Down_sample_3d.sh

#!/bin/bash



echo "fange an"

delta_x=$(3dinfo -di $1)
delta_y=$(3dinfo -dj $1)
delta_z=$(3dinfo -dk $1)

sdelta_x=$(echo "((sqrt($delta_x * $delta_x) * 4))"|bc -l)
sdelta_y=$(echo "((sqrt($delta_y * $delta_y) * 4))"|bc -l)
sdelta_z=$(echo "((sqrt($delta_z * $delta_z) * 4))"|bc -l)

echo "$sdelta_x"
echo "$sdelta_y"
echo "$sdelta_z"

3dresample -dxyz $sdelta_x $sdelta_y $sdelta_z -rmode Cu -overwrite -prefix dscaled_$1 -input $1 
#3dresample -dxyz $sdelta_x $sdelta_y $sdelta_z -rmode NN -overwrite -prefix scaled_$1 -input $1 

echo "############################################################"
echo "############################################################"
echo "##########################  BE AWARE #######################"
echo "############  AFNI SCREWS UP THE HEADER ####################"
echo "######## use fslcpgeom source.nii destination.nii ##########"
echo "#################  to fix it ###############################"
echo "############################################################"