From 714763990fd0d7838ad98b45cc89ef53be979383 Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: Lambda Moses Date: Wed, 15 Feb 2023 18:04:05 -0800 Subject: [PATCH] With the new ggplot2 version, hex works again --- .../testthat/_snaps/plot/cell-density-hex.svg | 3017 +++++++++++++++++ .../_snaps/plot/coldata-bin2d-with-hexbin.svg | 1792 ++++++++++ .../_snaps/plot/moran-plot-hex-bin.svg | 467 +++ tests/testthat/test-plot.R | 18 +- 4 files changed, 5285 insertions(+), 9 deletions(-) create mode 100644 tests/testthat/_snaps/plot/cell-density-hex.svg create mode 100644 tests/testthat/_snaps/plot/coldata-bin2d-with-hexbin.svg create mode 100644 tests/testthat/_snaps/plot/moran-plot-hex-bin.svg diff --git a/tests/testthat/_snaps/plot/cell-density-hex.svg b/tests/testthat/_snaps/plot/cell-density-hex.svg new file mode 100644 index 000000000..896b3133c --- /dev/null +++ b/tests/testthat/_snaps/plot/cell-density-hex.svg @@ -0,0 +1,3017 @@ + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + 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hex + + diff --git a/tests/testthat/_snaps/plot/coldata-bin2d-with-hexbin.svg b/tests/testthat/_snaps/plot/coldata-bin2d-with-hexbin.svg new file mode 100644 index 000000000..e4df52873 --- /dev/null +++ b/tests/testthat/_snaps/plot/coldata-bin2d-with-hexbin.svg @@ -0,0 +1,1792 @@ + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + 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b/tests/testthat/_snaps/plot/moran-plot-hex-bin.svg new file mode 100644 index 000000000..d18292d84 --- /dev/null +++ b/tests/testthat/_snaps/plot/moran-plot-hex-bin.svg @@ -0,0 +1,467 @@ + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + +0 +5000 +10000 +15000 + + + + + + + + + +0 +5000 +10000 +15000 +20000 +nCounts +Spatially lagged nCounts + + +1.0 +1.5 +2.0 +2.5 +3.0 +count (influential) + + + + + + + + + + + + +3 +6 +9 +12 +count + + + + + + + + +Moran plot hex bin + + diff --git a/tests/testthat/test-plot.R b/tests/testthat/test-plot.R index 2a1ec0172..54e99b854 100644 --- a/tests/testthat/test-plot.R +++ b/tests/testthat/test-plot.R @@ -422,9 +422,9 @@ test_that("colData and rowData bin2d", { expect_doppelganger("colData bin2d", { plotColDataBin2D(sfe_cosmx, "nCounts", "nGenes") }) - #expect_doppelganger("colData bin2d with hexbin", { - # plotColDataBin2D(sfe_cosmx, "nCounts", "nGenes", hex = TRUE) - #}) + expect_doppelganger("colData bin2d with hexbin", { + plotColDataBin2D(sfe_cosmx, "nCounts", "nGenes", hex = TRUE) + }) expect_doppelganger("rowData bin2d", { plotRowDataBin2D(sfe_cosmx, "means", "vars", bins = 50) + scale_x_log10() + scale_y_log10() @@ -464,9 +464,9 @@ test_that("plotCellBin2D", { expect_doppelganger("Cell density, rectangular", { plotCellBin2D(sfe_cosmx, bins = 50) }) - #expect_doppelganger("Cell density, hex", { - # plotCellBin2D(sfe_cosmx, hex = TRUE, bins = 50) - #}) + expect_doppelganger("Cell density, hex", { + plotCellBin2D(sfe_cosmx, hex = TRUE, bins = 50) + }) }) sfe_muscle2 <- McKellarMuscleData() @@ -481,7 +481,7 @@ test_that("Moran plot bin2d", { moranPlot(sfe_muscle2, "nCounts", binned = TRUE, bins = 30, plot_influential = FALSE) }) - #expect_doppelganger("Moran plot hex bin", { - # moranPlot(sfe_muscle2, "nCounts", binned = TRUE, hex = TRUE, bins = 30) - #}) + expect_doppelganger("Moran plot hex bin", { + moranPlot(sfe_muscle2, "nCounts", binned = TRUE, hex = TRUE, bins = 30) + }) })