHTS
    • @@ -521,7 +521,7 @@

    Method List

  • - bam_index_load + bam_hdr_write HTS::LibHTS
    • @@ -529,7 +529,7 @@

    Method List

  • - bam_init1 + bam_index_load HTS::LibHTS
    • @@ -537,7 +537,7 @@

    Method List

  • - bam_is_mrev + bam_init1 HTS::LibHTS
    • @@ -545,7 +545,7 @@

    Method List

  • - bam_is_rev + bam_is_mrev HTS::LibHTS
    • @@ -553,7 +553,7 @@

    Method List

  • - bam_mods_at_next_pos + bam_is_rev HTS::LibHTS
    • @@ -561,13 +561,21 @@

    Method List

  • - bam_mods_at_qpos + bam_mods_at_next_pos HTS::LibHTS
  • +
    + bam_mods_at_qpos + HTS::LibHTS +
    +
    • + + +
  • bam_mods_query_type HTS::LibHTS @@ -575,6 +583,14 @@

    Method List

    • +
  • +
    + bam_mods_queryi + HTS::LibHTS +
    +
    • + +
  • bam_mods_recorded @@ -673,7 +689,7 @@

    Method List

  • - bam_parse_cigar + bam_parse_basemod2 HTS::LibHTS
    • @@ -681,7 +697,7 @@

    Method List

  • - bam_plp64_auto + bam_parse_cigar HTS::LibHTS
    • @@ -689,7 +705,7 @@

    Method List

  • - bam_plp64_next + bam_plp64_auto HTS::LibHTS
    • @@ -697,7 +713,7 @@

    Method List

  • - bam_plp_auto + bam_plp64_next HTS::LibHTS
    • @@ -705,7 +721,7 @@

    Method List

  • - bam_plp_constructor + bam_plp_auto HTS::LibHTS
    • @@ -713,7 +729,7 @@

    Method List

  • - bam_plp_destroy + bam_plp_constructor HTS::LibHTS
    • @@ -721,7 +737,7 @@

    Method List

  • - bam_plp_destructor + bam_plp_destroy HTS::LibHTS
    • @@ -729,7 +745,7 @@

    Method List

  • - bam_plp_init + bam_plp_destructor HTS::LibHTS
    • @@ -737,7 +753,7 @@

    Method List

  • - bam_plp_insertion + bam_plp_init HTS::LibHTS
    • @@ -745,7 +761,7 @@

    Method List

  • - bam_plp_insertion_mod + bam_plp_insertion HTS::LibHTS
    • @@ -753,7 +769,7 @@

    Method List

  • - bam_plp_next + bam_plp_insertion_mod HTS::LibHTS
    • @@ -761,7 +777,7 @@

    Method List

  • - bam_plp_push + bam_plp_next HTS::LibHTS
    • @@ -769,7 +785,7 @@

    Method List

  • - bam_plp_reset + bam_plp_push HTS::LibHTS
    • @@ -777,7 +793,7 @@

    Method List

  • - bam_plp_set_maxcnt + bam_plp_reset HTS::LibHTS
    • @@ -785,7 +801,7 @@

    Method List

  • - bam_read1 + bam_plp_set_maxcnt HTS::LibHTS
    • @@ -793,7 +809,7 @@

    Method List

  • - bam_seqi + bam_read1 HTS::LibHTS
    • @@ -801,7 +817,7 @@

    Method List

  • - bam_set1 + bam_seqi HTS::LibHTS
    • @@ -809,7 +825,7 @@

    Method List

  • - bam_set_qname + bam_set1 HTS::LibHTS
    • @@ -817,7 +833,7 @@

    Method List

  • - bam_set_seqi + bam_set_qname HTS::LibHTS
    • @@ -825,7 +841,7 @@

    Method List

  • - bam_str2flag + bam_set_seqi HTS::LibHTS
    • @@ -833,7 +849,7 @@

    Method List

  • - bam_write1 + bam_str2flag HTS::LibHTS
    • @@ -841,15 +857,15 @@

    Method List

  • - #base - HTS::Bam::Record + bam_write1 + HTS::LibHTS
  • - #base_qual + #base HTS::Bam::Record
    • @@ -857,15 +873,15 @@

    Method List

  • - bcf_add_filter - HTS::LibHTS + #base_qual + HTS::Bam::Record
  • - bcf_add_id + bcf_add_filter HTS::LibHTS
    • @@ -873,7 +889,7 @@

    Method List

  • - bcf_alleles2gt + bcf_add_id HTS::LibHTS
    • @@ -881,7 +897,7 @@

    Method List

  • - bcf_clear + bcf_alleles2gt HTS::LibHTS
    • @@ -889,7 +905,7 @@

    Method List

  • - bcf_copy + bcf_clear HTS::LibHTS
    • @@ -897,7 +913,7 @@

    Method List

  • - bcf_destroy + bcf_copy HTS::LibHTS
    • @@ -905,7 +921,7 @@

    Method List

  • - bcf_dup + bcf_destroy HTS::LibHTS
    • @@ -913,7 +929,7 @@

    Method List

  • - bcf_empty + bcf_dup HTS::LibHTS
    • @@ -921,7 +937,7 @@

    Method List

  • - bcf_enc_vchar + bcf_empty HTS::LibHTS
    • @@ -929,7 +945,7 @@

    Method List

  • - bcf_enc_vfloat + bcf_enc_vchar HTS::LibHTS
    • @@ -937,7 +953,7 @@

    Method List

  • - bcf_enc_vint + bcf_enc_vfloat HTS::LibHTS
    • @@ -945,7 +961,7 @@

    Method List

  • - bcf_float_missing + bcf_enc_vint HTS::LibHTS
    • @@ -953,7 +969,7 @@

    Method List

  • - bcf_float_vector_end + bcf_float_missing HTS::LibHTS
    • @@ -961,7 +977,7 @@

    Method List

  • - bcf_fmt_array + bcf_float_vector_end HTS::LibHTS
    • @@ -969,7 +985,7 @@

    Method List

  • - bcf_fmt_sized_array + bcf_fmt_array HTS::LibHTS
    • @@ -977,7 +993,7 @@

    Method List

  • - bcf_get_fmt + bcf_fmt_sized_array HTS::LibHTS
    • @@ -985,7 +1001,7 @@

    Method List

  • - bcf_get_fmt_id + bcf_get_fmt HTS::LibHTS
    • @@ -993,7 +1009,7 @@

    Method List

  • - bcf_get_format_char + bcf_get_fmt_id HTS::LibHTS
    • @@ -1001,7 +1017,7 @@

    Method List

  • - bcf_get_format_float + bcf_get_format_char HTS::LibHTS
    • @@ -1009,7 +1025,7 @@

    Method List

  • - bcf_get_format_int32 + bcf_get_format_float HTS::LibHTS
    • @@ -1017,7 +1033,7 @@

    Method List

  • - bcf_get_format_string + bcf_get_format_int32 HTS::LibHTS
    • @@ -1025,7 +1041,7 @@

    Method List

  • - bcf_get_format_values + bcf_get_format_string HTS::LibHTS
    • @@ -1033,7 +1049,7 @@

    Method List

  • - bcf_get_genotypes + bcf_get_format_values HTS::LibHTS
    • @@ -1041,7 +1057,7 @@

    Method List

  • - bcf_get_info + bcf_get_genotypes HTS::LibHTS
    • @@ -1049,7 +1065,7 @@

    Method List

  • - bcf_get_info_flag + bcf_get_info HTS::LibHTS
    • @@ -1057,7 +1073,7 @@

    Method List

  • - bcf_get_info_float + bcf_get_info_flag HTS::LibHTS
    • @@ -1065,7 +1081,7 @@

    Method List

  • - bcf_get_info_id + bcf_get_info_float HTS::LibHTS
    • @@ -1073,7 +1089,7 @@

    Method List

  • - bcf_get_info_int32 + bcf_get_info_id HTS::LibHTS
    • @@ -1081,7 +1097,7 @@

    Method List

  • - bcf_get_info_string + bcf_get_info_int32 HTS::LibHTS
    • @@ -1089,7 +1105,7 @@

    Method List

  • - bcf_get_info_values + bcf_get_info_string HTS::LibHTS
    • @@ -1097,7 +1113,7 @@

    Method List

  • - bcf_get_variant_type + bcf_get_info_values HTS::LibHTS
    • @@ -1105,7 +1121,7 @@

    Method List

  • - bcf_get_variant_types + bcf_get_variant_type HTS::LibHTS
    • @@ -1113,7 +1129,7 @@

    Method List

  • - bcf_gt_allele + bcf_get_variant_types HTS::LibHTS
    • @@ -1121,7 +1137,7 @@

    Method List

  • - bcf_gt_is_missing + bcf_gt_allele HTS::LibHTS
    • @@ -1129,7 +1145,7 @@

    Method List

  • - bcf_gt_is_phased + bcf_gt_is_missing HTS::LibHTS
    • @@ -1137,7 +1153,7 @@

    Method List

  • - bcf_gt_missing + bcf_gt_is_phased HTS::LibHTS
    • @@ -1145,7 +1161,7 @@

    Method List

  • - bcf_gt_phased + bcf_gt_missing HTS::LibHTS
    • @@ -1153,7 +1169,7 @@

    Method List

  • - bcf_gt_unphased + bcf_gt_phased HTS::LibHTS
    • @@ -1161,7 +1177,7 @@

    Method List

  • - bcf_has_filter + bcf_gt_unphased HTS::LibHTS
    • @@ -1169,7 +1185,7 @@

    Method List

  • - bcf_has_variant_type + bcf_has_filter HTS::LibHTS
    • @@ -1177,7 +1193,7 @@

    Method List

  • - bcf_has_variant_types + bcf_has_variant_type HTS::LibHTS
    • @@ -1185,7 +1201,7 @@

    Method List

  • - bcf_hdr_add_hrec + bcf_has_variant_types HTS::LibHTS
    • @@ -1193,7 +1209,7 @@

    Method List

  • - bcf_hdr_add_sample + bcf_hdr_add_hrec HTS::LibHTS
    • @@ -1201,7 +1217,7 @@

    Method List

  • - bcf_hdr_append + bcf_hdr_add_sample HTS::LibHTS
    • @@ -1209,7 +1225,7 @@

    Method List

  • - bcf_hdr_destroy + bcf_hdr_append HTS::LibHTS
    • @@ -1217,7 +1233,7 @@

    Method List

  • - bcf_hdr_dup + bcf_hdr_destroy HTS::LibHTS
    • @@ -1225,7 +1241,7 @@

    Method List

  • - bcf_hdr_format + bcf_hdr_dup HTS::LibHTS
    • @@ -1233,7 +1249,7 @@

    Method List

  • - bcf_hdr_get_hrec + bcf_hdr_format HTS::LibHTS
    • @@ -1241,7 +1257,7 @@

    Method List

  • - bcf_hdr_get_version + bcf_hdr_get_hrec HTS::LibHTS
    • @@ -1249,7 +1265,7 @@

    Method List

  • - bcf_hdr_id2coltype + bcf_hdr_get_version HTS::LibHTS
    • @@ -1257,7 +1273,7 @@

    Method List

  • - bcf_hdr_id2int + bcf_hdr_id2coltype HTS::LibHTS
    • @@ -1265,7 +1281,7 @@

    Method List

  • - bcf_hdr_id2length + bcf_hdr_id2int HTS::LibHTS
    • @@ -1273,7 +1289,7 @@

    Method List

  • - bcf_hdr_id2name + bcf_hdr_id2length HTS::LibHTS
    • @@ -1281,7 +1297,7 @@

    Method List

  • - bcf_hdr_id2number + bcf_hdr_id2name HTS::LibHTS
    • @@ -1289,7 +1305,7 @@

    Method List

  • - bcf_hdr_id2type + bcf_hdr_id2number HTS::LibHTS
    • @@ -1297,7 +1313,7 @@

    Method List

  • - bcf_hdr_init + bcf_hdr_id2type HTS::LibHTS
    • @@ -1305,7 +1321,7 @@

    Method List

  • - bcf_hdr_int2id + bcf_hdr_init HTS::LibHTS
    • @@ -1313,7 +1329,7 @@

    Method List

  • - bcf_hdr_merge + bcf_hdr_int2id HTS::LibHTS
    • @@ -1321,7 +1337,7 @@

    Method List

  • - bcf_hdr_name2id + bcf_hdr_merge HTS::LibHTS
    • @@ -1329,7 +1345,7 @@

    Method List

  • - bcf_hdr_nsamples + bcf_hdr_name2id HTS::LibHTS
    • @@ -1337,7 +1353,7 @@

    Method List

  • - bcf_hdr_parse + bcf_hdr_nsamples HTS::LibHTS
    • @@ -1345,7 +1361,7 @@

    Method List

  • - bcf_hdr_parse_line + bcf_hdr_parse HTS::LibHTS
    • @@ -1353,7 +1369,7 @@

    Method List

  • - bcf_hdr_printf + bcf_hdr_parse_line HTS::LibHTS
    • @@ -1361,7 +1377,7 @@

    Method List

  • - bcf_hdr_read + bcf_hdr_printf HTS::LibHTS
    • @@ -1369,7 +1385,7 @@

    Method List

  • - bcf_hdr_remove + bcf_hdr_read HTS::LibHTS
    • @@ -1377,7 +1393,7 @@

    Method List

  • - bcf_hdr_seqnames + bcf_hdr_remove HTS::LibHTS
    • @@ -1385,7 +1401,7 @@

    Method List

  • - bcf_hdr_set + bcf_hdr_seqnames HTS::LibHTS
    • @@ -1393,7 +1409,7 @@

    Method List

  • - bcf_hdr_set_samples + bcf_hdr_set HTS::LibHTS
    • @@ -1401,7 +1417,7 @@

    Method List

  • - bcf_hdr_set_version + bcf_hdr_set_samples HTS::LibHTS
    • @@ -1409,7 +1425,7 @@

    Method List

  • - bcf_hdr_subset + bcf_hdr_set_version HTS::LibHTS
    • @@ -1417,7 +1433,7 @@

    Method List

  • - bcf_hdr_sync + bcf_hdr_subset HTS::LibHTS
    • @@ -1425,7 +1441,7 @@

    Method List

  • - bcf_hdr_write + bcf_hdr_sync HTS::LibHTS
    • @@ -1433,7 +1449,7 @@

    Method List

  • - bcf_hrec_add_key + bcf_hdr_write HTS::LibHTS
    • @@ -1441,7 +1457,7 @@

    Method List

  • - bcf_hrec_destroy + bcf_hrec_add_key HTS::LibHTS
    • @@ -1449,7 +1465,7 @@

    Method List

  • - bcf_hrec_dup + bcf_hrec_destroy HTS::LibHTS
    • @@ -1457,7 +1473,7 @@

    Method List

  • - bcf_hrec_find_key + bcf_hrec_dup HTS::LibHTS
    • @@ -1465,7 +1481,7 @@

    Method List

  • - bcf_hrec_format + bcf_hrec_find_key HTS::LibHTS
    • @@ -1473,7 +1489,7 @@

    Method List

  • - bcf_hrec_set_val + bcf_hrec_format HTS::LibHTS
    • @@ -1481,7 +1497,7 @@

    Method List

  • - bcf_idx_init + bcf_hrec_set_val HTS::LibHTS
    • @@ -1489,7 +1505,7 @@

    Method List

  • - bcf_idx_save + bcf_idx_init HTS::LibHTS
    • @@ -1497,7 +1513,7 @@

    Method List

  • - bcf_index_build + bcf_idx_save HTS::LibHTS
    • @@ -1505,7 +1521,7 @@

    Method List

  • - bcf_index_build2 + bcf_index_build HTS::LibHTS
    • @@ -1513,7 +1529,7 @@

    Method List

  • - bcf_index_build3 + bcf_index_build2 HTS::LibHTS
    • @@ -1521,7 +1537,7 @@

    Method List

  • - bcf_index_load + bcf_index_build3 HTS::LibHTS
    • @@ -1529,7 +1545,7 @@

    Method List

  • - bcf_index_load2 + bcf_index_load HTS::LibHTS
    • @@ -1537,7 +1553,7 @@

    Method List

  • - bcf_index_load3 + bcf_index_load2 HTS::LibHTS
    • @@ -1545,7 +1561,7 @@

    Method List

  • - bcf_index_seqnames + bcf_index_load3 HTS::LibHTS
    • @@ -1553,7 +1569,7 @@

    Method List

  • - bcf_init + bcf_index_seqnames HTS::LibHTS
    • @@ -1561,7 +1577,7 @@

    Method List

  • - bcf_int16_missing + bcf_init HTS::LibHTS
    • @@ -1569,7 +1585,7 @@

    Method List

  • - bcf_int16_vector_end + bcf_int16_missing HTS::LibHTS
    • @@ -1577,7 +1593,7 @@

    Method List

  • - bcf_int32_missing + bcf_int16_vector_end HTS::LibHTS
    • @@ -1585,7 +1601,7 @@

    Method List

  • - bcf_int32_vector_end + bcf_int32_missing HTS::LibHTS
    • @@ -1593,7 +1609,7 @@

    Method List

  • - bcf_int64_missing + bcf_int32_vector_end HTS::LibHTS
    • @@ -1601,7 +1617,7 @@

    Method List

  • - bcf_int64_vector_end + bcf_int64_missing HTS::LibHTS
    • @@ -1609,7 +1625,7 @@

    Method List

  • - bcf_int8_missing + bcf_int64_vector_end HTS::LibHTS
    • @@ -1617,7 +1633,7 @@

    Method List

  • - bcf_int8_vector_end + bcf_int8_missing HTS::LibHTS
    • @@ -1625,7 +1641,7 @@

    Method List

  • - bcf_is_snp + bcf_int8_vector_end HTS::LibHTS
    • @@ -1633,7 +1649,7 @@

    Method List

  • - bcf_itr_queryi + bcf_is_snp HTS::LibHTS
    • @@ -1641,7 +1657,7 @@

    Method List

  • - bcf_itr_querys + bcf_itr_queryi HTS::LibHTS
    • @@ -1649,7 +1665,7 @@

    Method List

  • - bcf_read + bcf_itr_querys HTS::LibHTS
    • @@ -1657,7 +1673,7 @@

    Method List

  • - bcf_readrec + bcf_read HTS::LibHTS
    • @@ -1665,7 +1681,7 @@

    Method List

  • - bcf_remove_filter + bcf_readrec HTS::LibHTS
    • @@ -1673,7 +1689,7 @@

    Method List

  • - bcf_str_missing + bcf_remove_filter HTS::LibHTS
    • @@ -1681,7 +1697,7 @@

    Method List

  • - bcf_str_vector_end + bcf_str_missing HTS::LibHTS
    • @@ -1689,7 +1705,7 @@

    Method List

  • - bcf_subset + bcf_str_vector_end HTS::LibHTS
    • @@ -1697,7 +1713,7 @@

    Method List

  • - bcf_subset_format + bcf_subset HTS::LibHTS
    • @@ -1705,7 +1721,7 @@

    Method List

  • - bcf_translate + bcf_subset_format HTS::LibHTS
    • @@ -1713,7 +1729,7 @@

    Method List

  • - bcf_unpack + bcf_translate HTS::LibHTS
    • @@ -1721,7 +1737,7 @@

    Method List

  • - bcf_update_alleles + bcf_unpack HTS::LibHTS
    • @@ -1729,7 +1745,7 @@

    Method List

  • - bcf_update_alleles_str + bcf_update_alleles HTS::LibHTS
    • @@ -1737,7 +1753,7 @@

    Method List

  • - bcf_update_filter + bcf_update_alleles_str HTS::LibHTS
    • @@ -1745,7 +1761,7 @@

    Method List

  • - bcf_update_format + bcf_update_filter HTS::LibHTS
    • @@ -1753,7 +1769,7 @@

    Method List

  • - bcf_update_format_char + bcf_update_format HTS::LibHTS
    • @@ -1761,7 +1777,7 @@

    Method List

  • - bcf_update_format_float + bcf_update_format_char HTS::LibHTS
    • @@ -1769,7 +1785,7 @@

    Method List

  • - bcf_update_format_int32 + bcf_update_format_float HTS::LibHTS
    • @@ -1777,7 +1793,7 @@

    Method List

  • - bcf_update_format_string + bcf_update_format_int32 HTS::LibHTS
    • @@ -1785,7 +1801,7 @@

    Method List

  • - bcf_update_genotypes + bcf_update_format_string HTS::LibHTS
    • @@ -1793,7 +1809,7 @@

    Method List

  • - bcf_update_id + bcf_update_genotypes HTS::LibHTS
    • @@ -1801,7 +1817,7 @@

    Method List

  • - bcf_update_info + bcf_update_id HTS::LibHTS
    • @@ -1809,7 +1825,7 @@

    Method List

  • - bcf_update_info_flag + bcf_update_info HTS::LibHTS
    • @@ -1817,7 +1833,7 @@

    Method List

  • - bcf_update_info_float + bcf_update_info_flag HTS::LibHTS
    • @@ -1825,7 +1841,7 @@

    Method List

  • - bcf_update_info_int32 + bcf_update_info_float HTS::LibHTS
    • @@ -1833,7 +1849,7 @@

    Method List

  • - bcf_update_info_string + bcf_update_info_int32 HTS::LibHTS
    • @@ -1841,7 +1857,7 @@

    Method List

  • - bcf_variant_length + bcf_update_info_string HTS::LibHTS
    • @@ -1849,7 +1865,7 @@

    Method List

  • - bcf_write + bcf_variant_length HTS::LibHTS
    • @@ -1857,7 +1873,7 @@

    Method List

  • - bgzf_block_write + bcf_write HTS::LibHTS
    • @@ -1865,7 +1881,7 @@

    Method List

  • - bgzf_check_EOF + bgzf_block_write HTS::LibHTS
    • @@ -1873,7 +1889,7 @@

    Method List

  • - bgzf_close + bgzf_check_EOF HTS::LibHTS
    • @@ -1881,7 +1897,7 @@

    Method List

  • - bgzf_compress + bgzf_close HTS::LibHTS
    • @@ -1889,7 +1905,7 @@

    Method List

  • - bgzf_compression + bgzf_compress HTS::LibHTS
    • @@ -1897,7 +1913,7 @@

    Method List

  • - bgzf_dopen + bgzf_compression HTS::LibHTS
    • @@ -1905,7 +1921,7 @@

    Method List

  • - bgzf_flush + bgzf_dopen HTS::LibHTS
    • @@ -1913,7 +1929,7 @@

    Method List

  • - bgzf_flush_try + bgzf_flush HTS::LibHTS
    • @@ -1921,7 +1937,7 @@

    Method List

  • - bgzf_getc + bgzf_flush_try HTS::LibHTS
    • @@ -1929,7 +1945,7 @@

    Method List

  • - bgzf_getline + bgzf_getc HTS::LibHTS
    • @@ -1937,7 +1953,7 @@

    Method List

  • - bgzf_hopen + bgzf_getline HTS::LibHTS
    • @@ -1945,7 +1961,7 @@

    Method List

  • - bgzf_index_build_init + bgzf_hopen HTS::LibHTS
    • @@ -1953,7 +1969,7 @@

    Method List

  • - bgzf_index_dump + bgzf_index_build_init HTS::LibHTS
    • @@ -1961,7 +1977,7 @@

    Method List

  • - bgzf_index_dump_hfile + bgzf_index_dump HTS::LibHTS
    • @@ -1969,7 +1985,7 @@

    Method List

  • - bgzf_index_load + bgzf_index_dump_hfile HTS::LibHTS
    • @@ -1977,7 +1993,7 @@

    Method List

  • - bgzf_index_load_hfile + bgzf_index_load HTS::LibHTS
    • @@ -1985,7 +2001,7 @@

    Method List

  • - bgzf_is_bgzf + bgzf_index_load_hfile HTS::LibHTS
    • @@ -1993,7 +2009,7 @@

    Method List

  • - bgzf_mt + bgzf_is_bgzf HTS::LibHTS
    • @@ -2001,7 +2017,7 @@

    Method List

  • - bgzf_open + bgzf_mt HTS::LibHTS
    • @@ -2009,7 +2025,7 @@

    Method List

  • - bgzf_peek + bgzf_open HTS::LibHTS
    • @@ -2017,7 +2033,7 @@

    Method List

  • - bgzf_raw_read + bgzf_peek HTS::LibHTS
    • @@ -2025,7 +2041,7 @@

    Method List

  • - bgzf_raw_write + bgzf_raw_read HTS::LibHTS
    • @@ -2033,7 +2049,7 @@

    Method List

  • - bgzf_read + bgzf_raw_write HTS::LibHTS
    • @@ -2041,7 +2057,7 @@

    Method List

  • - bgzf_read_block + bgzf_read HTS::LibHTS
    • @@ -2049,7 +2065,7 @@

    Method List

  • - bgzf_seek + bgzf_read_block HTS::LibHTS
    • @@ -2057,7 +2073,7 @@

    Method List

  • - bgzf_set_cache_size + bgzf_seek HTS::LibHTS
    • @@ -2065,7 +2081,7 @@

    Method List

  • - bgzf_tell + bgzf_set_cache_size HTS::LibHTS
    • @@ -2073,7 +2089,7 @@

    Method List

  • - bgzf_thread_pool + bgzf_tell HTS::LibHTS
    • @@ -2081,7 +2097,7 @@

    Method List

  • - bgzf_useek + bgzf_thread_pool HTS::LibHTS
    • @@ -2089,7 +2105,7 @@

    Method List

  • - bgzf_utell + bgzf_useek HTS::LibHTS
    • @@ -2097,13 +2113,21 @@

    Method List

  • - bgzf_write + bgzf_utell HTS::LibHTS
  • +
    + bgzf_write + HTS::LibHTS +
    +
    • + + +
  • #bin HTS::Bam::Record @@ -2111,7 +2135,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • #bin= HTS::Bam::Record @@ -2119,7 +2143,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • #build_index HTS::Bam @@ -2127,7 +2151,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • #build_index HTS::Bcf @@ -2135,7 +2159,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • #build_index HTS::Tabix @@ -2143,7 +2167,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • #chrom HTS::Bam @@ -2151,7 +2175,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • #chrom HTS::Bcf @@ -2159,7 +2183,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • #chrom HTS::Bam::Record @@ -2167,7 +2191,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • #chrom HTS::Bcf::Record @@ -2175,7 +2199,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • #cigar HTS::Bam @@ -2183,7 +2207,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • #cigar HTS::Bam::Record @@ -2191,7 +2215,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • #cigar= HTS::Bam::Record @@ -2199,7 +2223,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • #clear_id HTS::Bcf::Record @@ -2207,7 +2231,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • #close HTS::Bam @@ -2215,7 +2239,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • #close HTS::Bcf @@ -2223,7 +2247,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • #close HTS::Hts @@ -2231,7 +2255,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • #close HTS::Faidx @@ -2239,7 +2263,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • #closed? HTS::Hts @@ -2247,7 +2271,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • #closed? HTS::Faidx @@ -2255,7 +2279,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • cram_block_append HTS::LibHTS @@ -2263,7 +2287,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • cram_block_get_comp_size HTS::LibHTS @@ -2271,7 +2295,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • cram_block_get_content_id HTS::LibHTS @@ -2279,7 +2303,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • cram_block_get_content_type HTS::LibHTS @@ -2287,7 +2311,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • cram_block_get_crc32 HTS::LibHTS @@ -2295,7 +2319,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • cram_block_get_data HTS::LibHTS @@ -2303,7 +2327,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • cram_block_get_method HTS::LibHTS @@ -2311,7 +2335,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • cram_block_get_offset HTS::LibHTS @@ -2319,7 +2343,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • cram_block_get_uncomp_size HTS::LibHTS @@ -2327,7 +2351,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • cram_block_set_comp_size HTS::LibHTS @@ -2335,7 +2359,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • cram_block_set_content_id HTS::LibHTS @@ -2343,7 +2367,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • cram_block_set_crc32 HTS::LibHTS @@ -2351,7 +2375,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • cram_block_set_data HTS::LibHTS @@ -2359,7 +2383,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • cram_block_set_offset HTS::LibHTS @@ -2367,7 +2391,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • cram_block_set_uncomp_size HTS::LibHTS @@ -2375,7 +2399,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • cram_block_size HTS::LibHTS @@ -2383,7 +2407,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • cram_block_update_size HTS::LibHTS @@ -2391,7 +2415,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • cram_check_EOF HTS::LibHTS @@ -2399,7 +2423,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • cram_close HTS::LibHTS @@ -2407,7 +2431,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • cram_compress_block HTS::LibHTS @@ -2415,7 +2439,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • cram_container_get_landmarks HTS::LibHTS @@ -2423,7 +2447,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • cram_container_get_length HTS::LibHTS @@ -2431,7 +2455,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • cram_container_get_num_bases HTS::LibHTS @@ -2439,7 +2463,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • cram_container_get_num_blocks HTS::LibHTS @@ -2447,7 +2471,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • cram_container_get_num_records HTS::LibHTS @@ -2455,7 +2479,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • cram_container_is_empty HTS::LibHTS @@ -2463,7 +2487,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • cram_container_set_landmarks HTS::LibHTS @@ -2471,7 +2495,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • cram_container_set_length HTS::LibHTS @@ -2479,7 +2503,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • cram_container_set_num_blocks HTS::LibHTS @@ -2487,7 +2511,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • cram_container_size HTS::LibHTS @@ -2495,7 +2519,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • cram_copy_slice HTS::LibHTS @@ -2503,7 +2527,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • cram_decode_slice_header HTS::LibHTS @@ -2511,7 +2535,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • cram_dopen HTS::LibHTS @@ -2519,7 +2543,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • cram_eof HTS::LibHTS @@ -2527,7 +2551,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • cram_fd_get_fp HTS::LibHTS @@ -2535,7 +2559,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • cram_fd_get_header HTS::LibHTS @@ -2543,7 +2567,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • cram_fd_get_version HTS::LibHTS @@ -2551,7 +2575,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • cram_fd_set_fp HTS::LibHTS @@ -2559,7 +2583,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • cram_fd_set_header HTS::LibHTS @@ -2567,7 +2591,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • cram_fd_set_version HTS::LibHTS @@ -2575,7 +2599,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • cram_flush HTS::LibHTS @@ -2583,7 +2607,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • cram_free_block HTS::LibHTS @@ -2591,7 +2615,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • cram_free_container HTS::LibHTS @@ -2599,7 +2623,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • cram_free_slice_header HTS::LibHTS @@ -2607,7 +2631,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • cram_get_refs HTS::LibHTS @@ -2615,7 +2639,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • cram_major_vers HTS::LibHTS @@ -2623,7 +2647,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • cram_minor_vers HTS::LibHTS @@ -2631,7 +2655,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • cram_new_block HTS::LibHTS @@ -2639,7 +2663,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • cram_new_container HTS::LibHTS @@ -2647,7 +2671,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • cram_open HTS::LibHTS @@ -2655,7 +2679,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • cram_read_block HTS::LibHTS @@ -2663,7 +2687,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • cram_read_container HTS::LibHTS @@ -2671,7 +2695,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • cram_seek HTS::LibHTS @@ -2679,7 +2703,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • cram_set_header HTS::LibHTS @@ -2687,7 +2711,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • cram_set_option HTS::LibHTS @@ -2695,7 +2719,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • cram_set_voption HTS::LibHTS @@ -2703,7 +2727,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • cram_slice_hdr_get_coords HTS::LibHTS @@ -2711,7 +2735,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • cram_slice_hdr_get_embed_ref_id HTS::LibHTS @@ -2719,7 +2743,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • cram_slice_hdr_get_num_blocks HTS::LibHTS @@ -2727,7 +2751,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • cram_store_container HTS::LibHTS @@ -2735,7 +2759,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • cram_transcode_rg HTS::LibHTS @@ -2743,7 +2767,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • cram_uncompress_block HTS::LibHTS @@ -2751,7 +2775,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • cram_write_block HTS::LibHTS @@ -2759,7 +2783,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • cram_write_container HTS::LibHTS @@ -2767,7 +2791,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • #delete HTS::Bcf::Header @@ -2775,7 +2799,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • #duplicate? HTS::Bam::Flag @@ -2783,7 +2807,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • #each HTS::Bam @@ -2791,7 +2815,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • #each HTS::Bcf @@ -2799,7 +2823,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • #each HTS::Bam::Aux @@ -2807,7 +2831,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • #each HTS::Bam::Cigar @@ -2815,7 +2839,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • #each_alt HTS::Bcf @@ -2823,7 +2847,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • #each_aux HTS::Bam @@ -2831,7 +2855,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • #each_chrom HTS::Bam @@ -2839,7 +2863,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • #each_chrom HTS::Bcf @@ -2847,7 +2871,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • #each_cigar HTS::Bam @@ -2855,7 +2879,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • #each_endpos HTS::Bcf @@ -2863,7 +2887,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • #each_filter HTS::Bcf @@ -2871,7 +2895,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • #each_flag HTS::Bam @@ -2879,7 +2903,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • #each_format HTS::Bcf @@ -2887,7 +2911,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • #each_id HTS::Bcf @@ -2895,7 +2919,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • #each_info HTS::Bcf @@ -2903,7 +2927,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • #each_insert_size HTS::Bam @@ -2911,7 +2935,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • #each_mapq HTS::Bam @@ -2919,7 +2943,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • #each_mate_chrom HTS::Bam @@ -2927,7 +2951,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • #each_mate_pos HTS::Bam @@ -2935,7 +2959,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • #each_pos HTS::Bam @@ -2943,7 +2967,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • #each_pos HTS::Bcf @@ -2951,7 +2975,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • #each_qname HTS::Bam @@ -2959,7 +2983,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • #each_qual HTS::Bam @@ -2967,7 +2991,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • #each_qual HTS::Bcf @@ -2975,7 +2999,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • #each_ref HTS::Bcf @@ -2983,7 +3007,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • #each_seq HTS::Bam @@ -2991,7 +3015,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • #endpos HTS::Bcf @@ -2999,7 +3023,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • #endpos HTS::Bam::Record @@ -3007,7 +3031,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • #endpos HTS::Bcf::Record @@ -3015,7 +3039,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • #eql? HTS::Bam::Cigar @@ -3023,7 +3047,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • errmod_cal HTS::LibHTS @@ -3031,7 +3055,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • errmod_destroy HTS::LibHTS @@ -3039,7 +3063,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • errmod_init HTS::LibHTS @@ -3047,7 +3071,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • #fai= HTS::Hts @@ -3055,7 +3079,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • fai_build HTS::LibHTS @@ -3063,7 +3087,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • fai_build3 HTS::LibHTS @@ -3071,7 +3095,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • fai_destroy HTS::LibHTS @@ -3079,7 +3103,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • fai_fetch HTS::LibHTS @@ -3087,7 +3111,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • fai_fetch64 HTS::LibHTS @@ -3095,7 +3119,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • fai_fetchqual HTS::LibHTS @@ -3103,7 +3127,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • fai_fetchqual64 HTS::LibHTS @@ -3111,7 +3135,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • fai_load HTS::LibHTS @@ -3119,7 +3143,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • fai_load3 HTS::LibHTS @@ -3127,7 +3151,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • fai_load3_format HTS::LibHTS @@ -3135,7 +3159,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • fai_load_format HTS::LibHTS @@ -3143,7 +3167,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • fai_parse_region HTS::LibHTS @@ -3151,7 +3175,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • fai_path HTS::LibHTS @@ -3159,7 +3183,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • fai_set_cache_size HTS::LibHTS @@ -3167,7 +3191,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • #faidx HTS::Faidx::Sequence @@ -3175,7 +3199,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • faidx_fetch_nseq HTS::LibHTS @@ -3183,7 +3207,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • faidx_fetch_qual HTS::LibHTS @@ -3191,7 +3215,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • faidx_fetch_qual64 HTS::LibHTS @@ -3199,7 +3223,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • faidx_fetch_seq HTS::LibHTS @@ -3207,7 +3231,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • faidx_fetch_seq64 HTS::LibHTS @@ -3215,7 +3239,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • faidx_has_seq HTS::LibHTS @@ -3223,7 +3247,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • faidx_iseq HTS::LibHTS @@ -3231,7 +3255,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • faidx_nseq HTS::LibHTS @@ -3239,7 +3263,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • faidx_seq_len HTS::LibHTS @@ -3247,7 +3271,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • #fetch_qual HTS::Faidx @@ -3255,7 +3279,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • #fetch_seq HTS::Faidx @@ -3263,7 +3287,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • #fields HTS::Bcf::Info @@ -3271,7 +3295,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • #fields HTS::Bcf::Format @@ -3279,7 +3303,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • #file_format HTS::Hts @@ -3287,7 +3311,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • #file_format HTS::Faidx @@ -3295,7 +3319,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • #file_format_version HTS::Hts @@ -3303,7 +3327,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • #file_name HTS::Bam @@ -3311,7 +3335,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • #file_name HTS::Bcf @@ -3319,7 +3343,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • #file_name HTS::Faidx @@ -3327,7 +3351,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • #file_name HTS::Tabix @@ -3335,7 +3359,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • #filter HTS::Bcf @@ -3343,7 +3367,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • #filter HTS::Bcf::Record @@ -3351,7 +3375,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • #find_key HTS::Bcf::HeaderRecord @@ -3359,7 +3383,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • #find_line HTS::Bam::Header @@ -3367,7 +3391,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • #find_line_at HTS::Bam::Header @@ -3375,7 +3399,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • #first HTS::Bam::Aux @@ -3383,7 +3407,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • #flag HTS::Bam @@ -3391,7 +3415,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • #flag HTS::Bam::Record @@ -3399,7 +3423,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • #flag= HTS::Bam::Record @@ -3407,7 +3431,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • #format HTS::Bcf @@ -3415,7 +3439,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • #format HTS::Bcf::Record @@ -3423,7 +3447,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • #get HTS::Bam::Aux @@ -3431,7 +3455,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • #get HTS::Bcf::Info @@ -3439,7 +3463,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • #get HTS::Bcf::Format @@ -3447,7 +3471,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • #get_flag HTS::Bcf::Info @@ -3455,7 +3479,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • #get_flag HTS::Bcf::Format @@ -3463,7 +3487,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • #get_float HTS::Bam::Aux @@ -3471,7 +3495,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • #get_float HTS::Bcf::Info @@ -3479,7 +3503,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • #get_float HTS::Bcf::Format @@ -3487,7 +3511,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • #get_hrec HTS::Bcf::Header @@ -3495,7 +3519,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • #get_int HTS::Bam::Aux @@ -3503,7 +3527,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • #get_int HTS::Bcf::Info @@ -3511,7 +3535,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • #get_int HTS::Bcf::Format @@ -3519,7 +3543,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • #get_string HTS::Bam::Aux @@ -3527,7 +3551,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • #get_string HTS::Bcf::Info @@ -3535,7 +3559,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • #get_string HTS::Bcf::Format @@ -3543,7 +3567,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • #get_tid HTS::Bam::Header @@ -3551,7 +3575,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • #get_version HTS::Bcf::Header @@ -3559,7 +3583,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • haddextension HTS::LibHTS @@ -3567,7 +3591,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • #has_flag? HTS::Bam::Flag @@ -3575,7 +3599,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • #has_key? HTS::Faidx @@ -3583,7 +3607,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • hclose HTS::LibHTS @@ -3591,7 +3615,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • hclose_abruptly HTS::LibHTS @@ -3599,7 +3623,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • hdopen HTS::LibHTS @@ -3607,7 +3631,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • #header HTS::Bam @@ -3615,7 +3639,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • #header HTS::Bcf @@ -3623,7 +3647,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • #header HTS::Bam::Record @@ -3631,7 +3655,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • #header HTS::Bcf::Record @@ -3639,7 +3663,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • hfile_has_plugin HTS::LibHTS @@ -3647,7 +3671,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • hfile_list_plugins HTS::LibHTS @@ -3655,7 +3679,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • hfile_list_schemes HTS::LibHTS @@ -3663,7 +3687,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • hfile_mem_get_buffer HTS::LibHTS @@ -3671,7 +3695,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • hfile_mem_steal_buffer HTS::LibHTS @@ -3679,7 +3703,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • hflush HTS::LibHTS @@ -3687,7 +3711,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • hgetdelim HTS::LibHTS @@ -3695,7 +3719,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • hgets HTS::LibHTS @@ -3703,7 +3727,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • hisremote HTS::LibHTS @@ -3711,7 +3735,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • hopen HTS::LibHTS @@ -3719,7 +3743,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • hpeek HTS::LibHTS @@ -3727,7 +3751,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • hrec_add_idx HTS::LibHTS @@ -3735,7 +3759,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • hseek HTS::LibHTS @@ -3743,7 +3767,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • htell HTS::LibHTS @@ -3751,7 +3775,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • hts_base_mod_state_alloc HTS::LibHTS @@ -3759,7 +3783,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • hts_base_mod_state_free HTS::LibHTS @@ -3767,7 +3791,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • hts_check_EOF HTS::LibHTS @@ -3775,7 +3799,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • hts_close HTS::LibHTS @@ -3783,7 +3807,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • hts_detect_format HTS::LibHTS @@ -3791,7 +3815,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • hts_detect_format2 HTS::LibHTS @@ -3799,7 +3823,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • hts_feature_string HTS::LibHTS @@ -3807,7 +3831,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • hts_features HTS::LibHTS @@ -3815,7 +3839,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • hts_flush HTS::LibHTS @@ -3823,7 +3847,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • hts_format_description HTS::LibHTS @@ -3831,7 +3855,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • hts_format_file_extension HTS::LibHTS @@ -3839,7 +3863,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • hts_free HTS::LibHTS @@ -3847,7 +3871,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • hts_get_bgzfp HTS::LibHTS @@ -3855,7 +3879,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • hts_get_format HTS::LibHTS @@ -3863,7 +3887,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • hts_get_log_level HTS::LibHTS @@ -3871,7 +3895,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • hts_getline HTS::LibHTS @@ -3879,7 +3903,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • hts_hopen HTS::LibHTS @@ -3887,7 +3911,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • hts_idx_destroy HTS::LibHTS @@ -3895,7 +3919,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • hts_idx_finish HTS::LibHTS @@ -3903,7 +3927,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • hts_idx_fmt HTS::LibHTS @@ -3911,7 +3935,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • hts_idx_get_meta HTS::LibHTS @@ -3919,7 +3943,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • hts_idx_get_n_no_coor HTS::LibHTS @@ -3927,7 +3951,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • hts_idx_get_stat HTS::LibHTS @@ -3935,7 +3959,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • hts_idx_init HTS::LibHTS @@ -3943,7 +3967,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • hts_idx_load HTS::LibHTS @@ -3951,7 +3975,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • hts_idx_load2 HTS::LibHTS @@ -3959,7 +3983,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • hts_idx_load3 HTS::LibHTS @@ -3967,7 +3991,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • hts_idx_nseq HTS::LibHTS @@ -3975,7 +3999,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • hts_idx_push HTS::LibHTS @@ -3983,7 +4007,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • hts_idx_save HTS::LibHTS @@ -3991,7 +4015,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • hts_idx_save_as HTS::LibHTS @@ -3999,7 +4023,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • hts_idx_seqnames HTS::LibHTS @@ -4007,7 +4031,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • hts_idx_set_meta HTS::LibHTS @@ -4015,7 +4039,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • hts_idx_tbi_name HTS::LibHTS @@ -4023,7 +4047,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • hts_itr_destroy HTS::LibHTS @@ -4031,7 +4055,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • hts_itr_multi_bam HTS::LibHTS @@ -4039,7 +4063,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • hts_itr_multi_cram HTS::LibHTS @@ -4047,7 +4071,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • hts_itr_multi_next HTS::LibHTS @@ -4055,7 +4079,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • hts_itr_next HTS::LibHTS @@ -4063,7 +4087,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • hts_itr_query HTS::LibHTS @@ -4071,7 +4095,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • hts_itr_querys HTS::LibHTS @@ -4079,7 +4103,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • hts_itr_regions HTS::LibHTS @@ -4087,7 +4111,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • hts_lib_shutdown HTS::LibHTS @@ -4095,7 +4119,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • hts_md5_destroy HTS::LibHTS @@ -4103,7 +4127,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • hts_md5_final HTS::LibHTS @@ -4111,7 +4135,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • hts_md5_hex HTS::LibHTS @@ -4119,7 +4143,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • hts_md5_init HTS::LibHTS @@ -4127,7 +4151,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • hts_md5_reset HTS::LibHTS @@ -4135,7 +4159,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • hts_md5_update HTS::LibHTS @@ -4143,7 +4167,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • hts_open HTS::LibHTS @@ -4151,7 +4175,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • hts_open_format HTS::LibHTS @@ -4159,7 +4183,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • hts_opt_add HTS::LibHTS @@ -4167,7 +4191,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • hts_opt_apply HTS::LibHTS @@ -4175,7 +4199,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • hts_opt_free HTS::LibHTS @@ -4183,7 +4207,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • hts_parse_decimal HTS::LibHTS @@ -4191,7 +4215,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • hts_parse_format HTS::LibHTS @@ -4199,7 +4223,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • hts_parse_opt_list HTS::LibHTS @@ -4207,7 +4231,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • hts_parse_reg HTS::LibHTS @@ -4215,7 +4239,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • hts_parse_reg64 HTS::LibHTS @@ -4223,7 +4247,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • hts_parse_region HTS::LibHTS @@ -4231,7 +4255,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • hts_readlines HTS::LibHTS @@ -4239,7 +4263,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • hts_readlist HTS::LibHTS @@ -4247,7 +4271,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • hts_reglist_create HTS::LibHTS @@ -4255,7 +4279,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • hts_reglist_free HTS::LibHTS @@ -4263,7 +4287,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • hts_set_cache_size HTS::LibHTS @@ -4271,7 +4295,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • hts_set_fai_filename HTS::LibHTS @@ -4279,7 +4303,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • hts_set_filter_expression HTS::LibHTS @@ -4287,7 +4311,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • hts_set_log_level HTS::LibHTS @@ -4295,7 +4319,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • hts_set_opt HTS::LibHTS @@ -4303,7 +4327,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • hts_set_thread_pool HTS::LibHTS @@ -4311,7 +4335,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • hts_set_threads HTS::LibHTS @@ -4319,7 +4343,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • hts_test_feature HTS::LibHTS @@ -4327,7 +4351,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • hts_tpool_delete_result HTS::LibHTS @@ -4335,7 +4359,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • hts_tpool_destroy HTS::LibHTS @@ -4343,7 +4367,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • hts_tpool_dispatch HTS::LibHTS @@ -4351,7 +4375,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • hts_tpool_dispatch2 HTS::LibHTS @@ -4359,7 +4383,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • hts_tpool_dispatch3 HTS::LibHTS @@ -4367,7 +4391,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • hts_tpool_init HTS::LibHTS @@ -4375,7 +4399,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • hts_tpool_kill HTS::LibHTS @@ -4383,7 +4407,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • hts_tpool_next_result HTS::LibHTS @@ -4391,7 +4415,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • hts_tpool_next_result_wait HTS::LibHTS @@ -4399,7 +4423,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • hts_tpool_process_attach HTS::LibHTS @@ -4407,7 +4431,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • hts_tpool_process_destroy HTS::LibHTS @@ -4415,7 +4439,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • hts_tpool_process_detach HTS::LibHTS @@ -4423,7 +4447,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • hts_tpool_process_empty HTS::LibHTS @@ -4431,7 +4455,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • hts_tpool_process_flush HTS::LibHTS @@ -4439,7 +4463,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • hts_tpool_process_init HTS::LibHTS @@ -4447,7 +4471,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • hts_tpool_process_is_shutdown HTS::LibHTS @@ -4455,7 +4479,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • hts_tpool_process_len HTS::LibHTS @@ -4463,7 +4487,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • hts_tpool_process_qsize HTS::LibHTS @@ -4471,7 +4495,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • hts_tpool_process_ref_decr HTS::LibHTS @@ -4479,7 +4503,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • hts_tpool_process_ref_incr HTS::LibHTS @@ -4487,7 +4511,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • hts_tpool_process_reset HTS::LibHTS @@ -4495,7 +4519,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • hts_tpool_process_shutdown HTS::LibHTS @@ -4503,7 +4527,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • hts_tpool_process_sz HTS::LibHTS @@ -4511,7 +4535,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • hts_tpool_result_data HTS::LibHTS @@ -4519,7 +4543,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • hts_tpool_size HTS::LibHTS @@ -4527,7 +4551,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • hts_tpool_wake_dispatch HTS::LibHTS @@ -4535,7 +4559,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • hts_version HTS::LibHTS @@ -4543,7 +4567,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • #id HTS::Bcf @@ -4551,7 +4575,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • #id HTS::Bcf::Record @@ -4559,7 +4583,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • #id2name HTS::Bcf::Header @@ -4567,7 +4591,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • #id= HTS::Bcf::Record @@ -4575,7 +4599,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • #index_loaded? HTS::Bam @@ -4583,7 +4607,7 @@

    Method List

    • -
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  • #index_loaded? HTS::Bcf @@ -4591,7 +4615,7 @@

    Method List

    • -
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  • #index_loaded? HTS::Tabix @@ -4599,7 +4623,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • #index_name HTS::Bam @@ -4607,7 +4631,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • #index_name HTS::Bcf @@ -4615,7 +4639,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • #index_name HTS::Tabix @@ -4623,7 +4647,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • #info HTS::Bcf @@ -4631,7 +4655,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • #info HTS::Bcf::Record @@ -4639,7 +4663,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • #initialize HTS::Bam @@ -4647,7 +4671,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • #initialize HTS::Bcf @@ -4655,7 +4679,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • #initialize HTS::Hts @@ -4663,7 +4687,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • #initialize HTS::Faidx @@ -4671,7 +4695,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • #initialize HTS::Tabix @@ -4679,7 +4703,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • #initialize HTS::Bam::Aux @@ -4687,7 +4711,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • #initialize HTS::Bam::Flag @@ -4695,7 +4719,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • #initialize HTS::Bcf::Info @@ -4703,7 +4727,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • #initialize HTS::Bam::Cigar @@ -4711,7 +4735,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • #initialize HTS::Bam::Header @@ -4719,7 +4743,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • #initialize HTS::Bam::Record @@ -4727,7 +4751,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • #initialize HTS::Bcf::Format @@ -4735,7 +4759,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • #initialize HTS::Bcf::Header @@ -4743,7 +4767,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • #initialize HTS::Bcf::Record @@ -4751,7 +4775,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • #initialize HTS::Faidx::Sequence @@ -4759,7 +4783,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • #initialize HTS::Bam::HeaderRecord @@ -4767,7 +4791,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • #initialize HTS::Bcf::HeaderRecord @@ -4775,7 +4799,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • #insert_size HTS::Bam @@ -4783,7 +4807,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • #insert_size HTS::Bam::Record @@ -4791,7 +4815,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • #insert_size= HTS::Bam::Record @@ -4799,7 +4823,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • int32_put_blk HTS::LibHTS @@ -4807,7 +4831,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • kf_betai HTS::LibHTS @@ -4815,7 +4839,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • kf_erfc HTS::LibHTS @@ -4823,7 +4847,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • kf_gammap HTS::LibHTS @@ -4831,7 +4855,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • kf_gammaq HTS::LibHTS @@ -4839,7 +4863,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • kf_lgamma HTS::LibHTS @@ -4847,7 +4871,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • kt_fisher_exact HTS::LibHTS @@ -4855,7 +4879,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • #len HTS::Bam::Record @@ -4863,7 +4887,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • #length HTS::Faidx @@ -4871,7 +4895,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • #length HTS::Bcf::Info @@ -4879,7 +4903,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • #length HTS::Bcf::Format @@ -4887,7 +4911,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • #length HTS::Faidx::Sequence @@ -4895,7 +4919,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • lib_path HTS @@ -4903,7 +4927,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • #load_index HTS::Bam @@ -4911,7 +4935,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • #load_index HTS::Bcf @@ -4919,7 +4943,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • #load_index HTS::Tabix @@ -4927,7 +4951,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • #mapq HTS::Bam @@ -4935,7 +4959,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • #mapq HTS::Bam::Record @@ -4943,7 +4967,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • #mapq= HTS::Bam::Record @@ -4951,7 +4975,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • #mate_chrom HTS::Bam @@ -4959,7 +4983,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • #mate_chrom HTS::Bam::Record @@ -4967,7 +4991,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • #mate_pos HTS::Bam @@ -4975,7 +4999,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • #mate_pos HTS::Bam::Record @@ -4983,7 +5007,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • #mate_pos= HTS::Bam::Record @@ -4991,7 +5015,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • #mate_reverse? HTS::Bam::Flag @@ -4999,7 +5023,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • #mate_strand HTS::Bam::Record @@ -5007,7 +5031,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • #mate_unmapped? HTS::Bam::Flag @@ -5015,7 +5039,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • #merge HTS::Bcf::Header @@ -5023,7 +5047,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • #mode HTS::Bam @@ -5031,7 +5055,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • #mode HTS::Bcf @@ -5039,7 +5063,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • #mode HTS::Tabix @@ -5047,7 +5071,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • #mtid HTS::Bam::Record @@ -5055,7 +5079,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • #mtid= HTS::Bam::Record @@ -5063,7 +5087,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • #name HTS::Faidx::Sequence @@ -5071,7 +5095,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • #name2id HTS::Tabix @@ -5079,7 +5103,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • #name2id HTS::Bcf::Header @@ -5087,7 +5111,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • #names HTS::Faidx @@ -5095,7 +5119,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • #nsamples HTS::Bcf @@ -5103,7 +5127,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • #nsamples HTS::Bcf::Header @@ -5111,7 +5135,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • #nthreads HTS::Bam @@ -5119,7 +5143,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • #nthreads HTS::Bcf @@ -5127,7 +5151,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • #nthreads HTS::Tabix @@ -5135,7 +5159,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • open HTS::Bam @@ -5143,7 +5167,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • open HTS::Bcf @@ -5151,7 +5175,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • open HTS::Faidx @@ -5159,7 +5183,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • open HTS::Tabix @@ -5167,7 +5191,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • #paired? HTS::Bam::Flag @@ -5175,7 +5199,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • parse HTS::Bam::Cigar @@ -5183,7 +5207,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • parse HTS::Bam::Header @@ -5191,7 +5215,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • #pos HTS::Bam @@ -5199,7 +5223,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • #pos HTS::Bcf @@ -5207,7 +5231,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • #pos HTS::Bam::Record @@ -5215,7 +5239,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • #pos HTS::Bcf::Record @@ -5223,7 +5247,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • #pos= HTS::Bam::Record @@ -5231,7 +5255,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • #pos= HTS::Bcf::Record @@ -5239,7 +5263,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • probaln_glocal HTS::LibHTS @@ -5247,7 +5271,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • #proper_pair? HTS::Bam::Flag @@ -5255,7 +5279,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • #qcfail? HTS::Bam::Flag @@ -5263,7 +5287,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • #qlen HTS::Bam::Cigar @@ -5271,7 +5295,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • #qlen HTS::Bam::Record @@ -5279,7 +5303,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • #qname HTS::Bam @@ -5287,7 +5311,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • #qname HTS::Bam::Record @@ -5295,7 +5319,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • #qname= HTS::Bam::Record @@ -5303,7 +5327,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • #qual HTS::Bam @@ -5311,7 +5335,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • #qual HTS::Bcf @@ -5319,7 +5343,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • #qual HTS::Bam::Record @@ -5327,7 +5351,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • #qual HTS::Bcf::Record @@ -5335,7 +5359,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • #qual HTS::Faidx::Sequence @@ -5343,7 +5367,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • #qual= HTS::Bcf::Record @@ -5351,7 +5375,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • #qual_string HTS::Bam::Record @@ -5359,7 +5383,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • #query HTS::Bam @@ -5367,7 +5391,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • #query HTS::Bcf @@ -5375,7 +5399,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • #query HTS::Tabix @@ -5383,7 +5407,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • #read1? HTS::Bam::Flag @@ -5391,7 +5415,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • #read2? HTS::Bam::Flag @@ -5399,7 +5423,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • #read_array_of_struct FFI::Pointer @@ -5407,7 +5431,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • #read_bcf HTS::Bcf::Header @@ -5415,7 +5439,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • #record HTS::Bam::Aux @@ -5423,7 +5447,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • #ref HTS::Bcf @@ -5431,7 +5455,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • #ref HTS::Bcf::Record @@ -5439,7 +5463,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • release HTS::LibHTS::HtsIdx @@ -5447,7 +5471,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • release HTS::LibHTS::SamHdr @@ -5455,7 +5479,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • release HTS::LibHTS::HtsTpool @@ -5463,7 +5487,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • release HTS::LibHTS::HtsItr @@ -5471,7 +5495,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • release HTS::LibHTS::Bam1 @@ -5479,7 +5503,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • release HTS::LibHTS::Tbx @@ -5487,7 +5511,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • release HTS::LibHTS::Faidx @@ -5495,7 +5519,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • release HTS::LibHTS::BcfHrec @@ -5503,7 +5527,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • release HTS::LibHTS::BcfHdr @@ -5511,7 +5535,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • release HTS::LibHTS::Bcf1 @@ -5519,7 +5543,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • #remove_line HTS::Bam::Header @@ -5527,7 +5551,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • #remove_line_at HTS::Bam::Header @@ -5535,7 +5559,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • #reverse? HTS::Bam::Flag @@ -5543,7 +5567,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • #rewind HTS::Hts @@ -5551,7 +5575,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • #rid HTS::Bcf::Record @@ -5559,7 +5583,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • #rid= HTS::Bcf::Record @@ -5567,7 +5591,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • #rlen HTS::Bam::Cigar @@ -5575,7 +5599,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • #rlen HTS::Bam::Record @@ -5583,7 +5607,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • sam_cap_mapq HTS::LibHTS @@ -5591,7 +5615,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • sam_format1 HTS::LibHTS @@ -5599,7 +5623,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • sam_hdr_add_line HTS::LibHTS @@ -5607,7 +5631,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • sam_hdr_add_lines HTS::LibHTS @@ -5615,7 +5639,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • sam_hdr_add_pg HTS::LibHTS @@ -5623,7 +5647,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • sam_hdr_change_HD HTS::LibHTS @@ -5631,7 +5655,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • sam_hdr_count_lines HTS::LibHTS @@ -5639,7 +5663,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • sam_hdr_destroy HTS::LibHTS @@ -5647,7 +5671,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • sam_hdr_dup HTS::LibHTS @@ -5655,7 +5679,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • sam_hdr_find_hd HTS::LibHTS @@ -5663,7 +5687,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • sam_hdr_find_line_id HTS::LibHTS @@ -5671,7 +5695,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • sam_hdr_find_line_pos HTS::LibHTS @@ -5679,7 +5703,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • sam_hdr_find_tag_hd HTS::LibHTS @@ -5687,7 +5711,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • sam_hdr_find_tag_id HTS::LibHTS @@ -5695,7 +5719,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • sam_hdr_find_tag_pos HTS::LibHTS @@ -5703,7 +5727,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • sam_hdr_incr_ref HTS::LibHTS @@ -5711,7 +5735,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • sam_hdr_init HTS::LibHTS @@ -5719,7 +5743,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • sam_hdr_length HTS::LibHTS @@ -5727,7 +5751,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • sam_hdr_line_index HTS::LibHTS @@ -5735,7 +5759,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • sam_hdr_line_name HTS::LibHTS @@ -5743,7 +5767,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • sam_hdr_name2tid HTS::LibHTS @@ -5751,7 +5775,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • sam_hdr_nref HTS::LibHTS @@ -5759,7 +5783,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • sam_hdr_parse HTS::LibHTS @@ -5767,7 +5791,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • sam_hdr_pg_id HTS::LibHTS @@ -5775,7 +5799,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • sam_hdr_read HTS::LibHTS @@ -5783,7 +5807,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • sam_hdr_remove_except HTS::LibHTS @@ -5791,7 +5815,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • sam_hdr_remove_line_id HTS::LibHTS @@ -5799,7 +5823,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • sam_hdr_remove_line_pos HTS::LibHTS @@ -5807,7 +5831,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • sam_hdr_remove_lines HTS::LibHTS @@ -5815,7 +5839,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • sam_hdr_remove_tag_hd HTS::LibHTS @@ -5823,7 +5847,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • sam_hdr_remove_tag_id HTS::LibHTS @@ -5831,7 +5855,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • sam_hdr_str HTS::LibHTS @@ -5839,7 +5863,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • sam_hdr_tid2len HTS::LibHTS @@ -5847,7 +5871,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • sam_hdr_tid2name HTS::LibHTS @@ -5855,7 +5879,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • sam_hdr_update_hd HTS::LibHTS @@ -5863,7 +5887,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • sam_hdr_update_line HTS::LibHTS @@ -5871,7 +5895,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • sam_hdr_write HTS::LibHTS @@ -5879,7 +5903,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • sam_idx_init HTS::LibHTS @@ -5887,7 +5911,7 @@

    Method List

    • -
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  • sam_idx_save HTS::LibHTS @@ -5895,7 +5919,7 @@

    Method List

    • -
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  • sam_index_build HTS::LibHTS @@ -5903,7 +5927,7 @@

    Method List

    • -
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    Method List

    • -
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    Method List

    • -
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    Method List

    • -
  • +
  • sam_index_load2 HTS::LibHTS @@ -5935,7 +5959,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • sam_index_load3 HTS::LibHTS @@ -5943,7 +5967,7 @@

    Method List

    • -
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  • sam_itr_next HTS::LibHTS @@ -5951,7 +5975,7 @@

    Method List

    • -
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  • sam_itr_queryi HTS::LibHTS @@ -5959,7 +5983,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • sam_itr_querys HTS::LibHTS @@ -5967,7 +5991,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • sam_itr_regarray HTS::LibHTS @@ -5975,7 +5999,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • sam_itr_regions HTS::LibHTS @@ -5983,7 +6007,7 @@

    Method List

    • -
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  • sam_open_mode HTS::LibHTS @@ -5991,7 +6015,7 @@

    Method List

    • -
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    Method List

    • -
  • +
  • sam_parse1 HTS::LibHTS @@ -6007,7 +6031,7 @@

    Method List

    • -
  • +
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    Method List

    • -
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    Method List

    • -
  • +
  • sam_passes_filter HTS::LibHTS @@ -6031,7 +6055,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • sam_prob_realn HTS::LibHTS @@ -6039,7 +6063,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • sam_read1 HTS::LibHTS @@ -6047,7 +6071,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • sam_write1 HTS::LibHTS @@ -6055,7 +6079,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • #samples HTS::Bcf @@ -6063,7 +6087,7 @@

    Method List

    • -
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  • #samples HTS::Bcf::Header @@ -6071,7 +6095,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • search_htslib HTS @@ -6079,7 +6103,7 @@

    Method List

    • -
  • +
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    Method List

    • -
  • +
  • #secondary? HTS::Bam::Flag @@ -6095,7 +6119,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • #seek HTS::Hts @@ -6103,7 +6127,7 @@

    Method List

    • -
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    Method List

    • -
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  • #seq HTS::Bam::Record @@ -6119,7 +6143,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • #seq HTS::Faidx::Sequence @@ -6127,7 +6151,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • #seq_len HTS::Faidx @@ -6135,7 +6159,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • #seqnames HTS::Tabix @@ -6143,7 +6167,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • #seqnames HTS::Bcf::Header @@ -6151,7 +6175,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • #set_threads HTS::Hts @@ -6159,7 +6183,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • #set_value HTS::Bcf::HeaderRecord @@ -6167,7 +6191,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • #set_version HTS::Bcf::Header @@ -6175,7 +6199,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • #size HTS::Bcf::Info @@ -6183,7 +6207,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • #size HTS::Bcf::Format @@ -6191,7 +6215,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • #strand HTS::Bam::Record @@ -6199,7 +6223,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • stringify_argv HTS::LibHTS @@ -6207,7 +6231,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • #struct HTS::Hts @@ -6215,7 +6239,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • #struct HTS::Faidx @@ -6223,7 +6247,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • #struct HTS::Bam::Header @@ -6231,7 +6255,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • #struct HTS::Bam::Record @@ -6239,7 +6263,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • #struct HTS::Bcf::Header @@ -6247,7 +6271,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • #struct HTS::Bcf::Record @@ -6255,7 +6279,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • #struct HTS::Bcf::HeaderRecord @@ -6263,7 +6287,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • struct_layout FFI::Struct @@ -6271,7 +6295,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • #supplementary? HTS::Bam::Flag @@ -6279,7 +6303,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • #sync HTS::Bcf::Header @@ -6287,7 +6311,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • #target_count HTS::Bam::Header @@ -6295,7 +6319,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • #target_len HTS::Bam::Header @@ -6303,7 +6327,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • #target_name HTS::Bam::Header @@ -6311,7 +6335,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • #target_names HTS::Bam::Header @@ -6319,7 +6343,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • #targets HTS::Bam::Header @@ -6327,7 +6351,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • tbx_bgzf_itr_next HTS::LibHTS @@ -6335,7 +6359,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • tbx_destroy HTS::LibHTS @@ -6343,7 +6367,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • tbx_index HTS::LibHTS @@ -6351,7 +6375,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • tbx_index_build HTS::LibHTS @@ -6359,7 +6383,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • tbx_index_build2 HTS::LibHTS @@ -6367,7 +6391,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • tbx_index_build3 HTS::LibHTS @@ -6375,7 +6399,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • tbx_index_load HTS::LibHTS @@ -6383,7 +6407,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • tbx_index_load2 HTS::LibHTS @@ -6391,7 +6415,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • tbx_index_load3 HTS::LibHTS @@ -6399,7 +6423,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • tbx_itr_destroy HTS::LibHTS @@ -6407,7 +6431,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • tbx_itr_next HTS::LibHTS @@ -6415,7 +6439,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • tbx_itr_queryi HTS::LibHTS @@ -6423,7 +6447,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • tbx_itr_querys HTS::LibHTS @@ -6431,7 +6455,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • tbx_name2id HTS::LibHTS @@ -6439,7 +6463,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • tbx_readrec HTS::LibHTS @@ -6447,7 +6471,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • tbx_seqnames HTS::LibHTS @@ -6455,7 +6479,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • #tell HTS::Hts @@ -6463,7 +6487,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • #tid HTS::Bam::Record @@ -6471,7 +6495,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • #tid= HTS::Bam::Record @@ -6479,7 +6503,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • #to_h HTS::Bam::Aux @@ -6487,7 +6511,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • #to_h HTS::Bcf::Info @@ -6495,7 +6519,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • #to_h HTS::Bcf::Format @@ -6503,7 +6527,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • #to_i HTS::Bam::Flag @@ -6511,7 +6535,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • #to_ptr HTS::Hts @@ -6519,7 +6543,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • #to_ptr HTS::Bam::Header @@ -6527,7 +6551,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • #to_ptr HTS::Bam::Record @@ -6535,7 +6559,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • #to_ptr HTS::Bcf::Header @@ -6543,7 +6567,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • #to_ptr HTS::Bcf::Record @@ -6551,7 +6575,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • #to_s HTS::Bam::Flag @@ -6559,7 +6583,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • #to_s HTS::Bam::Cigar @@ -6567,7 +6591,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • #to_s HTS::Bam::Header @@ -6575,7 +6599,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • #to_s HTS::Bam::Record @@ -6583,7 +6607,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • #to_s HTS::Bcf::Header @@ -6591,7 +6615,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • #to_s HTS::Bcf::Record @@ -6599,7 +6623,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • #to_s HTS::Bcf::HeaderRecord @@ -6607,7 +6631,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • union_layout FFI::Struct @@ -6615,7 +6639,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • #unmapped? HTS::Bam::Flag @@ -6623,7 +6647,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • #value HTS::Bam::Flag @@ -6631,7 +6655,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • vcf_format HTS::LibHTS @@ -6639,7 +6663,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • vcf_hdr_read HTS::LibHTS @@ -6647,7 +6671,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • vcf_hdr_write HTS::LibHTS @@ -6655,7 +6679,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • vcf_open_mode HTS::LibHTS @@ -6663,7 +6687,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • vcf_parse HTS::LibHTS @@ -6671,7 +6695,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • vcf_read HTS::LibHTS @@ -6679,7 +6703,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • vcf_write HTS::LibHTS @@ -6687,7 +6711,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • vcf_write_line HTS::LibHTS @@ -6695,7 +6719,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • #write HTS::Bam @@ -6703,7 +6727,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • #write HTS::Bcf @@ -6711,7 +6735,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • #write HTS::Bam::Header @@ -6719,7 +6743,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • #write_header HTS::Bam @@ -6727,7 +6751,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • #write_header HTS::Bcf @@ -6735,7 +6759,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • #| HTS::Bam::Flag @@ -6743,7 +6767,7 @@

    Method List

    • -
  • +
  • #~ HTS::Bam::Flag diff --git a/top-level-namespace.html b/top-level-namespace.html index e11f4326..29d2e195 100644 --- a/top-level-namespace.html +++ b/top-level-namespace.html @@ -100,7 +100,7 @@

    Defined Under Namespace