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# ABRIDGE
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FROM rust
LABEL maintainer="[email protected]"
ENV TZ=America/New_York
ENV DEBIAN_FRONTEND=noninteractive
# Update base image and install software
RUN apt-get -y update
RUN apt-get -y install --fix-missing git python3 less vim wget time zlib1g zlib1g-dev lzma-dev \
libncurses5-dev libcurl4-nss-dev liblzma-dev libncursesw5-dev make unzip zip build-essential \
gcc g++ cmake ca-certificates libbz2-dev xz-utils htop autoconf automake binutils bison flex \
gettext libtool patch pkg-config p7zip-full p7zip pip perl libc6-dbg gdb valgrind
RUN apt-get clean all
# Install base utilities
RUN apt-get update && \
apt-get install -y build-essential && \
apt-get install -y wget && \
apt-get clean && \
rm -rf /var/lib/apt/lists/*
# Install miniconda
ENV CONDA_DIR /opt/conda
RUN wget --quiet https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh -O ~/miniconda.sh && \
/bin/bash ~/miniconda.sh -b -p /opt/conda
# Put conda in path so we can use conda activate
ENV PATH=$CONDA_DIR/bin:$PATH
RUN conda update -y conda
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# FCLQC
#######################################################################################################################################################################
RUN mkdir -p /software && cd /software
RUN cd /software && git clone https://github.com/Minhyeok01/FCLQC.git
RUN cd /software/FCLQC && cargo build --release
ENV PATH=$PATH:/software/FCLQC/target/release
#######################################################################################################################################################################
# ZPAQ
#######################################################################################################################################################################
RUN conda install -c sbu-hpc -y zpaq=7.15
#######################################################################################################################################################################
# SAMTOOLS
#######################################################################################################################################################################
RUN apt-get update -y && apt-get install -y \
apt-utils \
bzip2 \
gcc \
make \
ncurses-dev \
wget \
zlib1g-dev
##############
#HTSlib 1.16#
##############
ENV HTSLIB_INSTALL_DIR=/opt/htslib
WORKDIR /tmp
RUN wget https://github.com/samtools/htslib/releases/download/1.16/htslib-1.16.tar.bz2 && \
tar --bzip2 -xvf htslib-1.16.tar.bz2
WORKDIR /tmp/htslib-1.16
RUN ./configure --enable-plugins --prefix=$HTSLIB_INSTALL_DIR && \
make && \
make install && \
cp $HTSLIB_INSTALL_DIR/lib/libhts.so* /usr/lib/
################
#Samtools 1.16.1#
################
ENV SAMTOOLS_INSTALL_DIR=/opt/samtools
WORKDIR /tmp
RUN wget https://github.com/samtools/samtools/releases/download/1.16.1/samtools-1.16.1.tar.bz2 && \
tar --bzip2 -xf samtools-1.16.1.tar.bz2
WORKDIR /tmp/samtools-1.16.1
RUN ./configure --with-htslib=$HTSLIB_INSTALL_DIR --prefix=$SAMTOOLS_INSTALL_DIR && \
make && \
make install
WORKDIR /
RUN rm -rf /tmp/samtools-1.16.1
#######
#tabix#
#######
RUN ln -s $HTSLIB_INSTALL_DIR/bin/tabix /usr/bin/tabix
###################################################################################################################################################################################################
# ABRIDGE
###################################################################################################################################################################################################
RUN pip install ruffus
ARG ABRIDGE_VERSION=1.2.0
COPY marker /dev/null
# RUN mkdir -p /software/abridge && cd /software/abridge && git clone --recurse-submodules https://github.com/sagnikbanerjee15/Abridge.git && make htslib && make install
#ENV PATH=${PATH}:/software/abridge/Abridge:/software/abridge/Abridge/src:/software/abridge/Abridge/bin
ENV PATH=${PATH}:~/work/ABRIDGE/Abridge:~/work/ABRIDGE/Abridge/src:~/work/ABRIDGE/Abridge/bin
ENV LD_LIBRARY_PATH="$LD_LIBRARY_PATH:/usr/local/lib"
ENV PATH=${PATH}:/opt/samtools/bin
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# Spring
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RUN conda config --add channels defaults
RUN conda config --add channels bioconda
RUN conda config --add channels conda-forge
RUN conda install -y spring