Testes locais

[victorS7P]

Existe alguma forma de rodar os testes localmente, e de forma unitária?

[lmtani]

Olá @victorS7P , é possível rodar localmente sim. Aqui eu uso da seguinte forma:

Instale Docker (se já não tiver), geralmente eu uso o script que eles oferecem. Execute as etapas de configuração após instalação para poder usa-lo sem precisar de sudo.

Clone este repo (ou seu fork) e, em um ambiente Python (conda, por exemplo), experimente:

# instalar dependencias, no caso:
# miniwdl: programa mais simples do que o Cromwell para executar workflows WDL
# pytest-workflow: facilita a escrita de testes para workflows
pip install -r requirements.txt

# Entre no diretorio do workflow que vc deseja testar e execute:
pytest --keep-workflow-wd \
          --basetemp /tmp/outputs-dos-testes \
          --tag 'Teste da tarefa CalculateCoverages. Verifica a cobertura na região SRY do cromossomo Y.' \
          .

Dessa forma você irá executar apenas o teste com o nome passado pelo parâmetro --tag. Mais informações aqui na doc do pytest-workflow.

Depois nos diga se deu certo.

abs,

[victorS7P]

Perfeito, obrigado pela resposta!