From 540491d783e835b0f1beaa26697ae6ee95c8cf25 Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: tjstruck Date: Wed, 14 Aug 2024 14:18:30 -0700 Subject: [PATCH] Integrate dadi LowPass functions and some streamlining code (#116) * Make loading work_queue and cyvcf2 optional * Add exception for error cyvcf2 '_bcf_float_missing' * Enable --interactive flag * Updates to GenerateFs for LowPass * Update Infer subcommands for LowPass * Update Plot for LowPass * Update unit tests for LowPass * Remove --nomisid requirement from Plot and Stat subcommands, and instead use param names from inference output file * Update tests for change to subcommands (besides GenerateCache) that take popt file * Add skip when comparing model names to dadi <=2.3.6 --- dadi_cli/GenerateFs.py | 56 +- dadi_cli/InferDFE.py | 15 + dadi_cli/InferDM.py | 32 + dadi_cli/Models.py | 28 +- dadi_cli/Plot.py | 51 +- dadi_cli/Stat.py | 16 +- dadi_cli/parsers/common_arguments.py | 32 + dadi_cli/parsers/generate_fs_parsers.py | 26 +- dadi_cli/parsers/infer_dfe_parsers.py | 22 +- dadi_cli/parsers/infer_dm_parsers.py | 31 +- dadi_cli/parsers/plot_parsers.py | 19 +- dadi_cli/parsers/stat_dfe_parsers.py | 4 - dadi_cli/parsers/stat_dm_parsers.py | 4 - dadi_cli/utilities.py | 8 +- pyproject.toml | 5 +- setup.py | 2 +- tests/example_data/.DS_Store | Bin 0 -> 8196 bytes tests/example_data/LowPass-files/cov.fs | 3 + .../LowPass-files/cov.fs.coverage.pickle | Bin 0 -> 71823 bytes ...gatk_Replicate_8_filtered_2D-GT-update.vcf | 1000 +++++++++++++++++ .../LowPass-files/cov_popfile_2D.txt | 20 + tests/test_GenerateFs.py | 78 +- tests/test_InferDFE.py | 45 +- tests/test_InferDM.py | 43 + tests/test_Models.py | 1 + tests/test_Plot.py | 50 +- tests/test_Stat.py | 17 +- tests/test_cli.py | 6 - tests/test_main.py | 45 +- 29 files changed, 1523 insertions(+), 136 deletions(-) create mode 100644 tests/example_data/.DS_Store create mode 100644 tests/example_data/LowPass-files/cov.fs create mode 100644 tests/example_data/LowPass-files/cov.fs.coverage.pickle create mode 100644 tests/example_data/LowPass-files/cov_gatk_Replicate_8_filtered_2D-GT-update.vcf create mode 100644 tests/example_data/LowPass-files/cov_popfile_2D.txt diff --git a/dadi_cli/GenerateFs.py b/dadi_cli/GenerateFs.py index 15316273..17693777 100644 --- a/dadi_cli/GenerateFs.py +++ b/dadi_cli/GenerateFs.py @@ -1,5 +1,4 @@ import dadi, random -from cyvcf2 import VCF def generate_fs( @@ -8,12 +7,13 @@ def generate_fs( pop_ids: list[str], pop_info: str, projections: list[int], - subsample: bool, + subsample: list[int], polarized: bool, marginalize_pops: list[str], bootstrap: int, chunk_size: int, masking: str, + calc_coverage: bool, seed: int, ) -> None: """ @@ -31,8 +31,9 @@ def generate_fs( Name of the file containing population information. projections : list[int] List of sample sizes after projection. - subsample : bool - If True, spectrum is generated with sub-samples; otherwise, spectrum is generated with all samples. + subsample : list + If filled, spectrum is generated based on number of requested sub-sampled individuals for each population; + otherwise, spectrum is generated with all samples. polarized : bool If True, unfolded spectrum is generated; otherwise, folded spectrum is generated. marginalize_pops : list[str] @@ -46,6 +47,8 @@ def generate_fs( 'singleton' - Masks singletons in each population, 'shared' - Masks singletons in each population and those shared across populations, '' - No masking is applied. + calc_coverage : bool + If True, a data dictionary with coverage information is generated as .coverage.pickle. seed : int Seed for generating random numbers. If None, a random seed is used. @@ -56,25 +59,44 @@ def generate_fs( If the VCF file does not contain the AA INFO field and `polarized` is True. """ - if len(pop_ids) != len(projections): - raise ValueError("The lengths of `pop_ids` and `projections` must match.") if polarized: - if not VCF(vcf).contains('AA'): - raise ValueError( - f'The AA (Ancestral allele) INFO field cannot be found in the header of {vcf}, ' + - 'but an unfolded frequency spectrum is requested.' - ) - - if subsample: + try: + from cyvcf2 import VCF + if not VCF(vcf).contains('AA'): + raise ValueError( + f'The AA (Ancestral allele) INFO field cannot be found in the header of {vcf}, ' + + 'but an unfolded frequency spectrum is requested.' + ) + except ModuleNotFoundError: + print("Unable to load cyvcf2 and check if ancestral alleles are in provided VCF.\n"+ + "Generated FS may be empty if ancestral allele not found.") + except ImportError: + print("Error importing cyvcf2") + + if subsample != []: subsample_dict = {} for i in range(len(pop_ids)): - subsample_dict[pop_ids[i]] = projections[i] - dd = dadi.Misc.make_data_dict_vcf( - vcf_filename=vcf, popinfo_filename=pop_info, subsample=subsample_dict + subsample_dict[pop_ids[i]] = subsample[i] + # dadi will store the number of chromosomes in ploidy + dd, ploidy = dadi.Misc.make_data_dict_vcf( + vcf_filename=vcf, popinfo_filename=pop_info, subsample=subsample_dict, calc_coverage=calc_coverage, extract_ploidy=True ) + # multiply number of individuals subsamples by the ploidy to get sample size + projections = [individuals*ploidy for individuals in subsample] + print(projections, ploidy, subsample) else: - dd = dadi.Misc.make_data_dict_vcf(vcf_filename=vcf, popinfo_filename=pop_info) + dd = dadi.Misc.make_data_dict_vcf(vcf_filename=vcf, popinfo_filename=pop_info, calc_coverage=calc_coverage) + + # Moved this lower, since using subsamples make projections not required + if len(pop_ids) != len(projections): + raise ValueError("The lengths of `pop_ids` and `projections` must match.") + + if calc_coverage: + import pickle + coverage_dd = {chrom_pos:{'coverage':dd[chrom_pos]['coverage']} for chrom_pos in dd} + print(f"\nSaving coverage dictionary in pickle named:\n{output}.coverage.pickle\n") + pickle.dump(coverage_dd, open(f"{output}.coverage.pickle","wb")) if bootstrap is None: fs = dadi.Spectrum.from_data_dict( diff --git a/dadi_cli/InferDFE.py b/dadi_cli/InferDFE.py index e07c1e4f..f2985265 100644 --- a/dadi_cli/InferDFE.py +++ b/dadi_cli/InferDFE.py @@ -19,6 +19,8 @@ def infer_dfe( lower_bounds: list[float], fixed_params: list[float], misid: bool, + cov_args: list, + cov_inbreeding: list, cuda: bool, maxeval: int, maxtime: int, @@ -109,6 +111,19 @@ def infer_dfe( if misid: func = dadi.Numerics.make_anc_state_misid_func(func) + if cov_args != []: + try: + from dadi.LowPass.LowPass import make_low_pass_func_GATK_multisample as func_cov + except ModuleNotFoundError: + raise ImportError("ERROR:\nCurrent dadi version does not support coverage model\n") + nseq = [int(ele) for ele in cov_args[1:]] + if cov_inbreeding == []: + Fx = None + else: + Fx = cov_inbreeding + + func = func_cov(func, cov_args[0], fs.pop_ids, nseq, fs.sample_sizes, Fx=Fx) + p0_len = len(p0) lower_bounds = convert_to_None(lower_bounds, p0_len) upper_bounds = convert_to_None(upper_bounds, p0_len) diff --git a/dadi_cli/InferDM.py b/dadi_cli/InferDM.py index 21c26ffd..0a3662bb 100644 --- a/dadi_cli/InferDM.py +++ b/dadi_cli/InferDM.py @@ -13,6 +13,8 @@ def infer_demography( lower_bounds: list[float], fixed_params: list[float], misid: bool, + cov_args: list, + cov_inbreeding: list, cuda: bool, maxeval: int, maxtime: int, @@ -82,6 +84,20 @@ def infer_demography( func = dadi.Numerics.make_anc_state_misid_func(func) func_ex = dadi.Numerics.make_extrap_func(func) + + if cov_args != []: + try: + from dadi.LowPass.LowPass import make_low_pass_func_GATK_multisample as func_cov + except ModuleNotFoundError: + raise ImportError("ERROR:\nCurrent dadi version does not support coverage model\n") + nseq = [int(ele) for ele in cov_args[1:]] + if cov_inbreeding == []: + Fx = None + else: + Fx = cov_inbreeding + + func_ex = func_cov(func_ex, cov_args[0], fs.pop_ids, nseq, fs.sample_sizes, Fx=Fx) + p0_len = len(p0) lower_bounds = convert_to_None(lower_bounds, p0_len) upper_bounds = convert_to_None(upper_bounds, p0_len) @@ -131,6 +147,8 @@ def infer_global_opt( lower_bounds: list[float], fixed_params: list[float], misid: bool, + cov_args: list, + cov_inbreeding: list, cuda: bool, maxeval: int, maxtime: int, @@ -191,6 +209,20 @@ def infer_global_opt( func_ex = dadi.Numerics.make_extrap_func(func) + if cov_args != []: + try: + from dadi.LowPass.LowPass import make_low_pass_func_GATK_multisample as func_cov + import pickle + except ModuleNotFoundError: + raise ImportError("ERROR:\nCurrent dadi version does not support coverage model\n") + nseq = [int(ele) for ele in cov_args[1:]] + if cov_inbreeding == []: + Fx = None + else: + Fx = cov_inbreeding + + func_ex = func_cov(func_ex, cov_args[0], fs.pop_ids, nseq, fs.sample_sizes, Fx=Fx) + p0_len = len(p0) lower_bounds = convert_to_None(lower_bounds, p0_len) upper_bounds = convert_to_None(upper_bounds, p0_len) diff --git a/dadi_cli/Models.py b/dadi_cli/Models.py index 5b6c86b4..28358803 100644 --- a/dadi_cli/Models.py +++ b/dadi_cli/Models.py @@ -3,18 +3,18 @@ from inspect import getmembers, isfunction duplicated_models = ["snm", "bottlegrowth"] -duplicated_sele_models = [ - "IM", - "IM_pre", - "IM_pre_single_gamma", - "IM_single_gamma", - "split_asym_mig", - "split_asym_mig_single_gamma", - "split_mig", - "three_epoch", - "two_epoch", - "split_mig_single_gamma", -] +# duplicated_sele_models = [ +# "IM", +# "IM_pre", +# "IM_pre_single_gamma", +# "IM_single_gamma", +# "split_asym_mig", +# "split_asym_mig_single_gamma", +# "split_mig", +# "three_epoch", +# "two_epoch", +# "split_mig_single_gamma", +# ] oned_models = [m[0] for m in getmembers(dadi.Demographics1D, isfunction)] twod_models = [m[0] for m in getmembers(dadi.Demographics2D, isfunction)] try: @@ -29,8 +29,8 @@ oned_models.remove(m) for m in duplicated_models: twod_models.remove(m) -for m in duplicated_sele_models: - sele_models.remove(m) +# for m in duplicated_sele_models: +# sele_models.remove(m) def get_model( diff --git a/dadi_cli/Plot.py b/dadi_cli/Plot.py index b4f827bd..75fee6e7 100644 --- a/dadi_cli/Plot.py +++ b/dadi_cli/Plot.py @@ -134,7 +134,8 @@ def plot_fitted_demography( func: callable, popt: str, projections: list[int], - nomisid: bool, + cov_args: list, + cov_inbreeding: list, output: str, vmin: float, resid_range: list[float], @@ -153,8 +154,6 @@ def plot_fitted_demography( Path to the file containing the best-fit parameters for the demographic model. projections : list[int] List of integers representing the sample sizes after projection, used to adjust the plots. - nomisid : bool - If True, ancestral state misidentification is considered in the modeling; if False, it is not. output : str Path where the comparison plot will be saved. The file format is inferred from the file extension. vmin : float @@ -171,15 +170,27 @@ def plot_fitted_demography( """ - popt, _ = get_opts_and_theta(popt) - + popt, _, param_names = get_opts_and_theta(popt, post_infer=True) fs = dadi.Spectrum.from_file(fs) - if not nomisid: + if param_names[-2] == 'misid': func = dadi.Numerics.make_anc_state_misid_func(func) func_ex = dadi.Numerics.make_extrap_func(func) ns = fs.sample_sizes pts_l = pts_l_func(ns) + if cov_args != []: + try: + from dadi.LowPass.LowPass import make_low_pass_func_GATK_multisample as func_cov + except ModuleNotFoundError: + raise ImportError("ERROR:\nCurrent dadi version does not support coverage model\n") + nseq = [int(ele) for ele in cov_args[1:]] + if cov_inbreeding == []: + Fx = None + else: + Fx = cov_inbreeding + + func_ex = func_cov(func_ex, cov_args[0], fs.pop_ids, nseq, fs.sample_sizes, Fx=Fx) + model = func_ex(popt, ns, pts_l) fig = plt.figure(219033) @@ -218,7 +229,8 @@ def plot_fitted_dfe( projections: list[int], pdf: str, pdf2: str, - nomisid: bool, + cov_args: list, + cov_inbreeding: list, output: str, vmin: float, resid_range: list[float], @@ -243,8 +255,6 @@ def plot_fitted_dfe( Name of the 1D probability density function file for modeling the DFE. pdf2 : str Name of the 2D probability density function file for modeling the DFE. - nomisid : bool - If True, includes ancestral state misidentification in the modeling; if False, it does not. output : str Path where the comparison plot will be saved. The file format is inferred from the file extension. vmin : float @@ -260,7 +270,7 @@ def plot_fitted_dfe( If comparison with more than three populations. """ - sele_popt, theta = get_opts_and_theta(sele_popt) + sele_popt, theta, param_names = get_opts_and_theta(sele_popt, post_infer=True) fs = dadi.Spectrum.from_file(fs) @@ -283,8 +293,21 @@ def plot_fitted_dfe( if (cache1d != None) and (cache2d != None): func = dadi.DFE.mixture - if not nomisid: + if param_names[-2] == 'misid': func = dadi.Numerics.make_anc_state_misid_func(func) + + if cov_args != []: + try: + from dadi.LowPass.LowPass import make_low_pass_func_GATK_multisample as func_cov + except ModuleNotFoundError: + raise ImportError("ERROR:\nCurrent dadi version does not support coverage model\n") + nseq = [int(ele) for ele in cov_args[1:]] + if cov_inbreeding == []: + Fx = None + else: + Fx = cov_inbreeding + + func = func_cov(func, cov_args[0], fs.pop_ids, nseq, fs.sample_sizes, Fx=Fx) # Get expected SFS for MLE if (cache1d != None) and (cache2d != None): model = func(sele_popt, None, spectra1d, spectra2d, pdf, pdf2, theta, None) @@ -297,14 +320,14 @@ def plot_fitted_dfe( projections = ns fs = fs.project(projections) model = model.project(projections) - dadi.Plotting.plot_1d_comp_Poisson(model, fs) + dadi.Plotting.plot_1d_comp_Poisson(model, fs, show=show) if len(ns) == 2: if projections == None: projections = ns fs = fs.project(projections) model = model.project(projections) dadi.Plotting.plot_2d_comp_Poisson( - model, fs, vmin=vmin, resid_range=resid_range + model, fs, vmin=vmin, resid_range=resid_range, show=show ) if len(ns) == 3: if projections == None: @@ -312,7 +335,7 @@ def plot_fitted_dfe( fs = fs.project(projections) model = model.project(projections) dadi.Plotting.plot_3d_comp_Poisson( - model, fs, vmin=vmin, resid_range=resid_range + model, fs, vmin=vmin, resid_range=resid_range, show=show ) if len(ns) > 3: raise ValueError("dadi-cli does not support comparing fs and model with more than three populations") diff --git a/dadi_cli/Stat.py b/dadi_cli/Stat.py index 7d369f92..25a06db4 100644 --- a/dadi_cli/Stat.py +++ b/dadi_cli/Stat.py @@ -17,7 +17,6 @@ def godambe_stat_demograpy( bootstrap_dir: str, demo_popt: str, fixed_params: list[Optional[float]], - nomisid: bool, logscale: bool, eps_l: list[float], ) -> None: @@ -41,8 +40,6 @@ def godambe_stat_demograpy( Path to the file containing the best-fit demographic parameters. fixed_params : list[Optional[float]] List of fixed parameters where `None` indicates parameters to be inferred. - nomisid : bool - If False, includes modeling of ancestral state misidentification. logscale : bool If True, statistics are calculated on a logarithmic scale. eps_l : list[float] @@ -52,7 +49,7 @@ def godambe_stat_demograpy( # We want the best fits from the demograpic fit. # We set the second argument to true, since we want # all the parameters from the file. - demo_popt, _ = get_opts_and_theta(demo_popt) + demo_popt, _, param_names = get_opts_and_theta(demo_popt, post_infer=True) fixed_params = convert_to_None(fixed_params, len(demo_popt)) free_params = _free_params(demo_popt, fixed_params) fs = dadi.Spectrum.from_file(fs) @@ -62,7 +59,7 @@ def godambe_stat_demograpy( boot_fs = dadi.Spectrum.from_file(f) all_boot.append(boot_fs) - if not nomisid: + if param_names[-2] == 'misid': func = dadi.Numerics.make_anc_state_misid_func(func) func_ex = dadi.Numerics.make_extrap_func(func) @@ -126,7 +123,6 @@ def godambe_stat_dfe( bootstrap_non_dir: str, dfe_popt: str, fixed_params: list[Optional[float]], - nomisid: bool, logscale: bool, eps_l: list[float], ) -> None: @@ -155,8 +151,6 @@ def godambe_stat_dfe( Path to the file containing the best-fit DFE parameters. fixed_params : list[Optional[float]] List of fixed parameters where `None` indicates parameters to be inferred. - nomisid : bool - If False, includes a parameter for modeling ancestral state misidentification. logscale : bool If True, calculations are done on a logarithmic scale. eps_l : list[float] @@ -171,7 +165,7 @@ def godambe_stat_dfe( if not cache1d and not cache2d: raise ValueError("At least one of cache1d or cache2d must be provided.") - dfe_popt, theta = get_opts_and_theta(dfe_popt) + dfe_popt, theta, param_names = get_opts_and_theta(dfe_popt, post_infer=True) fixed_params = convert_to_None(fixed_params, len(dfe_popt)) free_params = _free_params(dfe_popt, fixed_params) @@ -203,7 +197,7 @@ def godambe_stat_dfe( if (cache1d is not None) and (cache2d is not None): mfunc = dadi.DFE.mixture - if not nomisid: + if param_names[-2] == 'misid': mfunc = dadi.Numerics.make_anc_state_misid_func(mfunc) def func(free_params, ns, pts): @@ -224,7 +218,7 @@ def func(free_params, ns, pts): ) elif (cache1d is not None) or (cache2d is not None): - if not nomisid: + if param_names[-2] == 'misid': sfunc = dadi.Numerics.make_anc_state_misid_func(sfunc) def func(free_params, ns, pts): diff --git a/dadi_cli/parsers/common_arguments.py b/dadi_cli/parsers/common_arguments.py index 566d0bdd..244a70c7 100644 --- a/dadi_cli/parsers/common_arguments.py +++ b/dadi_cli/parsers/common_arguments.py @@ -492,3 +492,35 @@ def make_dir(path: str) -> None: parent_dir = os.path.dirname(path) if parent_dir != '': os.makedirs(parent_dir, exist_ok=True) + + +def add_coverage_model_argument(parser: argparse.ArgumentParser) -> None: + """ + Add arguments to correct models for low coverage from the dadi LowPass module. + + Parameters + ---------- + parser : argparse.ArgumentParser + The parser object to which all inference-related arguments will be added. + + """ + parser.add_argument( + "--coverage-model", + nargs="+", + default=[], + action="store", + required=False, + dest="cov_args", + help="Enable coverage model.\nArguments are:\ + \n1. The name of the <>.coverage.pickle file produced by GenerateFs --calc-coverage.\ + \n2. The total number of samples sequenced for each population in the VCF.", + ) # Need to make the convergence dictionary because dadi-cli does not save a data dictionary + parser.add_argument( + "--coverage-inbreeding", + nargs="+", + default=[], + action="store", + required=False, + dest="cov_inbreeding", + help="Pass in optional population inbreeding parameters for the coverage model.", + ) diff --git a/dadi_cli/parsers/generate_fs_parsers.py b/dadi_cli/parsers/generate_fs_parsers.py index d2388566..212944e8 100644 --- a/dadi_cli/parsers/generate_fs_parsers.py +++ b/dadi_cli/parsers/generate_fs_parsers.py @@ -39,8 +39,8 @@ def _run_generate_fs(args: argparse.Namespace) -> None: Whether to use polarized allele frequencies. - marginalize_pops : list Marginalize over a list of populations. - - subsample : bool - Whether to subsample data. + - subsample : list + Number of individuals to sub-sample from per-population. """ if args.mask_shared: @@ -65,6 +65,7 @@ def _run_generate_fs(args: argparse.Namespace) -> None: marginalize_pops=args.marginalize_pops, subsample=args.subsample, masking=mask, + calc_coverage=args.calc_coverage, ) @@ -107,11 +108,15 @@ def add_generate_fs_parsers(subparsers: argparse.ArgumentParser) -> None: dest="pop_info", ) + # Check if subsamples are being requested to determin if --projections needed + proj_req = True + if "--subsample" in sys.argv: + proj_req = False parser.add_argument( "--projections", type=positive_int, nargs="+", - required=True, + required=proj_req, help="Sample sizes after projection; If you do not want to project down your data, please input the original sample sizes of your data.", ) @@ -135,10 +140,11 @@ def add_generate_fs_parsers(subparsers: argparse.ArgumentParser) -> None: parser.add_argument( "--subsample", - default=False, - action="store_true", + type=positive_int, + default=[], + nargs="+", dest="subsample", - help="Subsample from the VCF when generating the fs using the given pop-ids and subsample calls based on the projections passed in. Default: None.", + help="Number of individuals to subsample from the VCF when generating the fs using the given pop-ids. Default: None.", ) parser.add_argument( @@ -165,6 +171,14 @@ def add_generate_fs_parsers(subparsers: argparse.ArgumentParser) -> None: dest="marginalize_pops", ) + parser.add_argument( + "--calc-coverage", + default=False, + action="store_true", + dest="calc_coverage", + help="Store coverage information of sites in .coverage.pickle object. Default: None.", + ) + add_output_argument(parser) add_seed_argument(parser) parser.set_defaults(runner=_run_generate_fs) diff --git a/dadi_cli/parsers/infer_dfe_parsers.py b/dadi_cli/parsers/infer_dfe_parsers.py index 4436dd3a..cb6749cc 100644 --- a/dadi_cli/parsers/infer_dfe_parsers.py +++ b/dadi_cli/parsers/infer_dfe_parsers.py @@ -1,5 +1,4 @@ import argparse, glob, pickle, os, random, sys, time, warnings -import work_queue as wq from multiprocessing import Process, Queue from dadi_cli.parsers.common_arguments import * from dadi_cli.parsers.argument_validation import * @@ -72,6 +71,11 @@ def _run_infer_dfe(args: argparse.Namespace) -> None: Path or URL to the file with best fit parameters. - nomisid : bool Flag to indicate that misidentification should not be considered. + - cov_args : list + Dictionary that contains the data dictionary with coverage information + and total number of sample sequenced in each population for coverage correction. + - cov_inbreeding : list + Inbreeding parameter for each population from 0 to 1, see dadi manual for more information. - mix_pdf : str or None The mixed PDF model if applicable. @@ -88,6 +92,9 @@ def _run_infer_dfe(args: argparse.Namespace) -> None: # Due to development history, much of the code expects a args.misid variable, so create it. args.misid = not (fs.folded or args.nomisid) + if args.cov_args != []: + args.cov_args[0] = pickle.load(open(args.cov_args[0], 'rb')) + make_dir(args.output_prefix) # # Things need to be updated for these to work @@ -110,7 +117,7 @@ def _run_infer_dfe(args: argparse.Namespace) -> None: ) if args.p0 == -1: - args.p0 = _calc_p0_from_bounds(args.lbounds, args.ubounds) + args.p0 = calc_p0_from_bounds(args.lbounds, args.ubounds) if "://" in args.demo_popt: @@ -171,7 +178,7 @@ def _run_infer_dfe(args: argparse.Namespace) -> None: _, param_names = check_pdf_params(args.p0, pdf, "", args.misid) param_names = "# Log(likelihood)\t" + "\t".join(param_names) - if not args.nomisid: + if args.misid: param_names += "\tmisid" fid.write(param_names + "\ttheta\n") @@ -212,6 +219,10 @@ def _run_infer_dfe(args: argparse.Namespace) -> None: bestfits = None if args.work_queue: + try: + import ndcctools.work_queue as wq + except ModuleNotFoundError: + raise ValueError("Work Queue could not be loaded.") if args.debug_wq: q = wq.WorkQueue(name=args.work_queue[0], debug_log="debug.log", port=args.port) @@ -240,6 +251,8 @@ def _run_infer_dfe(args: argparse.Namespace) -> None: args.lbounds, args.constants, args.misid, + args.cov_args, + args.cov_inbreeding, None, args.maxeval, args.maxtime, @@ -263,6 +276,8 @@ def _run_infer_dfe(args: argparse.Namespace) -> None: args.lbounds, args.constants, args.misid, + args.cov_args, + args.cov_inbreeding, None, args.maxeval, args.maxtime, @@ -385,6 +400,7 @@ def add_infer_dfe_parsers(subparsers: argparse.ArgumentParser) -> None: add_inference_argument(parser) add_delta_ll_argument(parser) add_misid_argument(parser) + add_coverage_model_argument(parser) add_constant_argument(parser) add_bounds_argument(parser) add_seed_argument(parser) diff --git a/dadi_cli/parsers/infer_dm_parsers.py b/dadi_cli/parsers/infer_dm_parsers.py index 195c57f6..4fb77ae5 100644 --- a/dadi_cli/parsers/infer_dm_parsers.py +++ b/dadi_cli/parsers/infer_dm_parsers.py @@ -1,5 +1,4 @@ import argparse, inspect, nlopt, os, random, sys, time, warnings -import work_queue as wq from multiprocessing import Process, Queue from sys import exit from dadi_cli.parsers.common_arguments import * @@ -36,6 +35,11 @@ def _run_infer_dm(args: argparse.Namespace) -> None: Grid sizes to use in demographic calculations. - misid : bool Flag to indicate if misidentification handling should be enabled. + - cov_args : list + Dictionary that contains the data dictionary with coverage information + and total number of sample sequenced in each population for coverage correction. + - cov_inbreeding : list + Inbreeding parameter for each population from 0 to 1, see dadi manual for more information. - seed : int or None Seed for random number generation to ensure reproducibility. - maxeval : int @@ -87,6 +91,10 @@ def _run_infer_dm(args: argparse.Namespace) -> None: make_dir(args.output_prefix) + if args.cov_args != []: + import pickle + args.cov_args[0] = pickle.load(open(args.cov_args[0], 'rb')) + # Because basic standard neutral models do not need to optimized # we can calculate the log-likelihood and theta if args.model in ['snm_1d', 'snm_2d'] and args.p0 == -1 and args.lbounds == None and args.ubounds == None: @@ -142,7 +150,10 @@ def _run_infer_dm(args: argparse.Namespace) -> None: fid.write("# {0}\n".format(" ".join(sys.argv))) # Write column headers - if not args.nomisid: + # Bugfix: use args.misid instead of args.nomisid. + # Since args.misid can be true and args.nomisid can be false + # due to checking for fs.folded, use args.misid for future commands. + if args.misid: param_names += ["misid"] fid.write("# Log(likelihood)\t" + "\t".join(param_names) + "\ttheta\n") @@ -191,7 +202,10 @@ def _run_infer_dm(args: argparse.Namespace) -> None: else: global_algorithm = nlopt.GN_MLSL_LDS if args.work_queue: - + try: + import ndcctools.work_queue as wq + except ModuleNotFoundError: + raise ValueError("Work Queue could not be loaded.") if args.debug_wq: q = wq.WorkQueue(name=args.work_queue[0], debug_log="debug.log", port=args.port) else: @@ -216,6 +230,8 @@ def _run_infer_dm(args: argparse.Namespace) -> None: args.lbounds, args.constants, args.misid, + args.cov_args, + args.cov_inbreeding, None, args.maxeval, args.maxtime, @@ -237,6 +253,8 @@ def _run_infer_dm(args: argparse.Namespace) -> None: args.lbounds, args.constants, args.misid, + args.cov_args, + args.cov_inbreeding, None, args.maxeval, args.maxtime, @@ -340,12 +358,18 @@ def _run_infer_dm(args: argparse.Namespace) -> None: args.lbounds, args.constants, args.misid, + args.cov_args, + args.cov_inbreeding, None, args.maxeval, args.maxtime, bestfits] if args.work_queue: + try: + import ndcctools.work_queue as wq + except ModuleNotFoundError: + raise ValueError("Work Queue could not be loaded.") if args.debug_wq: q = wq.WorkQueue(name=args.work_queue[0], debug_log="debug.log", port=args.port) else: @@ -449,6 +473,7 @@ def add_infer_dm_parsers(subparsers: argparse.ArgumentParser) -> None: add_model_argument(parser) add_grids_argument(parser) add_misid_argument(parser) + add_coverage_model_argument(parser) add_constant_argument(parser) add_bounds_argument(parser) parser.add_argument( diff --git a/dadi_cli/parsers/plot_parsers.py b/dadi_cli/parsers/plot_parsers.py index 2163e044..27bfed15 100644 --- a/dadi_cli/parsers/plot_parsers.py +++ b/dadi_cli/parsers/plot_parsers.py @@ -43,8 +43,11 @@ def _run_plot(args: argparse.Namespace) -> None: Range of residuals for plotting. - projections : tuple, optional Projections for frequency spectrum summarization. - - nomisid : bool, optional - Whether misidentification corrections are to be considered. + - cov_args : list + Dictionary that contains the data dictionary with coverage information + and total number of sample sequenced in each population for coverage correction. + - cov_inbreeding : list + Inbreeding parameter for each population from 0 to 1, see dadi manual for more information. - interactive: bool, optional Whether displaying the plot in an interactive window. @@ -82,6 +85,10 @@ def _run_plot(args: argparse.Namespace) -> None: make_dir(args.output) + if args.cov_args != []: + import pickle + args.cov_args[0] = pickle.load(open(args.cov_args[0], 'rb')) + if args.fs is None: plot_mut_prop( pdf=args.pdf1d, @@ -96,7 +103,8 @@ def _run_plot(args: argparse.Namespace) -> None: cache2d=args.cache2d, pdf=args.pdf1d, pdf2=args.pdf2d, - nomisid=args.nomisid, + cov_args=args.cov_args, + cov_inbreeding=args.cov_inbreeding, sele_popt=args.dfe_popt, vmin=args.vmin, resid_range=args.resid_range, @@ -114,7 +122,8 @@ def _run_plot(args: argparse.Namespace) -> None: popt=args.demo_popt, vmin=args.vmin, projections=args.projections, - nomisid=args.nomisid, + cov_args=args.cov_args, + cov_inbreeding=args.cov_inbreeding, resid_range=args.resid_range, output=args.output, show=args.interactive, @@ -166,7 +175,7 @@ def add_plot_parsers(subparsers: argparse.ArgumentParser) -> None: add_popt_argument(parser) add_model_argument(parser) add_dfe_argument(parser) - add_misid_argument(parser) + add_coverage_model_argument(parser) add_output_argument(parser) parser.add_argument( "--projections", type=int, nargs="+", help="Sample sizes after projection." diff --git a/dadi_cli/parsers/stat_dfe_parsers.py b/dadi_cli/parsers/stat_dfe_parsers.py index 82f1afb9..339cf303 100644 --- a/dadi_cli/parsers/stat_dfe_parsers.py +++ b/dadi_cli/parsers/stat_dfe_parsers.py @@ -28,8 +28,6 @@ def _run_stat_dfe(args: argparse.Namespace) -> None: The 1D probability distribution function used for the DFE. - pdf2d : str The 2D probability distribution function used for the DFE. - - nomisid : bool - Flag indicating whether to consider misidentification errors. - dfe_popt : str Path to the file containing optimized parameter values for the DFE model. - constants : list @@ -69,7 +67,6 @@ def _run_stat_dfe(args: argparse.Namespace) -> None: cache2d=args.cache2d, sele_dist=args.pdf1d, sele_dist2=args.pdf2d, - nomisid=args.nomisid, dfe_popt=args.dfe_popt, fixed_params=args.constants, logscale=args.logscale, @@ -97,7 +94,6 @@ def add_stat_dfe_parsers(subparsers: argparse.ArgumentParser) -> None: ) add_fs_argument(parser) add_dfe_argument(parser) - add_misid_argument(parser) add_output_argument(parser) add_constant_argument(parser) add_eps_argument(parser) diff --git a/dadi_cli/parsers/stat_dm_parsers.py b/dadi_cli/parsers/stat_dm_parsers.py index 368ba82f..24b4051a 100644 --- a/dadi_cli/parsers/stat_dm_parsers.py +++ b/dadi_cli/parsers/stat_dm_parsers.py @@ -26,8 +26,6 @@ def _run_stat_demography(args: argparse.Namespace) -> None: Directory containing bootstrap resamples used for estimating parameter variance. - grids : list of int List of grid sizes used in the demographic analysis for numerical accuracy. - - nomisid : bool - Flag indicating whether to consider misidentification errors. - demo_popt : str Path to the file containing optimized parameter values for the demographic model. - constants : list @@ -74,7 +72,6 @@ def _run_stat_demography(args: argparse.Namespace) -> None: func=func, bootstrap_dir=args.bootstrapping_dir, grids=args.grids, - nomisid=args.nomisid, demo_popt=args.demo_popt, fixed_params=args.constants, logscale=args.logscale, @@ -103,7 +100,6 @@ def add_stat_dm_parsers(subparsers: argparse.ArgumentParser) -> None: add_fs_argument(parser) add_model_argument(parser) add_grids_argument(parser) - add_misid_argument(parser) add_output_argument(parser) add_constant_argument(parser) add_eps_argument(parser) diff --git a/dadi_cli/utilities.py b/dadi_cli/utilities.py index 239e8752..01a3887c 100644 --- a/dadi_cli/utilities.py +++ b/dadi_cli/utilities.py @@ -80,7 +80,8 @@ def convert_to_None( def get_opts_and_theta( filename: str, - gen_cache: bool = False + gen_cache: bool = False, + post_infer: bool = False ) -> tuple[list[float], float]: """ Parses a file to obtain optimized parameters and the population-scaled mutation rate (theta). @@ -135,7 +136,10 @@ def get_opts_and_theta( if not is_converged: print("No converged optimization results found.") - return opts, theta + if post_infer: + return opts, theta, param_names + else: + return opts, theta # Worker functions for multiprocessing with demography/DFE inference diff --git a/pyproject.toml b/pyproject.toml index 9135a812..d7fdbfc2 100644 --- a/pyproject.toml +++ b/pyproject.toml @@ -4,7 +4,8 @@ build-backend = "hatchling.build" [project] name = "dadi-cli" -version = "0.9.4b" +version = "0.9.7" +requires-python = ">=3.9" description = "A command line interface for dadi" readme = "README.md" license = "Apache-2.0" @@ -14,7 +15,7 @@ authors = [ classifiers = [ "License :: OSI Approved :: Apache Software License", "Programming Language :: Python", - "Programming Language :: Python :: 3", + "Programming Language :: Python :: 3.9", ] dependencies = [ "dadi", diff --git a/setup.py b/setup.py index 96cc5744..40681c3d 100644 --- a/setup.py +++ b/setup.py @@ -12,7 +12,7 @@ setup( name="dadi-cli", python_requires='>=3.9', - version="0.9.4b", + version="0.9.6", description="A command line interface for dadi", long_description=README, long_description_content_type="text/markdown", diff --git a/tests/example_data/.DS_Store b/tests/example_data/.DS_Store new file mode 100644 index 0000000000000000000000000000000000000000..cf06f863a8ac2ffc26f618d3b29cc167b3fa01e7 GIT binary patch literal 8196 zcmeHMJx?1!5S=9ymYfKLf`X{-54bQAbVvs>9fc*@NdAsNvVEu6G4&a&1t&s8Dw`X-!2h@QF z=>Xp!0(8dEVPa8k9T=np04`%%8jev12q$nDI!r7I6>Hk+!8odMC5EwdoDVo07&=TW zS~?j^C*!`^xC+I{w}Tf*IGNC*j_QCqFzEo-?nPAVHHzu2SHIVK-SSZ@>c^I}a-AL7 zk1CaBFKQy9@c!%hx5ryw_NGO*b416-X%+J8ehRfCilDeAOX|~*Hne_AwH$7o#J3*n;D(f|E}@l?C-Yh%~Zx% z|7;9TzX+md&>Z8+I+3fa5A4GKyY^&&JO|#MnA0^Zl5>T0o*zH_zPSc-uQJYk{#86b zmg?-t>^g?HxA=b0t55k?Nc++LJcl2mBYiE;zl!GvU9lh9)PY5E;E@%(!S(+^_WS=u zN=db<1L{Cd2h4KisIm`|tF0&KTx$pDb#!hVmsk`E1}VpZQjP;}|1iXHfKcXy4ik%* TLA&=C0Rw&hi}5-kep=1pdVA3t{Nn7K#XtmOaw>0iJ5?)&ff?_d7#zCl$9VS#{+^GY^7T&~{pbJrmw$Vseh~K0KL*;LfBsWK{17Mq5RkzA{M!!?K;GfV z55N67p+3G(h8NV2abnF6lOHy29s!J3KXqOo8!zVkKL5arSHbJgzd{%cVu$pPJUZ4( z!%CTc`(+IbVj{s1Et9OZoDd#5H=b9ToHn^fHa z1=7vM1*w6~8senH`FD@f3mi)NDwt)u7-5p)XXOp#$a_3~jaT||gKBY^FuX#1SzlU- z1AyVx#E*9H1p08`WN?|BfLmho*UEx^++Z3XGsXExnpIJuL6XDFatf_?0)|@~8Jgg)O)0~x5U)Z> zddUXJpgr95sR0pM>696l(f6b<`6SH2OItJfPk&l6kQ{W1SV|?C@HRHHPM#*{y~N7= zWvP@suAo4tin1w>(B4{T>7O`TMq8WI6PbYnqh~Lv)h=32>O^qSd?*vkj}E7kG7Bwl zUm7Ra!;5kc*`Gk@N_7aWFaBy$gp zReW?M!Hgrsso;3SN3OpEsy7oE!A5OkY=x&&Q7QZ7glgfzJ{=TbjEFx%!G}XA#z{l+ zk6S|te?JrorB-n4a14!El4#SZ_W+l#t8i~N8Z6exfH^qnW8YMy05FNin%dr-BF9_2 zjfkVceeBJ|mT0-B3rBh>KI$KFmj?-m?hQSkDD3uJ9{(@~#C?kID^i&P1d0cF-Q zZ^Hn+bWOkOcdm(*IS!ZwC5-e=u*T?CmYheRazZkyhiCztK&SFGFwL|4Z9QWFdriP~ zPA~5pC*nYq`>|NT1&!nd#|hTA^)6)w$N1Ig?$8Qug!t08_0~fgATl1omJJ|G2e&jw z-M#eHm+;gInDkdb{VfG)>8APPZ^P%5-qxeEfk{f;bRp$Jr1HTOi0O{^v2eb0ud_kYi%9cWf#KtN5!8pH`Vz&N zu(v*Pgp71~$@k-LzYeJB^D1}ZiAU*lw+NLQI??S~?rbdp>8({XdV+X=J*o6M3&y%Y z@C;N=nyefWGWOtJ`!eN})+}8;UR8J|U%v+J3Dt^ND+6d{tYRUwDq~|F*?ZlVskqFj zWx>fW699vNJe+L?*q17ng*u;~SC@jQ@>!gdRbOFXU-mJNSRsm-Ie^n{2YZ6F8G)*( z7_xE|otLsP)XAxrF@i8ATO+Ro;;-^S!kN2m-y4D}1tW;$f>CVa#%N=`d)+!gULcyY zeG{!ZglE|-6PSM9M#3=N@ObY| zo(D`l9t8{pC#2&iR4W%jZotc!??NMk190Z9_a~&VE(D9$nxMRjEwfw(r@oQ4r~m_s zRISCcoQ+m#%?^dZH;3QZV{9m04o5g_w$z$HO(&W!d|(6A+WYc$3Z2jSw*l3g9pO2B z>RY8ERmF?B229@-=pk4E7EmR(vK_PbX|_1C2BTE86sp1n+q?}6e45(}J0^zCCFB-c zk~K?YVK0?WeMjzkO>j(p1$QMr$sS-@)|i&6bN8F0<#cC&WJZvK5mvfx6~*Sl6;4wI zP{CASd3b=#2FG;k4pl)wi+joBZSv@?&5)3IWlWemLZnN=e+%!OXQ!}@4&l(d1V1fWkSmzw#9n-XZFz9Q0f?;M-dXFKtPC z7N-oTeud(4Ef|qpoV1oyGkXK7_aZ>h>WAO{nBpu8SX=IWGUnZqpL;j5x=26K;J=HL z>lw2U|FGoe-iwlVK>P}ba+p1a+f%acPf*V$l9i91?BA$U+?1Ow$g)jdi5(jCmSzN0 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A C 63.14 PASS AC=1;AF=0.025;AN=40;BaseQRankSum=0.686;DP=55;ExcessHet=0.0000;FS=8.129;InbreedingCoeff=-0.1224;MLEAC=1;MLEAF=0.025;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.05;ReadPosRankSum=1.499;SOR=2.265 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:4,0:4:12:0,12,163 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:5,0:5:15:0,15,209 0/1:1,2:3:23:75,0,23 0/0:6,0:6:18:0,18,210 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:3,0:3:9:0,9,93 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:3,0:3:9:0,9,93 0/0:1,0:1:3:0,3,38 0/0:3,0:3:9:0,9,121 +Reference 6000 . A C 556.62 PASS AC=10;AF=0.263;AN=38;BaseQRankSum=-0.446;DP=44;ExcessHet=0.0151;FS=8.787;InbreedingCoeff=0.1325;MLEAC=10;MLEAF=0.263;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=32.74;ReadPosRankSum=-0.855;SOR=1.357 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,125 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:3,0:3:9:0,9,119 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/1:1,2:3:33:75,0,33 0/0:1,0:1:3:0,3,42 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/1:1,3:4:30:113,0,30 0/1:1,1:2:36:36,0,36 1/1:0,3:3:9:121,9,0 0/1:2,3:5:68:110,0,68 +Reference 7000 . A C 297.82 PASS AC=6;AF=0.167;AN=36;BaseQRankSum=-0.456;DP=51;ExcessHet=0.0018;FS=1.767;InbreedingCoeff=0.2015;MLEAC=6;MLEAF=0.167;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.52;ReadPosRankSum=-0.455;SOR=1.199 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:5,0:5:15:0,15,209 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:.:0:.:0,0,0 1/1:0,1:1:3:38,3,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,38 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,38 0/1:4,3:7:99:104,0,146 0/1:5,3:8:97:97,0,181 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,80 0/0:3,0:3:9:0,9,115 0/0:5,0:5:15:0,15,199 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:2,0:2:6:0,6,84 1/1:0,2:2:6:83,6,0 +Reference 7500 . A C 722.78 PASS AC=15;AF=0.395;AN=38;BaseQRankSum=1.525;DP=70;ExcessHet=0.0178;FS=4.459;InbreedingCoeff=0.3094;MLEAC=13;MLEAF=0.342;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=28.20;ReadPosRankSum=-0.768;SOR=1.707 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,2:3:33:74,0,33 0/1:1,1:2:36:36,0,36 0/0:7,0:7:21:0,21,282 0/0:2,0:2:6:0,6,80 0/1:1,1:2:26:26,0,32 0/0:6,0:6:18:0,18,237 0/1:3,2:5:68:68,0,110 0/1:1,1:2:4:4,0,36 0/0:5,0:5:15:0,15,168 1/1:0,3:3:9:125,9,0 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/0:3,0:3:9:0,9,121 0/0:6,0:6:18:0,18,233 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:2,0:2:6:0,6,84 1/1:0,3:3:9:125,9,0 0/0:6,0:6:18:0,18,237 1/1:0,4:4:12:167,12,0 1/1:0,2:2:6:84,6,0 +Reference 8000 . A C 1791.43 PASS AC=33;AF=0.917;AN=36;BaseQRankSum=0.400;DP=50;ExcessHet=0.3892;FS=2.582;InbreedingCoeff=-0.0345;MLEAC=33;MLEAF=0.917;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.00;ReadPosRankSum=-2.061;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:.:0:.:0,0,0 1/1:0,2:2:6:77,6,0 1/1:0,4:4:12:163,12,0 1/1:0,1:1:3:42,3,0 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/1:1,3:4:30:113,0,30 0/1:2,3:5:37:111,0,37 1/1:0,1:1:3:42,3,0 1/1:0,2:2:6:74,6,0 0/1:1,1:2:36:36,0,36 1/1:0,4:4:12:121,12,0 1/1:0,1:1:3:42,3,0 1/1:0,4:4:12:135,12,0 1/1:0,2:2:6:84,6,0 1/1:0,4:4:12:159,12,0 1/1:0,4:4:12:167,12,0 1/1:0,1:1:3:42,3,0 1/1:0,3:3:9:125,9,0 0/0:.:0:.:0,0,0 1/1:0,1:1:3:42,3,0 +Reference 8500 . A C 152.16 PASS AC=3;AF=0.094;AN=32;BaseQRankSum=-2.278;DP=51;ExcessHet=0.0000;FS=2.409;InbreedingCoeff=0.3254;MLEAC=3;MLEAF=0.094;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.36;ReadPosRankSum=-1.999;SOR=1.909 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,152 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 1/1:0,2:2:6:69,6,0 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:6,0:6:18:0,18,247 0/0:.:0:.:0,0,0 0/1:1,3:4:30:103,0,30 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:1,0:1:3:0,3,32 0/0:3,0:3:9:0,9,121 0/0:5,0:5:15:0,15,205 0/0:4,0:4:12:0,12,165 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:6,0:6:18:0,18,218 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:4,0:4:12:0,12,163 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,84 +Reference 9000 . A C 236.99 PASS AC=6;AF=0.167;AN=36;BaseQRankSum=0.221;DP=61;ExcessHet=0.1688;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0878;MLEAC=5;MLEAF=0.139;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=33.86;ReadPosRankSum=0.919;SOR=1.127 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,163 0/1:2,1:3:33:33,0,75 0/0:4,0:4:12:0,12,161 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:3,0:3:9:0,9,121 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:6,0:6:18:0,18,251 0/0:3,0:3:9:0,9,121 0/0:5,0:5:15:0,15,205 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:4,0:4:12:0,12,153 0/1:1,3:4:30:113,0,30 0/1:1,2:3:33:75,0,33 0/0:.:0:.:0,0,0 1/1:0,1:1:3:10,3,0 0/1:2,1:3:33:33,0,60 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:4,0:4:12:0,12,161 0/0:3,0:3:9:0,9,125 +Reference 10000 . A C 91.12 PASS AC=2;AF=0.053;AN=38;BaseQRankSum=0.846;DP=52;ExcessHet=0.1190;FS=6.365;InbreedingCoeff=-0.0533;MLEAC=3;MLEAF=0.079;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=30.37;ReadPosRankSum=2.062;SOR=2.683 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:3,0:3:9:0,9,117 0/0:2,0:2:6:0,6,69 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:6,0:6:18:0,18,251 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,32 0/0:7,0:7:21:0,21,284 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/1:1,2:3:33:75,0,33 0/1:2,1:3:33:33,0,71 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:3,0:3:9:0,9,121 0/0:3,0:3:9:0,9,121 +Reference 10500 . A C 322.32 PASS AC=6;AF=0.167;AN=36;BaseQRankSum=1.465;DP=50;ExcessHet=0.0018;FS=12.775;InbreedingCoeff=0.2844;MLEAC=6;MLEAF=0.167;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.79;ReadPosRankSum=-0.142;SOR=0.559 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,84 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,74 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:4,0:4:12:0,12,143 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,51 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/1:1,2:3:33:75,0,33 1/1:0,3:3:9:125,9,0 0/0:3,0:3:9:0,9,83 0/0:6,0:6:18:0,18,251 0/1:3,2:5:68:68,0,106 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:1,0:1:3:0,3,38 0/0:4,0:4:12:0,12,167 +Reference 11000 . A C 67.77 PASS AC=1;AF=0.029;AN=34;BaseQRankSum=-1.044;DP=42;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1134;MLEAC=1;MLEAF=0.029;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.55;ReadPosRankSum=0.855;SOR=0.473 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:2,0:2:6:0,6,80 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:4,0:4:12:0,12,157 0/0:4,0:4:12:0,12,161 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:6,0:6:17:0,17,182 0/1:2,3:5:69:78,0,69 0/0:1,0:1:3:0,3,42 +Reference 11500 . A C 997.87 PASS AC=20;AF=0.526;AN=38;BaseQRankSum=-0.991;DP=59;ExcessHet=0.0022;FS=6.171;InbreedingCoeff=0.3239;MLEAC=18;MLEAF=0.474;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=29.56;ReadPosRankSum=-0.016;SOR=0.600 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12:163,12,0 1/1:0,4:4:12:163,12,0 0/0:3,0:3:9:0,9,125 1/1:0,3:3:9:115,9,0 0/1:3,3:6:99:107,0,107 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:4,0:4:12:0,12,167 1/1:0,1:1:3:27,3,0 0/1:1,1:2:36:36,0,36 0/0:2,0:2:6:0,6,82 1/1:0,1:1:3:42,3,0 1/1:0,1:1:3:42,3,0 1/1:0,3:3:9:125,9,0 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/1:2,2:4:40:72,0,40 0/1:4,1:5:27:27,0,120 +Reference 12500 . A C 313.81 PASS AC=6;AF=0.158;AN=38;BaseQRankSum=0.000;DP=54;ExcessHet=0.1504;FS=4.082;InbreedingCoeff=0.0509;MLEAC=5;MLEAF=0.132;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.42;ReadPosRankSum=0.033;SOR=0.770 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,121 0/0:2,0:2:6:0,6,47 0/1:1,1:2:4:4,0,36 0/1:3,3:6:99:107,0,107 0/0:3,0:3:9:0,9,93 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:5,0:5:15:0,15,205 0/0:1,0:1:3:0,3,42 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/0:5,0:5:15:0,15,209 0/1:1,2:3:33:71,0,33 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/1:1,2:3:33:75,0,33 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:2,0:2:6:0,6,69 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:3,0:3:9:0,9,110 0/0:3,0:3:9:0,9,119 +Reference 13000 . A C 273.19 PASS AC=2;AF=0.056;AN=36;BaseQRankSum=-1.853;DP=49;ExcessHet=0.1259;FS=6.412;InbreedingCoeff=0.0129;MLEAC=3;MLEAF=0.083;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.77;ReadPosRankSum=-1.299;SOR=1.786 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:4,0:4:12:0,12,163 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/1:1,2:3:33:70,0,33 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/1:3,6:9:98:219,0,98 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:2,0:2:6:0,6,80 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,84 +Reference 13500 . A C 66.93 PASS AC=2;AF=0.053;AN=38;BaseQRankSum=0.609;DP=52;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2766;MLEAC=1;MLEAF=0.026;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=33.46;ReadPosRankSum=0.219;SOR=0.302 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,84 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/0:5,0:5:15:0,15,194 0/0:2,0:2:6:0,6,79 0/0:5,0:5:15:0,15,209 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:2,0:2:6:0,6,74 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,80 0/0:7,0:7:21:0,21,282 0/0:2,0:2:6:0,6,74 0/0:2,0:2:6:0,6,80 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:1,0:1:3:0,3,42 +Reference 14500 . A C 708.81 PASS AC=21;AF=0.583;AN=36;BaseQRankSum=-0.855;DP=37;ExcessHet=0.0005;FS=2.158;InbreedingCoeff=0.2896;MLEAC=19;MLEAF=0.528;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=30.62;ReadPosRankSum=0.127;SOR=0.892 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,125 1/1:0,2:2:6:84,6,0 1/1:0,1:1:3:42,3,0 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/0:2,0:2:6:0,6,80 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/1:2,1:3:33:33,0,75 0/1:1,1:2:32:32,0,32 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:1,0:1:3:0,3,42 1/1:0,1:1:3:42,3,0 1/1:0,1:1:3:10,3,0 0/1:1,1:2:36:36,0,36 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:.:0:.:0,0,0 1/1:0,3:3:9:93,9,0 1/1:0,4:4:12:157,12,0 0/0:2,0:2:6:0,6,84 +Reference 15500 . A C 597.56 PASS AC=16;AF=0.444;AN=36;BaseQRankSum=-0.611;DP=39;ExcessHet=0.0042;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1973;MLEAC=16;MLEAF=0.444;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=28.17;ReadPosRankSum=1.953;SOR=0.586 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,1:1:3:36,3,0 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:5,0:5:15:0,15,199 0/0:1,0:1:3:0,3,32 0/0:5,0:5:15:0,15,203 0/1:1,1:2:36:36,0,36 0/0:2,0:2:6:0,6,51 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:.:0:.:0,0,0 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,51 1/1:0,3:3:9:115,9,0 0/1:1,2:3:33:65,0,33 0/1:1,1:2:32:32,0,35 0/1:1,1:2:36:36,0,36 1/1:0,4:4:12:156,12,0 0/0:.:0:.:0,0,0 1/1:0,1:1:3:42,3,0 +Reference 16000 . A C 114.98 PASS AC=2;AF=0.056;AN=36;BaseQRankSum=-0.267;DP=56;ExcessHet=0.1259;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0579;MLEAC=3;MLEAF=0.083;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.37;ReadPosRankSum=-1.591;SOR=0.439 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:3,0:3:9:0,9,119 0/0:3,0:3:9:0,9,89 0/0:2,0:2:6:0,6,80 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:2,0:2:6:0,6,80 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/1:2,2:4:61:61,0,72 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:6,0:6:18:0,18,218 0/0:5,0:5:15:0,15,209 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/1:2,2:4:71:71,0,71 0/0:1,0:1:3:0,3,38 0/0:1,0:1:3:0,3,38 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:2,0:2:6:0,6,78 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:5,0:5:15:0,15,173 +Reference 17000 . A C 367.56 PASS AC=4;AF=0.111;AN=36;BaseQRankSum=0.481;DP=63;ExcessHet=0.0113;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2421;MLEAC=4;MLEAF=0.111;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.50;ReadPosRankSum=-0.820;SOR=0.735 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:5,0:5:15:0,15,205 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:1,0:1:3:0,3,32 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:4,0:4:12:0,12,162 0/0:3,0:3:9:0,9,83 1/1:0,4:4:12:167,12,0 0/0:6,0:6:18:0,18,251 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:4,0:4:12:0,12,159 0/0:6,0:6:18:0,18,218 0/1:2,5:7:62:188,0,62 0/0:2,0:2:6:0,6,83 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/1:2,2:4:40:40,0,72 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:1,0:1:3:0,3,42 +Reference 17500 . A C 643.81 PASS AC=16;AF=0.444;AN=36;BaseQRankSum=-0.189;DP=50;ExcessHet=0.7050;FS=3.396;InbreedingCoeff=-0.1038;MLEAC=16;MLEAF=0.444;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.80;ReadPosRankSum=0.559;SOR=0.833 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:.:0:.:0,0,0 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/1:2,1:3:33:33,0,75 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/0:3,0:3:9:0,9,93 0/0:1,0:1:3:0,3,42 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/1:1,1:2:32:36,0,32 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/1:3,1:4:26:26,0,81 0/1:2,2:4:40:40,0,72 0/1:2,3:5:68:110,0,68 0/1:3,1:4:30:30,0,113 0/1:3,1:4:30:30,0,113 0/0:4,0:4:12:0,12,157 1/1:0,2:2:6:51,6,0 0/1:1,2:3:33:75,0,33 0/0:.:0:.:0,0,0 +Reference 18000 . A C 158.73 PASS AC=4;AF=0.105;AN=38;BaseQRankSum=0.958;DP=61;ExcessHet=0.0101;FS=2.152;InbreedingCoeff=0.1457;MLEAC=4;MLEAF=0.105;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.45;ReadPosRankSum=0.875;SOR=0.929 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,10 0/1:2,1:3:33:33,0,75 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:1,0:1:3:0,3,10 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/0:5,0:5:15:0,15,195 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:5,0:5:15:0,15,173 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,80 0/1:3,3:6:99:107,0,103 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:6,0:6:18:0,18,251 +Reference 18500 . A C 368.99 PASS AC=8;AF=0.235;AN=34;BaseQRankSum=1.040;DP=46;ExcessHet=0.0006;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3475;MLEAC=8;MLEAF=0.235;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.00;ReadPosRankSum=0.451;SOR=1.015 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,93 0/0:4,0:4:12:0,12,135 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:3,0:3:8:0,8,61 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,80 1/1:0,2:2:6:80,6,0 1/1:0,4:4:12:167,12,0 0/1:2,1:3:33:33,0,75 0/0:5,0:5:14:0,14,112 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:.:0:.:0,0,0 0/1:1,2:3:33:75,0,33 +Reference 19000 . A C 756.26 PASS AC=15;AF=0.417;AN=36;BaseQRankSum=0.846;DP=45;ExcessHet=0.0261;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1417;MLEAC=16;MLEAF=0.444;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=34.38;ReadPosRankSum=1.450;SOR=0.616 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,2:3:33:75,0,33 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/1:2,2:4:40:40,0,57 0/1:1,1:2:36:36,0,36 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:1,0:1:3:0,3,42 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:1,0:1:3:0,3,38 0/1:2,2:4:67:72,0,67 0/0:1,0:1:3:0,3,42 1/1:0,5:5:15:209,15,0 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:.:0:.:0,0,0 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/0:4,0:4:12:0,12,165 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/1:1,1:2:36:36,0,36 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,84 +Reference 19500 . A C 141.25 PASS AC=1;AF=0.028;AN=36;BaseQRankSum=1.217;DP=45;ExcessHet=0.0000;FS=5.316;InbreedingCoeff=0.0623;MLEAC=1;MLEAF=0.028;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=28.25;ReadPosRankSum=0.163;SOR=1.544 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:3,0:3:9:0,9,93 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:3,0:3:9:0,9,121 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:3,0:3:9:0,9,121 0/0:5,0:5:15:0,15,196 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/1:1,4:5:22:152,0,22 0/0:1,0:1:3:0,3,38 0/0:4,0:4:12:0,12,135 0/0:4,0:4:12:0,12,163 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,77 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,80 +Reference 20000 . A C 870.88 PASS AC=17;AF=0.447;AN=38;BaseQRankSum=-0.647;DP=44;ExcessHet=0.0137;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1914;MLEAC=17;MLEAF=0.447;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=30.02;ReadPosRankSum=1.218;SOR=0.946 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/1:1,1:2:32:36,0,32 1/1:0,3:3:9:121,9,0 0/0:2,0:2:6:0,6,84 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:2,0:2:6:0,6,51 0/1:1,1:2:36:36,0,36 1/1:0,2:2:6:84,6,0 1/1:0,5:5:15:205,15,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,84 1/1:0,2:2:6:51,6,0 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/1:1,1:2:36:36,0,36 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/1:1,2:3:32:75,0,32 0/1:1,2:3:33:65,0,33 0/0:1,0:1:3:0,3,42 +Reference 21000 . A C 59.22 PASS AC=1;AF=0.026;AN=38;BaseQRankSum=0.848;DP=55;ExcessHet=0.0000;FS=6.899;InbreedingCoeff=0.0128;MLEAC=1;MLEAF=0.026;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.81;ReadPosRankSum=-0.119;SOR=2.276 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,121 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:4,0:4:12:0,12,135 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:3,0:3:9:0,9,117 0/0:3,0:3:9:0,9,121 0/1:2,2:4:71:71,0,71 0/0:3,0:3:9:0,9,93 0/0:5,0:5:15:0,15,177 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:5,0:5:15:0,15,201 0/0:4,0:4:12:0,12,125 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,80 0/0:2,0:2:6:0,6,80 +Reference 21500 . A C 228.22 PASS AC=6;AF=0.158;AN=38;BaseQRankSum=0.040;DP=57;ExcessHet=0.1504;FS=1.977;InbreedingCoeff=0.0869;MLEAC=6;MLEAF=0.158;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=31.98;ReadPosRankSum=-1.192;SOR=1.042 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,93 1/1:0,3:3:9:121,9,0 0/1:1,1:2:36:36,0,36 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:3,0:3:9:0,9,119 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:4,0:4:12:0,12,159 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/1:2,1:3:33:33,0,75 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:1,0:1:3:0,3,27 0/1:1,1:2:32:36,0,32 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:5,0:5:15:0,15,209 0/1:2,1:3:33:33,0,71 0/0:5,0:5:15:0,15,209 +Reference 22500 . A C 51.48 PASS AC=1;AF=0.029;AN=34;BaseQRankSum=0.772;DP=45;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1268;MLEAC=1;MLEAF=0.029;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.35;ReadPosRankSum=1.588;SOR=0.487 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:4,0:4:12:0,12,157 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/1:5,2:7:62:62,0,188 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,51 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:4,0:4:12:0,12,153 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:3,0:3:9:0,9,113 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:4,0:4:12:0,12,159 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,42 +Reference 23500 . A C 809.90 PASS AC=16;AF=0.444;AN=36;BaseQRankSum=0.657;DP=53;ExcessHet=0.0042;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2566;MLEAC=15;MLEAF=0.417;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=27.51;ReadPosRankSum=0.440;SOR=0.677 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:15:0,15,199 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/1:1,1:2:26:36,0,26 0/0:2,0:2:6:0,6,84 1/1:0,1:1:3:40,3,0 1/1:0,6:6:18:241,18,0 1/1:0,1:1:3:42,3,0 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/1:2,6:8:55:227,0,55 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/0:4,0:4:12:0,12,163 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/1:1,1:2:36:36,0,36 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:.:0:.:0,0,0 0/1:2,1:3:33:33,0,75 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:.:0:.:0,0,0 +Reference 24000 . A C 569.01 PASS AC=13;AF=0.342;AN=38;BaseQRankSum=-0.419;DP=43;ExcessHet=0.0006;FS=1.810;InbreedingCoeff=0.2643;MLEAC=12;MLEAF=0.316;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=29.11;ReadPosRankSum=0.701;SOR=0.521 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:.:0:.:0,0,0 1/1:0,2:2:6:80,6,0 0/1:1,4:5:27:152,0,27 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:3,0:3:9:0,9,125 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/1:1,2:3:33:75,0,33 0/0:1,0:1:3:0,3,42 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/0:5,0:5:15:0,15,205 0/1:2,1:3:33:33,0,75 0/0:2,0:2:6:0,6,84 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:3,0:3:9:0,9,125 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/0:2,0:2:6:0,6,84 +Reference 24500 . A C 234.11 PASS AC=6;AF=0.158;AN=38;BaseQRankSum=0.289;DP=51;ExcessHet=0.0015;FS=2.301;InbreedingCoeff=0.2290;MLEAC=6;MLEAF=0.158;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=33.44;ReadPosRankSum=0.872;SOR=2.571 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/1:5,1:6:24:24,0,159 0/0:3,0:3:9:0,9,119 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:1,0:1:3:0,3,10 0/0:3,0:3:9:0,9,115 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/1:1,2:3:28:71,0,28 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:5,0:5:15:0,15,199 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:2,0:2:6:0,6,80 0/0:5,0:5:15:0,15,199 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:2,0:2:6:0,6,84 +Reference 25500 . A C 1310.60 PASS AC=27;AF=0.711;AN=38;BaseQRankSum=-0.715;DP=52;ExcessHet=0.0524;FS=1.399;InbreedingCoeff=0.1111;MLEAC=25;MLEAF=0.658;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=28.08;ReadPosRankSum=-0.312;SOR=0.790 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9:125,9,0 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/1:1,1:2:36:36,0,36 1/1:0,1:1:3:42,3,0 1/1:0,2:2:6:83,6,0 1/1:0,1:1:3:42,3,0 1/1:0,1:1:3:38,3,0 1/1:0,5:5:14:144,14,0 0/0:2,0:2:6:0,6,80 0/0:.:0:.:0,0,0 0/1:1,4:5:27:146,0,27 1/1:0,4:4:12:157,12,0 0/1:3,2:5:68:68,0,100 0/0:3,0:3:9:0,9,125 1/1:0,1:1:3:42,3,0 1/1:0,2:2:6:74,6,0 1/1:0,3:3:9:116,9,0 0/1:1,2:3:33:75,0,33 0/1:1,1:2:36:36,0,36 0/0:4,0:4:12:0,12,163 +Reference 26500 . A C 94.73 PASS AC=3;AF=0.094;AN=32;BaseQRankSum=-0.865;DP=45;ExcessHet=0.4420;FS=2.722;InbreedingCoeff=0.1019;MLEAC=3;MLEAF=0.094;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.68;ReadPosRankSum=0.774;SOR=2.606 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:6,0:6:18:0,18,218 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/1:1,1:2:4:4,0,36 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/1:2,2:4:71:71,0,71 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/1:1,1:2:36:36,0,36 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:1,0:1:3:0,3,38 0/0:3,0:3:9:0,9,93 0/0:3,0:3:9:0,9,121 0/0:4,0:4:12:0,12,135 +Reference 28000 . A C 95.85 PASS AC=3;AF=0.075;AN=40;BaseQRankSum=0.676;DP=61;ExcessHet=0.0000;FS=6.492;InbreedingCoeff=0.1346;MLEAC=2;MLEAF=0.050;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=31.95;ReadPosRankSum=-0.294;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:3,0:3:9:0,9,121 0/0:4,0:4:12:0,12,135 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:4,0:4:12:0,12,135 0/1:1,2:3:33:75,0,33 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:5,0:5:15:0,15,205 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:7,0:7:21:0,21,256 0/0:4,0:4:12:0,12,157 0/0:2,0:2:6:0,6,84 1/1:0,1:1:3:42,3,0 +Reference 28500 . A C 207.30 PASS AC=5;AF=0.139;AN=36;BaseQRankSum=-0.950;DP=47;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3282;MLEAC=5;MLEAF=0.139;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=34.55;ReadPosRankSum=1.086;SOR=0.671 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,1:5:27:27,0,147 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:5,0:5:15:0,15,205 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:4,0:4:12:0,12,161 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:2,0:2:6:0,6,51 0/0:4,0:4:12:0,12,162 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,51 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 1/1:0,4:4:12:125,12,0 +Reference 29000 . A C 67.38 PASS AC=2;AF=0.053;AN=38;BaseQRankSum=0.730;DP=48;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2561;MLEAC=1;MLEAF=0.026;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=33.69;ReadPosRankSum=1.108;SOR=2.226 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:2,0:2:6:0,6,64 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:4,0:4:12:0,12,135 0/0:1,0:1:3:0,3,10 0/0:1,0:1:3:0,3,10 0/0:8,0:8:24:0,24,327 0/0:6,0:6:18:0,18,247 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:3,0:3:9:0,9,93 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:3,0:3:9:0,9,121 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,84 +Reference 30500 . A C 1212.83 PASS AC=25;AF=0.625;AN=40;BaseQRankSum=-0.130;DP=48;ExcessHet=0.1768;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0113;MLEAC=23;MLEAF=0.575;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.23;ReadPosRankSum=-1.108;SOR=0.255 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,2:3:33:75,0,33 1/1:0,4:4:12:167,12,0 0/1:1,1:2:36:36,0,36 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/1:1,1:2:36:36,0,36 0/1:1,2:3:33:75,0,33 1/1:0,1:1:3:38,3,0 0/1:2,1:3:33:33,0,65 1/1:0,2:2:6:80,6,0 0/0:5,0:5:15:0,15,203 0/1:2,2:4:71:71,0,71 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/1:1,1:2:36:36,0,36 1/1:0,2:2:6:80,6,0 1/1:0,2:2:6:83,6,0 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/0:2,0:2:6:0,6,84 1/1:0,2:2:6:80,6,0 1/1:0,4:4:12:167,12,0 +Reference 31500 . A C 288.71 PASS AC=9;AF=0.237;AN=38;BaseQRankSum=1.631;DP=43;ExcessHet=0.0031;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1807;MLEAC=8;MLEAF=0.211;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=29.03;ReadPosRankSum=-0.497;SOR=1.806 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,118 0/0:3,0:3:9:0,9,121 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/1:1,2:3:33:75,0,33 0/1:1,1:2:26:36,0,26 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:3,0:3:9:0,9,121 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:4,0:4:12:0,12,163 0/0:2,0:2:6:0,6,51 0/0:2,0:2:6:0,6,51 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/1:1,1:2:36:36,0,36 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:6,0:6:18:0,18,208 +Reference 32000 . A C 63.24 PASS AC=1;AF=0.028;AN=36;BaseQRankSum=0.696;DP=59;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1406;MLEAC=1;MLEAF=0.028;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.08;ReadPosRankSum=1.480;SOR=0.560 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,163 0/1:1,2:3:33:75,0,33 0/0:2,0:2:6:0,6,76 0/0:3,0:3:9:0,9,121 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:4,0:4:12:0,12,163 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:6,0:6:18:0,18,250 0/0:3,0:3:9:0,9,115 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,51 0/0:3,0:3:9:0,9,115 0/0:2,0:2:6:0,6,80 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:5,0:5:15:0,15,205 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,42 +Reference 33000 . A C 511.87 PASS AC=13;AF=0.342;AN=38;BaseQRankSum=-1.424;DP=53;ExcessHet=0.0278;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1502;MLEAC=13;MLEAF=0.342;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=30.67;ReadPosRankSum=-1.261;SOR=0.906 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,1:4:30:30,0,113 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:.:0:.:0,0,0 0/1:2,2:4:71:71,0,71 0/1:1,1:2:36:36,0,36 1/1:0,3:3:9:93,9,0 0/1:2,1:3:33:33,0,43 0/0:3,0:3:9:0,9,125 1/1:0,2:2:6:74,6,0 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/1:2,1:3:33:33,0,43 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:5,0:5:15:0,15,209 0/0:1,0:1:3:0,3,42 1/1:0,3:3:9:125,9,0 1/1:0,1:1:3:38,3,0 0/0:4,0:4:12:0,12,167 +Reference 35000 . A C 57.21 PASS AC=3;AF=0.088;AN=34;BaseQRankSum=-0.897;DP=51;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2929;MLEAC=3;MLEAF=0.088;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=28.60;ReadPosRankSum=1.273;SOR=1.066 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,163 0/1:4,1:5:27:27,0,142 0/0:3,0:3:9:0,9,123 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:.:0:.:0,0,0 1/1:0,2:2:6:51,6,0 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:5,0:5:15:0,15,205 0/0:2,0:2:6:0,6,74 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:6,0:6:18:0,18,232 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:2,0:2:6:0,6,80 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:4,0:4:12:0,12,159 0/0:1,0:1:3:0,3,35 +Reference 35500 . A C 279.96 PASS AC=6;AF=0.150;AN=40;BaseQRankSum=-0.728;DP=53;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.4721;MLEAC=5;MLEAF=0.125;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=35.00;ReadPosRankSum=-1.129;SOR=1.440 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:3,0:3:9:0,9,125 1/1:0,2:2:6:80,6,0 0/0:6,0:6:18:0,18,251 0/0:2,0:2:6:0,6,51 1/1:0,4:4:12:163,12,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:4,0:4:12:0,12,163 0/0:1,0:1:3:0,3,42 1/1:0,2:2:6:74,6,0 0/0:2,0:2:6:0,6,74 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:3,0:3:9:0,9,115 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:4,0:4:12:0,12,157 0/0:4,0:4:12:0,12,163 0/0:5,0:5:15:0,15,209 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,84 +Reference 36500 . A C 232.59 PASS AC=6;AF=0.158;AN=38;BaseQRankSum=-0.832;DP=65;ExcessHet=0.0015;FS=2.039;InbreedingCoeff=0.2983;MLEAC=5;MLEAF=0.132;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.84;ReadPosRankSum=-1.176;SOR=0.470 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:3,0:3:9:0,9,93 0/1:2,3:5:69:78,0,69 1/1:0,2:2:6:83,6,0 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:4,0:4:11:0,11,99 0/0:4,0:4:12:0,12,147 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:5,0:5:15:0,15,209 0/1:5,1:6:24:24,0,191 1/1:0,2:2:6:80,6,0 0/0:4,0:4:12:0,12,157 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:4,0:4:12:0,12,167 +Reference 38000 . A C 199.21 PASS AC=2;AF=0.059;AN=34;BaseQRankSum=0.379;DP=60;ExcessHet=0.1336;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1428;MLEAC=3;MLEAF=0.088;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.92;ReadPosRankSum=2.337;SOR=0.439 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,3:6:99:107,0,107 0/0:4,0:4:12:0,12,158 0/0:3,0:3:9:0,9,86 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/1:1,3:4:30:109,0,30 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:5,0:5:15:0,15,199 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,70 0/0:5,0:5:15:0,15,205 0/0:3,0:3:9:0,9,93 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:4,0:4:12:0,12,163 0/0:4,0:4:12:0,12,159 0/0:2,0:2:6:0,6,51 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:5,0:5:15:0,15,199 0/0:.:0:.:0,0,0 +Reference 38500 . A C 1995.71 PASS AC=35;AF=0.921;AN=38;BaseQRankSum=-0.686;DP=50;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1470;MLEAC=34;MLEAF=0.895;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.61;ReadPosRankSum=-1.231;SOR=0.368 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6:84,6,0 1/1:0,5:5:15:205,15,0 1/1:0,1:1:3:42,3,0 1/1:0,4:4:12:131,12,0 1/1:0,4:4:12:167,12,0 1/1:0,1:1:3:42,3,0 1/1:0,2:2:6:84,6,0 1/1:0,1:1:3:42,3,0 1/1:0,1:1:3:32,3,0 1/1:0,3:3:9:125,9,0 1/1:0,3:3:9:125,9,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 1/1:0,7:7:21:283,21,0 0/0:.:0:.:0,0,0 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/1:2,2:4:67:67,0,72 1/1:0,2:2:6:84,6,0 1/1:0,1:1:3:42,3,0 1/1:0,2:2:6:84,6,0 1/1:0,3:3:9:125,9,0 +Reference 39000 . A C 446.68 PASS AC=9;AF=0.237;AN=38;BaseQRankSum=0.302;DP=51;ExcessHet=0.0031;FS=1.496;InbreedingCoeff=0.2295;MLEAC=9;MLEAF=0.237;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=34.36;ReadPosRankSum=-0.714;SOR=0.549 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/1:1,3:4:30:81,0,30 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:1,0:1:3:0,3,42 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/1:1,2:3:33:75,0,33 1/1:0,4:4:12:167,12,0 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/0:2,0:2:6:0,6,79 0/1:4,1:5:27:27,0,116 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,74 0/0:5,0:5:15:0,15,209 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:3,0:3:9:0,9,125 +Reference 40000 . A C 67.25 PASS AC=2;AF=0.056;AN=36;BaseQRankSum=0.727;DP=55;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3448;MLEAC=1;MLEAF=0.028;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=33.63;ReadPosRankSum=2.071;SOR=2.288 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,163 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,74 0/0:2,0:2:6:0,6,51 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:7,0:7:21:0,21,278 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:6,0:6:18:0,18,251 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:4,0:4:12:0,12,163 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:4,0:4:12:0,12,127 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:2,0:2:6:0,6,51 1/1:0,2:2:6:84,6,0 +Reference 40500 . A C 99.19 PASS AC=1;AF=0.028;AN=36;BaseQRankSum=0.888;DP=47;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0714;MLEAC=1;MLEAF=0.028;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.84;ReadPosRankSum=1.219;SOR=1.010 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,121 0/0:1,0:1:3:0,3,37 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:1,0:1:3:0,3,38 0/0:4,0:4:12:0,12,157 0/0:5,0:5:15:0,15,209 0/0:2,0:2:5:0,5,19 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:5,0:5:15:0,15,209 0/0:2,0:2:5:0,5,19 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:3,0:3:9:0,9,121 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/1:2,3:5:68:110,0,68 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,84 +Reference 41000 . A C 794.84 PASS AC=19;AF=0.500;AN=38;BaseQRankSum=-0.580;DP=54;ExcessHet=0.0002;FS=18.888;InbreedingCoeff=0.3764;MLEAC=17;MLEAF=0.447;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=29.20;ReadPosRankSum=-0.298;SOR=1.371 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,51 1/1:0,2:2:6:84,6,0 1/1:0,1:1:3:42,3,0 1/1:0,2:2:6:51,6,0 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:5,0:5:15:0,15,205 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/1:1,2:3:33:75,0,33 0/0:3,0:3:9:0,9,117 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/0:7,0:7:21:0,21,292 0/0:.:0:.:0,0,0 0/1:1,1:2:32:32,0,36 0/0:4,0:4:12:0,12,167 1/1:0,1:1:3:42,3,0 1/1:0,5:5:15:209,15,0 1/1:0,3:3:9:117,9,0 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/1:2,2:4:72:72,0,72 +Reference 41500 . A C 2107.93 PASS AC=36;AF=0.947;AN=38;BaseQRankSum=1.605;DP=52;ExcessHet=0.1190;FS=3.080;InbreedingCoeff=-0.0375;MLEAC=35;MLEAF=0.921;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=28.55;ReadPosRankSum=0.219;SOR=0.466 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12:163,12,0 1/1:0,2:2:6:84,6,0 1/1:0,1:1:3:42,3,0 1/1:0,3:3:9:125,9,0 1/1:0,2:2:6:84,6,0 1/1:0,1:1:3:42,3,0 1/1:0,2:2:6:84,6,0 1/1:0,3:3:9:93,9,0 1/1:0,4:4:12:157,12,0 1/1:0,3:3:9:125,9,0 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/1:1,2:3:33:75,0,33 0/1:1,2:3:29:74,0,29 0/0:.:0:.:0,0,0 1/1:0,2:2:6:84,6,0 1/1:0,2:2:6:84,6,0 1/1:0,4:4:12:167,12,0 1/1:0,6:6:18:247,18,0 1/1:0,3:3:9:93,9,0 1/1:0,1:1:3:42,3,0 +Reference 42500 . A C 59.17 PASS AC=2;AF=0.053;AN=38;BaseQRankSum=-1.781;DP=49;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2618;MLEAC=1;MLEAF=0.026;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=29.59;ReadPosRankSum=-0.910;SOR=0.653 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,89 0/0:5,0:5:15:0,15,209 1/1:0,2:2:6:76,6,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:4,0:4:12:0,12,163 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:3,0:3:9:0,9,121 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:5,0:5:15:0,15,209 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:5,0:5:15:0,15,209 +Reference 43500 . A C 55.97 PASS AC=1;AF=0.026;AN=38;BaseQRankSum=-0.950;DP=46;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0317;MLEAC=1;MLEAF=0.026;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.99;ReadPosRankSum=-1.626;SOR=0.910 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:6,0:6:18:0,18,247 0/0:2,0:2:6:0,6,51 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:3,0:3:9:0,9,119 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:5,0:5:15:0,15,209 0/0:4,0:4:12:0,12,160 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:1,0:1:3:0,3,35 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/1:2,2:4:67:67,0,67 0/0:2,0:2:6:0,6,51 0/0:1,0:1:3:0,3,38 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,84 +Reference 44500 . A C 477.57 PASS AC=9;AF=0.237;AN=38;BaseQRankSum=0.418;DP=57;ExcessHet=0.0000;FS=6.104;InbreedingCoeff=0.5021;MLEAC=8;MLEAF=0.211;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=31.84;ReadPosRankSum=-1.751;SOR=0.724 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,163 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:2,0:2:6:0,6,80 0/0:6,0:6:18:0,18,226 0/0:2,0:2:6:0,6,69 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,84 1/1:0,4:4:12:157,12,0 1/1:0,2:2:6:84,6,0 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/1:2,2:4:71:71,0,71 1/1:0,3:3:9:121,9,0 0/0:4,0:4:12:0,12,157 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,83 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:4,0:4:12:0,12,160 0/0:3,0:3:9:0,9,93 +Reference 45000 . A C 1528.69 PASS AC=25;AF=0.694;AN=36;BaseQRankSum=1.450;DP=46;ExcessHet=0.0016;FS=4.746;InbreedingCoeff=0.2874;MLEAC=27;MLEAF=0.750;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=34.42;ReadPosRankSum=0.928;SOR=0.721 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15:209,15,0 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/1:1,2:3:33:75,0,33 0/0:3,0:3:9:0,9,110 1/1:0,4:4:12:162,12,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:1,0:1:3:0,3,10 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/0:1,0:1:3:0,3,38 1/1:0,3:3:9:125,9,0 1/1:0,1:1:3:42,3,0 1/1:0,3:3:9:125,9,0 0/1:1,3:4:30:109,0,30 1/1:0,2:2:6:51,6,0 1/1:0,3:3:9:125,9,0 1/1:0,3:3:9:125,9,0 1/1:0,3:3:9:117,9,0 0/0:.:0:.:0,0,0 0/1:1,1:2:36:36,0,36 +Reference 45500 . A C 473.41 PASS AC=9;AF=0.265;AN=34;BaseQRankSum=-1.184;DP=54;ExcessHet=0.1725;FS=2.954;InbreedingCoeff=0.0987;MLEAC=10;MLEAF=0.294;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.67;ReadPosRankSum=-0.258;SOR=0.510 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,38 0/0:3,0:3:9:0,9,93 0/1:2,3:5:68:110,0,68 0/1:3,1:4:30:30,0,105 0/1:1,1:2:36:36,0,36 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:.:0:.:0,0,0 1/1:0,2:2:6:51,6,0 0/1:2,2:4:40:40,0,72 0/1:2,3:5:68:91,0,68 0/0:1,0:1:3:0,3,38 0/0:3,0:3:9:0,9,115 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:5,0:5:15:0,15,209 0/0:4,0:4:12:0,12,161 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:3,0:3:9:0,9,125 1/1:0,4:4:12:135,12,0 +Reference 46000 . A C 98.45 PASS AC=1;AF=0.028;AN=36;BaseQRankSum=0.962;DP=54;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1184;MLEAC=1;MLEAF=0.028;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.69;ReadPosRankSum=-0.453;SOR=1.156 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,80 0/0:3,0:3:9:0,9,111 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,32 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:3,0:3:9:0,9,117 0/0:4,0:4:12:0,12,153 0/0:2,0:2:6:0,6,74 0/0:5,0:5:15:0,15,177 0/1:2,3:5:68:110,0,68 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,78 0/0:6,0:6:18:0,18,251 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:3,0:3:9:0,9,121 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:.:0:.:0,0,0 +Reference 46500 . A C 697.64 PASS AC=18;AF=0.474;AN=38;BaseQRankSum=1.098;DP=52;ExcessHet=0.0022;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2302;MLEAC=16;MLEAF=0.421;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=34.88;ReadPosRankSum=0.390;SOR=0.490 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,2:4:71:71,0,71 0/1:2,3:5:68:110,0,68 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 1/1:0,3:3:9:93,9,0 0/1:3,3:6:91:107,0,91 0/0:5,0:5:15:0,15,209 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,74 0/0:.:0:.:0,0,0 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/1:2,1:3:33:33,0,75 0/0:4,0:4:12:0,12,133 0/0:3,0:3:9:0,9,93 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/0:2,0:2:6:0,6,84 1/1:0,1:1:3:42,3,0 1/1:0,1:1:3:42,3,0 +Reference 47000 . A C 1069.78 PASS AC=26;AF=0.684;AN=38;BaseQRankSum=-0.123;DP=44;ExcessHet=0.0000;FS=3.427;InbreedingCoeff=0.3019;MLEAC=25;MLEAF=0.658;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=28.53;ReadPosRankSum=-0.056;SOR=0.673 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:1,0:1:3:0,3,38 1/1:0,3:3:9:125,9,0 1/1:0,3:3:9:117,9,0 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/1:4,2:6:65:65,0,145 0/1:2,1:3:33:33,0,71 1/1:0,3:3:9:83,9,0 1/1:0,2:2:6:84,6,0 1/1:0,1:1:3:38,3,0 1/1:0,1:1:3:10,3,0 1/1:0,1:1:3:42,3,0 1/1:0,4:4:12:163,12,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,38 1/1:0,1:1:3:42,3,0 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 1/1:0,4:4:12:135,12,0 +Reference 47500 . A C 97.22 PASS AC=3;AF=0.083;AN=36;BaseQRankSum=0.737;DP=51;ExcessHet=0.0000;FS=3.106;InbreedingCoeff=0.2541;MLEAC=3;MLEAF=0.083;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=32.41;ReadPosRankSum=0.561;SOR=1.071 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:15:0,15,209 0/0:4,0:4:12:0,12,163 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:5,0:5:15:0,15,177 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:4,0:4:12:0,12,157 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:5,0:5:15:0,15,201 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,84 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:2,0:2:6:0,6,51 0/1:1,2:3:29:75,0,29 0/0:2,0:2:6:0,6,84 +Reference 48000 . A C 1186.80 PASS AC=26;AF=0.684;AN=38;BaseQRankSum=-1.415;DP=44;ExcessHet=0.0068;FS=3.561;InbreedingCoeff=0.1589;MLEAC=25;MLEAF=0.658;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=27.23;ReadPosRankSum=0.558;SOR=0.753 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,1:3:33:33,0,75 0/1:2,2:4:71:71,0,71 1/1:0,1:1:3:38,3,0 0/0:.:0:.:0,0,0 0/1:2,1:3:23:23,0,74 0/1:1,3:4:30:113,0,30 1/1:0,3:3:9:125,9,0 1/1:0,3:3:9:125,9,0 1/1:0,4:4:12:163,12,0 1/1:0,1:1:3:32,3,0 1/1:0,3:3:9:125,9,0 0/0:3,0:3:9:0,9,125 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/0:2,0:2:6:0,6,84 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,42 1/1:0,1:1:3:42,3,0 1/1:0,1:1:3:42,3,0 1/1:0,2:2:6:84,6,0 +Reference 48500 . A C 169.92 PASS AC=1;AF=0.028;AN=36;BaseQRankSum=0.047;DP=50;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0817;MLEAC=1;MLEAF=0.028;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.24;ReadPosRankSum=-0.567;SOR=0.937 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,80 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,78 0/1:3,5:8:93:181,0,93 0/0:5,0:5:15:0,15,209 0/0:3,0:3:9:0,9,93 0/0:3,0:3:9:0,9,121 0/0:2,0:2:6:0,6,80 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:3,0:3:9:0,9,121 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:2,0:2:6:0,6,80 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,84 +Reference 49000 . A C 633.71 PASS AC=10;AF=0.263;AN=38;BaseQRankSum=0.720;DP=59;ExcessHet=0.0151;FS=12.662;InbreedingCoeff=0.2002;MLEAC=10;MLEAF=0.263;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.40;ReadPosRankSum=-0.468;SOR=0.568 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,4:6:34:149,0,34 0/1:1,2:3:33:75,0,33 0/0:4,0:4:12:0,12,131 0/0:4,0:4:12:0,12,157 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,51 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:4,0:4:12:0,12,163 0/0:2,0:2:6:0,6,80 0/1:1,2:3:33:43,0,33 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:3,0:3:9:0,9,121 0/0:1,0:1:3:0,3,42 1/1:0,3:3:9:125,9,0 0/1:2,2:4:66:66,0,72 1/1:0,3:3:9:121,9,0 0/0:1,0:1:3:0,3,38 0/0:3,0:3:9:0,9,125 +Reference 49500 . A C 167.41 PASS AC=4;AF=0.105;AN=38;BaseQRankSum=1.083;DP=54;ExcessHet=0.0101;FS=6.410;InbreedingCoeff=0.1232;MLEAC=4;MLEAF=0.105;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=29.52;ReadPosRankSum=-1.568;SOR=3.215 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,166 0/0:2,0:2:6:0,6,80 0/0:2,0:2:6:0,6,80 0/1:1,3:4:30:113,0,30 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:.:0:.:0,0,0 0/1:1,1:2:36:36,0,36 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,74 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:3,0:3:9:0,9,93 0/0:1,0:1:3:0,3,32 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:3,0:3:9:0,9,115 0/0:4,0:4:12:0,12,135 0/0:5,0:5:15:0,15,194 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:6,0:6:18:0,18,246 +Reference 50000 . A C 54.21 PASS AC=1;AF=0.028;AN=36;BaseQRankSum=-1.065;DP=45;ExcessHet=0.0000;FS=3.144;InbreedingCoeff=0.2111;MLEAC=1;MLEAF=0.028;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.07;ReadPosRankSum=1.543;SOR=2.266 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,2:3:1:65,0,1 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:1,0:1:3:0,3,10 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:6,0:6:18:0,18,241 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:3,0:3:9:0,9,111 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,74 0/0:4,0:4:12:0,12,162 0/0:3,0:3:9:0,9,121 0/0:2,0:2:6:0,6,84 +Reference 50500 . A C 214.35 PASS AC=4;AF=0.105;AN=38;BaseQRankSum=-1.047;DP=55;ExcessHet=0.7564;FS=1.571;InbreedingCoeff=-0.1465;MLEAC=5;MLEAF=0.132;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.49;ReadPosRankSum=1.220;SOR=0.909 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:5,0:5:15:0,15,189 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/1:3,2:5:54:54,0,110 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/1:1,2:3:33:74,0,33 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:3,0:3:9:0,9,121 0/0:1,0:1:3:0,3,38 0/0:5,0:5:15:0,15,209 0/1:1,2:3:26:74,0,26 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/1:2,1:3:33:33,0,74 0/0:5,0:5:15:0,15,205 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:5,0:5:15:0,15,205 +Reference 51000 . A C 143.74 PASS AC=2;AF=0.059;AN=34;BaseQRankSum=-1.055;DP=47;ExcessHet=0.1336;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0814;MLEAC=3;MLEAF=0.088;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.37;ReadPosRankSum=-2.172;SOR=1.027 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,163 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/1:3,2:5:68:68,0,110 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:3,0:3:9:0,9,121 0/0:.:0:.:0,0,0 0/1:2,3:5:37:91,0,37 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:2,0:2:6:0,6,79 0/0:3,0:3:9:0,9,85 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:2,0:2:6:0,6,80 +Reference 52000 . A C 141.63 PASS AC=1;AF=0.031;AN=32;BaseQRankSum=1.004;DP=45;ExcessHet=0.0000;FS=2.125;InbreedingCoeff=0.2076;MLEAC=1;MLEAF=0.031;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=28.33;ReadPosRankSum=-0.347;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:4,0:4:12:0,12,131 0/0:3,0:3:9:0,9,121 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:4,0:4:12:0,12,153 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:3,0:3:9:0,9,121 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/1:1,4:5:27:152,0,27 0/0:3,0:3:9:0,9,121 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:3,0:3:9:0,9,121 +Reference 52500 . A C 87.61 PASS AC=3;AF=0.075;AN=40;BaseQRankSum=-1.103;DP=47;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1152;MLEAC=3;MLEAF=0.075;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=33.47;ReadPosRankSum=0.022;SOR=0.789 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,115 0/0:3,0:3:9:0,9,121 0/0:4,0:4:12:0,12,167 1/1:0,2:2:6:74,6,0 0/1:1,1:2:36:36,0,36 0/0:4,0:4:12:0,12,165 0/0:1,0:1:3:0,3,38 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:2,0:2:6:0,6,74 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,32 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:2,0:2:6:0,6,84 +Reference 53000 . A C 606.71 PASS AC=16;AF=0.421;AN=38;BaseQRankSum=1.354;DP=49;ExcessHet=0.0026;FS=1.702;InbreedingCoeff=0.2432;MLEAC=14;MLEAF=0.368;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=32.91;ReadPosRankSum=-0.208;SOR=0.666 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,2:4:65:65,0,71 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:3,0:3:9:0,9,125 1/1:0,1:1:3:38,3,0 0/0:3,0:3:9:0,9,117 0/0:1,0:1:3:0,3,42 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/0:2,0:2:6:0,6,51 1/1:0,1:1:3:42,3,0 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/0:1,0:1:3:0,3,38 0/0:5,0:5:15:0,15,177 0/1:1,1:2:36:36,0,36 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/1:1,2:3:33:75,0,33 0/0:2,0:2:6:0,6,74 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/0:7,0:7:21:0,21,246 0/1:1,2:3:33:75,0,33 0/0:.:0:.:0,0,0 +Reference 54000 . A C 712.78 PASS AC=13;AF=0.382;AN=34;BaseQRankSum=-0.128;DP=46;ExcessHet=0.5436;FS=1.455;InbreedingCoeff=-0.0015;MLEAC=15;MLEAF=0.441;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=31.31;ReadPosRankSum=0.244;SOR=1.043 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,4:5:27:116,0,27 0/0:2,0:2:6:0,6,80 0/0:2,0:2:6:0,6,80 0/0:2,0:2:6:0,6,84 1/1:0,2:2:6:69,6,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 1/1:0,3:3:9:121,9,0 0/1:1,1:2:36:36,0,36 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:.:0:.:0,0,0 0/1:1,1:2:36:36,0,36 0/1:1,1:2:36:36,0,36 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:5,0:5:15:0,15,177 1/1:0,3:3:9:125,9,0 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/1:2,2:4:67:72,0,67 0/1:1,2:3:33:75,0,33 0/1:2,1:3:33:33,0,71 +Reference 54500 . A C 956.53 PASS AC=21;AF=0.553;AN=38;BaseQRankSum=1.111;DP=47;ExcessHet=0.0003;FS=3.831;InbreedingCoeff=0.3085;MLEAC=20;MLEAF=0.526;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=31.45;ReadPosRankSum=0.125;SOR=1.483 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9:125,9,0 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/1:1,1:2:36:36,0,36 1/1:0,1:1:3:38,3,0 0/0:1,0:1:3:0,3,38 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/0:3,0:3:9:0,9,115 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:4,0:4:12:0,12,163 0/0:1,0:1:3:0,3,42 1/1:0,5:5:15:201,15,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/1:3,1:4:30:30,0,77 0/1:4,2:6:57:57,0,140 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:1,0:1:3:0,3,38 1/1:0,2:2:6:84,6,0 1/1:0,2:2:6:80,6,0 1/1:0,2:2:6:84,6,0 +Reference 55000 . A C 70.52 PASS AC=4;AF=0.125;AN=32;BaseQRankSum=-2.136;DP=37;ExcessHet=0.0145;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1743;MLEAC=4;MLEAF=0.125;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.51;ReadPosRankSum=0.428;SOR=0.399 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:.:0:.:0,0,0 0/1:1,1:2:36:36,0,36 0/0:2,0:2:6:0,6,80 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:.:0:.:0,0,0 1/1:0,1:1:3:10,3,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,80 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:5,0:5:15:0,15,209 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:5,0:5:15:0,15,197 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/1:1,2:3:33:43,0,33 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,84 +Reference 56000 . A C 262.09 PASS AC=4;AF=0.133;AN=30;BaseQRankSum=0.707;DP=49;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.5210;MLEAC=4;MLEAF=0.133;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=33.27;ReadPosRankSum=0.344;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,80 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:2,0:2:6:0,6,74 0/0:5,0:5:15:0,15,200 0/0:5,0:5:15:0,15,195 0/0:3,0:3:8:0,8,61 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,80 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:4,0:4:12:0,12,166 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:6,0:6:18:0,18,247 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:3,0:3:9:0,9,125 1/1:0,5:5:15:209,15,0 1/1:0,2:2:6:80,6,0 +Reference 56500 . A C 1197.28 PASS AC=21;AF=0.583;AN=36;BaseQRankSum=-0.567;DP=48;ExcessHet=0.0005;FS=6.200;InbreedingCoeff=0.3242;MLEAC=22;MLEAF=0.611;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=31.26;ReadPosRankSum=-1.359;SOR=0.321 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9:125,9,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/1:3,3:6:99:103,0,107 0/0:2,0:2:6:0,6,80 1/1:0,1:1:3:42,3,0 1/1:0,2:2:6:84,6,0 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/0:.:0:.:0,0,0 1/1:0,5:5:15:205,15,0 0/1:1,1:2:36:36,0,36 1/1:0,3:3:9:125,9,0 0/0:.:0:.:0,0,0 1/1:0,3:3:9:115,9,0 0/1:2,3:5:68:110,0,68 1/1:0,3:3:9:93,9,0 1/1:0,2:2:6:51,6,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:3,0:3:9:0,9,115 +Reference 57000 . A C 454.43 PASS AC=8;AF=0.211;AN=38;BaseQRankSum=0.324;DP=58;ExcessHet=0.0419;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1333;MLEAC=8;MLEAF=0.211;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.73;ReadPosRankSum=0.763;SOR=0.941 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,121 0/0:3,0:3:9:0,9,115 0/1:1,2:3:23:75,0,23 0/1:3,2:5:68:68,0,110 0/0:4,0:4:12:0,12,167 1/1:0,3:3:9:125,9,0 0/0:3,0:3:9:0,9,115 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:5,0:5:15:0,15,209 0/1:2,1:3:33:33,0,75 0/0:4,0:4:12:0,12,163 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:1,0:1:3:0,3,27 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/1:1,3:4:30:109,0,30 1/1:0,2:2:6:74,6,0 0/0:5,0:5:15:0,15,201 +Reference 57500 . A C 1638.88 PASS AC=31;AF=0.969;AN=32;BaseQRankSum=-0.617;DP=42;ExcessHet=0.0000;FS=5.539;InbreedingCoeff=0.1819;MLEAC=34;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=27.76;ReadPosRankSum=0.175;SOR=0.108 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,1:1:3:42,3,0 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/1:3,1:4:26:26,0,113 1/1:0,4:4:12:167,12,0 1/1:0,5:5:15:174,15,0 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:.:0:.:0,0,0 1/1:0,3:3:9:93,9,0 1/1:0,2:2:6:84,6,0 1/1:0,1:1:3:42,3,0 1/1:0,4:4:12:152,12,0 1/1:0,4:4:12:167,12,0 1/1:0,2:2:6:84,6,0 1/1:0,2:2:6:84,6,0 1/1:0,1:1:3:38,3,0 1/1:0,3:3:9:125,9,0 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/0:.:0:.:0,0,0 1/1:0,3:3:9:125,9,0 0/0:.:0:.:0,0,0 +Reference 58000 . A C 59.55 PASS AC=2;AF=0.056;AN=36;BaseQRankSum=-3.156;DP=42;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2967;MLEAC=1;MLEAF=0.028;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=29.78;ReadPosRankSum=0.177;SOR=0.321 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,84 1/1:0,2:2:6:76,6,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:3,0:3:9:0,9,115 0/0:4,0:4:12:0,12,148 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:2,0:2:6:0,6,81 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,69 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:5,0:5:15:0,15,205 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,84 +Reference 59000 . A C 717.10 PASS AC=9;AF=0.250;AN=36;BaseQRankSum=2.235;DP=55;ExcessHet=0.0040;FS=1.206;InbreedingCoeff=0.2753;MLEAC=10;MLEAF=0.278;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=31.18;ReadPosRankSum=0.526;SOR=0.735 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,121 0/0:1,0:1:3:0,3,42 1/1:0,3:3:9:121,9,0 0/0:3,0:3:9:0,9,89 0/0:4,0:4:12:0,12,161 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:3,0:3:9:0,9,125 1/1:0,7:7:21:292,21,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/1:4,3:7:99:104,0,142 0/1:1,3:4:30:113,0,30 0/0:2,0:2:6:0,6,84 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/0:.:0:.:0,0,0 0/1:3,1:4:30:30,0,98 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,41 0/0:4,0:4:12:0,12,157 +Reference 59500 . A C 1204.34 PASS AC=22;AF=0.611;AN=36;BaseQRankSum=-0.467;DP=54;ExcessHet=0.1194;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1417;MLEAC=22;MLEAF=0.611;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=29.09;ReadPosRankSum=0.065;SOR=0.793 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,2:3:33:71,0,33 1/1:0,3:3:9:121,9,0 1/1:0,2:2:6:51,6,0 0/0:2,0:2:6:0,6,84 1/1:0,4:4:12:157,12,0 0/1:1,3:4:30:113,0,30 0/1:1,1:2:36:36,0,36 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/1:2,1:3:33:33,0,43 0/0:3,0:3:9:0,9,125 1/1:0,4:4:12:157,12,0 0/0:6,0:6:18:0,18,240 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/0:.:0:.:0,0,0 0/1:2,1:3:33:33,0,75 0/1:1,1:2:36:36,0,36 0/0:.:0:.:0,0,0 1/1:0,2:2:6:84,6,0 1/1:0,3:3:9:121,9,0 0/0:2,0:2:6:0,6,84 +Reference 60000 . A C 199.91 PASS AC=7;AF=0.184;AN=38;BaseQRankSum=-1.405;DP=45;ExcessHet=0.0000;FS=6.690;InbreedingCoeff=0.3313;MLEAC=6;MLEAF=0.158;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.08;ReadPosRankSum=1.027;SOR=0.598 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/1:1,2:3:33:65,0,33 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:3,0:3:9:0,9,89 0/0:7,0:7:21:0,21,288 0/0:1,0:1:3:0,3,42 1/1:0,1:1:3:42,3,0 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/0:1,0:1:3:0,3,10 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:5,0:5:15:0,15,209 1/1:0,2:2:6:80,6,0 +Reference 60500 . A C 1330.24 PASS AC=26;AF=0.684;AN=38;BaseQRankSum=0.441;DP=49;ExcessHet=0.0068;FS=1.414;InbreedingCoeff=0.2048;MLEAC=25;MLEAF=0.658;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=33.85;ReadPosRankSum=1.702;SOR=0.350 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,1:3:33:33,0,75 0/1:1,2:3:33:65,0,33 1/1:0,4:4:12:135,12,0 0/0:.:0:.:0,0,0 0/1:1,2:3:33:75,0,33 0/0:5,0:5:15:0,15,205 1/1:0,5:5:15:208,15,0 1/1:0,1:1:3:42,3,0 1/1:0,1:1:3:42,3,0 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/0:2,0:2:6:0,6,51 1/1:0,2:2:6:84,6,0 1/1:0,3:3:9:125,9,0 1/1:0,3:3:9:125,9,0 1/1:0,1:1:3:32,3,0 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/1:1,3:4:26:113,0,26 0/0:1,0:1:3:0,3,42 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/0:2,0:2:6:0,6,84 +Reference 61500 . A C 177.37 PASS AC=4;AF=0.105;AN=38;BaseQRankSum=-2.125;DP=48;ExcessHet=0.0101;FS=4.925;InbreedingCoeff=0.1206;MLEAC=4;MLEAF=0.105;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.71;ReadPosRankSum=0.598;SOR=1.544 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,162 0/0:5,0:5:15:0,15,205 0/0:2,0:2:6:0,6,84 1/1:0,2:2:6:82,6,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/1:1,3:4:30:77,0,30 0/0:2,0:2:6:0,6,80 0/1:1,2:3:29:43,0,29 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:2,0:2:6:0,6,74 +Reference 62000 . A C 1936.87 PASS AC=25;AF=0.735;AN=34;BaseQRankSum=0.926;DP=63;ExcessHet=0.1725;FS=1.656;InbreedingCoeff=0.1264;MLEAC=27;MLEAF=0.794;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=27.08;ReadPosRankSum=0.009;SOR=0.866 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/1:1,2:3:33:75,0,33 0/0:2,0:2:6:0,6,47 1/1:0,4:4:12:163,12,0 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/1:1,1:2:32:32,0,36 1/1:0,6:6:18:218,18,0 1/1:0,1:1:3:42,3,0 1/1:0,5:5:15:177,15,0 1/1:0,2:2:6:74,6,0 0/0:.:0:.:0,0,0 0/1:1,2:3:33:75,0,33 0/0:.:0:.:0,0,0 0/1:4,2:6:65:65,0,139 0/1:1,1:2:36:36,0,36 1/1:0,10:10:30:414,30,0 1/1:0,4:4:12:163,12,0 1/1:0,4:4:12:167,12,0 0/0:.:0:.:0,0,0 1/1:0,3:3:9:125,9,0 +Reference 62500 . A C 59.42 PASS AC=1;AF=0.026;AN=38;BaseQRankSum=-1.087;DP=50;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0027;MLEAC=1;MLEAF=0.026;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.81;ReadPosRankSum=-0.272;SOR=0.368 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:4,0:4:12:0,12,135 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:3,0:3:9:0,9,89 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:5,0:5:15:0,15,209 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:4,0:4:12:0,12,135 0/1:1,2:3:33:71,0,33 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:5,0:5:15:0,15,167 0/0:2,0:2:6:0,6,80 +Reference 63000 . A C 443.66 PASS AC=7;AF=0.184;AN=38;BaseQRankSum=-0.610;DP=55;ExcessHet=0.0000;FS=5.540;InbreedingCoeff=0.4123;MLEAC=6;MLEAF=0.158;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=27.73;ReadPosRankSum=-2.040;SOR=0.719 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:2,0:2:6:0,6,77 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:4,0:4:12:0,12,163 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,42 1/1:0,4:4:12:160,12,0 0/0:1,0:1:3:0,3,10 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/1:3,4:7:97:114,0,97 0/0:5,0:5:15:0,15,177 0/0:2,0:2:6:0,6,84 1/1:0,2:2:6:84,6,0 1/1:0,3:3:9:121,9,0 0/0:.:0:.:0,0,0 +Reference 63500 . A C 161.85 PASS AC=4;AF=0.118;AN=34;BaseQRankSum=1.082;DP=47;ExcessHet=0.0128;FS=2.537;InbreedingCoeff=0.1786;MLEAC=4;MLEAF=0.118;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.12;ReadPosRankSum=-0.760;SOR=1.921 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:.:0:.:0,0,0 0/1:1,1:2:36:36,0,36 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:2,0:2:6:0,6,51 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:3,0:3:9:0,9,121 0/1:4,3:7:99:104,0,136 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:3,0:3:9:0,9,121 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:6,0:6:18:0,18,214 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/0:2,0:2:6:0,6,51 0/0:5,0:5:15:0,15,173 0/0:4,0:4:12:0,12,163 +Reference 64000 . A C 382.86 PASS AC=7;AF=0.194;AN=36;BaseQRankSum=-0.535;DP=55;ExcessHet=0.0128;FS=1.394;InbreedingCoeff=0.1969;MLEAC=7;MLEAF=0.194;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.52;ReadPosRankSum=-1.467;SOR=0.877 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,80 0/1:2,2:4:40:72,0,40 0/0:1,0:1:3:0,3,10 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/1:1,1:2:36:36,0,36 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:5,0:5:15:0,15,205 0/0:.:0:.:0,0,0 1/1:1,3:4:2:97,2,0 0/0:6,0:6:18:0,18,194 1/1:0,4:4:12:135,12,0 0/1:1,2:3:33:69,0,33 0/0:5,0:5:15:0,15,205 0/0:2,0:2:6:0,6,84 +Reference 66000 . A C 906.01 PASS AC=18;AF=0.500;AN=36;BaseQRankSum=0.613;DP=51;ExcessHet=0.0038;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2806;MLEAC=17;MLEAF=0.472;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=30.20;ReadPosRankSum=-0.420;SOR=1.230 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/0:3,0:3:9:0,9,89 0/1:1,2:3:33:75,0,33 0/0:1,0:1:3:0,3,42 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/0:4,0:4:12:0,12,163 0/0:2,0:2:6:0,6,84 1/1:0,3:3:9:121,9,0 1/1:0,3:3:9:125,9,0 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/1:2,2:4:71:71,0,71 0/1:2,2:4:71:71,0,71 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,78 1/1:0,2:2:6:47,6,0 0/1:2,3:5:64:106,0,64 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/0:4,0:4:12:0,12,163 +Reference 66500 . A C 94.87 PASS AC=3;AF=0.088;AN=34;BaseQRankSum=-0.631;DP=47;ExcessHet=0.0000;FS=3.114;InbreedingCoeff=0.2520;MLEAC=3;MLEAF=0.088;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=31.62;ReadPosRankSum=-1.217;SOR=1.051 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,121 0/0:6,0:6:18:0,18,237 0/0:4,0:4:12:0,12,135 0/1:1,2:3:33:71,0,33 0/0:2,0:2:6:0,6,84 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:3,0:3:9:0,9,115 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,74 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:2,0:2:6:0,6,84 +Reference 67500 . A C 238.93 PASS AC=6;AF=0.167;AN=36;BaseQRankSum=0.722;DP=44;ExcessHet=0.0018;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2171;MLEAC=6;MLEAF=0.167;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.89;ReadPosRankSum=-0.016;SOR=1.220 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6:80,6,0 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:4,0:4:12:0,12,162 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,41 0/1:2,2:4:71:71,0,71 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,51 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:5,0:5:15:0,15,205 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:3,0:3:9:0,9,121 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/0:4,0:4:12:0,12,110 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:3,0:3:9:0,9,78 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/1:2,2:4:71:71,0,71 +Reference 68000 . A C 1225.32 PASS AC=22;AF=0.647;AN=34;BaseQRankSum=0.183;DP=43;ExcessHet=0.0001;FS=7.562;InbreedingCoeff=0.3935;MLEAC=24;MLEAF=0.706;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.42;ReadPosRankSum=0.803;SOR=0.652 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:.:0:.:0,0,0 1/1:0,2:2:6:79,6,0 0/0:2,0:2:6:0,6,84 1/1:0,3:3:9:125,9,0 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/1:3,1:4:30:30,0,113 0/0:3,0:3:9:0,9,93 0/0:1,0:1:3:0,3,42 1/1:0,1:1:3:42,3,0 1/1:0,3:3:9:125,9,0 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/0:.:0:.:0,0,0 0/1:1,1:2:36:36,0,36 1/1:0,4:4:12:167,12,0 1/1:0,5:5:15:205,15,0 1/1:0,2:2:6:84,6,0 1/1:0,3:3:9:125,9,0 +Reference 69000 . A C 105.62 PASS AC=2;AF=0.053;AN=38;BaseQRankSum=-0.465;DP=56;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2956;MLEAC=1;MLEAF=0.026;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=27.65;ReadPosRankSum=-0.081;SOR=0.522 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,163 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,74 0/0:3,1:4:2:0,2,116 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:7,0:7:21:0,21,282 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:4,0:4:12:0,12,163 0/0:3,0:3:9:0,9,121 0/0:3,0:3:9:0,9,117 0/0:6,0:6:18:0,18,245 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,80 0/0:1,0:1:3:0,3,38 1/1:0,3:3:9:125,9,0 0/0:.:0:.:0,0,0 +Reference 69500 . A C 438.98 PASS AC=7;AF=0.194;AN=36;BaseQRankSum=0.881;DP=46;ExcessHet=0.0128;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1624;MLEAC=8;MLEAF=0.222;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=27.44;ReadPosRankSum=0.138;SOR=1.123 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,124 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,42 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/0:1,0:1:3:0,3,32 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:2,0:2:6:0,6,79 0/0:.:0:.:0,0,0 0/1:1,2:3:33:71,0,33 0/0:2,0:2:6:0,6,84 1/1:0,5:5:15:208,15,0 0/0:3,0:3:9:0,9,93 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:3,0:3:9:0,9,122 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:7,0:7:21:0,21,282 0/1:2,2:4:61:70,0,61 0/1:2,2:4:59:72,0,59 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,84 +Reference 70000 . A C 242.95 PASS AC=3;AF=0.094;AN=32;BaseQRankSum=1.067;DP=51;ExcessHet=0.4420;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0847;MLEAC=4;MLEAF=0.125;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.09;ReadPosRankSum=-1.580;SOR=0.787 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,121 0/1:2,3:5:68:110,0,68 0/1:1,2:3:33:75,0,33 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,74 0/0:3,0:3:9:0,9,115 0/0:6,0:6:18:0,18,251 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:5,0:5:15:0,15,209 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:7,0:7:21:0,21,288 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:.:0:.:0,0,0 0/1:1,2:3:33:75,0,33 0/0:1,0:1:3:0,3,38 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 +Reference 70500 . A C 1367.16 PASS AC=18;AF=0.474;AN=38;BaseQRankSum=-0.519;DP=70;ExcessHet=0.0022;FS=9.665;InbreedingCoeff=0.3846;MLEAC=19;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=29.48;ReadPosRankSum=-0.366;SOR=0.907 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18:247,18,0 0/0:2,0:2:6:0,6,75 1/1:0,4:4:12:152,12,0 1/1:0,3:3:9:125,9,0 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:3,0:3:9:0,9,115 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:3,0:3:9:0,9,125 1/1:0,5:5:15:201,15,0 0/1:3,1:4:30:30,0,113 0/1:3,1:4:30:30,0,103 0/1:1,1:2:36:36,0,36 1/1:0,2:2:6:80,6,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:6,0:6:18:0,18,218 1/1:0,2:2:6:67,6,0 0/0:2,0:2:6:0,6,84 1/1:0,8:8:24:334,24,0 0/1:1,2:3:33:75,0,33 0/0:.:0:.:0,0,0 +Reference 71000 . A C 774.13 PASS AC=17;AF=0.447;AN=38;BaseQRankSum=1.406;DP=48;ExcessHet=0.1862;FS=3.142;InbreedingCoeff=-0.0013;MLEAC=18;MLEAF=0.474;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=30.56;ReadPosRankSum=0.291;SOR=1.191 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,93 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/1:3,1:4:30:30,0,113 0/0:.:0:.:0,0,0 0/1:1,1:2:32:36,0,32 0/0:1,0:1:3:0,3,38 0/1:2,1:3:29:29,0,75 1/1:0,2:2:6:84,6,0 1/1:0,3:3:9:93,9,0 0/0:3,0:3:9:0,9,89 0/0:1,0:1:3:0,3,42 1/1:0,4:4:12:167,12,0 0/1:2,2:4:71:71,0,71 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/1:4,1:5:27:27,0,135 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/1:3,1:4:30:30,0,113 0/1:1,1:2:36:36,0,36 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,42 +Reference 72000 . A C 1398.67 PASS AC=25;AF=0.735;AN=34;BaseQRankSum=0.325;DP=48;ExcessHet=0.0000;FS=1.604;InbreedingCoeff=0.4411;MLEAC=26;MLEAF=0.765;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=33.63;ReadPosRankSum=0.342;SOR=0.485 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/1:1,4:5:17:152,0,17 1/1:0,1:1:3:42,3,0 1/1:0,5:5:15:205,15,0 1/1:0,2:2:6:84,6,0 1/1:0,2:2:6:74,6,0 1/1:0,4:4:11:103,11,0 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:4,0:4:12:0,12,163 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/0:.:0:.:0,0,0 1/1:0,4:4:12:167,12,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 1/1:0,3:3:9:93,9,0 1/1:0,2:2:6:84,6,0 1/1:0,4:4:12:167,12,0 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 +Reference 72500 . A C 412.01 PASS AC=10;AF=0.294;AN=34;BaseQRankSum=0.382;DP=44;ExcessHet=0.0002;FS=3.785;InbreedingCoeff=0.3718;MLEAC=10;MLEAF=0.294;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=30.55;ReadPosRankSum=-1.002;SOR=0.791 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/1:3,1:4:30:30,0,113 0/0:1,0:1:3:0,3,42 1/1:0,3:3:9:125,9,0 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:3,0:3:9:0,9,121 0/1:1,1:2:32:32,0,36 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:4,0:4:12:0,12,158 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,84 1/1:0,3:3:9:125,9,0 0/0:4,0:4:12:0,12,153 0/0:2,0:2:6:0,6,84 1/1:0,2:2:6:84,6,0 +Reference 73000 . A C 265.02 PASS AC=7;AF=0.175;AN=40;BaseQRankSum=1.017;DP=57;ExcessHet=0.0090;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1441;MLEAC=6;MLEAF=0.150;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=29.45;ReadPosRankSum=1.406;SOR=1.071 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,121 0/0:2,0:2:6:0,6,84 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/0:3,0:3:9:0,9,89 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:6,0:6:18:0,18,189 0/1:2,2:4:61:72,0,61 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/1:4,1:5:23:23,0,152 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:5,0:5:15:0,15,167 0/1:1,2:3:33:75,0,33 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,74 0/0:5,0:5:15:0,15,209 0/0:2,0:2:6:0,6,73 0/0:1,0:1:3:0,3,10 0/0:3,0:3:9:0,9,125 +Reference 73500 . A C 141.17 PASS AC=4;AF=0.133;AN=30;BaseQRankSum=0.784;DP=38;ExcessHet=0.0000;FS=6.383;InbreedingCoeff=0.3816;MLEAC=3;MLEAF=0.100;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=32.62;ReadPosRankSum=-0.227;SOR=3.250 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:3,0:3:9:0,9,125 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:3,0:3:9:0,9,125 1/1:1,3:4:2:116,2,0 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:4,0:4:12:0,12,163 0/0:5,0:5:15:0,15,209 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:3,0:3:9:0,9,93 0/0:1,0:1:3:0,3,37 0/0:1,0:1:3:0,3,42 +Reference 74000 . A C 155.67 PASS AC=2;AF=0.056;AN=36;BaseQRankSum=-0.581;DP=48;ExcessHet=0.0000;FS=4.703;InbreedingCoeff=0.3152;MLEAC=2;MLEAF=0.056;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=31.13;ReadPosRankSum=1.228;SOR=0.735 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,79 0/0:5,0:5:15:0,15,209 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:3,0:3:9:0,9,121 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:5,0:5:15:0,15,198 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:5,0:5:15:0,15,205 0/0:2,0:2:6:0,6,80 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 1/1:0,5:5:15:177,15,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:3,0:3:9:0,9,109 +Reference 74500 . A C 257.20 PASS AC=6;AF=0.150;AN=40;BaseQRankSum=0.348;DP=52;ExcessHet=0.1349;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0847;MLEAC=6;MLEAF=0.150;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.37;ReadPosRankSum=-1.529;SOR=0.650 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,91 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:3,0:3:9:0,9,125 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/1:1,1:2:32:36,0,32 0/0:6,0:6:18:0,18,251 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:1,0:1:3:0,3,32 0/1:4,2:6:65:65,0,149 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:4,0:4:12:0,12,163 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/1:1,2:3:33:71,0,33 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/1:3,2:5:68:68,0,106 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,79 0/0:3,0:3:9:0,9,93 0/0:2,0:2:6:0,6,84 +Reference 75000 . A C 183.84 PASS AC=2;AF=0.056;AN=36;BaseQRankSum=-1.420;DP=47;ExcessHet=0.1259;FS=4.400;InbreedingCoeff=0.0059;MLEAC=3;MLEAF=0.083;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.71;ReadPosRankSum=-0.522;SOR=1.149 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,4:5:27:138,0,27 0/0:2,0:2:6:0,6,74 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:3,0:3:9:0,9,121 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:5,0:5:15:0,15,205 0/0:1,0:1:3:0,3,10 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/1:4,2:6:61:61,0,149 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:3,0:3:9:0,9,121 0/0:5,0:5:15:0,15,161 +Reference 75500 . A C 471.08 PASS AC=9;AF=0.265;AN=34;BaseQRankSum=1.466;DP=54;ExcessHet=0.0051;FS=8.434;InbreedingCoeff=0.2646;MLEAC=9;MLEAF=0.265;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.17;ReadPosRankSum=0.668;SOR=1.456 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:5,0:5:15:0,15,202 0/0:1,0:1:3:0,3,42 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/1:3,3:6:99:107,0,107 0/0:.:0:.:0,0,0 0/1:3,1:4:30:30,0,113 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/1:4,2:6:65:65,0,143 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:3,0:3:9:0,9,121 1/1:0,4:4:12:167,12,0 0/0:3,0:3:9:0,9,93 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:6,0:6:18:0,18,242 0/0:5,0:5:15:0,15,199 +Reference 76000 . A C 67.29 PASS AC=2;AF=0.056;AN=36;BaseQRankSum=0.695;DP=46;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3263;MLEAC=1;MLEAF=0.028;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=33.64;ReadPosRankSum=0.889;SOR=2.303 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:4,0:4:12:0,12,121 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,80 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:3,0:3:9:0,9,121 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:4,0:4:12:0,12,163 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:2,0:2:6:0,6,80 0/0:4,0:4:12:0,12,163 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:.:0:.:0,0,0 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:3,0:3:9:0,9,125 +Reference 77000 . A C 109.86 PASS AC=4;AF=0.111;AN=36;BaseQRankSum=-0.283;DP=39;ExcessHet=0.0000;FS=2.629;InbreedingCoeff=0.3775;MLEAC=3;MLEAF=0.083;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=29.33;ReadPosRankSum=0.810;SOR=0.544 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:2,0:2:6:0,6,80 1/1:0,3:3:9:93,9,0 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:1,0:1:3:0,3,42 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/0:4,0:4:12:0,12,162 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:3,0:3:9:0,9,111 0/0:3,0:3:9:0,9,121 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,51 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:1,0:1:3:0,3,38 0/0:2,0:2:6:0,6,80 +Reference 77500 . A C 1616.07 PASS AC=28;AF=0.737;AN=38;BaseQRankSum=-0.629;DP=56;ExcessHet=0.0151;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2279;MLEAC=27;MLEAF=0.711;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=35.36;ReadPosRankSum=-0.898;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9:121,9,0 0/0:.:0:.:0,0,0 1/1:0,3:3:9:125,9,0 1/1:0,4:4:12:167,12,0 0/1:1,2:3:33:75,0,33 1/1:0,1:1:3:37,3,0 1/1:0,2:2:6:80,6,0 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/1:1,2:3:33:75,0,33 1/1:0,1:1:3:42,3,0 1/1:0,5:5:15:177,15,0 1/1:0,5:5:15:209,15,0 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/1:2,1:3:33:33,0,75 0/1:1,2:3:33:75,0,33 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:5,0:5:15:0,15,205 1/1:0,2:2:6:84,6,0 1/1:0,4:4:12:135,12,0 +Reference 78500 . A C 95.95 PASS AC=4;AF=0.105;AN=38;BaseQRankSum=-0.326;DP=50;ExcessHet=0.0101;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1416;MLEAC=3;MLEAF=0.079;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.99;ReadPosRankSum=0.183;SOR=1.515 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/1:1,1:2:4:4,0,36 0/0:.:0:.:0,0,0 0/1:2,2:4:40:72,0,40 0/0:3,0:3:9:0,9,115 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:2,0:2:6:0,6,80 0/0:2,0:2:6:0,6,77 0/0:3,0:3:9:0,9,117 0/0:3,0:3:9:0,9,121 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,76 0/0:4,0:4:12:0,12,157 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/0:3,0:3:9:0,9,125 +Reference 79000 . A C 379.06 PASS AC=8;AF=0.250;AN=32;BaseQRankSum=0.108;DP=42;ExcessHet=0.0008;FS=6.609;InbreedingCoeff=0.3419;MLEAC=9;MLEAF=0.281;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=34.46;ReadPosRankSum=0.136;SOR=1.175 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:.:0:.:0,0,0 0/1:1,1:2:36:36,0,36 1/1:0,3:3:9:125,9,0 0/1:1,2:3:33:65,0,33 1/1:0,3:3:9:93,9,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:1,0:1:3:0,3,38 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/0:4,0:4:12:0,12,157 0/0:6,0:6:18:0,18,218 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:2,0:2:6:0,6,51 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:4,0:4:12:0,12,153 +Reference 79500 . A C 65.67 PASS AC=1;AF=0.031;AN=32;BaseQRankSum=0.610;DP=36;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1361;MLEAC=2;MLEAF=0.063;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.89;ReadPosRankSum=0.740;SOR=0.307 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:4,0:4:12:0,12,165 0/0:3,0:3:9:0,9,121 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,74 0/1:1,2:3:33:75,0,33 0/0:2,0:2:6:0,6,47 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:.:0:.:0,0,0 +Reference 80000 . A C 812.93 PASS AC=13;AF=0.342;AN=38;BaseQRankSum=0.280;DP=48;ExcessHet=0.0006;FS=10.961;InbreedingCoeff=0.3101;MLEAC=13;MLEAF=0.342;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=34.30;ReadPosRankSum=1.210;SOR=0.972 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,32 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 1/1:0,5:5:15:209,15,0 0/0:2,0:2:6:0,6,84 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/0:5,0:5:15:0,15,209 1/1:0,1:1:3:42,3,0 1/1:0,4:4:12:157,12,0 0/1:1,3:4:30:109,0,30 1/1:0,3:3:9:125,9,0 0/0:1,0:1:3:0,3,38 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/1:2,1:3:33:33,0,75 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,51 0/1:1,2:3:33:75,0,33 0/0:3,0:3:9:0,9,125 +Reference 80500 . A C 98.62 PASS AC=4;AF=0.105;AN=38;BaseQRankSum=-0.745;DP=40;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3072;MLEAC=3;MLEAF=0.079;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=27.00;ReadPosRankSum=-1.618;SOR=0.976 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,82 0/0:3,0:3:9:0,9,115 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:3,0:3:9:0,9,115 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:2,0:2:6:0,6,80 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,42 1/1:0,2:2:6:80,6,0 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:4,0:4:12:0,12,157 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:5,0:5:15:0,15,205 +Reference 82000 . A C 249.75 PASS AC=5;AF=0.147;AN=34;BaseQRankSum=1.325;DP=37;ExcessHet=0.0642;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0968;MLEAC=6;MLEAF=0.176;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=31.22;ReadPosRankSum=-0.300;SOR=0.484 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,64 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,77 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:3,0:3:9:0,9,93 0/0:.:0:.:0,0,0 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:4,0:4:12:0,12,163 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/1:1,2:3:33:75,0,33 0/1:1,2:3:33:75,0,33 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/1:1,1:2:31:36,0,31 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:3,0:3:9:0,9,121 +Reference 82500 . A C 305.70 PASS AC=5;AF=0.139;AN=36;BaseQRankSum=0.324;DP=52;ExcessHet=0.0568;FS=15.862;InbreedingCoeff=0.1289;MLEAC=6;MLEAF=0.167;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=30.82;ReadPosRankSum=0.801;SOR=2.231 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,80 0/0:5,0:5:15:0,15,201 0/1:1,5:6:24:187,0,24 0/1:1,1:2:4:36,0,4 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/1:6,1:7:21:21,0,178 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:1,0:1:3:0,3,38 0/0:4,0:4:12:0,12,135 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:3,1:4:2:0,2,116 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,84 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/0:2,0:2:6:0,6,69 +Reference 83500 . A C 135.84 PASS AC=2;AF=0.056;AN=36;BaseQRankSum=-0.257;DP=53;ExcessHet=0.0000;FS=8.659;InbreedingCoeff=0.3729;MLEAC=2;MLEAF=0.056;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=33.96;ReadPosRankSum=-0.412;SOR=2.799 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,121 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:2,0:2:6:0,6,51 0/0:3,0:3:9:0,9,117 0/0:5,0:5:15:0,15,209 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:1,0:1:3:0,3,38 0/0:3,0:3:9:0,9,121 0/0:2,0:2:6:0,6,79 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:1,0:1:3:0,3,42 1/1:0,4:4:12:157,12,0 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:6,0:6:18:0,18,241 0/0:5,0:5:15:0,15,205 0/0:4,0:4:12:0,12,159 0/0:1,0:1:3:0,3,42 +Reference 84000 . A C 247 PASS AC=4;AF=0.105;AN=38;BaseQRankSum=-0.516;DP=62;ExcessHet=0.0101;FS=7.225;InbreedingCoeff=0.1956;MLEAC=4;MLEAF=0.105;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.70;ReadPosRankSum=-0.501;SOR=1.135 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,116 0/0:3,0:3:9:0,9,89 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:2,0:2:6:0,6,79 0/1:1,3:4:30:77,0,30 0/0:5,0:5:15:0,15,209 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:5,0:5:15:0,15,209 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/1:1,3:4:30:113,0,30 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:4,0:4:12:0,12,125 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:5,0:5:15:0,15,209 0/0:2,0:2:6:0,6,80 +Reference 84500 . A C 360.34 PASS AC=7;AF=0.194;AN=36;BaseQRankSum=1.340;DP=42;ExcessHet=0.0128;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1599;MLEAC=8;MLEAF=0.222;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=29.27;ReadPosRankSum=-0.739;SOR=1.012 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,1:3:33:33,0,75 1/1:0,4:4:12:167,12,0 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/1:2,1:3:33:33,0,75 0/1:2,3:5:68:110,0,68 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,51 0/0:2,0:2:6:0,6,74 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:3,0:3:9:0,9,83 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:2,0:2:6:0,6,74 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:2,0:2:6:0,6,84 +Reference 85000 . A C 1342.51 PASS AC=24;AF=0.667;AN=36;BaseQRankSum=0.323;DP=58;ExcessHet=0.1832;FS=17.404;InbreedingCoeff=0.0844;MLEAC=24;MLEAF=0.667;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=35.92;ReadPosRankSum=-1.205;SOR=1.118 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12:167,12,0 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/1:2,3:5:68:110,0,68 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/1:2,1:3:33:33,0,65 1/1:0,1:1:3:42,3,0 1/1:0,3:3:9:125,9,0 1/1:0,2:2:6:51,6,0 0/1:1,5:6:24:187,0,24 0/1:2,1:3:33:33,0,71 0/0:.:0:.:0,0,0 1/1:0,3:3:9:115,9,0 1/1:0,4:4:12:167,12,0 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/1:1,1:2:32:36,0,32 1/1:0,2:2:6:84,6,0 1/1:0,3:3:9:85,9,0 0/0:5,0:5:15:0,15,199 0/1:4,1:5:27:27,0,152 +Reference 85500 . A C 254.57 PASS AC=5;AF=0.139;AN=36;BaseQRankSum=-1.823;DP=52;ExcessHet=0.0000;FS=3.893;InbreedingCoeff=0.4231;MLEAC=5;MLEAF=0.139;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=29.63;ReadPosRankSum=-1.529;SOR=1.850 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,157 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:1,0:1:3:0,3,38 1/1:0,4:4:12:159,12,0 0/1:1,1:2:35:36,0,35 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:4,0:4:12:0,12,163 0/0:5,0:5:15:0,15,205 0/0:3,0:3:9:0,9,125 1/1:0,3:3:9:93,9,0 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:2,0:2:6:0,6,74 0/0:2,0:2:6:0,6,84 +Reference 86500 . A C 1872.41 PASS AC=30;AF=0.833;AN=36;BaseQRankSum=0.609;DP=49;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.5250;MLEAC=32;MLEAF=0.889;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=28.76;ReadPosRankSum=1.223;SOR=0.456 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,84 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/0:.:0:.:0,0,0 1/1:0,3:3:9:125,9,0 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/0:.:0:.:0,0,0 1/1:0,2:2:6:84,6,0 1/1:0,2:2:6:84,6,0 1/1:0,4:4:12:162,12,0 1/1:0,3:3:9:91,9,0 1/1:0,3:3:9:125,9,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 1/1:0,3:3:9:125,9,0 1/1:0,3:3:9:89,9,0 1/1:0,4:4:12:163,12,0 1/1:0,2:2:6:84,6,0 1/1:0,2:2:6:84,6,0 1/1:0,5:5:15:209,15,0 1/1:0,4:4:12:167,12,0 0/0:2,0:2:6:0,6,72 +Reference 87000 . A C 406.66 PASS AC=7;AF=0.184;AN=38;BaseQRankSum=-0.084;DP=52;ExcessHet=0.0107;FS=9.149;InbreedingCoeff=0.1823;MLEAC=7;MLEAF=0.184;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=33.89;ReadPosRankSum=-0.978;SOR=1.884 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,1:1:3:10,3,0 0/0:5,0:5:15:0,15,205 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:6,0:6:18:0,18,247 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:.:0:.:0,0,0 0/1:1,1:2:26:36,0,26 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,79 0/0:2,0:2:6:0,6,76 0/0:2,0:2:6:0,6,74 0/0:4,0:4:12:0,12,167 1/1:0,6:6:18:241,18,0 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/1:1,2:3:33:75,0,33 0/1:1,2:3:33:75,0,33 0/0:1,0:1:3:0,3,42 +Reference 88000 . A C 1376.29 PASS AC=28;AF=0.778;AN=36;BaseQRankSum=-0.644;DP=44;ExcessHet=0.0004;FS=4.993;InbreedingCoeff=0.2726;MLEAC=28;MLEAF=0.778;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=29.94;ReadPosRankSum=-1.827;SOR=0.877 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:3,0:3:9:0,9,125 1/1:0,1:1:3:42,3,0 1/1:0,1:1:3:42,3,0 1/1:0,3:3:9:93,9,0 1/1:0,2:2:6:80,6,0 1/1:0,1:1:3:32,3,0 1/1:0,2:2:6:84,6,0 1/1:0,1:1:3:10,3,0 0/1:2,1:3:33:33,0,75 1/1:0,2:2:6:84,6,0 1/1:0,3:3:9:121,9,0 1/1:0,3:3:9:121,9,0 0/0:.:0:.:0,0,0 0/1:1,1:2:36:36,0,36 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:1,0:1:3:0,3,10 1/1:0,2:2:6:84,6,0 1/1:0,9:9:27:368,27,0 1/1:0,2:2:6:69,6,0 +Reference 88500 . A C 63.98 PASS AC=1;AF=0.029;AN=34;BaseQRankSum=0.602;DP=55;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1847;MLEAC=1;MLEAF=0.029;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.33;ReadPosRankSum=0.024;SOR=0.551 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:4,0:4:12:0,12,157 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/1:1,2:3:23:75,0,23 0/0:6,0:6:18:0,18,251 0/0:4,0:4:12:0,12,163 0/0:3,0:3:9:0,9,121 0/0:2,0:2:6:0,6,79 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:5,0:5:15:0,15,209 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:6,0:6:18:0,18,241 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:4,0:4:12:0,12,157 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,80 0/0:2,0:2:6:0,6,84 +Reference 89000 . A C 52.76 PASS AC=1;AF=0.028;AN=36;BaseQRankSum=-0.743;DP=52;ExcessHet=0.0000;FS=6.971;InbreedingCoeff=0.1160;MLEAC=1;MLEAF=0.028;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.55;ReadPosRankSum=0.049;SOR=2.259 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,51 0/0:3,0:3:9:0,9,121 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/1:3,2:5:64:64,0,106 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:1,0:1:3:0,3,10 0/0:3,0:3:9:0,9,117 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:5,0:5:15:0,15,184 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:3,0:3:9:0,9,115 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:4,0:4:12:0,12,135 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:4,0:4:12:0,12,167 +Reference 90000 . A C 116.04 PASS AC=3;AF=0.083;AN=36;BaseQRankSum=1.233;DP=59;ExcessHet=0.3892;FS=9.938;InbreedingCoeff=0.0196;MLEAC=4;MLEAF=0.111;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.21;ReadPosRankSum=-0.531;SOR=1.595 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,2:5:68:68,0,100 0/1:2,1:3:33:33,0,75 0/0:3,0:3:9:0,9,121 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:3,0:3:9:0,9,121 0/0:2,0:2:6:0,6,51 0/0:2,0:2:6:0,6,79 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:1,0:1:3:0,3,32 0/0:4,0:4:12:0,12,163 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:4,0:4:12:0,12,159 0/0:3,0:3:9:0,9,121 0/0:3,0:3:9:0,9,115 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:3,0:3:9:0,9,121 0/0:8,0:8:23:0,23,260 0/1:1,1:2:36:36,0,36 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:.:0:.:0,0,0 +Reference 91500 . A C 98.90 PASS AC=1;AF=0.026;AN=38;BaseQRankSum=0.930;DP=49;ExcessHet=0.0000;FS=2.733;InbreedingCoeff=-0.0287;MLEAC=1;MLEAF=0.026;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.78;ReadPosRankSum=-0.303;SOR=2.572 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:4,0:4:12:0,12,163 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/1:2,3:5:68:110,0,68 0/0:2,0:2:6:0,6,80 0/0:3,0:3:9:0,9,121 0/0:3,0:3:9:0,9,121 0/0:1,0:1:3:0,3,32 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,38 0/0:4,0:4:12:0,12,163 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:3,0:3:9:0,9,121 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:3,0:3:9:0,9,121 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:2,0:2:6:0,6,84 +Reference 92000 . A C 2090.83 PASS AC=36;AF=0.947;AN=38;BaseQRankSum=0.572;DP=53;ExcessHet=0.1190;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0275;MLEAC=35;MLEAF=0.921;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=31.54;ReadPosRankSum=1.276;SOR=0.816 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9:121,9,0 1/1:0,5:5:15:209,15,0 1/1:0,2:2:6:47,6,0 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/1:2,1:3:33:33,0,75 1/1:0,3:3:9:121,9,0 1/1:0,4:4:12:167,12,0 1/1:0,3:3:9:125,9,0 1/1:0,2:2:6:83,6,0 0/1:1,2:3:29:75,0,29 1/1:0,3:3:9:117,9,0 1/1:0,3:3:9:125,9,0 1/1:0,5:5:15:209,15,0 1/1:0,2:2:6:84,6,0 1/1:0,2:2:6:80,6,0 1/1:0,1:1:3:42,3,0 1/1:0,2:2:6:51,6,0 1/1:0,3:3:9:125,9,0 1/1:0,2:2:6:74,6,0 0/0:.:0:.:0,0,0 +Reference 92500 . A C 63.79 PASS AC=2;AF=0.059;AN=34;BaseQRankSum=-0.542;DP=44;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3678;MLEAC=1;MLEAF=0.029;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=31.89;ReadPosRankSum=-0.987;SOR=2.249 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:15:0,15,201 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:5,0:5:15:0,15,209 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:4,0:4:12:0,12,135 0/0:1,0:1:3:0,3,38 0/0:2,0:2:6:0,6,80 0/0:3,0:3:9:0,9,125 1/1:0,2:2:6:80,6,0 0/0:2,0:2:6:0,6,80 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:2,0:2:6:0,6,51 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:2,0:2:6:0,6,80 0/0:4,0:4:12:0,12,163 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:3,0:3:9:0,9,89 0/0:1,0:1:3:0,3,10 +Reference 93000 . A C 292.90 PASS AC=6;AF=0.150;AN=40;BaseQRankSum=0.336;DP=60;ExcessHet=0.0000;FS=2.065;InbreedingCoeff=0.5155;MLEAC=4;MLEAF=0.100;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=28.86;ReadPosRankSum=-1.129;SOR=0.843 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,121 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:5,0:5:15:0,15,163 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:5,0:5:15:0,15,209 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/0:7,0:7:21:0,21,292 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,74 1/1:0,4:4:12:163,12,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:4,0:4:12:0,12,137 +Reference 93500 . A C 785.58 PASS AC=16;AF=0.471;AN=34;BaseQRankSum=2.053;DP=42;ExcessHet=0.1379;FS=3.771;InbreedingCoeff=0.0565;MLEAC=17;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=29.41;ReadPosRankSum=0.078;SOR=0.836 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6:84,6,0 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/0:2,0:2:6:0,6,84 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:3,0:3:9:0,9,125 1/1:0,4:4:12:167,12,0 0/1:1,1:2:36:36,0,36 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/1:2,2:4:71:71,0,71 0/1:2,2:4:67:72,0,67 0/0:.:0:.:0,0,0 0/1:1,2:3:29:75,0,29 0/0:3,0:3:9:0,9,93 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/0:2,0:2:6:0,6,80 0/1:2,1:3:33:33,0,75 0/1:1,2:3:33:75,0,33 0/0:.:0:.:0,0,0 +Reference 94000 . A C 357.85 PASS AC=7;AF=0.206;AN=34;BaseQRankSum=-0.861;DP=48;ExcessHet=0.0154;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2172;MLEAC=8;MLEAF=0.235;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=29.82;ReadPosRankSum=-2.866;SOR=0.457 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:3,0:3:9:0,9,121 0/0:3,0:3:9:0,9,121 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:4,0:4:12:0,12,163 1/1:0,5:5:15:167,15,0 0/0:2,0:2:6:0,6,51 0/0:3,0:3:9:0,9,125 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/1:3,1:4:30:30,0,108 0/0:5,0:5:15:0,15,209 0/1:2,2:4:72:72,0,72 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/1:1,2:3:33:71,0,33 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:2,0:2:6:0,6,74 +Reference 95000 . A C 134.07 PASS AC=3;AF=0.079;AN=38;BaseQRankSum=0.851;DP=51;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1877;MLEAC=3;MLEAF=0.079;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.34;ReadPosRankSum=0.824;SOR=1.565 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,121 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,80 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:4,0:4:12:0,12,163 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,38 0/0:9,0:9:27:0,27,376 0/0:2,0:2:6:0,6,74 0/0:2,0:2:6:0,6,80 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:.:0:.:0,0,0 0/1:2,2:4:67:72,0,67 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:4,0:4:12:0,12,167 1/1:0,2:2:6:84,6,0 +Reference 95500 . A C 871.38 PASS AC=23;AF=0.575;AN=40;BaseQRankSum=-0.864;DP=49;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.5247;MLEAC=20;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=31.11;ReadPosRankSum=-0.968;SOR=0.481 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6:80,6,0 1/1:0,1:1:3:10,3,0 0/0:4,0:4:12:0,12,167 1/1:0,1:1:3:42,3,0 1/1:0,3:3:9:125,9,0 0/0:4,0:4:12:0,12,135 0/0:4,0:4:12:0,12,163 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/1:2,1:3:33:33,0,75 1/1:0,2:2:6:84,6,0 1/1:0,3:3:9:125,9,0 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:1,0:1:3:0,3,42 1/1:0,4:4:12:123,12,0 0/0:2,0:2:6:0,6,84 1/1:0,2:2:6:84,6,0 1/1:0,1:1:3:42,3,0 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/0:2,0:2:6:0,6,84 +Reference 96000 . A C 189 PASS AC=2;AF=0.056;AN=36;BaseQRankSum=-0.997;DP=51;ExcessHet=0.1259;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0266;MLEAC=3;MLEAF=0.083;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.00;ReadPosRankSum=1.511;SOR=0.650 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,80 0/0:5,0:5:15:0,15,199 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/1:1,4:5:17:138,0,17 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/1:2,2:4:67:67,0,72 0/0:4,0:4:12:0,12,131 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:2,0:2:6:0,6,47 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:4,0:4:12:0,12,125 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:3,0:3:9:0,9,117 0/0:2,0:2:6:0,6,83 +Reference 96500 . A C 321.97 PASS AC=8;AF=0.211;AN=38;BaseQRankSum=-1.407;DP=53;ExcessHet=0.0003;FS=14.665;InbreedingCoeff=0.3419;MLEAC=7;MLEAF=0.184;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=34.66;ReadPosRankSum=-0.625;SOR=2.066 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:3,0:3:9:0,9,89 0/0:1,0:1:3:0,3,41 0/1:2,1:3:33:33,0,71 0/0:5,0:5:15:0,15,209 0/0:3,0:3:9:0,9,125 1/1:0,3:3:9:121,9,0 0/0:4,0:4:12:0,12,135 0/0:2,0:2:6:0,6,80 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:5,0:5:15:0,15,209 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:1,0:1:3:0,3,42 1/1:0,2:2:6:47,6,0 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/1:1,3:4:30:113,0,30 0/0:.:0:.:0,0,0 1/1:0,1:1:3:42,3,0 +Reference 97000 . A C 299.69 PASS AC=9;AF=0.321;AN=28;BaseQRankSum=0.483;DP=30;ExcessHet=0.0126;FS=3.979;InbreedingCoeff=0.2341;MLEAC=10;MLEAF=0.357;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=29.40;ReadPosRankSum=-0.562;SOR=1.061 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:.:0:.:0,0,0 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/1:1,1:2:32:32,0,36 0/0:.:0:.:0,0,0 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:.:0:.:0,0,0 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:2,0:2:6:0,6,79 0/0:2,0:2:6:0,6,80 0/1:2,1:3:33:33,0,70 0/0:.:0:.:0,0,0 0/1:1,1:2:35:35,0,36 0/0:1,0:1:3:0,3,10 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,84 +Reference 98000 . A C 485.69 PASS AC=9;AF=0.237;AN=38;BaseQRankSum=-0.655;DP=49;ExcessHet=0.0031;FS=8.070;InbreedingCoeff=0.2124;MLEAC=9;MLEAF=0.237;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.98;ReadPosRankSum=-0.692;SOR=1.730 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/1:1,4:5:27:120,0,27 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:.:0:.:0,0,0 1/1:0,3:3:9:125,9,0 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/1:1,2:3:33:75,0,33 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:3,0:3:9:0,9,122 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:1,0:1:3:0,3,42 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/0:2,0:2:6:0,6,84 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/1:3,2:5:68:68,0,95 0/0:4,0:4:12:0,12,167 +Reference 98500 . A C 206.46 PASS AC=4;AF=0.118;AN=34;BaseQRankSum=1.127;DP=49;ExcessHet=0.0128;FS=1.845;InbreedingCoeff=0.1657;MLEAC=4;MLEAF=0.118;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.81;ReadPosRankSum=-0.147;SOR=1.193 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/1:2,2:4:71:71,0,71 0/0:2,0:2:6:0,6,80 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,80 0/1:1,3:4:23:113,0,23 0/0:.:0:.:0,0,0 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/0:6,0:6:18:0,18,251 0/0:1,0:1:3:0,3,38 0/0:3,0:3:9:0,9,121 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:6,0:6:18:0,18,247 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:5,0:5:15:0,15,204 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,84 +Reference 99500 . A C 34.49 PASS AC=2;AF=0.053;AN=38;BaseQRankSum=-1.088;DP=42;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2593;MLEAC=1;MLEAF=0.026;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.25;ReadPosRankSum=0.757;SOR=0.557 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6:51,6,0 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:2,0:2:6:0,6,70 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,10 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:3,0:3:9:0,9,121 0/0:1,0:1:3:0,3,10 0/0:4,0:4:12:0,12,135 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:3,0:3:9:0,9,121 0/0:1,0:1:3:0,3,10 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:3,0:3:9:0,9,125 +Reference 100500 . A C 140.65 PASS AC=3;AF=0.094;AN=32;BaseQRankSum=0.864;DP=40;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2672;MLEAC=3;MLEAF=0.094;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=28.13;ReadPosRankSum=0.661;SOR=0.874 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:4,0:4:12:0,12,159 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:4,0:4:12:0,12,157 0/1:1,2:3:33:75,0,33 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:4,0:4:12:0,12,157 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:2,0:2:6:0,6,47 0/0:.:0:.:0,0,0 +Reference 101000 . A C 211.01 PASS AC=3;AF=0.094;AN=32;BaseQRankSum=-0.501;DP=32;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2176;MLEAC=3;MLEAF=0.094;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=30.14;ReadPosRankSum=-0.072;SOR=1.127 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:1,0:1:3:0,3,32 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/0:2,0:2:6:0,6,80 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/1:1,4:5:27:144,0,27 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,83 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:3,0:3:9:0,9,121 0/0:2,0:2:6:0,6,74 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:4,0:4:12:0,12,135 +Reference 102500 . A C 961.57 PASS AC=21;AF=0.553;AN=38;BaseQRankSum=-0.177;DP=47;ExcessHet=0.0000;FS=3.512;InbreedingCoeff=0.5032;MLEAC=20;MLEAF=0.526;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=36.76;ReadPosRankSum=1.061;SOR=0.637 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6:79,6,0 0/0:3,0:3:9:0,9,115 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:3,0:3:9:0,9,125 1/1:0,1:1:3:42,3,0 1/1:0,3:3:9:125,9,0 1/1:0,3:3:9:125,9,0 0/1:2,1:3:23:23,0,75 1/1:0,4:4:12:153,12,0 0/0:1,0:1:3:0,3,32 0/0:2,0:2:6:0,6,84 1/1:0,4:4:12:167,12,0 1/1:0,1:1:3:38,3,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 1/1:0,2:2:6:80,6,0 0/0:2,0:2:6:0,6,69 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:5,0:5:15:0,15,205 1/1:0,1:1:3:42,3,0 +Reference 103000 . A C 97.71 PASS AC=3;AF=0.079;AN=38;BaseQRankSum=0.981;DP=62;ExcessHet=0.3672;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0724;MLEAC=4;MLEAF=0.105;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.96;ReadPosRankSum=0.015;SOR=0.483 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,2:7:62:62,0,184 0/0:4,0:4:12:0,12,160 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:3,0:3:9:0,9,105 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,80 0/0:4,0:4:12:0,12,163 0/0:3,0:3:9:0,9,117 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:1,0:1:3:0,3,38 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/1:3,1:4:30:30,0,113 0/0:5,0:5:15:0,15,209 0/1:4,1:5:27:27,0,146 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:2,0:2:6:0,6,80 0/0:6,0:6:18:0,18,247 +Reference 103500 . A C 167.71 PASS AC=5;AF=0.132;AN=38;BaseQRankSum=0.149;DP=56;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3262;MLEAC=4;MLEAF=0.105;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=33.54;ReadPosRankSum=0.582;SOR=1.281 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,125 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:5,0:5:15:0,15,162 0/0:8,0:8:24:0,24,307 0/0:2,0:2:6:0,6,80 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:3,0:3:9:0,9,93 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,80 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:3,0:3:9:0,9,93 0/0:3,0:3:9:0,9,121 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:1,0:1:3:0,3,42 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/1:1,2:3:33:70,0,33 +Reference 104000 . A C 125.88 PASS AC=2;AF=0.053;AN=38;BaseQRankSum=1.072;DP=53;ExcessHet=0.1190;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0450;MLEAC=3;MLEAF=0.079;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=31.47;ReadPosRankSum=0.337;SOR=0.582 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,3:4:30:113,0,30 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,51 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:2,0:2:6:0,6,80 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:5,0:5:15:0,15,198 0/0:5,0:5:15:0,15,204 0/0:2,0:2:6:0,6,80 0/1:3,1:4:30:30,0,113 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:4,0:4:12:0,12,135 0/0:1,0:1:3:0,3,38 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:4,0:4:12:0,12,149 +Reference 104500 . A C 1957.28 PASS AC=33;AF=0.971;AN=34;BaseQRankSum=-0.917;DP=49;ExcessHet=0.0000;FS=2.595;InbreedingCoeff=0.1520;MLEAC=35;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=30.54;ReadPosRankSum=-0.271;SOR=1.020 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,1:4:30:30,0,113 1/1:0,5:5:15:199,15,0 1/1:0,1:1:3:42,3,0 1/1:0,6:6:18:242,18,0 1/1:0,2:2:6:84,6,0 1/1:0,3:3:9:108,9,0 1/1:0,2:2:6:84,6,0 1/1:0,2:2:6:51,6,0 1/1:0,1:1:3:42,3,0 1/1:0,3:3:9:125,9,0 0/0:.:0:.:0,0,0 1/1:0,1:1:3:34,3,0 1/1:0,5:5:15:209,15,0 0/0:.:0:.:0,0,0 1/1:0,1:1:3:38,3,0 1/1:0,1:1:3:38,3,0 1/1:0,5:5:15:177,15,0 1/1:0,3:3:9:125,9,0 1/1:0,4:4:12:167,12,0 0/0:.:0:.:0,0,0 +Reference 105000 . A C 277.20 PASS AC=5;AF=0.139;AN=36;BaseQRankSum=0.413;DP=50;ExcessHet=1.3830;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.1176;MLEAC=6;MLEAF=0.167;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.32;ReadPosRankSum=0.798;SOR=0.675 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,121 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/1:2,2:4:40:40,0,72 0/1:1,2:3:33:75,0,33 0/1:1,2:3:33:75,0,33 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,80 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/1:1,2:3:33:75,0,33 0/0:.:0:.:0,0,0 0/1:2,1:3:33:33,0,43 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:3,0:3:9:0,9,121 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:1,0:1:3:0,3,32 0/0:3,0:3:9:0,9,106 +Reference 105500 . A C 315.70 PASS AC=5;AF=0.139;AN=36;BaseQRankSum=1.289;DP=54;ExcessHet=0.0568;FS=1.494;InbreedingCoeff=0.2161;MLEAC=6;MLEAF=0.167;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.53;ReadPosRankSum=0.972;SOR=0.709 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,1:2:4:36,0,4 1/1:0,4:4:12:167,12,0 0/0:2,0:2:6:0,6,80 0/0:2,0:2:6:0,6,79 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:4,0:4:12:0,12,163 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:3,0:3:9:0,9,121 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:4,0:4:12:0,12,157 0/1:4,1:5:27:27,0,152 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/1:1,3:4:30:113,0,30 0/0:5,0:5:15:0,15,209 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:1,0:1:3:0,3,32 0/0:4,0:4:12:0,12,167 +Reference 106000 . A C 91.26 PASS AC=4;AF=0.105;AN=38;BaseQRankSum=-0.733;DP=51;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3814;MLEAC=3;MLEAF=0.079;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=34.87;ReadPosRankSum=-0.531;SOR=2.807 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:1,0:1:3:0,3,42 1/1:0,1:1:3:42,3,0 1/1:0,2:2:6:74,6,0 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:5,0:5:15:0,15,177 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:2,0:2:6:0,6,65 0/0:4,0:4:12:0,12,163 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:4,0:4:12:0,12,163 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,38 0/0:5,0:5:15:0,15,173 +Reference 107000 . A C 753.52 PASS AC=14;AF=0.389;AN=36;BaseQRankSum=-1.517;DP=52;ExcessHet=0.0056;FS=1.585;InbreedingCoeff=0.2467;MLEAC=14;MLEAF=0.389;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=31.04;ReadPosRankSum=-1.350;SOR=0.530 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6:84,6,0 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/1:2,2:4:71:71,0,71 0/0:5,0:5:15:0,15,209 0/0:5,0:5:15:0,15,209 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:2,0:2:6:0,6,84 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/0:1,0:1:3:0,3,10 0/1:2,1:3:33:33,0,75 0/1:1,1:2:32:32,0,36 1/1:0,1:1:3:38,3,0 0/1:1,4:5:27:142,0,27 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,10 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:2,0:2:6:0,6,84 1/1:0,5:5:15:200,15,0 0/0:3,0:3:9:0,9,125 +Reference 107500 . A C 67.99 PASS AC=2;AF=0.059;AN=34;BaseQRankSum=0.704;DP=44;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3462;MLEAC=1;MLEAF=0.029;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=34.00;ReadPosRankSum=-0.590;SOR=0.598 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:2,0:2:6:0,6,79 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:2,0:2:6:0,6,51 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,80 0/0:3,0:3:9:0,9,93 0/0:1,0:1:3:0,3,10 0/0:2,0:2:6:0,6,84 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:5,0:5:15:0,15,209 0/0:2,0:2:6:0,6,79 0/0:4,0:4:12:0,12,130 0/0:3,0:3:9:0,9,115 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:.:0:.:0,0,0 +Reference 108000 . A C 415.21 PASS AC=11;AF=0.306;AN=36;BaseQRankSum=0.737;DP=52;ExcessHet=0.0016;FS=19.673;InbreedingCoeff=0.3190;MLEAC=10;MLEAF=0.278;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=27.86;ReadPosRankSum=2.066;SOR=0.716 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/1:1,1:2:36:36,0,36 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:3,0:3:9:0,9,93 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/1:3,1:4:30:30,0,113 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:1,0:1:3:0,3,42 1/1:0,1:1:3:10,3,0 0/0:2,0:2:6:0,6,80 0/0:7,0:7:21:0,21,284 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/1:1,2:3:33:75,0,33 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:3,0:3:9:0,9,93 0/0:.:0:.:0,0,0 1/1:0,3:3:9:125,9,0 0/0:5,0:5:15:0,15,199 0/0:1,0:1:3:0,3,10 +Reference 109000 . A C 100.94 PASS AC=1;AF=0.028;AN=36;BaseQRankSum=-2.880;DP=51;ExcessHet=0.0000;FS=2.198;InbreedingCoeff=0.0818;MLEAC=1;MLEAF=0.028;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.19;ReadPosRankSum=1.306;SOR=1.341 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,69 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/1:1,4:5:27:112,0,27 0/0:5,0:5:15:0,15,207 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:1,0:1:3:0,3,38 0/0:1,0:1:3:0,3,38 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:4,0:4:12:0,12,163 0/0:5,0:5:15:0,15,177 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:3,0:3:9:0,9,93 +Reference 109500 . A C 52.31 PASS AC=1;AF=0.033;AN=30;BaseQRankSum=-1.093;DP=43;ExcessHet=0.0000;FS=9.294;InbreedingCoeff=0.2351;MLEAC=2;MLEAF=0.067;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.46;ReadPosRankSum=-1.034;SOR=2.238 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,36 0/0:5,0:5:15:0,15,209 0/1:3,2:5:62:62,0,110 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:3,0:3:9:0,9,121 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:4,0:4:12:0,12,135 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:5,0:5:15:0,15,209 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:3,0:3:9:0,9,115 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:2,0:2:6:0,6,51 0/0:3,0:3:9:0,9,121 +Reference 110000 . A C 222.85 PASS AC=5;AF=0.139;AN=36;BaseQRankSum=0.646;DP=50;ExcessHet=0.0000;FS=1.845;InbreedingCoeff=0.3821;MLEAC=5;MLEAF=0.139;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=34.17;ReadPosRankSum=1.719;SOR=1.574 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9:93,9,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:4,0:4:11:0,11,103 0/0:2,0:2:6:0,6,80 0/0:3,0:3:9:0,9,121 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:1,0:1:3:0,3,10 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:2,0:2:6:0,6,80 0/0:3,0:3:9:0,9,93 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:.:0:.:0,0,0 0/1:1,1:2:36:36,0,36 0/0:3,0:3:9:0,9,93 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:6,0:6:18:0,18,214 1/1:0,3:3:9:125,9,0 0/0:2,0:2:6:0,6,80 0/0:2,0:2:6:0,6,84 +Reference 111500 . A C 1306.83 PASS AC=23;AF=0.639;AN=36;BaseQRankSum=-0.146;DP=53;ExcessHet=0.4264;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0165;MLEAC=23;MLEAF=0.639;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=33.51;ReadPosRankSum=0.731;SOR=0.743 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,1:2:26:26,0,32 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/0:.:0:.:0,0,0 1/1:0,3:3:9:125,9,0 0/1:2,3:5:61:110,0,61 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/1:1,1:2:26:26,0,36 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/1:2,2:4:71:71,0,71 0/1:2,4:6:27:141,0,27 1/1:0,5:5:15:164,15,0 0/0:.:0:.:0,0,0 0/1:1,2:3:33:71,0,33 1/1:0,4:4:12:135,12,0 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/1:1,2:3:32:75,0,32 1/1:0,2:2:6:74,6,0 1/1:0,2:2:6:84,6,0 +Reference 112500 . A C 163.08 PASS AC=4;AF=0.111;AN=36;BaseQRankSum=-0.928;DP=47;ExcessHet=0.0113;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1319;MLEAC=4;MLEAF=0.111;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=32.62;ReadPosRankSum=-0.190;SOR=0.777 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/0:5,0:5:15:0,15,209 0/0:2,0:2:6:0,6,80 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:5,0:5:15:0,15,209 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:4,0:4:12:0,12,163 0/0:3,0:3:9:0,9,118 0/0:.:0:.:0,0,0 0/1:2,3:5:68:106,0,68 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:6,0:6:18:0,18,251 0/1:1,1:2:36:36,0,36 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,42 +Reference 113000 . A C 317.73 PASS AC=8;AF=0.235;AN=34;BaseQRankSum=0.641;DP=51;ExcessHet=0.0006;FS=4.405;InbreedingCoeff=0.3355;MLEAC=8;MLEAF=0.235;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=28.60;ReadPosRankSum=-0.700;SOR=0.270 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:2,0:2:6:0,6,80 0/0:1,0:1:3:0,3,38 1/1:0,3:3:9:125,9,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/1:2,2:4:61:61,0,72 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/1:2,1:3:33:33,0,75 0/0:5,0:5:15:0,15,205 0/0:4,0:4:12:0,12,135 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/0:2,0:2:6:0,6,80 0/0:3,0:3:9:0,9,121 0/0:6,0:6:18:0,18,237 0/0:6,0:6:18:0,18,218 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,51 0/0:.:0:.:0,0,0 +Reference 113500 . A C 1919.96 PASS AC=33;AF=0.917;AN=36;BaseQRankSum=0.563;DP=50;ExcessHet=0.3892;FS=1.805;InbreedingCoeff=-0.0116;MLEAC=33;MLEAF=0.917;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.57;ReadPosRankSum=-0.825;SOR=0.740 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6:84,6,0 1/1:0,4:4:12:163,12,0 1/1:0,1:1:3:42,3,0 1/1:0,1:1:3:38,3,0 0/0:.:0:.:0,0,0 0/1:1,2:3:33:75,0,33 0/1:2,2:4:40:72,0,40 1/1:0,5:5:15:209,15,0 1/1:0,2:2:6:84,6,0 1/1:0,3:3:9:125,9,0 1/1:0,4:4:12:167,12,0 1/1:0,3:3:9:115,9,0 0/0:.:0:.:0,0,0 1/1:0,2:2:6:74,6,0 1/1:0,4:4:12:135,12,0 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/1:2,1:3:33:33,0,75 1/1:0,1:1:3:42,3,0 1/1:0,4:4:12:167,12,0 1/1:0,2:2:6:74,6,0 +Reference 114000 . A C 167.64 PASS AC=3;AF=0.083;AN=36;BaseQRankSum=-0.230;DP=47;ExcessHet=0.0000;FS=2.210;InbreedingCoeff=0.1875;MLEAC=3;MLEAF=0.083;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=27.94;ReadPosRankSum=-2.530;SOR=1.981 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,83 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:6,0:6:18:0,18,206 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:3,0:3:9:0,9,121 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:3,0:3:9:0,9,121 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:.:0:.:0,0,0 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/1:2,4:6:65:144,0,65 +Reference 115000 . A C 927.62 PASS AC=21;AF=0.525;AN=40;BaseQRankSum=0.088;DP=49;ExcessHet=0.0075;FS=4.008;InbreedingCoeff=0.2122;MLEAC=19;MLEAF=0.475;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=33.11;ReadPosRankSum=-1.203;SOR=0.473 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,1:3:33:33,0,75 0/1:1,1:2:26:36,0,26 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/1:1,2:3:33:75,0,33 0/0:4,0:4:12:0,12,167 1/1:0,2:2:6:84,6,0 1/1:0,2:2:6:51,6,0 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 1/1:0,3:3:9:125,9,0 0/0:3,0:3:9:0,9,125 1/1:0,2:2:6:80,6,0 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:2,0:2:6:0,6,84 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,51 0/1:1,2:3:33:75,0,33 0/1:2,1:3:33:33,0,75 +Reference 115500 . A C 646.08 PASS AC=15;AF=0.375;AN=40;BaseQRankSum=-0.736;DP=53;ExcessHet=0.0124;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1929;MLEAC=14;MLEAF=0.350;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=32.30;ReadPosRankSum=-0.530;SOR=0.333 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/1:1,1:2:4:4,0,36 0/1:2,1:3:29:29,0,75 0/1:3,3:6:97:103,0,97 0/0:3,0:3:9:0,9,125 1/1:0,3:3:9:125,9,0 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:3,0:3:9:0,9,125 1/1:0,3:3:9:125,9,0 0/0:4,0:4:12:0,12,163 0/1:2,1:3:33:33,0,75 0/0:1,0:1:3:0,3,10 0/0:2,0:2:6:0,6,74 0/0:1,0:1:3:0,3,42 1/1:0,2:2:6:51,6,0 0/1:2,2:4:71:71,0,71 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:1,0:1:3:0,3,42 1/1:0,2:2:6:84,6,0 +Reference 116000 . A C 737.26 PASS AC=16;AF=0.500;AN=32;BaseQRankSum=0.076;DP=44;ExcessHet=0.0001;FS=3.431;InbreedingCoeff=0.4355;MLEAC=17;MLEAF=0.531;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=30.20;ReadPosRankSum=1.541;SOR=0.501 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:1,0:1:3:0,3,38 0/0:.:0:.:0,0,0 1/1:0,2:2:6:80,6,0 0/0:1,0:1:3:0,3,10 0/1:1,1:2:36:36,0,36 0/1:2,1:3:33:33,0,74 1/1:0,3:3:9:125,9,0 0/0:2,0:2:6:0,6,84 1/1:0,3:3:9:93,9,0 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/0:4,0:4:12:0,12,163 0/0:4,0:4:12:0,12,163 0/0:.:0:.:0,0,0 1/1:0,2:2:6:80,6,0 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:6,0:6:18:0,18,247 0/0:3,0:3:9:0,9,125 1/1:0,2:2:6:84,6,0 1/1:0,4:4:12:167,12,0 +Reference 116500 . A C 135.37 PASS AC=2;AF=0.056;AN=36;BaseQRankSum=0.124;DP=55;ExcessHet=0.1259;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0674;MLEAC=1;MLEAF=0.028;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.34;ReadPosRankSum=0.111;SOR=0.918 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:5:0,5,19 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/1:3,4:7:96:146,0,96 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:5,0:5:15:0,15,199 0/0:3,0:3:9:0,9,93 0/0:5,0:5:15:0,15,197 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,80 0/1:2,1:3:1:1,0,75 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:2,0:2:6:0,6,70 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:.:0:.:0,0,0 +Reference 117000 . A C 685.01 PASS AC=19;AF=0.559;AN=34;BaseQRankSum=1.967;DP=36;ExcessHet=0.0393;FS=2.522;InbreedingCoeff=0.1341;MLEAC=19;MLEAF=0.559;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=30.49;ReadPosRankSum=0.332;SOR=0.368 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,74 0/1:1,1:2:36:36,0,36 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/1:2,1:3:33:33,0,59 1/1:0,3:3:9:115,9,0 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/1:1,1:2:32:36,0,32 1/1:0,2:2:6:51,6,0 0/0:3,0:3:9:0,9,115 0/0:.:0:.:0,0,0 1/1:0,2:2:6:84,6,0 1/1:0,1:1:3:42,3,0 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/0:2,0:2:6:0,6,80 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/0:2,0:2:6:0,6,73 0/1:2,2:4:67:71,0,67 0/1:1,1:2:31:36,0,31 +Reference 118000 . A C 1433.15 PASS AC=28;AF=0.778;AN=36;BaseQRankSum=-1.068;DP=41;ExcessHet=0.0004;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2946;MLEAC=29;MLEAF=0.806;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=31.67;ReadPosRankSum=0.531;SOR=0.941 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6:84,6,0 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/0:.:0:.:0,0,0 1/1:0,4:4:12:167,12,0 1/1:0,3:3:9:125,9,0 0/1:1,1:2:36:36,0,36 1/1:0,2:2:6:82,6,0 1/1:0,3:3:9:125,9,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,84 1/1:0,2:2:6:80,6,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:.:0:.:0,0,0 1/1:0,2:2:6:79,6,0 1/1:0,4:4:12:157,12,0 0/1:1,1:2:32:32,0,36 1/1:0,2:2:6:51,6,0 1/1:0,3:3:9:125,9,0 1/1:0,2:2:6:80,6,0 1/1:0,1:1:3:42,3,0 +Reference 118500 . A C 1270.23 PASS AC=23;AF=0.605;AN=38;BaseQRankSum=0.119;DP=56;ExcessHet=0.2330;FS=7.684;InbreedingCoeff=0.0646;MLEAC=22;MLEAF=0.579;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=29.53;ReadPosRankSum=1.143;SOR=0.489 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,1:2:4:4,0,36 0/1:2,1:3:33:33,0,75 1/1:0,2:2:6:84,6,0 1/1:0,1:1:3:38,3,0 0/1:1,1:2:36:36,0,36 0/0:2,0:2:6:0,6,84 1/1:0,6:6:18:251,18,0 0/0:3,0:3:9:0,9,121 0/1:2,1:3:33:33,0,75 0/0:2,0:2:6:0,6,74 1/1:0,1:1:3:42,3,0 1/1:0,6:6:18:218,18,0 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/1:2,1:3:33:33,0,75 1/1:0,5:5:15:205,15,0 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/0:.:0:.:0,0,0 1/1:0,3:3:9:125,9,0 0/1:4,2:6:65:65,0,145 0/1:1,1:2:36:36,0,36 +Reference 119000 . A C 370.08 PASS AC=9;AF=0.250;AN=36;BaseQRankSum=0.311;DP=55;ExcessHet=0.1433;FS=13.485;InbreedingCoeff=0.0640;MLEAC=10;MLEAF=0.278;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=32.63;ReadPosRankSum=0.011;SOR=3.423 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,1:2:36:36,0,36 0/0:2,0:2:6:0,6,80 0/0:5,0:5:15:0,15,209 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/0:3,0:3:9:0,9,121 0/1:1,1:2:32:36,0,32 0/0:5,0:5:15:0,15,195 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:.:0:.:0,0,0 0/1:4,1:5:23:23,0,152 0/1:4,2:6:65:65,0,139 0/0:3,0:3:9:0,9,116 0/1:4,1:5:23:23,0,152 0/0:3,0:3:9:0,9,121 1/1:0,4:4:12:167,12,0 +Reference 119500 . A C 142.95 PASS AC=3;AF=0.075;AN=40;BaseQRankSum=0.096;DP=47;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0451;MLEAC=3;MLEAF=0.075;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=28.59;ReadPosRankSum=-1.337;SOR=0.794 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,38 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:1,0:1:3:0,3,38 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:4,0:4:12:0,12,120 0/0:3,0:3:9:0,9,89 0/0:5,0:5:15:0,15,209 0/0:5,0:5:15:0,15,195 0/1:1,4:5:27:120,0,27 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,47 1/1:0,1:1:3:42,3,0 +Reference 120000 . A C 91.36 PASS AC=2;AF=0.056;AN=36;BaseQRankSum=0.782;DP=55;ExcessHet=0.1259;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0599;MLEAC=3;MLEAF=0.083;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=30.45;ReadPosRankSum=1.080;SOR=1.125 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:6,0:6:18:0,18,214 0/0:3,0:3:9:0,9,105 0/0:5,0:5:15:0,15,205 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/1:2,1:3:33:33,0,75 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:2,0:2:6:0,6,83 0/1:1,2:3:33:75,0,33 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:5,0:5:15:0,15,195 0/0:5,0:5:15:0,15,199 0/0:1,0:1:3:0,3,10 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:3,0:3:9:0,9,122 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 +Reference 120500 . A C 55.18 PASS AC=2;AF=0.053;AN=38;BaseQRankSum=-0.674;DP=56;ExcessHet=0.1190;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0243;MLEAC=2;MLEAF=0.053;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.80;ReadPosRankSum=-1.724;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:2,0:2:6:0,6,79 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/1:2,1:3:33:33,0,75 0/0:5,0:5:15:0,15,205 0/0:2,0:2:6:0,6,74 0/0:4,0:4:12:0,12,156 0/1:2,2:4:40:40,0,72 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:3,0:3:9:0,9,115 0/0:4,0:4:12:0,12,151 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:3,0:3:9:0,9,121 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:4,0:4:12:0,12,163 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:5,0:5:15:0,15,205 0/0:1,0:1:3:0,3,32 +Reference 121000 . A C 269.17 PASS AC=4;AF=0.118;AN=34;BaseQRankSum=-1.064;DP=48;ExcessHet=0.8560;FS=4.378;InbreedingCoeff=-0.0349;MLEAC=5;MLEAF=0.147;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=33.65;ReadPosRankSum=-0.490;SOR=0.971 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:3,0:3:9:0,9,121 0/0:6,0:6:18:0,18,251 0/1:1,1:2:32:32,0,36 0/1:1,4:5:27:148,0,27 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/1:1,2:3:33:75,0,33 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:.:0:.:0,0,0 0/1:1,1:2:26:32,0,26 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:5,0:5:15:0,15,173 0/0:3,0:3:9:0,9,115 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:3,0:3:9:0,9,115 0/0:1,0:1:3:0,3,42 +Reference 121500 . A C 375.43 PASS AC=8;AF=0.222;AN=36;BaseQRankSum=0.278;DP=55;ExcessHet=0.0499;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1311;MLEAC=8;MLEAF=0.222;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=28.88;ReadPosRankSum=-2.095;SOR=0.859 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/1:1,1:2:21:31,0,21 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:4,0:4:12:0,12,153 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:3,0:3:9:0,9,121 0/0:4,0:4:12:0,12,157 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,80 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/1:1,2:3:33:75,0,33 0/1:3,4:7:99:141,0,104 0/0:4,0:4:12:0,12,163 0/0:3,0:3:9:0,9,113 0/1:1,2:3:33:70,0,33 0/0:6,0:6:18:0,18,238 0/0:4,0:4:12:0,12,167 +Reference 122000 . A C 207.92 PASS AC=3;AF=0.083;AN=36;BaseQRankSum=-0.589;DP=52;ExcessHet=0.0000;FS=5.110;InbreedingCoeff=0.2774;MLEAC=3;MLEAF=0.083;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=29.70;ReadPosRankSum=-2.092;SOR=1.165 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:15:0,15,209 0/1:1,4:5:27:146,0,27 0/0:3,0:3:9:0,9,121 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:4,0:4:12:0,12,159 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:5,0:5:15:0,15,209 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:4,0:4:12:0,12,163 0/0:4,0:4:12:0,12,167 +Reference 122500 . A C 1228.90 PASS AC=23;AF=0.605;AN=38;BaseQRankSum=-0.476;DP=54;ExcessHet=0.2330;FS=1.310;InbreedingCoeff=-0.0371;MLEAC=21;MLEAF=0.553;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=30.36;ReadPosRankSum=0.672;SOR=1.244 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,3:4:30:81,0,30 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/0:5,0:5:15:0,15,209 0/0:2,0:2:6:0,6,68 0/0:2,0:2:6:0,6,51 0/1:4,1:5:27:27,0,152 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/1:1,4:5:27:120,0,27 1/1:0,3:3:9:125,9,0 0/0:.:0:.:0,0,0 0/1:1,2:3:33:75,0,33 1/1:0,1:1:3:42,3,0 1/1:0,1:1:3:42,3,0 1/1:0,1:1:3:42,3,0 1/1:0,1:1:3:38,3,0 0/1:1,4:5:27:142,0,27 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/1:1,1:2:36:36,0,36 1/1:0,1:1:3:10,3,0 0/1:1,7:8:13:259,0,13 +Reference 123000 . A C 190.70 PASS AC=7;AF=0.184;AN=38;BaseQRankSum=-0.477;DP=48;ExcessHet=0.0107;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1367;MLEAC=6;MLEAF=0.158;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=31.78;ReadPosRankSum=-1.096;SOR=0.780 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,73 0/1:3,1:4:30:30,0,94 0/0:2,0:2:6:0,6,74 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:5,0:5:15:0,15,205 0/0:4,0:4:12:0,12,167 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:2,0:2:6:0,6,79 0/0:4,0:4:12:0,12,163 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/1:2,2:4:71:71,0,71 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,70 1/1:0,1:1:3:10,3,0 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/1:3,1:4:24:24,0,113 +Reference 124000 . A C 138.43 PASS AC=3;AF=0.079;AN=38;BaseQRankSum=-0.650;DP=59;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2035;MLEAC=2;MLEAF=0.053;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.07;ReadPosRankSum=-0.129;SOR=0.946 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:15:0,15,180 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:3,0:3:9:0,9,115 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,74 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/1:2,4:6:66:117,0,66 0/0:6,0:6:18:0,18,247 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,84 +Reference 125000 . A C 281.04 PASS AC=6;AF=0.158;AN=38;BaseQRankSum=-2.261;DP=53;ExcessHet=0.1504;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0020;MLEAC=7;MLEAF=0.184;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.55;ReadPosRankSum=-1.731;SOR=0.737 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:4,0:4:12:0,12,167 1/1:0,3:3:9:115,9,0 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/1:2,2:4:61:61,0,68 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/1:2,2:4:67:67,0,71 0/1:2,1:3:33:33,0,75 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/1:3,1:4:30:30,0,109 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,38 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:5,0:5:15:0,15,209 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:3,0:3:9:0,9,125 +Reference 125500 . A C 99.75 PASS AC=4;AF=0.105;AN=38;BaseQRankSum=0.856;DP=61;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.4687;MLEAC=3;MLEAF=0.079;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=28.13;ReadPosRankSum=-0.305;SOR=1.001 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:4,0:4:12:0,12,135 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:6,0:6:18:0,18,251 0/0:2,0:2:6:0,6,51 0/0:3,0:3:9:0,9,93 0/0:5,0:5:15:0,15,191 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:4,0:4:12:0,12,163 0/0:3,0:3:9:0,9,121 0/0:2,0:2:6:0,6,51 0/0:3,0:3:9:0,9,93 0/0:6,0:6:18:0,18,218 0/0:2,0:2:6:0,6,51 0/0:5,0:5:15:0,15,209 1/1:0,2:2:6:84,6,0 1/1:0,1:1:3:42,3,0 +Reference 127000 . A C 362.76 PASS AC=5;AF=0.156;AN=32;BaseQRankSum=0.639;DP=45;ExcessHet=0.0731;FS=9.138;InbreedingCoeff=0.1727;MLEAC=6;MLEAF=0.188;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=27.97;ReadPosRankSum=-1.064;SOR=1.569 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/1:1,1:2:36:36,0,36 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:2,0:2:6:0,6,80 0/1:1,4:5:27:152,0,27 1/1:0,4:4:12:163,12,0 0/0:6,0:6:18:0,18,251 0/1:2,1:3:33:33,0,60 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:3,0:3:9:0,9,121 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:4,0:4:12:0,12,135 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:4,0:4:12:0,12,163 +Reference 127500 . A C 601.64 PASS AC=10;AF=0.263;AN=38;BaseQRankSum=-0.455;DP=53;ExcessHet=0.0001;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.4180;MLEAC=10;MLEAF=0.263;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=28.31;ReadPosRankSum=0.427;SOR=0.458 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,42 1/1:0,4:4:12:157,12,0 0/0:3,0:3:9:0,9,89 0/0:2,0:2:6:0,6,51 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/1:1,2:3:33:75,0,33 1/1:0,5:5:15:201,15,0 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:4,0:4:12:0,12,153 0/1:1,1:2:36:36,0,36 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:3,0:3:9:0,9,121 0/0:.:0:.:0,0,0 +Reference 128000 . A C 433.51 PASS AC=11;AF=0.306;AN=36;BaseQRankSum=1.269;DP=46;ExcessHet=0.0665;FS=3.920;InbreedingCoeff=0.0578;MLEAC=11;MLEAF=0.306;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=35.21;ReadPosRankSum=1.695;SOR=0.850 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:.:0:.:0,0,0 0/1:1,2:3:33:75,0,33 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,78 0/0:3,0:3:9:0,9,85 0/0:6,0:6:18:0,18,218 0/1:1,4:5:27:152,0,27 0/1:2,1:3:33:33,0,75 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,84 1/1:0,1:1:3:38,3,0 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/0:3,0:3:9:0,9,93 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/0:5,0:5:15:0,15,169 0/1:1,1:2:36:36,0,36 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:1,0:1:3:0,3,32 0/0:.:0:.:0,0,0 0/1:2,1:3:33:33,0,75 +Reference 129000 . A C 859.59 PASS AC=16;AF=0.421;AN=38;BaseQRankSum=0.681;DP=47;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.4005;MLEAC=15;MLEAF=0.395;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=35.18;ReadPosRankSum=0.992;SOR=0.622 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12:167,12,0 1/1:0,2:2:6:84,6,0 1/1:0,3:3:9:125,9,0 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:.:0:.:0,0,0 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,84 1/1:0,1:1:3:32,3,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/1:3,2:5:68:68,0,102 0/1:2,3:5:68:110,0,68 1/1:0,5:5:15:205,15,0 0/0:2,0:2:6:0,6,74 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/0:3,0:3:9:0,9,121 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:1,0:1:3:0,3,42 +Reference 129500 . A C 1174.90 PASS AC=23;AF=0.639;AN=36;BaseQRankSum=0.075;DP=49;ExcessHet=0.0008;FS=11.467;InbreedingCoeff=0.3308;MLEAC=23;MLEAF=0.639;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=29.59;ReadPosRankSum=-1.417;SOR=1.949 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:.:0:.:0,0,0 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/0:3,0:3:9:0,9,115 1/1:0,4:4:12:167,12,0 0/0:4,0:4:12:0,12,152 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/1:2,2:4:60:60,0,72 0/0:5,0:5:15:0,15,205 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 1/1:0,4:4:12:167,12,0 1/1:0,3:3:9:121,9,0 1/1:0,2:2:6:84,6,0 1/1:0,1:1:3:27,3,0 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/0:.:0:.:0,0,0 1/1:0,4:4:12:131,12,0 0/1:1,1:2:36:36,0,36 0/1:1,3:4:30:103,0,30 1/1:0,2:2:6:84,6,0 +Reference 130500 . A C 51.19 PASS AC=1;AF=0.028;AN=36;BaseQRankSum=0.548;DP=48;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0645;MLEAC=1;MLEAF=0.028;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.31;ReadPosRankSum=-0.485;SOR=0.534 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,82 0/0:1,0:1:3:0,3,32 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/1:5,2:7:62:62,0,188 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:4,0:4:12:0,12,163 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:3,0:3:9:0,9,93 0/0:3,0:3:9:0,9,115 0/0:4,0:4:12:0,12,157 0/0:1,0:1:3:0,3,42 +Reference 132000 . A C 277.19 PASS AC=6;AF=0.167;AN=36;BaseQRankSum=0.341;DP=49;ExcessHet=0.0018;FS=4.388;InbreedingCoeff=0.2366;MLEAC=6;MLEAF=0.167;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=27.72;ReadPosRankSum=-0.297;SOR=1.262 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,115 0/0:4,0:4:12:0,12,163 0/1:3,5:8:97:184,0,97 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:3,0:3:9:0,9,93 0/0:1,0:1:3:0,3,42 1/1:0,2:2:6:51,6,0 0/0:5,0:5:15:0,15,193 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/1:1,1:2:26:26,0,26 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:3,0:3:9:0,9,93 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:4,0:4:12:0,12,152 0/0:4,0:4:12:0,12,135 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/0:3,0:3:9:0,9,93 +Reference 133000 . A C 610.49 PASS AC=13;AF=0.361;AN=36;BaseQRankSum=1.830;DP=46;ExcessHet=0.0378;FS=1.705;InbreedingCoeff=0.1391;MLEAC=14;MLEAF=0.389;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=32.25;ReadPosRankSum=1.823;SOR=0.576 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,1:3:33:33,0,75 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:.:0:.:0,0,0 0/1:1,1:2:36:36,0,36 0/1:2,3:5:63:110,0,63 0/0:1,0:1:3:0,3,38 0/0:4,0:4:12:0,12,157 0/0:1,0:1:3:0,3,42 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/1:2,1:3:33:33,0,75 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/1:1,1:2:21:36,0,21 1/1:0,3:3:9:125,9,0 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:3,0:3:9:0,9,125 1/1:0,2:2:6:84,6,0 +Reference 134500 . A C 1270.34 PASS AC=27;AF=0.750;AN=36;BaseQRankSum=-0.495;DP=48;ExcessHet=0.1433;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0978;MLEAC=26;MLEAF=0.722;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=34.86;ReadPosRankSum=-1.053;SOR=0.165 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/1:1,2:3:33:75,0,33 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/1:2,2:4:40:40,0,72 1/1:0,1:1:3:38,3,0 1/1:0,2:2:6:80,6,0 1/1:0,4:4:12:167,12,0 0/1:2,1:3:33:33,0,75 1/1:0,3:3:9:88,9,0 1/1:0,3:3:9:125,9,0 0/1:2,2:4:71:71,0,71 1/1:0,1:1:3:36,3,0 1/1:0,3:3:9:125,9,0 0/0:2,0:2:6:0,6,77 0/0:.:0:.:0,0,0 1/1:0,4:4:12:157,12,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/1:2,1:3:1:1,0,43 0/0:.:0:.:0,0,0 +Reference 135000 . A C 1066.46 PASS AC=18;AF=0.529;AN=34;BaseQRankSum=2.010;DP=56;ExcessHet=0.0070;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2885;MLEAC=19;MLEAF=0.559;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=32.49;ReadPosRankSum=0.093;SOR=0.631 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:2,0:2:6:0,6,82 1/1:0,3:3:9:125,9,0 0/0:.:0:.:0,0,0 1/1:0,1:1:3:42,3,0 1/1:0,5:5:15:204,15,0 0/0:.:0:.:0,0,0 1/1:0,4:4:12:159,12,0 0/0:5,0:5:15:0,15,167 0/1:1,1:2:32:36,0,32 0/1:3,3:6:99:107,0,103 0/0:4,0:4:12:0,12,163 1/1:0,4:4:12:167,12,0 0/1:3,3:6:71:108,0,71 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/0:3,0:3:9:0,9,121 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/0:1,0:1:3:0,3,41 0/1:3,1:4:30:30,0,113 0/0:3,0:3:9:0,9,115 +Reference 136000 . A C 1035.62 PASS AC=18;AF=0.500;AN=36;BaseQRankSum=-0.334;DP=57;ExcessHet=0.0000;FS=1.254;InbreedingCoeff=0.4783;MLEAC=18;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=29.05;ReadPosRankSum=-0.736;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,42 1/1:0,5:5:15:209,15,0 1/1:0,5:5:15:199,15,0 1/1:0,3:3:9:125,9,0 1/1:0,3:3:9:121,9,0 1/1:0,4:4:11:103,11,0 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:5,0:5:15:0,15,209 0/0:1,0:1:3:0,3,42 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:6,0:6:18:0,18,251 1/1:0,1:1:3:10,3,0 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:2,0:2:6:0,6,78 0/0:5,0:5:15:0,15,177 0/0:2,0:2:6:0,6,74 0/1:1,3:4:26:113,0,26 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/1:1,1:2:36:36,0,36 +Reference 137000 . A C 67.64 PASS AC=2;AF=0.063;AN=32;BaseQRankSum=0.857;DP=51;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.4480;MLEAC=1;MLEAF=0.031;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=33.82;ReadPosRankSum=0.534;SOR=1.688 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:15:0,15,184 0/0:1,0:1:3:0,3,38 0/0:4,0:4:12:0,12,157 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:.:0:.:0,0,0 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:4,0:4:12:0,12,159 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:7,0:7:21:0,21,272 0/0:3,0:3:9:0,9,115 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:4,0:4:12:0,12,157 0/0:2,0:2:6:0,6,51 0/0:2,0:2:6:0,6,80 0/0:4,0:4:12:0,12,163 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:2,0:2:6:0,6,84 +Reference 138000 . A C 329.28 PASS AC=10;AF=0.263;AN=38;BaseQRankSum=-2.523;DP=46;ExcessHet=0.0001;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2972;MLEAC=8;MLEAF=0.211;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=29.93;ReadPosRankSum=-1.383;SOR=0.389 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,107 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/1:2,4:6:62:117,0,62 0/1:1,2:3:29:75,0,29 0/0:.:0:.:0,0,0 1/1:0,1:1:3:42,3,0 1/1:0,1:1:3:10,3,0 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:3,0:3:9:0,9,125 1/1:0,2:2:6:73,6,0 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:4,0:4:12:0,12,167 +Reference 138500 . A C 101.59 PASS AC=2;AF=0.056;AN=36;BaseQRankSum=-1.280;DP=52;ExcessHet=0.0000;FS=6.792;InbreedingCoeff=0.3742;MLEAC=1;MLEAF=0.028;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=33.86;ReadPosRankSum=-0.341;SOR=0.943 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:5,0:5:15:0,15,199 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:4,0:4:12:0,12,135 0/0:4,0:4:12:0,12,163 0/0:3,0:3:9:0,9,125 1/1:0,3:3:9:121,9,0 0/0:3,0:3:9:0,9,121 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:2,0:2:6:0,6,82 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:6,0:6:18:0,18,251 +Reference 140000 . A C 106.12 PASS AC=2;AF=0.053;AN=38;BaseQRankSum=0.892;DP=42;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2410;MLEAC=2;MLEAF=0.053;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=31.88;ReadPosRankSum=0.636;SOR=1.052 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:4,0:4:12:0,12,125 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:4,0:4:12:0,12,131 0/0:3,0:3:9:0,9,121 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,80 0/0:3,0:3:9:0,9,89 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:1,0:1:3:0,3,42 1/1:0,3:3:9:125,9,0 0/0:4,0:4:12:0,12,167 +Reference 140500 . A C 408.06 PASS AC=8;AF=0.235;AN=34;BaseQRankSum=0.444;DP=47;ExcessHet=0.0602;FS=3.638;InbreedingCoeff=0.1682;MLEAC=9;MLEAF=0.265;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=34.00;ReadPosRankSum=1.086;SOR=0.257 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,76 0/0:4,0:4:12:0,12,163 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,80 1/1:0,2:2:6:51,6,0 0/1:1,1:2:36:36,0,36 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/1:1,1:2:36:36,0,36 1/1:0,3:3:9:121,9,0 0/0:5,0:5:15:0,15,177 0/0:.:0:.:0,0,0 0/1:1,3:4:30:113,0,30 0/0:2,0:2:6:0,6,83 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:6,0:6:18:0,18,251 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:4,0:4:11:0,11,93 0/1:1,2:3:33:75,0,33 +Reference 141000 . A C 32.16 PASS AC=1;AF=0.029;AN=34;BaseQRankSum=-1.677;DP=45;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1542;MLEAC=1;MLEAF=0.029;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.72;ReadPosRankSum=-0.519;SOR=0.648 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/1:1,2:3:33:43,0,33 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:2,0:2:6:0,6,76 0/0:2,0:2:6:0,6,80 0/0:4,0:4:12:0,12,157 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:2,0:2:6:0,6,80 +Reference 141500 . A C 580.23 PASS AC=16;AF=0.444;AN=36;BaseQRankSum=-1.592;DP=44;ExcessHet=0.0925;FS=5.551;InbreedingCoeff=0.0901;MLEAC=16;MLEAF=0.444;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=30.31;ReadPosRankSum=1.314;SOR=0.439 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:3,0:3:9:0,9,125 1/1:0,2:2:6:80,6,0 0/1:1,1:2:4:36,0,4 1/1:0,2:2:6:57,6,0 0/0:3,0:3:9:0,9,125 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/1:1,2:3:33:75,0,33 0/1:1,1:2:36:36,0,36 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:3,0:3:9:0,9,122 0/0:4,0:4:12:0,12,163 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/1:2,2:4:56:56,0,71 1/1:0,2:2:6:80,6,0 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/1:1,2:3:23:43,0,23 0/0:.:0:.:0,0,0 0/1:1,1:2:36:36,0,36 +Reference 142000 . A C 63.17 PASS AC=1;AF=0.026;AN=38;BaseQRankSum=0.609;DP=52;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0166;MLEAC=1;MLEAF=0.026;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.06;ReadPosRankSum=0.583;SOR=0.455 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,38 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:3,0:3:9:0,9,93 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,74 0/0:3,0:3:9:0,9,121 0/0:3,0:3:9:0,9,93 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:5,0:5:15:0,15,209 0/0:4,0:4:12:0,12,163 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,51 0/1:1,2:3:33:75,0,33 +Reference 143500 . A C 112.85 PASS AC=2;AF=0.056;AN=36;BaseQRankSum=-0.080;DP=63;ExcessHet=0.1259;FS=2.072;InbreedingCoeff=0.0649;MLEAC=3;MLEAF=0.083;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.26;ReadPosRankSum=0.338;SOR=1.165 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,163 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:4,0:4:12:0,12,157 0/0:2,0:2:6:0,6,79 0/0:5,0:5:15:0,15,209 0/0:6,0:6:18:0,18,243 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,74 0/0:5,0:5:15:0,15,188 0/0:7,0:7:21:0,21,292 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:2,0:2:6:0,6,74 0/1:4,2:6:61:61,0,149 0/0:2,0:2:6:0,6,47 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:.:0:.:0,0,0 0/1:3,2:5:69:69,0,78 0/0:3,0:3:9:0,9,125 +Reference 144000 . A C 1280.93 PASS AC=27;AF=0.711;AN=38;BaseQRankSum=1.364;DP=49;ExcessHet=0.0012;FS=3.270;InbreedingCoeff=0.3019;MLEAC=25;MLEAF=0.658;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=29.84;ReadPosRankSum=0.647;SOR=0.468 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:.:0:.:0,0,0 0/1:2,2:4:57:72,0,57 1/1:0,3:3:9:115,9,0 1/1:0,3:3:9:111,9,0 1/1:0,1:1:3:42,3,0 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/0:3,0:3:9:0,9,121 1/1:0,5:5:15:209,15,0 1/1:0,1:1:3:42,3,0 1/1:0,3:3:9:121,9,0 0/0:2,0:2:6:0,6,82 1/1:0,2:2:6:84,6,0 1/1:0,2:2:6:84,6,0 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/1:1,1:2:31:36,0,31 1/1:0,3:3:9:124,9,0 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/1:3,1:4:30:30,0,103 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/0:2,0:2:6:0,6,84 +Reference 145500 . A C 161.43 PASS AC=4;AF=0.118;AN=34;BaseQRankSum=1.247;DP=45;ExcessHet=0.8560;FS=2.481;InbreedingCoeff=-0.0274;MLEAC=5;MLEAF=0.147;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=28.80;ReadPosRankSum=-0.622;SOR=0.986 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,2:3:33:75,0,33 0/0:2,0:2:6:0,6,51 0/0:3,0:3:9:0,9,89 0/1:2,1:3:33:33,0,75 0/0:4,0:4:12:0,12,125 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/1:1,1:2:36:36,0,36 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,47 0/1:1,1:2:36:36,0,36 0/0:5,0:5:15:0,15,177 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:2,0:2:6:0,6,79 +Reference 146000 . A C 191.73 PASS AC=6;AF=0.176;AN=34;BaseQRankSum=1.563;DP=43;ExcessHet=0.1908;FS=2.430;InbreedingCoeff=0.0513;MLEAC=7;MLEAF=0.206;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=29.95;ReadPosRankSum=1.259;SOR=0.504 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,80 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:.:0:.:0,0,0 0/1:3,2:5:68:68,0,100 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/1:1,1:2:36:36,0,36 0/0:3,0:3:9:0,9,121 0/0:2,0:2:6:0,6,84 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:1,0:1:3:0,3,38 0/0:2,0:2:6:0,6,51 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/1:3,1:4:30:30,0,104 0/0:3,0:3:8:0,8,61 0/1:1,1:2:32:36,0,32 0/0:4,0:4:12:0,12,161 0/0:2,0:2:6:0,6,80 +Reference 147000 . A C 535.59 PASS AC=11;AF=0.275;AN=40;BaseQRankSum=-0.987;DP=62;ExcessHet=0.0009;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2986;MLEAC=10;MLEAF=0.250;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=28.19;ReadPosRankSum=0.254;SOR=1.032 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,2:3:33:75,0,33 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:5,0:5:15:0,15,176 0/0:5,0:5:15:0,15,205 1/1:0,4:4:12:131,12,0 1/1:0,3:3:9:93,9,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:3,0:3:9:0,9,93 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:5,0:5:15:0,15,205 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/1:3,1:4:30:30,0,113 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/0:5,0:5:15:0,15,198 0/1:3,4:7:99:114,0,101 +Reference 147500 . A C 176.34 PASS AC=5;AF=0.156;AN=32;BaseQRankSum=0.900;DP=51;ExcessHet=0.0000;FS=7.074;InbreedingCoeff=0.4050;MLEAC=4;MLEAF=0.125;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=30.22;ReadPosRankSum=1.173;SOR=1.923 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:5,0:5:15:0,15,177 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:4,0:4:12:0,12,130 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:5,0:5:15:0,15,209 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:5,0:5:15:0,15,205 0/0:.:0:.:0,0,0 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/1:1,2:3:29:75,0,29 0/0:4,0:4:12:0,12,132 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:2,0:2:6:0,6,84 +Reference 148000 . A C 351.64 PASS AC=9;AF=0.250;AN=36;BaseQRankSum=-1.316;DP=50;ExcessHet=0.0040;FS=4.378;InbreedingCoeff=0.2409;MLEAC=9;MLEAF=0.250;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=29.85;ReadPosRankSum=1.144;SOR=0.991 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/1:1,1:2:21:36,0,21 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:6,0:6:18:0,18,251 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:2,0:2:6:0,6,84 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:6,0:6:18:0,18,251 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,84 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:.:0:.:0,0,0 0/1:3,1:4:30:30,0,81 0/0:1,0:1:3:0,3,42 1/1:0,3:3:9:111,9,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/1:1,2:3:33:75,0,33 0/0:2,0:2:6:0,6,84 +Reference 149500 . A C 678.94 PASS AC=13;AF=0.325;AN=40;BaseQRankSum=0.852;DP=56;ExcessHet=0.0208;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1453;MLEAC=13;MLEAF=0.325;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=33.95;ReadPosRankSum=0.925;SOR=0.735 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,1:3:33:33,0,75 1/1:0,5:5:15:205,15,0 1/1:0,5:5:15:176,15,0 0/0:3,0:3:9:0,9,92 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,80 0/0:1,0:1:3:0,3,42 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/0:2,0:2:6:0,6,80 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:3,0:3:9:0,9,124 0/1:1,1:2:36:36,0,36 0/1:2,1:3:33:33,0,75 0/1:2,2:4:71:71,0,71 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/0:2,0:2:6:0,6,80 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/1:4,2:6:65:65,0,129 0/0:2,0:2:6:0,6,79 +Reference 150000 . A C 99.47 PASS AC=2;AF=0.053;AN=38;BaseQRankSum=-0.560;DP=55;ExcessHet=0.1190;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0307;MLEAC=2;MLEAF=0.053;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.87;ReadPosRankSum=-0.859;SOR=1.488 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:3,0:3:9:0,9,89 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/1:1,1:2:36:36,0,36 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:5,0:5:15:0,15,177 0/1:1,3:4:26:81,0,26 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:5,0:5:15:0,15,173 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:1,0:1:3:0,3,27 0/0:5,0:5:15:0,15,205 +Reference 150500 . A C 74.79 PASS AC=2;AF=0.059;AN=34;BaseQRankSum=-0.772;DP=45;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3520;MLEAC=2;MLEAF=0.059;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.93;ReadPosRankSum=-0.262;SOR=0.930 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:1,0:1:3:0,3,32 0/0:1,0:1:3:0,3,38 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,70 0/0:5,0:5:15:0,15,201 0/0:3,0:3:9:0,9,115 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:4,0:4:12:0,12,163 0/0:3,0:3:9:0,9,125 1/1:0,3:3:9:93,9,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:5,0:5:15:0,15,209 0/0:1,0:1:3:0,3,42 +Reference 151000 . A C 989.85 PASS AC=19;AF=0.500;AN=38;BaseQRankSum=0.084;DP=52;ExcessHet=0.0125;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2121;MLEAC=18;MLEAF=0.474;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=31.18;ReadPosRankSum=-0.040;SOR=0.639 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/1:1,2:3:33:75,0,33 0/1:1,1:2:36:36,0,36 0/1:1,1:2:36:36,0,36 0/1:3,1:4:26:26,0,113 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:3,0:3:9:0,9,125 1/1:0,3:3:9:125,9,0 0/0:2,0:2:6:0,6,51 0/0:2,0:2:6:0,6,84 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/1:1,2:3:33:75,0,33 1/1:0,1:1:3:42,3,0 1/1:0,4:4:12:167,12,0 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/0:5,0:5:15:0,15,205 0/0:2,0:2:6:0,6,84 1/1:0,5:5:15:199,15,0 +Reference 152000 . A C 1978.77 PASS AC=33;AF=0.868;AN=38;BaseQRankSum=0.137;DP=59;ExcessHet=1.3000;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.1534;MLEAC=32;MLEAF=0.842;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=28.65;ReadPosRankSum=0.602;SOR=0.778 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,1:1:3:42,3,0 1/1:0,2:2:6:80,6,0 1/1:0,3:3:9:125,9,0 0/0:.:0:.:0,0,0 1/1:0,2:2:6:84,6,0 1/1:0,2:2:6:80,6,0 0/1:3,2:5:68:68,0,110 0/1:2,2:4:40:40,0,57 0/1:1,4:5:27:148,0,27 1/1:0,3:3:9:125,9,0 1/1:0,2:2:6:84,6,0 1/1:0,1:1:3:38,3,0 1/1:0,2:2:6:74,6,0 1/1:0,5:5:15:209,15,0 1/1:0,4:4:12:167,12,0 1/1:0,4:4:12:131,12,0 0/1:2,1:3:33:33,0,75 0/1:1,1:2:32:36,0,32 1/1:0,4:4:12:131,12,0 1/1:0,4:4:12:167,12,0 +Reference 152500 . A C 806.23 PASS AC=16;AF=0.444;AN=36;BaseQRankSum=0.104;DP=51;ExcessHet=0.0925;FS=2.884;InbreedingCoeff=0.0978;MLEAC=16;MLEAF=0.444;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=28.44;ReadPosRankSum=2.001;SOR=0.507 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,1:2:36:36,0,36 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/1:3,1:4:26:26,0,111 1/1:0,4:4:12:167,12,0 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/1:1,2:3:33:75,0,33 1/1:0,4:4:12:163,12,0 0/0:1,0:1:3:0,3,32 0/1:1,3:4:30:103,0,30 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/1:2,2:4:61:72,0,61 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:3,0:3:9:0,9,83 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:.:0:.:0,0,0 0/1:2,1:3:33:33,0,75 0/0:5,0:5:15:0,15,205 0/0:2,0:2:6:0,6,83 1/1:0,1:1:3:10,3,0 0/0:3,0:3:9:0,9,125 +Reference 153000 . A C 361.11 PASS AC=6;AF=0.200;AN=30;BaseQRankSum=-0.736;DP=45;ExcessHet=2.6804;FS=3.637;InbreedingCoeff=-0.0803;MLEAC=9;MLEAF=0.300;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.57;ReadPosRankSum=-0.086;SOR=1.093 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:4,0:4:12:0,12,135 0/0:.:0:.:0,0,0 0/1:2,2:4:57:57,0,72 0/0:5,0:5:15:0,15,209 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/1:1,3:4:30:113,0,30 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:.:0:.:0,0,0 0/1:1,1:2:31:31,0,36 0/0:2,0:2:6:0,6,51 0/1:3,2:5:64:64,0,110 0/0:.:0:.:0,0,0 0/1:1,2:3:23:71,0,23 0/0:1,0:1:3:0,3,38 0/0:1,0:1:3:0,3,32 0/1:1,1:2:26:36,0,26 0/0:3,0:3:9:0,9,111 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:.:0:.:0,0,0 +Reference 153500 . A C 232.42 PASS AC=3;AF=0.100;AN=30;BaseQRankSum=0.000;DP=48;ExcessHet=0.0000;FS=3.998;InbreedingCoeff=0.3664;MLEAC=4;MLEAF=0.133;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=35.95;ReadPosRankSum=1.862;SOR=0.716 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:.:0:.:0,0,0 0/1:1,1:2:36:36,0,36 0/0:.:0:.:0,0,0 1/1:0,6:6:18:218,18,0 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:4,0:4:12:0,12,142 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,79 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:5,0:5:15:0,15,201 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:4,0:4:12:0,12,163 0/0:.:0:.:0,0,0 +Reference 154500 . A C 832.28 PASS AC=15;AF=0.395;AN=38;BaseQRankSum=-0.775;DP=58;ExcessHet=4.2649;FS=1.174;InbreedingCoeff=-0.3007;MLEAC=16;MLEAF=0.421;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.85;ReadPosRankSum=-0.361;SOR=0.719 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,125 1/1:0,4:4:12:167,12,0 0/0:.:0:.:0,0,0 0/1:2,2:4:61:72,0,61 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/1:1,2:3:33:75,0,33 0/1:2,3:5:37:111,0,37 1/1:0,2:2:6:51,6,0 0/1:1,1:2:4:4,0,36 0/1:1,2:3:33:66,0,33 0/1:3,1:4:30:30,0,109 0/1:3,2:5:69:69,0,78 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/1:2,3:5:64:106,0,64 0/1:2,1:3:23:23,0,75 0/1:4,1:5:27:27,0,142 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/1:1,1:2:32:32,0,36 0/0:2,0:2:6:0,6,84 +Reference 155500 . A C 499.95 PASS AC=9;AF=0.250;AN=36;BaseQRankSum=-1.313;DP=47;ExcessHet=0.1433;FS=1.574;InbreedingCoeff=0.0757;MLEAC=10;MLEAF=0.278;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=33.53;ReadPosRankSum=0.131;SOR=0.484 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,115 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:3,0:3:9:0,9,122 0/1:1,1:2:36:36,0,36 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/1:1,3:4:30:109,0,30 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/1:1,1:2:32:36,0,32 0/1:1,1:2:32:32,0,36 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/0:3,0:3:9:0,9,121 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:4,0:4:12:0,12,157 1/1:0,3:3:9:121,9,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:4,0:4:12:0,12,163 0/1:1,3:4:30:105,0,30 0/0:.:0:.:0,0,0 +Reference 156000 . A C 1215.15 PASS AC=24;AF=0.632;AN=38;BaseQRankSum=1.261;DP=54;ExcessHet=0.0038;FS=2.814;InbreedingCoeff=0.2557;MLEAC=23;MLEAF=0.605;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=36.33;ReadPosRankSum=-0.564;SOR=0.498 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,1:1:3:42,3,0 1/1:0,3:3:9:125,9,0 1/1:0,4:4:12:135,12,0 0/0:.:0:.:0,0,0 0/1:1,2:3:29:43,0,29 0/1:2,1:3:33:33,0,59 1/1:0,5:5:15:209,15,0 1/1:0,1:1:3:42,3,0 1/1:0,5:5:15:209,15,0 0/0:2,0:2:6:0,6,51 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/0:3,0:3:9:0,9,125 1/1:0,2:2:6:84,6,0 1/1:0,2:2:6:51,6,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 1/1:0,2:2:6:80,6,0 0/1:2,1:3:33:33,0,75 0/1:6,2:8:59:59,0,223 0/0:3,0:3:9:0,9,93 0/0:2,0:2:6:0,6,74 +Reference 156500 . A C 62.60 PASS AC=2;AF=0.053;AN=38;BaseQRankSum=-1.140;DP=56;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3114;MLEAC=1;MLEAF=0.026;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=31.30;ReadPosRankSum=1.127;SOR=0.560 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:8,0:8:24:0,24,334 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:5,0:5:15:0,15,203 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:3,0:3:9:0,9,125 1/1:0,2:2:6:80,6,0 0/0:2,0:2:6:0,6,80 0/0:2,0:2:6:0,6,80 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:3,0:3:9:0,9,124 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:2,0:2:6:0,6,74 0/0:2,0:2:6:0,6,51 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:5,0:5:15:0,15,167 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:5,0:5:15:0,15,205 0/0:2,0:2:6:0,6,84 +Reference 157000 . A C 693.47 PASS AC=9;AF=0.250;AN=36;BaseQRankSum=1.099;DP=62;ExcessHet=1.3055;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.1217;MLEAC=10;MLEAF=0.278;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=27.74;ReadPosRankSum=0.417;SOR=0.853 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/0:2,0:2:6:0,6,75 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:6,0:6:18:0,18,251 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,83 0/0:2,0:2:6:0,6,80 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/1:2,4:6:61:149,0,61 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/1:1,1:2:36:36,0,36 0/0:2,0:2:6:0,6,80 0/1:1,3:4:30:113,0,30 0/0:.:0:.:0,0,0 0/1:1,4:5:27:120,0,27 0/1:1,3:4:30:113,0,30 0/1:2,1:3:33:33,0,43 0/1:3,3:6:99:107,0,107 +Reference 158000 . A C 105.49 PASS AC=2;AF=0.053;AN=38;BaseQRankSum=0.722;DP=47;ExcessHet=0.0000;FS=9.947;InbreedingCoeff=0.2979;MLEAC=1;MLEAF=0.026;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=32.31;ReadPosRankSum=-1.046;SOR=2.812 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:1,0:1:3:0,3,32 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:3,0:3:9:0,9,121 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:3,0:3:9:0,9,93 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:3,0:3:9:0,9,115 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:3,0:3:9:0,9,119 0/0:2,0:2:6:0,6,76 0/0:3,0:3:9:0,9,125 1/1:0,3:3:9:125,9,0 +Reference 158500 . A C 1133.98 PASS AC=24;AF=0.632;AN=38;BaseQRankSum=0.835;DP=38;ExcessHet=0.0038;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1119;MLEAC=23;MLEAF=0.605;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=34.29;ReadPosRankSum=0.478;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/0:1,0:1:3:0,3,38 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/1:1,2:3:33:75,0,33 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/1:1,3:4:30:113,0,30 1/1:0,4:4:12:167,12,0 0/1:1,2:3:33:75,0,33 1/1:0,5:5:15:177,15,0 1/1:0,2:2:6:84,6,0 1/1:0,1:1:3:38,3,0 0/1:1,2:3:29:75,0,29 0/0:.:0:.:0,0,0 1/1:0,1:1:3:42,3,0 1/1:0,1:1:3:42,3,0 1/1:0,1:1:3:42,3,0 1/1:0,1:1:3:42,3,0 1/1:0,1:1:3:38,3,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,42 +Reference 159000 . A C 166.71 PASS AC=2;AF=0.050;AN=40;BaseQRankSum=0.919;DP=64;ExcessHet=0.1128;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.1372;MLEAC=2;MLEAF=0.050;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=27.78;ReadPosRankSum=0.421;SOR=0.509 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/1:1,1:2:36:36,0,36 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:4,0:4:12:0,12,153 0/0:4,0:4:12:0,12,163 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:5,0:5:15:0,15,209 0/0:6,0:6:18:0,18,214 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:3,0:3:9:0,9,110 0/0:5,0:5:15:0,15,209 0/0:1,0:1:3:0,3,37 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/1:2,4:6:65:149,0,65 0/0:2,0:2:6:0,6,74 +Reference 159500 . A C 398.56 PASS AC=7;AF=0.175;AN=40;BaseQRankSum=0.247;DP=65;ExcessHet=0.0000;FS=1.573;InbreedingCoeff=0.4352;MLEAC=5;MLEAF=0.125;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=30.05;ReadPosRankSum=-0.641;SOR=0.279 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:5,0:5:15:0,15,209 0/0:4,0:4:12:0,12,163 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:6,0:6:18:0,18,251 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:3,0:3:9:0,9,110 0/0:5,0:5:15:0,15,203 0/0:3,0:3:9:0,9,121 0/0:4,0:4:12:0,12,163 0/1:1,5:6:24:187,0,24 0/0:1,0:1:3:0,3,42 1/1:0,3:3:9:125,9,0 1/1:0,1:1:3:40,3,0 0/0:5,0:5:15:0,15,205 0/0:4,0:4:12:0,12,167 +Reference 160500 . A C 124.36 PASS AC=3;AF=0.088;AN=34;BaseQRankSum=-1.548;DP=57;ExcessHet=0.4139;FS=2.157;InbreedingCoeff=0.0769;MLEAC=4;MLEAF=0.118;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.73;ReadPosRankSum=0.059;SOR=0.969 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:7,0:7:21:0,21,283 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:.:0:.:0,0,0 0/1:1,1:2:26:26,0,36 0/0:4,0:4:12:0,12,166 0/1:1,2:3:29:75,0,29 0/1:1,2:3:33:43,0,33 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:5,0:5:15:0,15,209 0/0:3,0:3:9:0,9,89 0/0:2,0:2:6:0,6,74 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:3,0:3:9:0,9,121 0/0:6,0:6:18:0,18,247 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:3,0:3:9:0,9,125 +Reference 161000 . A C 1048.49 PASS AC=20;AF=0.556;AN=36;BaseQRankSum=-0.487;DP=48;ExcessHet=0.0042;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2819;MLEAC=20;MLEAF=0.556;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=33.30;ReadPosRankSum=1.120;SOR=1.255 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12:163,12,0 1/1:0,1:1:3:38,3,0 0/1:2,1:3:33:33,0,63 0/0:3,0:3:9:0,9,119 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/1:2,1:3:33:33,0,65 0/1:1,1:2:36:36,0,36 1/1:0,3:3:9:125,9,0 0/1:2,3:5:68:110,0,68 0/0:2,0:2:6:0,6,80 0/0:2,0:2:6:0,6,84 1/1:0,1:1:3:10,3,0 1/1:0,4:4:12:167,12,0 1/1:0,3:3:9:117,9,0 0/0:.:0:.:0,0,0 1/1:0,3:3:9:121,9,0 0/0:3,0:3:9:0,9,125 +Reference 161500 . A C 453.71 PASS AC=8;AF=0.267;AN=30;BaseQRankSum=0.249;DP=45;ExcessHet=0.0911;FS=3.329;InbreedingCoeff=0.1771;MLEAC=10;MLEAF=0.333;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=32.41;ReadPosRankSum=-0.476;SOR=1.143 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,163 0/0:.:0:.:0,0,0 1/1:0,3:3:9:119,9,0 0/0:.:0:.:0,0,0 0/1:1,3:4:30:113,0,30 1/1:0,3:3:9:125,9,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,38 0/0:1,0:1:3:0,3,32 0/0:8,0:8:24:0,24,320 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/1:1,1:2:36:36,0,36 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:4,0:4:12:0,12,163 0/0:.:0:.:0,0,0 0/1:1,1:2:36:36,0,36 0/1:2,2:4:40:40,0,72 0/0:.:0:.:0,0,0 +Reference 162000 . A C 98.47 PASS AC=1;AF=0.026;AN=38;BaseQRankSum=0.886;DP=53;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0010;MLEAC=1;MLEAF=0.026;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.69;ReadPosRankSum=-0.353;SOR=0.924 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,131 0/0:2,0:2:6:0,6,76 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:3,0:3:9:0,9,115 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:3,0:3:9:0,9,121 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:3,0:3:9:0,9,93 0/0:5,0:5:15:0,15,209 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:5,0:5:15:0,15,209 0/0:5,0:5:15:0,15,205 0/0:3,0:3:9:0,9,115 0/0:3,0:3:9:0,9,121 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/1:2,3:5:68:110,0,68 +Reference 162500 . A C 1424.91 PASS AC=31;AF=0.775;AN=40;BaseQRankSum=0.330;DP=46;ExcessHet=0.0000;FS=7.273;InbreedingCoeff=0.3789;MLEAC=29;MLEAF=0.725;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=31.74;ReadPosRankSum=1.082;SOR=0.933 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 1/1:0,3:3:9:93,9,0 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/0:6,1:7:11:0,11,208 1/1:0,3:3:9:125,9,0 1/1:0,4:4:12:157,12,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 1/1:0,1:1:3:42,3,0 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/1:1,1:2:36:36,0,36 1/1:0,4:4:12:157,12,0 1/1:0,2:2:6:84,6,0 1/1:0,1:1:3:42,3,0 1/1:0,3:3:9:119,9,0 1/1:0,2:2:6:84,6,0 1/1:0,3:3:9:125,9,0 1/1:0,1:1:3:42,3,0 1/1:0,2:2:6:76,6,0 0/0:2,0:2:6:0,6,84 +Reference 163000 . A C 296.26 PASS AC=5;AF=0.156;AN=32;BaseQRankSum=1.756;DP=42;ExcessHet=0.0000;FS=1.718;InbreedingCoeff=0.3572;MLEAC=5;MLEAF=0.156;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=29.63;ReadPosRankSum=-0.018;SOR=0.384 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:.:0:.:0,0,0 0/1:2,2:4:40:72,0,40 0/0:3,0:3:9:0,9,110 0/0:2,0:2:6:0,6,80 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:5,0:5:15:0,15,199 1/1:0,3:3:9:125,9,0 1/1:0,3:3:9:125,9,0 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:2,0:2:6:0,6,79 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:3,0:3:9:0,9,93 0/0:3,0:3:9:0,9,89 0/0:1,0:1:3:0,3,35 +Reference 163500 . A C 139.49 PASS AC=3;AF=0.083;AN=36;BaseQRankSum=0.864;DP=37;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1825;MLEAC=3;MLEAF=0.083;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=27.90;ReadPosRankSum=-2.447;SOR=1.550 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:1,0:1:3:0,3,32 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,80 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:5,0:5:15:0,15,209 0/1:1,2:3:33:75,0,33 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:1,0:1:3:0,3,10 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:4,0:4:12:0,12,135 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/0:1,0:1:3:0,3,38 0/0:1,0:1:3:0,3,42 +Reference 164000 . A C 133.12 PASS AC=5;AF=0.132;AN=38;BaseQRankSum=0.715;DP=43;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2475;MLEAC=4;MLEAF=0.105;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=28.66;ReadPosRankSum=0.515;SOR=1.514 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:3,0:3:9:0,9,93 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:3,0:3:9:0,9,105 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:5,0:5:15:0,15,209 0/0:5,0:5:15:0,15,207 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:.:0:.:0,0,0 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/1:2,1:3:33:33,0,75 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:3,0:3:9:0,9,121 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,84 +Reference 164500 . A C 469.58 PASS AC=13;AF=0.361;AN=36;BaseQRankSum=-1.834;DP=52;ExcessHet=0.4264;FS=1.531;InbreedingCoeff=-0.0044;MLEAC=12;MLEAF=0.333;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=31.31;ReadPosRankSum=-0.138;SOR=1.407 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,2:3:33:75,0,33 0/0:.:0:.:0,0,0 0/1:1,1:2:31:31,0,36 0/1:1,2:3:33:75,0,33 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/1:2,1:3:33:33,0,71 0/0:3,0:3:9:0,9,125 1/1:0,1:1:3:38,3,0 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/1:2,2:4:40:40,0,72 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:5,0:5:15:0,15,209 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/1:1,2:3:18:75,0,18 0/0:2,0:2:6:0,6,80 0/1:1,1:2:26:26,0,36 0/0:5,0:5:15:0,15,177 0/0:.:0:.:0,0,0 1/1:0,1:1:3:10,3,0 1/1:0,2:2:6:84,6,0 +Reference 165500 . A C 444.55 PASS AC=10;AF=0.278;AN=36;BaseQRankSum=1.116;DP=46;ExcessHet=0.0192;FS=1.773;InbreedingCoeff=0.1480;MLEAC=10;MLEAF=0.278;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.41;ReadPosRankSum=1.833;SOR=0.399 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,3:4:30:113,0,30 0/1:1,1:2:36:36,0,36 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/1:1,2:3:33:75,0,33 0/0:1,0:1:3:0,3,38 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:4,0:4:12:0,12,159 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:5,0:5:15:0,15,209 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/1:1,2:3:33:75,0,33 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/0:3,0:3:9:0,9,125 1/1:0,1:1:3:42,3,0 +Reference 166000 . A C 297.22 PASS AC=8;AF=0.235;AN=34;BaseQRankSum=-1.232;DP=55;ExcessHet=0.0006;FS=1.631;InbreedingCoeff=0.4042;MLEAC=7;MLEAF=0.206;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=33.02;ReadPosRankSum=-0.226;SOR=0.487 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:4,0:4:12:0,12,167 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/0:2,0:2:6:0,6,83 1/1:0,3:3:9:93,9,0 0/0:.:0:.:0,0,0 1/1:0,3:3:9:115,9,0 0/1:1,1:2:36:36,0,36 0/0:2,0:2:6:0,6,51 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:5,0:5:15:0,15,177 0/0:4,0:4:12:0,12,137 0/0:5,0:5:15:0,15,203 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:.:0:.:0,0,0 0/1:1,2:3:33:43,0,33 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:2,0:2:6:0,6,84 +Reference 166500 . A C 1064.54 PASS AC=19;AF=0.559;AN=34;BaseQRankSum=-0.938;DP=47;ExcessHet=2.0424;FS=1.485;InbreedingCoeff=-0.1924;MLEAC=21;MLEAF=0.618;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=28.50;ReadPosRankSum=1.216;SOR=0.681 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,1:2:36:36,0,36 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/1:2,1:3:33:33,0,75 0/0:.:0:.:0,0,0 0/1:1,2:3:33:65,0,33 0/0:.:0:.:0,0,0 0/1:1,1:2:36:36,0,36 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/1:1,4:5:27:152,0,27 0/1:3,1:4:30:30,0,113 0/1:1,2:3:33:75,0,33 0/0:.:0:.:0,0,0 0/1:3,2:5:64:64,0,110 1/1:0,6:6:18:214,18,0 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:1,0:1:3:0,3,42 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/1:1,1:2:32:36,0,32 1/1:0,2:2:6:84,6,0 +Reference 167000 . A C 158.80 PASS AC=2;AF=0.050;AN=40;BaseQRankSum=-0.515;DP=62;ExcessHet=0.1128;FS=12.802;InbreedingCoeff=-0.1397;MLEAC=2;MLEAF=0.050;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.64;ReadPosRankSum=-2.343;SOR=3.540 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/1:3,2:5:64:64,0,110 0/1:1,3:4:30:113,0,30 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:4,0:4:12:0,12,157 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:1,0:1:3:0,3,38 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:3,0:3:9:0,9,121 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:5,0:5:15:0,15,209 0/0:3,0:3:9:0,9,121 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:3,0:3:9:0,9,93 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,42 +Reference 167500 . A C 1040.58 PASS AC=17;AF=0.472;AN=36;BaseQRankSum=-1.735;DP=53;ExcessHet=0.0004;FS=2.911;InbreedingCoeff=0.3880;MLEAC=18;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=35.19;ReadPosRankSum=0.217;SOR=0.431 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/1:1,1:2:36:36,0,36 1/1:0,4:4:12:157,12,0 0/0:5,0:5:15:0,15,209 0/1:1,1:2:36:36,0,36 0/1:2,2:4:40:68,0,40 1/1:0,1:1:3:42,3,0 1/1:0,4:4:12:152,12,0 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:1,0:1:3:0,3,42 1/1:0,5:5:15:209,15,0 0/0:.:0:.:0,0,0 1/1:0,4:4:12:152,12,0 1/1:0,4:4:12:161,12,0 0/0:3,0:3:9:0,9,125 1/1:0,1:1:3:32,3,0 0/0:2,0:2:6:0,6,84 +Reference 168500 . A C 127.71 PASS AC=4;AF=0.100;AN=40;BaseQRankSum=0.741;DP=56;ExcessHet=0.0090;FS=3.096;InbreedingCoeff=0.0531;MLEAC=4;MLEAF=0.100;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=30.73;ReadPosRankSum=-0.621;SOR=1.609 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:7,0:7:21:0,21,292 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:1,0:1:3:0,3,32 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:2,0:2:6:0,6,74 0/0:5,0:5:15:0,15,194 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:7,0:7:21:0,21,250 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/1:1,1:2:36:36,0,36 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/1:1,2:3:33:74,0,33 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:3,0:3:9:0,9,125 +Reference 169500 . A C 124.43 PASS AC=3;AF=0.079;AN=38;BaseQRankSum=-3.203;DP=59;ExcessHet=0.0000;FS=2.204;InbreedingCoeff=0.2262;MLEAC=3;MLEAF=0.079;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.78;ReadPosRankSum=-1.307;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/1:2,3:5:68:100,0,68 0/0:1,0:1:3:0,3,42 1/1:0,2:2:6:47,6,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:4,0:4:12:0,12,125 0/0:6,0:6:18:0,18,251 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:1,0:1:3:0,3,36 0/0:6,0:6:18:0,18,247 0/0:6,0:6:18:0,18,247 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:1,0:1:3:0,3,42 +Reference 170500 . A C 319.69 PASS AC=8;AF=0.211;AN=38;BaseQRankSum=1.085;DP=57;ExcessHet=0.0003;FS=3.975;InbreedingCoeff=0.3623;MLEAC=7;MLEAF=0.184;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.72;ReadPosRankSum=0.790;SOR=1.259 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,80 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:3,0:3:9:0,9,125 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/0:3,0:3:9:0,9,106 0/1:1,2:3:33:75,0,33 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:4,0:4:12:0,12,131 1/1:0,1:1:3:38,3,0 1/1:0,3:3:9:125,9,0 0/0:5,0:5:15:0,15,195 0/1:2,1:3:33:33,0,65 0/0:2,0:2:6:0,6,51 0/0:5,0:5:15:0,15,209 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:3,0:3:9:0,9,121 0/0:2,0:2:6:0,6,80 0/0:4,0:4:12:0,12,157 0/0:3,0:3:9:0,9,125 +Reference 171000 . A C 1272.90 PASS AC=19;AF=0.559;AN=34;BaseQRankSum=1.062;DP=51;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.4855;MLEAC=21;MLEAF=0.618;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.84;ReadPosRankSum=-0.514;SOR=0.818 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:7:21:260,21,0 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:.:0:.:0,0,0 0/1:2,1:3:33:33,0,75 0/0:.:0:.:0,0,0 1/1:0,4:4:12:163,12,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,80 1/1:0,2:2:6:51,6,0 0/0:.:0:.:0,0,0 1/1:0,1:1:3:42,3,0 1/1:0,8:8:24:330,24,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,42 1/1:0,2:2:6:83,6,0 1/1:0,4:4:12:167,12,0 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/0:5,0:5:15:0,15,158 1/1:0,1:1:3:42,3,0 +Reference 171500 . A C 1383.03 PASS AC=25;AF=0.658;AN=38;BaseQRankSum=-1.199;DP=56;ExcessHet=0.0278;FS=10.186;InbreedingCoeff=0.2263;MLEAC=24;MLEAF=0.632;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.31;ReadPosRankSum=-0.121;SOR=0.187 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12:167,12,0 1/1:0,1:1:3:37,3,0 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/1:1,1:2:36:36,0,36 0/1:3,1:4:30:30,0,113 0/1:1,1:2:32:32,0,36 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:.:0:.:0,0,0 1/1:0,3:3:9:78,9,0 1/1:0,2:2:5:19,5,0 0/0:2,0:2:6:0,6,84 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/1:1,1:2:36:36,0,36 1/1:0,4:4:12:167,12,0 1/1:0,3:3:9:125,9,0 0/1:1,2:3:28:75,0,28 1/1:0,7:7:21:288,21,0 0/0:4,0:4:12:0,12,167 1/1:0,3:3:9:93,9,0 0/0:3,0:3:9:0,9,93 +Reference 172000 . A C 461.08 PASS AC=9;AF=0.250;AN=36;BaseQRankSum=0.893;DP=38;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3451;MLEAC=9;MLEAF=0.250;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=31.63;ReadPosRankSum=-0.974;SOR=0.928 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,38 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,42 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/0:1,0:1:3:0,3,38 0/0:4,0:4:12:0,12,135 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:3,0:3:9:0,9,125 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/0:3,0:3:9:0,9,114 1/1:0,7:7:21:288,21,0 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/0:.:0:.:0,0,0 0/1:2,2:4:71:71,0,71 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:1,0:1:3:0,3,42 +Reference 172500 . A C 1668.10 PASS AC=29;AF=0.763;AN=38;BaseQRankSum=-0.567;DP=59;ExcessHet=0.0031;FS=2.654;InbreedingCoeff=0.3101;MLEAC=27;MLEAF=0.711;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=32.38;ReadPosRankSum=0.231;SOR=1.075 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6:84,6,0 1/1:0,5:5:15:205,15,0 1/1:0,1:1:3:10,3,0 1/1:0,4:4:12:167,12,0 0/0:.:0:.:0,0,0 1/1:0,1:1:3:42,3,0 1/1:0,1:1:3:42,3,0 1/1:0,1:1:3:42,3,0 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/0:4,0:4:12:0,12,135 1/1:0,3:3:9:125,9,0 0/0:4,0:4:12:0,12,167 1/1:0,4:4:12:167,12,0 0/1:1,3:4:30:113,0,30 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/1:2,1:3:23:23,0,75 0/1:2,2:4:71:71,0,71 1/1:0,4:4:12:157,12,0 1/1:0,4:4:12:157,12,0 1/1:0,4:4:12:162,12,0 +Reference 174000 . A C 226.58 PASS AC=6;AF=0.176;AN=34;BaseQRankSum=-0.205;DP=47;ExcessHet=0.0022;FS=2.200;InbreedingCoeff=0.2787;MLEAC=6;MLEAF=0.176;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=28.32;ReadPosRankSum=0.015;SOR=0.883 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,83 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/1:3,3:6:97:103,0,97 0/0:3,0:3:9:0,9,121 0/1:2,1:3:33:33,0,75 0/0:2,0:2:6:0,6,74 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:4,0:4:12:0,12,163 0/0:2,0:2:6:0,6,67 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,74 0/0:3,0:3:9:0,9,125 1/1:0,1:1:3:42,3,0 1/1:0,2:2:6:74,6,0 +Reference 175000 . A C 67.67 PASS AC=2;AF=0.056;AN=36;BaseQRankSum=0.570;DP=45;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2934;MLEAC=1;MLEAF=0.028;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=33.84;ReadPosRankSum=0.202;SOR=0.112 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,51 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:5,0:5:15:0,15,209 0/0:3,0:3:9:0,9,117 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:4,0:4:12:0,12,163 0/0:1,0:1:3:0,3,32 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:3,0:3:9:0,9,121 1/1:0,2:2:6:84,6,0 +Reference 175500 . A C 801.56 PASS AC=12;AF=0.333;AN=36;BaseQRankSum=0.770;DP=61;ExcessHet=0.0093;FS=6.129;InbreedingCoeff=0.2816;MLEAC=13;MLEAF=0.361;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=35.32;ReadPosRankSum=-1.051;SOR=0.824 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,1:4:30:30,0,109 1/1:0,1:1:3:32,3,0 0/0:1,0:1:3:0,3,32 1/1:0,5:5:15:205,15,0 0/0:5,0:5:15:0,15,205 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:6,0:6:18:0,18,208 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:5,0:5:15:0,15,205 0/0:2,0:2:6:0,6,51 1/1:0,4:4:12:167,12,0 0/1:1,2:3:33:71,0,33 0/0:.:0:.:0,0,0 1/1:0,5:5:15:208,15,0 0/1:1,1:2:36:36,0,36 0/1:1,2:3:33:75,0,33 +Reference 176000 . A C 136.86 PASS AC=2;AF=0.063;AN=32;BaseQRankSum=-0.561;DP=39;ExcessHet=0.1424;FS=2.054;InbreedingCoeff=0.0846;MLEAC=3;MLEAF=0.094;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=27.37;ReadPosRankSum=2.089;SOR=0.819 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/1:1,4:5:27:120,0,27 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:1,0:1:3:0,3,32 0/1:3,1:4:30:30,0,113 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:3,0:3:9:0,9,111 0/0:2,0:2:6:0,6,80 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:1,0:1:3:0,3,42 +Reference 176500 . A C 1483.93 PASS AC=30;AF=0.833;AN=36;BaseQRankSum=-1.181;DP=47;ExcessHet=2.1469;FS=1.845;InbreedingCoeff=-0.1091;MLEAC=28;MLEAF=0.778;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.62;ReadPosRankSum=0.238;SOR=0.256 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/1:1,4:5:27:142,0,27 1/1:0,3:3:9:125,9,0 1/1:0,1:1:3:38,3,0 1/1:0,1:1:3:34,3,0 0/1:1,1:2:36:36,0,36 1/1:0,1:1:3:42,3,0 1/1:0,1:1:3:42,3,0 1/1:0,1:1:3:42,3,0 1/1:0,2:2:6:84,6,0 1/1:0,5:5:15:177,15,0 0/1:1,1:2:36:36,0,36 1/1:0,5:5:15:199,15,0 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/1:2,2:4:71:71,0,71 1/1:0,3:3:9:125,9,0 0/0:.:0:.:0,0,0 0/1:1,2:3:33:74,0,33 0/1:2,1:3:1:1,0,75 0/0:.:0:.:0,0,0 +Reference 177500 . A C 56.60 PASS AC=1;AF=0.029;AN=34;BaseQRankSum=0.605;DP=60;ExcessHet=0.0000;FS=3.104;InbreedingCoeff=0.2133;MLEAC=1;MLEAF=0.029;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.32;ReadPosRankSum=-0.107;SOR=2.278 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:5,0:5:15:0,15,209 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,51 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:2,0:2:6:0,6,74 0/0:1,0:1:3:0,3,32 0/0:4,0:4:12:0,12,163 0/0:4,0:4:12:0,12,163 0/0:8,0:8:24:0,24,324 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:3,0:3:9:0,9,115 0/0:.:0:.:0,0,0 0/1:3,2:5:68:68,0,110 0/0:5,0:5:15:0,15,199 +Reference 178000 . A C 445.44 PASS AC=15;AF=0.395;AN=38;BaseQRankSum=-0.057;DP=41;ExcessHet=0.0003;FS=2.093;InbreedingCoeff=0.2659;MLEAC=13;MLEAF=0.342;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=32.70;ReadPosRankSum=-1.228;SOR=0.778 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,115 0/0:3,0:3:9:0,9,119 0/0:2,0:2:6:0,6,84 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/1:1,1:2:4:26,0,4 0/1:1,2:3:33:75,0,33 0/0:4,1:5:5:0,5,154 1/1:0,1:1:3:42,3,0 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/0:1,0:1:3:0,3,38 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:6,0:6:18:0,18,243 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/1:1,2:3:33:75,0,33 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 1/1:0,1:1:3:42,3,0 1/1:0,2:2:6:74,6,0 0/0:2,0:2:6:0,6,84 +Reference 178500 . A C 372.40 PASS AC=5;AF=0.132;AN=38;BaseQRankSum=-0.216;DP=56;ExcessHet=1.3000;FS=7.817;InbreedingCoeff=-0.1693;MLEAC=6;MLEAF=0.158;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.83;ReadPosRankSum=-0.731;SOR=1.741 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:5,0:5:15:0,15,209 0/1:1,1:2:36:36,0,36 0/0:2,0:2:6:0,6,80 0/0:3,0:3:9:0,9,121 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/1:1,2:3:33:65,0,33 0/0:5,0:5:15:0,15,195 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/1:1,2:3:29:71,0,29 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:4,0:4:12:0,12,163 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/1:2,3:5:68:110,0,68 0/1:1,3:4:30:113,0,30 0/0:3,0:3:9:0,9,121 0/0:1,0:1:3:0,3,42 +Reference 179000 . A C 1125.10 PASS AC=23;AF=0.639;AN=36;BaseQRankSum=-0.233;DP=42;ExcessHet=0.4264;FS=1.971;InbreedingCoeff=-0.0892;MLEAC=23;MLEAF=0.639;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=30.94;ReadPosRankSum=0.414;SOR=0.551 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,1:2:32:32,0,36 0/1:1,1:2:36:36,0,36 1/1:0,1:1:3:42,3,0 1/1:0,2:2:6:76,6,0 0/0:.:0:.:0,0,0 1/1:0,2:2:6:84,6,0 1/1:0,3:3:9:121,9,0 0/1:1,2:3:33:75,0,33 1/1:0,1:1:3:42,3,0 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/1:1,1:2:32:36,0,32 1/1:0,6:6:18:241,18,0 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/1:2,1:3:33:33,0,65 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/1:1,2:3:33:66,0,33 0/1:2,2:4:71:71,0,71 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 +Reference 180000 . A C 96.46 PASS AC=3;AF=0.075;AN=40;BaseQRankSum=0.515;DP=64;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1714;MLEAC=2;MLEAF=0.050;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=29.96;ReadPosRankSum=-0.880;SOR=1.085 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:5,0:5:15:0,15,209 0/1:1,1:2:36:36,0,36 0/0:5,0:5:15:0,15,209 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:3,0:3:9:0,9,125 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:5,0:5:15:0,15,167 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:7,0:7:21:0,21,288 0/0:3,0:3:9:0,9,115 0/0:5,0:5:15:0,15,209 0/0:3,0:3:9:0,9,125 +Reference 180500 . A C 1062.71 PASS AC=23;AF=0.719;AN=32;BaseQRankSum=-1.145;DP=46;ExcessHet=0.0068;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2573;MLEAC=24;MLEAF=0.750;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=28.28;ReadPosRankSum=0.274;SOR=0.731 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:.:0:.:0,0,0 1/1:0,3:3:9:125,9,0 0/0:4,0:4:12:0,12,157 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 1/1:0,2:2:6:79,6,0 0/1:1,1:2:36:36,0,36 1/1:0,1:1:3:42,3,0 1/1:0,2:2:6:51,6,0 0/0:.:0:.:0,0,0 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/1:2,1:3:33:33,0,75 1/1:0,2:2:6:80,6,0 1/1:0,4:4:12:167,12,0 0/1:1,4:5:27:144,0,27 1/1:0,3:3:9:121,9,0 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/0:.:0:.:0,0,0 1/1:0,1:1:3:10,3,0 +Reference 181000 . A C 531.47 PASS AC=12;AF=0.316;AN=38;BaseQRankSum=-0.163;DP=63;ExcessHet=0.1450;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1060;MLEAC=11;MLEAF=0.289;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=30.68;ReadPosRankSum=-1.558;SOR=0.684 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,89 0/1:2,1:3:29:29,0,71 0/0:6,0:6:18:0,18,250 0/0:5,0:5:15:0,15,201 0/0:6,0:6:18:0,18,232 0/0:2,0:2:6:0,6,84 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/0:5,0:5:15:0,15,209 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:2,0:2:6:0,6,69 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/1:1,2:3:33:74,0,33 0/1:1,2:3:33:71,0,33 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/1:2,1:3:33:33,0,75 0/1:2,1:3:23:23,0,75 1/1:0,4:4:12:167,12,0 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/1:1,1:2:36:36,0,36 +Reference 181500 . A C 295.91 PASS AC=5;AF=0.132;AN=38;BaseQRankSum=0.078;DP=46;ExcessHet=1.3000;FS=1.661;InbreedingCoeff=-0.2107;MLEAC=7;MLEAF=0.184;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.76;ReadPosRankSum=-1.391;SOR=0.922 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,2:6:65:65,0,149 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:3,0:3:9:0,9,115 0/0:3,0:3:9:0,9,121 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,51 0/1:3,1:4:30:30,0,113 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/1:1,3:4:30:109,0,30 0/1:1,2:3:33:75,0,33 0/0:3,0:3:9:0,9,121 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/1:1,1:2:36:36,0,36 0/0:.:0:.:0,0,0 +Reference 182000 . A C 130.91 PASS AC=4;AF=0.111;AN=36;BaseQRankSum=-0.969;DP=55;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.4791;MLEAC=3;MLEAF=0.083;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=32.73;ReadPosRankSum=0.876;SOR=0.488 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:15:0,15,199 0/0:5,0:5:15:0,15,209 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:5,0:5:15:0,15,204 0/0:.:0:.:0,0,0 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:4,0:4:12:0,12,157 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:4,0:4:12:0,12,163 0/0:3,0:3:9:0,9,125 1/1:0,2:2:6:74,6,0 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:5,0:5:15:0,15,209 0/0:3,0:3:9:0,9,121 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:.:0:.:0,0,0 +Reference 182500 . A C 922.38 PASS AC=18;AF=0.474;AN=38;BaseQRankSum=0.168;DP=47;ExcessHet=0.0541;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1365;MLEAC=19;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=35.74;ReadPosRankSum=0.816;SOR=0.904 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/1:2,1:3:33:33,0,75 1/1:0,1:1:3:32,3,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/1:1,1:2:4:4,0,36 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/1:2,1:3:33:33,0,60 0/1:1,3:4:30:113,0,30 0/1:1,1:2:4:36,0,4 0/0:4,0:4:12:0,12,163 0/0:2,0:2:6:0,6,51 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/1:1,2:3:33:65,0,33 1/1:0,5:5:14:144,14,0 1/1:0,4:4:12:162,12,0 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 1/1:0,3:3:9:125,9,0 +Reference 183000 . A C 1534.51 PASS AC=26;AF=0.650;AN=40;BaseQRankSum=-0.931;DP=62;ExcessHet=0.0665;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1440;MLEAC=24;MLEAF=0.600;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=29.19;ReadPosRankSum=-0.636;SOR=0.711 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15:209,15,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/1:1,1:2:21:21,0,36 0/1:3,2:5:5:5,0,111 1/1:0,2:2:6:79,6,0 0/1:1,2:3:33:75,0,33 1/1:0,1:1:3:42,3,0 1/1:0,4:4:12:152,12,0 0/1:2,2:4:72:72,0,72 1/1:0,4:4:12:167,12,0 1/1:0,1:1:3:42,3,0 1/1:0,5:5:15:204,15,0 1/1:0,4:4:12:163,12,0 0/1:1,1:2:36:36,0,36 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:5,0:5:15:0,15,184 0/1:1,3:4:30:113,0,30 0/0:3,0:3:9:0,9,125 1/1:0,1:1:3:38,3,0 1/1:0,2:2:6:84,6,0 +Reference 183500 . A C 628.08 PASS AC=10;AF=0.250;AN=40;BaseQRankSum=-0.724;DP=63;ExcessHet=0.2410;FS=2.692;InbreedingCoeff=0.0073;MLEAC=10;MLEAF=0.250;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.17;ReadPosRankSum=0.253;SOR=1.104 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:3,0:3:9:0,9,115 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/1:1,2:3:29:70,0,29 1/1:0,5:5:15:209,15,0 0/1:2,2:4:67:72,0,67 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/1:1,3:4:30:113,0,30 0/1:1,1:2:26:26,0,36 0/0:1,0:1:3:0,3,42 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:6,0:6:18:0,18,218 0/0:3,0:3:9:0,9,110 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/1:4,2:6:60:60,0,145 0/1:2,1:3:23:23,0,75 +Reference 184500 . A C 86.30 PASS AC=3;AF=0.094;AN=32;BaseQRankSum=-1.313;DP=41;ExcessHet=0.0000;FS=3.188;InbreedingCoeff=0.2620;MLEAC=3;MLEAF=0.094;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.38;ReadPosRankSum=-0.651;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/1:4,2:6:61:61,0,149 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:4,0:4:12:0,12,135 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,84 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:5,0:5:15:0,15,205 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:4,0:4:12:0,12,163 0/0:2,0:2:6:0,6,84 +Reference 185500 . A C 58.90 PASS AC=1;AF=0.025;AN=40;BaseQRankSum=0.617;DP=57;ExcessHet=0.0000;FS=6.591;InbreedingCoeff=-0.1161;MLEAC=1;MLEAF=0.025;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.72;ReadPosRankSum=-1.171;SOR=2.303 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,2:4:71:71,0,71 0/0:2,0:2:6:0,6,74 0/0:2,0:2:6:0,6,77 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:5,0:5:15:0,15,204 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:3,0:3:9:0,9,121 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:5,0:5:15:0,15,209 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,32 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:4,0:4:12:0,12,163 0/0:5,0:5:15:0,15,209 0/0:5,0:5:15:0,15,193 +Reference 186500 . A C 1299.54 PASS AC=30;AF=0.750;AN=40;BaseQRankSum=-0.281;DP=48;ExcessHet=0.0120;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0728;MLEAC=27;MLEAF=0.675;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.06;ReadPosRankSum=-0.765;SOR=0.603 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,2:4:67:72,0,67 1/1:0,1:1:3:42,3,0 1/1:0,1:1:3:42,3,0 1/1:0,2:2:6:74,6,0 1/1:0,2:2:6:84,6,0 1/1:0,4:4:12:163,12,0 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/1:4,1:5:27:27,0,152 0/1:1,1:2:36:36,0,36 1/1:0,1:1:3:42,3,0 1/1:0,3:3:9:125,9,0 1/1:0,1:1:3:38,3,0 0/1:1,3:4:30:105,0,30 1/1:0,3:3:9:125,9,0 1/1:0,2:2:6:51,6,0 0/0:2,0:2:6:0,6,51 0/0:1,0:1:3:0,3,42 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 1/1:0,2:2:6:80,6,0 +Reference 187000 . A C 58.10 PASS AC=1;AF=0.033;AN=30;BaseQRankSum=0.591;DP=47;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2542;MLEAC=2;MLEAF=0.067;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.62;ReadPosRankSum=-0.739;SOR=0.573 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:4,0:4:12:0,12,163 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:5,0:5:15:0,15,199 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:4,0:4:12:0,12,152 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:4,0:4:12:0,12,163 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:6,0:6:18:0,18,237 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/1:3,2:5:68:68,0,110 0/0:2,0:2:6:0,6,84 +Reference 187500 . A C 126.76 PASS AC=3;AF=0.088;AN=34;BaseQRankSum=-2.375;DP=49;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2692;MLEAC=3;MLEAF=0.088;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.13;ReadPosRankSum=-0.336;SOR=0.485 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,2:4:67:67,0,71 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:3,0:3:9:0,9,121 0/0:2,0:2:6:0,6,51 0/0:3,1:4:2:0,2,116 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,84 1/1:0,2:2:6:80,6,0 0/0:4,0:4:12:0,12,163 0/0:3,0:3:9:0,9,121 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:4,0:4:12:0,12,153 +Reference 188000 . A C 1154.71 PASS AC=19;AF=0.679;AN=28;BaseQRankSum=1.478;DP=39;ExcessHet=0.0126;FS=3.222;InbreedingCoeff=0.3427;MLEAC=24;MLEAF=0.857;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=30.34;ReadPosRankSum=-0.903;SOR=0.527 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:.:0:.:0,0,0 1/1:0,3:3:9:125,9,0 0/0:.:0:.:0,0,0 1/1:0,3:3:9:125,9,0 0/1:1,1:2:36:36,0,36 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,41 1/1:0,4:4:12:157,12,0 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 1/1:0,4:4:12:167,12,0 0/0:.:0:.:0,0,0 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/1:2,1:3:1:1,0,43 1/1:0,2:2:6:80,6,0 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:.:0:.:0,0,0 0/1:1,1:2:36:36,0,36 0/0:.:0:.:0,0,0 1/1:0,5:5:15:209,15,0 +Reference 188500 . A C 186.03 PASS AC=6;AF=0.150;AN=40;BaseQRankSum=-1.144;DP=54;ExcessHet=0.1349;FS=6.186;InbreedingCoeff=-0.0396;MLEAC=6;MLEAF=0.150;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.29;ReadPosRankSum=-0.413;SOR=0.552 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,1:3:33:33,0,75 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:4,0:4:12:0,12,157 0/1:1,1:2:36:36,0,36 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/1:1,1:2:36:36,0,36 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:5,0:5:15:0,15,177 0/0:4,0:4:12:0,12,167 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/1:2,2:4:67:67,0,71 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:5,0:5:15:0,15,209 +Reference 189000 . A C 222.30 PASS AC=3;AF=0.083;AN=36;BaseQRankSum=1.419;DP=60;ExcessHet=0.3892;FS=6.847;InbreedingCoeff=-0.0087;MLEAC=4;MLEAF=0.111;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.53;ReadPosRankSum=-0.668;SOR=0.646 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,4:8:99:138,0,139 0/1:2,1:3:33:33,0,74 0/0:4,0:4:12:0,12,163 0/0:5,0:5:14:0,14,140 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:4,0:4:12:0,12,157 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:6,0:6:18:0,18,251 0/0:2,0:2:6:0,6,80 0/0:5,0:5:14:0,14,140 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/1:2,2:4:71:71,0,71 0/0:5,0:5:15:0,15,201 +Reference 190000 . A C 1056.02 PASS AC=23;AF=0.605;AN=38;BaseQRankSum=0.000;DP=52;ExcessHet=0.0178;FS=7.125;InbreedingCoeff=0.1658;MLEAC=21;MLEAF=0.553;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.13;ReadPosRankSum=1.222;SOR=0.728 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,1:1:3:42,3,0 1/1:0,4:4:12:163,12,0 0/0:3,0:3:9:0,9,93 0/1:1,3:4:30:109,0,30 0/1:3,1:4:26:26,0,109 1/1:0,1:1:3:42,3,0 1/1:0,1:1:3:42,3,0 1/1:0,3:3:9:125,9,0 1/1:0,2:2:6:84,6,0 1/1:0,2:2:6:51,6,0 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:1,0:1:3:0,3,38 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/1:2,1:3:33:33,0,71 0/1:3,3:6:99:107,0,103 1/1:0,4:4:12:135,12,0 0/0:2,0:2:6:0,6,84 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/1:1,1:2:36:36,0,36 +Reference 191000 . A C 63.15 PASS AC=1;AF=0.025;AN=40;BaseQRankSum=0.609;DP=53;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.1250;MLEAC=1;MLEAF=0.025;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.05;ReadPosRankSum=0.850;SOR=0.582 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:3,0:3:9:0,9,121 0/1:1,2:3:33:75,0,33 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:3,0:3:9:0,9,93 0/0:5,0:5:15:0,15,167 0/0:3,0:3:9:0,9,121 0/0:3,0:3:9:0,9,121 0/0:3,0:3:9:0,9,121 0/0:5,0:5:15:0,15,209 0/0:2,0:2:6:0,6,84 +Reference 191500 . A C 459.76 PASS AC=9;AF=0.225;AN=40;BaseQRankSum=0.325;DP=63;ExcessHet=0.1022;FS=1.234;InbreedingCoeff=0.0257;MLEAC=8;MLEAF=0.200;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.99;ReadPosRankSum=-0.513;SOR=0.669 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,2:7:63:63,0,156 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/1:1,3:4:30:113,0,30 0/0:7,0:7:21:0,21,278 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:2,0:2:6:0,6,47 0/1:1,2:3:33:75,0,33 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/1:2,1:3:33:33,0,75 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/1:1,2:3:33:75,0,33 0/0:3,0:3:9:0,9,121 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:5,0:5:15:0,15,209 0/0:4,0:4:12:0,12,163 1/1:0,1:1:3:10,3,0 1/1:0,3:3:9:121,9,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:6,0:6:18:0,18,237 +Reference 192000 . A C 142.03 PASS AC=4;AF=0.118;AN=34;BaseQRankSum=0.857;DP=45;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.4705;MLEAC=3;MLEAF=0.088;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=30.96;ReadPosRankSum=-0.286;SOR=1.574 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/0:.:0:.:0,0,0 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:3,0:3:9:0,9,121 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:4,0:4:12:0,12,159 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:3,0:3:9:0,9,93 0/0:3,0:3:9:0,9,121 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:3,0:3:9:0,9,121 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:3,0:3:9:0,9,125 +Reference 193500 . A C 169.14 PASS AC=6;AF=0.188;AN=32;BaseQRankSum=0.899;DP=44;ExcessHet=0.0027;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2785;MLEAC=6;MLEAF=0.188;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=29.87;ReadPosRankSum=0.233;SOR=1.554 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:.:0:.:0,0,0 0/1:1,1:2:36:36,0,36 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:4,0:4:12:0,12,150 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:2,0:2:6:0,6,76 0/0:5,0:5:15:0,15,194 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:5,0:5:15:0,15,209 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:.:0:.:0,0,0 0/1:2,2:4:71:71,0,71 1/1:0,1:1:3:42,3,0 1/1:0,1:1:3:42,3,0 +Reference 194000 . A C 870.79 PASS AC=21;AF=0.618;AN=34;BaseQRankSum=-1.169;DP=43;ExcessHet=0.0013;FS=8.916;InbreedingCoeff=0.2940;MLEAC=21;MLEAF=0.618;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=31.95;ReadPosRankSum=-1.666;SOR=1.444 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:.:0:.:0,0,0 1/1:0,1:1:3:42,3,0 1/1:0,3:3:9:125,9,0 0/0:.:0:.:0,0,0 0/1:1,2:3:33:75,0,33 1/1:0,1:1:3:42,3,0 1/1:0,2:2:6:83,6,0 0/0:2,0:2:6:0,6,80 0/0:.:0:.:0,0,0 1/1:0,4:4:12:149,12,0 0/1:3,1:4:30:30,0,81 1/1:0,1:1:3:42,3,0 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/1:1,2:3:11:11,0,34 0/0:1,0:1:3:0,3,42 1/1:0,2:2:6:47,6,0 1/1:0,3:3:9:115,9,0 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:7,0:7:21:0,21,282 +Reference 194500 . A C 211.48 PASS AC=8;AF=0.211;AN=38;BaseQRankSum=0.949;DP=49;ExcessHet=0.0003;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2565;MLEAC=7;MLEAF=0.184;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=30.91;ReadPosRankSum=0.585;SOR=1.230 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/1:1,1:2:36:36,0,36 0/0:5,0:5:15:0,15,189 0/0:8,0:8:24:0,24,298 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/0:3,0:3:9:0,9,121 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/1:1,1:2:36:36,0,36 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:1,0:1:3:0,3,42 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/0:2,0:2:6:0,6,84 +Reference 195000 . A C 1612.92 PASS AC=28;AF=0.737;AN=38;BaseQRankSum=0.164;DP=53;ExcessHet=0.2833;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0574;MLEAC=27;MLEAF=0.711;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=29.89;ReadPosRankSum=-0.607;SOR=0.976 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,1:1:3:38,3,0 1/1:0,2:2:6:80,6,0 1/1:0,1:1:3:42,3,0 1/1:0,3:3:9:119,9,0 1/1:0,6:6:18:241,18,0 0/1:1,2:3:33:75,0,33 0/1:2,4:6:62:111,0,62 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/1:1,2:3:29:75,0,29 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/1:1,3:4:30:113,0,30 1/1:0,3:3:9:125,9,0 0/1:1,1:2:36:36,0,36 1/1:0,5:5:15:209,15,0 0/1:1,2:3:33:75,0,33 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/0:.:0:.:0,0,0 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 1/1:0,2:2:6:84,6,0 +Reference 195500 . A C 67.24 PASS AC=2;AF=0.059;AN=34;BaseQRankSum=0.654;DP=54;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.4108;MLEAC=1;MLEAF=0.029;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=33.62;ReadPosRankSum=-1.408;SOR=2.270 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:15:0,15,195 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:7,0:7:21:0,21,292 0/0:3,0:3:9:0,9,112 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:4,0:4:12:0,12,163 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:1,0:1:3:0,3,38 0/0:2,0:2:6:0,6,84 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:4,0:4:12:0,12,163 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:2,0:2:6:0,6,84 +Reference 196000 . A C 261.07 PASS AC=5;AF=0.132;AN=38;BaseQRankSum=-0.994;DP=39;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2558;MLEAC=5;MLEAF=0.132;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=29.01;ReadPosRankSum=-0.388;SOR=0.631 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:2,0:2:6:0,6,79 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:3,0:3:9:0,9,93 1/1:0,2:2:6:47,6,0 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:1,0:1:3:0,3,10 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:.:0:.:0,0,0 1/1:0,4:4:12:167,12,0 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/1:1,2:3:33:75,0,33 0/0:3,0:3:9:0,9,125 +Reference 196500 . A C 537.30 PASS AC=14;AF=0.368;AN=38;BaseQRankSum=0.281;DP=46;ExcessHet=0.6984;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.1143;MLEAC=14;MLEAF=0.368;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=37.07;ReadPosRankSum=-0.446;SOR=0.673 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/1:1,1:2:26:36,0,26 0/1:2,2:4:71:71,0,71 0/1:2,1:3:33:33,0,75 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/1:1,1:2:36:36,0,36 0/1:2,1:3:33:33,0,75 0/1:2,2:4:61:61,0,72 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/1:1,1:2:36:36,0,36 0/0:2,0:2:6:0,6,74 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/1:1,1:2:32:32,0,36 1/1:0,2:2:6:84,6,0 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/0:3,0:3:9:0,9,111 0/0:5,0:5:15:0,15,203 0/0:1,0:1:3:0,3,42 +Reference 197000 . A C 101.33 PASS AC=1;AF=0.026;AN=38;BaseQRankSum=-1.465;DP=57;ExcessHet=0.0000;FS=5.047;InbreedingCoeff=0.0072;MLEAC=1;MLEAF=0.026;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.89;ReadPosRankSum=1.576;SOR=1.535 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:7,0:7:21:0,21,292 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,79 0/0:2,0:2:6:0,6,51 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:.:0:.:0,0,0 0/1:2,4:6:66:113,0,66 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:2,0:2:6:0,6,59 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:3,0:3:9:0,9,110 0/0:6,0:6:18:0,18,210 0/0:3,0:3:9:0,9,121 0/0:4,0:4:12:0,12,167 +Reference 197378 . T G 32.58 PASS AC=1;AF=0.029;AN=34;BaseQRankSum=-1.306;DP=44;ExcessHet=0.0000;FS=7.754;InbreedingCoeff=0.1293;MLEAC=1;MLEAF=0.029;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.86;ReadPosRankSum=0.346;SOR=2.265 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:4,0:4:12:0,12,163 0/0:1,0:1:3:0,3,38 0/0:1,0:1:3:0,3,38 0/1:1,2:3:33:43,0,33 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:5,0:5:15:0,15,198 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:5,0:5:15:0,15,205 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:3,0:3:9:0,9,121 0/0:3,0:3:9:0,9,118 0/0:4,0:4:12:0,12,161 0/0:1,0:1:3:0,3,42 +Reference 197500 . A C 1842.68 PASS AC=34;AF=0.944;AN=36;BaseQRankSum=0.285;DP=49;ExcessHet=0.1259;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0346;MLEAC=34;MLEAF=0.944;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=28.89;ReadPosRankSum=0.585;SOR=1.038 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9:125,9,0 1/1:0,2:2:6:51,6,0 0/1:2,2:4:71:71,0,71 1/1:0,3:3:9:93,9,0 1/1:0,2:2:6:80,6,0 0/0:.:0:.:0,0,0 1/1:0,1:1:3:42,3,0 1/1:0,1:1:3:42,3,0 1/1:0,2:2:6:84,6,0 1/1:0,5:5:15:205,15,0 0/1:2,2:4:56:65,0,56 1/1:0,2:2:6:84,6,0 1/1:0,4:4:12:153,12,0 0/0:.:0:.:0,0,0 1/1:0,4:4:12:167,12,0 1/1:0,1:1:3:42,3,0 1/1:0,2:2:6:84,6,0 1/1:0,2:2:6:47,6,0 1/1:0,3:3:9:121,9,0 1/1:0,4:4:12:135,12,0 +Reference 198000 . A C 445.50 PASS AC=12;AF=0.316;AN=38;BaseQRankSum=0.856;DP=45;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3524;MLEAC=10;MLEAF=0.263;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=31.43;ReadPosRankSum=-0.218;SOR=0.299 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:15:0,15,209 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/0:2,0:2:6:0,6,51 0/0:3,0:3:9:0,9,115 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/1:1,1:2:36:36,0,36 0/0:2,0:2:6:0,6,80 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:4,0:4:12:0,12,163 0/0:3,0:3:9:0,9,121 0/0:2,0:2:6:0,6,84 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 1/1:0,1:1:3:42,3,0 1/1:0,3:3:9:121,9,0 0/0:.:0:.:0,0,0 0/1:3,3:6:99:107,0,107 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/0:2,0:2:6:0,6,80 +Reference 198500 . A C 105.70 PASS AC=2;AF=0.053;AN=38;BaseQRankSum=0.592;DP=47;ExcessHet=0.0000;FS=2.537;InbreedingCoeff=0.2728;MLEAC=1;MLEAF=0.026;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=29.47;ReadPosRankSum=-0.445;SOR=0.938 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:1,0:1:3:0,3,32 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:3,0:3:9:0,9,121 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:6,0:6:18:0,18,247 0/0:3,0:3:9:0,9,125 1/1:0,3:3:9:125,9,0 0/0:2,0:2:6:0,6,80 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:1,0:1:3:0,3,42 +Reference 199000 . A C 31.14 PASS AC=1;AF=0.028;AN=36;BaseQRankSum=-1.424;DP=64;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1549;MLEAC=1;MLEAF=0.028;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.38;ReadPosRankSum=-0.216;SOR=0.547 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:6,0:6:18:0,18,246 0/0:5,0:5:15:0,15,177 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:5,0:5:15:0,15,209 0/0:5,0:5:15:0,15,195 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:6,0:6:18:0,18,251 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:5,0:5:15:0,15,195 0/1:1,2:3:33:43,0,33 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:4,0:4:12:0,12,157 0/0:5,0:5:15:0,15,209 0/0:1,0:1:3:0,3,37 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:2,0:2:6:0,6,51 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,84 +Reference 199500 . A C 408.57 PASS AC=8;AF=0.211;AN=38;BaseQRankSum=0.333;DP=54;ExcessHet=0.6689;FS=8.684;InbreedingCoeff=-0.0991;MLEAC=9;MLEAF=0.237;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=29.18;ReadPosRankSum=0.554;SOR=1.957 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,1:2:36:36,0,36 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/1:3,3:6:99:103,0,107 0/0:4,0:4:12:0,12,159 0/1:1,2:3:33:75,0,33 0/0:4,0:4:12:0,12,163 0/0:3,0:3:9:0,9,121 0/0:5,0:5:15:0,15,201 0/1:3,1:4:30:30,0,113 0/0:2,0:2:6:0,6,74 0/1:2,1:3:29:29,0,75 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:2,0:2:6:0,6,80 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,51 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/1:1,2:3:33:75,0,33 +Reference 200000 . A C 419.96 PASS AC=12;AF=0.375;AN=32;BaseQRankSum=-1.571;DP=50;ExcessHet=0.3064;FS=4.451;InbreedingCoeff=0.0683;MLEAC=13;MLEAF=0.406;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=32.35;ReadPosRankSum=0.696;SOR=1.524 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,1:4:26:26,0,113 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:.:0:.:0,0,0 0/1:3,3:6:71:71,0,108 0/1:4,1:5:27:27,0,120 0/0:2,0:2:6:0,6,70 0/0:.:0:.:0,0,0 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/1:1,1:2:4:29,0,4 0/0:5,0:5:15:0,15,199 0/1:3,1:4:30:30,0,113 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/1:1,1:2:36:36,0,36 0/0:7,0:7:21:0,21,288 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:.:0:.:0,0,0 1/1:0,2:2:6:84,6,0 1/1:0,2:2:6:80,6,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 +Reference 202000 . A C 165.47 PASS AC=4;AF=0.111;AN=36;BaseQRankSum=1.003;DP=49;ExcessHet=0.0113;FS=14.062;InbreedingCoeff=0.1986;MLEAC=4;MLEAF=0.111;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=31.82;ReadPosRankSum=0.104;SOR=1.921 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/1:3,1:4:30:30,0,113 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:.:0:.:0,0,0 1/1:0,3:3:9:125,9,0 0/0:3,0:3:9:0,9,89 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:4,0:4:12:0,12,163 0/0:3,0:3:9:0,9,115 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:3,0:3:9:0,9,87 0/0:5,0:5:15:0,15,205 0/0:2,0:2:6:0,6,74 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/1:1,1:2:36:36,0,36 +Reference 204000 . A C 477.32 PASS AC=12;AF=0.316;AN=38;BaseQRankSum=-2.021;DP=44;ExcessHet=0.0000;FS=2.350;InbreedingCoeff=0.3527;MLEAC=10;MLEAF=0.263;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=29.61;ReadPosRankSum=-0.238;SOR=1.609 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,162 1/1:0,1:1:3:42,3,0 1/1:0,2:2:6:70,6,0 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:1,0:1:3:0,3,42 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/1:1,1:2:36:36,0,36 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,84 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/1:1,4:5:27:148,0,27 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:2,0:2:6:0,6,84 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,84 +Reference 204500 . A C 469.48 PASS AC=15;AF=0.417;AN=36;BaseQRankSum=-0.268;DP=37;ExcessHet=0.0005;FS=6.410;InbreedingCoeff=0.2665;MLEAC=14;MLEAF=0.389;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=30.00;ReadPosRankSum=0.859;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:15:0,15,209 0/0:1,0:1:3:0,3,38 0/1:2,2:4:72:72,0,72 1/1:0,1:1:3:10,3,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,80 1/1:0,2:2:6:80,6,0 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:2,0:2:6:0,6,74 1/1:0,2:2:6:84,6,0 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,84 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/1:2,1:3:33:33,0,75 0/1:1,1:2:36:36,0,36 +Reference 206000 . A C 95.07 PASS AC=1;AF=0.028;AN=36;BaseQRankSum=0.838;DP=63;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1605;MLEAC=1;MLEAF=0.028;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.84;ReadPosRankSum=-1.871;SOR=1.122 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:5,0:5:15:0,15,209 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:5,0:5:15:0,15,205 0/1:3,3:6:92:107,0,92 0/0:3,0:3:9:0,9,93 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:4,0:4:12:0,12,135 0/0:4,0:4:12:0,12,159 0/0:5,0:5:15:0,15,177 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,79 0/0:4,0:4:12:0,12,131 0/0:4,0:4:12:0,12,135 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:2,0:2:6:0,6,84 +Reference 208000 . A C 703.53 PASS AC=17;AF=0.472;AN=36;BaseQRankSum=-0.073;DP=49;ExcessHet=0.0217;FS=1.493;InbreedingCoeff=0.1684;MLEAC=17;MLEAF=0.472;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=32.87;ReadPosRankSum=1.068;SOR=0.606 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,1:4:30:30,0,113 0/1:3,2:5:68:68,0,110 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 1/1:0,2:2:6:74,6,0 0/0:1,0:1:3:0,3,32 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/1:2,1:3:33:33,0,71 0/1:2,1:3:33:33,0,65 0/1:3,2:5:68:68,0,100 1/1:0,2:2:6:74,6,0 0/0:3,0:3:9:0,9,125 1/1:0,4:4:12:163,12,0 0/0:4,0:4:12:0,12,163 1/1:0,1:1:3:38,3,0 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:4,0:4:12:0,12,163 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:2,0:2:6:0,6,84 +Reference 208500 . A C 1043.86 PASS AC=16;AF=0.533;AN=30;BaseQRankSum=0.606;DP=44;ExcessHet=0.0218;FS=12.656;InbreedingCoeff=0.2356;MLEAC=19;MLEAF=0.633;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=31.78;ReadPosRankSum=-0.808;SOR=0.451 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,115 1/1:0,1:1:3:42,3,0 1/1:0,2:2:6:76,6,0 0/0:3,0:3:9:0,9,121 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/1:2,1:3:33:33,0,75 0/0:.:0:.:0,0,0 1/1:0,4:4:12:151,12,0 0/1:2,4:6:65:149,0,65 0/0:2,0:2:6:0,6,69 0/0:.:0:.:0,0,0 1/1:0,4:4:12:135,12,0 0/1:1,3:4:30:113,0,30 1/1:0,6:6:18:251,18,0 0/0:.:0:.:0,0,0 0/1:1,1:2:36:36,0,36 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:.:0:.:0,0,0 +Reference 209000 . A C 1476.18 PASS AC=27;AF=0.711;AN=38;BaseQRankSum=-0.758;DP=56;ExcessHet=0.0524;FS=1.280;InbreedingCoeff=0.1369;MLEAC=26;MLEAF=0.684;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=28.53;ReadPosRankSum=1.521;SOR=0.289 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:.:0:.:0,0,0 0/1:3,1:4:30:30,0,109 1/1:0,3:3:9:121,9,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 1/1:0,1:1:3:42,3,0 1/1:0,4:4:12:135,12,0 1/1:0,2:2:6:84,6,0 1/1:0,2:2:6:84,6,0 1/1:0,4:4:12:167,12,0 1/1:0,3:3:9:125,9,0 1/1:0,2:2:6:51,6,0 0/0:3,0:3:9:0,9,115 1/1:0,2:2:6:51,6,0 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/1:1,2:3:33:75,0,33 1/1:0,2:2:6:80,6,0 1/1:0,4:4:12:131,12,0 0/1:1,2:3:33:75,0,33 0/1:2,4:6:65:139,0,65 0/1:2,1:3:33:33,0,75 +Reference 209500 . A C 1768.47 PASS AC=32;AF=0.842;AN=38;BaseQRankSum=-0.599;DP=53;ExcessHet=0.0000;FS=5.552;InbreedingCoeff=0.5092;MLEAC=31;MLEAF=0.816;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=31.86;ReadPosRankSum=0.544;SOR=1.431 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,84 1/1:0,2:2:6:74,6,0 1/1:0,1:1:3:10,3,0 1/1:0,1:1:3:42,3,0 1/1:0,2:2:6:84,6,0 1/1:0,2:2:6:84,6,0 1/1:0,3:3:9:125,9,0 1/1:0,2:2:6:80,6,0 0/0:.:0:.:0,0,0 1/1:0,2:2:6:84,6,0 1/1:0,2:2:6:80,6,0 0/0:4,0:4:12:0,12,163 1/1:0,3:3:9:125,9,0 1/1:0,5:5:15:205,15,0 1/1:0,2:2:6:84,6,0 1/1:0,3:3:9:120,9,0 1/1:0,3:3:9:125,9,0 1/1:0,2:2:6:51,6,0 0/0:2,0:2:6:0,6,84 1/1:0,8:8:24:296,24,0 +Reference 210000 . A C 587.61 PASS AC=11;AF=0.306;AN=36;BaseQRankSum=0.453;DP=47;ExcessHet=0.0665;FS=3.267;InbreedingCoeff=0.1066;MLEAC=11;MLEAF=0.306;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=34.57;ReadPosRankSum=0.528;SOR=0.591 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/1:2,2:4:67:68,0,67 0/1:1,1:2:32:32,0,36 0/0:1,0:1:3:0,3,10 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:2,0:2:6:0,6,80 0/1:1,3:4:30:113,0,30 0/0:2,0:2:6:0,6,84 1/1:0,3:3:9:125,9,0 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:3,0:3:9:0,9,115 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:3,0:3:9:0,9,93 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:.:0:.:0,0,0 0/1:1,3:4:30:113,0,30 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/1:3,1:4:30:30,0,113 +Reference 210500 . A C 1087.30 PASS AC=23;AF=0.639;AN=36;BaseQRankSum=-0.952;DP=57;ExcessHet=2.1068;FS=2.799;InbreedingCoeff=-0.1975;MLEAC=22;MLEAF=0.611;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=29.39;ReadPosRankSum=0.512;SOR=0.625 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,1:3:33:33,0,73 1/1:0,1:1:3:42,3,0 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/1:3,2:5:64:64,0,109 0/1:2,2:4:70:72,0,70 0/0:3,0:3:9:0,9,125 1/1:0,1:1:3:42,3,0 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/0:.:0:.:0,0,0 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/1:2,1:3:33:33,0,71 0/1:4,2:6:34:34,0,149 0/0:.:0:.:0,0,0 1/1:0,2:2:6:80,6,0 0/1:1,2:3:33:75,0,33 0/1:2,3:5:68:110,0,68 0/1:3,1:4:30:30,0,113 0/1:1,2:3:33:64,0,33 0/0:2,0:2:6:0,6,51 1/1:0,3:3:9:121,9,0 +Reference 211000 . A C 1660.86 PASS AC=28;AF=0.778;AN=36;BaseQRankSum=0.489;DP=55;ExcessHet=0.0499;FS=18.267;InbreedingCoeff=0.1715;MLEAC=28;MLEAF=0.778;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=30.18;ReadPosRankSum=0.533;SOR=1.437 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15:201,15,0 0/1:2,1:3:33:33,0,75 1/1:0,4:4:12:167,12,0 1/1:0,1:1:3:42,3,0 1/1:0,3:3:9:93,9,0 0/0:.:0:.:0,0,0 1/1:0,4:4:12:167,12,0 0/1:2,1:3:33:33,0,75 0/0:.:0:.:0,0,0 1/1:0,2:2:6:84,6,0 1/1:0,3:3:9:125,9,0 1/1:0,3:3:9:125,9,0 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/0:4,0:4:12:0,12,163 1/1:0,2:2:6:84,6,0 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/1:1,2:3:33:75,0,33 0/1:3,2:5:65:65,0,78 1/1:0,5:5:15:209,15,0 +Reference 212000 . A C 125.85 PASS AC=3;AF=0.083;AN=36;BaseQRankSum=-0.168;DP=44;ExcessHet=0.3892;FS=13.337;InbreedingCoeff=-0.0464;MLEAC=4;MLEAF=0.111;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.17;ReadPosRankSum=0.796;SOR=3.602 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:.:0:.:0,0,0 0/1:2,1:3:33:33,0,75 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/1:2,1:3:33:33,0,75 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:2,0:2:6:0,6,74 0/0:2,0:2:6:0,6,51 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:3,0:3:9:0,9,83 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:3,0:3:9:0,9,121 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,44 0/1:2,3:5:69:78,0,69 0/0:1,0:1:3:0,3,42 +Reference 212500 . A C 1323.85 PASS AC=25;AF=0.625;AN=40;BaseQRankSum=0.223;DP=54;ExcessHet=0.0124;FS=5.782;InbreedingCoeff=0.2104;MLEAC=23;MLEAF=0.575;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=31.99;ReadPosRankSum=-1.104;SOR=0.743 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/1:1,1:2:36:36,0,36 1/1:0,2:2:6:84,6,0 1/1:0,4:4:12:167,12,0 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/1:2,1:3:33:33,0,75 1/1:0,2:2:6:51,6,0 0/0:2,0:2:6:0,6,68 0/1:2,3:5:37:79,0,37 1/1:0,2:2:6:84,6,0 1/1:0,2:2:6:80,6,0 0/0:1,0:1:3:0,3,10 0/1:1,1:2:32:32,0,36 1/1:0,4:4:12:163,12,0 1/1:0,2:2:6:84,6,0 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/1:1,3:4:30:113,0,30 1/1:0,3:3:9:125,9,0 +Reference 213000 . A C 88.22 PASS AC=2;AF=0.053;AN=38;BaseQRankSum=-0.666;DP=63;ExcessHet=0.1190;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1270;MLEAC=2;MLEAF=0.053;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=29.41;ReadPosRankSum=-0.738;SOR=1.058 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,74 0/0:3,0:3:9:0,9,78 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:2,0:2:6:0,6,80 0/0:6,0:6:18:0,18,251 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:4,0:4:12:0,12,129 0/1:1,1:2:4:32,0,4 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:5,0:5:15:0,15,205 0/0:5,0:5:15:0,15,197 0/1:1,2:3:33:75,0,33 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:3,0:3:9:0,9,125 +Reference 214500 . A C 407.60 PASS AC=6;AF=0.200;AN=30;BaseQRankSum=0.216;DP=49;ExcessHet=0.0033;FS=3.282;InbreedingCoeff=0.3484;MLEAC=7;MLEAF=0.233;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=27.54;ReadPosRankSum=-1.166;SOR=1.113 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,163 0/0:6,0:6:18:0,18,241 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:.:0:.:0,0,0 0/1:1,1:2:36:36,0,36 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,74 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/0:.:0:.:0,0,0 0/1:1,4:5:27:148,0,27 0/0:4,0:4:12:0,12,167 1/1:0,5:5:15:205,15,0 0/0:5,0:5:15:0,15,209 0/0:4,0:4:12:0,12,163 0/0:2,0:2:6:0,6,68 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:2,0:2:6:0,6,74 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:2,0:2:6:0,6,80 +Reference 215000 . A C 312.38 PASS AC=7;AF=0.206;AN=34;BaseQRankSum=1.162;DP=47;ExcessHet=0.0154;FS=3.775;InbreedingCoeff=0.2258;MLEAC=7;MLEAF=0.206;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=28.40;ReadPosRankSum=0.027;SOR=1.115 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:.:0:.:0,0,0 0/1:2,2:4:61:72,0,61 0/0:3,0:3:9:0,9,125 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/0:2,0:2:6:0,6,74 0/1:2,1:3:33:33,0,75 0/0:3,0:3:9:0,9,121 0/0:3,0:3:9:0,9,125 1/1:0,3:3:9:120,9,0 0/1:2,2:4:67:71,0,67 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:5,0:5:15:0,15,205 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:4,0:4:12:0,12,163 +Reference 215500 . A C 921.46 PASS AC=17;AF=0.447;AN=38;BaseQRankSum=1.980;DP=50;ExcessHet=0.0137;FS=1.210;InbreedingCoeff=0.1885;MLEAC=16;MLEAF=0.421;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=34.14;ReadPosRankSum=1.551;SOR=0.694 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9:125,9,0 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/1:1,2:3:33:70,0,33 0/1:1,1:2:32:36,0,32 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/1:1,2:3:29:75,0,29 0/0:3,0:3:9:0,9,89 0/0:1,0:1:3:0,3,42 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/1:1,2:3:33:55,0,33 1/1:0,5:5:15:209,15,0 0/0:3,0:3:9:0,9,121 1/1:0,3:3:9:125,9,0 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/1:2,3:5:58:110,0,58 0/0:4,0:4:12:0,12,163 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:3,0:3:9:0,9,121 1/1:0,1:1:3:42,3,0 +Reference 216000 . A C 87.42 PASS AC=2;AF=0.053;AN=38;BaseQRankSum=0.764;DP=48;ExcessHet=0.1190;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0613;MLEAC=3;MLEAF=0.079;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=29.14;ReadPosRankSum=0.192;SOR=1.107 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,159 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,80 0/1:1,2:3:33:71,0,33 0/1:2,1:3:33:33,0,75 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:5,0:5:15:0,15,173 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,32 0/0:3,0:3:9:0,9,121 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:6,0:6:18:0,18,218 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:3,0:3:9:0,9,125 +Reference 216500 . A C 276.46 PASS AC=6;AF=0.167;AN=36;BaseQRankSum=-0.066;DP=43;ExcessHet=0.0018;FS=7.437;InbreedingCoeff=0.2736;MLEAC=6;MLEAF=0.167;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.40;ReadPosRankSum=0.181;SOR=1.402 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,129 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:4,0:4:12:0,12,160 1/1:0,3:3:9:115,9,0 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/1:1,1:2:4:36,0,4 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:3,0:3:9:0,9,121 0/1:1,3:4:26:109,0,26 0/0:2,0:2:6:0,6,84 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/0:3,0:3:9:0,9,121 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:1,0:1:3:0,3,38 +Reference 217000 . A C 63.30 PASS AC=1;AF=0.026;AN=38;BaseQRankSum=0.637;DP=53;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0114;MLEAC=1;MLEAF=0.026;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.10;ReadPosRankSum=0.187;SOR=0.656 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:4,0:4:12:0,12,135 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:5,0:5:15:0,15,205 0/0:4,0:4:12:0,12,161 0/0:1,0:1:3:0,3,27 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:5,0:5:15:0,15,209 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:2,0:2:6:0,6,78 0/1:1,2:3:33:75,0,33 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:5,0:5:15:0,15,177 0/0:3,0:3:9:0,9,121 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:4,0:4:12:0,12,157 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,84 +Reference 218000 . A C 1902.76 PASS AC=27;AF=0.844;AN=32;BaseQRankSum=1.772;DP=53;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.4217;MLEAC=31;MLEAF=0.969;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=27.98;ReadPosRankSum=-0.807;SOR=0.438 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15:199,15,0 1/1:0,3:3:9:121,9,0 0/0:.:0:.:0,0,0 1/1:0,5:5:15:209,15,0 1/1:0,1:1:3:32,3,0 0/0:.:0:.:0,0,0 1/1:0,3:3:9:125,9,0 1/1:0,2:2:6:84,6,0 1/1:0,2:2:6:84,6,0 1/1:0,2:2:6:84,6,0 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/0:.:0:.:0,0,0 1/1:0,3:3:9:125,9,0 0/1:2,3:5:68:106,0,68 1/1:0,4:4:12:167,12,0 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,44 1/1:0,5:5:15:209,15,0 1/1:0,4:4:12:167,12,0 0/0:.:0:.:0,0,0 +Reference 219000 . A C 604.17 PASS AC=12;AF=0.333;AN=36;BaseQRankSum=0.625;DP=53;ExcessHet=0.1832;FS=1.252;InbreedingCoeff=0.1104;MLEAC=13;MLEAF=0.361;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.64;ReadPosRankSum=1.440;SOR=0.929 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9:125,9,0 0/1:1,1:2:32:32,0,36 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:5,0:5:15:0,15,184 0/0:3,0:3:9:0,9,110 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/1:2,2:4:71:71,0,71 0/0:3,0:3:9:0,9,93 0/0:2,0:2:6:0,6,80 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:2,0:2:6:0,6,80 0/1:4,1:5:17:17,0,120 0/0:.:0:.:0,0,0 1/1:0,3:3:9:115,9,0 0/1:1,1:2:36:36,0,36 1/1:0,3:3:9:125,9,0 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/1:2,1:3:33:33,0,55 0/1:1,2:3:33:71,0,33 0/0:2,0:2:6:0,6,80 +Reference 219500 . A C 890.76 PASS AC=25;AF=0.658;AN=38;BaseQRankSum=-1.240;DP=38;ExcessHet=0.0006;FS=2.271;InbreedingCoeff=0.2646;MLEAC=23;MLEAF=0.605;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=33.00;ReadPosRankSum=1.142;SOR=0.582 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,2:3:28:75,0,28 1/1:0,2:2:6:51,6,0 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,84 1/1:0,1:1:3:42,3,0 1/1:0,4:4:12:163,12,0 1/1:0,3:3:9:125,9,0 1/1:0,1:1:3:38,3,0 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/0:2,0:2:6:0,6,83 0/1:2,2:4:56:56,0,72 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 1/1:0,1:1:3:42,3,0 1/1:0,1:1:3:42,3,0 1/1:0,1:1:3:10,3,0 0/1:2,1:3:1:1,0,75 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 +Reference 220000 . A C 1856.25 PASS AC=35;AF=0.921;AN=38;BaseQRankSum=0.666;DP=47;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1322;MLEAC=34;MLEAF=0.895;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=30.03;ReadPosRankSum=-2.264;SOR=0.489 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15:199,15,0 1/1:0,3:3:9:93,9,0 1/1:0,1:1:3:42,3,0 1/1:0,3:3:9:125,9,0 0/0:.:0:.:0,0,0 1/1:0,2:2:6:84,6,0 1/1:0,6:6:18:241,18,0 1/1:0,4:4:12:135,12,0 1/1:0,1:1:3:32,3,0 1/1:0,3:3:9:109,9,0 1/1:0,1:1:3:42,3,0 1/1:0,3:3:9:125,9,0 1/1:0,1:1:3:42,3,0 1/1:0,2:2:6:84,6,0 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/0:1,0:1:3:0,3,32 1/1:0,1:1:3:42,3,0 1/1:0,1:1:3:38,3,0 0/1:2,3:5:68:110,0,68 1/1:0,2:2:6:84,6,0 +Reference 220173 . A G 57.07 PASS AC=1;AF=0.029;AN=34;BaseQRankSum=0.518;DP=53;ExcessHet=0.0000;FS=3.112;InbreedingCoeff=0.1734;MLEAC=1;MLEAF=0.029;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.41;ReadPosRankSum=0.656;SOR=2.232 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/1:3,2:5:68:68,0,110 0/0:3,0:3:9:0,9,121 0/0:5,0:5:15:0,15,209 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:4,0:4:12:0,12,159 0/0:6,0:6:18:0,18,251 0/0:3,0:3:9:0,9,121 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,37 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:3,0:3:9:0,9,123 0/0:5,0:5:15:0,15,200 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:1,0:1:3:0,3,42 +Reference 220500 . A C 1534.84 PASS AC=27;AF=0.711;AN=38;BaseQRankSum=0.017;DP=51;ExcessHet=0.0524;FS=3.998;InbreedingCoeff=0.1060;MLEAC=26;MLEAF=0.684;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=29.37;ReadPosRankSum=2.206;SOR=0.368 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,1:2:4:36,0,4 0/0:2,0:2:6:0,6,84 1/1:0,3:3:9:125,9,0 1/1:0,2:2:6:84,6,0 1/1:0,3:3:9:125,9,0 1/1:0,3:3:9:111,9,0 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 1/1:0,2:2:6:84,6,0 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/1:2,3:5:68:106,0,68 1/1:0,1:1:3:27,3,0 1/1:0,1:1:3:42,3,0 1/1:0,5:5:15:199,15,0 0/1:2,2:4:72:72,0,72 0/1:2,5:7:62:178,0,62 1/1:0,3:3:9:125,9,0 0/1:1,1:2:36:36,0,36 0/0:2,0:2:6:0,6,80 +Reference 221500 . A C 98.09 PASS AC=1;AF=0.026;AN=38;BaseQRankSum=0.743;DP=67;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0314;MLEAC=1;MLEAF=0.026;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.62;ReadPosRankSum=-0.646;SOR=1.007 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:5,0:5:15:0,15,209 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:3,0:3:9:0,9,115 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:4,0:4:12:0,12,149 0/0:5,0:5:15:0,15,202 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/1:2,3:5:68:110,0,68 0/0:6,0:6:18:0,18,237 0/0:7,0:7:21:0,21,292 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:4,0:4:12:0,12,159 +Reference 222500 . A C 131.63 PASS AC=4;AF=0.111;AN=36;BaseQRankSum=-2.286;DP=61;ExcessHet=0.0113;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2040;MLEAC=4;MLEAF=0.111;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=32.91;ReadPosRankSum=1.084;SOR=0.811 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:.:0:.:0,0,0 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/1:1,1:2:36:36,0,36 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:5,0:5:15:0,15,209 0/1:1,3:4:30:77,0,30 0/0:9,0:9:27:0,27,362 0/0:6,0:6:18:0,18,241 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:5,0:5:15:0,15,177 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:.:0:.:0,0,0 +Reference 223000 . A C 102.30 PASS AC=3;AF=0.075;AN=40;BaseQRankSum=-1.222;DP=57;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1101;MLEAC=2;MLEAF=0.050;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.57;ReadPosRankSum=-0.286;SOR=1.493 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:5,0:5:15:0,15,199 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/1:1,3:4:30:81,0,30 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,37 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/0:6,0:6:18:0,18,251 0/0:5,0:5:15:0,15,205 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:3,0:3:9:0,9,93 0/0:5,0:5:15:0,15,209 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,84 +Reference 223500 . A C 2020.03 PASS AC=32;AF=0.889;AN=36;BaseQRankSum=-0.869;DP=56;ExcessHet=0.8031;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0534;MLEAC=32;MLEAF=0.889;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=31.53;ReadPosRankSum=0.209;SOR=0.497 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,1:2:36:36,0,36 1/1:0,8:8:24:302,24,0 0/1:2,1:3:28:28,0,75 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/0:.:0:.:0,0,0 1/1:0,5:5:15:205,15,0 1/1:0,3:3:9:125,9,0 1/1:0,2:2:6:84,6,0 1/1:0,1:1:3:42,3,0 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/0:.:0:.:0,0,0 0/1:1,1:2:36:36,0,36 1/1:0,4:4:12:135,12,0 1/1:0,4:4:12:135,12,0 1/1:0,5:5:15:198,15,0 1/1:0,2:2:6:84,6,0 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/1:1,3:4:30:113,0,30 1/1:0,1:1:3:42,3,0 1/1:0,3:3:9:121,9,0 +Reference 225500 . A C 176.88 PASS AC=3;AF=0.088;AN=34;BaseQRankSum=-0.470;DP=51;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2660;MLEAC=2;MLEAF=0.059;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.11;ReadPosRankSum=2.150;SOR=0.573 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:5,0:5:15:0,15,209 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:.:0:.:0,0,0 0/1:3,5:8:99:185,0,101 0/0:3,0:3:9:0,9,115 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:3,0:3:9:0,9,115 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:3,0:3:9:0,9,93 0/0:5,0:5:15:0,15,201 0/0:2,0:2:6:0,6,84 1/1:0,1:1:3:10,3,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 +Reference 226500 . A C 419.19 PASS AC=11;AF=0.275;AN=40;BaseQRankSum=-0.456;DP=60;ExcessHet=0.0419;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1616;MLEAC=9;MLEAF=0.225;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=29.94;ReadPosRankSum=-0.339;SOR=0.511 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,1:3:28:28,0,75 0/1:2,1:3:1:1,0,70 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:2,0:2:6:0,6,74 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/1:3,2:5:68:68,0,110 0/1:2,2:4:67:71,0,67 0/0:6,0:6:18:0,18,251 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/1:1,1:2:32:32,0,36 1/1:0,3:3:9:125,9,0 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:4,0:4:12:0,12,135 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:3,0:3:9:0,9,121 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:2,0:2:6:0,6,84 +Reference 227000 . A C 204.91 PASS AC=6;AF=0.150;AN=40;BaseQRankSum=-0.341;DP=46;ExcessHet=0.0013;FS=2.840;InbreedingCoeff=0.1485;MLEAC=5;MLEAF=0.125;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=28.93;ReadPosRankSum=-0.188;SOR=0.591 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/1:1,2:3:33:71,0,33 0/0:5,0:5:15:0,15,209 0/0:3,0:3:9:0,9,115 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,84 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/1:1,1:2:36:36,0,36 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:3,0:3:9:0,9,121 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:1,0:1:3:0,3,38 0/0:4,0:4:12:0,12,157 1/1:0,1:1:3:42,3,0 +Reference 227500 . A C 961.32 PASS AC=18;AF=0.563;AN=32;BaseQRankSum=0.816;DP=45;ExcessHet=0.2319;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1346;MLEAC=20;MLEAF=0.625;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=28.80;ReadPosRankSum=-0.443;SOR=0.473 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,3:4:30:113,0,30 0/1:2,1:3:29:29,0,75 1/1:0,3:3:9:110,9,0 0/1:1,2:3:33:75,0,33 0/0:.:0:.:0,0,0 1/1:0,3:3:9:125,9,0 1/1:0,2:2:6:80,6,0 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:5,0:5:15:0,15,177 1/1:0,4:4:12:167,12,0 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/0:2,0:2:6:0,6,84 1/1:0,3:3:9:125,9,0 0/1:1,1:2:4:4,0,4 0/0:2,0:2:6:0,6,69 0/0:.:0:.:0,0,0 0/1:2,1:3:33:33,0,43 0/0:.:0:.:0,0,0 0/1:1,1:2:32:36,0,32 0/0:1,0:1:3:0,3,42 +Reference 229500 . A C 157.78 PASS AC=4;AF=0.118;AN=34;BaseQRankSum=1.060;DP=55;ExcessHet=0.0128;FS=8.952;InbreedingCoeff=0.2125;MLEAC=4;MLEAF=0.118;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.78;ReadPosRankSum=0.582;SOR=3.230 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:5,0:5:15:0,15,205 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:4,0:4:12:0,12,157 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:4,0:4:12:0,12,163 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:3,0:3:9:0,9,121 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:3,0:3:9:0,9,121 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/1:5,2:7:62:62,0,188 0/1:1,2:3:33:75,0,33 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:7,0:7:21:0,21,248 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/0:.:0:.:0,0,0 +Reference 230000 . A C 90.68 PASS AC=4;AF=0.100;AN=40;BaseQRankSum=-1.026;DP=53;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3289;MLEAC=3;MLEAF=0.075;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=31.66;ReadPosRankSum=-1.158;SOR=1.125 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,51 1/1:0,1:1:3:32,3,0 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:6,0:6:18:0,18,245 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:1,0:1:3:0,3,38 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:5,0:5:15:0,15,177 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:4,0:4:12:0,12,157 0/0:5,0:5:15:0,15,209 0/0:4,0:4:12:0,12,163 +Reference 230500 . A C 137.31 PASS AC=1;AF=0.028;AN=36;BaseQRankSum=0.873;DP=57;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1250;MLEAC=1;MLEAF=0.028;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.88;ReadPosRankSum=0.259;SOR=0.586 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:6,0:6:18:0,18,237 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,75 0/0:6,0:6:18:0,18,247 0/0:3,0:3:9:0,9,121 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:3,0:3:9:0,9,115 0/0:2,0:2:6:0,6,76 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/1:2,4:6:65:149,0,65 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:4,0:4:12:0,12,152 +Reference 231000 . A C 1130.29 PASS AC=19;AF=0.475;AN=40;BaseQRankSum=1.018;DP=56;ExcessHet=0.0001;FS=4.360;InbreedingCoeff=0.4131;MLEAC=18;MLEAF=0.450;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=33.81;ReadPosRankSum=1.657;SOR=0.689 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/1:1,3:4:30:112,0,30 0/0:3,0:3:9:0,9,111 1/1:0,3:3:9:121,9,0 1/1:0,3:3:9:125,9,0 0/0:2,0:2:6:0,6,84 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/0:5,0:5:15:0,15,200 1/1:0,2:2:6:84,6,0 1/1:0,6:6:18:240,18,0 0/1:1,1:2:36:36,0,36 0/0:2,0:2:6:0,6,80 1/1:0,3:3:9:105,9,0 1/1:0,1:1:3:42,3,0 1/1:0,3:3:9:125,9,0 0/0:2,0:2:6:0,6,80 0/0:4,0:4:12:0,12,135 0/1:1,3:4:30:113,0,30 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:4,0:4:12:0,12,166 +Reference 232000 . A C 438.93 PASS AC=10;AF=0.250;AN=40;BaseQRankSum=0.129;DP=50;ExcessHet=0.0001;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3386;MLEAC=9;MLEAF=0.225;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=28.07;ReadPosRankSum=1.287;SOR=1.445 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:15:0,15,209 0/0:2,0:2:6:0,6,84 1/1:0,2:2:6:79,6,0 0/0:3,0:3:9:0,9,121 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/1:1,1:2:32:32,0,36 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:4,0:4:12:0,12,157 0/0:4,0:4:12:0,12,152 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,36 0/0:1,0:1:3:0,3,42 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:3,0:3:9:0,9,125 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/1:4,1:5:27:27,0,116 1/1:0,4:4:12:167,12,0 0/0:2,0:2:6:0,6,84 +Reference 233500 . A C 60.32 PASS AC=1;AF=0.026;AN=38;BaseQRankSum=-0.840;DP=58;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0092;MLEAC=1;MLEAF=0.026;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.62;ReadPosRankSum=-1.293;SOR=1.129 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/1:4,3:7:72:72,0,146 0/0:2,0:2:6:0,6,74 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:5,0:5:15:0,15,199 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,69 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:1,0:1:3:0,3,38 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,32 0/0:4,0:4:12:0,12,163 0/0:4,0:4:12:0,12,153 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:4,0:4:12:0,12,157 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:5,0:5:15:0,15,201 +Reference 235000 . A C 63.71 PASS AC=2;AF=0.056;AN=36;BaseQRankSum=-1.577;DP=43;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2823;MLEAC=1;MLEAF=0.028;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=31.85;ReadPosRankSum=-1.123;SOR=2.133 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:4,0:4:12:0,12,163 0/0:2,0:2:6:0,6,74 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:7,0:7:21:0,21,286 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 1/1:0,2:2:6:80,6,0 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:2,0:2:6:0,6,83 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,80 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:1,0:1:3:0,3,42 +Reference 235500 . A C 851.92 PASS AC=14;AF=0.368;AN=38;BaseQRankSum=1.335;DP=64;ExcessHet=0.6984;FS=1.090;InbreedingCoeff=-0.0483;MLEAC=14;MLEAF=0.368;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.62;ReadPosRankSum=-0.536;SOR=0.818 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,3:4:30:113,0,30 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:.:0:.:0,0,0 1/1:0,1:1:3:42,3,0 1/1:0,3:3:9:121,9,0 0/1:2,2:4:67:71,0,67 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/1:1,2:3:33:75,0,33 0/1:1,1:2:36:36,0,36 0/0:4,0:4:12:0,12,163 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/1:2,2:4:61:72,0,61 0/1:1,3:4:30:113,0,30 0/0:5,0:5:15:0,15,173 0/1:3,2:5:68:68,0,110 0/0:6,0:6:18:0,18,241 0/1:1,2:3:33:75,0,33 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/0:4,0:4:12:0,12,161 +Reference 237000 . A C 1237.97 PASS AC=22;AF=0.647;AN=34;BaseQRankSum=0.197;DP=45;ExcessHet=0.0001;FS=3.696;InbreedingCoeff=0.4079;MLEAC=23;MLEAF=0.676;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=29.04;ReadPosRankSum=0.819;SOR=0.497 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15:195,15,0 0/0:2,0:2:6:0,6,79 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/0:1,0:1:3:0,3,10 0/0:.:0:.:0,0,0 1/1:0,2:2:6:81,6,0 1/1:0,2:2:6:84,6,0 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/1:2,1:3:33:33,0,75 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:.:0:.:0,0,0 1/1:0,5:5:15:197,15,0 1/1:0,4:4:12:167,12,0 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/1:1,2:3:28:70,0,28 1/1:0,1:1:3:42,3,0 1/1:0,3:3:9:125,9,0 +Reference 237500 . A C 55.64 PASS AC=1;AF=0.036;AN=28;BaseQRankSum=-1.056;DP=40;ExcessHet=0.0000;FS=2.965;InbreedingCoeff=0.2774;MLEAC=2;MLEAF=0.071;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.55;ReadPosRankSum=0.556;SOR=2.115 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:2,0:2:6:0,6,80 0/0:3,0:3:9:0,9,110 0/1:1,2:3:33:65,0,33 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:1,0:1:3:0,3,38 0/0:4,0:4:12:0,12,135 0/0:4,0:4:12:0,12,161 0/0:3,0:3:9:0,9,115 0/0:5,0:5:15:0,15,202 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:.:0:.:0,0,0 +Reference 238000 . A C 168.97 PASS AC=2;AF=0.059;AN=34;BaseQRankSum=0.652;DP=50;ExcessHet=0.1336;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1067;MLEAC=3;MLEAF=0.088;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=28.16;ReadPosRankSum=1.191;SOR=0.960 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:3,0:3:9:0,9,121 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:3,0:3:9:0,9,121 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/1:1,1:2:36:36,0,36 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:.:0:.:0,0,0 0/1:2,4:6:65:149,0,65 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:3,0:3:9:0,9,120 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:4,0:4:12:0,12,167 +Reference 238500 . A C 351.32 PASS AC=9;AF=0.225;AN=40;BaseQRankSum=1.429;DP=50;ExcessHet=0.0025;FS=3.746;InbreedingCoeff=0.2240;MLEAC=8;MLEAF=0.200;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=28.82;ReadPosRankSum=1.759;SOR=1.544 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,79 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:4,0:4:12:0,12,152 0/1:1,2:3:29:74,0,29 0/0:2,0:2:6:0,6,84 1/1:0,3:3:9:125,9,0 0/0:3,0:3:9:0,9,121 0/1:4,1:5:27:27,0,114 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:2,0:2:6:0,6,83 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,37 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/1:2,1:3:33:33,0,70 +Reference 239000 . A C 138.42 PASS AC=1;AF=0.029;AN=34;BaseQRankSum=0.894;DP=49;ExcessHet=0.0000;FS=2.210;InbreedingCoeff=0.1392;MLEAC=1;MLEAF=0.029;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.07;ReadPosRankSum=-1.106;SOR=1.535 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,131 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/1:2,4:6:61:149,0,61 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:4,0:4:12:0,12,149 0/0:5,0:5:15:0,15,209 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:5,0:5:15:0,15,204 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:2,0:2:6:0,6,84 +Reference 239500 . A C 90.92 PASS AC=2;AF=0.053;AN=38;BaseQRankSum=-0.772;DP=45;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2515;MLEAC=1;MLEAF=0.026;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=30.31;ReadPosRankSum=0.191;SOR=0.930 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:6,0:6:18:0,18,229 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:3,0:3:9:0,9,125 1/1:0,3:3:9:110,9,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:3,0:3:9:0,9,117 0/0:2,0:2:6:0,6,73 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:1,0:1:3:0,3,31 0/0:3,0:3:9:0,9,125 +Reference 241000 . A C 844.15 PASS AC=17;AF=0.425;AN=40;BaseQRankSum=0.306;DP=60;ExcessHet=0.0001;FS=9.538;InbreedingCoeff=0.4290;MLEAC=14;MLEAF=0.350;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=27.21;ReadPosRankSum=-0.557;SOR=1.255 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,3:4:26:109,0,26 0/0:3,0:3:9:0,9,121 1/1:0,5:5:15:201,15,0 0/0:3,0:3:9:0,9,119 0/0:5,0:5:15:0,15,209 1/1:0,4:4:12:163,12,0 0/1:1,2:3:33:75,0,33 1/1:0,2:2:6:84,6,0 1/1:0,1:1:3:37,3,0 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/0:4,0:4:12:0,12,163 0/0:2,0:2:6:0,6,84 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/0:1,0:1:3:0,3,10 0/0:4,0:4:12:0,12,163 0/0:4,0:4:12:0,12,157 0/0:4,0:4:12:0,12,163 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/1:1,1:2:36:36,0,36 0/0:4,0:4:12:0,12,157 +Reference 241500 . A C 366.20 PASS AC=8;AF=0.235;AN=34;BaseQRankSum=0.492;DP=51;ExcessHet=0.0602;FS=6.605;InbreedingCoeff=0.1473;MLEAC=8;MLEAF=0.235;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=28.17;ReadPosRankSum=-0.324;SOR=1.746 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:5,0:5:15:0,15,177 0/0:1,0:1:3:0,3,32 1/1:0,1:1:3:10,3,0 0/0:2,0:2:6:0,6,80 0/1:1,3:4:30:113,0,30 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/1:1,2:3:33:75,0,33 0/1:1,1:2:36:36,0,36 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:.:0:.:0,0,0 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/0:.:0:.:0,0,0 0/1:2,2:4:40:72,0,40 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:2,0:2:6:0,6,80 0/0:6,0:6:18:0,18,247 +Reference 242500 . A C 362.40 PASS AC=12;AF=0.333;AN=36;BaseQRankSum=-0.856;DP=43;ExcessHet=0.0093;FS=2.521;InbreedingCoeff=0.1818;MLEAC=11;MLEAF=0.306;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=30.45;ReadPosRankSum=-0.859;SOR=0.721 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,1:1:3:38,3,0 0/1:1,1:2:36:36,0,36 0/0:2,0:2:6:0,6,80 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/1:1,1:2:36:36,0,36 0/0:3,0:3:9:0,9,93 0/0:6,0:6:18:0,18,232 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:4,0:4:12:0,12,159 0/0:3,0:3:9:0,9,125 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/1:3,1:4:30:30,0,109 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:.:0:.:0,0,0 1/1:0,2:2:6:78,6,0 0/1:1,2:3:33:75,0,33 1/1:0,2:2:6:47,6,0 +Reference 243000 . A C 92.50 PASS AC=2;AF=0.050;AN=40;BaseQRankSum=0.602;DP=56;ExcessHet=0.1128;FS=3.053;InbreedingCoeff=-0.1358;MLEAC=2;MLEAF=0.050;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=30.83;ReadPosRankSum=-0.340;SOR=1.156 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:5,0:5:15:0,15,209 0/1:1,2:3:33:75,0,33 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:4,0:4:12:0,12,163 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:1,0:1:3:0,3,38 0/0:1,0:1:3:0,3,38 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:4,0:4:12:0,12,163 0/1:1,1:2:36:36,0,36 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:3,0:3:9:0,9,121 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,83 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:3,0:3:9:0,9,119 0/0:3,0:3:9:0,9,125 +Reference 243500 . A C 1396.89 PASS AC=27;AF=0.711;AN=38;BaseQRankSum=-0.186;DP=59;ExcessHet=0.5777;FS=6.661;InbreedingCoeff=-0.1133;MLEAC=26;MLEAF=0.684;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=29.72;ReadPosRankSum=0.398;SOR=0.512 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,1:1:3:38,3,0 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/1:4,2:6:65:65,0,149 0/1:3,2:5:64:64,0,106 1/1:0,4:4:12:163,12,0 1/1:0,2:2:6:78,6,0 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/1:1,3:4:30:113,0,30 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:.:0:.:0,0,0 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/1:3,2:5:65:65,0,78 0/1:3,2:5:68:68,0,110 1/1:0,1:1:3:42,3,0 1/1:0,1:1:3:42,3,0 1/1:0,2:2:6:84,6,0 1/1:0,4:4:12:167,12,0 0/1:2,2:4:67:71,0,67 0/1:2,1:3:29:29,0,75 0/0:2,0:2:6:0,6,84 +Reference 244000 . A C 68 PASS AC=2;AF=0.059;AN=34;BaseQRankSum=0.529;DP=43;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3393;MLEAC=1;MLEAF=0.029;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=34.00;ReadPosRankSum=-0.212;SOR=2.251 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:4,0:4:12:0,12,163 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,79 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:3,0:3:9:0,9,115 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:4,0:4:12:0,12,163 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:2,0:2:6:0,6,74 +Reference 244500 . A C 50.27 PASS AC=1;AF=0.028;AN=36;BaseQRankSum=-1.321;DP=43;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0531;MLEAC=1;MLEAF=0.028;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.57;ReadPosRankSum=1.064;SOR=0.602 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,41 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:4,0:4:12:0,12,135 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:3,0:3:9:0,9,121 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/1:2,2:4:61:61,0,72 0/0:2,0:2:6:0,6,80 0/0:4,0:4:12:0,12,163 0/0:3,0:3:9:0,9,89 0/0:2,0:2:6:0,6,84 +Reference 245000 . A C 278.40 PASS AC=4;AF=0.133;AN=30;BaseQRankSum=0.095;DP=38;ExcessHet=0.0167;FS=12.178;InbreedingCoeff=0.2381;MLEAC=5;MLEAF=0.167;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=30.93;ReadPosRankSum=1.694;SOR=0.950 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,121 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:1,0:1:3:0,3,38 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:.:0:.:0,0,0 1/1:0,4:4:12:152,12,0 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:2,0:2:6:0,6,51 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/1:1,1:2:36:36,0,36 0/1:2,3:5:68:110,0,68 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,74 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,42 +Reference 245500 . A C 398.70 PASS AC=6;AF=0.167;AN=36;BaseQRankSum=0.199;DP=53;ExcessHet=0.0018;FS=3.405;InbreedingCoeff=0.3019;MLEAC=6;MLEAF=0.167;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=30.67;ReadPosRankSum=0.779;SOR=0.665 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,121 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:3,0:3:9:0,9,121 0/0:7,0:7:21:0,21,292 0/0:.:0:.:0,0,0 0/1:1,2:3:27:75,0,27 1/1:0,4:4:12:157,12,0 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:5,0:5:15:0,15,205 0/1:1,3:4:30:113,0,30 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:1,0:1:3:0,3,42 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/0:4,0:4:12:0,12,157 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:3,0:3:9:0,9,121 +Reference 246500 . A C 58.92 PASS AC=1;AF=0.025;AN=40;BaseQRankSum=0.571;DP=60;ExcessHet=0.0000;FS=7.906;InbreedingCoeff=-0.1169;MLEAC=1;MLEAF=0.025;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.73;ReadPosRankSum=0.695;SOR=2.254 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:15:0,15,209 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:5,0:5:15:0,15,205 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:5,0:5:15:0,15,205 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:4,0:4:12:0,12,153 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,78 0/0:2,0:2:6:0,6,79 0/1:2,2:4:71:71,0,71 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:6,0:6:18:0,18,241 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:4,0:4:12:0,12,166 0/0:2,0:2:6:0,6,80 +Reference 248500 . A C 540.65 PASS AC=6;AF=0.167;AN=36;BaseQRankSum=-1.033;DP=59;ExcessHet=0.1688;FS=2.555;InbreedingCoeff=0.0898;MLEAC=7;MLEAF=0.194;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.58;ReadPosRankSum=-0.165;SOR=0.606 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/1:2,3:5:68:106,0,68 0/0:5,0:5:15:0,15,205 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:6,0:6:18:0,18,251 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:6,0:6:18:0,18,247 0/1:1,3:4:30:81,0,30 1/1:0,5:5:15:205,15,0 0/0:1,0:1:3:0,3,10 0/1:1,3:4:30:113,0,30 0/0:1,0:1:3:0,3,38 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:.:0:.:0,0,0 0/1:2,2:4:60:61,0,60 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:3,0:3:9:0,9,125 +Reference 249000 . A C 2103.84 PASS AC=34;AF=0.895;AN=38;BaseQRankSum=0.184;DP=58;ExcessHet=0.7564;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0066;MLEAC=33;MLEAF=0.868;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=29.99;ReadPosRankSum=0.903;SOR=0.867 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6:84,6,0 1/1:0,2:2:6:83,6,0 1/1:0,2:2:6:84,6,0 1/1:0,4:4:12:162,12,0 0/0:.:0:.:0,0,0 1/1:0,4:4:12:135,12,0 0/1:1,1:2:36:36,0,36 1/1:0,4:4:12:167,12,0 1/1:0,2:2:6:84,6,0 1/1:0,3:3:9:93,9,0 1/1:0,3:3:9:115,9,0 1/1:0,3:3:9:125,9,0 1/1:0,3:3:9:120,9,0 1/1:0,3:3:9:125,9,0 0/1:2,2:4:40:72,0,40 1/1:0,4:4:12:163,12,0 0/1:1,3:4:30:81,0,30 1/1:0,2:2:6:74,6,0 1/1:0,4:4:12:163,12,0 0/1:1,1:2:4:4,0,36 +Reference 249500 . A C 180.32 PASS AC=5;AF=0.179;AN=28;BaseQRankSum=0.777;DP=37;ExcessHet=0.0000;FS=3.882;InbreedingCoeff=0.3762;MLEAC=5;MLEAF=0.179;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=27.15;ReadPosRankSum=0.590;SOR=0.606 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:5,0:5:15:0,15,204 0/1:2,1:3:33:33,0,74 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:3,0:3:9:0,9,121 0/0:2,0:2:6:0,6,84 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:4,0:4:12:0,12,157 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:1,0:1:3:0,3,42 +Reference 250000 . A C 739.39 PASS AC=10;AF=0.263;AN=38;BaseQRankSum=0.240;DP=60;ExcessHet=0.2833;FS=16.358;InbreedingCoeff=0.0897;MLEAC=11;MLEAF=0.289;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=29.58;ReadPosRankSum=-0.437;SOR=0.269 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:.:0:.:0,0,0 1/1:0,3:3:9:121,9,0 0/0:5,0:5:15:0,15,209 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:3,0:3:9:0,9,125 1/1:0,4:4:12:157,12,0 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:6,0:6:18:0,18,210 0/0:2,0:2:6:0,6,74 0/1:1,2:3:33:70,0,33 0/1:1,2:3:33:75,0,33 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/1:1,3:4:30:113,0,30 0/1:1,3:4:30:81,0,30 0/1:1,3:4:30:113,0,30 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:3,0:3:9:0,9,111 0/1:1,1:2:4:36,0,4 0/0:2,0:2:6:0,6,80 +Reference 250500 . A C 346.89 PASS AC=7;AF=0.184;AN=38;BaseQRankSum=0.458;DP=61;ExcessHet=0.0107;FS=6.078;InbreedingCoeff=0.2343;MLEAC=7;MLEAF=0.184;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.68;ReadPosRankSum=1.091;SOR=0.930 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:4,0:4:12:0,12,157 0/0:3,0:3:9:0,9,93 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:4,0:4:12:0,12,135 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/1:2,1:3:29:29,0,75 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/1:2,2:4:71:71,0,71 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:5,0:5:15:0,15,205 0/0:4,0:4:12:0,12,163 0/0:2,0:2:6:0,6,84 1/1:0,3:3:9:125,9,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:1,0:1:3:0,3,32 0/1:2,2:4:71:71,0,71 0/0:4,0:4:12:0,12,157 +Reference 252000 . A C 85.81 PASS AC=1;AF=0.025;AN=40;BaseQRankSum=-1.240;DP=48;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.1494;MLEAC=1;MLEAF=0.025;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.30;ReadPosRankSum=0.152;SOR=0.846 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,79 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:4,0:4:12:0,12,163 0/0:1,0:1:3:0,3,38 0/0:5,0:5:15:0,15,209 0/0:2,0:2:6:0,6,79 0/1:3,3:6:97:97,0,103 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:6,0:6:18:0,18,251 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,42 +Reference 252500 . A C 176.10 PASS AC=2;AF=0.053;AN=38;BaseQRankSum=0.056;DP=61;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3580;MLEAC=2;MLEAF=0.053;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=29.04;ReadPosRankSum=0.286;SOR=0.973 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,38 0/0:1,0:1:3:0,3,10 0/0:1,0:1:3:0,3,42 1/1:0,5:5:15:199,15,0 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:6,0:6:18:0,18,247 0/0:6,0:6:18:0,18,232 0/0:4,0:4:12:0,12,163 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:3,0:3:9:0,9,121 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:3,0:3:9:0,9,121 0/0:3,0:3:9:0,9,121 0/0:4,0:4:12:0,12,153 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:6,0:6:18:0,18,208 0/0:3,0:3:9:0,9,125 +Reference 253000 . A C 387.35 PASS AC=6;AF=0.167;AN=36;BaseQRankSum=-0.635;DP=51;ExcessHet=0.0018;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2304;MLEAC=6;MLEAF=0.167;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.82;ReadPosRankSum=-0.069;SOR=0.678 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,125 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/1:2,2:4:67:67,0,72 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:5,0:5:15:0,15,209 0/0:5,0:5:15:0,15,194 0/1:3,6:9:94:220,0,94 0/0:2,0:2:6:0,6,80 0/0:1,0:1:3:0,3,42 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:1,0:1:3:0,3,32 +Reference 253500 . A C 280.95 PASS AC=8;AF=0.200;AN=40;BaseQRankSum=-1.176;DP=50;ExcessHet=0.0003;FS=8.121;InbreedingCoeff=0.2988;MLEAC=6;MLEAF=0.150;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=34.43;ReadPosRankSum=0.413;SOR=0.368 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:1,0:1:3:0,3,37 0/0:1,0:1:3:0,3,42 1/1:0,3:3:9:125,9,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,32 0/0:5,0:5:15:0,15,177 0/0:7,0:7:21:0,21,283 0/1:2,1:3:1:1,0,75 0/0:3,0:3:9:0,9,121 0/0:3,0:3:9:0,9,125 1/1:0,2:2:6:74,6,0 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/1:1,2:3:33:75,0,33 0/0:3,0:3:9:0,9,121 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,42 1/1:0,1:1:3:38,3,0 +Reference 254500 . A C 1047.48 PASS AC=17;AF=0.447;AN=38;BaseQRankSum=1.301;DP=60;ExcessHet=0.0137;FS=4.201;InbreedingCoeff=0.2460;MLEAC=16;MLEAF=0.421;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=32.73;ReadPosRankSum=0.159;SOR=0.877 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6:80,6,0 0/0:4,0:4:12:0,12,163 0/1:3,1:4:30:30,0,81 0/1:1,3:4:30:81,0,30 1/1:0,2:2:6:84,6,0 1/1:0,4:4:12:167,12,0 0/0:5,0:5:15:0,15,196 1/1:0,4:4:12:167,12,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/1:1,3:4:26:113,0,26 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/1:2,3:5:68:106,0,68 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:3,0:3:9:0,9,93 1/1:0,2:2:6:84,6,0 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/1:1,2:3:23:65,0,23 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:4,0:4:12:0,12,163 +Reference 255000 . A C 132.86 PASS AC=4;AF=0.105;AN=38;BaseQRankSum=0.726;DP=41;ExcessHet=0.0101;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0871;MLEAC=4;MLEAF=0.105;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=31.35;ReadPosRankSum=-0.352;SOR=1.525 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:5,0:5:15:0,15,205 0/0:5,0:5:15:0,15,209 0/1:1,1:2:32:36,0,32 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,80 0/0:4,0:4:12:0,12,135 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/1:1,1:2:36:36,0,36 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,42 +Reference 255500 . A C 56.25 PASS AC=1;AF=0.026;AN=38;BaseQRankSum=-0.935;DP=53;ExcessHet=0.0000;FS=8.129;InbreedingCoeff=0.0130;MLEAC=1;MLEAF=0.026;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.06;ReadPosRankSum=1.428;SOR=2.247 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,2:4:61:68,0,61 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:4,0:4:12:0,12,159 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,80 0/0:3,0:3:9:0,9,93 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:4,0:4:12:0,12,127 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:4,0:4:12:0,12,135 0/0:2,0:2:6:0,6,84 +Reference 256500 . A C 83.45 PASS AC=3;AF=0.094;AN=32;BaseQRankSum=-2.306;DP=43;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3041;MLEAC=3;MLEAF=0.094;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=28.30;ReadPosRankSum=-1.622;SOR=0.713 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:2,0:2:6:0,6,80 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:6,0:6:18:0,18,247 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:1,0:1:3:0,3,42 1/1:0,2:2:6:76,6,0 0/0:2,0:2:6:0,6,74 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/1:4,1:5:27:27,0,148 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:3,0:3:9:0,9,121 +Reference 257000 . A C 57.27 PASS AC=1;AF=0.028;AN=36;BaseQRankSum=0.469;DP=43;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0491;MLEAC=1;MLEAF=0.028;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.45;ReadPosRankSum=0.212;SOR=0.646 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,2:5:68:68,0,103 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:4,0:4:12:0,12,156 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:3,0:3:9:0,9,121 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:2,0:2:6:0,6,84 +Reference 258500 . A C 542.09 PASS AC=12;AF=0.333;AN=36;BaseQRankSum=-0.782;DP=45;ExcessHet=0.0001;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3638;MLEAC=12;MLEAF=0.333;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=28.93;ReadPosRankSum=-1.621;SOR=0.709 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9:125,9,0 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:3,0:3:9:0,9,93 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/0:2,0:2:5:0,5,19 0/1:3,1:4:30:30,0,113 1/1:0,2:2:5:19,5,0 0/0:.:0:.:0,0,0 0/1:1,3:4:30:106,0,30 0/0:2,0:2:6:0,6,69 0/0:3,0:3:9:0,9,125 1/1:0,1:1:3:38,3,0 1/1:0,4:4:12:163,12,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:5,0:5:15:0,15,205 +Reference 259000 . A C 101.39 PASS AC=1;AF=0.025;AN=40;BaseQRankSum=0.571;DP=51;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.1345;MLEAC=1;MLEAF=0.025;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.35;ReadPosRankSum=-1.648;SOR=0.859 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:4,0:4:12:0,12,120 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:5,0:5:15:0,15,194 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/1:1,3:4:30:113,0,30 0/0:5,0:5:15:0,15,205 +Reference 259500 . A C 94.08 PASS AC=2;AF=0.056;AN=36;BaseQRankSum=0.621;DP=53;ExcessHet=0.1259;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0527;MLEAC=3;MLEAF=0.083;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=31.36;ReadPosRankSum=0.581;SOR=0.871 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:5,0:5:15:0,15,195 0/0:2,0:2:6:0,6,74 0/1:1,2:3:33:75,0,33 0/0:2,0:2:6:0,6,74 0/0:.:0:.:0,0,0 0/1:1,1:2:36:36,0,36 0/0:6,0:6:18:0,18,251 0/0:4,0:4:12:0,12,135 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:4,0:4:12:0,12,167 +Reference 261500 . A C 773.16 PASS AC=17;AF=0.472;AN=36;BaseQRankSum=-0.575;DP=51;ExcessHet=0.0217;FS=1.252;InbreedingCoeff=0.2027;MLEAC=16;MLEAF=0.444;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=30.52;ReadPosRankSum=0.101;SOR=0.671 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,2:3:29:75,0,29 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/0:3,0:3:9:0,9,121 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:4,0:4:12:0,12,157 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:.:0:.:0,0,0 0/1:2,2:4:67:67,0,71 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:5,0:5:15:0,15,205 1/1:0,4:4:12:167,12,0 1/1:0,2:2:6:74,6,0 0/1:1,2:3:33:43,0,33 0/1:2,1:3:29:29,0,71 1/1:0,3:3:9:121,9,0 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/1:1,1:2:36:36,0,36 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 +Reference 262500 . A C 305.15 PASS AC=4;AF=0.100;AN=40;BaseQRankSum=1.141;DP=65;ExcessHet=0.7148;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.1789;MLEAC=5;MLEAF=0.125;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=30.52;ReadPosRankSum=-0.338;SOR=0.773 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,1:2:36:36,0,36 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:3,0:3:9:0,9,115 0/1:2,2:4:71:71,0,71 0/0:5,0:5:15:0,15,195 0/0:5,0:5:15:0,15,201 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:3,0:3:9:0,9,115 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:5,0:5:15:0,15,209 0/0:4,0:4:12:0,12,157 0/1:2,1:3:33:33,0,75 0/1:1,5:6:24:191,0,24 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:2,0:2:6:0,6,51 +Reference 263000 . A C 57.09 PASS AC=2;AF=0.053;AN=38;BaseQRankSum=-1.077;DP=50;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2660;MLEAC=1;MLEAF=0.026;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=28.54;ReadPosRankSum=-0.506;SOR=2.258 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,32 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,38 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:5,0:5:15:0,15,195 0/0:3,0:3:9:0,9,115 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:5,0:5:15:0,15,205 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:6,0:6:18:0,18,214 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:3,0:3:9:0,9,93 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:2,0:2:6:0,6,84 1/1:0,2:2:6:74,6,0 0/0:3,0:3:9:0,9,125 +Reference 263500 . A C 168.71 PASS AC=3;AF=0.079;AN=38;BaseQRankSum=-0.404;DP=62;ExcessHet=0.0000;FS=4.539;InbreedingCoeff=0.3193;MLEAC=3;MLEAF=0.079;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=28.43;ReadPosRankSum=-2.394;SOR=1.947 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,163 0/0:2,0:2:6:0,6,84 1/1:0,4:4:12:167,12,0 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:4,0:4:12:0,12,163 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:5,0:5:15:0,15,205 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:1,0:1:3:0,3,36 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:.:0:.:0,0,0 0/1:2,1:3:29:29,0,75 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:4,0:4:12:0,12,120 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:3,0:3:9:0,9,117 0/0:5,0:5:15:0,15,209 +Reference 264000 . A C 182.57 PASS AC=2;AF=0.056;AN=36;BaseQRankSum=-0.052;DP=49;ExcessHet=0.0000;FS=4.266;InbreedingCoeff=0.3771;MLEAC=2;MLEAF=0.056;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=30.83;ReadPosRankSum=-1.519;SOR=0.838 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:4,0:4:12:0,12,157 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:3,0:3:9:0,9,93 0/0:3,0:3:9:0,9,121 0/0:4,0:4:12:0,12,134 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,80 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,74 1/1:0,5:5:15:205,15,0 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:2,0:2:6:0,6,74 +Reference 264500 . A C 91.29 PASS AC=1;AF=0.026;AN=38;BaseQRankSum=-0.801;DP=53;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0077;MLEAC=1;MLEAF=0.026;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.82;ReadPosRankSum=-0.184;SOR=1.109 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:4,0:4:12:0,12,163 0/0:2,0:2:6:0,6,74 0/1:1,3:4:30:103,0,30 0/0:2,0:2:6:0,6,69 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:4,0:4:12:0,12,135 0/0:4,0:4:12:0,12,157 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:2,0:2:6:0,6,80 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:4,0:4:12:0,12,163 0/0:4,0:4:12:0,12,157 +Reference 265000 . A C 1185.82 PASS AC=25;AF=0.833;AN=30;BaseQRankSum=-0.913;DP=37;ExcessHet=0.0840;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1236;MLEAC=27;MLEAF=0.900;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=27.64;ReadPosRankSum=-1.409;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/0:.:0:.:0,0,0 0/1:3,6:9:98:224,0,98 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/0:.:0:.:0,0,0 0/1:2,2:4:71:71,0,71 0/0:.:0:.:0,0,0 1/1:0,3:3:9:125,9,0 0/1:1,1:2:26:26,0,36 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/0:.:0:.:0,0,0 1/1:0,1:1:3:32,3,0 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:.:0:.:0,0,0 1/1:0,2:2:6:84,6,0 1/1:0,1:1:3:38,3,0 1/1:0,1:1:3:42,3,0 1/1:0,2:2:6:84,6,0 1/1:0,2:2:6:84,6,0 1/1:0,1:1:3:42,3,0 +Reference 266500 . A C 1239.74 PASS AC=25;AF=0.658;AN=38;BaseQRankSum=-1.819;DP=54;ExcessHet=1.7862;FS=7.160;InbreedingCoeff=-0.2008;MLEAC=23;MLEAF=0.605;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=33.51;ReadPosRankSum=0.099;SOR=0.559 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/1:1,1:2:36:36,0,36 1/1:0,3:3:9:115,9,0 0/1:2,2:4:71:71,0,71 1/1:0,1:1:3:38,3,0 0/1:1,1:2:32:36,0,32 1/1:0,3:3:9:83,9,0 1/1:0,2:2:6:84,6,0 1/1:0,1:1:3:38,3,0 1/1:0,1:1:3:42,3,0 1/1:0,2:2:6:80,6,0 0/1:2,1:3:33:33,0,75 0/1:1,1:2:36:36,0,36 0/1:3,2:5:62:62,0,110 1/1:0,3:3:9:111,9,0 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/1:2,3:5:69:78,0,69 0/1:1,4:5:27:148,0,27 0/0:.:0:.:0,0,0 0/1:2,3:5:58:110,0,58 +Reference 267500 . A C 67.68 PASS AC=2;AF=0.059;AN=34;BaseQRankSum=0.457;DP=44;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3628;MLEAC=1;MLEAF=0.029;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=33.84;ReadPosRankSum=-0.231;SOR=0.648 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:2,0:2:6:0,6,84 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:2,0:2:6:0,6,80 0/0:5,0:5:15:0,15,209 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:3,0:3:9:0,9,121 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:2,0:2:6:0,6,80 0/0:4,0:4:12:0,12,167 +Reference 268500 . A C 221.47 PASS AC=3;AF=0.083;AN=36;BaseQRankSum=0.448;DP=59;ExcessHet=0.3892;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0077;MLEAC=4;MLEAF=0.111;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.46;ReadPosRankSum=-0.243;SOR=0.884 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,3:5:68:95,0,68 0/0:6,0:6:18:0,18,245 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:3,0:3:9:0,9,121 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:7,0:7:21:0,21,288 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:2,0:2:6:0,6,51 0/0:1,0:1:3:0,3,38 0/1:1,2:3:33:75,0,33 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:3,0:3:9:0,9,93 0/0:2,0:2:6:0,6,79 0/1:2,2:4:67:72,0,67 0/0:3,0:3:9:0,9,121 0/0:3,0:3:9:0,9,121 0/0:4,0:4:12:0,12,153 0/0:2,0:2:6:0,6,84 +Reference 269500 . A C 754.22 PASS AC=19;AF=0.500;AN=38;BaseQRankSum=0.214;DP=37;ExcessHet=0.0125;FS=4.123;InbreedingCoeff=0.0757;MLEAC=18;MLEAF=0.474;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=27.23;ReadPosRankSum=-0.717;SOR=0.833 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6:83,6,0 1/1:0,2:2:6:74,6,0 0/0:.:0:.:0,0,0 1/1:0,4:4:12:135,12,0 0/0:1,0:1:3:0,3,27 0/1:1,3:4:30:113,0,30 0/0:1,0:1:3:0,3,32 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/1:3,1:4:30:30,0,109 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/1:1,1:2:36:36,0,36 0/1:1,2:3:33:75,0,33 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:3,0:3:9:0,9,125 1/1:0,1:1:3:38,3,0 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/1:2,1:3:33:33,0,75 1/1:0,1:1:3:42,3,0 1/1:0,1:1:3:42,3,0 +Reference 270000 . A C 834.07 PASS AC=21;AF=0.525;AN=40;BaseQRankSum=0.370;DP=50;ExcessHet=0.1146;FS=1.664;InbreedingCoeff=-0.0205;MLEAC=20;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=31.92;ReadPosRankSum=0.072;SOR=0.861 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,1:6:24:24,0,159 1/1:0,1:1:3:42,3,0 1/1:0,1:1:3:42,3,0 1/1:0,3:3:9:125,9,0 1/1:0,5:5:15:177,15,0 0/0:2,0:2:6:0,6,51 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/1:1,1:2:36:36,0,36 0/0:3,0:3:9:0,9,115 0/1:1,1:2:32:32,0,36 0/0:1,0:1:3:0,3,38 0/1:2,2:4:39:39,0,72 0/0:2,0:2:6:0,6,74 0/1:2,1:3:33:33,0,43 0/1:1,1:2:36:36,0,36 0/1:2,3:5:68:106,0,68 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,38 1/1:0,1:1:3:42,3,0 1/1:0,2:2:6:47,6,0 +Reference 270500 . A C 59.32 PASS AC=1;AF=0.026;AN=38;BaseQRankSum=-1.471;DP=57;ExcessHet=0.0000;FS=3.099;InbreedingCoeff=0.0118;MLEAC=1;MLEAF=0.026;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.83;ReadPosRankSum=-1.020;SOR=2.254 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,115 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/1:2,2:4:67:71,0,67 0/0:5,0:5:15:0,15,205 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:5,0:5:15:0,15,205 0/0:4,0:4:12:0,12,130 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:8,0:8:24:0,24,334 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:3,0:3:9:0,9,121 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,80 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:1,0:1:3:0,3,42 +Reference 271000 . A C 1110.54 PASS AC=22;AF=0.733;AN=30;BaseQRankSum=-1.339;DP=37;ExcessHet=0.0010;FS=1.860;InbreedingCoeff=0.3030;MLEAC=25;MLEAF=0.833;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=31.19;ReadPosRankSum=-1.480;SOR=0.719 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9:125,9,0 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 1/1:0,2:2:6:84,6,0 1/1:0,3:3:9:85,9,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:.:0:.:0,0,0 1/1:0,1:1:3:42,3,0 1/1:0,3:3:9:125,9,0 0/0:.:0:.:0,0,0 1/1:0,2:2:6:74,6,0 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/1:2,3:5:64:110,0,64 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/1:1,3:4:30:113,0,30 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:.:0:.:0,0,0 1/1:0,2:2:6:84,6,0 +Reference 271500 . A C 207.75 PASS AC=3;AF=0.075;AN=40;BaseQRankSum=-0.408;DP=53;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1347;MLEAC=3;MLEAF=0.075;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.08;ReadPosRankSum=0.854;SOR=0.518 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:3,0:3:9:0,9,121 0/0:1,0:1:3:0,3,38 0/0:2,0:2:6:0,6,80 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:6,0:6:18:0,18,243 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/1:2,4:6:66:117,0,66 0/0:1,0:1:3:0,3,38 0/0:3,0:3:9:0,9,121 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,80 1/1:0,3:3:9:115,9,0 0/0:4,0:4:12:0,12,163 0/0:6,0:6:18:0,18,241 0/0:2,0:2:6:0,6,51 0/0:4,0:4:12:0,12,135 +Reference 272000 . A C 1252.32 PASS AC=22;AF=0.688;AN=32;BaseQRankSum=2.195;DP=45;ExcessHet=0.0003;FS=7.707;InbreedingCoeff=0.3726;MLEAC=25;MLEAF=0.781;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=33.56;ReadPosRankSum=0.368;SOR=0.086 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,42 1/1:0,5:5:15:209,15,0 0/1:2,2:4:63:72,0,63 1/1:0,4:4:12:167,12,0 1/1:0,2:2:6:80,6,0 0/0:1,0:1:3:0,3,38 1/1:0,1:1:3:32,3,0 1/1:0,3:3:9:115,9,0 1/1:0,3:3:9:125,9,0 0/1:1,1:2:36:36,0,36 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:.:0:.:0,0,0 1/1:0,3:3:9:125,9,0 0/0:2,0:2:6:0,6,80 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:4,0:4:12:0,12,163 0/0:.:0:.:0,0,0 1/1:0,2:2:6:83,6,0 1/1:0,2:2:6:74,6,0 +Reference 273000 . A C 395.94 PASS AC=8;AF=0.211;AN=38;BaseQRankSum=-0.795;DP=54;ExcessHet=4.0268;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.2995;MLEAC=10;MLEAF=0.263;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.75;ReadPosRankSum=-0.992;SOR=0.659 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,1:2:36:36,0,36 0/1:2,3:5:55:78,0,55 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,79 0/1:3,2:5:63:63,0,78 0/1:2,1:3:33:33,0,75 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/1:2,1:3:29:29,0,75 0/1:1,2:3:33:75,0,33 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:5,0:5:15:0,15,205 0/1:1,2:3:33:75,0,33 0/1:3,1:4:26:26,0,113 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:3,0:3:9:0,9,115 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:3,0:3:9:0,9,119 0/0:2,0:2:6:0,6,80 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 +Reference 274500 . A C 1283.23 PASS AC=23;AF=0.639;AN=36;BaseQRankSum=-0.981;DP=55;ExcessHet=0.0008;FS=2.772;InbreedingCoeff=0.3772;MLEAC=23;MLEAF=0.639;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=33.57;ReadPosRankSum=-0.251;SOR=0.553 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:7:21:256,21,0 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:2,0:2:6:0,6,84 1/1:0,1:1:3:36,3,0 1/1:0,3:3:9:121,9,0 0/1:1,1:2:36:36,0,36 0/1:2,1:3:23:23,0,68 0/1:1,1:2:32:32,0,32 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/0:5,0:5:15:0,15,203 0/0:5,0:5:15:0,15,205 1/1:0,2:2:6:84,6,0 1/1:0,3:3:9:89,9,0 0/0:4,0:4:12:0,12,157 1/1:0,3:3:9:121,9,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 1/1:0,7:7:21:256,21,0 0/0:.:0:.:0,0,0 1/1:0,3:3:9:121,9,0 +Reference 275000 . A C 372.92 PASS AC=7;AF=0.184;AN=38;BaseQRankSum=-0.143;DP=50;ExcessHet=0.3441;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0880;MLEAC=8;MLEAF=0.211;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=28.69;ReadPosRankSum=-1.024;SOR=0.957 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:4,0:4:12:0,12,163 0/1:5,1:6:18:18,0,177 0/1:1,3:4:30:109,0,30 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/1:2,2:4:40:40,0,72 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,42 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/1:2,1:3:33:33,0,43 0/1:1,4:5:23:152,0,23 0/0:1,0:1:3:0,3,10 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:1,0:1:3:0,3,32 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:3,0:3:9:0,9,93 +Reference 275500 . A C 200.12 PASS AC=4;AF=0.111;AN=36;BaseQRankSum=1.118;DP=53;ExcessHet=0.0113;FS=1.988;InbreedingCoeff=0.1912;MLEAC=4;MLEAF=0.111;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=28.59;ReadPosRankSum=0.229;SOR=0.540 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,10 0/0:6,0:6:18:0,18,251 0/1:3,1:4:30:30,0,109 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,84 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/1:2,3:5:68:110,0,68 0/0:3,0:3:9:0,9,121 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:2,0:2:6:0,6,69 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:6,0:6:18:0,18,208 0/0:3,0:3:9:0,9,121 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:3,0:3:9:0,9,111 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:.:0:.:0,0,0 +Reference 276000 . A C 1695.46 PASS AC=34;AF=0.850;AN=40;BaseQRankSum=1.631;DP=48;ExcessHet=0.0013;FS=2.235;InbreedingCoeff=0.1604;MLEAC=32;MLEAF=0.800;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=33.42;ReadPosRankSum=-0.120;SOR=0.495 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12:167,12,0 1/1:0,2:2:6:84,6,0 1/1:0,1:1:3:42,3,0 1/1:0,2:2:6:80,6,0 1/1:0,3:3:9:121,9,0 0/1:2,1:3:33:33,0,65 0/0:2,0:2:6:0,6,79 1/1:0,4:4:12:167,12,0 1/1:0,3:3:9:125,9,0 1/1:0,2:2:6:74,6,0 1/1:0,4:4:12:135,12,0 1/1:0,1:1:3:42,3,0 1/1:0,2:2:6:80,6,0 1/1:0,4:4:12:157,12,0 1/1:0,1:1:3:42,3,0 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/1:2,2:4:40:72,0,40 0/0:1,0:1:3:0,3,42 1/1:0,1:1:3:42,3,0 1/1:0,2:2:6:80,6,0 +Reference 276500 . A C 90.43 PASS AC=2;AF=0.050;AN=40;BaseQRankSum=0.909;DP=60;ExcessHet=0.1128;FS=6.808;InbreedingCoeff=-0.1545;MLEAC=2;MLEAF=0.050;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.61;ReadPosRankSum=-0.138;SOR=2.833 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,2:4:57:72,0,57 0/0:5,0:5:15:0,15,209 0/0:4,0:4:12:0,12,157 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:3,0:3:9:0,9,93 0/0:2,0:2:6:0,6,51 0/0:1,0:1:3:0,3,38 0/0:4,0:4:12:0,12,163 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:5,0:5:15:0,15,199 0/0:12,0:12:36:0,36,451 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/1:1,1:2:36:36,0,36 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,84 +Reference 277000 . A C 121.26 PASS AC=3;AF=0.083;AN=36;BaseQRankSum=-1.457;DP=48;ExcessHet=0.3892;FS=8.405;InbreedingCoeff=-0.0158;MLEAC=4;MLEAF=0.111;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.16;ReadPosRankSum=-1.300;SOR=1.901 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,1:3:33:33,0,71 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,79 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:3,0:3:9:0,9,93 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:4,0:4:12:0,12,163 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/1:2,2:4:71:71,0,71 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:1,0:1:3:0,3,10 0/1:2,2:4:36:36,0,72 0/0:4,0:4:12:0,12,157 0/0:2,0:2:6:0,6,84 +Reference 278000 . A C 67.30 PASS AC=2;AF=0.053;AN=38;BaseQRankSum=0.721;DP=49;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2488;MLEAC=1;MLEAF=0.026;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=33.65;ReadPosRankSum=-1.265;SOR=0.613 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,121 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:3,0:3:9:0,9,121 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:2,0:2:6:0,6,80 0/0:6,0:6:18:0,18,214 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,38 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:3,0:3:9:0,9,115 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:6,0:6:18:0,18,237 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:1,0:1:3:0,3,42 +Reference 278500 . A C 479.66 PASS AC=8;AF=0.211;AN=38;BaseQRankSum=-0.457;DP=54;ExcessHet=0.6689;FS=3.093;InbreedingCoeff=-0.0995;MLEAC=8;MLEAF=0.211;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=29.98;ReadPosRankSum=-0.454;SOR=1.314 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,119 0/1:2,1:3:33:33,0,75 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/1:1,4:5:27:142,0,27 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,51 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/1:1,3:4:30:109,0,30 0/1:1,2:3:33:75,0,33 0/1:1,1:2:32:32,0,36 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:5,0:5:15:0,15,209 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,74 0/1:2,2:4:67:71,0,67 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:3,0:3:9:0,9,121 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:2,0:2:6:0,6,51 +Reference 279000 . A C 201.54 PASS AC=3;AF=0.100;AN=30;BaseQRankSum=0.080;DP=55;ExcessHet=0.4742;FS=1.647;InbreedingCoeff=0.1394;MLEAC=4;MLEAF=0.133;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.32;ReadPosRankSum=0.394;SOR=1.230 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/1:3,3:6:99:107,0,107 0/0:5,0:5:15:0,15,209 0/0:5,0:5:15:0,15,199 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:4,0:4:12:0,12,153 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:5,0:5:15:0,15,209 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:4,0:4:12:0,12,125 0/1:2,1:3:33:33,0,75 0/1:2,3:5:69:78,0,69 0/0:2,0:2:6:0,6,78 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:5,0:5:15:0,15,209 0/0:2,0:2:6:0,6,79 +Reference 279500 . A C 40.57 PASS AC=2;AF=0.053;AN=38;BaseQRankSum=-2.396;DP=48;ExcessHet=0.1190;FS=2.483;InbreedingCoeff=-0.0535;MLEAC=3;MLEAF=0.079;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.07;ReadPosRankSum=-1.328;SOR=1.044 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,116 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/1:2,1:3:33:33,0,75 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/1:6,2:8:24:24,0,227 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:3,0:3:9:0,9,121 0/0:4,0:4:12:0,12,152 0/0:1,0:1:3:0,3,38 0/0:2,0:2:6:0,6,80 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,10 0/0:2,0:2:6:0,6,80 +Reference 280000 . A C 632.27 PASS AC=13;AF=0.361;AN=36;BaseQRankSum=-1.119;DP=48;ExcessHet=0.0378;FS=15.255;InbreedingCoeff=0.1740;MLEAC=14;MLEAF=0.389;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=31.23;ReadPosRankSum=-0.334;SOR=1.212 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:4,0:4:12:0,12,167 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:.:0:.:0,0,0 1/1:0,4:4:12:158,12,0 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/1:1,1:2:36:36,0,36 0/0:1,0:1:3:0,3,38 0/1:1,2:3:33:70,0,33 1/1:0,3:3:9:121,9,0 0/1:2,1:3:33:33,0,75 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:5,0:5:15:0,15,199 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/1:2,1:3:33:33,0,75 0/1:3,1:4:30:30,0,113 +Reference 280500 . A C 55.55 PASS AC=1;AF=0.028;AN=36;BaseQRankSum=-2.018;DP=53;ExcessHet=0.0000;FS=8.305;InbreedingCoeff=0.1101;MLEAC=1;MLEAF=0.028;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.52;ReadPosRankSum=1.481;SOR=2.259 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,78 0/0:4,0:4:12:0,12,163 0/0:5,0:5:15:0,15,198 0/0:4,0:4:12:0,12,123 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:5,0:5:15:0,15,205 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/1:1,2:3:33:67,0,33 0/0:4,0:4:12:0,12,135 0/0:2,0:2:6:0,6,80 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,74 0/0:1,0:1:3:0,3,38 0/0:5,0:5:15:0,15,177 +Reference 281500 . A C 430.21 PASS AC=8;AF=0.200;AN=40;BaseQRankSum=1.386;DP=58;ExcessHet=0.0354;FS=1.464;InbreedingCoeff=0.1224;MLEAC=7;MLEAF=0.175;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.90;ReadPosRankSum=1.883;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/1:1,2:3:33:75,0,33 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/1:2,2:4:71:71,0,71 0/0:3,0:3:9:0,9,117 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:2,0:2:6:0,6,80 0/0:2,0:2:6:0,6,84 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/0:4,0:4:12:0,12,157 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,67 0/0:3,0:3:9:0,9,110 0/0:3,0:3:9:0,9,115 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/1:2,1:3:1:1,0,75 0/1:3,4:7:99:146,0,100 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:3,0:3:9:0,9,115 0/0:3,0:3:9:0,9,89 +Reference 282000 . A C 1278.17 PASS AC=27;AF=0.711;AN=38;BaseQRankSum=-1.939;DP=53;ExcessHet=0.0012;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2965;MLEAC=25;MLEAF=0.658;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.59;ReadPosRankSum=0.399;SOR=0.667 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6:84,6,0 1/1:0,2:2:6:80,6,0 0/1:4,3:7:96:96,0,146 1/1:0,2:2:6:84,6,0 1/1:0,3:3:9:93,9,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:4,0:4:12:0,12,167 1/1:0,1:1:3:42,3,0 1/1:0,4:4:12:163,12,0 0/1:2,4:6:65:139,0,65 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/1:1,1:2:36:36,0,36 1/1:0,2:2:6:47,6,0 1/1:0,1:1:3:42,3,0 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/0:.:0:.:0,0,0 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/0:4,0:4:12:0,12,163 1/1:0,3:3:9:121,9,0 1/1:0,1:1:3:42,3,0 +Reference 282500 . A C 1021.96 PASS AC=25;AF=0.694;AN=36;BaseQRankSum=0.758;DP=42;ExcessHet=0.0665;FS=1.871;InbreedingCoeff=0.0790;MLEAC=23;MLEAF=0.639;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=27.54;ReadPosRankSum=1.035;SOR=1.022 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6:80,6,0 0/1:1,1:2:31:36,0,31 0/1:1,3:4:30:66,0,30 0/0:4,0:4:12:0,12,135 0/1:1,2:3:33:75,0,33 0/0:1,0:1:3:0,3,42 1/1:0,2:2:6:84,6,0 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/0:.:0:.:0,0,0 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/0:.:0:.:0,0,0 1/1:0,2:2:6:84,6,0 1/1:0,1:1:3:42,3,0 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/1:1,3:4:30:109,0,30 0/0:4,0:4:12:0,12,131 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/1:1,1:2:29:29,0,36 1/1:0,2:2:6:84,6,0 1/1:0,2:2:6:84,6,0 +Reference 284000 . A C 1381.03 PASS AC=23;AF=0.575;AN=40;BaseQRankSum=-0.345;DP=58;ExcessHet=0.0001;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.4047;MLEAC=22;MLEAF=0.550;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=36.09;ReadPosRankSum=-1.058;SOR=0.839 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:3,0:3:9:0,9,125 1/1:0,2:2:6:74,6,0 1/1:0,3:3:9:121,9,0 1/1:0,4:4:12:131,12,0 1/1:0,3:3:9:125,9,0 0/0:2,0:2:6:0,6,80 1/1:0,2:2:6:84,6,0 1/1:0,4:4:12:167,12,0 1/1:0,1:1:3:38,3,0 0/0:3,0:3:9:0,9,125 1/1:0,3:3:9:121,9,0 0/1:1,1:2:32:36,0,32 0/1:4,1:5:27:27,0,152 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/1:1,4:5:27:152,0,27 1/1:0,5:5:15:209,15,0 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/0:2,0:2:6:0,6,77 +Reference 284500 . A C 62.98 PASS AC=1;AF=0.025;AN=40;BaseQRankSum=0.602;DP=55;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.1189;MLEAC=1;MLEAF=0.025;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.99;ReadPosRankSum=1.001;SOR=0.619 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:4,0:4:12:0,12,163 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/1:1,2:3:33:75,0,33 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:4,0:4:12:0,12,130 0/0:1,0:1:3:0,3,38 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:5,0:5:15:0,15,209 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:4,0:4:12:0,12,156 0/0:3,0:3:9:0,9,106 0/0:3,0:3:9:0,9,125 +Reference 285500 . A C 60.88 PASS AC=1;AF=0.026;AN=38;BaseQRankSum=0.762;DP=44;ExcessHet=0.0000;FS=3.150;InbreedingCoeff=-0.0272;MLEAC=1;MLEAF=0.026;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.22;ReadPosRankSum=1.804;SOR=2.140 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,93 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:1,0:1:3:0,3,38 0/1:2,2:4:72:72,0,72 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:3,0:3:9:0,9,117 0/0:5,0:5:15:0,15,205 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:4,0:4:12:0,12,159 0/0:2,0:2:6:0,6,79 0/0:1,0:1:3:0,3,32 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:3,0:3:9:0,9,125 +Reference 286000 . A C 63.06 PASS AC=2;AF=0.056;AN=36;BaseQRankSum=-0.527;DP=58;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3736;MLEAC=1;MLEAF=0.028;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=31.53;ReadPosRankSum=-1.300;SOR=2.290 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,125 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:5,0:5:15:0,15,209 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:7,0:7:21:0,21,256 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:5,0:5:15:0,15,199 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:5,0:5:15:0,15,188 0/0:3,0:3:9:0,9,93 0/0:5,0:5:15:0,15,177 0/0:3,0:3:9:0,9,121 0/0:4,0:4:12:0,12,147 1/1:0,2:2:6:80,6,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 +Reference 287000 . A C 56.81 PASS AC=2;AF=0.050;AN=40;BaseQRankSum=-0.894;DP=53;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1871;MLEAC=1;MLEAF=0.025;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=28.41;ReadPosRankSum=0.471;SOR=1.477 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:1,0:1:3:0,3,38 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:3,0:3:9:0,9,107 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,51 0/0:5,0:5:15:0,15,173 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:2,0:2:6:0,6,80 0/0:2,0:2:6:0,6,51 0/0:2,0:2:6:0,6,80 1/1:0,2:2:6:74,6,0 0/0:6,0:6:18:0,18,251 0/0:5,0:5:15:0,15,177 0/0:1,0:1:3:0,3,42 +Reference 287500 . A C 746.16 PASS AC=15;AF=0.417;AN=36;BaseQRankSum=0.921;DP=47;ExcessHet=0.0261;FS=3.051;InbreedingCoeff=0.1763;MLEAC=15;MLEAF=0.417;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=27.76;ReadPosRankSum=0.915;SOR=1.300 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,69 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/1:1,2:3:33:70,0,33 1/1:0,3:3:9:125,9,0 0/0:4,0:4:12:0,12,147 0/1:1,1:2:32:36,0,32 0/1:1,2:3:23:75,0,23 0/0:.:0:.:0,0,0 1/1:0,1:1:3:42,3,0 1/1:0,2:2:6:80,6,0 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/1:3,1:4:30:30,0,103 1/1:0,3:3:9:121,9,0 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:2,0:2:6:0,6,75 0/1:1,4:5:27:138,0,27 0/0:2,0:2:6:0,6,51 0/0:3,0:3:9:0,9,125 +Reference 288500 . A C 156.11 PASS AC=2;AF=0.050;AN=40;BaseQRankSum=-0.526;DP=53;ExcessHet=0.1128;FS=1.960;InbreedingCoeff=-0.1525;MLEAC=2;MLEAF=0.050;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.61;ReadPosRankSum=0.853;SOR=1.711 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,79 0/1:3,3:6:99:103,0,107 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,80 0/0:5,0:5:15:0,15,209 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:4,0:4:12:0,12,135 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,74 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:2,0:2:6:0,6,74 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/1:2,2:4:71:71,0,71 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,77 +Reference 289000 . A C 93.73 PASS AC=2;AF=0.056;AN=36;BaseQRankSum=0.806;DP=58;ExcessHet=0.1259;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0687;MLEAC=3;MLEAF=0.083;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=31.24;ReadPosRankSum=1.836;SOR=1.061 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:4,0:4:12:0,12,159 0/0:4,0:4:12:0,12,157 0/0:3,0:3:8:0,8,61 0/1:1,2:3:33:75,0,33 0/0:4,0:4:12:0,12,163 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:7,0:7:21:0,21,292 0/0:1,0:1:3:0,3,38 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:3,0:3:9:0,9,115 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/1:1,1:2:36:36,0,36 0/0:2,0:2:6:0,6,51 0/0:.:0:.:0,0,0 +Reference 289500 . A C 917.86 PASS AC=20;AF=0.588;AN=34;BaseQRankSum=-0.397;DP=43;ExcessHet=0.0086;FS=3.471;InbreedingCoeff=0.2412;MLEAC=21;MLEAF=0.618;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=30.63;ReadPosRankSum=-1.052;SOR=1.220 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:5,0:5:15:0,15,173 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:.:0:.:0,0,0 1/1:0,1:1:3:30,3,0 1/1:0,3:3:9:125,9,0 0/0:5,0:5:15:0,15,205 1/1:0,2:2:6:80,6,0 1/1:0,2:2:6:74,6,0 1/1:0,3:3:9:125,9,0 1/1:0,2:2:6:51,6,0 0/1:1,2:3:33:65,0,33 0/1:1,1:2:36:36,0,36 1/1:0,4:4:12:163,12,0 0/1:2,1:3:33:33,0,75 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/0:1,0:1:3:0,3,38 0/1:1,2:3:33:75,0,33 +Reference 290000 . A C 402.73 PASS AC=8;AF=0.222;AN=36;BaseQRankSum=0.977;DP=49;ExcessHet=0.0004;FS=9.500;InbreedingCoeff=0.3268;MLEAC=8;MLEAF=0.222;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=30.98;ReadPosRankSum=0.420;SOR=1.657 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:4,0:4:12:0,12,135 0/0:4,0:4:12:0,12,163 0/0:3,0:3:9:0,9,111 0/1:2,2:4:67:67,0,67 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:.:0:.:0,0,0 1/1:0,5:5:15:209,15,0 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:2,0:2:6:0,6,84 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/1:2,2:4:40:72,0,40 0/0:4,0:4:12:0,12,161 0/0:2,0:2:6:0,6,74 +Reference 290500 . A C 54.89 PASS AC=1;AF=0.031;AN=32;BaseQRankSum=-1.266;DP=42;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1859;MLEAC=1;MLEAF=0.031;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.30;ReadPosRankSum=0.031;SOR=0.436 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:15:0,15,173 0/0:2,0:2:6:0,6,79 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,51 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:.:0:.:0,0,0 0/1:1,2:3:33:65,0,33 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:3,0:3:9:0,9,121 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:5,0:5:15:0,15,209 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:3,0:3:9:0,9,121 0/0:3,0:3:9:0,9,125 +Reference 291000 . A C 289.63 PASS AC=6;AF=0.150;AN=40;BaseQRankSum=-0.454;DP=51;ExcessHet=0.0013;FS=1.983;InbreedingCoeff=0.1799;MLEAC=6;MLEAF=0.150;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=32.18;ReadPosRankSum=0.663;SOR=0.349 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:6,0:6:18:0,18,251 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,38 0/1:1,2:3:33:65,0,33 0/0:6,0:6:18:0,18,243 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,42 1/1:0,4:4:12:135,12,0 0/0:4,0:4:12:0,12,135 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:4,0:4:12:0,12,163 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,76 0/1:1,1:2:32:36,0,32 +Reference 291500 . A C 101.75 PASS AC=1;AF=0.028;AN=36;BaseQRankSum=0.907;DP=52;ExcessHet=0.0000;FS=2.258;InbreedingCoeff=0.0979;MLEAC=1;MLEAF=0.028;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.44;ReadPosRankSum=1.513;SOR=1.034 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:15:0,15,191 0/1:1,3:4:30:113,0,30 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:3,0:3:9:0,9,121 0/0:2,0:2:6:0,6,51 0/0:3,0:3:9:0,9,115 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:5,0:5:15:0,15,173 0/0:1,0:1:3:0,3,32 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:2,0:2:6:0,6,83 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:4,0:4:12:0,12,142 +Reference 292000 . A C 101.30 PASS AC=1;AF=0.029;AN=34;BaseQRankSum=0.615;DP=45;ExcessHet=0.0000;FS=10.726;InbreedingCoeff=0.1452;MLEAC=1;MLEAF=0.029;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.32;ReadPosRankSum=-1.527;SOR=2.814 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:5,0:5:15:0,15,209 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:4,0:4:12:0,12,157 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/1:1,3:4:20:112,0,20 0/0:4,0:4:12:0,12,153 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:3,0:3:9:0,9,125 +Reference 292500 . A C 88.89 PASS AC=3;AF=0.079;AN=38;BaseQRankSum=-0.375;DP=58;ExcessHet=0.0000;FS=6.335;InbreedingCoeff=0.1842;MLEAC=3;MLEAF=0.079;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.22;ReadPosRankSum=0.471;SOR=2.821 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:3,0:3:9:0,9,117 0/1:2,2:4:71:71,0,71 1/1:0,1:1:3:38,3,0 0/0:3,0:3:9:0,9,121 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:5,0:5:15:0,15,201 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:2,0:2:6:0,6,70 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:3,0:3:9:0,9,121 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:3,0:3:9:0,9,121 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:3,0:3:9:0,9,121 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:5,0:5:15:0,15,209 0/0:4,0:4:12:0,12,163 +Reference 293000 . A C 96.95 PASS AC=4;AF=0.111;AN=36;BaseQRankSum=-0.524;DP=50;ExcessHet=0.0113;FS=2.674;InbreedingCoeff=0.2042;MLEAC=3;MLEAF=0.083;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=32.16;ReadPosRankSum=1.011;SOR=1.270 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,1:3:1:1,0,75 0/0:3,0:3:9:0,9,121 0/0:5,0:5:15:0,15,177 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:.:0:.:0,0,0 0/1:2,1:3:33:33,0,43 0/0:2,0:2:6:0,6,68 0/0:3,0:3:9:0,9,120 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,84 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:7,0:7:21:0,21,250 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,39 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:1,0:1:3:0,3,42 +Reference 293500 . A C 306.89 PASS AC=5;AF=0.147;AN=34;BaseQRankSum=0.612;DP=61;ExcessHet=0.0642;FS=3.596;InbreedingCoeff=0.1650;MLEAC=5;MLEAF=0.147;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.92;ReadPosRankSum=0.405;SOR=1.170 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:4,0:4:12:0,12,162 0/0:6,0:6:18:0,18,247 0/0:4,0:4:12:0,12,166 0/0:4,0:4:12:0,12,163 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:3,0:3:9:0,9,89 0/0:4,0:4:12:0,12,152 0/1:2,3:5:68:110,0,68 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/1:2,3:5:68:106,0,68 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:4,0:4:12:0,12,131 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/1:2,2:4:72:72,0,72 0/0:4,0:4:12:0,12,163 +Reference 294000 . A C 2204.77 PASS AC=34;AF=0.944;AN=36;BaseQRankSum=1.049;DP=56;ExcessHet=0.1259;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0603;MLEAC=35;MLEAF=0.972;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.67;ReadPosRankSum=0.802;SOR=0.770 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12:125,12,0 1/1:0,3:3:9:125,9,0 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/0:.:0:.:0,0,0 1/1:0,3:3:9:121,9,0 0/0:.:0:.:0,0,0 1/1:0,4:4:12:167,12,0 1/1:0,3:3:9:125,9,0 1/1:0,2:2:6:84,6,0 1/1:0,1:1:3:42,3,0 1/1:0,4:4:12:163,12,0 1/1:0,6:6:18:241,18,0 1/1:0,1:1:3:42,3,0 1/1:0,3:3:9:121,9,0 1/1:0,4:4:12:163,12,0 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/1:1,2:3:33:43,0,33 1/1:0,4:4:12:167,12,0 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/1:1,3:4:25:109,0,25 +Reference 294500 . A C 196.67 PASS AC=4;AF=0.118;AN=34;BaseQRankSum=-0.663;DP=56;ExcessHet=0.0128;FS=12.739;InbreedingCoeff=0.2689;MLEAC=4;MLEAF=0.118;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=32.78;ReadPosRankSum=1.129;SOR=3.909 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:6,0:6:18:0,18,251 0/0:2,0:2:6:0,6,76 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:5,0:5:15:0,15,173 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/1:1,2:3:33:75,0,33 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:5,0:5:15:0,15,177 0/0:1,0:1:3:0,3,38 0/0:4,0:4:12:0,12,157 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:6,0:6:18:0,18,229 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/1:1,1:2:36:36,0,36 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:.:0:.:0,0,0 1/1:0,3:3:9:111,9,0 +Reference 295500 . A C 128.40 PASS AC=3;AF=0.083;AN=36;BaseQRankSum=-0.951;DP=49;ExcessHet=0.3892;FS=8.502;InbreedingCoeff=-0.0300;MLEAC=4;MLEAF=0.111;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.40;ReadPosRankSum=0.330;SOR=1.886 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:7,0:7:21:0,21,250 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/1:1,2:3:33:71,0,33 0/1:2,1:3:33:33,0,71 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/1:1,2:3:33:43,0,33 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:4,0:4:12:0,12,159 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:4,0:4:12:0,12,135 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:5,0:5:15:0,15,205 0/0:3,0:3:9:0,9,93 0/0:3,0:3:9:0,9,93 +Reference 296000 . A C 888.72 PASS AC=20;AF=0.556;AN=36;BaseQRankSum=-0.979;DP=50;ExcessHet=0.0042;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3774;MLEAC=19;MLEAF=0.528;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=32.18;ReadPosRankSum=-0.331;SOR=0.629 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:.:0:.:0,0,0 1/1:0,3:3:9:125,9,0 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/1:1,3:4:30:113,0,30 1/1:0,1:1:3:42,3,0 1/1:0,2:2:6:74,6,0 0/1:1,2:3:1:75,0,1 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,84 1/1:0,2:2:6:80,6,0 1/1:0,2:2:6:51,6,0 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:4,0:4:12:0,12,163 0/1:2,1:3:18:18,0,75 0/1:2,1:3:1:1,0,71 1/1:0,4:4:12:135,12,0 +Reference 296500 . A C 280.87 PASS AC=5;AF=0.147;AN=34;BaseQRankSum=0.414;DP=45;ExcessHet=0.0642;FS=4.467;InbreedingCoeff=0.1510;MLEAC=6;MLEAF=0.176;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=28.65;ReadPosRankSum=1.515;SOR=2.331 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,121 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:5,0:5:15:0,15,199 1/1:0,5:5:15:199,15,0 0/1:1,1:2:36:36,0,36 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/1:2,1:3:33:33,0,71 0/1:1,1:2:36:36,0,36 0/0:3,0:3:9:0,9,107 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:2,0:2:6:0,6,74 0/0:1,0:1:3:0,3,42 +Reference 298000 . A C 63.29 PASS AC=2;AF=0.053;AN=38;BaseQRankSum=-1.400;DP=46;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2481;MLEAC=1;MLEAF=0.026;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=31.64;ReadPosRankSum=-1.737;SOR=1.911 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,80 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:2,0:2:5:0,5,19 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:1,0:1:3:0,3,35 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:1,0:1:3:0,3,38 0/0:2,0:2:6:0,6,83 0/0:3,0:3:9:0,9,125 1/1:0,2:2:6:80,6,0 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:.:0:.:0,0,0 +Reference 299000 . A C 64.25 PASS AC=1;AF=0.031;AN=32;BaseQRankSum=0.624;DP=51;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2399;MLEAC=1;MLEAF=0.031;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.42;ReadPosRankSum=-1.416;SOR=0.291 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:5,0:5:15:0,15,209 0/0:5,0:5:15:0,15,177 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:.:0:.:0,0,0 0/1:1,2:3:33:75,0,33 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:4,0:4:12:0,12,163 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:4,0:4:12:0,12,163 0/0:2,0:2:6:0,6,79 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:5,0:5:15:0,15,199 0/0:1,0:1:3:0,3,38 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:2,0:2:6:0,6,80 0/0:.:0:.:0,0,0 +Reference 299500 . A C 328.72 PASS AC=8;AF=0.222;AN=36;BaseQRankSum=-0.480;DP=51;ExcessHet=0.0004;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3523;MLEAC=8;MLEAF=0.222;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=28.33;ReadPosRankSum=2.243;SOR=0.648 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,80 0/0:7,0:7:21:0,21,260 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,84 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,51 0/0:1,0:1:3:0,3,42 1/1:0,4:4:12:159,12,0 0/0:4,0:4:12:0,12,163 0/0:3,0:3:9:0,9,118 0/0:.:0:.:0,0,0 0/1:1,1:2:36:36,0,36 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/1:3,1:4:30:30,0,109 1/1:0,3:3:9:93,9,0 0/0:3,0:3:9:0,9,92 0/0:5,0:5:15:0,15,199 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:4,0:4:12:0,12,163 +Reference 300000 . A C 58.88 PASS AC=1;AF=0.028;AN=36;BaseQRankSum=0.584;DP=50;ExcessHet=0.0000;FS=3.081;InbreedingCoeff=0.0870;MLEAC=1;MLEAF=0.028;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.63;ReadPosRankSum=-0.645;SOR=2.303 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,80 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:4,0:4:12:0,12,163 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:5,0:5:15:0,15,209 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:5,0:5:15:0,15,177 0/0:4,0:4:12:0,12,163 0/0:.:0:.:0,0,0 0/1:1,2:3:33:70,0,33 0/0:2,0:2:6:0,6,79 0/0:5,0:5:15:0,15,177 +Reference 301000 . A C 859.73 PASS AC=21;AF=0.583;AN=36;BaseQRankSum=0.771;DP=44;ExcessHet=0.0261;FS=1.768;InbreedingCoeff=0.1573;MLEAC=20;MLEAF=0.556;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=28.36;ReadPosRankSum=1.277;SOR=0.117 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,1:3:33:33,0,75 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/0:2,0:2:6:0,6,84 1/1:0,2:2:6:84,6,0 1/1:0,1:1:3:42,3,0 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:2,0:2:6:0,6,84 1/1:0,2:2:6:74,6,0 0/1:1,1:2:36:36,0,36 1/1:0,3:3:9:115,9,0 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:4,0:4:12:0,12,159 0/0:3,0:3:9:0,9,120 1/1:0,1:1:3:35,3,0 0/1:3,3:6:88:107,0,88 0/1:1,2:3:33:75,0,33 0/0:.:0:.:0,0,0 0/1:1,1:2:36:36,0,36 1/1:0,2:2:6:84,6,0 +Reference 302000 . A C 1724.24 PASS AC=32;AF=0.889;AN=36;BaseQRankSum=0.852;DP=47;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.4045;MLEAC=32;MLEAF=0.889;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=31.73;ReadPosRankSum=0.265;SOR=0.264 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,1:1:3:42,3,0 1/1:0,3:3:9:121,9,0 0/0:2,0:2:6:0,6,80 1/1:0,3:3:9:125,9,0 1/1:0,1:1:3:42,3,0 1/1:0,2:2:6:84,6,0 1/1:0,1:1:3:10,3,0 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:.:0:.:0,0,0 1/1:0,2:2:6:84,6,0 1/1:0,5:5:15:209,15,0 1/1:0,5:5:15:209,15,0 1/1:0,1:1:3:42,3,0 1/1:0,3:3:9:121,9,0 0/0:.:0:.:0,0,0 1/1:0,3:3:9:125,9,0 1/1:0,2:2:6:84,6,0 1/1:0,1:1:3:42,3,0 1/1:0,2:2:6:84,6,0 1/1:0,5:5:15:177,15,0 +Reference 304000 . A C 681.89 PASS AC=10;AF=0.278;AN=36;BaseQRankSum=1.281;DP=54;ExcessHet=0.0192;FS=6.967;InbreedingCoeff=0.2091;MLEAC=11;MLEAF=0.306;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=30.99;ReadPosRankSum=-0.096;SOR=1.408 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:7,0:7:21:0,21,292 0/1:1,2:3:33:71,0,33 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/1:1,2:3:23:75,0,23 0/1:1,3:4:30:113,0,30 0/0:3,0:3:9:0,9,115 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,80 0/0:1,0:1:3:0,3,42 1/1:0,3:3:9:125,9,0 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:3,0:3:9:0,9,125 1/1:0,5:5:15:209,15,0 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:3,0:3:9:0,9,93 0/1:2,2:4:72:72,0,72 0/0:3,0:3:9:0,9,93 0/0:2,0:2:6:0,6,80 +Reference 304500 . A C 58.96 PASS AC=2;AF=0.059;AN=34;BaseQRankSum=-1.546;DP=35;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2649;MLEAC=2;MLEAF=0.059;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=29.48;ReadPosRankSum=-0.989;SOR=1.888 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,115 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:5,0:5:15:0,15,205 0/0:1,0:1:3:0,3,42 1/1:0,2:2:6:74,6,0 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,38 0/0:1,0:1:3:0,3,38 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,42 +Reference 305000 . A C 278.89 PASS AC=5;AF=0.132;AN=38;BaseQRankSum=0.427;DP=49;ExcessHet=0.0506;FS=15.194;InbreedingCoeff=0.0968;MLEAC=6;MLEAF=0.158;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=31.55;ReadPosRankSum=0.512;SOR=1.731 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:4,0:4:12:0,12,156 0/1:1,1:2:36:36,0,36 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/1:1,2:3:33:75,0,33 1/1:0,4:4:12:163,12,0 0/0:2,0:2:6:0,6,51 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:4,0:4:12:0,12,135 0/0:2,0:2:6:0,6,76 0/1:2,1:3:33:33,0,75 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:4,0:4:12:0,12,158 0/0:4,0:4:12:0,12,131 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:1,0:1:3:0,3,42 +Reference 306000 . A C 96.88 PASS AC=3;AF=0.079;AN=38;BaseQRankSum=0.683;DP=60;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2516;MLEAC=3;MLEAF=0.079;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=30.45;ReadPosRankSum=0.597;SOR=1.118 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:6,0:6:18:0,18,251 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,74 0/0:1,0:1:3:0,3,34 0/0:3,0:3:9:0,9,121 0/0:1,0:1:3:0,3,34 0/0:6,0:6:18:0,18,251 0/0:4,0:4:12:0,12,163 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:2,0:2:6:0,6,51 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:5,0:5:15:0,15,209 0/1:1,1:2:36:36,0,36 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:5,0:5:15:0,15,209 0/0:3,0:3:9:0,9,93 0/0:1,0:1:3:0,3,42 +Reference 306500 . A C 495.68 PASS AC=10;AF=0.294;AN=34;BaseQRankSum=-0.528;DP=40;ExcessHet=0.0249;FS=4.786;InbreedingCoeff=0.1526;MLEAC=11;MLEAF=0.324;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=29.30;ReadPosRankSum=-1.514;SOR=1.329 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,1:2:36:36,0,36 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:1,0:1:3:0,3,10 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:1,0:1:3:0,3,38 0/0:3,0:3:9:0,9,125 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/1:1,3:4:30:103,0,30 0/0:2,0:2:6:0,6,84 1/1:0,4:4:12:167,12,0 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:2,0:2:6:0,6,84 1/1:0,1:1:3:32,3,0 0/0:2,0:2:6:0,6,80 0/1:2,1:3:23:23,0,71 0/1:1,3:4:15:109,0,15 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,84 +Reference 307000 . A C 56.07 PASS AC=1;AF=0.028;AN=36;BaseQRankSum=-0.682;DP=46;ExcessHet=0.0000;FS=6.532;InbreedingCoeff=0.0714;MLEAC=1;MLEAF=0.028;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.02;ReadPosRankSum=-0.524;SOR=2.279 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:5,0:5:15:0,15,198 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:3,0:3:9:0,9,115 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/1:2,2:4:67:67,0,72 0/0:2,0:2:6:0,6,51 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:5,0:5:15:0,15,205 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:3,0:3:9:0,9,93 0/0:3,0:3:9:0,9,121 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:1,0:1:3:0,3,32 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:4,0:4:12:0,12,131 +Reference 309500 . A C 33.61 PASS AC=2;AF=0.053;AN=38;BaseQRankSum=-1.300;DP=57;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3127;MLEAC=1;MLEAF=0.026;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.80;ReadPosRankSum=-0.210;SOR=0.586 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:15:0,15,209 0/0:3,0:3:9:0,9,115 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:3,0:3:9:0,9,115 0/0:4,0:4:12:0,12,135 0/0:1,0:1:3:0,3,42 1/1:0,2:2:6:51,6,0 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:2,0:2:6:0,6,76 0/0:6,0:6:18:0,18,214 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:4,0:4:12:0,12,135 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:3,0:3:9:0,9,115 0/0:2,0:2:6:0,6,84 +Reference 310000 . A C 837.35 PASS AC=18;AF=0.500;AN=36;BaseQRankSum=-1.196;DP=51;ExcessHet=0.0000;FS=1.377;InbreedingCoeff=0.4164;MLEAC=16;MLEAF=0.444;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=30.48;ReadPosRankSum=0.020;SOR=1.561 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/1:1,4:5:27:148,0,27 0/0:2,0:2:6:0,6,80 0/0:5,0:5:15:0,15,209 0/1:3,2:5:68:68,0,106 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,84 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:1,0:1:3:0,3,42 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/0:7,0:7:21:0,21,288 1/1:0,5:5:15:173,15,0 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/0:2,0:2:6:0,6,84 1/1:0,3:3:9:125,9,0 1/1:0,1:1:3:38,3,0 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/0:.:0:.:0,0,0 +Reference 311000 . A C 631.43 PASS AC=14;AF=0.389;AN=36;BaseQRankSum=0.789;DP=40;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3276;MLEAC=14;MLEAF=0.389;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=29.74;ReadPosRankSum=0.646;SOR=0.751 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,1:1:3:42,3,0 1/1:0,1:1:3:42,3,0 1/1:0,1:1:3:42,3,0 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/1:2,1:3:33:33,0,74 0/0:.:0:.:0,0,0 0/1:1,1:2:36:36,0,36 0/0:1,0:1:3:0,3,10 1/1:0,5:5:15:199,15,0 0/0:1,0:1:3:0,3,38 0/0:2,0:2:6:0,6,74 0/0:1,0:1:3:0,3,31 0/0:2,0:2:6:0,6,51 1/1:0,4:4:12:163,12,0 0/0:3,0:3:9:0,9,121 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:3,1:4:2:0,2,116 0/0:3,0:3:9:0,9,125 +Reference 311500 . A C 843.47 PASS AC=15;AF=0.395;AN=38;BaseQRankSum=-0.031;DP=61;ExcessHet=0.2330;FS=2.743;InbreedingCoeff=0.0368;MLEAC=15;MLEAF=0.395;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=32.31;ReadPosRankSum=-0.629;SOR=0.563 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,84 1/1:0,1:1:3:42,3,0 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/1:1,1:2:36:36,0,36 0/0:2,0:2:6:0,6,51 0/1:1,6:7:22:166,0,22 0/0:.:0:.:0,0,0 0/1:1,2:3:33:43,0,33 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/1:3,1:4:26:26,0,103 1/1:0,5:5:15:205,15,0 0/0:5,0:5:15:0,15,173 0/1:1,3:4:30:109,0,30 0/0:3,0:3:9:0,9,121 0/0:1,0:1:3:0,3,27 0/0:4,0:4:12:0,12,157 0/1:4,1:5:27:27,0,142 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/1:1,1:2:36:36,0,36 +Reference 312000 . A C 68.08 PASS AC=2;AF=0.059;AN=34;BaseQRankSum=0.761;DP=45;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3385;MLEAC=2;MLEAF=0.059;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=34.04;ReadPosRankSum=0.254;SOR=2.259 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,121 0/0:4,0:4:12:0,12,150 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:4,0:4:12:0,12,147 0/0:.:0:.:0,0,0 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/0:6,0:6:18:0,18,251 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,38 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:5,0:5:15:0,15,205 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:4,0:4:12:0,12,159 0/0:2,0:2:6:0,6,51 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:.:0:.:0,0,0 +Reference 312500 . A C 1294.85 PASS AC=25;AF=0.735;AN=34;BaseQRankSum=-1.646;DP=46;ExcessHet=0.0051;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2791;MLEAC=26;MLEAF=0.765;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=30.20;ReadPosRankSum=0.042;SOR=0.412 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,84 1/1:0,2:2:6:84,6,0 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/0:.:0:.:0,0,0 1/1:0,3:3:9:125,9,0 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/1:1,1:2:36:36,0,36 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/0:3,0:3:9:0,9,116 1/1:0,3:3:9:93,9,0 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:.:0:.:0,0,0 1/1:0,3:3:9:93,9,0 1/1:0,3:3:8:61,8,0 0/1:1,2:3:33:71,0,33 1/1:0,2:2:6:80,6,0 1/1:0,3:3:9:115,9,0 0/1:1,4:5:27:148,0,27 1/1:0,4:4:12:163,12,0 +Reference 313000 . A C 655.65 PASS AC=16;AF=0.421;AN=38;BaseQRankSum=-1.003;DP=55;ExcessHet=0.0026;FS=3.227;InbreedingCoeff=0.2790;MLEAC=14;MLEAF=0.368;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=29.87;ReadPosRankSum=-1.894;SOR=0.746 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,160 0/0:3,0:3:9:0,9,115 1/1:0,1:1:3:42,3,0 1/1:0,1:1:3:42,3,0 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/1:1,1:2:35:36,0,35 0/0:.:0:.:0,0,0 0/1:2,1:3:33:33,0,75 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/0:3,0:3:9:0,9,125 1/1:0,7:7:20:220,20,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/1:4,1:5:23:23,0,152 0/0:6,0:6:18:0,18,218 0/0:2,0:2:6:0,6,74 0/1:1,2:3:33:69,0,33 0/0:2,0:2:6:0,6,84 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/0:4,0:4:12:0,12,157 +Reference 314500 . A C 210.15 PASS AC=3;AF=0.088;AN=34;BaseQRankSum=0.176;DP=52;ExcessHet=0.0000;FS=1.785;InbreedingCoeff=0.3274;MLEAC=3;MLEAF=0.088;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.27;ReadPosRankSum=0.073;SOR=1.267 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:3,0:3:9:0,9,121 1/1:0,4:4:12:167,12,0 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:5,0:5:15:0,15,209 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:1,0:1:3:0,3,10 0/0:1,0:1:3:0,3,38 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:7,0:7:21:0,21,278 0/1:2,2:4:67:67,0,71 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:3,0:3:9:0,9,115 0/0:2,0:2:6:0,6,51 0/0:5,0:5:15:0,15,205 0/0:.:0:.:0,0,0 +Reference 315000 . A C 60.07 PASS AC=1;AF=0.026;AN=38;BaseQRankSum=0.671;DP=56;ExcessHet=0.0000;FS=3.112;InbreedingCoeff=0.0251;MLEAC=1;MLEAF=0.026;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.02;ReadPosRankSum=0.596;SOR=2.257 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,121 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:4,0:4:12:0,12,149 0/0:5,0:5:15:0,15,177 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:1,0:1:3:0,3,32 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/1:2,2:4:67:72,0,67 0/0:3,0:3:9:0,9,93 0/0:2,0:2:6:0,6,79 0/0:3,0:3:9:0,9,121 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:4,0:4:12:0,12,165 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:.:0:.:0,0,0 +Reference 315500 . A C 237.50 PASS AC=2;AF=0.053;AN=38;BaseQRankSum=0.213;DP=60;ExcessHet=0.1190;FS=1.582;InbreedingCoeff=-0.0337;MLEAC=2;MLEAF=0.053;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.39;ReadPosRankSum=0.025;SOR=0.894 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,2:3:33:64,0,33 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:5,0:5:15:0,15,194 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:4,0:4:12:0,12,162 0/0:4,0:4:12:0,12,157 0/0:3,0:3:9:0,9,121 0/0:4,0:4:12:0,12,163 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:6,0:6:18:0,18,212 0/0:2,0:2:6:0,6,80 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/1:1,5:6:24:191,0,24 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,38 +Reference 316000 . A C 173.04 PASS AC=2;AF=0.063;AN=32;BaseQRankSum=1.267;DP=46;ExcessHet=0.1424;FS=8.743;InbreedingCoeff=0.1470;MLEAC=3;MLEAF=0.094;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.72;ReadPosRankSum=0.397;SOR=3.241 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:4,0:4:12:0,12,135 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:4,0:4:12:0,12,163 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:1,0:1:3:0,3,38 0/0:3,0:3:9:0,9,115 0/0:2,0:2:6:0,6,51 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:4,0:4:12:0,12,125 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:5,0:5:15:0,15,198 0/0:3,0:3:9:0,9,118 0/1:1,3:4:30:113,0,30 0/1:1,2:3:33:75,0,33 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:.:0:.:0,0,0 +Reference 316500 . A C 63.29 PASS AC=2;AF=0.056;AN=36;BaseQRankSum=-0.910;DP=49;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3364;MLEAC=1;MLEAF=0.028;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=31.64;ReadPosRankSum=-0.774;SOR=0.613 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,66 0/0:2,0:2:6:0,6,80 0/0:2,0:2:6:0,6,74 0/0:3,0:3:9:0,9,93 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:.:0:.:0,0,0 1/1:0,2:2:6:80,6,0 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:5,0:5:15:0,15,209 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:5,0:5:15:0,15,209 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:4,0:4:12:0,12,133 +Reference 317500 . A C 268.44 PASS AC=5;AF=0.132;AN=38;BaseQRankSum=0.342;DP=54;ExcessHet=0.0506;FS=3.998;InbreedingCoeff=0.1221;MLEAC=5;MLEAF=0.132;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=31.30;ReadPosRankSum=-0.994;SOR=1.828 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:2,0:2:6:0,6,51 0/0:.:0:.:0,0,0 0/1:1,1:2:36:36,0,36 0/1:1,2:3:33:65,0,33 0/0:6,0:6:18:0,18,237 0/0:2,0:2:6:0,6,84 1/1:0,4:4:12:167,12,0 0/1:3,1:4:30:30,0,109 0/0:2,0:2:6:0,6,74 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:3,0:3:9:0,9,118 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:4,0:4:12:0,12,131 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,84 +Reference 320500 . A C 1760.65 PASS AC=28;AF=0.778;AN=36;BaseQRankSum=0.910;DP=57;ExcessHet=0.0499;FS=3.456;InbreedingCoeff=0.1590;MLEAC=29;MLEAF=0.806;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=29.27;ReadPosRankSum=0.103;SOR=0.941 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/1:4,1:5:27:27,0,142 1/1:0,1:1:3:38,3,0 1/1:0,3:3:9:93,9,0 1/1:0,4:4:12:167,12,0 0/0:.:0:.:0,0,0 1/1:0,2:2:6:78,6,0 1/1:0,5:5:15:209,15,0 1/1:0,6:6:18:241,18,0 1/1:0,4:4:12:135,12,0 0/0:2,0:2:6:0,6,69 0/1:1,2:3:33:75,0,33 0/0:.:0:.:0,0,0 1/1:0,2:2:6:79,6,0 0/1:1,2:3:29:71,0,29 1/1:0,4:4:12:163,12,0 1/1:0,3:3:9:115,9,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 1/1:0,3:3:9:66,9,0 0/1:2,1:3:33:33,0,65 +Reference 321000 . A C 670.35 PASS AC=12;AF=0.333;AN=36;BaseQRankSum=-1.624;DP=52;ExcessHet=0.1832;FS=1.317;InbreedingCoeff=0.0106;MLEAC=13;MLEAF=0.361;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.81;ReadPosRankSum=-0.411;SOR=1.414 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,2:5:64:64,0,110 0/1:3,1:4:26:26,0,109 0/0:1,0:1:3:0,3,38 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/1:2,2:4:71:71,0,71 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/1:1,1:2:26:26,0,36 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:1,0:1:3:0,3,38 0/0:5,0:5:15:0,15,209 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/1:3,2:5:68:68,0,110 0/1:1,4:5:23:148,0,23 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:3,0:3:9:0,9,121 1/1:0,3:3:9:115,9,0 1/1:0,3:3:9:121,9,0 1/1:0,1:1:3:42,3,0 +Reference 322000 . A C 99.65 PASS AC=2;AF=0.059;AN=34;BaseQRankSum=-0.833;DP=46;ExcessHet=0.1336;FS=6.021;InbreedingCoeff=0.0553;MLEAC=3;MLEAF=0.088;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.93;ReadPosRankSum=1.092;SOR=1.071 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:3,0:3:9:0,9,121 0/1:2,3:5:69:78,0,69 0/0:5,0:5:15:0,15,194 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:4,0:4:12:0,12,163 0/1:1,1:2:36:36,0,36 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:8,0:8:24:0,24,302 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:4,0:4:12:0,12,163 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,42 +Reference 323000 . A C 281.87 PASS AC=7;AF=0.184;AN=38;BaseQRankSum=-0.755;DP=50;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3840;MLEAC=6;MLEAF=0.158;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=31.32;ReadPosRankSum=-0.793;SOR=1.012 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/0:3,0:3:9:0,9,120 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:.:0:.:0,0,0 1/1:0,3:3:9:121,9,0 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:4,0:4:12:0,12,163 0/0:3,0:3:9:0,9,93 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:3,0:3:9:0,9,114 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:3,0:3:9:0,9,121 0/1:2,2:4:40:68,0,40 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,84 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 +Reference 325000 . A C 133.81 PASS AC=4;AF=0.111;AN=36;BaseQRankSum=-0.977;DP=55;ExcessHet=0.0113;FS=2.123;InbreedingCoeff=0.2790;MLEAC=3;MLEAF=0.083;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=28.24;ReadPosRankSum=-0.320;SOR=1.711 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:.:0:.:0,0,0 1/1:0,3:3:9:121,9,0 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:4,0:4:12:0,12,121 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:3,0:3:9:0,9,93 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:5,0:5:15:0,15,209 0/0:3,0:3:9:0,9,121 0/0:3,0:3:9:0,9,93 0/0:4,0:4:12:0,12,157 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/1:2,1:3:1:1,0,75 0/0:3,0:3:9:0,9,121 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:6,0:6:18:0,18,243 0/0:1,0:1:3:0,3,38 0/1:1,1:2:36:36,0,36 +Reference 325500 . A C 1436.20 PASS AC=29;AF=0.763;AN=38;BaseQRankSum=1.269;DP=44;ExcessHet=0.0031;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1805;MLEAC=28;MLEAF=0.737;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=33.98;ReadPosRankSum=0.433;SOR=0.330 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,1:1:3:38,3,0 1/1:0,4:4:12:167,12,0 1/1:0,5:5:15:209,15,0 0/1:1,1:2:31:31,0,36 1/1:0,3:3:9:125,9,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,74 1/1:0,1:1:3:42,3,0 1/1:0,2:2:6:84,6,0 1/1:0,4:4:12:135,12,0 1/1:0,1:1:3:38,3,0 1/1:0,1:1:3:42,3,0 1/1:0,4:4:12:167,12,0 0/1:1,1:2:36:36,0,36 0/1:1,1:2:36:36,0,36 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:1,0:1:3:0,3,32 1/1:0,2:2:6:84,6,0 1/1:0,2:2:6:84,6,0 +Reference 326000 . A C 101.41 PASS AC=1;AF=0.026;AN=38;BaseQRankSum=0.846;DP=57;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0055;MLEAC=1;MLEAF=0.026;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.35;ReadPosRankSum=-0.801;SOR=0.771 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:5,0:5:15:0,15,205 0/0:2,0:2:6:0,6,80 0/0:3,0:3:9:0,9,93 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:7,0:7:21:0,21,282 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:1,0:1:3:0,3,38 0/1:1,3:4:30:113,0,30 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:4,0:4:12:0,12,125 0/0:2,0:2:6:0,6,80 0/0:6,0:6:18:0,18,213 +Reference 327000 . A C 1447.50 PASS AC=27;AF=0.794;AN=34;BaseQRankSum=2.489;DP=47;ExcessHet=0.0154;FS=3.536;InbreedingCoeff=0.1873;MLEAC=27;MLEAF=0.794;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=32.17;ReadPosRankSum=0.462;SOR=0.769 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,1:1:3:42,3,0 1/1:0,4:4:12:167,12,0 0/0:2,0:2:6:0,6,84 1/1:0,3:3:9:125,9,0 0/1:1,3:4:26:113,0,26 1/1:0,3:3:9:125,9,0 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/1:3,3:6:97:107,0,97 0/0:.:0:.:0,0,0 0/1:2,1:3:29:29,0,75 0/0:.:0:.:0,0,0 1/1:0,3:3:9:125,9,0 0/0:3,0:3:9:0,9,119 1/1:0,1:1:3:42,3,0 1/1:0,1:1:3:42,3,0 1/1:0,6:6:18:251,18,0 1/1:0,1:1:3:42,3,0 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/0:.:0:.:0,0,0 1/1:0,2:2:6:80,6,0 +Reference 328000 . A C 81.98 PASS AC=2;AF=0.059;AN=34;BaseQRankSum=-1.753;DP=43;ExcessHet=0.1336;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0671;MLEAC=3;MLEAF=0.088;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=27.33;ReadPosRankSum=1.503;SOR=1.022 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,74 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,51 0/0:2,0:2:6:0,6,51 0/0:3,0:3:9:0,9,118 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:3,0:3:9:0,9,121 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,83 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:4,0:4:12:0,12,163 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:.:0:.:0,0,0 0/1:1,2:3:29:71,0,29 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/1:1,1:2:26:26,0,36 +Reference 328500 . A C 66.74 PASS AC=2;AF=0.050;AN=40;BaseQRankSum=0.703;DP=47;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1846;MLEAC=1;MLEAF=0.025;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=33.37;ReadPosRankSum=0.000;SOR=2.223 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:4,0:4:12:0,12,163 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:3,0:3:9:0,9,115 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:4,0:4:12:0,12,131 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:3,0:3:9:0,9,117 0/0:2,0:2:6:0,6,84 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:3,0:3:9:0,9,93 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,80 +Reference 329000 . A C 132.66 PASS AC=3;AF=0.094;AN=32;BaseQRankSum=-1.483;DP=49;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3230;MLEAC=3;MLEAF=0.094;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=33.74;ReadPosRankSum=0.658;SOR=0.859 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:7,0:7:21:0,21,284 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:5,1:6:8:0,8,199 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:3,0:3:9:0,9,93 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:3,0:3:9:0,9,115 0/1:2,1:3:29:29,0,75 0/0:2,0:2:6:0,6,74 1/1:0,3:3:9:125,9,0 0/0:2,0:2:6:0,6,80 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:5,0:5:15:0,15,209 +Reference 329500 . A C 92.76 PASS AC=3;AF=0.079;AN=38;BaseQRankSum=0.817;DP=47;ExcessHet=0.0000;FS=3.882;InbreedingCoeff=0.1710;MLEAC=3;MLEAF=0.079;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=29.25;ReadPosRankSum=0.191;SOR=0.713 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:1,0:1:3:0,3,10 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:4,0:4:12:0,12,157 0/0:3,0:3:9:0,9,93 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/1:3,1:4:30:30,0,113 0/0:2,0:2:6:0,6,80 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:3,0:3:9:0,9,125 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/0:2,0:2:6:0,6,76 0/0:4,0:4:12:0,12,162 +Reference 330000 . A C 109.82 PASS AC=2;AF=0.050;AN=40;BaseQRankSum=-0.568;DP=54;ExcessHet=0.1128;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.1472;MLEAC=2;MLEAF=0.050;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.96;ReadPosRankSum=-1.634;SOR=0.516 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/1:2,1:3:18:18,0,75 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:4,0:4:12:0,12,163 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/1:2,3:5:68:110,0,68 0/0:3,0:3:9:0,9,118 0/0:4,0:4:12:0,12,135 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:1,0:1:3:0,3,38 0/0:2,0:2:6:0,6,80 0/0:5,0:5:15:0,15,201 0/0:2,0:2:6:0,6,80 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,84 +Reference 330500 . A C 717.78 PASS AC=11;AF=0.289;AN=38;BaseQRankSum=-0.752;DP=58;ExcessHet=0.0012;FS=2.820;InbreedingCoeff=0.3723;MLEAC=11;MLEAF=0.289;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=29.92;ReadPosRankSum=-1.886;SOR=1.292 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,123 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:4,0:4:12:0,12,157 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:5,0:5:15:0,15,209 0/1:2,1:3:29:29,0,70 1/1:0,5:5:15:203,15,0 1/1:0,4:4:12:167,12,0 0/1:1,2:3:32:75,0,32 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/1:1,1:2:26:26,0,36 0/0:2,0:2:6:0,6,69 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:1,0:1:3:0,3,42 1/1:0,4:4:12:167,12,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 +Reference 331000 . A C 64.14 PASS AC=2;AF=0.056;AN=36;BaseQRankSum=0.679;DP=54;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3548;MLEAC=1;MLEAF=0.028;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=32.07;ReadPosRankSum=0.000;SOR=0.462 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:.:0:.:0,0,0 1/1:0,2:2:6:81,6,0 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:2,0:2:6:0,6,80 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:5,0:5:15:0,15,205 0/0:1,0:1:3:0,3,27 0/0:6,0:6:18:0,18,251 0/0:5,0:5:15:0,15,173 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:3,0:3:9:0,9,121 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:6,0:6:18:0,18,247 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:2,0:2:6:0,6,74 0/0:4,0:4:12:0,12,163 +Reference 331500 . A C 933.34 PASS AC=15;AF=0.500;AN=30;BaseQRankSum=-0.056;DP=45;ExcessHet=0.0982;FS=3.012;InbreedingCoeff=0.1577;MLEAC=18;MLEAF=0.600;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=34.73;ReadPosRankSum=0.248;SOR=0.368 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9:125,9,0 0/0:.:0:.:0,0,0 0/1:1,1:2:36:36,0,36 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:4,0:4:12:0,12,156 1/1:0,2:2:6:72,6,0 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:.:0:.:0,0,0 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/1:1,4:5:27:142,0,27 0/0:.:0:.:0,0,0 1/1:0,6:6:18:247,18,0 0/1:1,2:3:33:75,0,33 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,74 1/1:0,3:3:9:125,9,0 0/1:2,1:3:27:27,0,43 0/1:3,1:4:30:30,0,113 +Reference 332000 . A C 65.59 PASS AC=3;AF=0.083;AN=36;BaseQRankSum=-0.931;DP=55;ExcessHet=0.0000;FS=7.503;InbreedingCoeff=0.2408;MLEAC=3;MLEAF=0.083;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.86;ReadPosRankSum=0.775;SOR=1.013 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,2:3:33:43,0,33 0/0:5,0:5:15:0,15,177 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:2,0:2:6:0,6,83 0/0:2,0:2:6:0,6,76 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:4,0:4:12:0,12,157 0/0:5,0:5:15:0,15,205 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:1,0:1:3:0,3,38 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:9,0:9:27:0,27,320 +Reference 332500 . A C 242.43 PASS AC=3;AF=0.079;AN=38;BaseQRankSum=0.291;DP=59;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2429;MLEAC=3;MLEAF=0.079;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.24;ReadPosRankSum=2.101;SOR=0.809 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:15:0,15,201 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,74 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:4,0:4:12:0,12,135 0/0:5,0:5:15:0,15,205 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:5,0:5:15:0,15,205 0/0:1,0:1:3:0,3,38 0/0:3,0:3:9:0,9,121 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/1:3,4:7:72:142,0,72 0/0:4,0:4:12:0,12,167 1/1:0,3:3:9:125,9,0 0/0:1,0:1:3:0,3,41 +Reference 334000 . A C 90.66 PASS AC=1;AF=0.029;AN=34;BaseQRankSum=-0.624;DP=42;ExcessHet=0.0000;FS=2.366;InbreedingCoeff=0.1187;MLEAC=1;MLEAF=0.029;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.13;ReadPosRankSum=0.175;SOR=0.991 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:3,0:3:9:0,9,121 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/1:2,3:5:32:101,0,32 0/0:2,0:2:6:0,6,76 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,80 0/0:5,0:5:15:0,15,209 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,38 0/0:4,0:4:12:0,12,157 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:3,0:3:9:0,9,125 +Reference 334500 . A C 203.35 PASS AC=6;AF=0.150;AN=40;BaseQRankSum=0.976;DP=44;ExcessHet=0.1349;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0763;MLEAC=7;MLEAF=0.175;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=28.22;ReadPosRankSum=2.596;SOR=1.303 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:15:0,15,177 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:1,0:1:3:0,3,42 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,32 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:5,0:5:15:0,15,173 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:6,0:6:18:0,18,247 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/1:1,1:2:36:36,0,36 0/1:1,1:2:36:36,0,36 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/1:1,1:2:36:36,0,36 0/1:1,1:2:36:36,0,36 +Reference 335000 . A C 523.97 PASS AC=14;AF=0.368;AN=38;BaseQRankSum=0.286;DP=49;ExcessHet=0.0038;FS=1.837;InbreedingCoeff=0.1885;MLEAC=13;MLEAF=0.342;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=34.93;ReadPosRankSum=1.494;SOR=0.715 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/1:1,2:3:33:43,0,33 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/0:4,0:4:12:0,12,159 0/1:1,1:2:36:36,0,36 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/1:3,3:6:99:107,0,102 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:3,0:3:9:0,9,93 1/1:0,1:1:3:38,3,0 1/1:0,2:2:6:84,6,0 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:2,0:2:6:0,6,74 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/1:5,1:6:24:24,0,176 +Reference 335500 . A C 88.02 PASS AC=3;AF=0.083;AN=36;BaseQRankSum=-0.471;DP=42;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1824;MLEAC=3;MLEAF=0.083;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.60;ReadPosRankSum=-1.828;SOR=1.121 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:1,0:1:3:0,3,42 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/0:1,0:1:3:0,3,10 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/1:3,2:5:64:64,0,110 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:4,0:4:12:0,12,127 0/0:4,0:4:12:0,12,148 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:1,0:1:3:0,3,38 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:4,0:4:12:0,12,167 +Reference 336000 . A C 299.24 PASS AC=11;AF=0.275;AN=40;BaseQRankSum=-2.106;DP=51;ExcessHet=0.0009;FS=4.329;InbreedingCoeff=0.2646;MLEAC=9;MLEAF=0.225;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=33.25;ReadPosRankSum=1.068;SOR=1.544 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9:125,9,0 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/1:4,2:6:19:19,0,145 0/0:3,0:3:9:0,9,125 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/1:1,1:2:26:26,0,36 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,84 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/1:1,1:2:36:36,0,36 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:3,0:3:9:0,9,121 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:3,0:3:9:0,9,121 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:4,0:4:12:0,12,167 +Reference 336500 . A C 143.23 PASS AC=2;AF=0.056;AN=36;BaseQRankSum=0.787;DP=59;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.4448;MLEAC=2;MLEAF=0.056;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=30.25;ReadPosRankSum=-1.182;SOR=0.624 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:4,0:4:12:0,12,153 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,74 0/0:5,0:5:15:0,15,209 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:3,0:3:9:0,9,125 1/1:0,4:4:12:165,12,0 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:4,0:4:12:0,12,161 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:5,0:5:15:0,15,177 0/0:4,0:4:12:0,12,161 0/0:2,0:2:6:0,6,80 0/0:4,0:4:12:0,12,167 +Reference 338500 . A C 445.02 PASS AC=8;AF=0.267;AN=30;BaseQRankSum=1.417;DP=40;ExcessHet=0.0911;FS=6.271;InbreedingCoeff=0.1615;MLEAC=10;MLEAF=0.333;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=28.90;ReadPosRankSum=0.000;SOR=1.285 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,1:3:33:33,0,75 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:.:0:.:0,0,0 0/1:2,1:3:33:33,0,43 0/0:3,0:3:9:0,9,121 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/1:1,1:2:36:36,0,36 0/1:2,4:6:65:149,0,65 0/0:3,0:3:9:0,9,125 1/1:0,3:3:9:125,9,0 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,80 0/0:3,0:3:9:0,9,121 +Reference 339000 . A C 245.79 PASS AC=9;AF=0.237;AN=38;BaseQRankSum=0.462;DP=56;ExcessHet=0.0031;FS=2.551;InbreedingCoeff=0.2257;MLEAC=7;MLEAF=0.184;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=34.67;ReadPosRankSum=0.729;SOR=1.402 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/1:1,1:2:32:36,0,32 0/0:5,0:5:15:0,15,203 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:5,0:5:15:0,15,202 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:3,0:3:9:0,9,119 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/1:1,1:2:36:36,0,36 0/0:7,0:7:21:0,21,250 0/0:5,0:5:15:0,15,205 0/1:2,3:5:68:110,0,68 0/0:3,0:3:9:0,9,93 0/0:2,0:2:6:0,6,84 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/0:2,0:2:6:0,6,80 1/1:0,1:1:3:10,3,0 0/0:3,0:3:9:0,9,93 +Reference 339500 . A C 62.76 PASS AC=1;AF=0.028;AN=36;BaseQRankSum=0.502;DP=54;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0953;MLEAC=1;MLEAF=0.028;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.92;ReadPosRankSum=-1.260;SOR=0.439 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:1,0:1:3:0,3,38 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:5,0:5:15:0,15,209 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:6,0:6:18:0,18,251 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:3,0:3:9:0,9,121 0/0:4,0:4:12:0,12,163 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/1:1,2:3:33:74,0,33 0/0:5,0:5:15:0,15,205 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:2,0:2:6:0,6,80 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:9,0:9:27:0,27,376 +Reference 341000 . A C 492.29 PASS AC=11;AF=0.289;AN=38;BaseQRankSum=-0.287;DP=51;ExcessHet=0.0012;FS=1.547;InbreedingCoeff=0.2845;MLEAC=10;MLEAF=0.263;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=32.28;ReadPosRankSum=1.567;SOR=2.254 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6:80,6,0 1/1:0,4:4:12:135,12,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:5,0:5:15:0,15,177 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:4,0:4:12:0,12,167 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/0:2,0:2:6:0,6,80 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:6,0:6:18:0,18,251 0/1:1,2:3:33:75,0,33 0/1:3,1:4:30:30,0,81 0/1:1,2:3:33:75,0,33 0/0:2,0:2:6:0,6,80 +Reference 341500 . A C 105.23 PASS AC=5;AF=0.125;AN=40;BaseQRankSum=-1.316;DP=68;ExcessHet=0.0454;FS=8.751;InbreedingCoeff=0.0512;MLEAC=4;MLEAF=0.100;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.03;ReadPosRankSum=-1.443;SOR=3.303 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,135 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:3,0:3:9:0,9,79 0/1:2,1:3:33:33,0,75 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:6,0:6:18:0,18,251 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/1:5,2:7:26:26,0,178 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/0:2,0:2:6:0,6,80 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/1:2,1:3:33:33,0,75 0/0:3,0:3:9:0,9,121 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:4,0:4:12:0,12,162 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:3,0:3:9:0,9,121 0/0:4,0:4:12:0,12,135 +Reference 342000 . A C 687.32 PASS AC=10;AF=0.263;AN=38;BaseQRankSum=1.088;DP=53;ExcessHet=1.8686;FS=2.870;InbreedingCoeff=-0.2433;MLEAC=11;MLEAF=0.289;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=31.24;ReadPosRankSum=0.019;SOR=0.627 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,1:2:32:36,0,32 0/0:2,0:2:6:0,6,80 0/0:3,0:3:9:0,9,121 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/1:2,4:6:65:145,0,65 0/0:3,0:3:9:0,9,111 0/1:1,1:2:36:36,0,36 0/1:2,3:5:68:110,0,68 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:.:0:.:0,0,0 0/1:1,3:4:30:113,0,30 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:5,0:5:15:0,15,205 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/1:1,2:3:33:71,0,33 0/1:1,1:2:36:36,0,36 0/1:1,3:4:30:113,0,30 0/0:1,0:1:3:0,3,27 +Reference 342500 . A C 130.27 PASS AC=5;AF=0.125;AN=40;BaseQRankSum=0.926;DP=50;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2621;MLEAC=4;MLEAF=0.100;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=36.29;ReadPosRankSum=0.197;SOR=1.578 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:2,0:2:6:0,6,80 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/0:6,0:6:18:0,18,214 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:4,0:4:12:0,12,167 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/0:3,0:3:9:0,9,111 0/0:3,0:3:9:0,9,121 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:3,0:3:9:0,9,121 0/0:3,0:3:9:0,9,93 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/1:2,1:3:33:33,0,75 +Reference 345000 . A C 63.77 PASS AC=1;AF=0.028;AN=36;BaseQRankSum=0.630;DP=54;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1206;MLEAC=1;MLEAF=0.028;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.26;ReadPosRankSum=0.527;SOR=0.297 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,10 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:3,0:3:9:0,9,121 0/0:4,0:4:12:0,12,162 0/0:5,0:5:15:0,15,199 0/0:4,0:4:11:0,11,99 0/0:6,0:6:18:0,18,251 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:5,0:5:15:0,15,205 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:3,0:3:9:0,9,121 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/1:1,2:3:33:75,0,33 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:5,0:5:15:0,15,209 0/0:.:0:.:0,0,0 +Reference 345500 . A C 92.88 PASS AC=1;AF=0.026;AN=38;BaseQRankSum=-2.111;DP=59;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0406;MLEAC=1;MLEAF=0.026;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.22;ReadPosRankSum=-1.388;SOR=1.038 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:3,0:3:9:0,9,115 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:3,0:3:9:0,9,121 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:5,0:5:15:0,15,201 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:5,0:5:15:0,15,177 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:5,0:5:15:0,15,195 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,80 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/1:1,3:4:30:105,0,30 +Reference 346000 . A C 140.43 PASS AC=4;AF=0.105;AN=38;BaseQRankSum=0.872;DP=57;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.4324;MLEAC=3;MLEAF=0.079;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=30.30;ReadPosRankSum=2.205;SOR=0.656 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:6,0:6:18:0,18,244 0/0:4,0:4:12:0,12,161 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:1,0:1:3:0,3,38 0/0:5,0:5:15:0,15,177 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,51 0/0:6,0:6:18:0,18,251 1/1:0,2:2:6:84,6,0 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/0:4,0:4:12:0,12,157 0/0:2,0:2:6:0,6,74 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:2,0:2:6:0,6,51 0/0:1,0:1:3:0,3,42 +Reference 346500 . A C 793.79 PASS AC=16;AF=0.444;AN=36;BaseQRankSum=0.767;DP=44;ExcessHet=0.0042;FS=1.653;InbreedingCoeff=0.2242;MLEAC=17;MLEAF=0.472;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=37.71;ReadPosRankSum=1.277;SOR=0.818 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/1:3,1:4:30:30,0,109 1/1:0,4:4:12:167,12,0 1/1:0,3:3:9:93,9,0 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/0:2,0:2:6:0,6,74 0/1:1,4:5:27:148,0,27 0/1:3,1:4:30:30,0,113 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:3,0:3:9:0,9,125 1/1:0,3:3:9:125,9,0 0/1:1,1:2:28:36,0,28 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,80 0/0:1,0:1:3:0,3,42 +Reference 347000 . A C 63.69 PASS AC=1;AF=0.028;AN=36;BaseQRankSum=0.564;DP=52;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1026;MLEAC=1;MLEAF=0.028;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.23;ReadPosRankSum=0.219;SOR=0.582 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,32 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:6,0:6:18:0,18,251 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:3,0:3:9:0,9,121 0/0:3,0:3:9:0,9,121 0/0:4,0:4:12:0,12,153 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:3,0:3:9:0,9,121 0/0:6,0:6:18:0,18,251 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/1:1,2:3:33:75,0,33 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,84 +Reference 348000 . A C 124.41 PASS AC=2;AF=0.059;AN=34;BaseQRankSum=-0.083;DP=45;ExcessHet=0.1336;FS=2.037;InbreedingCoeff=0.0610;MLEAC=3;MLEAF=0.088;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.55;ReadPosRankSum=-0.858;SOR=1.255 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,2:3:33:71,0,33 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:1,0:1:3:0,3,38 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:5,0:5:15:0,15,195 0/0:5,0:5:15:0,15,201 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:3,0:3:9:0,9,121 0/0:3,0:3:9:0,9,121 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/1:3,2:5:68:68,0,105 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:5,0:5:15:0,15,209 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,79 0/0:.:0:.:0,0,0 +Reference 348500 . A C 121.71 PASS AC=3;AF=0.075;AN=40;BaseQRankSum=0.864;DP=58;ExcessHet=0.0000;FS=2.033;InbreedingCoeff=0.1780;MLEAC=3;MLEAF=0.075;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.52;ReadPosRankSum=-0.907;SOR=0.223 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:4,0:4:12:0,12,163 0/0:6,0:6:18:0,18,251 0/0:3,0:3:9:0,9,125 1/1:0,3:3:9:125,9,0 0/0:4,0:4:12:0,12,163 0/1:2,1:3:22:22,0,69 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:6,0:6:17:0,17,178 0/0:4,0:4:12:0,12,163 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,42 +Reference 349000 . A C 1065.38 PASS AC=21;AF=0.618;AN=34;BaseQRankSum=1.014;DP=43;ExcessHet=0.0526;FS=2.539;InbreedingCoeff=0.1564;MLEAC=22;MLEAF=0.647;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=31.32;ReadPosRankSum=-0.745;SOR=1.247 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/0:3,0:3:9:0,9,110 1/1:0,3:3:9:121,9,0 0/1:1,1:2:36:36,0,36 1/1:0,2:2:6:84,6,0 1/1:0,3:3:9:125,9,0 1/1:0,3:3:9:125,9,0 0/0:.:0:.:0,0,0 0/1:1,1:2:36:36,0,36 1/1:0,2:2:6:80,6,0 1/1:0,4:4:12:163,12,0 0/1:1,2:3:33:70,0,33 0/0:2,0:2:6:0,6,74 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:1,0:1:3:0,3,42 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/1:1,1:2:36:36,0,36 0/1:1,1:2:31:32,0,31 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:.:0:.:0,0,0 +Reference 350000 . A C 808.78 PASS AC=19;AF=0.475;AN=40;BaseQRankSum=-0.706;DP=48;ExcessHet=0.0001;FS=8.564;InbreedingCoeff=0.3240;MLEAC=17;MLEAF=0.425;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=35.16;ReadPosRankSum=0.873;SOR=1.714 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,4:6:65:139,0,65 1/1:0,4:4:12:161,12,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 1/1:0,2:2:6:80,6,0 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/0:2,0:2:6:0,6,84 1/1:0,1:1:3:42,3,0 1/1:0,2:2:6:84,6,0 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/0:4,0:4:12:0,12,167 1/1:0,3:3:9:125,9,0 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/1:2,1:3:33:33,0,75 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/1:3,1:4:30:30,0,113 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:4,0:4:12:0,12,131 +Reference 350500 . A C 1565.31 PASS AC=30;AF=0.833;AN=36;BaseQRankSum=-0.632;DP=54;ExcessHet=0.0018;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3022;MLEAC=30;MLEAF=0.833;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=29.69;ReadPosRankSum=-0.258;SOR=0.553 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6:84,6,0 1/1:0,4:4:12:167,12,0 0/1:4,1:5:27:27,0,148 0/1:2,2:4:71:71,0,71 0/0:2,0:2:6:0,6,84 1/1:0,3:3:9:93,9,0 1/1:0,1:1:3:10,3,0 1/1:0,1:1:3:42,3,0 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/0:6,0:6:18:0,18,251 1/1:0,4:4:12:156,12,0 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/0:.:0:.:0,0,0 1/1:0,1:1:3:42,3,0 1/1:0,3:3:9:121,9,0 1/1:0,3:3:9:125,9,0 0/0:.:0:.:0,0,0 1/1:0,4:4:12:167,12,0 1/1:0,4:4:12:161,12,0 1/1:0,2:2:6:84,6,0 +Reference 351000 . A C 90.85 PASS AC=2;AF=0.053;AN=38;BaseQRankSum=-0.127;DP=43;ExcessHet=0.1190;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0743;MLEAC=3;MLEAF=0.079;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=30.28;ReadPosRankSum=-0.391;SOR=1.150 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,161 0/0:1,0:1:3:0,3,27 0/1:1,1:2:26:36,0,26 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:5,0:5:15:0,15,201 0/0:2,0:2:6:0,6,80 0/1:1,2:3:33:71,0,33 0/0:2,0:2:6:0,6,80 0/0:2,0:2:6:0,6,83 0/0:2,0:2:6:0,6,74 0/0:3,0:3:9:0,9,115 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,38 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:3,0:3:9:0,9,125 +Reference 351500 . A C 2270.38 PASS AC=38;AF=0.950;AN=40;BaseQRankSum=3.344;DP=53;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2120;MLEAC=36;MLEAF=0.900;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=29.03;ReadPosRankSum=1.402;SOR=0.994 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6:84,6,0 1/1:0,4:4:12:167,12,0 1/1:0,2:2:6:84,6,0 1/1:0,1:1:3:42,3,0 1/1:0,4:4:12:167,12,0 1/1:0,2:2:6:80,6,0 1/1:0,3:3:9:125,9,0 1/1:0,4:4:12:167,12,0 1/1:0,3:3:9:121,9,0 1/1:0,2:2:6:84,6,0 1/1:0,1:1:3:42,3,0 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/0:2,0:2:6:0,6,76 1/1:0,2:2:6:84,6,0 1/1:0,1:1:3:42,3,0 1/1:0,1:1:3:42,3,0 1/1:0,7:7:21:282,21,0 1/1:0,4:4:12:162,12,0 1/1:0,3:3:9:121,9,0 1/1:0,4:4:12:163,12,0 +Reference 352000 . A C 66.15 PASS AC=2;AF=0.053;AN=38;BaseQRankSum=0.857;DP=62;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3726;MLEAC=1;MLEAF=0.026;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=33.08;ReadPosRankSum=1.455;SOR=0.631 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/0:5,0:5:15:0,15,205 0/0:5,0:5:14:0,14,140 0/0:4,0:4:12:0,12,155 0/0:3,0:3:9:0,9,121 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:3,0:3:9:0,9,93 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:2,0:2:6:0,6,74 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:4,0:4:12:0,12,134 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:3,0:3:9:0,9,121 0/0:2,0:2:6:0,6,83 0/0:1,0:1:3:0,3,38 0/0:6,0:6:18:0,18,247 0/0:7,0:7:21:0,21,274 0/0:2,0:2:6:0,6,51 0/0:2,0:2:6:0,6,84 +Reference 352500 . A C 206.54 PASS AC=5;AF=0.132;AN=38;BaseQRankSum=1.429;DP=64;ExcessHet=0.0000;FS=2.072;InbreedingCoeff=0.3988;MLEAC=4;MLEAF=0.105;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=29.23;ReadPosRankSum=0.539;SOR=1.280 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,1:4:30:30,0,113 0/0:7,0:7:21:0,21,256 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:1,0:1:3:0,3,10 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:4,0:4:12:0,12,159 0/0:7,0:7:21:0,21,269 0/0:1,0:1:3:0,3,38 0/0:2,0:2:6:0,6,84 1/1:0,3:3:9:125,9,0 0/0:6,0:6:18:0,18,208 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:2,0:2:6:0,6,80 0/0:4,0:4:12:0,12,135 0/0:5,0:5:15:0,15,159 +Reference 353000 . A C 1045.47 PASS AC=17;AF=0.531;AN=32;BaseQRankSum=-1.359;DP=51;ExcessHet=0.0016;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3320;MLEAC=19;MLEAF=0.594;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=28.85;ReadPosRankSum=0.121;SOR=0.862 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:.:0:.:0,0,0 1/1:0,2:2:6:65,6,0 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/1:2,2:4:40:72,0,40 0/0:4,0:4:12:0,12,166 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/0:2,0:2:6:0,6,84 1/1:0,5:5:15:194,15,0 0/1:3,4:7:99:146,0,104 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:2,0:2:6:0,6,84 1/1:0,3:3:9:125,9,0 1/1:0,6:6:18:236,18,0 1/1:0,1:1:3:42,3,0 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/1:3,1:4:30:30,0,113 +Reference 353500 . A C 91.92 PASS AC=1;AF=0.026;AN=38;BaseQRankSum=-0.469;DP=49;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0085;MLEAC=1;MLEAF=0.026;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.32;ReadPosRankSum=-0.682;SOR=0.804 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,51 0/0:5,0:5:15:0,15,181 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:1,0:1:3:0,3,10 0/0:3,0:3:9:0,9,121 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:5,0:5:15:0,15,199 0/0:5,0:5:15:0,15,209 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/1:3,3:6:99:103,0,107 +Reference 354000 . A C 115.12 PASS AC=3;AF=0.088;AN=34;BaseQRankSum=0.840;DP=54;ExcessHet=0.4139;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1266;MLEAC=4;MLEAF=0.118;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.02;ReadPosRankSum=-0.464;SOR=0.616 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:15:0,15,209 0/0:5,0:5:15:0,15,209 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:4,0:4:12:0,12,135 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,51 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/1:3,1:4:30:30,0,113 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:3,0:3:9:0,9,119 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:3,0:3:9:0,9,90 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:2,0:2:6:0,6,76 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/1:1,1:2:4:36,0,4 0/1:3,2:5:68:68,0,110 +Reference 354500 . A C 1021.91 PASS AC=22;AF=0.611;AN=36;BaseQRankSum=-0.060;DP=51;ExcessHet=0.0056;FS=5.447;InbreedingCoeff=0.2642;MLEAC=20;MLEAF=0.556;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=30.59;ReadPosRankSum=0.513;SOR=2.088 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,2:4:72:72,0,72 1/1:0,6:6:17:186,17,0 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/0:2,0:2:6:0,6,51 0/0:.:0:.:0,0,0 0/1:1,1:2:36:36,0,36 0/1:1,3:4:30:113,0,30 1/1:0,3:3:9:121,9,0 0/0:3,0:3:9:0,9,125 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/0:4,0:4:12:0,12,153 1/1:0,2:2:6:74,6,0 0/0:5,0:5:15:0,15,205 0/0:.:0:.:0,0,0 1/1:0,1:1:3:38,3,0 0/0:3,0:3:9:0,9,125 1/1:0,2:2:6:84,6,0 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/1:1,2:3:33:75,0,33 1/1:0,1:1:3:42,3,0 +Reference 355500 . A C 67.25 PASS AC=2;AF=0.050;AN=40;BaseQRankSum=0.846;DP=43;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1572;MLEAC=1;MLEAF=0.025;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=33.63;ReadPosRankSum=-0.697;SOR=1.385 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,10 0/0:1,0:1:3:0,3,38 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:4,0:4:12:0,12,135 0/0:3,0:3:9:0,9,121 0/0:4,0:4:12:0,12,160 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:3,0:3:9:0,9,115 0/0:1,0:1:3:0,3,38 0/0:2,0:2:6:0,6,80 0/0:2,0:2:6:0,6,51 0/0:1,0:1:3:0,3,34 +Reference 356000 . A C 241.71 PASS AC=7;AF=0.194;AN=36;BaseQRankSum=0.267;DP=39;ExcessHet=0.0128;FS=4.993;InbreedingCoeff=0.1112;MLEAC=7;MLEAF=0.194;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=27.90;ReadPosRankSum=-0.867;SOR=1.514 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,2:3:33:71,0,33 0/1:1,2:3:33:75,0,33 0/0:2,0:2:6:0,6,74 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:4,0:4:12:0,12,160 0/0:3,0:3:9:0,9,93 0/0:2,0:2:6:0,6,83 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,32 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/1:2,1:3:33:33,0,75 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,51 0/0:4,0:4:12:0,12,167 1/1:0,1:1:3:42,3,0 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:1,0:1:3:0,3,42 +Reference 356500 . A C 382.56 PASS AC=6;AF=0.167;AN=36;BaseQRankSum=1.146;DP=47;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.4877;MLEAC=6;MLEAF=0.167;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=32.67;ReadPosRankSum=1.120;SOR=1.050 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:2,0:2:6:0,6,80 0/0:1,0:1:3:0,3,42 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/0:2,0:2:6:0,6,51 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:3,0:3:9:0,9,121 0/0:2,0:2:6:0,6,84 1/1:0,6:6:18:247,18,0 0/0:2,0:2:6:0,6,47 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:4,0:4:12:0,12,153 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:1,0:1:3:0,3,10 0/0:1,0:1:3:0,3,10 0/0:5,0:5:15:0,15,209 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:4,0:4:12:0,12,167 +Reference 357500 . A C 237.75 PASS AC=8;AF=0.222;AN=36;BaseQRankSum=0.247;DP=38;ExcessHet=0.0499;FS=2.688;InbreedingCoeff=0.0445;MLEAC=8;MLEAF=0.222;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=27.99;ReadPosRankSum=-1.420;SOR=0.864 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,1:2:36:36,0,36 0/1:2,2:4:72:72,0,72 0/0:2,0:2:6:0,6,80 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/1:1,1:2:32:36,0,32 0/0:3,0:3:9:0,9,125 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:1,0:1:3:0,3,38 0/0:4,0:4:12:0,12,163 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/1:2,1:3:29:29,0,75 0/0:2,0:2:6:0,6,74 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,84 1/1:0,1:1:3:42,3,0 +Reference 358000 . A C 93.40 PASS AC=2;AF=0.050;AN=40;BaseQRankSum=0.636;DP=49;ExcessHet=0.1128;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.1557;MLEAC=2;MLEAF=0.050;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=31.13;ReadPosRankSum=0.563;SOR=0.859 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:6,0:6:18:0,18,251 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,74 0/0:3,0:3:9:0,9,121 0/1:1,2:3:33:75,0,33 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/1:1,1:2:36:36,0,36 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:1,0:1:3:0,3,38 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:1,0:1:3:0,3,38 0/0:4,0:4:12:0,12,163 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,84 +Reference 358500 . A C 93.25 PASS AC=2;AF=0.050;AN=40;BaseQRankSum=0.643;DP=48;ExcessHet=0.1128;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.1531;MLEAC=2;MLEAF=0.050;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=31.08;ReadPosRankSum=-1.427;SOR=0.903 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/1:1,1:2:36:36,0,36 0/1:1,2:3:33:75,0,33 0/0:3,0:3:9:0,9,119 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:3,0:3:9:0,9,119 0/0:2,0:2:6:0,6,74 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:4,0:4:12:0,12,135 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:4,0:4:12:0,12,157 +Reference 359500 . A C 401.90 PASS AC=11;AF=0.306;AN=36;BaseQRankSum=-0.741;DP=48;ExcessHet=0.0665;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0899;MLEAC=11;MLEAF=0.306;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=30.92;ReadPosRankSum=-0.250;SOR=0.588 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:15:0,15,199 0/1:1,2:3:33:43,0,33 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,84 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/1:1,1:2:36:36,0,36 0/1:1,1:2:32:32,0,36 0/0:5,0:5:15:0,15,177 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:3,0:3:9:0,9,125 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/1:3,2:5:68:68,0,110 0/0:4,0:4:12:0,12,163 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/1:1,2:3:33:75,0,33 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:.:0:.:0,0,0 1/1:0,1:1:3:42,3,0 +Reference 360000 . A C 1455.95 PASS AC=28;AF=0.737;AN=38;BaseQRankSum=1.108;DP=52;ExcessHet=0.2833;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0265;MLEAC=27;MLEAF=0.711;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=27.62;ReadPosRankSum=-0.264;SOR=0.562 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15:201,15,0 0/1:1,1:2:36:36,0,36 1/1:0,4:4:12:167,12,0 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/1:2,1:3:33:33,0,73 1/1:0,3:3:9:125,9,0 1/1:0,3:3:9:125,9,0 1/1:0,1:1:3:42,3,0 1/1:0,1:1:3:38,3,0 0/1:1,2:3:33:75,0,33 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/1:2,1:3:33:33,0,75 1/1:0,2:2:6:84,6,0 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/1:2,2:4:40:72,0,40 0/1:4,1:5:27:27,0,143 1/1:0,4:4:12:167,12,0 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:1,0:1:3:0,3,42 +Reference 360500 . A C 454 PASS AC=14;AF=0.368;AN=38;BaseQRankSum=-0.143;DP=52;ExcessHet=0.0038;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2072;MLEAC=12;MLEAF=0.316;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=28.59;ReadPosRankSum=-2.146;SOR=0.473 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,51 0/0:7,0:7:21:0,21,288 1/1:0,2:2:6:68,6,0 1/1:0,2:2:6:79,6,0 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/1:2,1:3:33:33,0,75 0/1:4,1:5:27:27,0,152 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:5,0:5:15:0,15,205 0/1:2,1:3:33:33,0,75 0/0:1,0:1:3:0,3,42 1/1:0,1:1:3:42,3,0 1/1:0,1:1:3:38,3,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:6,0:6:18:0,18,218 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/1:1,3:4:30:113,0,30 0/0:3,0:3:9:0,9,93 +Reference 361000 . A C 394.65 PASS AC=12;AF=0.333;AN=36;BaseQRankSum=-0.922;DP=50;ExcessHet=0.1832;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0343;MLEAC=12;MLEAF=0.333;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.72;ReadPosRankSum=-0.163;SOR=0.921 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:6,0:6:18:0,18,247 0/0:2,0:2:6:0,6,69 0/1:1,1:2:36:36,0,36 0/1:3,1:4:30:30,0,113 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/1:1,2:3:29:39,0,29 0/0:.:0:.:0,0,0 0/1:1,2:3:33:75,0,33 0/1:2,1:3:33:33,0,75 1/1:0,1:1:3:42,3,0 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/0:1,0:1:3:0,3,34 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:4,0:4:12:0,12,157 0/0:5,0:5:15:0,15,209 0/1:1,1:2:31:31,0,36 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:5,0:5:15:0,15,209 0/0:2,0:2:6:0,6,84 +Reference 362500 . A C 1067.80 PASS AC=21;AF=0.583;AN=36;BaseQRankSum=-0.369;DP=51;ExcessHet=0.0261;FS=4.815;InbreedingCoeff=0.1787;MLEAC=21;MLEAF=0.583;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=31.95;ReadPosRankSum=0.853;SOR=0.484 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,125 1/1:0,3:3:9:121,9,0 0/0:1,0:1:3:0,3,38 1/1:0,4:4:12:157,12,0 0/1:1,4:5:23:152,0,23 1/1:0,1:1:3:42,3,0 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/0:4,0:4:12:0,12,135 0/0:6,0:6:18:0,18,251 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/0:.:0:.:0,0,0 0/1:1,1:2:36:36,0,36 1/1:0,5:5:15:205,15,0 0/1:1,1:2:36:36,0,36 0/1:3,1:4:20:20,0,103 0/1:2,2:4:40:40,0,72 1/1:0,2:2:6:74,6,0 0/0:.:0:.:0,0,0 +Reference 363000 . A C 67.18 PASS AC=2;AF=0.056;AN=36;BaseQRankSum=0.664;DP=57;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3536;MLEAC=1;MLEAF=0.028;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=33.59;ReadPosRankSum=-0.697;SOR=2.239 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:8,0:8:24:0,24,324 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:4,0:4:12:0,12,161 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:3,0:3:9:0,9,115 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:6,0:6:18:0,18,237 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:5,0:5:15:0,15,173 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:.:0:.:0,0,0 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,38 0/0:4,0:4:12:0,12,163 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:3,0:3:9:0,9,125 +Reference 364000 . A C 1018.57 PASS AC=21;AF=0.553;AN=38;BaseQRankSum=-1.734;DP=51;ExcessHet=0.0003;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.4065;MLEAC=19;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=32.48;ReadPosRankSum=0.616;SOR=0.627 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,84 1/1:0,1:1:3:37,3,0 0/1:2,2:4:67:67,0,72 1/1:0,3:3:9:125,9,0 1/1:0,2:2:6:84,6,0 1/1:0,4:4:12:167,12,0 1/1:0,1:1:3:42,3,0 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/0:4,0:4:12:0,12,165 0/0:.:0:.:0,0,0 0/1:2,1:3:1:1,0,75 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,84 1/1:0,3:3:9:79,9,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 1/1:0,5:5:15:177,15,0 0/1:2,3:5:64:110,0,64 0/0:3,0:3:9:0,9,125 +Reference 364500 . A C 419.15 PASS AC=12;AF=0.316;AN=38;BaseQRankSum=-0.063;DP=43;ExcessHet=0.0000;FS=11.146;InbreedingCoeff=0.3897;MLEAC=11;MLEAF=0.289;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.34;ReadPosRankSum=-0.474;SOR=3.608 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:5,0:5:15:0,15,194 0/1:1,1:2:4:26,0,4 1/1:0,2:2:6:84,6,0 1/1:0,3:3:9:125,9,0 0/0:5,0:5:15:0,15,209 1/1:0,1:1:3:42,3,0 1/1:0,3:3:9:93,9,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,79 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/0:1,0:1:3:0,3,10 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,38 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:.:0:.:0,0,0 0/1:2,1:3:33:33,0,71 +Reference 365000 . A C 202.54 PASS AC=3;AF=0.083;AN=36;BaseQRankSum=1.324;DP=37;ExcessHet=0.3892;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0946;MLEAC=4;MLEAF=0.111;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.32;ReadPosRankSum=1.147;SOR=0.576 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,38 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:2,0:2:6:0,6,81 0/1:1,3:4:30:113,0,30 0/0:.:0:.:0,0,0 0/1:2,2:4:67:72,0,67 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/1:2,1:3:33:33,0,70 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:1,0:1:3:0,3,32 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:4,0:4:12:0,12,163 0/0:4,0:4:12:0,12,152 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,37 +Reference 365500 . A C 160.49 PASS AC=4;AF=0.118;AN=34;BaseQRankSum=-1.530;DP=44;ExcessHet=0.0128;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1803;MLEAC=4;MLEAF=0.118;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.59;ReadPosRankSum=1.938;SOR=0.495 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/1:3,2:5:68:68,0,110 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:3,0:3:9:0,9,110 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:3,0:3:9:0,9,117 0/0:3,0:3:9:0,9,121 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:1,0:1:3:0,3,42 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/1:2,2:4:30:30,0,72 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:2,0:2:6:0,6,84 +Reference 366500 . A C 263.25 PASS AC=5;AF=0.132;AN=38;BaseQRankSum=0.917;DP=52;ExcessHet=1.3000;FS=3.819;InbreedingCoeff=-0.1998;MLEAC=6;MLEAF=0.158;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=29.25;ReadPosRankSum=1.438;SOR=1.024 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,2:5:68:68,0,110 0/0:.:0:.:0,0,0 0/1:1,1:2:36:36,0,36 0/1:1,3:4:30:113,0,30 0/0:5,0:5:15:0,15,209 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:7,0:7:21:0,21,292 0/1:2,1:3:33:33,0,71 0/0:5,0:5:15:0,15,195 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/1:2,1:3:33:33,0,75 0/0:2,0:2:6:0,6,78 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:1,0:1:3:0,3,32 +Reference 367000 . A C 607.82 PASS AC=7;AF=0.194;AN=36;BaseQRankSum=1.765;DP=56;ExcessHet=0.3860;FS=2.660;InbreedingCoeff=0.0196;MLEAC=8;MLEAF=0.222;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.31;ReadPosRankSum=1.141;SOR=0.999 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,41 0/0:4,0:4:12:0,12,131 0/1:1,2:3:33:75,0,33 0/1:2,2:4:71:71,0,71 1/1:0,4:4:12:167,12,0 0/1:1,2:3:33:75,0,33 0/1:3,4:7:94:131,0,94 0/0:5,0:5:15:0,15,200 0/1:1,3:4:30:113,0,30 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:4,0:4:12:0,12,163 0/0:1,0:1:3:0,3,32 0/0:4,0:4:12:0,12,157 0/0:3,0:3:9:0,9,120 +Reference 368500 . A C 157.06 PASS AC=4;AF=0.100;AN=40;BaseQRankSum=0.910;DP=59;ExcessHet=0.0090;FS=4.807;InbreedingCoeff=0.0574;MLEAC=4;MLEAF=0.100;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.45;ReadPosRankSum=-0.542;SOR=0.921 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,2:6:65:65,0,144 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/0:2,0:2:6:0,6,51 0/0:2,0:2:6:0,6,80 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:4,0:4:12:0,12,166 0/0:4,0:4:12:0,12,157 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:3,0:3:9:0,9,115 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:7,0:7:21:0,21,260 0/1:1,2:3:33:74,0,33 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:1,0:1:3:0,3,10 +Reference 369500 . A C 1647.67 PASS AC=30;AF=0.938;AN=32;BaseQRankSum=-0.657;DP=41;ExcessHet=0.1424;FS=3.150;InbreedingCoeff=0.1266;MLEAC=33;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=28.37;ReadPosRankSum=-0.030;SOR=0.116 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/0:.:0:.:0,0,0 0/1:1,2:3:33:65,0,33 0/1:1,2:3:33:75,0,33 1/1:0,3:3:9:93,9,0 1/1:0,1:1:3:42,3,0 1/1:0,2:2:6:80,6,0 0/0:.:0:.:0,0,0 1/1:0,6:6:18:244,18,0 1/1:0,3:3:9:125,9,0 0/0:.:0:.:0,0,0 1/1:0,2:2:6:80,6,0 1/1:0,2:2:6:74,6,0 1/1:0,1:1:3:42,3,0 1/1:0,4:4:12:135,12,0 0/0:.:0:.:0,0,0 1/1:0,2:2:6:84,6,0 1/1:0,2:2:6:80,6,0 1/1:0,3:3:9:125,9,0 1/1:0,3:3:9:125,9,0 +Reference 370000 . A C 68.87 PASS AC=2;AF=0.067;AN=30;BaseQRankSum=0.640;DP=44;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.4073;MLEAC=2;MLEAF=0.067;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=34.44;ReadPosRankSum=-0.938;SOR=0.557 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,51 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,80 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:6,0:6:18:0,18,218 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:6,0:6:18:0,18,247 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,80 0/0:3,0:3:9:0,9,93 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:.:0:.:0,0,0 +Reference 370500 . A C 1700.81 PASS AC=29;AF=0.725;AN=40;BaseQRankSum=-0.117;DP=58;ExcessHet=0.4926;FS=3.108;InbreedingCoeff=-0.0681;MLEAC=27;MLEAF=0.675;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=29.82;ReadPosRankSum=-1.111;SOR=1.499 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9:125,9,0 1/1:0,3:3:9:125,9,0 1/1:0,1:1:3:42,3,0 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/1:3,1:4:30:30,0,113 1/1:0,8:8:24:330,24,0 0/1:3,1:4:30:30,0,113 0/1:1,2:3:33:75,0,33 1/1:0,4:4:12:163,12,0 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/1:2,1:3:33:33,0,75 1/1:0,4:4:12:163,12,0 1/1:0,5:5:15:209,15,0 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/1:1,1:2:26:36,0,26 0/1:1,1:2:36:36,0,36 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/1:1,1:2:36:36,0,36 1/1:0,1:1:3:42,3,0 +Reference 371500 . A C 447.98 PASS AC=6;AF=0.158;AN=38;BaseQRankSum=1.465;DP=61;ExcessHet=0.1504;FS=6.821;InbreedingCoeff=0.0590;MLEAC=7;MLEAF=0.184;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.33;ReadPosRankSum=-0.423;SOR=0.520 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/1:3,2:5:69:69,0,78 0/0:3,0:3:9:0,9,115 0/1:2,1:3:33:33,0,70 0/0:4,0:4:12:0,12,163 1/1:0,4:4:12:167,12,0 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/1:3,4:7:99:146,0,104 0/0:3,0:3:9:0,9,121 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/1:3,2:5:62:62,0,110 0/0:2,0:2:6:0,6,77 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:2,0:2:6:0,6,80 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:4,0:4:12:0,12,163 0/0:2,0:2:6:0,6,84 +Reference 372000 . A C 962.55 PASS AC=21;AF=0.583;AN=36;BaseQRankSum=0.259;DP=39;ExcessHet=0.0000;FS=2.522;InbreedingCoeff=0.4657;MLEAC=21;MLEAF=0.583;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=29.80;ReadPosRankSum=-0.375;SOR=0.511 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12:167,12,0 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/0:.:0:.:0,0,0 1/1:0,2:2:6:84,6,0 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/0:2,0:2:6:0,6,73 0/0:1,0:1:3:0,3,42 1/1:0,2:2:6:79,6,0 1/1:0,6:6:18:241,18,0 1/1:0,2:2:6:80,6,0 0/0:2,0:2:6:0,6,84 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/1:1,1:2:36:36,0,36 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:1,0:1:3:0,3,10 1/1:0,2:2:6:51,6,0 1/1:0,1:1:3:42,3,0 +Reference 372500 . A C 1645.85 PASS AC=33;AF=0.917;AN=36;BaseQRankSum=0.990;DP=46;ExcessHet=0.3892;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0466;MLEAC=32;MLEAF=0.889;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=28.34;ReadPosRankSum=2.165;SOR=0.798 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9:125,9,0 1/1:0,1:1:3:42,3,0 1/1:0,3:3:9:125,9,0 0/1:1,1:2:36:36,0,36 1/1:0,1:1:3:42,3,0 1/1:0,2:2:6:84,6,0 1/1:0,1:1:3:42,3,0 1/1:0,5:5:15:209,15,0 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/0:.:0:.:0,0,0 1/1:0,2:2:6:74,6,0 0/1:2,2:4:40:40,0,40 0/1:1,1:2:32:32,0,36 1/1:0,3:3:9:125,9,0 1/1:0,2:2:6:84,6,0 1/1:0,1:1:3:42,3,0 1/1:0,4:4:12:167,12,0 1/1:0,1:1:3:42,3,0 1/1:0,4:4:12:163,12,0 0/0:.:0:.:0,0,0 +Reference 373000 . A C 452.95 PASS AC=10;AF=0.278;AN=36;BaseQRankSum=-2.180;DP=54;ExcessHet=0.0192;FS=1.463;InbreedingCoeff=0.1764;MLEAC=9;MLEAF=0.250;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.16;ReadPosRankSum=-0.602;SOR=0.602 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/1:2,3:5:64:106,0,64 0/0:4,0:4:12:0,12,157 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:2,0:2:6:0,6,84 1/1:0,1:1:3:10,3,0 0/1:1,3:4:30:101,0,30 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,84 1/1:0,2:2:6:84,6,0 1/1:0,1:1:3:38,3,0 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:5,0:5:15:0,15,209 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/1:1,1:2:36:36,0,36 0/1:4,3:7:99:104,0,138 +Reference 373500 . A C 1220.21 PASS AC=25;AF=0.694;AN=36;BaseQRankSum=-0.943;DP=55;ExcessHet=0.6840;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0375;MLEAC=25;MLEAF=0.694;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=35.40;ReadPosRankSum=-0.181;SOR=0.509 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9:115,9,0 0/1:1,1:2:36:36,0,36 0/0:.:0:.:0,0,0 0/1:1,1:2:36:36,0,36 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/1:2,1:3:33:33,0,75 0/1:3,1:4:30:30,0,113 1/1:0,1:1:3:42,3,0 1/1:0,3:3:9:93,9,0 0/0:.:0:.:0,0,0 1/1:0,3:3:9:121,9,0 0/1:4,3:7:99:104,0,146 0/1:1,2:3:33:71,0,33 1/1:0,2:2:6:84,6,0 1/1:0,4:4:12:167,12,0 0/0:2,0:2:6:0,6,84 1/1:0,1:1:3:42,3,0 1/1:0,3:3:9:125,9,0 0/1:2,1:3:33:33,0,75 0/0:6,0:6:18:0,18,218 +Reference 374000 . A C 574.19 PASS AC=12;AF=0.375;AN=32;BaseQRankSum=0.024;DP=37;ExcessHet=0.0002;FS=13.919;InbreedingCoeff=0.3418;MLEAC=13;MLEAF=0.406;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=31.90;ReadPosRankSum=1.451;SOR=0.924 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:1,0:1:3:0,3,42 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:2,0:2:6:0,6,79 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:2,0:2:6:0,6,84 1/1:0,2:2:6:84,6,0 1/1:0,2:2:6:80,6,0 0/0:3,0:3:9:0,9,93 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/1:1,2:3:33:75,0,33 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:2,0:2:6:0,6,80 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/1:3,2:5:68:68,0,106 1/1:0,4:4:12:153,12,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,42 +Reference 374500 . A C 155.74 PASS AC=4;AF=0.111;AN=36;BaseQRankSum=0.967;DP=53;ExcessHet=0.8031;FS=2.445;InbreedingCoeff=-0.0560;MLEAC=5;MLEAF=0.139;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=29.26;ReadPosRankSum=0.356;SOR=0.278 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,34 0/0:3,0:3:9:0,9,119 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:3,0:3:9:0,9,111 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/1:2,1:3:33:33,0,75 0/0:1,0:1:3:0,3,32 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/1:1,2:3:33:75,0,33 0/1:2,1:3:33:33,0,75 0/1:1,1:2:36:36,0,36 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:6,0:6:18:0,18,246 0/0:4,0:4:12:0,12,166 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:3,0:3:9:0,9,121 +Reference 375000 . A C 1801.99 PASS AC=28;AF=0.737;AN=38;BaseQRankSum=-1.038;DP=59;ExcessHet=0.2833;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0154;MLEAC=28;MLEAF=0.737;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=30.83;ReadPosRankSum=-1.376;SOR=1.401 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,3:4:30:101,0,30 1/1:0,3:3:9:125,9,0 0/1:2,2:4:61:61,0,72 1/1:0,2:2:6:80,6,0 0/1:3,1:4:30:30,0,103 1/1:0,3:3:9:115,9,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 1/1:0,6:6:18:250,18,0 1/1:0,6:6:18:208,18,0 1/1:0,4:4:12:157,12,0 1/1:0,5:5:15:194,15,0 0/1:1,1:2:36:36,0,36 1/1:0,1:1:3:42,3,0 1/1:0,3:3:9:93,9,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/1:1,1:2:36:36,0,36 0/0:.:0:.:0,0,0 0/1:1,1:2:36:36,0,36 1/1:0,3:3:9:121,9,0 1/1:0,1:1:3:42,3,0 +Reference 375500 . A C 90.72 PASS AC=2;AF=0.067;AN=30;BaseQRankSum=-0.683;DP=41;ExcessHet=0.1524;FS=6.021;InbreedingCoeff=0.1554;MLEAC=3;MLEAF=0.100;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=30.24;ReadPosRankSum=-0.406;SOR=2.732 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,2:3:33:71,0,33 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/1:2,1:3:33:33,0,75 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,78 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:1,0:1:3:0,3,32 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:6,0:6:18:0,18,251 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:4,0:4:12:0,12,157 0/0:1,0:1:3:0,3,38 0/0:3,0:3:9:0,9,115 +Reference 376000 . A C 503.35 PASS AC=9;AF=0.225;AN=40;BaseQRankSum=-0.863;DP=46;ExcessHet=0.0025;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1780;MLEAC=9;MLEAF=0.225;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=27.55;ReadPosRankSum=-1.625;SOR=0.708 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:15:0,15,199 1/1:0,3:3:9:115,9,0 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,80 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:1,0:1:3:0,3,32 0/1:1,2:3:33:75,0,33 0/0:1,0:1:3:0,3,42 1/1:0,1:1:3:42,3,0 1/1:0,6:6:18:236,18,0 0/0:1,0:1:3:0,3,32 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/1:2,1:3:33:33,0,75 0/1:3,1:4:30:30,0,113 0/0:1,0:1:3:0,3,38 +Reference 377000 . A C 314.35 PASS AC=7;AF=0.175;AN=40;BaseQRankSum=-0.923;DP=49;ExcessHet=0.3087;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0656;MLEAC=7;MLEAF=0.175;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=34.93;ReadPosRankSum=-0.791;SOR=0.399 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,80 0/0:4,0:4:12:0,12,135 0/1:2,1:3:1:1,0,75 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,42 1/1:0,3:3:9:88,9,0 0/1:2,1:3:33:33,0,75 0/1:2,4:6:65:149,0,65 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,51 0/1:1,1:2:28:36,0,28 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/1:2,1:3:33:33,0,70 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:4,0:4:12:0,12,157 0/0:2,0:2:6:0,6,84 +Reference 377500 . A C 59.55 PASS AC=1;AF=0.028;AN=36;BaseQRankSum=0.552;DP=54;ExcessHet=0.0000;FS=3.104;InbreedingCoeff=0.1144;MLEAC=1;MLEAF=0.028;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.89;ReadPosRankSum=-1.004;SOR=2.295 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:3,0:3:9:0,9,117 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:6,0:6:18:0,18,251 0/0:3,0:3:9:0,9,115 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:5,0:5:15:0,15,166 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/1:2,2:4:71:71,0,71 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:3,0:3:9:0,9,121 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:3,0:3:9:0,9,125 +Reference 378500 . A C 59.86 PASS AC=1;AF=0.025;AN=40;BaseQRankSum=0.758;DP=55;ExcessHet=0.0000;FS=2.653;InbreedingCoeff=-0.1163;MLEAC=1;MLEAF=0.025;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.96;ReadPosRankSum=-1.378;SOR=1.711 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,80 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:3,0:3:9:0,9,115 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:3,0:3:9:0,9,93 0/0:4,0:4:12:0,12,153 0/0:2,0:2:6:0,6,80 0/0:1,0:1:3:0,3,32 0/0:1,0:1:3:0,3,38 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:4,0:4:12:0,12,157 0/1:2,2:4:61:72,0,61 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:5,0:5:15:0,15,205 +Reference 380500 . A C 588.31 PASS AC=18;AF=0.500;AN=36;BaseQRankSum=-0.674;DP=40;ExcessHet=0.0038;FS=9.425;InbreedingCoeff=0.1496;MLEAC=17;MLEAF=0.472;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=27.56;ReadPosRankSum=-0.153;SOR=1.995 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6:80,6,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:.:0:.:0,0,0 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 1/1:0,1:1:3:41,3,0 0/0:5,0:5:15:0,15,205 0/1:4,2:6:66:66,0,117 0/1:2,1:3:33:33,0,75 1/1:0,2:2:6:51,6,0 1/1:0,1:1:3:42,3,0 1/1:0,1:1:3:38,3,0 0/0:2,0:2:6:0,6,82 0/0:.:0:.:0,0,0 0/1:2,2:4:40:72,0,40 0/1:1,1:2:36:36,0,36 0/0:1,0:1:3:0,3,42 1/1:0,1:1:3:38,3,0 +Reference 381000 . A C 644.17 PASS AC=10;AF=0.278;AN=36;BaseQRankSum=1.678;DP=57;ExcessHet=0.0001;FS=1.203;InbreedingCoeff=0.4013;MLEAC=10;MLEAF=0.278;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=32.21;ReadPosRankSum=0.634;SOR=0.759 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9:125,9,0 0/0:5,0:5:15:0,15,198 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:5,0:5:15:0,15,177 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:4,0:4:12:0,12,125 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/1:1,4:5:23:152,0,23 0/0:2,0:2:6:0,6,64 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/1:3,2:5:68:68,0,110 0/0:5,0:5:15:0,15,205 1/1:0,4:4:12:163,12,0 0/0:.:0:.:0,0,0 1/1:0,3:3:9:125,9,0 +Reference 382000 . A C 384.97 PASS AC=7;AF=0.184;AN=38;BaseQRankSum=-2.049;DP=58;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.4705;MLEAC=6;MLEAF=0.158;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=32.87;ReadPosRankSum=-1.176;SOR=0.824 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:6,0:6:18:0,18,218 0/0:5,0:5:15:0,15,209 0/1:2,1:3:33:33,0,75 1/1:0,4:4:12:145,12,0 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:.:0:.:0,0,0 1/1:0,3:3:9:125,9,0 0/0:6,0:6:18:0,18,247 0/0:2,0:2:6:0,6,84 1/1:0,3:3:9:121,9,0 0/0:3,0:3:9:0,9,113 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,51 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:3,0:3:9:0,9,121 +Reference 383500 . A C 64.06 PASS AC=1;AF=0.028;AN=36;BaseQRankSum=0.638;DP=55;ExcessHet=0.0000;FS=3.053;InbreedingCoeff=0.0963;MLEAC=1;MLEAF=0.028;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.35;ReadPosRankSum=-1.191;SOR=1.969 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,121 0/0:3,0:3:9:0,9,121 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:3,0:3:9:0,9,115 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:9,0:9:27:0,27,368 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:5,0:5:15:0,15,203 0/0:5,0:5:15:0,15,209 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:1,0:1:3:0,3,10 0/0:6,0:6:18:0,18,236 0/0:.:0:.:0,0,0 0/1:1,2:3:33:75,0,33 +Reference 384000 . A C 136.96 PASS AC=3;AF=0.083;AN=36;BaseQRankSum=1.081;DP=48;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2392;MLEAC=3;MLEAF=0.083;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=27.39;ReadPosRankSum=-1.941;SOR=1.503 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:2,0:2:6:0,6,51 0/0:5,0:5:15:0,15,199 0/0:1,0:1:3:0,3,42 1/1:0,2:2:6:83,6,0 0/1:1,2:3:33:75,0,33 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:1,0:1:3:0,3,38 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:4,0:4:12:0,12,163 0/0:3,0:3:9:0,9,121 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:3,0:3:9:0,9,111 0/0:6,0:6:18:0,18,251 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:3,0:3:9:0,9,121 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:4,0:4:12:0,12,159 +Reference 384500 . A C 427.16 PASS AC=7;AF=0.194;AN=36;BaseQRankSum=0.298;DP=48;ExcessHet=0.0128;FS=1.510;InbreedingCoeff=0.1984;MLEAC=8;MLEAF=0.222;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=28.48;ReadPosRankSum=-0.691;SOR=1.022 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:5,0:5:15:0,15,195 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/1:3,2:5:68:68,0,106 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:5,0:5:15:0,15,205 0/0:2,0:2:6:0,6,79 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/1:3,1:4:30:30,0,113 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:1,0:1:3:0,3,10 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,80 0/0:.:0:.:0,0,0 1/1:0,4:4:12:167,12,0 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/1:1,3:4:30:105,0,30 +Reference 385500 . A C 62.09 PASS AC=2;AF=0.053;AN=38;BaseQRankSum=-1.152;DP=65;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3790;MLEAC=1;MLEAF=0.026;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=31.05;ReadPosRankSum=-0.498;SOR=2.073 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,68 0/0:5,0:5:14:0,14,140 0/0:5,0:5:15:0,15,209 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:6,0:6:18:0,18,251 0/0:4,0:4:12:0,12,167 1/1:0,2:2:6:80,6,0 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:3,0:3:9:0,9,118 0/0:6,0:6:18:0,18,251 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:4,0:4:12:0,12,163 0/0:4,0:4:12:0,12,135 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,80 +Reference 386000 . A C 752.59 PASS AC=18;AF=0.500;AN=36;BaseQRankSum=-0.988;DP=43;ExcessHet=0.0850;FS=3.771;InbreedingCoeff=0.0243;MLEAC=17;MLEAF=0.472;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=34.21;ReadPosRankSum=0.478;SOR=0.884 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,1:2:36:36,0,36 0/1:2,4:6:65:145,0,65 0/0:.:0:.:0,0,0 1/1:0,3:3:9:125,9,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,84 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/0:.:0:.:0,0,0 0/1:2,2:4:40:40,0,40 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/1:2,1:3:33:33,0,75 0/1:1,2:3:33:75,0,33 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/0:2,0:2:6:0,6,84 1/1:0,1:1:3:10,3,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/1:2,2:4:71:71,0,71 0/0:1,0:1:3:0,3,42 1/1:0,2:2:6:84,6,0 +Reference 386500 . A C 1916.98 PASS AC=32;AF=0.842;AN=38;BaseQRankSum=-0.275;DP=58;ExcessHet=0.0015;FS=2.151;InbreedingCoeff=0.2752;MLEAC=32;MLEAF=0.842;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=33.62;ReadPosRankSum=-0.283;SOR=0.651 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 1/1:0,2:2:6:84,6,0 1/1:0,4:4:12:167,12,0 0/0:.:0:.:0,0,0 1/1:0,4:4:12:167,12,0 1/1:0,3:3:9:121,9,0 0/0:2,0:2:6:0,6,51 0/1:2,2:4:71:71,0,71 1/1:0,3:3:9:115,9,0 1/1:0,4:4:12:151,12,0 1/1:0,3:3:9:125,9,0 1/1:0,2:2:6:84,6,0 1/1:0,2:2:6:51,6,0 1/1:0,4:4:12:163,12,0 1/1:0,2:2:6:51,6,0 1/1:0,3:3:9:125,9,0 1/1:0,2:2:6:84,6,0 1/1:0,4:4:12:125,12,0 0/1:2,1:3:33:33,0,75 +Reference 387000 . A C 205.72 PASS AC=3;AF=0.088;AN=34;BaseQRankSum=0.071;DP=50;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3196;MLEAC=3;MLEAF=0.088;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=33.52;ReadPosRankSum=-0.061;SOR=0.495 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:5,0:5:15:0,15,199 0/0:3,0:3:9:0,9,115 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:1,0:1:3:0,3,38 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:5,0:5:15:0,15,205 0/0:3,0:3:9:0,9,115 0/0:2,0:2:6:0,6,79 0/0:2,0:2:6:0,6,84 1/1:0,5:5:15:200,15,0 0/1:3,1:4:30:30,0,113 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:2,0:2:6:0,6,79 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:.:0:.:0,0,0 +Reference 387500 . A C 211 PASS AC=7;AF=0.194;AN=36;BaseQRankSum=0.215;DP=43;ExcessHet=0.0000;FS=2.593;InbreedingCoeff=0.3222;MLEAC=6;MLEAF=0.167;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=27.36;ReadPosRankSum=-0.117;SOR=1.249 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:5,0:5:15:0,15,177 0/0:1,0:1:3:0,3,26 0/0:1,0:1:3:0,3,10 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:1,0:1:3:0,3,38 0/0:3,0:3:9:0,9,115 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:1,0:1:3:0,3,32 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:7,0:7:21:0,21,234 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/1:1,1:2:36:36,0,36 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:1,0:1:3:0,3,42 1/1:0,3:3:9:117,9,0 0/0:3,0:3:9:0,9,125 +Reference 388000 . A C 174.13 PASS AC=3;AF=0.079;AN=38;BaseQRankSum=0.976;DP=43;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1790;MLEAC=3;MLEAF=0.079;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.88;ReadPosRankSum=1.649;SOR=0.582 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:1,0:1:3:0,3,38 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:1,0:1:3:0,3,10 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,80 1/1:0,3:3:9:125,9,0 0/0:3,0:3:9:0,9,117 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:4,0:4:12:0,12,157 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/1:2,2:4:72:72,0,72 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,84 +Reference 388500 . A C 243.89 PASS AC=7;AF=0.206;AN=34;BaseQRankSum=-1.198;DP=41;ExcessHet=0.0154;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2025;MLEAC=7;MLEAF=0.206;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=30.63;ReadPosRankSum=-0.751;SOR=0.804 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,1:2:36:36,0,36 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/1:1,1:2:36:36,0,36 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:.:0:.:0,0,0 1/1:0,2:2:6:76,6,0 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:2,0:2:6:0,6,80 0/0:4,0:4:12:0,12,156 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/0:3,0:3:9:0,9,93 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/1:1,1:2:36:36,0,36 +Reference 389000 . A C 63.76 PASS AC=1;AF=0.029;AN=34;BaseQRankSum=0.846;DP=53;ExcessHet=0.0000;FS=3.118;InbreedingCoeff=0.3326;MLEAC=1;MLEAF=0.029;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.25;ReadPosRankSum=-0.048;SOR=2.165 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:4,0:4:12:0,12,153 0/0:5,0:5:15:0,15,167 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:3,0:3:9:0,9,121 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:5,0:5:14:0,14,144 0/0:4,0:4:12:0,12,153 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:4,0:4:12:0,12,152 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:.:0:.:0,0,0 0/1:1,2:3:1:75,0,1 0/0:2,0:2:6:0,6,80 0/0:3,0:3:9:0,9,93 0/0:4,0:4:12:0,12,163 +Reference 389500 . A C 123.28 PASS AC=2;AF=0.056;AN=36;BaseQRankSum=-0.623;DP=55;ExcessHet=0.1259;FS=9.787;InbreedingCoeff=0.0452;MLEAC=3;MLEAF=0.083;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.66;ReadPosRankSum=-1.901;SOR=3.240 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:5,0:5:15:0,15,173 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:5,0:5:15:0,15,209 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:2,0:2:6:0,6,79 0/0:7,0:7:21:0,21,277 0/0:5,0:5:15:0,15,177 0/1:1,1:2:36:36,0,36 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,79 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/1:2,3:5:68:104,0,68 +Reference 390500 . A C 513.44 PASS AC=14;AF=0.412;AN=34;BaseQRankSum=0.188;DP=50;ExcessHet=0.0001;FS=1.502;InbreedingCoeff=0.4292;MLEAC=13;MLEAF=0.382;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=31.62;ReadPosRankSum=0.745;SOR=0.456 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9:117,9,0 0/0:3,0:3:9:0,9,121 0/0:3,0:3:9:0,9,93 0/0:5,0:5:15:0,15,198 0/0:3,0:3:9:0,9,125 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/0:2,0:2:6:0,6,78 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:5,0:5:15:0,15,204 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/0:5,0:5:15:0,15,173 0/0:2,0:2:6:0,6,51 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/1:1,2:3:33:75,0,33 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:.:0:.:0,0,0 1/1:0,4:4:12:142,12,0 0/0:.:0:.:0,0,0 0/1:2,1:3:33:33,0,43 +Reference 391000 . A C 1044.17 PASS AC=18;AF=0.450;AN=40;BaseQRankSum=-0.871;DP=57;ExcessHet=0.0013;FS=4.815;InbreedingCoeff=0.3250;MLEAC=17;MLEAF=0.425;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=28.71;ReadPosRankSum=-1.322;SOR=1.020 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12:167,12,0 0/1:2,2:4:71:71,0,71 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:1,0:1:3:0,3,42 1/1:0,2:2:6:84,6,0 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:3,0:3:9:0,9,121 0/0:3,0:3:9:0,9,125 1/1:0,1:1:3:32,3,0 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/1:2,1:3:33:33,0,75 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/1:1,1:2:36:36,0,36 1/1:0,2:2:6:74,6,0 1/1:0,5:5:15:209,15,0 1/1:0,6:6:18:237,18,0 0/0:2,0:2:6:0,6,51 0/1:1,2:3:33:75,0,33 +Reference 391500 . A C 133.78 PASS AC=2;AF=0.056;AN=36;BaseQRankSum=-0.695;DP=46;ExcessHet=0.1259;FS=1.901;InbreedingCoeff=0.0080;MLEAC=3;MLEAF=0.083;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.86;ReadPosRankSum=-1.319;SOR=0.957 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,73 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/1:1,3:4:30:81,0,30 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:4,0:4:12:0,12,135 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/1:3,2:5:68:68,0,110 0/0:1,0:1:3:0,3,10 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:6,0:6:18:0,18,241 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:.:0:.:0,0,0 +Reference 392000 . A C 132.37 PASS AC=5;AF=0.147;AN=34;BaseQRankSum=-0.430;DP=48;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3661;MLEAC=4;MLEAF=0.118;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.47;ReadPosRankSum=0.560;SOR=0.600 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:2,0:2:6:0,6,74 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:5,0:5:15:0,15,195 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/1:1,2:3:33:74,0,33 0/0:3,0:3:9:0,9,107 1/1:0,2:2:6:42,6,0 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:5,0:5:15:0,15,209 0/0:2,0:2:6:0,6,84 +Reference 392500 . A C 87.02 PASS AC=3;AF=0.088;AN=34;BaseQRankSum=-1.086;DP=42;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2586;MLEAC=3;MLEAF=0.088;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=32.79;ReadPosRankSum=-0.220;SOR=0.756 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/1:2,1:3:33:33,0,75 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:2,0:2:6:0,6,75 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:4,0:4:12:0,12,167 1/1:0,2:2:6:74,6,0 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,51 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:6,0:6:18:0,18,251 0/0:4,0:4:12:0,12,135 0/0:1,0:1:3:0,3,32 +Reference 394000 . A C 586.97 PASS AC=16;AF=0.500;AN=32;BaseQRankSum=-0.645;DP=43;ExcessHet=0.0120;FS=1.583;InbreedingCoeff=0.2083;MLEAC=17;MLEAF=0.531;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=32.28;ReadPosRankSum=0.345;SOR=0.610 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/0:.:0:.:0,0,0 0/1:3,2:5:37:37,0,111 0/0:.:0:.:0,0,0 1/1:0,3:3:9:125,9,0 1/1:0,3:3:9:121,9,0 0/0:5,0:5:15:0,15,205 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/1:1,1:2:32:36,0,32 0/0:.:0:.:0,0,0 0/1:2,1:3:33:33,0,75 1/1:0,1:1:3:42,3,0 1/1:0,1:1:3:32,3,0 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/1:3,1:4:30:30,0,113 0/0:1,0:1:3:0,3,38 +Reference 394500 . A C 1345 PASS AC=21;AF=0.553;AN=38;BaseQRankSum=1.504;DP=51;ExcessHet=0.0137;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2679;MLEAC=23;MLEAF=0.605;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=34.51;ReadPosRankSum=0.358;SOR=0.316 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:1,0:1:3:0,3,27 1/1:0,4:4:12:167,12,0 1/1:0,3:3:9:125,9,0 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:3,0:3:9:0,9,117 0/0:2,0:2:6:0,6,84 1/1:0,4:4:12:163,12,0 1/1:0,3:3:9:121,9,0 1/1:0,2:2:6:80,6,0 0/0:1,0:1:3:0,3,10 1/1:0,4:4:12:163,12,0 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/1:1,1:2:4:36,0,4 0/1:1,1:2:4:36,0,4 1/1:0,4:4:12:135,12,0 0/1:1,2:3:33:69,0,33 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/1:1,1:2:36:36,0,36 0/1:1,3:4:30:105,0,30 +Reference 395000 . A C 1213.74 PASS AC=28;AF=0.824;AN=34;BaseQRankSum=-0.681;DP=38;ExcessHet=0.1908;FS=11.290;InbreedingCoeff=0.0026;MLEAC=28;MLEAF=0.824;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=29.49;ReadPosRankSum=1.093;SOR=0.741 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,1:1:3:42,3,0 1/1:0,1:1:3:42,3,0 1/1:0,3:3:9:121,9,0 0/0:.:0:.:0,0,0 0/1:3,2:5:68:68,0,110 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/1:2,2:4:63:63,0,71 1/1:0,4:4:12:167,12,0 1/1:0,1:1:3:38,3,0 0/0:.:0:.:0,0,0 0/1:1,2:3:29:43,0,29 1/1:0,2:2:6:51,6,0 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/0:.:0:.:0,0,0 1/1:0,2:2:6:80,6,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/1:1,2:3:33:75,0,33 1/1:0,2:2:6:84,6,0 1/1:0,1:1:3:42,3,0 1/1:0,2:2:6:84,6,0 +Reference 396500 . A C 1362.48 PASS AC=22;AF=0.579;AN=38;BaseQRankSum=-1.456;DP=54;ExcessHet=0.0000;FS=3.187;InbreedingCoeff=0.4690;MLEAC=23;MLEAF=0.605;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=28.72;ReadPosRankSum=0.874;SOR=0.280 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:1,0:1:3:0,3,42 1/1:0,2:2:6:69,6,0 0/0:2,0:2:6:0,6,84 1/1:0,7:7:21:260,21,0 0/1:1,2:3:33:59,0,33 0/0:6,0:6:18:0,18,246 0/0:.:0:.:0,0,0 1/1:0,4:4:12:167,12,0 1/1:0,3:3:9:125,9,0 1/1:0,4:4:12:160,12,0 1/1:0,3:3:9:93,9,0 1/1:0,3:3:9:125,9,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,42 1/1:0,3:3:9:125,9,0 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/1:1,1:2:36:36,0,36 0/0:3,0:3:9:0,9,125 1/1:0,2:2:6:84,6,0 +Reference 397000 . A C 91.80 PASS AC=3;AF=0.088;AN=34;BaseQRankSum=-0.626;DP=45;ExcessHet=0.0000;FS=3.023;InbreedingCoeff=0.2525;MLEAC=3;MLEAF=0.088;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.95;ReadPosRankSum=-0.419;SOR=0.674 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:2,0:2:6:0,6,80 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,79 0/0:2,0:2:6:0,6,80 0/0:1,0:1:3:0,3,42 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/1:2,2:4:67:68,0,67 0/0:2,0:2:6:0,6,79 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:6,0:6:18:0,18,241 0/0:2,0:2:6:0,6,80 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:.:0:.:0,0,0 +Reference 397500 . A C 62.93 PASS AC=1;AF=0.026;AN=38;BaseQRankSum=0.710;DP=55;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0577;MLEAC=1;MLEAF=0.026;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.98;ReadPosRankSum=0.481;SOR=0.340 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,80 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/1:1,2:3:23:75,0,23 0/0:5,0:5:15:0,15,194 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:1,0:1:3:0,3,10 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:3,0:3:9:0,9,117 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:4,0:4:12:0,12,157 0/0:5,0:5:15:0,15,209 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,45 0/0:2,0:2:6:0,6,77 +Reference 398000 . A C 745.41 PASS AC=15;AF=0.395;AN=38;BaseQRankSum=0.000;DP=48;ExcessHet=0.2330;FS=3.155;InbreedingCoeff=-0.0251;MLEAC=15;MLEAF=0.395;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.26;ReadPosRankSum=0.807;SOR=1.300 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,2:4:71:71,0,71 1/1:0,2:2:6:80,6,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/1:3,1:4:30:30,0,109 1/1:0,5:5:15:209,15,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,80 0/0:.:0:.:0,0,0 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/1:1,2:3:33:75,0,33 0/0:2,0:2:6:0,6,51 0/1:1,1:2:36:36,0,36 0/0:4,0:4:12:0,12,167 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/1:2,1:3:33:33,0,75 0/1:1,3:4:30:109,0,30 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/1:1,1:2:26:26,0,31 0/0:3,0:3:9:0,9,125 +Reference 399000 . A C 79.57 PASS AC=2;AF=0.059;AN=34;BaseQRankSum=-0.951;DP=47;ExcessHet=0.1336;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0895;MLEAC=3;MLEAF=0.088;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.52;ReadPosRankSum=0.489;SOR=1.018 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,74 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:4,0:4:12:0,12,163 0/0:5,0:5:15:0,15,205 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:2,0:2:6:0,6,80 0/1:1,1:2:36:36,0,36 0/1:1,2:3:29:59,0,29 0/0:5,0:5:15:0,15,167 +Reference 399500 . A C 502.95 PASS AC=9;AF=0.225;AN=40;BaseQRankSum=0.164;DP=57;ExcessHet=0.0025;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2342;MLEAC=9;MLEAF=0.225;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=33.53;ReadPosRankSum=-0.908;SOR=0.598 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,2:4:71:71,0,71 1/1:0,3:3:9:125,9,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:5,0:5:15:0,15,209 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,80 0/0:2,0:2:6:0,6,51 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/1:2,1:3:33:33,0,61 1/1:0,5:5:15:190,15,0 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:2,0:2:6:0,6,47 0/1:1,2:3:33:75,0,33 +Reference 400000 . A C 68.87 PASS AC=2;AF=0.059;AN=34;BaseQRankSum=0.822;DP=40;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2911;MLEAC=2;MLEAF=0.059;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=34.43;ReadPosRankSum=1.051;SOR=0.395 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:8,0:8:24:0,24,330 0/0:5,0:5:15:0,15,197 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:2,0:2:6:0,6,80 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:1,0:1:3:0,3,27 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,10 0/0:3,0:3:9:0,9,111 +Reference 400500 . A C 1140.84 PASS AC=24;AF=0.632;AN=38;BaseQRankSum=-0.042;DP=45;ExcessHet=0.0000;FS=1.707;InbreedingCoeff=0.3627;MLEAC=23;MLEAF=0.605;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.19;ReadPosRankSum=1.249;SOR=0.472 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,10 0/0:2,0:2:6:0,6,84 1/1:0,1:1:3:42,3,0 1/1:0,4:4:12:167,12,0 1/1:0,2:2:6:84,6,0 1/1:0,2:2:6:74,6,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 1/1:0,6:6:18:251,18,0 1/1:0,2:2:6:80,6,0 0/1:2,1:3:33:33,0,75 1/1:0,1:1:3:42,3,0 1/1:0,3:3:9:93,9,0 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/0:6,0:6:18:0,18,251 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,38 0/0:.:0:.:0,0,0 0/1:1,1:2:36:36,0,36 1/1:0,1:1:3:38,3,0 +Reference 401000 . A C 92.45 PASS AC=3;AF=0.088;AN=34;BaseQRankSum=-3.355;DP=37;ExcessHet=0.0000;FS=3.299;InbreedingCoeff=0.2385;MLEAC=3;MLEAF=0.088;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.49;ReadPosRankSum=-1.126;SOR=1.550 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:3,0:3:9:0,9,121 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:3,0:3:9:0,9,93 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,80 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/1:1,2:3:33:71,0,33 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:3,0:3:9:0,9,125 1/1:0,2:2:6:41,6,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,42 +Reference 402000 . A C 1422.94 PASS AC=27;AF=0.711;AN=38;BaseQRankSum=0.211;DP=51;ExcessHet=0.5777;FS=3.188;InbreedingCoeff=-0.0987;MLEAC=27;MLEAF=0.711;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=32.55;ReadPosRankSum=-0.393;SOR=0.165 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9:125,9,0 0/1:2,1:3:33:33,0,75 1/1:0,3:3:9:125,9,0 1/1:0,4:4:12:159,12,0 0/1:2,2:4:67:67,0,71 0/1:3,1:4:30:30,0,81 0/0:1,0:1:3:0,3,38 0/1:1,1:2:32:32,0,36 0/1:1,2:3:23:75,0,23 0/1:2,2:4:67:67,0,71 0/0:1,0:1:3:0,3,42 1/1:0,2:2:6:83,6,0 0/1:2,1:3:33:33,0,65 0/0:.:0:.:0,0,0 1/1:0,3:3:9:93,9,0 1/1:0,1:1:3:42,3,0 1/1:0,1:1:3:32,3,0 1/1:0,3:3:9:117,9,0 1/1:0,2:2:6:80,6,0 1/1:0,4:4:12:167,12,0 +Reference 403500 . A C 803.79 PASS AC=15;AF=0.395;AN=38;BaseQRankSum=-0.376;DP=51;ExcessHet=1.2994;FS=10.813;InbreedingCoeff=-0.1486;MLEAC=16;MLEAF=0.421;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=30.16;ReadPosRankSum=-0.571;SOR=0.485 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,1:2:31:36,0,31 1/1:0,1:1:3:42,3,0 1/1:0,6:6:18:231,18,0 0/1:4,1:5:23:23,0,152 0/1:1,2:3:33:75,0,33 0/1:2,1:3:23:23,0,75 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/1:1,1:2:36:36,0,36 0/0:2,0:2:6:0,6,84 1/1:0,3:3:9:125,9,0 0/1:1,1:2:36:36,0,36 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:2,0:2:6:0,6,69 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/1:1,1:2:36:36,0,36 0/1:1,1:2:36:36,0,36 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/1:2,3:5:68:110,0,68 0/0:4,0:4:12:0,12,131 +Reference 404000 . A C 92.53 PASS AC=3;AF=0.088;AN=34;BaseQRankSum=0.927;DP=46;ExcessHet=0.0000;FS=3.081;InbreedingCoeff=0.2288;MLEAC=3;MLEAF=0.088;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.51;ReadPosRankSum=0.326;SOR=2.400 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:6,0:6:18:0,18,251 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:4,0:4:12:0,12,131 0/0:2,0:2:6:0,6,80 0/0:5,0:5:15:0,15,201 0/1:3,2:5:68:68,0,106 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:3,0:3:9:0,9,93 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:3,0:3:9:0,9,89 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:.:0:.:0,0,0 +Reference 404500 . A C 179.83 PASS AC=4;AF=0.125;AN=32;BaseQRankSum=1.308;DP=59;ExcessHet=0.9163;FS=4.455;InbreedingCoeff=0.0746;MLEAC=5;MLEAF=0.156;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.98;ReadPosRankSum=0.138;SOR=2.296 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:6,0:6:18:0,18,251 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:3,0:3:9:0,9,117 0/1:1,1:2:36:36,0,36 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/1:5,1:6:24:24,0,175 0/1:1,2:3:29:75,0,29 0/0:5,0:5:15:0,15,205 0/0:.:0:.:0,0,0 0/1:4,2:6:65:65,0,141 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:3,0:3:9:0,9,121 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:5,0:5:15:0,15,173 0/0:4,0:4:12:0,12,159 +Reference 405000 . A C 183.11 PASS AC=4;AF=0.125;AN=32;BaseQRankSum=0.677;DP=44;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.4930;MLEAC=3;MLEAF=0.094;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=30.01;ReadPosRankSum=2.497;SOR=0.844 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:2,0:2:6:0,6,84 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:3,0:3:9:0,9,89 0/0:5,0:5:15:0,15,209 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,81 1/1:0,4:4:12:167,12,0 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:4,0:4:12:0,12,163 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:.:0:.:0,0,0 +Reference 405500 . A C 87.33 PASS AC=2;AF=0.050;AN=40;BaseQRankSum=1.077;DP=45;ExcessHet=0.1128;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.1555;MLEAC=3;MLEAF=0.075;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.47;ReadPosRankSum=0.855;SOR=1.012 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/1:3,2:5:68:68,0,110 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,73 0/0:3,0:3:9:0,9,121 0/0:1,0:1:3:0,3,10 0/0:1,0:1:3:0,3,32 0/0:3,0:3:9:0,9,115 0/0:3,0:3:9:0,9,121 0/0:2,0:2:6:0,6,76 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,80 0/1:1,1:2:32:36,0,32 0/0:2,0:2:6:0,6,80 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:1,0:1:3:0,3,32 +Reference 406000 . A C 65.59 PASS AC=2;AF=0.053;AN=38;BaseQRankSum=-3.357;DP=47;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2789;MLEAC=1;MLEAF=0.026;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.86;ReadPosRankSum=-2.255;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:3,0:3:9:0,9,121 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:2,0:2:6:0,6,80 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:2,0:2:6:0,6,84 1/1:0,3:3:9:85,9,0 0/0:2,0:2:6:0,6,80 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,80 0/0:3,0:3:9:0,9,122 0/0:3,0:3:9:0,9,121 0/0:5,0:5:15:0,15,199 0/0:2,0:2:6:0,6,74 +Reference 406500 . A C 294.13 PASS AC=8;AF=0.211;AN=38;BaseQRankSum=-0.677;DP=49;ExcessHet=0.0003;FS=6.576;InbreedingCoeff=0.3007;MLEAC=7;MLEAF=0.184;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=32.68;ReadPosRankSum=-1.866;SOR=1.317 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:5,0:5:15:0,15,209 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/1:1,2:3:33:75,0,33 0/0:3,0:3:9:0,9,93 0/0:7,0:7:21:0,21,288 1/1:0,2:2:6:80,6,0 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 1/1:0,2:2:6:51,6,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,47 0/0:2,0:2:6:0,6,80 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/1:1,1:2:36:36,0,36 0/0:2,0:2:6:0,6,84 +Reference 407000 . A C 106.39 PASS AC=2;AF=0.059;AN=34;BaseQRankSum=0.973;DP=51;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3810;MLEAC=2;MLEAF=0.059;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=33.45;ReadPosRankSum=1.085;SOR=1.130 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,80 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:1,0:1:3:0,3,32 1/1:0,3:3:9:125,9,0 0/0:4,0:4:12:0,12,125 0/0:5,0:5:15:0,15,202 0/0:6,0:6:18:0,18,251 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,70 0/0:7,0:7:21:0,21,288 0/0:3,0:3:9:0,9,115 0/0:2,0:2:6:0,6,80 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,80 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:.:0:.:0,0,0 +Reference 408000 . A C 2057.23 PASS AC=30;AF=0.882;AN=34;BaseQRankSum=-0.543;DP=53;ExcessHet=0.0128;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2236;MLEAC=33;MLEAF=0.971;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=28.50;ReadPosRankSum=1.442;SOR=0.877 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12:163,12,0 1/1:0,1:1:3:42,3,0 1/1:0,2:2:6:84,6,0 1/1:0,3:3:9:125,9,0 0/0:.:0:.:0,0,0 1/1:0,6:6:18:251,18,0 1/1:0,2:2:6:84,6,0 1/1:0,2:2:6:84,6,0 1/1:0,3:3:9:125,9,0 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/0:.:0:.:0,0,0 1/1:0,4:4:12:167,12,0 1/1:0,5:5:15:199,15,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/1:1,1:2:36:36,0,36 1/1:0,4:4:12:167,12,0 1/1:0,3:3:9:93,9,0 0/1:1,3:4:30:109,0,30 0/0:.:0:.:0,0,0 1/1:0,4:4:12:157,12,0 +Reference 409000 . A C 123.72 PASS AC=2;AF=0.056;AN=36;BaseQRankSum=0.736;DP=40;ExcessHet=0.1259;FS=5.825;InbreedingCoeff=-0.0128;MLEAC=3;MLEAF=0.083;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.75;ReadPosRankSum=-0.180;SOR=1.609 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,80 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:3,0:3:9:0,9,121 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,51 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/1:3,2:5:68:68,0,110 0/0:2,0:2:6:0,6,74 0/1:2,2:4:71:71,0,71 +Reference 409500 . A C 841.06 PASS AC=18;AF=0.450;AN=40;BaseQRankSum=-0.894;DP=57;ExcessHet=0.0013;FS=5.294;InbreedingCoeff=0.2775;MLEAC=17;MLEAF=0.425;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=34.17;ReadPosRankSum=-0.404;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,42 1/1:0,5:5:15:205,15,0 1/1:0,2:2:6:74,6,0 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:4,0:4:12:0,12,157 1/1:0,2:2:6:51,6,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/1:3,1:4:26:26,0,106 0/0:4,0:4:12:0,12,163 0/0:2,0:2:6:0,6,84 1/1:0,2:2:6:84,6,0 1/1:0,3:3:9:121,9,0 1/1:0,2:2:6:77,6,0 0/1:2,1:3:33:33,0,75 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/1:4,3:7:99:104,0,142 0/1:1,1:2:36:36,0,36 +Reference 410000 . A C 67.51 PASS AC=2;AF=0.053;AN=38;BaseQRankSum=-1.108;DP=47;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2137;MLEAC=1;MLEAF=0.026;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=33.76;ReadPosRankSum=-0.238;SOR=2.833 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,80 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:5,1:6:8:0,8,199 0/0:4,0:4:12:0,12,159 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:3,0:3:9:0,9,93 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:4,0:4:12:0,12,165 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:1,0:1:3:0,3,32 0/0:.:0:.:0,0,0 +Reference 410500 . A C 619.45 PASS AC=14;AF=0.389;AN=36;BaseQRankSum=0.922;DP=45;ExcessHet=0.0056;FS=1.441;InbreedingCoeff=0.2471;MLEAC=14;MLEAF=0.389;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=30.69;ReadPosRankSum=-0.479;SOR=0.839 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,119 0/1:2,1:3:33:33,0,75 0/0:.:0:.:0,0,0 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/1:1,1:2:36:36,0,36 1/1:0,3:3:9:125,9,0 0/0:.:0:.:0,0,0 1/1:0,3:3:9:121,9,0 1/1:0,1:1:3:42,3,0 1/1:0,4:4:12:167,12,0 0/1:2,1:3:33:33,0,71 0/0:3,0:3:9:0,9,121 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/1:1,1:2:36:36,0,36 0/0:1,0:1:3:0,3,32 0/0:2,0:2:6:0,6,84 +Reference 411000 . A C 247.48 PASS AC=8;AF=0.235;AN=34;BaseQRankSum=0.527;DP=44;ExcessHet=0.0602;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1296;MLEAC=8;MLEAF=0.235;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=29.35;ReadPosRankSum=2.156;SOR=0.999 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,2:4:71:71,0,71 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/0:2,0:2:6:0,6,74 0/0:5,0:5:15:0,15,205 0/0:3,0:3:9:0,9,125 1/1:0,2:2:6:51,6,0 0/0:5,0:5:15:0,15,209 0/0:2,0:2:6:0,6,51 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:4,0:4:12:0,12,159 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:2,0:2:6:0,6,69 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/1:1,1:2:36:36,0,36 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:2,0:2:6:0,6,51 0/1:2,1:3:33:33,0,71 0/1:1,1:2:36:36,0,36 +Reference 411500 . A C 63.77 PASS AC=1;AF=0.026;AN=38;BaseQRankSum=0.724;DP=46;ExcessHet=0.0000;FS=3.222;InbreedingCoeff=-0.0045;MLEAC=1;MLEAF=0.026;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.26;ReadPosRankSum=0.635;SOR=2.219 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/1:1,2:3:33:75,0,33 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:6,0:6:18:0,18,235 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:1,0:1:3:0,3,10 0/0:2,0:2:6:0,6,76 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:3,0:3:9:0,9,93 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:1,0:1:3:0,3,36 +Reference 412000 . A C 503.70 PASS AC=10;AF=0.278;AN=36;BaseQRankSum=0.571;DP=47;ExcessHet=0.3364;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0628;MLEAC=11;MLEAF=0.306;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=31.58;ReadPosRankSum=-0.221;SOR=1.241 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:.:0:.:0,0,0 0/1:1,1:2:36:36,0,36 0/1:2,2:4:71:71,0,71 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/1:1,2:3:22:75,0,22 0/0:3,0:3:9:0,9,121 0/1:2,1:3:33:33,0,43 0/0:3,0:3:9:0,9,93 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/1:1,1:2:36:36,0,36 0/0:1,0:1:3:0,3,42 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:3,0:3:9:0,9,93 1/1:0,4:4:12:163,12,0 0/1:1,2:3:1:65,0,1 0/0:4,0:4:12:0,12,167 +Reference 413000 . A C 2025.46 PASS AC=32;AF=0.842;AN=38;BaseQRankSum=1.916;DP=54;ExcessHet=0.0015;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2141;MLEAC=32;MLEAF=0.842;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=28.74;ReadPosRankSum=-0.210;SOR=0.424 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6:84,6,0 1/1:0,5:5:15:205,15,0 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/1:1,1:2:32:36,0,32 1/1:0,1:1:3:42,3,0 1/1:0,4:4:12:163,12,0 1/1:0,2:2:6:84,6,0 1/1:0,2:2:6:76,6,0 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/1:1,2:3:33:75,0,33 0/0:1,0:1:3:0,3,42 1/1:0,4:4:12:160,12,0 0/0:1,0:1:3:0,3,37 1/1:0,5:5:15:205,15,0 1/1:0,1:1:3:42,3,0 1/1:0,3:3:9:125,9,0 1/1:0,3:3:9:110,9,0 0/0:.:0:.:0,0,0 1/1:0,6:6:18:251,18,0 1/1:0,3:3:9:125,9,0 +Reference 413500 . A C 106.14 PASS AC=2;AF=0.056;AN=36;BaseQRankSum=0.855;DP=47;ExcessHet=0.0000;FS=11.344;InbreedingCoeff=0.3249;MLEAC=2;MLEAF=0.056;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.46;ReadPosRankSum=1.070;SOR=2.808 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9:125,9,0 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:1,0:1:3:0,3,32 0/0:4,0:4:12:0,12,163 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:2,0:2:6:0,6,80 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:4,0:4:12:0,12,129 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:3,0:3:9:0,9,121 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:5,0:5:15:0,15,199 0/0:2,0:2:6:0,6,80 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:1,0:1:3:0,3,42 +Reference 415000 . A C 566.61 PASS AC=11;AF=0.306;AN=36;BaseQRankSum=-0.160;DP=46;ExcessHet=0.6840;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0669;MLEAC=12;MLEAF=0.333;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=31.40;ReadPosRankSum=0.058;SOR=1.178 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/1:1,1:2:36:36,0,36 0/1:1,2:3:33:71,0,33 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:1,0:1:3:0,3,38 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,51 0/0:5,0:5:15:0,15,167 0/1:1,3:4:30:107,0,30 0/0:.:0:.:0,0,0 1/1:0,4:4:12:149,12,0 0/1:1,1:2:36:36,0,36 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/1:2,2:4:71:71,0,71 0/1:1,1:2:36:36,0,36 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:3,0:3:9:0,9,93 0/1:2,1:3:33:33,0,75 0/0:3,0:3:9:0,9,121 +Reference 415500 . A C 154.53 PASS AC=5;AF=0.132;AN=38;BaseQRankSum=-1.016;DP=66;ExcessHet=0.0506;FS=1.935;InbreedingCoeff=0.1120;MLEAC=4;MLEAF=0.105;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.17;ReadPosRankSum=-0.127;SOR=1.213 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:15:0,15,205 0/0:8,0:8:24:0,24,319 0/0:3,0:3:9:0,9,115 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:5,0:5:15:0,15,195 0/0:5,0:5:15:0,15,209 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:5,0:5:15:0,15,173 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/0:4,0:4:12:0,12,163 0/1:3,2:5:68:68,0,106 0/0:3,0:3:9:0,9,121 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/1:2,2:4:67:67,0,72 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/1:2,1:3:1:1,0,73 0/0:1,0:1:3:0,3,42 +Reference 416000 . A C 171.16 PASS AC=5;AF=0.132;AN=38;BaseQRankSum=1.142;DP=48;ExcessHet=0.0000;FS=2.093;InbreedingCoeff=0.3099;MLEAC=4;MLEAF=0.105;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=35.35;ReadPosRankSum=-0.439;SOR=0.764 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,117 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,38 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:2,0:2:6:0,6,80 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:3,0:3:9:0,9,93 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/1:2,1:3:33:33,0,71 0/0:4,0:4:12:0,12,163 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:2,0:2:6:0,6,51 1/1:0,3:3:9:125,9,0 0/0:2,0:2:6:0,6,84 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/0:4,0:4:12:0,12,135 0/0:3,0:3:9:0,9,125 +Reference 416500 . A C 198.04 PASS AC=3;AF=0.100;AN=30;BaseQRankSum=-0.830;DP=42;ExcessHet=0.4742;FS=1.702;InbreedingCoeff=0.1009;MLEAC=4;MLEAF=0.133;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.80;ReadPosRankSum=0.019;SOR=0.495 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:3,0:3:9:0,9,83 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:4,0:4:12:0,12,157 0/0:.:0:.:0,0,0 0/1:2,2:4:67:67,0,71 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:2,0:2:6:0,6,80 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/1:1,2:3:33:71,0,33 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/1:1,2:3:33:75,0,33 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:5,0:5:15:0,15,177 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,42 +Reference 418500 . A C 278.58 PASS AC=2;AF=0.050;AN=40;BaseQRankSum=1.219;DP=53;ExcessHet=0.1128;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.1767;MLEAC=3;MLEAF=0.075;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.43;ReadPosRankSum=-0.063;SOR=0.534 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/1:3,4:7:99:146,0,100 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:4,0:4:12:0,12,163 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,38 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/1:2,4:6:65:149,0,65 0/0:5,0:5:15:0,15,167 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:2,0:2:6:0,6,80 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:5,0:5:15:0,15,177 0/0:2,0:2:6:0,6,81 0/0:3,0:3:9:0,9,125 +Reference 419000 . A C 48.13 PASS AC=1;AF=0.031;AN=32;BaseQRankSum=-1.570;DP=40;ExcessHet=0.0000;FS=3.171;InbreedingCoeff=0.1672;MLEAC=2;MLEAF=0.063;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.88;ReadPosRankSum=-1.397;SOR=2.284 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,80 0/1:5,2:7:58:58,0,188 0/0:2,0:2:6:0,6,80 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:3,0:3:9:0,9,118 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:3,0:3:9:0,9,119 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,42 +Reference 419500 . A C 101.57 PASS AC=1;AF=0.026;AN=38;BaseQRankSum=0.976;DP=57;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0074;MLEAC=1;MLEAF=0.026;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.39;ReadPosRankSum=-0.558;SOR=1.075 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:7,0:7:21:0,21,276 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:2,0:2:6:0,6,80 0/0:1,0:1:3:0,3,38 0/0:8,0:8:24:0,24,310 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:2,0:2:6:0,6,74 0/1:1,3:4:30:113,0,30 0/0:3,0:3:9:0,9,121 0/0:1,0:1:3:0,3,38 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,84 +Reference 420000 . A C 96.34 PASS AC=3;AF=0.079;AN=38;BaseQRankSum=0.812;DP=39;ExcessHet=0.0000;FS=2.884;InbreedingCoeff=0.0812;MLEAC=3;MLEAF=0.079;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.08;ReadPosRankSum=0.731;SOR=0.836 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/1:2,2:4:72:72,0,72 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:3,0:3:9:0,9,93 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:4,0:4:12:0,12,163 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:1,0:1:3:0,3,40 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,80 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:6,0:6:18:0,18,243 0/0:2,0:2:6:0,6,80 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,84 +Reference 420500 . A C 382.12 PASS AC=8;AF=0.211;AN=38;BaseQRankSum=-0.617;DP=67;ExcessHet=0.0003;FS=1.435;InbreedingCoeff=0.4288;MLEAC=7;MLEAF=0.184;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=27.29;ReadPosRankSum=-0.440;SOR=0.990 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:4,0:4:12:0,12,135 1/1:0,3:3:9:121,9,0 1/1:0,3:3:9:121,9,0 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:4,0:4:12:0,12,135 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:.:0:.:0,0,0 0/1:5,3:8:99:101,0,181 0/1:1,1:2:36:36,0,36 0/0:3,0:3:9:0,9,125 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/0:3,0:3:9:0,9,121 0/0:5,0:5:15:0,15,203 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:6,0:6:18:0,18,251 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:5,0:5:15:0,15,209 0/0:3,0:3:9:0,9,121 +Reference 421500 . A C 67.26 PASS AC=2;AF=0.056;AN=36;BaseQRankSum=-0.701;DP=48;ExcessHet=0.0000;FS=3.632;InbreedingCoeff=0.3230;MLEAC=1;MLEAF=0.028;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=33.63;ReadPosRankSum=-0.196;SOR=2.824 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,80 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:2,0:2:6:0,6,51 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:3,0:3:9:0,9,121 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,80 0/0:4,0:4:12:0,12,163 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:3,1:4:2:0,2,116 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:4,0:4:12:0,12,158 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,51 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/0:3,0:3:9:0,9,115 +Reference 423000 . A C 416.47 PASS AC=9;AF=0.237;AN=38;BaseQRankSum=-0.642;DP=51;ExcessHet=0.1204;FS=3.396;InbreedingCoeff=-0.0072;MLEAC=9;MLEAF=0.237;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=29.75;ReadPosRankSum=-1.589;SOR=0.560 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/0:1,0:1:3:0,3,38 0/0:5,0:5:15:0,15,177 0/0:4,0:4:12:0,12,163 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,80 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/1:1,2:3:33:75,0,33 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,51 0/1:2,1:3:29:29,0,65 0/0:5,0:5:15:0,15,205 0/1:2,1:3:33:33,0,71 0/0:2,0:2:6:0,6,84 1/1:0,1:1:3:37,3,0 0/1:3,2:5:68:68,0,110 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/1:1,5:6:24:155,0,24 +Reference 423500 . A C 1469.81 PASS AC=32;AF=0.800;AN=40;BaseQRankSum=2.081;DP=49;ExcessHet=0.0003;FS=5.731;InbreedingCoeff=0.2465;MLEAC=29;MLEAF=0.725;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=27.61;ReadPosRankSum=1.381;SOR=0.220 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6:84,6,0 1/1:0,2:2:6:80,6,0 1/1:0,4:4:12:167,12,0 0/0:3,0:3:9:0,9,119 1/1:0,4:4:12:135,12,0 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/0:1,0:1:3:0,3,10 0/0:3,0:3:9:0,9,125 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/1:2,1:3:33:33,0,71 1/1:0,1:1:3:42,3,0 1/1:0,7:7:21:282,21,0 1/1:0,2:2:6:80,6,0 1/1:0,1:1:3:42,3,0 1/1:0,1:1:3:42,3,0 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/1:4,1:5:27:27,0,134 1/1:0,2:2:6:84,6,0 1/1:0,1:1:3:42,3,0 1/1:0,3:3:9:125,9,0 +Reference 424000 . A C 63.80 PASS AC=1;AF=0.028;AN=36;BaseQRankSum=0.577;DP=50;ExcessHet=0.0000;FS=6.410;InbreedingCoeff=0.0933;MLEAC=1;MLEAF=0.028;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.27;ReadPosRankSum=0.202;SOR=2.268 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:4,0:4:12:0,12,157 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:5,0:5:15:0,15,208 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/1:1,2:3:33:75,0,33 0/0:3,0:3:9:0,9,105 0/0:5,0:5:15:0,15,205 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:5,0:5:15:0,15,209 0/0:3,0:3:9:0,9,117 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:2,0:2:6:0,6,80 +Reference 424500 . A C 226.03 PASS AC=5;AF=0.132;AN=38;BaseQRankSum=0.501;DP=60;ExcessHet=0.0506;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0767;MLEAC=5;MLEAF=0.132;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.84;ReadPosRankSum=0.739;SOR=0.432 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:7,0:7:21:0,21,282 0/0:2,0:2:6:0,6,80 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,51 0/0:5,0:5:15:0,15,191 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:4,0:4:12:0,12,159 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:4,0:4:12:0,12,167 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/1:1,2:3:33:71,0,33 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:4,0:4:12:0,12,157 0/0:4,0:4:12:0,12,159 0/1:2,2:4:71:71,0,71 0/1:3,2:5:68:68,0,110 +Reference 425000 . A C 525.96 PASS AC=7;AF=0.184;AN=38;BaseQRankSum=0.023;DP=64;ExcessHet=0.3441;FS=9.175;InbreedingCoeff=-0.0106;MLEAC=7;MLEAF=0.184;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.91;ReadPosRankSum=1.799;SOR=0.662 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,10 0/0:4,1:5:5:0,5,154 0/1:2,4:6:65:145,0,65 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/1:2,2:4:71:71,0,71 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/1:1,1:2:36:36,0,36 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/1:3,3:6:65:108,0,65 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/1:1,3:4:30:109,0,30 0/0:4,0:4:12:0,12,149 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:6,0:6:18:0,18,244 0/0:2,0:2:6:0,6,80 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:2,0:2:6:0,6,84 +Reference 425500 . A C 475.43 PASS AC=9;AF=0.225;AN=40;BaseQRankSum=0.000;DP=69;ExcessHet=1.0444;FS=1.281;InbreedingCoeff=-0.1264;MLEAC=9;MLEAF=0.225;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.41;ReadPosRankSum=0.090;SOR=1.024 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,1:4:26:26,0,103 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:5,0:5:15:0,15,177 0/1:2,1:3:33:33,0,75 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/1:1,1:2:36:36,0,36 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/1:1,1:2:36:36,0,36 0/1:2,3:5:68:108,0,68 0/1:6,4:10:99:137,0,221 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:3,0:3:9:0,9,117 0/0:5,0:5:15:0,15,189 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:4,0:4:12:0,12,163 0/0:3,0:3:9:0,9,125 1/1:0,3:3:9:93,9,0 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/1:1,1:2:36:36,0,36 +Reference 426000 . A C 293.11 PASS AC=3;AF=0.088;AN=34;BaseQRankSum=0.730;DP=55;ExcessHet=0.0000;FS=5.885;InbreedingCoeff=0.3416;MLEAC=3;MLEAF=0.088;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=32.57;ReadPosRankSum=1.498;SOR=1.838 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:6,0:6:18:0,18,239 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:2,0:2:6:0,6,51 0/0:3,0:3:9:0,9,120 0/0:3,0:3:9:0,9,93 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:3,0:3:9:0,9,93 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,80 0/0:2,0:2:6:0,6,80 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:5,0:5:15:0,15,209 0/0:4,0:4:12:0,12,167 1/1:0,5:5:15:205,15,0 0/1:1,3:4:30:113,0,30 0/0:3,0:3:9:0,9,93 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:.:0:.:0,0,0 +Reference 427000 . A C 220.99 PASS AC=3;AF=0.088;AN=34;BaseQRankSum=-0.855;DP=54;ExcessHet=0.4139;FS=1.597;InbreedingCoeff=0.0364;MLEAC=4;MLEAF=0.118;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.00;ReadPosRankSum=-0.389;SOR=0.407 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/1:1,3:4:30:99,0,30 0/0:3,0:3:9:0,9,121 0/0:5,0:5:15:0,15,205 0/1:4,2:6:65:65,0,149 0/1:1,2:3:33:75,0,33 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:7,0:7:21:0,21,284 0/0:3,0:3:9:0,9,89 0/0:3,0:3:9:0,9,115 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:3,0:3:9:0,9,121 +Reference 428000 . A C 1476.73 PASS AC=30;AF=0.833;AN=36;BaseQRankSum=-1.038;DP=41;ExcessHet=0.0018;FS=7.952;InbreedingCoeff=0.2241;MLEAC=30;MLEAF=0.833;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.41;ReadPosRankSum=0.417;SOR=1.000 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15:205,15,0 1/1:0,1:1:3:42,3,0 1/1:0,1:1:3:38,3,0 1/1:0,1:1:3:38,3,0 1/1:0,3:3:9:125,9,0 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/1:1,1:2:36:36,0,36 1/1:0,5:5:15:205,15,0 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/0:3,0:3:9:0,9,125 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/0:.:0:.:0,0,0 1/1:0,3:3:9:125,9,0 0/1:2,1:3:33:33,0,75 0/0:.:0:.:0,0,0 1/1:0,2:2:6:74,6,0 1/1:0,2:2:6:84,6,0 1/1:0,3:3:9:125,9,0 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 +Reference 429000 . A C 1360.67 PASS AC=25;AF=0.658;AN=38;BaseQRankSum=1.174;DP=57;ExcessHet=0.0006;FS=1.264;InbreedingCoeff=0.3549;MLEAC=24;MLEAF=0.632;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=33.40;ReadPosRankSum=-1.156;SOR=0.941 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12:131,12,0 0/1:3,2:5:68:68,0,102 0/1:1,1:2:36:36,0,36 1/1:0,4:4:12:167,12,0 1/1:0,1:1:3:38,3,0 0/0:5,0:5:15:0,15,199 1/1:0,2:2:6:77,6,0 1/1:0,4:4:12:167,12,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:4,0:4:12:0,12,163 0/1:1,1:2:21:21,0,36 0/0:.:0:.:0,0,0 1/1:0,1:1:3:42,3,0 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/0:3,0:3:9:0,9,125 1/1:0,7:7:21:292,21,0 1/1:0,3:3:9:125,9,0 1/1:0,1:1:3:42,3,0 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/0:2,0:2:6:0,6,74 +Reference 429500 . A C 1096.11 PASS AC=22;AF=0.611;AN=36;BaseQRankSum=-1.589;DP=45;ExcessHet=0.1194;FS=1.550;InbreedingCoeff=0.0794;MLEAC=21;MLEAF=0.583;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=30.20;ReadPosRankSum=-0.726;SOR=0.293 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,1:2:36:36,0,36 0/1:1,2:3:33:75,0,33 0/1:1,1:2:36:36,0,36 0/0:2,0:2:6:0,6,84 1/1:0,2:2:6:74,6,0 1/1:0,6:6:18:245,18,0 0/1:2,2:4:71:71,0,71 0/1:1,2:3:33:75,0,33 1/1:0,4:4:12:167,12,0 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/1:1,1:2:36:36,0,36 1/1:0,1:1:3:42,3,0 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:.:0:.:0,0,0 1/1:0,1:1:3:42,3,0 1/1:0,3:3:9:89,9,0 +Reference 430000 . A C 2041.68 PASS AC=34;AF=0.895;AN=38;BaseQRankSum=-0.678;DP=53;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3702;MLEAC=34;MLEAF=0.895;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=31.98;ReadPosRankSum=0.593;SOR=1.078 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,1:1:3:42,3,0 1/1:0,1:1:3:42,3,0 1/1:0,4:4:12:167,12,0 1/1:0,3:3:9:121,9,0 1/1:0,3:3:9:89,9,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 1/1:0,2:2:6:84,6,0 1/1:0,6:6:18:251,18,0 1/1:0,2:2:6:84,6,0 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/0:.:0:.:0,0,0 1/1:0,3:3:9:125,9,0 1/1:0,4:4:12:167,12,0 1/1:0,3:3:9:125,9,0 1/1:0,6:6:18:237,18,0 1/1:0,1:1:3:38,3,0 0/0:2,0:2:6:0,6,84 1/1:0,4:4:12:163,12,0 1/1:0,1:1:3:42,3,0 1/1:0,2:2:6:84,6,0 +Reference 430500 . A C 59.54 PASS AC=1;AF=0.025;AN=40;BaseQRankSum=0.614;DP=45;ExcessHet=0.0000;FS=2.917;InbreedingCoeff=-0.1172;MLEAC=1;MLEAF=0.025;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.88;ReadPosRankSum=-0.169;SOR=1.981 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,70 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:3,0:3:9:0,9,121 0/0:1,0:1:3:0,3,10 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:2,0:2:6:0,6,80 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:4,0:4:12:0,12,157 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/1:2,2:4:71:71,0,71 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:4,0:4:12:0,12,161 0/0:2,0:2:6:0,6,84 +Reference 431000 . A C 1099.74 PASS AC=27;AF=0.794;AN=34;BaseQRankSum=-0.634;DP=46;ExcessHet=0.4362;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0034;MLEAC=27;MLEAF=0.794;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=28.65;ReadPosRankSum=-0.304;SOR=0.685 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:.:0:.:0,0,0 0/1:1,2:3:33:43,0,33 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/1:3,2:5:68:68,0,110 1/1:0,3:3:9:125,9,0 0/1:2,1:3:33:33,0,43 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/0:.:0:.:0,0,0 1/1:0,3:3:9:125,9,0 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/0:.:0:.:0,0,0 1/1:0,3:3:8:61,8,0 1/1:0,3:3:9:93,9,0 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/1:3,1:4:30:30,0,109 1/1:0,3:3:9:115,9,0 1/1:0,1:1:3:42,3,0 1/1:0,1:1:3:38,3,0 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/1:1,2:3:33:43,0,33 +Reference 432000 . A C 380.77 PASS AC=6;AF=0.158;AN=38;BaseQRankSum=-0.033;DP=57;ExcessHet=0.1504;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0125;MLEAC=6;MLEAF=0.158;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.38;ReadPosRankSum=0.989;SOR=0.789 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,110 0/0:3,0:3:9:0,9,115 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:3,0:3:9:0,9,115 0/0:5,0:5:15:0,15,198 0/1:1,2:3:33:71,0,33 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:.:0:.:0,0,0 0/1:1,3:4:30:113,0,30 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:3,0:3:9:0,9,121 0/1:2,3:5:68:110,0,68 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/1:1,2:3:33:75,0,33 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,84 1/1:0,1:1:3:38,3,0 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:3,0:3:9:0,9,115 +Reference 432500 . A C 349.52 PASS AC=7;AF=0.194;AN=36;BaseQRankSum=0.262;DP=62;ExcessHet=0.0000;FS=3.140;InbreedingCoeff=0.5209;MLEAC=6;MLEAF=0.167;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.65;ReadPosRankSum=-0.189;SOR=0.991 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:4,0:4:12:0,12,152 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:1,0:1:3:0,3,34 1/1:0,3:3:9:125,9,0 0/0:4,0:4:12:0,12,163 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:6,0:6:18:0,18,251 0/0:4,0:4:12:0,12,163 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:3,0:3:9:0,9,93 0/0:4,0:4:12:0,12,157 1/1:0,3:3:9:115,9,0 0/0:2,0:2:6:0,6,51 0/0:4,0:4:12:0,12,163 0/0:4,0:4:12:0,12,157 0/1:3,1:4:30:30,0,113 1/1:0,3:3:9:118,9,0 +Reference 433500 . A C 118.08 PASS AC=5;AF=0.125;AN=40;BaseQRankSum=-1.761;DP=54;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3045;MLEAC=4;MLEAF=0.100;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.13;ReadPosRankSum=-0.793;SOR=3.248 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:2,0:2:6:0,6,80 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,80 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:2,0:2:6:0,6,80 1/1:0,1:1:3:32,3,0 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/1:1,1:2:32:32,0,36 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:6,0:6:18:0,18,237 0/0:4,0:4:12:0,12,163 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:4,0:4:12:0,12,131 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:3,0:3:9:0,9,125 +Reference 434000 . A C 163.78 PASS AC=3;AF=0.088;AN=34;BaseQRankSum=0.141;DP=51;ExcessHet=0.4139;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0435;MLEAC=4;MLEAF=0.118;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=27.30;ReadPosRankSum=1.983;SOR=0.962 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,2:3:33:71,0,33 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:4,0:4:12:0,12,163 0/0:2,0:2:6:0,6,51 0/0:5,0:5:15:0,15,207 0/1:1,2:3:28:75,0,28 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:4,0:4:12:0,12,163 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:5,0:5:15:0,15,177 0/0:2,0:2:6:0,6,80 0/0:5,0:5:15:0,15,166 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,38 0/1:1,1:2:36:36,0,36 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:5,0:5:15:0,15,209 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:3,0:3:9:0,9,125 +Reference 435500 . A C 196.29 PASS AC=4;AF=0.105;AN=38;BaseQRankSum=0.207;DP=44;ExcessHet=0.0101;FS=4.467;InbreedingCoeff=0.0829;MLEAC=4;MLEAF=0.105;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.81;ReadPosRankSum=1.087;SOR=1.153 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,37 1/1:0,3:3:9:125,9,0 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:1,0:1:3:0,3,32 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:3,0:3:9:0,9,121 0/0:4,0:4:12:0,12,163 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,78 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:5,0:5:15:0,15,203 0/1:4,2:6:66:66,0,117 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/1:2,1:3:29:29,0,75 0/0:.:0:.:0,0,0 +Reference 436500 . A C 63.77 PASS AC=1;AF=0.026;AN=38;BaseQRankSum=0.694;DP=50;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0018;MLEAC=1;MLEAF=0.026;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.26;ReadPosRankSum=-1.618;SOR=0.295 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,74 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,51 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:5,0:5:15:0,15,199 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:4,0:4:12:0,12,135 0/0:1,0:1:3:0,3,32 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:1,0:1:3:0,3,10 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:4,0:4:12:0,12,135 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/1:1,2:3:33:75,0,33 0/0:2,0:2:6:0,6,84 +Reference 437000 . A C 71.43 PASS AC=2;AF=0.050;AN=40;BaseQRankSum=-0.865;DP=53;ExcessHet=0.1128;FS=9.746;InbreedingCoeff=-0.1560;MLEAC=2;MLEAF=0.050;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.81;ReadPosRankSum=-0.790;SOR=2.811 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/1:5,1:6:24:24,0,190 0/0:4,0:4:12:0,12,135 0/0:5,0:5:15:0,15,205 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,80 0/1:1,2:3:33:65,0,33 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:4,0:4:12:0,12,135 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,74 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:4,0:4:12:0,12,159 0/0:3,0:3:9:0,9,93 0/0:1,0:1:3:0,3,42 +Reference 437500 . A C 66.77 PASS AC=2;AF=0.050;AN=40;BaseQRankSum=0.416;DP=57;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1917;MLEAC=1;MLEAF=0.025;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=33.39;ReadPosRankSum=-2.039;SOR=2.295 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:2,0:2:6:0,6,83 0/0:2,0:2:6:0,6,84 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/0:5,0:5:15:0,15,209 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:5,0:5:15:0,15,167 0/0:2,0:2:6:0,6,80 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:6,0:6:18:0,18,251 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,42 +Reference 438500 . A C 60.51 PASS AC=3;AF=0.088;AN=34;BaseQRankSum=0.822;DP=41;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2357;MLEAC=3;MLEAF=0.088;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.17;ReadPosRankSum=1.624;SOR=2.211 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,155 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:3,0:3:9:0,9,111 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,74 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,79 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:6,0:6:18:0,18,251 0/0:2,0:2:6:0,6,84 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/0:2,0:2:6:0,6,80 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:1,0:1:3:0,3,10 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/1:1,1:2:36:36,0,36 +Reference 439500 . A C 124.35 PASS AC=2;AF=0.063;AN=32;BaseQRankSum=1.127;DP=55;ExcessHet=0.1424;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1771;MLEAC=3;MLEAF=0.094;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.87;ReadPosRankSum=0.067;SOR=0.455 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:15:0,15,194 0/1:2,3:5:68:110,0,68 0/0:4,0:4:12:0,12,157 0/0:2,0:2:6:0,6,41 0/0:6,0:6:18:0,18,251 0/1:3,1:4:30:30,0,98 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:2,0:2:6:0,6,51 0/0:2,0:2:6:0,6,51 0/0:3,0:3:9:0,9,115 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:5,0:5:15:0,15,209 0/0:2,0:2:6:0,6,51 0/0:3,0:3:9:0,9,78 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:1,0:1:3:0,3,42 +Reference 441500 . A C 57.08 PASS AC=1;AF=0.029;AN=34;BaseQRankSum=0.623;DP=50;ExcessHet=0.0000;FS=8.879;InbreedingCoeff=0.1721;MLEAC=1;MLEAF=0.029;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.42;ReadPosRankSum=2.073;SOR=2.234 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:2,0:2:6:0,6,79 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/1:3,2:5:68:68,0,110 0/0:4,0:4:12:0,12,166 0/0:4,0:4:12:0,12,152 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:3,0:3:9:0,9,121 0/0:5,0:5:15:0,15,209 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:3,0:3:9:0,9,118 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,51 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:1,0:1:3:0,3,27 0/0:3,0:3:9:0,9,115 0/0:3,0:3:9:0,9,125 +Reference 442500 . A C 362.26 PASS AC=6;AF=0.158;AN=38;BaseQRankSum=0.844;DP=66;ExcessHet=2.0135;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.1839;MLEAC=7;MLEAF=0.184;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.88;ReadPosRankSum=1.147;SOR=0.634 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:15:0,15,177 0/0:3,0:3:9:0,9,120 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/1:2,3:5:68:106,0,68 0/0:4,0:4:12:0,12,135 0/1:2,1:3:33:33,0,75 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/1:2,3:5:68:110,0,68 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/1:1,1:2:26:36,0,26 0/0:3,0:3:9:0,9,89 0/0:5,0:5:15:0,15,205 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:6,0:6:18:0,18,241 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/1:2,2:4:61:72,0,61 0/1:3,1:4:30:30,0,109 +Reference 444000 . A C 90.21 PASS AC=2;AF=0.053;AN=38;BaseQRankSum=-0.345;DP=46;ExcessHet=0.1190;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0575;MLEAC=3;MLEAF=0.079;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=30.07;ReadPosRankSum=-1.662;SOR=0.833 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:3,0:3:9:0,9,121 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:1,0:1:3:0,3,38 0/1:1,2:3:33:71,0,33 0/1:1,1:2:36:36,0,36 0/0:4,0:4:12:0,12,131 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:5,0:5:15:0,15,209 0/0:3,0:3:9:0,9,121 0/0:1,0:1:3:0,3,38 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,51 0/0:3,0:3:9:0,9,88 +Reference 444500 . A C 323.66 PASS AC=11;AF=0.289;AN=38;BaseQRankSum=1.254;DP=42;ExcessHet=0.0012;FS=2.231;InbreedingCoeff=0.2905;MLEAC=9;MLEAF=0.237;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=28.35;ReadPosRankSum=1.043;SOR=0.826 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/1:1,1:2:36:36,0,36 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/0:3,0:3:9:0,9,125 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:3,0:3:9:0,9,121 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/1:1,2:3:33:70,0,33 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:4,0:4:12:0,12,159 0/0:4,0:4:12:0,12,157 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/0:2,0:2:6:0,6,78 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/1:1,2:3:1:75,0,1 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:1,0:1:3:0,3,42 +Reference 445000 . A C 68.58 PASS AC=2;AF=0.063;AN=32;BaseQRankSum=0.422;DP=39;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3648;MLEAC=2;MLEAF=0.063;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=34.29;ReadPosRankSum=-1.341;SOR=2.234 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:2,0:2:6:0,6,83 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/0:3,0:3:9:0,9,121 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:3,0:3:9:0,9,93 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:1,0:1:3:0,3,41 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:3,0:3:9:0,9,125 +Reference 446500 . A C 528.71 PASS AC=10;AF=0.263;AN=38;BaseQRankSum=-0.171;DP=59;ExcessHet=0.0151;FS=2.824;InbreedingCoeff=0.2011;MLEAC=10;MLEAF=0.263;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.44;ReadPosRankSum=-1.444;SOR=0.432 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:5,0:5:15:0,15,201 0/0:5,0:5:15:0,15,190 1/1:0,3:3:9:125,9,0 0/1:1,2:3:33:70,0,33 0/1:3,2:5:64:64,0,106 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:.:0:.:0,0,0 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/1:2,1:3:33:33,0,70 1/1:0,3:3:9:121,9,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:6,0:6:18:0,18,242 0/0:3,0:3:9:0,9,115 0/0:4,0:4:12:0,12,163 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/1:2,2:4:61:61,0,72 0/0:1,0:1:3:0,3,42 +Reference 447000 . A C 158.73 PASS AC=4;AF=0.100;AN=40;BaseQRankSum=-0.575;DP=65;ExcessHet=0.7148;FS=4.156;InbreedingCoeff=-0.1856;MLEAC=5;MLEAF=0.125;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.45;ReadPosRankSum=0.058;SOR=1.835 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,2:3:33:75,0,33 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:3,0:3:9:0,9,121 0/0:3,0:3:9:0,9,121 0/0:5,0:5:15:0,15,208 0/1:1,2:3:33:43,0,33 0/0:4,0:4:12:0,12,163 0/1:2,1:3:33:33,0,75 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:1,0:1:3:0,3,38 0/0:7,0:7:21:0,21,292 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/1:2,1:3:33:33,0,71 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:7,0:7:21:0,21,288 +Reference 447500 . A C 425.74 PASS AC=7;AF=0.184;AN=38;BaseQRankSum=0.613;DP=53;ExcessHet=0.0107;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2121;MLEAC=7;MLEAF=0.184;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=30.41;ReadPosRankSum=-0.189;SOR=0.988 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/1:2,2:4:71:71,0,71 0/0:.:0:.:0,0,0 0/1:1,3:4:26:113,0,26 0/0:3,0:3:9:0,9,121 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:2,0:2:6:0,6,83 0/1:2,1:3:33:33,0,75 1/1:0,2:2:6:84,6,0 1/1:0,4:4:12:157,12,0 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:3,0:3:9:0,9,115 0/0:4,0:4:12:0,12,125 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,74 +Reference 448500 . A C 136.57 PASS AC=1;AF=0.026;AN=38;BaseQRankSum=-0.309;DP=58;ExcessHet=0.0000;FS=2.037;InbreedingCoeff=-0.0061;MLEAC=1;MLEAF=0.026;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=27.31;ReadPosRankSum=-0.708;SOR=1.195 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:4,0:4:12:0,12,157 0/0:5,0:5:15:0,15,199 0/0:2,0:2:6:0,6,74 0/0:2,0:2:6:0,6,80 0/0:7,0:7:21:0,21,284 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/1:1,4:5:27:148,0,27 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:5,0:5:15:0,15,209 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:4,0:4:12:0,12,151 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:2,0:2:6:0,6,80 +Reference 449500 . A C 1498.63 PASS AC=26;AF=0.650;AN=40;BaseQRankSum=-1.565;DP=64;ExcessHet=0.0027;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3025;MLEAC=23;MLEAF=0.575;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=31.38;ReadPosRankSum=-0.248;SOR=0.489 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15:177,15,0 1/1:0,1:1:3:10,3,0 0/1:1,2:3:33:71,0,33 0/0:5,0:5:15:0,15,209 0/0:5,0:5:15:0,15,205 0/1:1,2:3:33:75,0,33 1/1:0,1:1:3:38,3,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/1:2,2:4:61:61,0,72 0/0:3,0:3:9:0,9,93 0/1:1,2:3:33:71,0,33 1/1:0,3:3:9:125,9,0 0/0:4,0:4:12:0,12,166 1/1:0,1:1:3:42,3,0 1/1:0,1:1:3:42,3,0 1/1:0,3:3:9:105,9,0 1/1:0,3:3:9:125,9,0 1/1:0,4:4:12:167,12,0 1/1:0,1:1:3:42,3,0 1/1:0,8:8:24:326,24,0 +Reference 450500 . A C 805.37 PASS AC=13;AF=0.325;AN=40;BaseQRankSum=-0.362;DP=63;ExcessHet=1.5298;FS=1.130;InbreedingCoeff=-0.1803;MLEAC=13;MLEAF=0.325;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=29.83;ReadPosRankSum=0.213;SOR=1.025 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,2:4:71:72,0,71 0/1:3,2:5:64:64,0,110 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:4,0:4:12:0,12,163 0/0:6,0:6:18:0,18,251 0/1:1,1:2:36:36,0,36 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/1:1,2:3:33:71,0,33 0/1:1,2:3:33:75,0,33 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/1:1,1:2:36:36,0,36 0/1:1,2:3:33:75,0,33 0/1:1,2:3:33:75,0,33 0/1:1,1:2:26:26,0,36 0/0:1,0:1:3:0,3,42 1/1:0,6:6:18:251,18,0 0/0:2,0:2:6:0,6,51 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:1,0:1:3:0,3,10 0/0:7,0:7:21:0,21,288 +Reference 451500 . A C 101.33 PASS AC=1;AF=0.028;AN=36;BaseQRankSum=0.825;DP=53;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1267;MLEAC=1;MLEAF=0.028;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.33;ReadPosRankSum=0.636;SOR=0.882 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,74 0/0:2,0:2:6:0,6,80 0/0:6,0:6:18:0,18,241 0/1:1,3:4:30:113,0,30 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:4,0:4:12:0,12,163 0/0:2,0:2:6:0,6,70 0/0:3,0:3:9:0,9,111 0/0:4,0:4:12:0,12,135 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:2,0:2:6:0,6,83 +Reference 452000 . A C 162.75 PASS AC=4;AF=0.105;AN=38;BaseQRankSum=0.028;DP=45;ExcessHet=0.0101;FS=7.005;InbreedingCoeff=0.1230;MLEAC=4;MLEAF=0.105;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=27.13;ReadPosRankSum=0.203;SOR=1.884 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:1,0:1:3:0,3,10 0/0:.:0:.:0,0,0 0/1:1,1:2:32:32,0,36 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/1:2,2:4:67:71,0,67 0/0:2,0:2:6:0,6,51 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,32 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:3,0:3:9:0,9,121 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,83 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:4,0:4:12:0,12,131 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,84 +Reference 452500 . A C 65.46 PASS AC=1;AF=0.031;AN=32;BaseQRankSum=0.589;DP=35;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1606;MLEAC=2;MLEAF=0.063;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.82;ReadPosRankSum=1.648;SOR=0.582 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:3,0:3:9:0,9,117 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:1,0:1:3:0,3,10 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/1:1,2:3:33:75,0,33 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:2,0:2:6:0,6,51 +Reference 453000 . A C 1554.59 PASS AC=25;AF=0.625;AN=40;BaseQRankSum=0.190;DP=66;ExcessHet=0.0002;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.4073;MLEAC=24;MLEAF=0.600;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=30.52;ReadPosRankSum=0.777;SOR=1.022 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9:117,9,0 1/1:0,3:3:9:125,9,0 1/1:0,6:6:18:214,18,0 1/1:0,1:1:3:42,3,0 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/1:2,4:6:61:130,0,61 1/1:0,4:4:12:163,12,0 0/0:4,0:4:12:0,12,152 0/1:3,2:5:60:60,0,110 1/1:0,3:3:9:115,9,0 1/1:0,4:4:12:162,12,0 0/1:1,2:3:33:75,0,33 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/0:2,0:2:6:0,6,84 1/1:0,2:2:6:84,6,0 1/1:0,3:3:9:121,9,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:5,0:5:15:0,15,195 0/0:5,0:5:14:0,14,139 +Reference 453500 . A C 166.97 PASS AC=4;AF=0.105;AN=38;BaseQRankSum=-0.722;DP=54;ExcessHet=0.0101;FS=1.900;InbreedingCoeff=0.1002;MLEAC=3;MLEAF=0.079;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.87;ReadPosRankSum=-1.494;SOR=0.765 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,80 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/1:2,2:4:67:67,0,72 0/0:3,0:3:9:0,9,93 0/0:4,0:4:12:0,12,135 0/0:2,0:2:6:0,6,70 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:1,0:1:3:0,3,42 1/1:0,1:1:3:10,3,0 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:5,0:5:15:0,15,209 0/0:2,0:2:6:0,6,78 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:3,0:3:9:0,9,115 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:4,0:4:12:0,12,157 0/1:1,3:4:26:113,0,26 +Reference 454000 . A C 265.81 PASS AC=4;AF=0.105;AN=38;BaseQRankSum=1.369;DP=52;ExcessHet=0.0101;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1061;MLEAC=4;MLEAF=0.105;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=29.53;ReadPosRankSum=0.758;SOR=0.648 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,3:4:30:101,0,30 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:4,0:4:12:0,12,159 0/1:3,1:4:30:30,0,113 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:1,0:1:3:0,3,10 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:3,0:3:9:0,9,121 0/0:2,0:2:6:0,6,80 0/0:1,0:1:3:0,3,42 1/1:1,4:5:5:158,5,0 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:3,0:3:9:0,9,121 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,80 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:5,0:5:15:0,15,205 0/0:3,0:3:9:0,9,125 +Reference 454500 . A C 174.70 PASS AC=3;AF=0.079;AN=38;BaseQRankSum=1.111;DP=53;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2192;MLEAC=3;MLEAF=0.079;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=29.12;ReadPosRankSum=0.065;SOR=1.908 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:1,0:1:3:0,3,10 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:5,0:5:15:0,15,209 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:3,0:3:9:0,9,115 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:3,0:3:9:0,9,121 0/0:3,0:3:9:0,9,121 0/0:3,0:3:9:0,9,93 0/1:1,3:4:30:113,0,30 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:2,0:2:6:0,6,74 0/0:1,0:1:3:0,3,38 0/0:3,0:3:9:0,9,93 0/0:5,0:5:15:0,15,205 +Reference 455500 . A C 63.01 PASS AC=1;AF=0.026;AN=38;BaseQRankSum=0.577;DP=57;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0314;MLEAC=1;MLEAF=0.026;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.00;ReadPosRankSum=-0.177;SOR=0.446 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:6,0:6:18:0,18,214 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:3,0:3:9:0,9,119 0/0:4,0:4:12:0,12,135 0/1:1,2:3:29:75,0,29 0/0:2,0:2:6:0,6,80 0/0:6,0:6:18:0,18,240 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:3,0:3:9:0,9,121 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:4,0:4:12:0,12,167 +Reference 456500 . A C 447.34 PASS AC=6;AF=0.176;AN=34;BaseQRankSum=0.158;DP=53;ExcessHet=2.2993;FS=3.053;InbreedingCoeff=-0.0124;MLEAC=8;MLEAF=0.235;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.37;ReadPosRankSum=-2.039;SOR=1.067 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/1:1,3:4:30:113,0,30 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/1:1,1:2:4:36,0,4 0/1:1,2:3:1:65,0,1 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/1:2,3:5:68:110,0,68 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:6,0:6:18:0,18,251 0/0:.:0:.:0,0,0 0/1:1,2:3:33:70,0,33 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,74 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:5,0:5:15:0,15,209 0/1:3,2:5:68:68,0,102 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:2,0:2:6:0,6,80 +Reference 457000 . A C 97.77 PASS AC=1;AF=0.029;AN=34;BaseQRankSum=-0.605;DP=65;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2015;MLEAC=1;MLEAF=0.029;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.44;ReadPosRankSum=-0.187;SOR=1.132 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,80 0/0:5,0:5:15:0,15,209 0/0:8,0:8:24:0,24,334 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:3,0:3:9:0,9,121 0/0:2,0:2:6:0,6,80 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:3,0:3:9:0,9,111 0/1:1,3:4:30:109,0,30 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:5,0:5:15:0,15,177 0/0:5,0:5:15:0,15,201 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:8,0:8:24:0,24,334 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:4,0:4:12:0,12,159 0/0:1,0:1:3:0,3,42 +Reference 457500 . A C 139.37 PASS AC=3;AF=0.083;AN=36;BaseQRankSum=0.580;DP=37;ExcessHet=0.0000;FS=3.136;InbreedingCoeff=0.1719;MLEAC=3;MLEAF=0.083;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=27.87;ReadPosRankSum=-0.311;SOR=0.990 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,83 0/1:1,2:3:33:75,0,33 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:1,0:1:3:0,3,42 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:3,0:3:9:0,9,115 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 +Reference 458500 . A C 69.22 PASS AC=2;AF=0.067;AN=30;BaseQRankSum=0.513;DP=35;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3690;MLEAC=2;MLEAF=0.067;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=34.61;ReadPosRankSum=-0.036;SOR=0.638 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:6,0:6:18:0,18,251 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,37 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:3,0:3:9:0,9,118 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:2,0:2:6:0,6,80 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:.:0:.:0,0,0 +Reference 460000 . A C 479.58 PASS AC=13;AF=0.406;AN=32;BaseQRankSum=0.944;DP=45;ExcessHet=0.0000;FS=1.862;InbreedingCoeff=0.4849;MLEAC=12;MLEAF=0.375;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=30.39;ReadPosRankSum=-0.286;SOR=1.091 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:5,0:5:15:0,15,195 0/0:4,0:4:12:0,12,135 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:4,0:4:12:0,12,153 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/1:2,2:4:71:71,0,71 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:.:0:.:0,0,0 1/1:0,1:1:3:42,3,0 1/1:0,4:4:12:135,12,0 1/1:0,2:2:6:84,6,0 1/1:0,1:1:3:42,3,0 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/0:3,0:3:9:0,9,115 +Reference 460500 . A C 360.59 PASS AC=12;AF=0.353;AN=34;BaseQRankSum=0.641;DP=44;ExcessHet=0.0131;FS=5.798;InbreedingCoeff=0.1749;MLEAC=12;MLEAF=0.353;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=29.74;ReadPosRankSum=-1.643;SOR=1.043 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6:80,6,0 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/1:1,1:2:26:36,0,26 0/1:3,1:4:30:30,0,113 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:3,0:3:9:0,9,110 0/0:.:0:.:0,0,0 0/1:1,1:2:32:36,0,32 0/1:3,2:5:68:68,0,106 0/0:2,0:2:6:0,6,84 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/0:2,0:2:6:0,6,84 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,51 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:2,0:2:6:0,6,84 +Reference 461000 . A C 1519.92 PASS AC=29;AF=0.725;AN=40;BaseQRankSum=-0.347;DP=51;ExcessHet=0.0419;FS=1.828;InbreedingCoeff=0.0765;MLEAC=26;MLEAF=0.650;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.04;ReadPosRankSum=0.652;SOR=1.432 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,1:1:3:32,3,0 1/1:0,1:1:3:38,3,0 0/0:2,0:2:6:0,6,84 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/1:1,2:3:33:75,0,33 0/1:1,3:4:30:111,0,30 1/1:0,2:2:6:84,6,0 1/1:0,2:2:6:84,6,0 1/1:0,7:7:21:292,21,0 1/1:0,2:2:6:84,6,0 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/0:4,0:4:12:0,12,135 1/1:0,4:4:12:157,12,0 0/1:1,1:2:36:36,0,36 0/1:1,2:3:33:71,0,33 0/0:1,0:1:3:0,3,42 1/1:0,2:2:6:74,6,0 1/1:0,1:1:3:42,3,0 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/1:1,1:2:34:34,0,36 +Reference 462000 . A C 577.54 PASS AC=17;AF=0.425;AN=40;BaseQRankSum=-0.470;DP=46;ExcessHet=0.0001;FS=12.620;InbreedingCoeff=0.3310;MLEAC=14;MLEAF=0.350;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=31.12;ReadPosRankSum=-0.880;SOR=0.507 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,42 1/1:0,1:1:3:42,3,0 1/1:0,3:3:9:89,9,0 1/1:0,2:2:6:69,6,0 0/0:3,0:3:9:0,9,121 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,78 0/1:1,2:3:33:75,0,33 1/1:0,1:1:3:42,3,0 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/1:1,1:2:36:36,0,36 0/0:5,0:5:15:0,15,209 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:3,0:3:9:0,9,121 0/0:3,0:3:9:0,9,121 1/1:0,2:2:6:84,6,0 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/1:1,1:2:36:36,0,36 +Reference 462500 . A C 213.19 PASS AC=7;AF=0.219;AN=32;BaseQRankSum=1.279;DP=50;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.4344;MLEAC=6;MLEAF=0.188;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=31.69;ReadPosRankSum=1.452;SOR=0.783 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:.:0:.:0,0,0 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/0:3,0:3:9:0,9,121 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,80 0/0:3,0:3:9:0,9,117 0/0:6,0:6:18:0,18,251 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:2,0:2:6:0,6,51 0/0:6,0:6:18:0,18,245 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:2,0:2:6:0,6,51 0/0:.:0:.:0,0,0 0/1:2,2:4:72:72,0,72 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/0:3,0:3:9:0,9,115 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:4,0:4:12:0,12,163 +Reference 463500 . A C 98.78 PASS AC=1;AF=0.028;AN=36;BaseQRankSum=0.887;DP=56;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0954;MLEAC=1;MLEAF=0.028;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.76;ReadPosRankSum=1.375;SOR=0.584 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,80 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,76 0/0:2,0:2:6:0,6,51 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/1:2,3:5:68:110,0,68 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:5,0:5:15:0,15,205 0/0:5,0:5:15:0,15,207 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,34 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:4,0:4:12:0,12,159 0/0:5,0:5:15:0,15,195 0/0:1,0:1:3:0,3,32 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:5,0:5:15:0,15,209 +Reference 464000 . A C 238.91 PASS AC=3;AF=0.079;AN=38;BaseQRankSum=-0.884;DP=54;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2395;MLEAC=3;MLEAF=0.079;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=31.88;ReadPosRankSum=0.315;SOR=0.941 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:15:0,15,209 1/1:0,6:6:18:232,18,0 0/0:4,0:4:12:0,12,165 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:5,0:5:15:0,15,191 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:3,0:3:9:0,9,121 0/0:5,0:5:15:0,15,177 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/1:2,1:3:33:33,0,65 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:3,0:3:9:0,9,121 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,42 +Reference 464500 . A C 792.48 PASS AC=21;AF=0.525;AN=40;BaseQRankSum=0.017;DP=45;ExcessHet=0.0075;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1395;MLEAC=19;MLEAF=0.475;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=28.72;ReadPosRankSum=-1.410;SOR=0.784 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,37 1/1:0,3:3:9:125,9,0 0/1:1,1:2:32:32,0,32 0/0:2,0:2:6:0,6,84 1/1:0,1:1:3:37,3,0 1/1:0,2:2:6:79,6,0 0/0:2,0:2:6:0,6,80 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/1:1,2:3:33:75,0,33 1/1:0,2:2:6:80,6,0 0/0:1,0:1:3:0,3,38 0/1:2,1:3:33:33,0,71 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/1:4,1:5:27:27,0,152 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:1,0:1:3:0,3,42 1/1:0,2:2:6:51,6,0 0/1:1,1:2:36:36,0,36 +Reference 466500 . A C 1123.06 PASS AC=21;AF=0.583;AN=36;BaseQRankSum=1.350;DP=45;ExcessHet=0.3122;FS=1.973;InbreedingCoeff=0.0102;MLEAC=22;MLEAF=0.611;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.22;ReadPosRankSum=-0.508;SOR=0.963 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:1,0:1:3:0,3,32 0/1:1,1:2:21:36,0,21 0/1:2,2:4:61:61,0,72 0/1:1,1:2:4:4,0,32 1/1:0,3:3:9:125,9,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 1/1:0,1:1:3:42,3,0 1/1:0,2:2:6:78,6,0 0/0:.:0:.:0,0,0 0/1:2,1:3:33:33,0,75 1/1:0,4:4:12:153,12,0 0/0:1,0:1:3:0,3,10 0/0:2,0:2:6:0,6,51 0/1:2,3:5:64:110,0,64 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/1:1,1:2:36:36,0,36 1/1:0,2:2:6:84,6,0 1/1:0,5:5:15:209,15,0 0/1:1,1:2:36:36,0,36 +Reference 467500 . A C 1356.62 PASS AC=28;AF=0.778;AN=36;BaseQRankSum=1.164;DP=42;ExcessHet=0.0499;FS=10.193;InbreedingCoeff=0.0763;MLEAC=28;MLEAF=0.778;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=32.89;ReadPosRankSum=-0.284;SOR=1.012 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9:106,9,0 0/0:.:0:.:0,0,0 1/1:0,3:3:9:121,9,0 0/1:1,1:2:36:36,0,36 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/1:1,3:4:30:113,0,30 1/1:0,1:1:3:42,3,0 1/1:0,3:3:9:125,9,0 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/1:3,1:4:30:30,0,103 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/1:1,1:2:36:36,0,36 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:2,0:2:6:0,6,84 1/1:0,1:1:3:42,3,0 1/1:0,1:1:3:42,3,0 1/1:0,5:5:15:209,15,0 0/0:1,0:1:3:0,3,10 1/1:0,2:2:6:84,6,0 1/1:0,3:3:9:125,9,0 +Reference 468000 . A C 659.50 PASS AC=15;AF=0.395;AN=38;BaseQRankSum=-0.962;DP=45;ExcessHet=0.0003;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3227;MLEAC=14;MLEAF=0.368;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=32.83;ReadPosRankSum=0.348;SOR=0.354 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/0:2,0:2:6:0,6,84 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/0:5,0:5:15:0,15,208 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:3,0:3:9:0,9,121 0/0:2,0:2:6:0,6,84 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/1:1,1:2:36:36,0,36 0/1:1,1:2:30:36,0,30 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/1:1,1:2:36:36,0,36 1/1:0,6:6:18:247,18,0 0/0:.:0:.:0,0,0 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:1,0:1:3:0,3,42 1/1:0,2:2:6:72,6,0 0/0:2,0:2:6:0,6,84 +Reference 468500 . A C 129.78 PASS AC=5;AF=0.147;AN=34;BaseQRankSum=-0.845;DP=36;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2813;MLEAC=5;MLEAF=0.147;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=28.96;ReadPosRankSum=0.752;SOR=0.634 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,1:2:32:36,0,32 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:4,0:4:12:0,12,165 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:3,0:3:9:0,9,93 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:5,0:5:15:0,15,209 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:.:0:.:0,0,0 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:3,0:3:9:0,9,114 0/0:.:0:.:0,0,0 1/1:0,2:2:6:74,6,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 +Reference 469000 . A C 646.45 PASS AC=13;AF=0.342;AN=38;BaseQRankSum=0.138;DP=47;ExcessHet=0.0006;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3919;MLEAC=13;MLEAF=0.342;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.83;ReadPosRankSum=-0.080;SOR=0.979 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,74 0/0:2,0:2:6:0,6,80 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/1:2,1:3:33:33,0,75 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:3,0:3:9:0,9,125 1/1:0,3:3:9:121,9,0 1/1:0,3:3:9:121,9,0 0/0:4,0:4:12:0,12,163 1/1:0,3:3:9:121,9,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/1:1,1:2:4:36,0,4 0/0:3,0:3:9:0,9,115 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/1:1,1:2:36:36,0,36 1/1:0,3:3:9:125,9,0 0/0:.:0:.:0,0,0 1/1:0,2:2:6:80,6,0 0/0:3,0:3:9:0,9,125 +Reference 469500 . A C 795.79 PASS AC=15;AF=0.417;AN=36;BaseQRankSum=-0.757;DP=61;ExcessHet=0.3122;FS=2.595;InbreedingCoeff=0.0192;MLEAC=15;MLEAF=0.417;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.53;ReadPosRankSum=0.471;SOR=0.315 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:15:0,15,173 0/0:2,0:2:6:0,6,80 0/1:2,1:3:33:33,0,68 1/1:0,2:2:6:51,6,0 1/1:0,4:4:12:135,12,0 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/1:3,2:5:68:68,0,110 0/1:1,2:3:33:68,0,33 1/1:0,1:1:3:10,3,0 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/1:2,3:5:68:108,0,68 0/0:.:0:.:0,0,0 0/1:1,1:2:36:36,0,36 0/1:2,1:3:33:33,0,75 0/0:1,0:1:3:0,3,38 0/0:5,0:5:15:0,15,209 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/1:4,5:9:99:178,0,140 +Reference 470000 . A C 142.76 PASS AC=5;AF=0.139;AN=36;BaseQRankSum=-0.391;DP=53;ExcessHet=0.0000;FS=6.368;InbreedingCoeff=0.3625;MLEAC=4;MLEAF=0.111;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.24;ReadPosRankSum=-0.396;SOR=1.981 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:5,0:5:15:0,15,209 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,80 0/0:2,0:2:6:0,6,74 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:6,0:6:18:0,18,251 0/0:.:0:.:0,0,0 1/1:0,3:3:9:93,9,0 0/0:4,0:4:11:0,11,103 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:4,0:4:12:0,12,135 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:7,0:7:21:0,21,282 0/1:1,1:2:36:36,0,36 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:1,0:1:3:0,3,38 +Reference 470500 . A C 102.53 PASS AC=3;AF=0.075;AN=40;BaseQRankSum=-0.353;DP=54;ExcessHet=0.0000;FS=3.123;InbreedingCoeff=0.1613;MLEAC=2;MLEAF=0.050;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.51;ReadPosRankSum=0.727;SOR=0.488 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:3,0:3:9:0,9,121 0/0:2,0:2:6:0,6,80 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:3,0:3:9:0,9,93 0/0:5,0:5:15:0,15,205 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:4,0:4:12:0,12,157 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/1:1,2:3:33:75,0,33 0/0:6,0:6:17:0,17,180 1/1:0,2:2:6:51,6,0 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:3,0:3:9:0,9,93 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,80 +Reference 471000 . A C 1795.52 PASS AC=34;AF=0.895;AN=38;BaseQRankSum=0.297;DP=52;ExcessHet=0.0101;FS=2.083;InbreedingCoeff=0.1216;MLEAC=32;MLEAF=0.842;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=27.28;ReadPosRankSum=2.060;SOR=0.739 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,1:4:30:30,0,109 1/1:0,4:4:12:163,12,0 1/1:0,2:2:6:84,6,0 1/1:0,2:2:6:80,6,0 1/1:0,4:4:12:134,12,0 1/1:0,3:3:9:125,9,0 1/1:0,2:2:6:84,6,0 1/1:0,3:3:9:125,9,0 1/1:0,1:1:3:38,3,0 0/0:.:0:.:0,0,0 1/1:0,1:1:3:38,3,0 1/1:0,1:1:3:42,3,0 1/1:0,1:1:3:10,3,0 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/1:1,2:3:29:61,0,29 1/1:0,1:1:3:38,3,0 1/1:0,3:3:9:125,9,0 1/1:0,1:1:3:42,3,0 1/1:0,7:7:21:288,21,0 1/1:0,4:4:12:163,12,0 +Reference 472000 . A C 248.49 PASS AC=6;AF=0.158;AN=38;BaseQRankSum=-1.199;DP=53;ExcessHet=0.1504;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1022;MLEAC=4;MLEAF=0.105;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.85;ReadPosRankSum=0.194;SOR=0.840 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,2:4:61:72,0,61 0/1:2,1:3:1:1,0,75 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:4,0:4:12:0,12,161 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/1:1,2:3:33:75,0,33 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/1:2,1:3:1:1,0,75 1/1:0,3:3:9:125,9,0 0/0:2,0:2:6:0,6,51 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:5,0:5:15:0,15,205 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:2,0:2:6:0,6,84 +Reference 472500 . A C 63.83 PASS AC=1;AF=0.028;AN=36;BaseQRankSum=0.788;DP=47;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0898;MLEAC=1;MLEAF=0.028;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.28;ReadPosRankSum=0.243;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,121 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:4,0:4:12:0,12,163 0/0:2,0:2:6:0,6,51 0/0:3,0:3:9:0,9,118 0/0:4,0:4:12:0,12,156 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:4,0:4:12:0,12,153 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,80 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/1:1,2:3:33:75,0,33 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:4,0:4:12:0,12,163 0/0:2,0:2:6:0,6,84 +Reference 473000 . A C 123.99 PASS AC=1;AF=0.031;AN=32;BaseQRankSum=0.000;DP=42;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1783;MLEAC=1;MLEAF=0.031;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.66;ReadPosRankSum=-1.055;SOR=1.220 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,131 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:3,0:3:9:0,9,93 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:2,0:2:6:0,6,79 0/0:2,0:2:6:0,6,74 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:4,0:4:12:0,12,159 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,38 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,74 0/1:2,4:6:65:134,0,65 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:3,0:3:9:0,9,93 +Reference 474000 . A C 336.58 PASS AC=7;AF=0.206;AN=34;BaseQRankSum=-1.087;DP=47;ExcessHet=0.0000;FS=1.414;InbreedingCoeff=0.4340;MLEAC=7;MLEAF=0.206;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=34.02;ReadPosRankSum=1.366;SOR=0.760 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:.:0:.:0,0,0 1/1:0,3:3:9:121,9,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:.:0:.:0,0,0 1/1:0,3:3:9:121,9,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/1:2,1:3:33:33,0,43 0/0:3,0:3:9:0,9,121 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:4,0:4:12:0,12,163 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:1,0:1:3:0,3,38 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:6,0:6:18:0,18,218 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:1,0:1:3:0,3,42 1/1:0,3:3:9:93,9,0 0/0:.:0:.:0,0,0 +Reference 476500 . A C 823.62 PASS AC=18;AF=0.474;AN=38;BaseQRankSum=0.288;DP=56;ExcessHet=0.0541;FS=1.341;InbreedingCoeff=0.0922;MLEAC=17;MLEAF=0.447;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=31.68;ReadPosRankSum=-2.190;SOR=0.683 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:.:0:.:0,0,0 1/1:0,4:4:12:163,12,0 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/1:1,2:3:33:74,0,33 1/1:0,2:2:6:51,6,0 0/1:3,1:4:30:30,0,113 0/1:1,1:2:36:36,0,36 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/1:2,2:4:59:71,0,59 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:7,0:7:21:0,21,277 1/1:0,1:1:3:10,3,0 0/1:3,3:6:99:107,0,103 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/0:1,0:1:3:0,3,10 0/1:1,2:3:33:74,0,33 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/0:5,0:5:15:0,15,205 +Reference 477000 . A C 189.25 PASS AC=4;AF=0.118;AN=34;BaseQRankSum=0.350;DP=50;ExcessHet=0.0128;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1910;MLEAC=4;MLEAF=0.118;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=27.04;ReadPosRankSum=-0.261;SOR=1.329 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,80 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,76 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:1,0:1:3:0,3,42 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/0:3,0:3:9:0,9,118 0/1:4,1:5:27:27,0,152 0/0:1,0:1:3:0,3,38 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:3,0:3:9:0,9,111 0/0:.:0:.:0,0,0 0/1:2,3:5:68:100,0,68 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:3,0:3:9:0,9,121 0/0:5,0:5:14:0,14,137 0/0:4,0:4:12:0,12,167 +Reference 477500 . A C 216.61 PASS AC=5;AF=0.132;AN=38;BaseQRankSum=-0.265;DP=57;ExcessHet=0.0506;FS=4.139;InbreedingCoeff=0.0660;MLEAC=5;MLEAF=0.132;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.07;ReadPosRankSum=-0.202;SOR=1.530 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,80 0/1:2,1:3:33:33,0,75 1/1:0,1:1:3:32,3,0 0/0:4,0:4:12:0,12,155 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:3,0:3:9:0,9,121 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:3,0:3:9:0,9,93 0/0:3,0:3:9:0,9,115 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/1:3,3:6:99:107,0,103 0/0:5,0:5:15:0,15,205 0/0:2,0:2:6:0,6,79 0/0:3,0:3:9:0,9,115 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/1:1,2:3:33:70,0,33 0/0:3,0:3:9:0,9,121 +Reference 478000 . A C 63.26 PASS AC=1;AF=0.026;AN=38;BaseQRankSum=0.861;DP=48;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0060;MLEAC=1;MLEAF=0.026;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.09;ReadPosRankSum=0.369;SOR=0.573 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:2,0:2:6:0,6,80 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,74 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/1:1,2:3:33:75,0,33 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:3,0:3:9:0,9,115 0/0:3,0:3:9:0,9,109 0/0:3,0:3:9:0,9,117 0/0:2,0:2:6:0,6,80 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:3,0:3:9:0,9,115 0/0:4,0:4:12:0,12,125 0/0:2,0:2:6:0,6,51 0/0:2,0:2:6:0,6,84 +Reference 478500 . A C 60.21 PASS AC=1;AF=0.026;AN=38;BaseQRankSum=0.540;DP=58;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0176;MLEAC=1;MLEAF=0.026;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.05;ReadPosRankSum=0.495;SOR=0.470 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:3,0:3:9:0,9,121 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,80 0/0:4,0:4:12:0,12,163 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:.:0:.:0,0,0 0/1:2,2:4:72:72,0,72 0/0:5,0:5:15:0,15,207 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:1,0:1:3:0,3,32 0/0:6,0:6:18:0,18,251 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,32 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:3,0:3:9:0,9,121 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:3,0:3:9:0,9,125 +Reference 479500 . A C 278.97 PASS AC=6;AF=0.167;AN=36;BaseQRankSum=0.666;DP=46;ExcessHet=0.0018;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2092;MLEAC=6;MLEAF=0.167;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.36;ReadPosRankSum=-0.560;SOR=0.638 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,51 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:2,0:2:6:0,6,69 0/0:3,0:3:9:0,9,115 0/0:2,0:2:6:0,6,80 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,35 1/1:0,1:1:3:38,3,0 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/1:2,3:5:64:110,0,64 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/1:2,2:4:40:72,0,40 +Reference 480000 . A C 1504.42 PASS AC=27;AF=0.711;AN=38;BaseQRankSum=-0.156;DP=52;ExcessHet=0.0524;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0993;MLEAC=26;MLEAF=0.684;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=33.80;ReadPosRankSum=0.221;SOR=0.714 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,84 1/1:0,2:2:6:74,6,0 1/1:0,2:2:6:84,6,0 1/1:0,1:1:3:42,3,0 1/1:0,3:3:9:115,9,0 0/1:2,3:5:68:95,0,68 0/0:.:0:.:0,0,0 1/1:0,2:2:6:84,6,0 1/1:0,1:1:3:38,3,0 0/1:2,2:4:71:71,0,71 0/1:1,1:2:32:36,0,32 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/1:1,2:3:29:75,0,29 1/1:0,2:2:6:84,6,0 1/1:0,7:7:21:288,21,0 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/1:1,1:2:30:30,0,36 1/1:0,2:2:6:84,6,0 1/1:0,4:4:12:167,12,0 +Reference 480500 . A C 173.81 PASS AC=3;AF=0.083;AN=36;BaseQRankSum=-0.566;DP=49;ExcessHet=0.0000;FS=13.519;InbreedingCoeff=0.2334;MLEAC=3;MLEAF=0.083;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=28.97;ReadPosRankSum=-2.058;SOR=1.262 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:3,0:3:9:0,9,93 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:4,0:4:12:0,12,167 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/1:1,3:4:30:111,0,30 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:3,1:4:2:0,2,116 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:1,0:1:3:0,3,38 0/0:2,0:2:6:0,6,74 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:2,0:2:6:0,6,69 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:3,0:3:9:0,9,125 +Reference 481000 . A C 866.47 PASS AC=16;AF=0.421;AN=38;BaseQRankSum=-0.294;DP=59;ExcessHet=0.0026;FS=1.064;InbreedingCoeff=0.3732;MLEAC=15;MLEAF=0.395;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.49;ReadPosRankSum=1.245;SOR=0.795 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,2:3:33:75,0,33 0/1:1,2:3:33:71,0,33 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:4,0:4:12:0,12,163 0/0:4,0:4:12:0,12,163 0/0:6,0:6:18:0,18,230 1/1:0,5:5:15:209,15,0 0/0:2,0:2:6:0,6,79 0/1:1,1:2:4:4,0,36 1/1:0,1:1:3:42,3,0 1/1:0,3:3:9:115,9,0 0/0:.:0:.:0,0,0 0/1:2,1:3:33:33,0,43 0/0:3,0:3:9:0,9,111 1/1:0,3:3:9:93,9,0 1/1:0,3:3:9:125,9,0 1/1:0,3:3:9:121,9,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:3,0:3:9:0,9,125 +Reference 482000 . A C 1306.46 PASS AC=22;AF=0.550;AN=40;BaseQRankSum=-0.891;DP=61;ExcessHet=0.0013;FS=4.727;InbreedingCoeff=0.3398;MLEAC=21;MLEAF=0.525;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=28.45;ReadPosRankSum=0.468;SOR=0.486 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,1:1:3:32,3,0 0/0:1,0:1:3:0,3,32 0/1:3,1:4:30:30,0,109 1/1:0,3:3:9:125,9,0 0/0:2,0:2:6:0,6,84 1/1:0,3:3:9:93,9,0 1/1:0,6:6:18:241,18,0 1/1:0,4:4:12:167,12,0 1/1:0,3:3:9:117,9,0 0/1:1,3:4:30:81,0,30 1/1:0,7:7:20:228,20,0 0/0:2,0:2:6:0,6,84 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/1:2,1:3:25:25,0,69 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/0:4,0:4:12:0,12,153 0/1:1,1:2:36:36,0,36 0/0:2,0:2:6:0,6,84 +Reference 483000 . A C 596.09 PASS AC=13;AF=0.406;AN=32;BaseQRankSum=-0.849;DP=49;ExcessHet=0.0747;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1910;MLEAC=13;MLEAF=0.406;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=31.37;ReadPosRankSum=0.347;SOR=0.804 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/1:4,1:5:27:27,0,152 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:1,0:1:3:0,3,38 0/1:2,1:3:1:1,0,75 0/0:6,0:6:18:0,18,218 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:3,0:3:9:0,9,125 1/1:0,3:3:9:115,9,0 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:3,0:3:9:0,9,121 0/1:1,2:3:33:74,0,33 0/1:1,2:3:33:75,0,33 1/1:0,4:4:12:163,12,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/0:.:0:.:0,0,0 0/1:4,2:6:65:65,0,149 +Reference 483500 . A C 60.31 PASS AC=1;AF=0.025;AN=40;BaseQRankSum=0.730;DP=49;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.1077;MLEAC=1;MLEAF=0.025;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.08;ReadPosRankSum=0.738;SOR=0.502 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,47 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:4,0:4:12:0,12,163 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:5,0:5:15:0,15,209 0/1:2,2:4:61:72,0,61 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:3,0:3:9:0,9,121 0/0:2,0:2:6:0,6,51 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:3,0:3:9:0,9,121 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,35 0/0:1,0:1:3:0,3,10 +Reference 484500 . A C 88.11 PASS AC=1;AF=0.026;AN=38;BaseQRankSum=-0.717;DP=60;ExcessHet=0.0000;FS=6.320;InbreedingCoeff=0.0227;MLEAC=1;MLEAF=0.026;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.59;ReadPosRankSum=-0.414;SOR=2.833 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/1:4,3:7:99:100,0,146 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:5,0:5:15:0,15,203 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:3,0:3:9:0,9,93 0/0:4,0:4:12:0,12,157 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:3,0:3:9:0,9,93 0/0:7,0:7:21:0,21,260 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:3,0:3:9:0,9,111 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:4,0:4:12:0,12,163 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:.:0:.:0,0,0 +Reference 486000 . A C 161.93 PASS AC=3;AF=0.079;AN=38;BaseQRankSum=-2.241;DP=52;ExcessHet=0.0000;FS=2.010;InbreedingCoeff=0.2211;MLEAC=3;MLEAF=0.079;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.99;ReadPosRankSum=-1.157;SOR=1.565 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:4,0:4:12:0,12,167 1/1:0,3:3:9:115,9,0 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/1:1,2:3:33:71,0,33 0/0:4,0:4:12:0,12,135 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:5,0:5:15:0,15,209 0/0:2,0:2:6:0,6,51 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,80 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:5,0:5:15:0,15,209 +Reference 486500 . A C 253.26 PASS AC=8;AF=0.211;AN=38;BaseQRankSum=-0.029;DP=44;ExcessHet=0.0003;FS=2.192;InbreedingCoeff=0.2409;MLEAC=7;MLEAF=0.184;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=32.06;ReadPosRankSum=0.197;SOR=0.638 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,51 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:4,0:4:12:0,12,135 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/1:1,3:4:30:113,0,30 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,38 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:3,0:3:9:0,9,93 0/0:1,0:1:3:0,3,42 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/1:2,1:3:33:33,0,74 0/0:2,0:2:6:0,6,82 0/0:1,0:1:3:0,3,42 1/1:0,2:2:6:51,6,0 1/1:0,1:1:3:42,3,0 +Reference 487000 . A C 147.74 PASS AC=4;AF=0.105;AN=38;BaseQRankSum=-0.208;DP=49;ExcessHet=0.7564;FS=11.064;InbreedingCoeff=-0.1296;MLEAC=5;MLEAF=0.132;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=27.01;ReadPosRankSum=1.435;SOR=0.799 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,1:2:36:36,0,36 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/1:2,1:3:33:33,0,43 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:4,0:4:12:0,12,125 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:4,0:4:12:0,12,163 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:3,0:3:9:0,9,121 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/1:1,1:2:36:36,0,36 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/1:1,2:3:33:65,0,33 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:6,0:6:18:0,18,247 0/0:2,0:2:6:0,6,74 +Reference 488500 . A C 475.28 PASS AC=10;AF=0.278;AN=36;BaseQRankSum=-0.728;DP=46;ExcessHet=0.0192;FS=3.492;InbreedingCoeff=0.1443;MLEAC=10;MLEAF=0.278;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.76;ReadPosRankSum=-1.144;SOR=1.878 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:1,0:1:3:0,3,42 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/1:1,2:3:33:42,0,33 0/1:2,3:5:68:106,0,68 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,74 1/1:0,2:2:6:80,6,0 0/0:2,0:2:6:0,6,47 0/1:2,2:4:40:40,0,72 0/1:1,3:4:30:113,0,30 0/0:3,0:3:9:0,9,121 1/1:0,2:2:6:74,6,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,51 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:2,0:2:6:0,6,69 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:5,0:5:15:0,15,209 0/0:2,0:2:6:0,6,84 +Reference 489500 . A C 77.94 PASS AC=4;AF=0.111;AN=36;BaseQRankSum=-1.585;DP=55;ExcessHet=0.0113;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1615;MLEAC=4;MLEAF=0.111;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.49;ReadPosRankSum=-1.244;SOR=0.337 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:3,0:3:9:0,9,117 0/1:2,2:4:30:30,0,72 0/0:3,0:3:9:0,9,125 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/1:3,1:4:28:28,0,113 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:7,0:7:21:0,21,278 0/0:3,0:3:9:0,9,93 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:4,0:4:12:0,12,135 0/0:3,0:3:9:0,9,116 0/0:2,0:2:6:0,6,51 +Reference 490000 . A C 99.25 PASS AC=3;AF=0.088;AN=34;BaseQRankSum=0.794;DP=45;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2915;MLEAC=3;MLEAF=0.088;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=31.24;ReadPosRankSum=1.502;SOR=1.039 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:3,0:3:9:0,9,121 0/1:1,1:2:32:36,0,32 0/0:5,0:5:15:0,15,209 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:4,0:4:12:0,12,163 0/0:5,0:5:15:0,15,184 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:.:0:.:0,0,0 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:3,0:3:9:0,9,115 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:2,0:2:6:0,6,80 +Reference 491000 . A C 1061.30 PASS AC=23;AF=0.639;AN=36;BaseQRankSum=2.052;DP=47;ExcessHet=0.0378;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1494;MLEAC=22;MLEAF=0.611;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=34.55;ReadPosRankSum=1.092;SOR=0.751 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:.:0:.:0,0,0 0/1:2,2:4:71:71,0,71 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/0:4,0:4:12:0,12,159 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/0:1,0:1:3:0,3,38 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/1:2,1:3:33:33,0,75 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:4,0:4:12:0,12,162 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/1:1,1:2:36:36,0,36 1/1:0,4:4:12:163,12,0 1/1:0,3:3:9:125,9,0 0/0:.:0:.:0,0,0 1/1:0,1:1:3:42,3,0 1/1:0,3:3:9:125,9,0 0/1:2,2:4:40:72,0,40 0/1:3,1:4:30:30,0,109 +Reference 492500 . A C 179.77 PASS AC=3;AF=0.088;AN=34;BaseQRankSum=0.990;DP=42;ExcessHet=0.0000;FS=2.336;InbreedingCoeff=0.2930;MLEAC=3;MLEAF=0.088;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=28.41;ReadPosRankSum=2.040;SOR=0.738 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:2,0:2:6:0,6,51 0/1:1,1:2:36:36,0,36 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:3,0:3:9:0,9,121 0/0:3,0:3:9:0,9,115 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:5,0:5:15:0,15,204 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:1,0:1:3:0,3,38 0/0:3,0:3:9:0,9,121 1/1:0,4:4:12:167,12,0 +Reference 493000 . A C 67.63 PASS AC=2;AF=0.056;AN=36;BaseQRankSum=0.761;DP=45;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2976;MLEAC=1;MLEAF=0.028;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=33.82;ReadPosRankSum=0.987;SOR=0.283 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:1,0:1:3:0,3,37 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:4,0:4:12:0,12,152 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:3,0:3:9:0,9,121 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:4,0:4:12:0,12,163 0/0:5,0:5:14:0,14,144 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,80 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:3,0:3:9:0,9,93 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:2,0:2:6:0,6,80 0/0:3,0:3:9:0,9,125 +Reference 496000 . A C 1139.23 PASS AC=23;AF=0.605;AN=38;BaseQRankSum=0.341;DP=48;ExcessHet=0.0178;FS=10.606;InbreedingCoeff=0.1531;MLEAC=22;MLEAF=0.579;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=28.96;ReadPosRankSum=-1.388;SOR=0.821 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,1:3:33:33,0,65 0/1:1,2:3:33:75,0,33 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:4,0:4:12:0,12,167 1/1:0,1:1:3:42,3,0 1/1:0,1:1:3:42,3,0 1/1:0,2:2:6:84,6,0 1/1:0,4:4:12:167,12,0 1/1:0,3:3:9:125,9,0 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/0:.:0:.:0,0,0 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/1:1,1:2:36:36,0,36 0/1:2,2:4:72:72,0,72 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/1:2,3:5:68:110,0,68 1/1:0,3:3:9:121,9,0 +Reference 496500 . A C 843.59 PASS AC=22;AF=0.611;AN=36;BaseQRankSum=-0.960;DP=46;ExcessHet=0.0056;FS=11.654;InbreedingCoeff=0.2262;MLEAC=21;MLEAF=0.583;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=33.52;ReadPosRankSum=0.364;SOR=0.295 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9:125,9,0 0/0:2,0:2:6:0,6,51 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/1:2,2:4:40:62,0,40 0/1:3,1:4:30:30,0,113 0/0:.:0:.:0,0,0 0/1:2,1:3:33:33,0,75 0/1:2,1:3:33:33,0,75 1/1:0,3:3:9:83,9,0 1/1:0,3:3:9:121,9,0 1/1:0,2:2:6:51,6,0 0/0:5,0:5:15:0,15,209 1/1:0,2:2:6:84,6,0 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,42 1/1:0,1:1:3:32,3,0 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:4,0:4:12:0,12,163 1/1:0,1:1:3:42,3,0 +Reference 498000 . A C 272.34 PASS AC=6;AF=0.167;AN=36;BaseQRankSum=-0.678;DP=60;ExcessHet=0.0018;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3192;MLEAC=5;MLEAF=0.139;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=34.04;ReadPosRankSum=1.828;SOR=1.473 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:2,0:2:6:0,6,80 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:5,0:5:15:0,15,173 0/0:9,0:9:27:0,27,344 0/0:3,0:3:9:0,9,125 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/0:2,0:2:6:0,6,80 0/1:1,1:2:26:26,0,36 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:3,0:3:9:0,9,125 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/1:1,3:4:30:109,0,30 0/0:3,0:3:9:0,9,121 0/0:3,0:3:9:0,9,93 +Reference 498500 . A C 34.16 PASS AC=2;AF=0.053;AN=38;BaseQRankSum=-1.702;DP=48;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2550;MLEAC=1;MLEAF=0.026;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.08;ReadPosRankSum=-0.733;SOR=0.237 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,121 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:4,0:4:12:0,12,167 1/1:0,2:2:6:51,6,0 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:3,0:3:9:0,9,121 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:1,0:1:3:0,3,37 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:3,0:3:9:0,9,121 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,80 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,32 +Reference 499500 . A C 311.28 PASS AC=5;AF=0.132;AN=38;BaseQRankSum=-1.023;DP=44;ExcessHet=0.0506;FS=1.775;InbreedingCoeff=0.0558;MLEAC=6;MLEAF=0.158;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=31.13;ReadPosRankSum=1.120;SOR=0.653 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:3,0:3:9:0,9,121 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/1:1,1:2:26:26,0,36 0/0:2,0:2:6:0,6,84 1/1:0,3:3:9:125,9,0 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/1:1,3:4:30:113,0,30 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:2,0:2:6:0,6,81 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/1:1,2:3:33:73,0,33 +Reference 500000 . A C 190.21 PASS AC=7;AF=0.194;AN=36;BaseQRankSum=-1.441;DP=42;ExcessHet=0.0128;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1299;MLEAC=7;MLEAF=0.194;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.53;ReadPosRankSum=-1.831;SOR=0.368 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/1:1,1:2:26:32,0,26 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:1,0:1:3:0,3,42 1/1:0,2:2:6:76,6,0 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:1,0:1:3:0,3,34 0/0:1,0:1:3:0,3,35 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/1:4,1:5:27:27,0,120 0/0:.:0:.:0,0,0 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:5,0:5:15:0,15,209 0/1:1,1:2:36:36,0,36 +Reference 501000 . A C 656.29 PASS AC=13;AF=0.325;AN=40;BaseQRankSum=2.342;DP=54;ExcessHet=0.2736;FS=3.051;InbreedingCoeff=-0.0633;MLEAC=13;MLEAF=0.325;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=28.53;ReadPosRankSum=-0.460;SOR=1.105 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,159 0/1:2,2:4:72:72,0,72 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,74 0/1:4,3:7:99:105,0,104 1/1:0,4:4:12:165,12,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,10 0/1:2,2:4:71:71,0,72 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/1:1,1:2:36:36,0,36 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:2,0:2:6:0,6,51 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/1:1,1:2:36:36,0,36 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/1:2,1:3:33:33,0,65 0/0:2,0:2:6:0,6,74 0/1:2,2:4:72:72,0,72 1/1:0,1:1:3:42,3,0 +Reference 502500 . A C 67.53 PASS AC=2;AF=0.050;AN=40;BaseQRankSum=0.733;DP=44;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1573;MLEAC=1;MLEAF=0.025;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=33.76;ReadPosRankSum=0.414;SOR=2.270 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:1,0:1:3:0,3,10 0/0:1,0:1:3:0,3,10 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,32 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:5,0:5:15:0,15,177 0/0:5,0:5:15:0,15,204 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:3,0:3:9:0,9,119 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:4,0:4:12:0,12,159 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,84 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,84 +Reference 503500 . A C 126.84 PASS AC=3;AF=0.094;AN=32;BaseQRankSum=-0.125;DP=44;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2949;MLEAC=3;MLEAF=0.094;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.12;ReadPosRankSum=-0.750;SOR=1.541 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:1,0:1:3:0,3,38 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:2,0:2:6:0,6,74 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:3,0:3:9:0,9,110 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:5,0:5:15:0,15,170 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/1:3,2:5:62:62,0,110 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:4,0:4:12:0,12,167 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/0:3,0:3:9:0,9,93 0/0:3,0:3:9:0,9,93 +Reference 504000 . A C 741.62 PASS AC=18;AF=0.450;AN=40;BaseQRankSum=-0.259;DP=64;ExcessHet=0.3330;FS=2.804;InbreedingCoeff=-0.0378;MLEAC=16;MLEAF=0.400;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=30.90;ReadPosRankSum=0.191;SOR=0.399 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,1:3:33:33,0,67 0/1:1,4:5:27:148,0,27 0/1:1,2:3:33:75,0,33 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/1:1,1:2:36:36,0,36 0/1:2,1:3:33:33,0,75 1/1:0,1:1:3:42,3,0 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/0:4,0:4:12:0,12,162 0/1:1,1:2:36:36,0,36 0/0:2,0:2:6:0,6,79 0/1:3,2:5:60:60,0,106 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:2,0:2:6:0,6,64 1/1:0,2:2:6:80,6,0 0/0:3,0:3:9:0,9,121 1/1:0,1:1:3:42,3,0 1/1:0,3:3:8:61,8,0 0/1:4,2:6:65:65,0,149 0/0:9,0:9:27:0,27,362 +Reference 504500 . A C 339.20 PASS AC=9;AF=0.250;AN=36;BaseQRankSum=-0.592;DP=51;ExcessHet=0.1433;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0691;MLEAC=9;MLEAF=0.250;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=31.52;ReadPosRankSum=-0.298;SOR=0.901 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,2:3:33:75,0,33 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:5,0:5:15:0,15,205 0/0:2,0:2:6:0,6,80 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/0:3,0:3:9:0,9,122 0/1:2,1:3:33:33,0,75 0/0:5,0:5:15:0,15,187 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/1:2,2:4:67:67,0,71 0/1:1,1:2:36:36,0,36 0/1:1,1:2:26:26,0,32 1/1:0,2:2:6:84,6,0 +Reference 505500 . A C 199.81 PASS AC=5;AF=0.139;AN=36;BaseQRankSum=-2.063;DP=46;ExcessHet=0.0568;FS=7.952;InbreedingCoeff=0.1074;MLEAC=4;MLEAF=0.111;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=33.30;ReadPosRankSum=-0.517;SOR=1.541 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/1:2,4:6:65:141,0,65 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,51 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:1,0:1:3:0,3,10 0/0:.:0:.:0,0,0 0/1:1,1:2:36:36,0,36 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:2,0:2:6:0,6,80 0/1:2,1:3:1:1,0,75 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:6,0:6:18:0,18,247 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,84 +Reference 506000 . A C 241.49 PASS AC=5;AF=0.132;AN=38;BaseQRankSum=1.157;DP=45;ExcessHet=0.0506;FS=2.199;InbreedingCoeff=0.1053;MLEAC=5;MLEAF=0.132;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=29.00;ReadPosRankSum=0.706;SOR=0.902 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:.:0:.:0,0,0 0/1:1,1:2:36:36,0,36 0/0:3,0:3:9:0,9,121 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/1:1,1:2:36:36,0,36 0/0:2,0:2:6:0,6,83 0/0:4,0:4:12:0,12,159 1/1:1,4:5:5:158,5,0 0/1:1,1:2:4:36,0,4 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,51 +Reference 507000 . A C 561.86 PASS AC=18;AF=0.450;AN=40;BaseQRankSum=-0.399;DP=43;ExcessHet=0.0000;FS=6.805;InbreedingCoeff=0.4522;MLEAC=14;MLEAF=0.350;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=30.65;ReadPosRankSum=0.557;SOR=1.558 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,1:1:3:42,3,0 1/1:0,2:2:6:51,6,0 0/0:3,0:3:9:0,9,121 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/1:1,1:2:36:36,0,36 1/1:0,3:3:9:118,9,0 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/0:1,0:1:3:0,3,32 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:3,0:3:9:0,9,121 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/1:2,1:3:1:1,0,75 0/0:3,0:3:9:0,9,119 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 1/1:0,3:3:9:125,9,0 0/0:3,0:3:9:0,9,125 1/1:0,1:1:3:42,3,0 +Reference 507500 . A C 284.60 PASS AC=5;AF=0.147;AN=34;BaseQRankSum=-1.032;DP=45;ExcessHet=0.0642;FS=1.527;InbreedingCoeff=0.0896;MLEAC=5;MLEAF=0.147;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=28.46;ReadPosRankSum=1.467;SOR=1.011 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/1:2,1:3:33:33,0,59 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:.:0:.:0,0,0 0/1:1,3:4:30:81,0,30 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,80 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:3,0:3:9:0,9,121 0/1:1,5:6:24:181,0,24 1/1:0,1:1:3:10,3,0 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:1,0:1:3:0,3,41 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:2,0:2:6:0,6,80 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,51 +Reference 508500 . A C 1260.78 PASS AC=26;AF=0.765;AN=34;BaseQRankSum=0.545;DP=37;ExcessHet=0.0006;FS=4.191;InbreedingCoeff=0.2614;MLEAC=27;MLEAF=0.794;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=29.24;ReadPosRankSum=-0.064;SOR=0.133 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/1:1,1:2:26:36,0,26 0/1:1,3:4:30:113,0,30 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:.:0:.:0,0,0 1/1:0,3:3:9:125,9,0 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,42 1/1:0,1:1:3:38,3,0 1/1:0,3:3:9:125,9,0 1/1:0,1:1:3:42,3,0 1/1:0,2:2:6:78,6,0 1/1:0,3:3:9:122,9,0 1/1:0,2:2:6:84,6,0 1/1:0,4:4:12:163,12,0 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/0:.:0:.:0,0,0 1/1:0,4:4:12:135,12,0 +Reference 509500 . A C 226.22 PASS AC=2;AF=0.053;AN=38;BaseQRankSum=-0.094;DP=59;ExcessHet=0.1190;FS=3.603;InbreedingCoeff=-0.0235;MLEAC=2;MLEAF=0.053;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.57;ReadPosRankSum=-0.352;SOR=1.493 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:3,0:3:9:0,9,115 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/1:2,3:5:63:109,0,63 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:4,0:4:12:0,12,135 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/1:2,4:6:61:135,0,61 0/0:2,0:2:6:0,6,74 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:3,0:3:8:0,8,61 0/0:1,0:1:3:0,3,32 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:4,0:4:12:0,12,142 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:4,0:4:12:0,12,135 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:3,0:3:9:0,9,115 +Reference 510000 . A C 777.12 PASS AC=13;AF=0.361;AN=36;BaseQRankSum=1.048;DP=53;ExcessHet=0.0378;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2017;MLEAC=14;MLEAF=0.389;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=33.62;ReadPosRankSum=1.878;SOR=0.537 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,84 1/1:0,3:3:9:125,9,0 0/0:.:0:.:0,0,0 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:4,0:4:12:0,12,163 0/0:3,0:3:9:0,9,110 0/1:1,1:2:4:4,0,36 0/1:1,1:2:36:36,0,36 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/1:4,3:7:99:104,0,142 0/0:2,0:2:6:0,6,47 0/0:2,0:2:6:0,6,51 0/1:2,1:3:33:33,0,75 0/0:.:0:.:0,0,0 1/1:0,2:2:6:84,6,0 1/1:0,7:7:21:288,21,0 0/1:1,1:2:36:36,0,36 0/0:2,0:2:6:0,6,84 +Reference 510500 . A C 59.94 PASS AC=1;AF=0.026;AN=38;BaseQRankSum=0.741;DP=47;ExcessHet=0.0000;FS=3.153;InbreedingCoeff=0.0114;MLEAC=1;MLEAF=0.026;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.99;ReadPosRankSum=0.027;SOR=2.303 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:4,0:4:12:0,12,135 0/0:5,0:5:15:0,15,205 0/0:5,0:5:15:0,15,205 0/1:2,2:4:71:71,0,71 0/0:2,0:2:6:0,6,80 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,10 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:3,0:3:9:0,9,121 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:2,0:2:6:0,6,80 0/0:1,0:1:3:0,3,10 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:3,0:3:9:0,9,121 0/0:4,0:4:12:0,12,167 +Reference 512000 . A C 131.60 PASS AC=5;AF=0.147;AN=34;BaseQRankSum=0.027;DP=48;ExcessHet=0.0000;FS=8.155;InbreedingCoeff=0.3268;MLEAC=4;MLEAF=0.118;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=29.76;ReadPosRankSum=-0.778;SOR=1.456 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:15:0,15,200 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:6,0:6:18:0,18,237 0/0:4,0:4:12:0,12,157 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:1,0:1:3:0,3,32 0/0:2,0:2:6:0,6,69 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,10 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:5,0:5:15:0,15,205 0/0:.:0:.:0,0,0 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/1:1,2:3:33:70,0,33 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/0:.:0:.:0,0,0 +Reference 512500 . A C 1444.12 PASS AC=27;AF=0.711;AN=38;BaseQRankSum=-0.547;DP=49;ExcessHet=0.0000;FS=11.155;InbreedingCoeff=0.4452;MLEAC=27;MLEAF=0.711;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=32.91;ReadPosRankSum=-0.928;SOR=0.353 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6:80,6,0 1/1:0,2:2:6:79,6,0 0/0:3,0:3:9:0,9,125 1/1:0,3:3:9:125,9,0 1/1:0,4:4:12:167,12,0 1/1:0,4:4:12:166,12,0 1/1:0,3:3:9:121,9,0 0/0:3,1:4:2:0,2,112 0/0:1,0:1:3:0,3,42 1/1:0,2:2:6:83,6,0 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,84 1/1:0,3:3:9:125,9,0 0/0:.:0:.:0,0,0 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/1:1,2:3:33:75,0,33 1/1:0,4:4:12:157,12,0 1/1:0,1:1:3:42,3,0 1/1:0,1:1:3:42,3,0 +Reference 514000 . A C 274.86 PASS AC=7;AF=0.219;AN=32;BaseQRankSum=-0.379;DP=38;ExcessHet=0.0000;FS=2.086;InbreedingCoeff=0.3377;MLEAC=8;MLEAF=0.250;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=28.12;ReadPosRankSum=-1.178;SOR=1.135 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 1/1:0,4:4:12:167,12,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/1:1,1:2:36:36,0,36 0/0:1,0:1:3:0,3,42 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/0:3,0:3:9:0,9,93 1/1:0,2:2:6:51,6,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:6,0:6:18:0,18,244 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:.:0:.:0,0,0 +Reference 514500 . A C 139.78 PASS AC=4;AF=0.118;AN=34;BaseQRankSum=-2.284;DP=49;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.4629;MLEAC=3;MLEAF=0.088;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=27.96;ReadPosRankSum=0.325;SOR=1.661 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 1/1:0,3:3:9:83,9,0 0/0:5,0:5:15:0,15,205 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/0:3,0:3:9:0,9,115 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:1,0:1:3:0,3,38 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:5,0:5:15:0,15,209 0/0:3,0:3:9:0,9,119 0/0:3,0:3:9:0,9,125 +Reference 515500 . A C 66.34 PASS AC=1;AF=0.028;AN=36;BaseQRankSum=-1.049;DP=62;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1303;MLEAC=1;MLEAF=0.028;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.27;ReadPosRankSum=-0.069;SOR=0.679 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,80 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:6,0:6:18:0,18,251 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:6,0:6:18:0,18,247 0/0:2,0:2:6:0,6,68 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/1:2,3:5:65:78,0,65 0/0:7,0:7:21:0,21,256 0/0:3,0:3:9:0,9,121 0/0:2,0:2:6:0,6,84 +Reference 516000 . A C 191.85 PASS AC=3;AF=0.079;AN=38;BaseQRankSum=0.221;DP=57;ExcessHet=0.3672;FS=7.582;InbreedingCoeff=-0.0564;MLEAC=4;MLEAF=0.105;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.32;ReadPosRankSum=-0.338;SOR=2.259 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,1:2:36:36,0,36 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:3,0:3:9:0,9,121 0/0:4,0:4:12:0,12,161 0/0:2,0:2:6:0,6,70 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:5,0:5:15:0,15,209 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:5,0:5:15:0,15,177 0/0:3,0:3:9:0,9,121 0/0:2,0:2:6:0,6,49 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/1:2,3:5:68:106,0,68 0/0:3,0:3:9:0,9,93 0/0:1,0:1:3:0,3,10 0/1:2,2:4:71:71,0,71 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:2,0:2:6:0,6,84 +Reference 516500 . A C 134.20 PASS AC=3;AF=0.083;AN=36;BaseQRankSum=1.143;DP=48;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2847;MLEAC=3;MLEAF=0.083;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=30.34;ReadPosRankSum=1.922;SOR=0.534 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,83 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/1:2,1:3:33:33,0,43 0/0:2,0:2:6:0,6,78 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:4,0:4:12:0,12,163 0/0:4,0:4:12:0,12,167 1/1:0,3:3:9:125,9,0 0/0:1,0:1:3:0,3,32 0/0:2,0:2:6:0,6,45 0/0:4,0:4:12:0,12,163 0/0:3,0:3:9:0,9,89 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:3,0:3:9:0,9,121 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,76 0/0:3,0:3:9:0,9,125 +Reference 517000 . A C 205.42 PASS AC=4;AF=0.111;AN=36;BaseQRankSum=-0.881;DP=57;ExcessHet=0.0113;FS=4.643;InbreedingCoeff=0.2701;MLEAC=4;MLEAF=0.111;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.99;ReadPosRankSum=-0.221;SOR=2.282 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:7,0:7:21:0,21,292 0/0:5,0:5:15:0,15,209 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/1:1,1:2:21:36,0,21 1/1:0,4:4:12:162,12,0 0/0:6,0:6:18:0,18,251 0/1:1,1:2:36:36,0,36 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:4,0:4:12:0,12,163 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:2,0:2:6:0,6,74 +Reference 517500 . A C 1154.19 PASS AC=22;AF=0.647;AN=34;BaseQRankSum=-1.225;DP=43;ExcessHet=0.0131;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1874;MLEAC=23;MLEAF=0.676;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=30.24;ReadPosRankSum=0.280;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:.:0:.:0,0,0 1/1:0,1:1:3:38,3,0 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/0:.:0:.:0,0,0 1/1:0,2:2:6:84,6,0 1/1:0,2:2:6:84,6,0 1/1:0,4:4:12:157,12,0 1/1:0,3:3:9:125,9,0 1/1:0,6:6:18:247,18,0 0/1:1,1:2:36:36,0,36 0/0:3,0:3:9:0,9,125 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/1:2,1:3:33:33,0,75 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/1:3,3:6:99:107,0,107 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/1:1,1:2:36:36,0,36 +Reference 518500 . A C 160.94 PASS AC=5;AF=0.132;AN=38;BaseQRankSum=0.141;DP=52;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3074;MLEAC=4;MLEAF=0.105;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=27.31;ReadPosRankSum=0.215;SOR=1.022 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:15:0,15,205 0/0:2,0:2:6:0,6,80 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:4,0:4:12:0,12,116 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:5,0:5:15:0,15,198 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:.:0:.:0,0,0 0/1:4,1:5:22:22,0,152 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:3,0:3:9:0,9,125 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:2,0:2:6:0,6,51 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:2,0:2:6:0,6,51 +Reference 519000 . A C 67.57 PASS AC=2;AF=0.056;AN=36;BaseQRankSum=0.713;DP=44;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3003;MLEAC=1;MLEAF=0.028;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=33.78;ReadPosRankSum=0.733;SOR=0.606 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,93 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:5,0:5:15:0,15,209 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:5,0:5:15:0,15,209 0/0:4,0:4:12:0,12,153 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:3,0:3:9:0,9,115 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:.:0:.:0,0,0 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/0:3,0:3:9:0,9,93 0/0:3,0:3:9:0,9,121 0/0:3,0:3:9:0,9,93 0/0:1,0:1:3:0,3,32 0/0:2,0:2:6:0,6,84 +Reference 519500 . A C 95.68 PASS AC=1;AF=0.028;AN=36;BaseQRankSum=0.680;DP=52;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0995;MLEAC=1;MLEAF=0.028;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.95;ReadPosRankSum=-1.842;SOR=0.871 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:5,0:5:15:0,15,195 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/1:3,3:6:99:107,0,107 0/0:3,0:3:9:0,9,93 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:3,0:3:9:0,9,78 0/0:3,0:3:9:0,9,121 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:5,0:5:15:0,15,209 +Reference 520500 . A C 55.70 PASS AC=1;AF=0.026;AN=38;BaseQRankSum=-0.904;DP=53;ExcessHet=0.0000;FS=2.915;InbreedingCoeff=0.0273;MLEAC=1;MLEAF=0.026;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.93;ReadPosRankSum=-1.428;SOR=1.765 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,10 0/0:2,0:2:6:0,6,74 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:6,0:6:18:0,18,246 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,51 0/0:2,0:2:6:0,6,51 0/0:1,0:1:3:0,3,10 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:4,0:4:12:0,12,135 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/1:2,2:4:67:67,0,71 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:3,0:3:9:0,9,115 0/0:6,0:6:18:0,18,251 0/0:6,0:6:18:0,18,218 0/0:1,0:1:3:0,3,42 +Reference 521000 . A C 352.74 PASS AC=7;AF=0.194;AN=36;BaseQRankSum=0.601;DP=51;ExcessHet=0.0128;FS=6.345;InbreedingCoeff=0.2028;MLEAC=7;MLEAF=0.194;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=32.07;ReadPosRankSum=0.831;SOR=1.559 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,76 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/1:2,3:5:68:102,0,68 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:6,0:6:18:0,18,246 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/1:1,1:2:36:36,0,36 0/0:2,0:2:6:0,6,74 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/1:1,2:3:18:75,0,18 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:5,0:5:15:0,15,205 0/0:5,0:5:15:0,15,205 1/1:0,3:3:9:125,9,0 0/0:2,0:2:6:0,6,84 +Reference 522000 . A C 610.11 PASS AC=12;AF=0.400;AN=30;BaseQRankSum=-0.119;DP=46;ExcessHet=2.2237;FS=2.795;InbreedingCoeff=-0.1324;MLEAC=15;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.60;ReadPosRankSum=2.434;SOR=1.085 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/1:1,2:3:33:43,0,33 0/1:2,2:4:67:67,0,71 0/1:3,1:4:26:26,0,103 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,70 0/0:1,0:1:3:0,3,10 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/1:2,2:4:71:71,0,71 0/1:2,1:3:33:33,0,75 0/0:.:0:.:0,0,0 0/1:2,2:4:71:71,0,71 0/1:3,2:5:64:64,0,106 0/0:3,0:3:9:0,9,121 1/1:0,3:3:9:115,9,0 0/1:2,2:4:67:71,0,67 +Reference 522500 . A C 122.63 PASS AC=2;AF=0.053;AN=38;BaseQRankSum=0.267;DP=48;ExcessHet=0.1190;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0335;MLEAC=3;MLEAF=0.079;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=30.66;ReadPosRankSum=0.248;SOR=0.906 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:5,0:5:15:0,15,205 0/0:2,0:2:6:0,6,74 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,10 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/1:1,3:4:30:109,0,30 0/0:1,0:1:3:0,3,10 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:3,0:3:9:0,9,93 0/0:4,0:4:12:0,12,163 0/0:4,0:4:12:0,12,159 0/0:4,0:4:12:0,12,153 0/1:3,1:4:30:30,0,113 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:1,0:1:3:0,3,36 0/0:2,0:2:6:0,6,80 +Reference 523500 . A C 106.11 PASS AC=2;AF=0.059;AN=34;BaseQRankSum=0.680;DP=51;ExcessHet=0.0000;FS=2.707;InbreedingCoeff=0.4036;MLEAC=2;MLEAF=0.059;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.94;ReadPosRankSum=0.681;SOR=2.240 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,83 0/0:2,0:2:6:0,6,83 0/0:4,0:4:12:0,12,152 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:5,0:5:15:0,15,177 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:4,0:4:12:0,12,153 0/0:7,0:7:21:0,21,292 0/0:6,0:6:18:0,18,237 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:3,0:3:9:0,9,125 1/1:0,3:3:9:125,9,0 0/0:.:0:.:0,0,0 +Reference 524000 . A C 170.32 PASS AC=4;AF=0.111;AN=36;BaseQRankSum=1.095;DP=42;ExcessHet=0.0113;FS=2.395;InbreedingCoeff=0.1254;MLEAC=4;MLEAF=0.111;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=30.02;ReadPosRankSum=0.359;SOR=0.836 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,80 0/1:1,3:4:20:113,0,20 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:3,0:3:9:0,9,115 0/0:4,0:4:12:0,12,135 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:3,0:3:9:0,9,121 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:4,0:4:12:0,12,159 0/1:1,1:2:36:36,0,36 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:2,0:2:6:0,6,84 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:.:0:.:0,0,0 +Reference 524500 . A C 318.52 PASS AC=6;AF=0.176;AN=34;BaseQRankSum=-1.372;DP=44;ExcessHet=0.0022;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2984;MLEAC=6;MLEAF=0.176;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=31.85;ReadPosRankSum=0.642;SOR=0.807 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,74 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:4,0:4:12:0,12,159 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:4,0:4:12:0,12,167 1/1:0,2:2:6:80,6,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:3,0:3:9:0,9,93 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/1:1,1:2:36:36,0,36 1/1:0,4:4:12:167,12,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/1:2,2:4:63:63,0,72 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:.:0:.:0,0,0 +Reference 525000 . A C 336.06 PASS AC=7;AF=0.184;AN=38;BaseQRankSum=0.362;DP=62;ExcessHet=0.3441;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0226;MLEAC=7;MLEAF=0.184;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.85;ReadPosRankSum=0.870;SOR=0.725 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,80 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:5,0:5:15:0,15,201 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/1:3,4:7:99:146,0,100 0/1:1,1:2:36:36,0,36 0/0:2,0:2:6:0,6,84 1/1:0,2:2:6:47,6,0 0/0:3,0:3:9:0,9,89 0/0:6,0:6:18:0,18,251 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/1:3,1:4:30:30,0,77 0/0:6,0:6:18:0,18,241 0/1:2,2:4:61:71,0,61 0/1:2,1:3:33:33,0,70 +Reference 526000 . A C 277.84 PASS AC=4;AF=0.111;AN=36;BaseQRankSum=-1.936;DP=58;ExcessHet=0.0113;FS=3.126;InbreedingCoeff=0.1892;MLEAC=5;MLEAF=0.139;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.85;ReadPosRankSum=-0.357;SOR=1.009 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:15:0,15,199 0/0:6,0:6:18:0,18,247 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:3,1:4:2:0,2,112 1/1:0,5:5:15:205,15,0 0/0:2,0:2:6:0,6,51 0/1:4,2:6:55:55,0,145 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/1:1,2:3:33:43,0,33 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:5,0:5:15:0,15,189 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:5,0:5:15:0,15,209 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:2,0:2:6:0,6,84 +Reference 526500 . A C 327.60 PASS AC=5;AF=0.147;AN=34;BaseQRankSum=0.495;DP=45;ExcessHet=0.0000;FS=9.138;InbreedingCoeff=0.3840;MLEAC=5;MLEAF=0.147;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=27.51;ReadPosRankSum=-0.795;SOR=2.070 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:2,0:2:6:0,6,80 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:3,0:3:9:0,9,121 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:.:0:.:0,0,0 0/1:4,1:5:27:27,0,152 0/0:3,0:3:9:0,9,115 0/0:3,0:3:9:0,9,125 1/1:0,5:5:15:205,15,0 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,51 1/1:0,3:3:9:125,9,0 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:2,0:2:6:0,6,51 0/0:4,0:4:12:0,12,163 +Reference 527000 . A C 995.72 PASS AC=23;AF=0.605;AN=38;BaseQRankSum=0.378;DP=51;ExcessHet=0.0178;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1755;MLEAC=22;MLEAF=0.579;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.42;ReadPosRankSum=0.621;SOR=0.706 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:.:0:.:0,0,0 1/1:0,4:4:12:167,12,0 1/1:0,3:3:9:115,9,0 1/1:0,1:1:3:42,3,0 1/1:0,1:1:3:10,3,0 0/1:1,1:2:29:29,0,36 0/1:5,1:6:24:24,0,145 1/1:0,4:4:12:156,12,0 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/1:1,2:3:33:75,0,33 0/1:1,1:2:4:32,0,4 1/1:0,2:2:6:84,6,0 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:3,0:3:9:0,9,117 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/1:1,2:3:33:70,0,33 +Reference 527500 . A C 262.90 PASS AC=4;AF=0.111;AN=36;BaseQRankSum=-0.671;DP=58;ExcessHet=0.8031;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0429;MLEAC=5;MLEAF=0.139;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.11;ReadPosRankSum=0.241;SOR=1.112 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/1:2,1:3:29:29,0,71 0/0:5,0:5:15:0,15,205 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/1:2,5:7:62:184,0,62 0/0:5,0:5:15:0,15,209 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:3,0:3:9:0,9,115 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:5,0:5:15:0,15,205 0/1:1,1:2:36:36,0,36 0/0:2,0:2:6:0,6,80 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:6,0:6:18:0,18,218 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:2,0:2:6:0,6,80 0/1:1,1:2:36:36,0,36 0/0:2,0:2:6:0,6,84 +Reference 529000 . A C 376 PASS AC=7;AF=0.194;AN=36;BaseQRankSum=-0.278;DP=46;ExcessHet=0.3860;FS=3.862;InbreedingCoeff=-0.0341;MLEAC=9;MLEAF=0.250;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=31.33;ReadPosRankSum=-1.261;SOR=1.100 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/1:3,3:6:99:103,0,107 1/1:0,3:3:9:125,9,0 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:5,0:5:15:0,15,201 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,80 0/0:1,0:1:3:0,3,38 0/1:1,1:2:36:36,0,36 0/0:2,0:2:6:0,6,80 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/1:1,2:3:33:70,0,33 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/1:3,1:4:30:30,0,71 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/1:1,1:2:32:32,0,36 0/0:2,0:2:6:0,6,84 +Reference 529500 . A C 972.01 PASS AC=21;AF=0.618;AN=34;BaseQRankSum=0.572;DP=39;ExcessHet=0.0526;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0856;MLEAC=23;MLEAF=0.676;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=27.95;ReadPosRankSum=1.756;SOR=0.425 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:.:0:.:0,0,0 0/1:2,1:3:29:29,0,59 1/1:0,3:3:9:121,9,0 0/1:3,1:4:30:30,0,108 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/1:3,1:4:30:30,0,113 0/0:.:0:.:0,0,0 1/1:0,3:3:9:125,9,0 0/1:1,1:2:36:36,0,36 1/1:0,2:2:6:84,6,0 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/0:1,0:1:3:0,3,38 0/0:1,0:1:3:0,3,38 1/1:0,2:2:6:74,6,0 1/1:0,3:3:9:121,9,0 0/1:1,2:3:33:75,0,33 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:1,0:1:3:0,3,38 1/1:0,2:2:6:80,6,0 +Reference 530000 . A C 347.09 PASS AC=7;AF=0.194;AN=36;BaseQRankSum=0.896;DP=55;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.4965;MLEAC=6;MLEAF=0.167;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.27;ReadPosRankSum=2.126;SOR=0.976 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:4,0:4:12:0,12,131 0/0:5,0:5:15:0,15,177 0/1:1,1:2:4:36,0,4 0/0:.:0:.:0,0,0 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/0:3,0:3:9:0,9,125 1/1:0,1:1:3:42,3,0 1/1:0,6:6:18:218,18,0 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:4,0:4:12:0,12,135 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,38 0/0:4,0:4:12:0,12,135 0/0:4,0:4:12:0,12,152 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:1,0:1:3:0,3,38 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:2,0:2:6:0,6,51 +Reference 530500 . A C 137.33 PASS AC=3;AF=0.094;AN=32;BaseQRankSum=0.918;DP=47;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3055;MLEAC=3;MLEAF=0.094;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=27.65;ReadPosRankSum=0.259;SOR=0.563 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:5,0:5:15:0,15,199 0/0:4,0:4:12:0,12,163 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:2,0:2:6:0,6,74 0/1:2,1:3:33:33,0,71 1/1:0,3:3:9:125,9,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:4,0:4:12:0,12,163 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:7,0:7:21:0,21,277 0/0:5,0:5:15:0,15,209 0/0:2,0:2:6:0,6,80 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:1,0:1:3:0,3,42 +Reference 531000 . A C 249.60 PASS AC=6;AF=0.150;AN=40;BaseQRankSum=-0.137;DP=64;ExcessHet=0.1349;FS=1.635;InbreedingCoeff=-0.0445;MLEAC=6;MLEAF=0.150;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.80;ReadPosRankSum=-2.459;SOR=0.389 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/1:2,2:4:69:69,0,71 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/1:2,2:4:71:71,0,71 0/1:2,2:4:40:72,0,40 0/0:5,0:5:15:0,15,209 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/1:2,1:3:33:33,0,71 0/0:3,0:3:9:0,9,125 1/1:0,1:1:3:32,3,0 0/0:5,0:5:15:0,15,196 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:1,0:1:3:0,3,38 0/0:6,0:6:18:0,18,247 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:3,0:3:9:0,9,125 +Reference 532000 . A C 153.83 PASS AC=3;AF=0.079;AN=38;BaseQRankSum=0.125;DP=67;ExcessHet=0.3672;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0493;MLEAC=4;MLEAF=0.105;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.23;ReadPosRankSum=0.213;SOR=0.955 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:8,0:8:24:0,24,330 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:4,0:4:12:0,12,135 0/0:3,0:3:9:0,9,119 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:5,0:5:15:0,15,205 0/0:5,0:5:15:0,15,205 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:6,0:6:18:0,18,247 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/1:3,2:5:69:69,0,78 0/0:2,0:2:6:0,6,41 0/0:2,0:2:6:0,6,65 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/1:1,2:3:33:71,0,33 0/0:3,0:3:9:0,9,121 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/1:1,1:2:36:36,0,36 +Reference 533000 . A C 1303.08 PASS AC=26;AF=0.722;AN=36;BaseQRankSum=0.873;DP=48;ExcessHet=0.0192;FS=5.691;InbreedingCoeff=0.1766;MLEAC=25;MLEAF=0.694;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=34.85;ReadPosRankSum=-0.263;SOR=1.423 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,1:1:3:42,3,0 1/1:0,5:5:15:209,15,0 0/1:2,1:3:33:33,0,75 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:2,0:2:6:0,6,51 0/1:3,1:4:30:30,0,113 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/0:2,0:2:6:0,6,51 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/1:1,4:5:27:152,0,27 1/1:0,2:2:6:84,6,0 1/1:0,3:3:9:115,9,0 1/1:0,2:2:6:51,6,0 0/1:2,1:3:33:33,0,75 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/0:.:0:.:0,0,0 1/1:0,4:4:12:167,12,0 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/0:.:0:.:0,0,0 1/1:0,3:3:9:125,9,0 +Reference 533500 . A C 96.96 PASS AC=3;AF=0.075;AN=40;BaseQRankSum=0.825;DP=55;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1452;MLEAC=3;MLEAF=0.075;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=27.57;ReadPosRankSum=0.058;SOR=1.134 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,1:2:32:36,0,32 0/0:3,0:3:9:0,9,121 0/0:7,0:7:21:0,21,292 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:3,0:3:9:0,9,93 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:3,0:3:9:0,9,115 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:4,0:4:12:0,12,157 0/0:1,0:1:3:0,3,38 0/0:5,0:5:15:0,15,205 0/0:4,0:4:12:0,12,159 0/0:3,0:3:9:0,9,122 0/0:1,0:1:3:0,3,42 +Reference 534000 . A C 1826.19 PASS AC=33;AF=0.825;AN=40;BaseQRankSum=-0.991;DP=54;ExcessHet=0.0090;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1354;MLEAC=30;MLEAF=0.750;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=29.16;ReadPosRankSum=0.590;SOR=0.547 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,3:4:30:113,0,30 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/1:1,3:4:29:113,0,29 1/1:0,2:2:6:84,6,0 1/1:0,5:5:15:209,15,0 1/1:0,2:2:6:84,6,0 1/1:0,4:4:11:103,11,0 1/1:0,3:3:9:125,9,0 1/1:0,1:1:3:42,3,0 1/1:0,2:2:6:74,6,0 1/1:0,6:6:18:241,18,0 1/1:0,1:1:3:42,3,0 1/1:0,1:1:3:42,3,0 1/1:0,4:4:12:163,12,0 1/1:0,4:4:12:167,12,0 0/1:1,1:2:36:36,0,36 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,84 1/1:0,1:1:3:42,3,0 1/1:0,1:1:3:10,3,0 +Reference 535500 . A C 98.73 PASS AC=1;AF=0.028;AN=36;BaseQRankSum=0.481;DP=54;ExcessHet=0.0000;FS=6.283;InbreedingCoeff=0.0992;MLEAC=1;MLEAF=0.028;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.75;ReadPosRankSum=-1.078;SOR=2.817 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:7,0:7:21:0,21,292 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:4,0:4:12:0,12,163 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/1:2,3:5:68:110,0,68 0/0:3,0:3:9:0,9,121 0/0:3,0:3:9:0,9,120 0/0:3,0:3:9:0,9,93 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:5,0:5:15:0,15,209 +Reference 536500 . A C 99.10 PASS AC=1;AF=0.029;AN=34;BaseQRankSum=0.599;DP=48;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1620;MLEAC=1;MLEAF=0.029;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.82;ReadPosRankSum=1.775;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:3,0:3:9:0,9,124 0/0:3,0:3:9:0,9,121 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,51 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:5,0:5:15:0,15,208 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:3,0:3:9:0,9,121 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/1:2,3:5:64:110,0,64 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:2,0:2:6:0,6,84 +Reference 537000 . A C 245.37 PASS AC=5;AF=0.139;AN=36;BaseQRankSum=-0.536;DP=56;ExcessHet=0.0568;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0694;MLEAC=5;MLEAF=0.139;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.87;ReadPosRankSum=-0.431;SOR=1.061 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:.:0:.:0,0,0 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:2,0:2:6:0,6,78 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:4,0:4:12:0,12,163 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:5,0:5:15:0,15,209 0/1:3,2:5:53:53,0,106 0/0:1,0:1:3:0,3,38 0/1:4,4:8:99:139,0,139 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/1:2,1:3:33:33,0,65 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:4,0:4:12:0,12,153 +Reference 537500 . A C 410.82 PASS AC=8;AF=0.250;AN=32;BaseQRankSum=1.351;DP=51;ExcessHet=0.0008;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3577;MLEAC=8;MLEAF=0.250;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=31.67;ReadPosRankSum=0.680;SOR=0.701 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,80 1/1:0,6:6:18:246,18,0 0/0:3,0:3:9:0,9,121 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/0:2,0:2:6:0,6,79 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:.:0:.:0,0,0 0/1:1,1:2:36:36,0,36 0/1:3,2:5:69:69,0,78 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/0:5,0:5:15:0,15,173 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:6,0:6:18:0,18,237 0/0:5,0:5:15:0,15,205 0/0:3,0:3:9:0,9,117 0/0:5,0:5:15:0,15,209 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:2,0:2:6:0,6,84 +Reference 538000 . A C 416.07 PASS AC=7;AF=0.194;AN=36;BaseQRankSum=0.205;DP=48;ExcessHet=0.0128;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1620;MLEAC=7;MLEAF=0.194;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.11;ReadPosRankSum=-0.586;SOR=0.668 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,69 0/1:2,4:6:55:145,0,55 0/0:2,0:2:6:0,6,79 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,37 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:2,0:2:6:0,6,84 1/1:0,1:1:3:31,3,0 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/1:2,2:4:40:72,0,40 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:3,0:3:9:0,9,78 1/1:0,3:3:9:125,9,0 0/1:3,2:5:68:68,0,110 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:1,0:1:3:0,3,42 +Reference 538500 . A C 58.40 PASS AC=2;AF=0.053;AN=38;BaseQRankSum=-2.829;DP=46;ExcessHet=0.0000;FS=4.058;InbreedingCoeff=0.2389;MLEAC=1;MLEAF=0.026;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=29.20;ReadPosRankSum=-1.870;SOR=0.991 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:6,0:6:18:0,18,237 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,80 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:3,0:3:9:0,9,110 0/0:1,0:1:3:0,3,38 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:2,0:2:6:0,6,74 0/0:2,0:2:6:0,6,51 0/0:1,0:1:3:0,3,42 1/1:0,2:2:6:75,6,0 0/0:1,0:1:3:0,3,10 0/0:5,1:6:8:0,8,195 +Reference 539500 . A C 68.57 PASS AC=2;AF=0.059;AN=34;BaseQRankSum=0.824;DP=40;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3027;MLEAC=2;MLEAF=0.059;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=34.28;ReadPosRankSum=1.593;SOR=2.293 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:5,0:5:15:0,15,195 0/0:5,0:5:15:0,15,205 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:3,0:3:9:0,9,117 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:4,0:4:12:0,12,131 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:2,0:2:6:0,6,79 0/0:3,0:3:9:0,9,120 0/0:3,0:3:9:0,9,117 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:1,0:1:3:0,3,42 +Reference 540000 . A C 180.73 PASS AC=3;AF=0.094;AN=32;BaseQRankSum=1.175;DP=47;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3305;MLEAC=3;MLEAF=0.094;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.46;ReadPosRankSum=0.971;SOR=0.831 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,51 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/1:1,1:2:36:36,0,36 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:3,0:3:9:0,9,125 1/1:0,4:4:12:167,12,0 0/0:3,0:3:9:0,9,111 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:3,0:3:9:0,9,121 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:7,0:7:21:0,21,288 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:5,0:5:15:0,15,205 0/0:5,0:5:15:0,15,201 0/0:4,0:4:12:0,12,157 0/0:2,0:2:6:0,6,84 +Reference 540500 . A C 508.95 PASS AC=12;AF=0.333;AN=36;BaseQRankSum=-0.342;DP=46;ExcessHet=0.0093;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2143;MLEAC=12;MLEAF=0.333;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=27.76;ReadPosRankSum=0.675;SOR=0.793 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,38 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/1:1,1:2:36:36,0,36 0/0:4,0:4:12:0,12,163 0/1:1,1:2:36:36,0,36 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,32 1/1:0,3:3:9:121,9,0 0/0:2,0:2:6:0,6,80 0/0:.:0:.:0,0,0 0/1:1,1:2:36:36,0,36 0/0:.:0:.:0,0,0 1/1:0,1:1:3:32,3,0 0/0:2,0:2:6:0,6,51 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/1:3,1:4:30:30,0,103 0/0:7,0:7:21:0,21,282 0/0:1,0:1:3:0,3,42 1/1:0,4:4:12:153,12,0 1/1:0,2:2:6:84,6,0 +Reference 541500 . A C 341.12 PASS AC=8;AF=0.200;AN=40;BaseQRankSum=-1.373;DP=60;ExcessHet=0.0003;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3274;MLEAC=7;MLEAF=0.175;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=30.88;ReadPosRankSum=0.863;SOR=1.032 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:15:0,15,209 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:5,0:5:15:0,15,209 0/0:2,0:2:6:0,6,84 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/0:1,0:1:3:0,3,32 0/0:3,0:3:9:0,9,125 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:4,0:4:12:0,12,152 0/1:1,1:2:33:33,0,36 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/1:1,1:2:36:36,0,36 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:4,0:4:12:0,12,135 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:4,0:4:12:0,12,157 1/1:0,6:6:17:182,17,0 +Reference 544000 . A C 105.15 PASS AC=2;AF=0.053;AN=38;BaseQRankSum=0.801;DP=50;ExcessHet=0.0000;FS=10.212;InbreedingCoeff=0.3314;MLEAC=1;MLEAF=0.026;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=29.58;ReadPosRankSum=-0.593;SOR=2.802 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,93 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:.:0:.:0,0,0 1/1:0,3:3:9:125,9,0 0/0:2,0:2:6:0,6,74 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:3,0:3:9:0,9,119 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:2,0:2:6:0,6,80 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:4,0:4:12:0,12,163 0/0:2,0:2:6:0,6,80 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:4,0:4:12:0,12,131 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:3,0:3:9:0,9,125 +Reference 544500 . A C 981.30 PASS AC=16;AF=0.500;AN=32;BaseQRankSum=0.781;DP=50;ExcessHet=0.2115;FS=11.723;InbreedingCoeff=0.0851;MLEAC=18;MLEAF=0.563;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=32.71;ReadPosRankSum=1.392;SOR=0.557 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,2:3:33:75,0,33 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,76 0/1:4,1:5:27:27,0,120 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:.:0:.:0,0,0 0/1:1,2:3:33:75,0,33 1/1:0,4:4:12:167,12,0 0/1:2,3:5:68:102,0,68 0/0:2,0:2:6:0,6,80 0/1:1,2:3:33:75,0,33 0/1:1,4:5:27:120,0,27 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:.:0:.:0,0,0 1/1:0,1:1:3:42,3,0 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/0:3,0:3:9:0,9,93 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/0:.:0:.:0,0,0 1/1:0,3:3:9:121,9,0 +Reference 545000 . A C 1112.74 PASS AC=21;AF=0.553;AN=38;BaseQRankSum=0.364;DP=58;ExcessHet=0.0003;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.4258;MLEAC=20;MLEAF=0.526;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=27.49;ReadPosRankSum=-0.184;SOR=0.631 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12:159,12,0 1/1:0,4:4:12:163,12,0 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/1:4,1:5:27:27,0,152 0/0:5,0:5:15:0,15,195 0/0:2,0:2:6:0,6,84 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/1:1,1:2:32:36,0,32 0/1:2,1:3:32:32,0,75 1/1:0,1:1:3:42,3,0 1/1:0,4:4:12:167,12,0 1/1:0,5:5:15:205,15,0 1/1:0,2:2:6:74,6,0 1/1:0,3:3:9:125,9,0 0/0:4,0:4:12:0,12,135 +Reference 545500 . A C 60.11 PASS AC=1;AF=0.029;AN=34;BaseQRankSum=-1.278;DP=51;ExcessHet=0.0000;FS=3.010;InbreedingCoeff=0.1689;MLEAC=1;MLEAF=0.029;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.04;ReadPosRankSum=1.477;SOR=1.781 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:4,0:4:12:0,12,157 0/0:3,0:3:9:0,9,121 0/1:1,2:3:33:71,0,33 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:3,0:3:9:0,9,121 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:6,0:6:18:0,18,251 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:3,0:3:9:0,9,121 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:4,0:4:12:0,12,162 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:2,0:2:6:0,6,74 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:2,0:2:6:0,6,84 +Reference 546000 . A C 423.93 PASS AC=11;AF=0.306;AN=36;BaseQRankSum=-2.375;DP=54;ExcessHet=0.0016;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3301;MLEAC=10;MLEAF=0.278;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=33.97;ReadPosRankSum=-1.690;SOR=0.880 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/1:3,1:4:30:30,0,99 0/0:.:0:.:0,0,0 1/1:0,3:3:9:117,9,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:5,0:5:15:0,15,209 0/1:6,1:7:21:21,0,226 1/1:0,2:2:6:84,6,0 1/1:0,3:3:9:120,9,0 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:2,0:2:6:0,6,84 1/1:0,1:1:3:38,3,0 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/1:1,2:3:33:43,0,33 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:4,0:4:12:0,12,163 +Reference 546500 . A C 100.79 PASS AC=4;AF=0.105;AN=38;BaseQRankSum=0.801;DP=51;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3975;MLEAC=3;MLEAF=0.079;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=32.30;ReadPosRankSum=0.307;SOR=0.975 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:4,0:4:12:0,12,135 0/0:4,0:4:12:0,12,135 0/0:2,0:2:6:0,6,80 0/0:3,0:3:9:0,9,121 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/0:4,0:4:12:0,12,166 0/0:4,0:4:12:0,12,167 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:2,0:2:6:0,6,80 0/0:1,0:1:3:0,3,32 0/0:6,0:6:18:0,18,237 0/0:2,0:2:6:0,6,84 +Reference 547000 . A C 169.20 PASS AC=5;AF=0.147;AN=34;BaseQRankSum=0.885;DP=44;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3391;MLEAC=4;MLEAF=0.118;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.17;ReadPosRankSum=-1.384;SOR=1.022 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,84 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:.:0:.:0,0,0 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:2,0:2:6:0,6,69 0/0:5,0:5:15:0,15,167 0/0:3,0:3:9:0,9,93 0/1:3,2:5:68:68,0,100 +Reference 548500 . A C 1717.99 PASS AC=32;AF=1.00;AN=32;DP=43;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2478;MLEAC=35;MLEAF=1.00;MQ=60.00;QD=28.17;SOR=1.151 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18:251,18,0 1/1:0,2:2:6:84,6,0 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/0:.:0:.:0,0,0 1/1:0,3:3:9:121,9,0 1/1:0,5:5:15:185,15,0 1/1:0,1:1:3:42,3,0 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/0:.:0:.:0,0,0 1/1:0,2:2:6:84,6,0 1/1:0,2:2:6:47,6,0 1/1:0,2:2:6:74,6,0 1/1:0,3:3:9:115,9,0 1/1:0,6:6:18:247,18,0 0/0:.:0:.:0,0,0 1/1:0,2:2:6:84,6,0 1/1:0,1:1:3:42,3,0 1/1:0,1:1:3:10,3,0 0/0:.:0:.:0,0,0 1/1:0,1:1:3:38,3,0 +Reference 549000 . A C 351.18 PASS AC=8;AF=0.211;AN=38;BaseQRankSum=0.180;DP=54;ExcessHet=0.0419;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1127;MLEAC=7;MLEAF=0.184;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=27.01;ReadPosRankSum=1.646;SOR=1.180 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/1:2,1:3:33:33,0,75 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,80 0/0:2,0:2:6:0,6,79 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:5,0:5:15:0,15,209 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:1,0:1:3:0,3,38 0/1:2,2:4:71:71,0,71 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/1:2,1:3:1:1,0,75 0/0:6,0:6:18:0,18,247 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/1:3,4:7:99:146,0,104 0/0:4,0:4:12:0,12,163 0/0:2,0:2:6:0,6,84 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/0:.:0:.:0,0,0 +Reference 552000 . A C 54.14 PASS AC=1;AF=0.029;AN=34;BaseQRankSum=0.591;DP=48;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1563;MLEAC=1;MLEAF=0.029;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.02;ReadPosRankSum=0.264;SOR=0.651 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:3,0:3:9:0,9,115 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:2,0:2:6:0,6,74 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,78 0/0:2,0:2:6:0,6,69 0/0:2,0:2:6:0,6,80 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/1:4,2:6:65:65,0,149 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:5,0:5:15:0,15,209 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:1,0:1:3:0,3,42 +Reference 552500 . A C 402.85 PASS AC=13;AF=0.342;AN=38;BaseQRankSum=-0.625;DP=45;ExcessHet=0.0006;FS=8.098;InbreedingCoeff=0.2846;MLEAC=11;MLEAF=0.289;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=30.53;ReadPosRankSum=-0.066;SOR=1.445 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,80 0/0:1,0:1:3:0,3,42 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/1:1,1:2:32:32,0,36 0/0:2,0:2:6:0,6,80 1/1:0,1:1:3:42,3,0 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/0:1,0:1:3:0,3,38 0/0:4,0:4:12:0,12,167 1/1:0,3:3:9:111,9,0 0/1:1,2:3:29:75,0,29 0/0:4,0:4:12:0,12,163 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,80 0/0:6,0:6:18:0,18,212 0/1:2,1:3:33:33,0,75 0/0:2,0:2:6:0,6,51 0/0:.:0:.:0,0,0 1/1:0,1:1:3:10,3,0 +Reference 553000 . A C 1085.47 PASS AC=20;AF=0.588;AN=34;BaseQRankSum=-0.591;DP=39;ExcessHet=0.0001;FS=9.810;InbreedingCoeff=0.3246;MLEAC=22;MLEAF=0.647;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.57;ReadPosRankSum=0.100;SOR=0.352 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:.:0:.:0,0,0 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 1/1:0,3:3:9:125,9,0 0/0:2,0:2:6:0,6,84 1/1:0,1:1:3:42,3,0 1/1:0,3:3:9:125,9,0 0/1:1,2:3:33:75,0,33 0/0:1,0:1:3:0,3,42 1/1:0,4:4:12:167,12,0 1/1:0,1:1:3:32,3,0 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/1:3,2:5:68:68,0,110 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 1/1:0,5:5:15:209,15,0 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 +Reference 554000 . A C 1714.85 PASS AC=35;AF=0.875;AN=40;BaseQRankSum=-1.258;DP=47;ExcessHet=0.0454;FS=3.033;InbreedingCoeff=-0.0178;MLEAC=33;MLEAF=0.825;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=27.07;ReadPosRankSum=-0.535;SOR=0.399 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6:80,6,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 1/1:0,1:1:3:42,3,0 1/1:0,1:1:3:42,3,0 1/1:0,4:4:12:157,12,0 1/1:0,1:1:3:38,3,0 1/1:0,3:3:9:89,9,0 1/1:0,5:5:15:195,15,0 1/1:0,3:3:9:125,9,0 1/1:0,1:1:3:42,3,0 1/1:0,3:3:9:125,9,0 1/1:0,2:2:6:84,6,0 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/1:1,1:2:36:36,0,36 1/1:0,4:4:12:159,12,0 1/1:0,2:2:6:51,6,0 1/1:0,3:3:9:93,9,0 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/1:2,1:3:33:33,0,75 0/1:1,1:2:32:32,0,36 +Reference 554500 . A C 62.95 PASS AC=1;AF=0.026;AN=38;BaseQRankSum=0.643;DP=61;ExcessHet=0.0000;FS=3.087;InbreedingCoeff=0.0381;MLEAC=1;MLEAF=0.026;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.98;ReadPosRankSum=-0.021;SOR=2.303 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:3,0:3:9:0,9,111 0/0:4,0:4:12:0,12,153 0/0:4,0:4:12:0,12,166 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:5,0:5:15:0,15,205 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/1:1,2:3:33:75,0,33 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:5,0:5:14:0,14,139 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:5,0:5:15:0,15,205 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:3,0:3:9:0,9,123 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:.:0:.:0,0,0 +Reference 555000 . A C 1146.63 PASS AC=23;AF=0.605;AN=38;BaseQRankSum=-0.354;DP=44;ExcessHet=0.0178;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1443;MLEAC=23;MLEAF=0.605;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=32.59;ReadPosRankSum=-0.854;SOR=0.328 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,1:3:29:29,0,75 0/1:1,2:3:33:75,0,33 0/0:2,0:2:6:0,6,74 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/1:1,1:2:36:36,0,36 1/1:0,2:2:6:84,6,0 1/1:0,4:4:12:153,12,0 1/1:0,1:1:3:42,3,0 1/1:0,3:3:9:125,9,0 1/1:0,2:2:6:84,6,0 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/1:1,1:2:36:36,0,36 1/1:0,4:4:12:167,12,0 0/1:1,1:2:36:36,0,36 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:.:0:.:0,0,0 1/1:0,4:4:12:167,12,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 +Reference 555500 . A C 162.65 PASS AC=2;AF=0.063;AN=32;BaseQRankSum=-0.253;DP=51;ExcessHet=0.1424;FS=4.492;InbreedingCoeff=0.1678;MLEAC=3;MLEAF=0.094;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.24;ReadPosRankSum=1.909;SOR=1.949 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:11:0,11,99 0/1:1,2:3:29:75,0,29 0/0:4,0:4:12:0,12,162 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:5,0:5:15:0,15,203 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:6,0:6:18:0,18,251 0/1:1,3:4:30:103,0,30 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:4,0:4:12:0,12,152 0/0:3,0:3:9:0,9,125 +Reference 556000 . A C 122.14 PASS AC=3;AF=0.079;AN=38;BaseQRankSum=-0.568;DP=51;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1666;MLEAC=3;MLEAF=0.079;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.43;ReadPosRankSum=0.585;SOR=0.278 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,3:5:68:110,0,68 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,83 0/0:3,0:3:9:0,9,121 1/1:0,1:1:3:32,3,0 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:3,0:3:9:0,9,121 0/0:2,0:2:6:0,6,70 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:2,0:2:6:0,6,80 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:5,0:5:15:0,15,209 0/0:4,0:4:12:0,12,163 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:4,0:4:12:0,12,152 +Reference 556500 . A C 123.64 PASS AC=5;AF=0.156;AN=32;BaseQRankSum=-0.543;DP=36;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3218;MLEAC=4;MLEAF=0.125;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=33.09;ReadPosRankSum=-0.705;SOR=1.567 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,84 1/1:0,1:1:3:27,3,0 0/0:.:0:.:0,0,0 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/1:1,2:3:29:75,0,29 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:1,0:1:3:0,3,10 0/0:3,0:3:9:0,9,115 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:3,0:3:9:0,9,121 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:4,0:4:12:0,12,163 0/0:.:0:.:0,0,0 +Reference 557500 . A C 69.26 PASS AC=2;AF=0.063;AN=32;BaseQRankSum=0.758;DP=33;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3040;MLEAC=2;MLEAF=0.063;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=34.63;ReadPosRankSum=0.442;SOR=2.241 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:4,0:4:12:0,12,157 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:4,0:4:12:0,12,152 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:2,0:2:6:0,6,51 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,80 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,74 0/0:1,0:1:3:0,3,37 +Reference 558000 . A C 214.19 PASS AC=3;AF=0.079;AN=38;BaseQRankSum=1.093;DP=51;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2108;MLEAC=3;MLEAF=0.079;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.77;ReadPosRankSum=-1.263;SOR=1.199 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:5,0:5:15:0,15,177 0/0:6,0:6:18:0,18,236 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:5,0:5:15:0,15,201 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,83 0/0:2,0:2:6:0,6,84 1/1:0,4:4:12:167,12,0 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/1:2,2:4:40:72,0,40 0/0:1,0:1:3:0,3,10 +Reference 558500 . A C 1122.17 PASS AC=20;AF=0.526;AN=38;BaseQRankSum=1.243;DP=51;ExcessHet=0.0541;FS=1.323;InbreedingCoeff=0.0959;MLEAC=20;MLEAF=0.526;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.79;ReadPosRankSum=-0.462;SOR=0.627 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,1:2:36:36,0,36 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:.:0:.:0,0,0 0/1:2,2:4:67:67,0,67 0/1:2,1:3:33:33,0,70 0/0:3,0:3:9:0,9,121 0/1:1,2:3:33:75,0,33 1/1:0,3:3:9:125,9,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/1:3,1:4:30:30,0,103 0/1:2,2:4:71:71,0,72 1/1:0,5:5:15:201,15,0 1/1:0,3:3:9:125,9,0 1/1:0,5:5:15:177,15,0 1/1:0,1:1:3:42,3,0 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/0:1,0:1:3:0,3,38 0/0:2,0:2:6:0,6,80 0/0:1,0:1:3:0,3,42 +Reference 559000 . A C 371.66 PASS AC=7;AF=0.206;AN=34;BaseQRankSum=-0.303;DP=41;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.4140;MLEAC=6;MLEAF=0.176;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=33.79;ReadPosRankSum=-0.820;SOR=1.371 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/1:1,3:4:30:109,0,30 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:3,0:3:9:0,9,93 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,84 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:2,0:2:6:0,6,84 1/1:0,3:3:9:125,9,0 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:2,0:2:6:0,6,78 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:.:0:.:0,0,0 +Reference 559500 . A C 133.36 PASS AC=3;AF=0.079;AN=38;BaseQRankSum=1.108;DP=42;ExcessHet=0.0000;FS=6.532;InbreedingCoeff=0.1322;MLEAC=3;MLEAF=0.079;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.67;ReadPosRankSum=1.565;SOR=1.453 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,41 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/1:2,3:5:68:110,0,68 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:2,0:2:6:0,6,80 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:1,0:1:3:0,3,38 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:3,0:3:9:0,9,93 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/0:4,0:4:12:0,12,157 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,10 0/0:2,0:2:6:0,6,70 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:3,0:3:9:0,9,121 +Reference 560000 . A C 143.14 PASS AC=2;AF=0.063;AN=32;BaseQRankSum=-0.591;DP=44;ExcessHet=0.0000;FS=11.614;InbreedingCoeff=0.4082;MLEAC=2;MLEAF=0.063;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=32.19;ReadPosRankSum=-0.649;SOR=1.484 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:5,0:5:15:0,15,205 0/0:3,0:3:9:0,9,115 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:5,0:5:15:0,15,205 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:.:0:.:0,0,0 1/1:0,4:4:12:163,12,0 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:4,0:4:12:0,12,163 0/0:3,0:3:9:0,9,121 +Reference 560500 . A C 236.45 PASS AC=5;AF=0.139;AN=36;BaseQRankSum=1.320;DP=47;ExcessHet=0.0568;FS=5.697;InbreedingCoeff=0.1033;MLEAC=5;MLEAF=0.139;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=33.78;ReadPosRankSum=-1.866;SOR=1.484 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:3,0:3:9:0,9,120 0/0:.:0:.:0,0,0 0/1:2,1:3:33:33,0,74 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:.:0:.:0,0,0 0/1:2,3:5:68:107,0,68 0/0:4,0:4:12:0,12,157 0/0:2,0:2:6:0,6,80 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:3,0:3:9:0,9,111 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:6,0:6:18:0,18,208 0/0:2,0:2:6:0,6,80 0/0:1,0:1:3:0,3,10 0/1:1,1:2:36:36,0,36 +Reference 561000 . A C 393.66 PASS AC=9;AF=0.265;AN=34;BaseQRankSum=0.755;DP=41;ExcessHet=0.0000;FS=1.941;InbreedingCoeff=0.4387;MLEAC=9;MLEAF=0.265;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=33.11;ReadPosRankSum=0.803;SOR=0.536 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 1/1:0,1:1:3:42,3,0 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/1:1,1:2:36:36,0,36 1/1:0,3:3:9:93,9,0 1/1:0,4:4:12:167,12,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,37 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:2,0:2:6:0,6,80 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:3,0:3:9:0,9,115 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:4,0:4:12:0,12,135 0/0:4,0:4:12:0,12,157 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:4,0:4:12:0,12,163 0/0:2,0:2:6:0,6,80 0/0:1,0:1:3:0,3,42 +Reference 561500 . A C 292.92 PASS AC=5;AF=0.132;AN=38;BaseQRankSum=-0.368;DP=60;ExcessHet=0.0000;FS=1.479;InbreedingCoeff=0.3744;MLEAC=4;MLEAF=0.105;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=29.29;ReadPosRankSum=-0.391;SOR=0.859 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:15:0,15,177 0/0:3,0:3:9:0,9,115 1/1:0,3:3:9:124,9,0 1/1:0,3:3:9:125,9,0 0/1:1,3:4:30:77,0,30 0/0:4,0:4:12:0,12,163 0/0:4,0:4:12:0,12,163 0/0:2,0:2:6:0,6,80 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:5,0:5:15:0,15,205 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:6,0:6:18:0,18,218 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,51 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:3,0:3:9:0,9,125 +Reference 562500 . A C 437.10 PASS AC=11;AF=0.289;AN=38;BaseQRankSum=-0.409;DP=50;ExcessHet=0.0012;FS=11.146;InbreedingCoeff=0.2782;MLEAC=10;MLEAF=0.263;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=28.99;ReadPosRankSum=-1.258;SOR=0.808 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,121 0/0:3,0:3:9:0,9,125 1/1:0,3:3:9:121,9,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/1:2,1:3:29:29,0,75 0/0:1,0:1:3:0,3,42 1/1:0,2:2:6:80,6,0 0/1:1,1:2:21:36,0,21 0/0:5,0:5:15:0,15,209 0/1:1,2:3:33:75,0,33 0/0:2,0:2:6:0,6,84 1/1:0,2:2:6:83,6,0 0/0:2,0:2:6:0,6,74 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:7,0:7:21:0,21,284 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,51 +Reference 563000 . A C 99.78 PASS AC=1;AF=0.029;AN=34;BaseQRankSum=0.853;DP=41;ExcessHet=0.0000;FS=2.733;InbreedingCoeff=0.1115;MLEAC=1;MLEAF=0.029;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.96;ReadPosRankSum=-0.591;SOR=2.546 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,51 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,61 0/0:1,0:1:3:0,3,34 0/1:2,3:5:68:110,0,68 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:3,0:3:9:0,9,93 0/0:3,0:3:9:0,9,121 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:5,0:5:15:0,15,209 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:3,0:3:9:0,9,115 0/0:.:0:.:0,0,0 +Reference 563500 . A C 123.97 PASS AC=3;AF=0.075;AN=40;BaseQRankSum=0.022;DP=58;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1395;MLEAC=2;MLEAF=0.050;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.66;ReadPosRankSum=-0.159;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,3:6:99:103,0,107 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:3,0:3:9:0,9,93 0/0:2,0:2:6:0,6,75 0/0:3,0:3:9:0,9,121 0/0:1,0:1:3:0,3,10 0/0:2,0:2:6:0,6,79 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:3,0:3:9:0,9,121 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:3,0:3:9:0,9,121 0/0:6,0:6:18:0,18,248 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/0:3,0:3:9:0,9,89 0/0:3,0:3:9:0,9,93 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:2,0:2:6:0,6,79 +Reference 564500 . A C 60.29 PASS AC=1;AF=0.026;AN=38;BaseQRankSum=0.564;DP=52;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0076;MLEAC=1;MLEAF=0.026;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.07;ReadPosRankSum=-1.456;SOR=0.348 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:15:0,15,209 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:3,0:3:9:0,9,120 0/0:5,0:5:15:0,15,209 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,74 0/0:4,0:4:12:0,12,157 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:1,0:1:3:0,3,41 0/0:2,0:2:6:0,6,80 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:3,0:3:9:0,9,121 0/1:2,2:4:67:72,0,67 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:3,0:3:9:0,9,125 +Reference 565000 . A C 1079.51 PASS AC=17;AF=0.500;AN=34;BaseQRankSum=-0.172;DP=49;ExcessHet=0.0008;FS=2.958;InbreedingCoeff=0.3712;MLEAC=19;MLEAF=0.559;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=36.25;ReadPosRankSum=0.513;SOR=0.506 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15:193,15,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/1:1,1:2:36:36,0,36 1/1:0,3:3:9:125,9,0 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/1:3,1:4:30:30,0,113 0/0:.:0:.:0,0,0 1/1:0,3:3:9:125,9,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/1:2,3:5:68:110,0,68 1/1:0,2:2:6:84,6,0 1/1:0,4:4:12:163,12,0 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:5,0:5:15:0,15,205 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:3,0:3:9:0,9,93 0/0:.:0:.:0,0,0 1/1:0,3:3:9:125,9,0 +Reference 565500 . A C 426.68 PASS AC=9;AF=0.225;AN=40;BaseQRankSum=0.809;DP=58;ExcessHet=0.1022;FS=5.084;InbreedingCoeff=0.0526;MLEAC=9;MLEAF=0.225;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.10;ReadPosRankSum=0.162;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:6,0:6:18:0,18,218 0/0:1,0:1:3:0,3,38 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:4,0:4:12:0,12,153 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:2,0:2:6:0,6,79 0/0:2,0:2:6:0,6,69 0/1:2,2:4:71:71,0,71 0/1:3,2:5:37:37,0,101 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/1:1,2:3:33:75,0,33 0/1:2,1:3:33:33,0,75 0/0:3,0:3:9:0,9,125 1/1:0,3:3:9:125,9,0 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/1:2,1:3:33:33,0,70 +Reference 566000 . A C 369.82 PASS AC=9;AF=0.225;AN=40;BaseQRankSum=1.057;DP=53;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.4253;MLEAC=7;MLEAF=0.175;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=31.40;ReadPosRankSum=-0.049;SOR=0.849 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:3,0:3:9:0,9,125 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:5,0:5:15:0,15,209 1/1:0,2:2:6:84,6,0 1/1:0,4:4:12:167,12,0 0/1:2,2:4:51:72,0,51 0/0:2,0:2:6:0,6,84 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/0:2,0:2:6:0,6,80 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,77 +Reference 566500 . A C 72.96 PASS AC=3;AF=0.083;AN=36;BaseQRankSum=-2.816;DP=51;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2262;MLEAC=3;MLEAF=0.083;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.24;ReadPosRankSum=-0.329;SOR=1.410 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:15:0,15,209 0/0:5,0:5:15:0,15,209 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/1:1,3:4:21:50,0,21 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:2,0:2:6:0,6,78 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:4,0:4:12:0,12,135 0/0:2,0:2:6:0,6,80 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:3,0:3:9:0,9,124 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:1,0:1:3:0,3,42 +Reference 568500 . A C 1330.10 PASS AC=22;AF=0.647;AN=34;BaseQRankSum=-0.407;DP=46;ExcessHet=0.0001;FS=19.831;InbreedingCoeff=0.3916;MLEAC=24;MLEAF=0.706;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=30.41;ReadPosRankSum=-0.250;SOR=0.072 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,84 1/1:0,2:2:6:84,6,0 1/1:0,2:2:6:84,6,0 1/1:0,5:5:15:205,15,0 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/0:1,0:1:3:0,3,38 1/1:0,1:1:3:42,3,0 1/1:0,3:3:9:125,9,0 1/1:0,4:4:12:167,12,0 0/0:.:0:.:0,0,0 1/1:0,3:3:9:123,9,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/1:1,2:3:33:68,0,33 1/1:0,2:2:6:74,6,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:4,0:4:12:0,12,167 1/1:0,5:5:15:209,15,0 0/1:2,1:3:23:23,0,75 +Reference 569000 . A C 1080.25 PASS AC=20;AF=0.588;AN=34;BaseQRankSum=0.804;DP=50;ExcessHet=0.1645;FS=2.814;InbreedingCoeff=0.0946;MLEAC=21;MLEAF=0.618;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=27.70;ReadPosRankSum=1.378;SOR=0.335 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:.:0:.:0,0,0 1/1:0,1:1:3:38,3,0 0/1:2,1:3:33:33,0,43 0/0:.:0:.:0,0,0 0/1:1,4:5:27:152,0,27 0/0:3,0:3:9:0,9,125 1/1:0,2:2:6:84,6,0 1/1:0,3:3:9:125,9,0 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/1:1,2:3:33:75,0,33 1/1:0,5:5:15:205,15,0 0/1:3,1:4:30:30,0,109 0/1:1,1:2:36:36,0,36 0/0:.:0:.:0,0,0 1/1:0,2:2:6:84,6,0 1/1:0,3:3:9:125,9,0 0/1:3,1:4:30:30,0,103 0/0:1,0:1:3:0,3,42 +Reference 569500 . A C 93.91 PASS AC=1;AF=0.026;AN=38;BaseQRankSum=0.496;DP=53;ExcessHet=0.0000;FS=9.834;InbreedingCoeff=-0.0252;MLEAC=1;MLEAF=0.026;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.42;ReadPosRankSum=-0.940;SOR=2.820 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/1:4,3:7:99:105,0,114 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:6,0:6:18:0,18,218 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,80 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,84 +Reference 570000 . A C 198.43 PASS AC=4;AF=0.111;AN=36;BaseQRankSum=-0.121;DP=52;ExcessHet=0.0113;FS=2.026;InbreedingCoeff=0.2260;MLEAC=4;MLEAF=0.111;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.80;ReadPosRankSum=0.616;SOR=0.986 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,157 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,80 0/1:3,2:5:68:68,0,106 0/0:2,0:2:6:0,6,51 1/1:0,3:3:9:121,9,0 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/1:1,1:2:36:36,0,36 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:4,0:4:12:0,12,157 0/0:5,0:5:15:0,15,209 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,74 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,84 +Reference 571000 . A C 875.53 PASS AC=16;AF=0.421;AN=38;BaseQRankSum=-1.721;DP=54;ExcessHet=0.0637;FS=7.847;InbreedingCoeff=0.0953;MLEAC=16;MLEAF=0.421;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=34.49;ReadPosRankSum=0.379;SOR=1.760 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/1:2,1:3:33:33,0,71 0/0:1,0:1:3:0,3,42 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/1:1,4:5:27:148,0,27 0/0:5,0:5:15:0,15,209 0/1:2,1:3:33:33,0,75 0/0:2,0:2:6:0,6,80 0/0:1,0:1:3:0,3,42 1/1:0,5:5:15:163,15,0 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:.:0:.:0,0,0 0/1:1,3:4:30:109,0,30 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/1:1,1:2:36:36,0,36 0/1:1,1:2:36:36,0,36 1/1:0,3:3:9:115,9,0 +Reference 571500 . A C 91.30 PASS AC=4;AF=0.105;AN=38;BaseQRankSum=-0.122;DP=56;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3807;MLEAC=3;MLEAF=0.079;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=31.92;ReadPosRankSum=1.883;SOR=0.965 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/0:2,0:2:6:0,6,41 0/0:1,0:1:3:0,3,37 0/0:4,0:4:12:0,12,163 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:5,0:5:15:0,15,167 0/0:4,0:4:12:0,12,163 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,37 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:3,0:3:9:0,9,115 0/0:5,0:5:15:0,15,209 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:1,0:1:3:0,3,38 0/0:5,0:5:15:0,15,177 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:4,0:4:12:0,12,117 0/0:4,0:4:12:0,12,167 1/1:0,2:2:6:74,6,0 +Reference 572000 . A C 63.28 PASS AC=1;AF=0.026;AN=38;BaseQRankSum=0.808;DP=52;ExcessHet=0.0000;FS=7.014;InbreedingCoeff=0.0114;MLEAC=1;MLEAF=0.026;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.09;ReadPosRankSum=-0.309;SOR=2.276 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,74 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:4,0:4:12:0,12,153 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:4,0:4:12:0,12,163 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:3,0:3:9:0,9,121 0/0:2,0:2:6:0,6,80 0/0:2,0:2:6:0,6,51 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,80 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:5,0:5:15:0,15,205 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/1:1,2:3:23:75,0,23 0/0:6,0:6:18:0,18,211 +Reference 572500 . A C 63.03 PASS AC=1;AF=0.026;AN=38;BaseQRankSum=0.745;DP=52;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0224;MLEAC=1;MLEAF=0.026;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.01;ReadPosRankSum=0.644;SOR=0.319 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,115 0/0:2,0:2:6:0,6,80 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:4,0:4:12:0,12,163 0/0:3,0:3:9:0,9,93 0/0:2,0:2:6:0,6,74 0/0:3,0:3:9:0,9,115 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/1:1,2:3:33:75,0,33 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:3,0:3:9:0,9,121 0/0:2,0:2:6:0,6,83 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:4,0:4:12:0,12,163 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:3,0:3:9:0,9,100 0/0:1,0:1:3:0,3,42 +Reference 573500 . A C 92.15 PASS AC=1;AF=0.029;AN=34;BaseQRankSum=-0.133;DP=51;ExcessHet=0.0000;FS=2.439;InbreedingCoeff=0.1652;MLEAC=1;MLEAF=0.029;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.36;ReadPosRankSum=-0.634;SOR=1.034 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,80 0/0:3,0:3:9:0,9,111 0/0:4,0:4:12:0,12,163 0/0:2,0:2:6:0,6,80 0/0:3,0:3:9:0,9,115 0/0:3,0:3:9:0,9,120 0/0:4,0:4:12:0,12,135 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:3,0:3:9:0,9,89 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:3,0:3:9:0,9,110 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/1:3,3:6:99:103,0,107 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:1,0:1:3:0,3,38 0/0:7,0:7:21:0,21,292 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:1,0:1:3:0,3,42 +Reference 574000 . A C 1042.80 PASS AC=21;AF=0.583;AN=36;BaseQRankSum=-0.919;DP=46;ExcessHet=0.0261;FS=2.021;InbreedingCoeff=0.1411;MLEAC=20;MLEAF=0.556;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=28.49;ReadPosRankSum=0.844;SOR=0.356 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9:125,9,0 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/1:2,1:3:33:33,0,75 1/1:0,1:1:3:42,3,0 1/1:0,3:3:9:125,9,0 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/1:1,3:4:30:113,0,30 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,84 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/1:1,3:4:30:113,0,30 0/0:2,0:2:6:0,6,84 1/1:0,4:4:12:125,12,0 0/1:1,1:2:32:32,0,36 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/0:2,0:2:6:0,6,80 0/1:2,3:5:68:106,0,68 1/1:0,1:1:3:42,3,0 +Reference 574500 . A C 1026.77 PASS AC=19;AF=0.475;AN=40;BaseQRankSum=-0.040;DP=57;ExcessHet=0.0001;FS=4.364;InbreedingCoeff=0.3996;MLEAC=17;MLEAF=0.425;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=31.74;ReadPosRankSum=0.238;SOR=0.859 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,42 1/1:0,3:3:9:125,9,0 0/1:1,3:4:30:113,0,30 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:5,0:5:15:0,15,209 1/1:0,4:4:12:163,12,0 1/1:0,4:4:12:163,12,0 0/0:3,0:3:9:0,9,93 0/1:1,2:3:33:75,0,33 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 1/1:0,1:1:3:27,3,0 0/0:3,0:3:9:0,9,125 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/1:2,2:4:40:72,0,40 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/0:6,0:6:18:0,18,237 0/0:3,0:3:9:0,9,125 1/1:0,3:3:9:93,9,0 +Reference 575500 . A C 91.95 PASS AC=3;AF=0.075;AN=40;BaseQRankSum=0.738;DP=42;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0079;MLEAC=3;MLEAF=0.075;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.39;ReadPosRankSum=1.002;SOR=0.836 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:15:0,15,209 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:3,0:3:9:0,9,93 0/0:3,0:3:9:0,9,121 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/0:2,0:2:6:0,6,80 0/0:1,0:1:3:0,3,38 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/1:3,2:5:68:68,0,103 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,42 +Reference 576000 . A C 101.33 PASS AC=1;AF=0.026;AN=38;BaseQRankSum=0.651;DP=41;ExcessHet=0.0000;FS=6.767;InbreedingCoeff=-0.0552;MLEAC=1;MLEAF=0.026;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.33;ReadPosRankSum=-2.031;SOR=2.822 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:3,0:3:9:0,9,115 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:3,0:3:9:0,9,93 0/0:5,0:5:15:0,15,209 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:4,0:4:12:0,12,163 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/1:1,3:4:30:112,0,30 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:2,0:2:6:0,6,82 0/0:1,0:1:3:0,3,38 0/0:1,0:1:3:0,3,42 +Reference 577000 . A C 602.53 PASS AC=15;AF=0.441;AN=34;BaseQRankSum=-0.128;DP=41;ExcessHet=0.0393;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1295;MLEAC=16;MLEAF=0.471;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=32.99;ReadPosRankSum=-0.386;SOR=0.579 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,79 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/1:1,1:2:36:36,0,36 1/1:0,2:2:6:74,6,0 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/1:1,1:2:32:32,0,36 0/1:3,1:4:30:30,0,113 0/0:.:0:.:0,0,0 0/1:1,1:2:36:36,0,36 0/0:2,0:2:6:0,6,70 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/1:3,1:4:20:20,0,113 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/0:1,0:1:3:0,3,32 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:5,0:5:15:0,15,205 1/1:0,3:3:9:123,9,0 0/0:2,0:2:6:0,6,84 1/1:0,4:4:12:167,12,0 +Reference 577500 . A C 1710.18 PASS AC=30;AF=0.833;AN=36;BaseQRankSum=-1.124;DP=46;ExcessHet=0.0018;FS=2.648;InbreedingCoeff=0.1934;MLEAC=30;MLEAF=0.833;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.41;ReadPosRankSum=-0.353;SOR=1.493 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,1:1:3:42,3,0 1/1:0,1:1:3:41,3,0 1/1:0,2:2:6:74,6,0 0/0:.:0:.:0,0,0 1/1:0,1:1:3:32,3,0 1/1:0,3:3:9:115,9,0 1/1:0,1:1:3:42,3,0 1/1:0,2:2:6:84,6,0 1/1:0,7:7:21:286,21,0 0/1:1,3:4:30:81,0,30 1/1:0,5:5:15:203,15,0 0/0:.:0:.:0,0,0 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 1/1:0,2:2:6:84,6,0 1/1:0,3:3:9:121,9,0 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/1:2,1:3:33:33,0,75 1/1:0,6:6:18:242,18,0 +Reference 579000 . A C 1135.48 PASS AC=24;AF=0.667;AN=36;BaseQRankSum=-0.102;DP=47;ExcessHet=0.0093;FS=1.507;InbreedingCoeff=0.2146;MLEAC=23;MLEAF=0.639;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=27.59;ReadPosRankSum=-1.086;SOR=0.608 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:3,0:3:9:0,9,121 0/0:2,0:2:6:0,6,84 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/1:2,3:5:68:110,0,68 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/1:1,2:3:33:75,0,33 1/1:0,2:2:6:74,6,0 0/0:.:0:.:0,0,0 1/1:0,2:2:6:84,6,0 1/1:0,4:4:12:167,12,0 1/1:0,2:2:6:84,6,0 1/1:0,1:1:3:32,3,0 1/1:0,1:1:3:38,3,0 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/0:3,0:3:9:0,9,125 1/1:0,3:3:9:125,9,0 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/1:1,2:3:33:75,0,33 0/1:2,1:3:29:29,0,43 +Reference 579500 . A C 88.85 PASS AC=2;AF=0.063;AN=32;BaseQRankSum=-0.759;DP=45;ExcessHet=0.1424;FS=9.887;InbreedingCoeff=0.1514;MLEAC=3;MLEAF=0.094;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=29.62;ReadPosRankSum=1.343;SOR=2.494 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,135 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:2,0:2:6:0,6,80 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:6,0:6:18:0,18,251 0/0:4,0:4:12:0,12,163 0/0:3,0:3:9:0,9,121 0/1:2,1:3:29:29,0,75 0/1:1,2:3:33:75,0,33 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:3,0:3:9:0,9,115 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:2,0:2:6:0,6,80 +Reference 580000 . A C 855.89 PASS AC=19;AF=0.475;AN=40;BaseQRankSum=0.349;DP=60;ExcessHet=0.0001;FS=2.838;InbreedingCoeff=0.4398;MLEAC=16;MLEAF=0.400;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=30.55;ReadPosRankSum=1.435;SOR=0.655 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,1:1:3:38,3,0 0/0:5,0:5:15:0,15,209 0/1:1,2:3:33:75,0,33 0/0:4,0:4:12:0,12,157 0/0:4,0:4:12:0,12,135 0/0:4,0:4:12:0,12,135 0/0:4,0:4:12:0,12,167 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/1:1,2:3:33:75,0,33 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/1:2,1:3:33:33,0,65 1/1:0,1:1:3:42,3,0 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:3,0:3:9:0,9,125 1/1:0,5:5:15:209,15,0 1/1:0,2:2:6:74,6,0 0/0:2,0:2:6:0,6,84 1/1:0,2:2:6:84,6,0 1/1:0,3:3:9:125,9,0 +Reference 580500 . A C 275.84 PASS AC=8;AF=0.222;AN=36;BaseQRankSum=0.189;DP=48;ExcessHet=0.0004;FS=3.979;InbreedingCoeff=0.3361;MLEAC=7;MLEAF=0.194;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.73;ReadPosRankSum=0.505;SOR=0.971 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/0:1,0:1:3:0,3,38 0/0:3,0:3:9:0,9,89 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:5,0:5:15:0,15,209 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:3,0:3:9:0,9,121 0/0:2,0:2:6:0,6,80 1/1:0,2:2:6:83,6,0 0/1:3,1:4:20:20,0,113 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/1:1,1:2:32:36,0,32 0/0:2,0:2:6:0,6,83 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:3,0:3:9:0,9,125 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/0:.:0:.:0,0,0 +Reference 581000 . A C 66.27 PASS AC=2;AF=0.050;AN=40;BaseQRankSum=0.540;DP=59;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2455;MLEAC=1;MLEAF=0.025;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=33.13;ReadPosRankSum=1.192;SOR=0.657 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:3,0:3:9:0,9,125 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/0:5,0:5:15:0,15,205 0/0:3,0:3:9:0,9,117 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:4,0:4:12:0,12,157 0/0:5,0:5:15:0,15,209 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:3,0:3:9:0,9,93 0/0:3,0:3:9:0,9,121 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:1,0:1:3:0,3,42 +Reference 581500 . A C 1474.96 PASS AC=31;AF=0.775;AN=40;BaseQRankSum=-0.350;DP=54;ExcessHet=0.0025;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2264;MLEAC=28;MLEAF=0.700;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=28.92;ReadPosRankSum=-1.309;SOR=0.983 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,80 1/1:0,2:2:6:84,6,0 1/1:0,4:4:12:163,12,0 1/1:0,2:2:6:84,6,0 1/1:0,1:1:3:42,3,0 1/1:0,3:3:9:125,9,0 0/1:2,1:3:29:29,0,75 1/1:0,2:2:6:51,6,0 0/1:1,2:3:33:43,0,33 1/1:0,2:2:6:79,6,0 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/0:3,0:3:9:0,9,93 1/1:0,1:1:3:42,3,0 1/1:0,3:3:9:115,9,0 1/1:0,2:2:6:84,6,0 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/1:2,5:7:62:178,0,62 1/1:0,4:4:12:167,12,0 1/1:0,1:1:3:42,3,0 +Reference 582500 . A C 605.87 PASS AC=11;AF=0.275;AN=40;BaseQRankSum=1.810;DP=57;ExcessHet=0.0009;FS=2.931;InbreedingCoeff=0.2998;MLEAC=10;MLEAF=0.250;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.65;ReadPosRankSum=-0.287;SOR=0.478 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:6,0:6:18:0,18,237 0/0:2,0:2:6:0,6,80 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/1:1,2:3:33:75,0,33 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/1:2,1:3:33:33,0,68 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:5,0:5:15:0,15,205 0/1:2,2:4:71:71,0,71 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:1,0:1:3:0,3,42 1/1:0,4:4:12:167,12,0 1/1:0,4:4:12:167,12,0 0/0:5,0:5:15:0,15,173 1/1:0,2:2:6:84,6,0 +Reference 584500 . A C 272.02 PASS AC=5;AF=0.132;AN=38;BaseQRankSum=0.713;DP=53;ExcessHet=0.0506;FS=3.960;InbreedingCoeff=0.0971;MLEAC=5;MLEAF=0.132;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=30.22;ReadPosRankSum=0.444;SOR=1.010 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:3,0:3:9:0,9,120 0/0:2,0:2:6:0,6,51 0/0:6,0:6:18:0,18,218 0/1:3,3:6:99:107,0,103 0/0:3,0:3:9:0,9,121 0/1:1,1:2:36:36,0,36 0/0:4,0:4:12:0,12,163 0/0:3,0:3:9:0,9,111 0/1:1,1:2:32:32,0,36 0/0:1,0:1:3:0,3,38 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:.:0:.:0,0,0 1/1:0,3:3:9:125,9,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,80 +Reference 585000 . A C 154.31 PASS AC=6;AF=0.158;AN=38;BaseQRankSum=-1.473;DP=49;ExcessHet=0.0015;FS=3.153;InbreedingCoeff=0.2019;MLEAC=5;MLEAF=0.132;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.99;ReadPosRankSum=0.477;SOR=3.521 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/1:1,1:2:26:26,0,36 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:4,0:4:12:0,12,163 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:3,0:3:9:0,9,121 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,73 0/0:4,0:4:12:0,12,167 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/0:3,0:3:9:0,9,113 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/1:1,2:3:33:71,0,33 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:3,0:3:9:0,9,125 +Reference 586000 . A C 857.60 PASS AC=18;AF=0.500;AN=36;BaseQRankSum=2.168;DP=49;ExcessHet=0.0850;FS=12.653;InbreedingCoeff=0.0721;MLEAC=18;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=27.22;ReadPosRankSum=-0.139;SOR=1.852 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,1:3:33:33,0,75 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/1:2,2:4:63:68,0,63 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:1,0:1:3:0,3,38 1/1:0,2:2:6:84,6,0 1/1:0,4:4:12:167,12,0 0/0:2,0:2:6:0,6,80 0/1:1,2:3:33:75,0,33 1/1:0,1:1:3:42,3,0 1/1:0,3:3:9:125,9,0 0/1:2,2:4:72:72,0,72 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/0:3,0:3:9:0,9,93 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:4,0:4:12:0,12,142 0/1:3,1:4:30:30,0,113 0/1:2,2:4:72:72,0,72 1/1:0,1:1:3:42,3,0 +Reference 586500 . A C 989.02 PASS AC=23;AF=0.605;AN=38;BaseQRankSum=0.513;DP=47;ExcessHet=0.0178;FS=6.897;InbreedingCoeff=0.0941;MLEAC=21;MLEAF=0.553;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=32.97;ReadPosRankSum=0.628;SOR=1.184 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/1:1,1:2:36:36,0,36 0/0:2,0:2:6:0,6,76 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/1:4,2:6:65:65,0,149 0/1:1,2:3:33:71,0,33 0/1:3,2:5:62:62,0,106 1/1:0,3:3:9:121,9,0 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/1:2,3:5:68:110,0,68 1/1:0,2:2:6:79,6,0 1/1:0,2:2:6:84,6,0 1/1:0,2:2:6:84,6,0 1/1:0,2:2:6:84,6,0 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/0:2,0:2:6:0,6,74 +Reference 587000 . A C 63.90 PASS AC=1;AF=0.028;AN=36;BaseQRankSum=0.736;DP=53;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0889;MLEAC=1;MLEAF=0.028;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.30;ReadPosRankSum=-0.607;SOR=0.655 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:4,0:4:12:0,12,147 0/0:2,0:2:6:0,6,80 0/1:1,2:3:33:75,0,33 0/0:5,0:5:15:0,15,177 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:2,0:2:6:0,6,51 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:5,0:5:15:0,15,209 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:3,0:3:8:0,8,61 0/0:6,0:6:18:0,18,198 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:5,0:5:15:0,15,209 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,84 +Reference 588000 . A C 176.37 PASS AC=6;AF=0.158;AN=38;BaseQRankSum=0.039;DP=56;ExcessHet=0.0015;FS=3.025;InbreedingCoeff=0.2709;MLEAC=4;MLEAF=0.105;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=32.53;ReadPosRankSum=-0.473;SOR=0.955 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,74 0/0:3,0:3:9:0,9,115 0/0:5,0:5:15:0,15,204 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/1:1,2:3:33:75,0,33 0/0:3,0:3:9:0,9,125 1/1:0,2:2:6:84,6,0 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,38 0/0:2,0:2:6:0,6,77 0/1:1,1:2:4:4,0,36 0/0:6,0:6:18:0,18,241 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:4,0:4:12:0,12,153 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:6,0:6:18:0,18,247 0/0:5,0:5:15:0,15,205 0/0:3,0:3:9:0,9,125 +Reference 588500 . A C 1056.42 PASS AC=24;AF=0.667;AN=36;BaseQRankSum=-0.777;DP=53;ExcessHet=0.0093;FS=1.340;InbreedingCoeff=0.2286;MLEAC=23;MLEAF=0.639;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=27.76;ReadPosRankSum=0.018;SOR=1.339 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/1:3,3:6:75:75,0,98 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:8,0:8:24:0,24,330 1/1:0,3:3:9:89,9,0 1/1:0,1:1:3:42,3,0 1/1:0,2:2:6:74,6,0 0/1:2,1:3:33:33,0,71 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/1:1,3:4:26:113,0,26 0/0:2,0:2:6:0,6,84 1/1:0,2:2:6:70,6,0 1/1:0,4:4:12:135,12,0 1/1:0,2:2:6:84,6,0 1/1:0,2:2:6:69,6,0 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/1:3,1:4:30:30,0,109 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/0:2,0:2:6:0,6,84 +Reference 589500 . A C 1080.73 PASS AC=20;AF=0.556;AN=36;BaseQRankSum=-0.086;DP=44;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3673;MLEAC=21;MLEAF=0.583;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=31.68;ReadPosRankSum=0.696;SOR=0.662 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/1:1,1:2:36:36,0,36 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,38 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/0:4,0:4:12:0,12,152 1/1:0,2:2:6:84,6,0 1/1:0,4:4:12:167,12,0 0/0:.:0:.:0,0,0 1/1:0,6:6:18:214,18,0 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 1/1:0,3:3:9:121,9,0 1/1:0,1:1:3:42,3,0 1/1:0,4:4:12:161,12,0 0/0:1,0:1:3:0,3,41 0/1:3,2:5:68:68,0,110 1/1:0,1:1:3:42,3,0 +Reference 590500 . A C 158.01 PASS AC=5;AF=0.167;AN=30;BaseQRankSum=-1.646;DP=40;ExcessHet=0.0000;FS=2.031;InbreedingCoeff=0.3829;MLEAC=5;MLEAF=0.167;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=34.56;ReadPosRankSum=0.000;SOR=0.947 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:.:0:.:0,0,0 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/0:.:0:.:0,0,0 0/1:2,1:3:23:23,0,65 0/0:.:0:.:0,0,0 1/1:0,3:3:9:116,9,0 0/0:3,0:3:9:0,9,121 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:6,0:6:18:0,18,247 0/0:2,0:2:6:0,6,74 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:2,0:2:6:0,6,44 0/0:3,0:3:9:0,9,115 0/0:2,0:2:6:0,6,84 +Reference 591000 . A C 1524.30 PASS AC=31;AF=0.861;AN=36;BaseQRankSum=-0.856;DP=43;ExcessHet=0.0568;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0894;MLEAC=31;MLEAF=0.861;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=27.92;ReadPosRankSum=-0.164;SOR=0.576 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9:121,9,0 0/0:.:0:.:0,0,0 1/1:0,1:1:3:42,3,0 1/1:0,3:3:9:124,9,0 0/0:2,0:2:6:0,6,84 1/1:0,3:3:9:125,9,0 0/0:.:0:.:0,0,0 0/1:1,1:2:36:36,0,36 1/1:0,1:1:3:42,3,0 1/1:0,2:2:6:84,6,0 1/1:0,1:1:3:38,3,0 1/1:0,4:4:12:162,12,0 1/1:0,2:2:6:84,6,0 1/1:0,2:2:6:84,6,0 1/1:0,3:3:9:121,9,0 1/1:0,3:3:9:125,9,0 0/1:1,2:3:33:75,0,33 1/1:0,2:2:6:82,6,0 1/1:0,1:1:3:37,3,0 0/1:1,1:2:36:36,0,36 +Reference 591500 . A C 407.45 PASS AC=11;AF=0.289;AN=38;BaseQRankSum=1.515;DP=53;ExcessHet=0.0012;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2877;MLEAC=10;MLEAF=0.263;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=35.54;ReadPosRankSum=0.129;SOR=1.264 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,121 0/0:3,0:3:9:0,9,121 1/1:0,1:1:3:42,3,0 1/1:0,1:1:3:42,3,0 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 1/1:0,5:5:15:209,15,0 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/1:3,1:4:30:30,0,99 0/0:5,0:5:15:0,15,209 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/1:1,1:2:36:36,0,36 0/0:5,0:5:15:0,15,187 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:.:0:.:0,0,0 0/1:1,1:2:36:36,0,36 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:3,0:3:9:0,9,119 +Reference 592500 . A C 311.60 PASS AC=5;AF=0.139;AN=36;BaseQRankSum=1.720;DP=52;ExcessHet=0.0568;FS=6.855;InbreedingCoeff=0.1262;MLEAC=5;MLEAF=0.139;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.97;ReadPosRankSum=-1.187;SOR=0.821 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,163 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:1,0:1:3:0,3,37 0/0:3,0:3:9:0,9,115 0/1:4,3:7:99:104,0,126 0/0:4,0:4:12:0,12,163 0/1:1,3:4:26:113,0,26 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/1:1,1:2:36:36,0,36 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:3,0:3:9:0,9,121 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,51 0/0:3,0:3:9:0,9,121 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:3,0:3:9:0,9,115 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/0:2,0:2:6:0,6,84 +Reference 593000 . A C 410.73 PASS AC=8;AF=0.222;AN=36;BaseQRankSum=-0.162;DP=45;ExcessHet=0.0004;FS=1.596;InbreedingCoeff=0.3545;MLEAC=8;MLEAF=0.222;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=30.66;ReadPosRankSum=-1.741;SOR=0.807 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,1:2:36:36,0,36 0/0:1,0:1:3:0,3,10 0/0:2,0:2:6:0,6,47 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:2,0:2:6:0,6,80 0/0:3,0:3:9:0,9,125 1/1:0,3:3:9:93,9,0 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:4,0:4:12:0,12,163 0/0:3,0:3:9:0,9,93 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/1:3,1:4:30:30,0,113 0/0:3,0:3:9:0,9,125 1/1:0,4:4:12:159,12,0 1/1:0,3:3:9:124,9,0 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,80 +Reference 593500 . A C 67.53 PASS AC=2;AF=0.056;AN=36;BaseQRankSum=0.335;DP=44;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2989;MLEAC=1;MLEAF=0.028;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=33.77;ReadPosRankSum=0.739;SOR=2.270 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:4,0:4:12:0,12,167 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:4,0:4:12:0,12,163 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:3,0:3:9:0,9,125 +Reference 594500 . A C 603.20 PASS AC=8;AF=0.222;AN=36;BaseQRankSum=0.745;DP=49;ExcessHet=0.0499;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0965;MLEAC=9;MLEAF=0.250;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=30.16;ReadPosRankSum=-0.498;SOR=0.722 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:2,0:2:6:0,6,80 1/1:0,2:2:6:84,6,0 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/1:1,2:3:33:43,0,33 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:5,0:5:15:0,15,201 0/1:1,4:5:27:152,0,27 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/1:2,6:8:59:227,0,59 0/1:1,1:2:36:36,0,36 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:3,0:3:9:0,9,93 +Reference 595500 . A C 626.17 PASS AC=14;AF=0.389;AN=36;BaseQRankSum=1.170;DP=37;ExcessHet=0.0000;FS=4.752;InbreedingCoeff=0.3360;MLEAC=14;MLEAF=0.389;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=35.04;ReadPosRankSum=-0.414;SOR=1.574 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/0:3,0:3:9:0,9,121 0/0:.:0:.:0,0,0 0/1:1,2:3:33:75,0,33 1/1:0,5:5:15:209,15,0 1/1:0,1:1:3:27,3,0 0/0:2,0:2:6:0,6,84 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/0:1,0:1:3:0,3,32 0/1:1,1:2:36:36,0,36 1/1:0,2:2:6:83,6,0 0/0:2,0:2:6:0,6,68 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:2,0:2:6:0,6,84 1/1:0,3:3:9:125,9,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:1,0:1:3:0,3,32 +Reference 596000 . A C 1541.48 PASS AC=30;AF=0.750;AN=40;BaseQRankSum=-0.835;DP=53;ExcessHet=0.2410;FS=6.237;InbreedingCoeff=-0.0433;MLEAC=27;MLEAF=0.675;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=31.23;ReadPosRankSum=-0.929;SOR=0.741 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,1:5:27:27,0,146 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/1:1,1:2:36:36,0,36 1/1:0,1:1:3:42,3,0 1/1:0,9:9:27:376,27,0 1/1:0,2:2:6:84,6,0 1/1:0,4:4:12:167,12,0 1/1:0,2:2:6:80,6,0 0/1:1,1:2:36:36,0,36 0/0:1,0:1:3:0,3,42 1/1:0,1:1:3:27,3,0 0/1:1,1:2:36:36,0,36 1/1:0,2:2:6:84,6,0 1/1:0,1:1:3:42,3,0 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/1:1,1:2:26:26,0,36 1/1:0,4:4:12:163,12,0 1/1:0,3:3:9:93,9,0 1/1:0,2:2:6:80,6,0 0/1:1,1:2:36:36,0,36 +Reference 596500 . A C 1002.89 PASS AC=20;AF=0.500;AN=40;BaseQRankSum=-0.069;DP=64;ExcessHet=0.3118;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0452;MLEAC=17;MLEAF=0.425;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=27.11;ReadPosRankSum=1.093;SOR=0.930 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,2:4:40:62,0,40 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/1:1,2:3:29:70,0,29 0/0:3,0:3:9:0,9,89 0/1:3,3:6:92:103,0,92 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/1:1,2:3:33:71,0,33 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/0:4,0:4:12:0,12,165 0/1:2,4:6:65:145,0,65 0/1:4,2:6:65:65,0,140 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/1:1,1:2:36:36,0,36 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:5,0:5:15:0,15,209 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:4,0:4:12:0,12,167 1/1:0,1:1:3:10,3,0 0/1:1,4:5:27:152,0,27 +Reference 597000 . A C 34.41 PASS AC=2;AF=0.059;AN=34;BaseQRankSum=-1.241;DP=53;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3951;MLEAC=1;MLEAF=0.029;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.20;ReadPosRankSum=1.536;SOR=1.609 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:6,0:6:18:0,18,218 0/0:3,0:3:9:0,9,121 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:2,0:2:6:0,6,80 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:3,0:3:9:0,9,115 0/0:2,0:2:6:0,6,84 1/1:0,2:2:6:51,6,0 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:4,0:4:12:0,12,131 0/0:6,0:6:18:0,18,251 0/0:5,0:5:15:0,15,167 0/0:2,0:2:6:0,6,80 0/0:2,0:2:6:0,6,84 +Reference 597500 . A C 1036.13 PASS AC=18;AF=0.474;AN=38;BaseQRankSum=1.112;DP=46;ExcessHet=0.0022;FS=12.817;InbreedingCoeff=0.2497;MLEAC=20;MLEAF=0.526;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=29.71;ReadPosRankSum=-0.545;SOR=0.750 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,80 0/1:2,1:3:33:33,0,75 0/0:1,0:1:3:0,3,10 0/1:2,1:3:33:33,0,43 1/1:0,4:4:12:161,12,0 1/1:0,3:3:9:125,9,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:.:0:.:0,0,0 1/1:0,3:3:9:125,9,0 0/0:3,0:3:9:0,9,93 1/1:0,3:3:9:93,9,0 0/1:2,2:4:71:71,0,71 0/1:1,1:2:32:36,0,32 1/1:0,5:5:15:209,15,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 1/1:0,3:3:9:100,9,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 +Reference 598500 . A C 132.76 PASS AC=3;AF=0.079;AN=38;BaseQRankSum=0.497;DP=48;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1405;MLEAC=3;MLEAF=0.079;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.55;ReadPosRankSum=0.332;SOR=1.609 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,80 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:.:0:.:0,0,0 0/1:2,3:5:68:110,0,68 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/0:3,0:3:9:0,9,122 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:5,0:5:15:0,15,205 0/0:5,0:5:15:0,15,209 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:2,0:2:6:0,6,80 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:3,0:3:9:0,9,125 +Reference 599500 . A C 107.01 PASS AC=2;AF=0.059;AN=34;BaseQRankSum=0.892;DP=43;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3374;MLEAC=2;MLEAF=0.059;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.68;ReadPosRankSum=-1.417;SOR=1.150 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9:125,9,0 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:3,0:3:9:0,9,119 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:7,0:7:21:0,21,292 0/0:1,0:1:3:0,3,27 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,38 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:3,0:3:9:0,9,93 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:3,0:3:9:0,9,93 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:3,0:3:9:0,9,113 +Reference 600500 . A C 678.81 PASS AC=12;AF=0.316;AN=38;BaseQRankSum=0.399;DP=57;ExcessHet=0.1450;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0581;MLEAC=12;MLEAF=0.316;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=30.85;ReadPosRankSum=1.006;SOR=0.682 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/1:1,2:3:33:75,0,33 0/0:.:0:.:0,0,0 1/1:0,4:4:12:135,12,0 0/1:1,1:2:36:36,0,36 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/1:1,3:4:30:113,0,30 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:6,0:6:18:0,18,251 0/1:4,1:5:27:27,0,152 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/0:2,0:2:6:0,6,74 0/1:2,2:4:71:71,0,71 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/1:1,2:3:33:75,0,33 0/0:1,0:1:3:0,3,32 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:1,0:1:3:0,3,32 +Reference 601000 . A C 141.93 PASS AC=2;AF=0.053;AN=38;BaseQRankSum=-0.125;DP=54;ExcessHet=0.0000;FS=2.175;InbreedingCoeff=0.2883;MLEAC=2;MLEAF=0.053;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=32.56;ReadPosRankSum=-1.082;SOR=1.609 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:4,0:4:12:0,12,167 1/1:0,4:4:12:163,12,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:5,0:5:15:0,15,204 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:6,0:6:18:0,18,208 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:5,0:5:15:0,15,205 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:3,0:3:9:0,9,93 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:2,0:2:6:0,6,80 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:4,0:4:12:0,12,125 0/0:4,0:4:12:0,12,135 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:1,0:1:3:0,3,42 +Reference 602000 . A C 211.03 PASS AC=5;AF=0.132;AN=38;BaseQRankSum=1.093;DP=49;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3337;MLEAC=4;MLEAF=0.105;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=31.31;ReadPosRankSum=-1.201;SOR=1.284 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:4,0:4:12:0,12,131 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:4,0:4:12:0,12,163 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:3,0:3:9:0,9,121 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:1,0:1:3:0,3,38 0/0:2,0:2:6:0,6,84 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/0:2,0:2:6:0,6,51 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/1:2,1:3:33:33,0,75 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:4,0:4:12:0,12,167 1/1:0,3:3:9:125,9,0 0/0:2,0:2:6:0,6,79 +Reference 602500 . A C 318.39 PASS AC=5;AF=0.125;AN=40;BaseQRankSum=0.548;DP=61;ExcessHet=0.0454;FS=11.619;InbreedingCoeff=0.0504;MLEAC=5;MLEAF=0.125;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=28.94;ReadPosRankSum=-1.019;SOR=2.275 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/1:3,4:7:99:144,0,100 0/0:7,0:7:21:0,21,273 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:4,0:4:12:0,12,163 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:3,0:3:9:0,9,85 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:4,0:4:12:0,12,163 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:5,0:5:15:0,15,209 1/1:0,4:4:12:135,12,0 0/1:2,1:3:33:33,0,75 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/1:1,1:2:36:36,0,36 0/0:1,0:1:3:0,3,42 +Reference 604000 . A C 692.14 PASS AC=14;AF=0.389;AN=36;BaseQRankSum=1.153;DP=50;ExcessHet=0.0056;FS=10.655;InbreedingCoeff=0.2577;MLEAC=14;MLEAF=0.389;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=29.24;ReadPosRankSum=1.152;SOR=1.467 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/1:1,4:5:27:152,0,27 0/0:6,0:6:18:0,18,251 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/1:3,1:4:30:30,0,81 1/1:0,6:6:18:243,18,0 1/1:0,1:1:3:42,3,0 1/1:0,1:1:3:42,3,0 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:.:0:.:0,0,0 0/1:2,1:3:11:34,0,11 0/1:1,1:2:4:36,0,4 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/0:1,0:1:3:0,3,38 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:5,0:5:15:0,15,199 0/0:1,0:1:3:0,3,38 +Reference 604500 . A C 165.81 PASS AC=4;AF=0.105;AN=38;BaseQRankSum=0.818;DP=50;ExcessHet=0.0101;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1373;MLEAC=4;MLEAF=0.105;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=27.63;ReadPosRankSum=-0.777;SOR=0.821 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:4,0:4:12:0,12,163 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:4,0:4:12:0,12,131 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:4,0:4:12:0,12,135 0/0:5,0:5:15:0,15,209 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:3,0:3:9:0,9,121 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/1:2,2:4:71:71,0,71 0/1:1,1:2:36:36,0,36 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:1,0:1:3:0,3,42 +Reference 605000 . A C 146.01 PASS AC=2;AF=0.053;AN=38;BaseQRankSum=0.678;DP=50;ExcessHet=0.0000;FS=2.251;InbreedingCoeff=0.2714;MLEAC=2;MLEAF=0.053;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=33.00;ReadPosRankSum=0.039;SOR=1.521 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:3,0:3:9:0,9,96 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:5,0:5:15:0,15,209 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:1,0:1:3:0,3,42 1/1:0,4:4:12:167,12,0 0/0:2,0:2:6:0,6,80 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,51 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:1,0:1:3:0,3,42 +Reference 605500 . A C 199.56 PASS AC=6;AF=0.158;AN=38;BaseQRankSum=-0.109;DP=46;ExcessHet=0.0015;FS=2.473;InbreedingCoeff=0.2278;MLEAC=5;MLEAF=0.132;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=34.68;ReadPosRankSum=-0.509;SOR=0.643 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9:125,9,0 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:2,0:2:6:0,6,76 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:2,0:2:6:0,6,80 0/0:2,0:2:6:0,6,74 0/0:3,0:3:9:0,9,115 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/1:1,1:2:36:36,0,36 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/1:1,1:2:26:26,0,36 0/0:2,0:2:6:0,6,84 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:4,0:4:12:0,12,163 0/0:.:0:.:0,0,0 +Reference 606000 . A C 974.24 PASS AC=13;AF=0.382;AN=34;BaseQRankSum=-0.151;DP=52;ExcessHet=0.5436;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0107;MLEAC=15;MLEAF=0.441;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=31.43;ReadPosRankSum=0.311;SOR=0.781 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/1:2,2:4:67:67,0,67 0/1:1,2:3:33:75,0,33 0/1:2,2:4:61:61,0,72 0/1:1,1:2:36:36,0,36 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/0:.:0:.:0,0,0 0/1:1,3:4:30:113,0,30 0/1:1,4:5:23:138,0,23 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/1:1,1:2:26:36,0,26 0/0:2,0:2:6:0,6,80 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:3,0:3:9:0,9,121 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/0:2,0:2:6:0,6,84 1/1:0,7:7:21:284,21,0 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:.:0:.:0,0,0 +Reference 606500 . A C 30.61 PASS AC=1;AF=0.025;AN=40;BaseQRankSum=-1.218;DP=59;ExcessHet=0.0000;FS=3.054;InbreedingCoeff=-0.1034;MLEAC=1;MLEAF=0.025;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.20;ReadPosRankSum=-0.239;SOR=2.283 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,157 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,51 0/1:1,2:3:33:43,0,33 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:4,0:4:12:0,12,163 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:4,0:4:12:0,12,152 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:3,0:3:9:0,9,88 0/0:5,0:5:15:0,15,195 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:3,0:3:9:0,9,121 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:3,0:3:9:0,9,83 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:1,0:1:3:0,3,42 +Reference 607000 . A C 158.71 PASS AC=3;AF=0.079;AN=38;BaseQRankSum=1.111;DP=50;ExcessHet=0.3672;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0915;MLEAC=4;MLEAF=0.105;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=28.19;ReadPosRankSum=-0.388;SOR=0.522 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:3,0:3:9:0,9,115 0/1:3,1:4:30:30,0,113 0/0:1,0:1:3:0,3,32 0/0:5,0:5:15:0,15,209 0/1:1,1:2:36:36,0,36 0/0:2,0:2:6:0,6,80 0/0:2,0:2:6:0,6,79 0/1:1,3:4:30:113,0,30 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:5,0:5:15:0,15,199 0/0:3,0:3:9:0,9,121 0/0:3,0:3:9:0,9,93 0/0:3,0:3:9:0,9,89 +Reference 607500 . A C 714.34 PASS AC=16;AF=0.500;AN=32;BaseQRankSum=0.752;DP=43;ExcessHet=0.2115;FS=10.591;InbreedingCoeff=0.0711;MLEAC=17;MLEAF=0.531;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=34.60;ReadPosRankSum=-0.037;SOR=1.555 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6:84,6,0 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/1:1,1:2:36:36,0,36 0/1:2,2:4:66:71,0,66 1/1:0,1:1:3:42,3,0 1/1:0,3:3:9:125,9,0 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:5,0:5:15:0,15,209 0/1:1,1:2:36:36,0,36 0/1:1,2:3:23:75,0,23 0/0:.:0:.:0,0,0 1/1:0,3:3:9:125,9,0 0/0:1,0:1:3:0,3,32 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:.:0:.:0,0,0 0/1:2,1:3:33:33,0,75 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/1:3,2:5:37:37,0,111 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:.:0:.:0,0,0 +Reference 608500 . A C 93.46 PASS AC=3;AF=0.083;AN=36;BaseQRankSum=-0.589;DP=54;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3032;MLEAC=3;MLEAF=0.083;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.38;ReadPosRankSum=1.195;SOR=2.689 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,80 1/1:0,2:2:6:80,6,0 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:6,0:6:18:0,18,251 0/0:3,0:3:9:0,9,115 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/1:1,1:2:36:36,0,36 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:2,0:2:6:0,6,78 0/0:2,0:2:6:0,6,74 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:5,0:5:15:0,15,177 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:3,0:3:9:0,9,105 0/0:3,0:3:9:0,9,121 +Reference 609500 . A C 90.44 PASS AC=4;AF=0.111;AN=36;BaseQRankSum=-0.506;DP=55;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.4437;MLEAC=3;MLEAF=0.083;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.58;ReadPosRankSum=-1.119;SOR=1.073 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:2,0:2:6:0,6,80 0/0:4,0:4:12:0,12,157 0/0:3,0:3:9:0,9,121 1/1:0,2:2:6:73,6,0 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/0:4,0:4:12:0,12,152 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,80 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:6,0:6:18:0,18,240 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:3,0:3:9:0,9,110 0/0:5,0:5:15:0,15,209 0/0:5,0:5:15:0,15,209 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:3,0:3:9:0,9,93 0/0:3,0:3:9:0,9,116 +Reference 610000 . A C 203.07 PASS AC=5;AF=0.125;AN=40;BaseQRankSum=-0.187;DP=71;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3713;MLEAC=4;MLEAF=0.100;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=27.33;ReadPosRankSum=0.457;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,42 1/1:0,3:3:9:117,9,0 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/1:1,1:2:36:36,0,36 0/0:5,0:5:15:0,15,205 0/0:2,0:2:6:0,6,80 0/0:9,0:9:27:0,27,372 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:4,0:4:12:0,12,157 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:6,0:6:18:0,18,251 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:5,0:5:15:0,15,209 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:3,0:3:9:0,9,121 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:5,0:5:15:0,15,197 1/1:0,2:2:6:84,6,0 +Reference 611000 . A C 713.75 PASS AC=12;AF=0.333;AN=36;BaseQRankSum=2.316;DP=47;ExcessHet=0.1832;FS=1.412;InbreedingCoeff=0.0322;MLEAC=15;MLEAF=0.417;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=33.99;ReadPosRankSum=0.593;SOR=0.442 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,121 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/1:4,1:5:27:27,0,152 0/1:3,1:4:30:30,0,113 1/1:0,3:3:9:125,9,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 1/1:0,4:4:12:159,12,0 0/0:1,0:1:3:0,3,38 0/0:1,0:1:3:0,3,38 0/1:1,2:3:33:75,0,33 0/1:1,1:2:4:36,0,4 0/0:.:0:.:0,0,0 0/1:3,3:6:88:107,0,88 0/1:1,2:3:33:75,0,33 0/0:1,0:1:3:0,3,10 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:.:0:.:0,0,0 1/1:0,2:2:6:83,6,0 0/0:1,0:1:3:0,3,10 0/0:1,0:1:3:0,3,42 +Reference 611500 . A C 191.20 PASS AC=4;AF=0.100;AN=40;BaseQRankSum=-0.543;DP=59;ExcessHet=0.0090;FS=4.754;InbreedingCoeff=0.0694;MLEAC=4;MLEAF=0.100;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=30.77;ReadPosRankSum=-0.703;SOR=1.259 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,110 0/0:5,0:5:15:0,15,209 0/0:3,0:3:9:0,9,125 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/0:6,0:6:18:0,18,242 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:4,0:4:12:0,12,157 0/1:1,1:2:36:36,0,36 0/1:1,4:5:27:138,0,27 0/0:2,0:2:6:0,6,78 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:4,0:4:12:0,12,163 0/0:3,0:3:9:0,9,93 0/0:2,0:2:6:0,6,81 0/0:5,0:5:14:0,14,144 0/0:3,0:3:9:0,9,93 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,79 +Reference 612000 . A C 436.89 PASS AC=9;AF=0.237;AN=38;BaseQRankSum=-0.448;DP=49;ExcessHet=0.0031;FS=3.393;InbreedingCoeff=0.2602;MLEAC=8;MLEAF=0.211;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=31.21;ReadPosRankSum=-0.941;SOR=1.253 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,27 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,80 0/0:1,0:1:3:0,3,38 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:2,0:2:6:0,6,80 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:4,0:4:12:0,12,125 0/1:2,1:3:1:1,0,75 0/0:4,0:4:12:0,12,135 1/1:0,6:6:18:238,18,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/1:3,3:6:72:72,0,76 0/0:2,0:2:6:0,6,84 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/0:2,0:2:6:0,6,74 0/1:2,1:3:28:28,0,65 0/0:1,0:1:3:0,3,42 +Reference 613000 . A C 434.17 PASS AC=8;AF=0.200;AN=40;BaseQRankSum=1.025;DP=72;ExcessHet=0.0003;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3759;MLEAC=7;MLEAF=0.175;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.85;ReadPosRankSum=-1.328;SOR=0.689 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:3,0:3:9:0,9,110 0/0:5,0:5:15:0,15,195 0/0:6,0:6:18:0,18,218 1/1:0,6:6:18:251,18,0 0/1:8,2:10:22:22,0,297 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/1:2,1:3:33:33,0,75 0/0:4,0:4:12:0,12,131 0/0:5,0:5:15:0,15,199 1/1:0,3:3:9:125,9,0 0/0:2,0:2:6:0,6,80 0/0:3,0:3:9:0,9,121 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,80 +Reference 615000 . A C 285.19 PASS AC=6;AF=0.167;AN=36;BaseQRankSum=1.497;DP=44;ExcessHet=0.0018;FS=1.882;InbreedingCoeff=0.2120;MLEAC=6;MLEAF=0.167;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=28.52;ReadPosRankSum=-1.515;SOR=1.847 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,38 0/0:3,0:3:9:0,9,121 0/0:4,0:4:12:0,12,157 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/0:4,0:4:12:0,12,157 0/1:2,2:4:71:71,0,71 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,80 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/1:1,3:4:30:113,0,30 0/0:1,0:1:3:0,3,38 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:4,0:4:12:0,12,147 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:2,0:2:6:0,6,84 +Reference 616000 . A C 639.09 PASS AC=12;AF=0.316;AN=38;BaseQRankSum=1.433;DP=42;ExcessHet=0.1450;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0392;MLEAC=13;MLEAF=0.342;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=37.16;ReadPosRankSum=0.356;SOR=0.610 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:.:0:.:0,0,0 1/1:0,4:4:12:167,12,0 0/0:2,0:2:6:0,6,80 0/1:1,3:4:26:109,0,26 1/1:0,1:1:3:42,3,0 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/1:1,1:2:36:36,0,36 0/0:2,0:2:6:0,6,51 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/1:2,1:3:33:33,0,43 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/1:2,2:4:72:72,0,72 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,79 0/1:1,2:3:33:75,0,33 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/1:1,2:3:33:75,0,33 +Reference 617000 . A C 56.01 PASS AC=1;AF=0.029;AN=34;BaseQRankSum=-0.643;DP=54;ExcessHet=0.0000;FS=3.099;InbreedingCoeff=0.1833;MLEAC=1;MLEAF=0.029;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.00;ReadPosRankSum=-1.283;SOR=2.289 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,153 0/0:5,0:5:15:0,15,205 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:4,0:4:12:0,12,131 0/0:3,0:3:9:0,9,121 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:3,0:3:9:0,9,93 0/0:5,0:5:15:0,15,195 0/0:2,0:2:6:0,6,80 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:4,0:4:12:0,12,157 0/1:2,2:4:67:67,0,72 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:7,0:7:21:0,21,277 +Reference 617500 . A C 97.44 PASS AC=3;AF=0.079;AN=38;BaseQRankSum=0.502;DP=49;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2159;MLEAC=3;MLEAF=0.079;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.39;ReadPosRankSum=-0.188;SOR=0.859 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,118 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:5,0:5:15:0,15,209 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:3,0:3:9:0,9,121 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/1:1,1:2:36:36,0,36 0/0:1,0:1:3:0,3,38 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:3,0:3:9:0,9,121 +Reference 618000 . A C 100.37 PASS AC=3;AF=0.088;AN=34;BaseQRankSum=0.505;DP=41;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2415;MLEAC=3;MLEAF=0.088;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=33.23;ReadPosRankSum=-1.117;SOR=1.085 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:1,0:1:3:0,3,38 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:2,0:2:6:0,6,80 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/1:1,1:2:36:36,0,36 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:1,0:1:3:0,3,42 +Reference 618500 . A C 251.86 PASS AC=9;AF=0.300;AN=30;BaseQRankSum=-0.906;DP=47;ExcessHet=0.0091;FS=13.202;InbreedingCoeff=0.2944;MLEAC=9;MLEAF=0.300;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=31.57;ReadPosRankSum=-0.217;SOR=1.071 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:3,0:3:9:0,9,121 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:6,0:6:18:0,18,241 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:4,0:4:12:0,12,163 0/0:3,0:3:9:0,9,121 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/0:5,0:5:15:0,15,205 0/0:.:0:.:0,0,0 0/1:2,1:3:28:28,0,75 0/0:3,0:3:9:0,9,125 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/1:1,2:3:33:43,0,33 0/1:2,1:3:33:33,0,75 1/1:0,1:1:3:42,3,0 +Reference 619000 . A C 733.79 PASS AC=17;AF=0.500;AN=34;BaseQRankSum=-1.583;DP=50;ExcessHet=0.0357;FS=8.198;InbreedingCoeff=0.1810;MLEAC=16;MLEAF=0.471;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=27.99;ReadPosRankSum=-1.098;SOR=0.950 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,2:3:33:43,0,33 0/0:5,0:5:15:0,15,209 1/1:0,1:1:3:38,3,0 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:2,0:2:6:0,6,84 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:.:0:.:0,0,0 0/1:1,1:2:36:36,0,36 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:4,0:4:12:0,12,131 0/0:.:0:.:0,0,0 1/1:0,3:3:9:125,9,0 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/1:2,1:3:33:33,0,75 0/1:2,3:5:68:106,0,68 1/1:0,1:1:3:38,3,0 1/1:0,2:2:6:83,6,0 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/1:1,3:4:30:109,0,30 +Reference 619500 . A C 158.51 PASS AC=3;AF=0.088;AN=34;BaseQRankSum=1.004;DP=50;ExcessHet=0.4139;FS=4.715;InbreedingCoeff=0.0425;MLEAC=4;MLEAF=0.118;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.81;ReadPosRankSum=-1.156;SOR=1.921 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:4,0:4:12:0,12,159 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:3,0:3:9:0,9,121 0/0:4,0:4:12:0,12,157 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:4,0:4:12:0,12,163 0/0:2,0:2:6:0,6,80 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:.:0:.:0,0,0 0/1:2,2:4:69:72,0,69 0/1:2,1:3:33:33,0,75 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/1:2,2:4:61:72,0,61 +Reference 620000 . A C 479.49 PASS AC=9;AF=0.250;AN=36;BaseQRankSum=-0.703;DP=56;ExcessHet=0.1433;FS=1.280;InbreedingCoeff=0.0524;MLEAC=10;MLEAF=0.278;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=34.25;ReadPosRankSum=-0.691;SOR=0.755 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/1:2,4:6:65:145,0,65 0/0:5,0:5:15:0,15,205 0/0:1,0:1:3:0,3,32 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:3,0:3:9:0,9,124 0/0:.:0:.:0,0,0 0/1:2,3:5:68:106,0,68 0/0:3,0:3:9:0,9,125 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/1:3,1:4:30:30,0,81 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:4,0:4:12:0,12,153 0/1:2,1:3:33:33,0,75 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,42 1/1:0,3:3:9:115,9,0 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/1:3,1:4:30:30,0,113 0/0:5,0:5:15:0,15,209 +Reference 620500 . A C 107.08 PASS AC=2;AF=0.059;AN=34;BaseQRankSum=0.554;DP=44;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3331;MLEAC=2;MLEAF=0.059;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=31.27;ReadPosRankSum=0.301;SOR=1.044 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:.:0:.:0,0,0 1/1:0,3:3:9:125,9,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:4,0:4:12:0,12,163 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:2,0:2:6:0,6,80 0/0:5,0:5:15:0,15,209 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:4,0:4:12:0,12,157 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:1,0:1:3:0,3,42 +Reference 621000 . A C 1815.62 PASS AC=33;AF=0.868;AN=38;BaseQRankSum=0.385;DP=48;ExcessHet=0.0506;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0420;MLEAC=32;MLEAF=0.842;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=28.53;ReadPosRankSum=0.351;SOR=1.127 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,1:1:3:42,3,0 1/1:0,5:5:15:209,15,0 1/1:0,2:2:6:84,6,0 1/1:0,4:4:12:163,12,0 1/1:0,3:3:9:125,9,0 1/1:0,1:1:3:42,3,0 1/1:0,4:4:12:149,12,0 1/1:0,1:1:3:42,3,0 1/1:0,2:2:6:84,6,0 1/1:0,4:4:12:162,12,0 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 1/1:0,2:2:6:84,6,0 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/1:1,1:2:36:36,0,36 1/1:0,2:2:6:84,6,0 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/1:1,1:2:32:36,0,32 0/1:1,2:3:33:61,0,33 1/1:0,3:3:9:125,9,0 +Reference 621500 . A C 231.53 PASS AC=6;AF=0.158;AN=38;BaseQRankSum=1.430;DP=54;ExcessHet=0.1504;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0291;MLEAC=6;MLEAF=0.158;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=33.74;ReadPosRankSum=-1.108;SOR=0.799 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,70 0/1:1,1:2:36:36,0,36 0/0:5,0:5:15:0,15,209 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:3,0:3:9:0,9,93 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:1,0:1:3:0,3,10 0/0:3,0:3:9:0,9,121 0/0:3,0:3:9:0,9,121 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:3,0:3:9:0,9,120 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/1:1,2:3:33:75,0,33 0/0:4,0:4:12:0,12,135 0/1:1,2:3:33:75,0,33 0/1:3,1:4:30:30,0,77 0/0:5,0:5:15:0,15,209 0/0:4,0:4:12:0,12,163 +Reference 623000 . A C 59.68 PASS AC=1;AF=0.028;AN=36;BaseQRankSum=0.506;DP=56;ExcessHet=0.0000;FS=7.803;InbreedingCoeff=0.1042;MLEAC=1;MLEAF=0.028;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.92;ReadPosRankSum=-0.047;SOR=2.244 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:5,0:5:15:0,15,177 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:4,0:4:12:0,12,163 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:3,0:3:9:0,9,121 0/0:6,0:6:17:0,17,186 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/1:2,2:4:71:71,0,71 0/0:5,0:5:15:0,15,209 +Reference 623500 . A C 218.59 PASS AC=4;AF=0.105;AN=38;BaseQRankSum=0.198;DP=51;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.4091;MLEAC=3;MLEAF=0.079;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.69;ReadPosRankSum=-0.878;SOR=0.638 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,93 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/0:5,0:5:15:0,15,205 0/0:1,0:1:3:0,3,32 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:2,0:2:6:0,6,80 0/0:3,0:3:9:0,9,121 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:5,0:5:15:0,15,177 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:1,0:1:3:0,3,10 1/1:0,5:5:15:205,15,0 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:5,0:5:15:0,15,177 +Reference 624000 . A C 1128.66 PASS AC=23;AF=0.639;AN=36;BaseQRankSum=0.012;DP=55;ExcessHet=0.4264;FS=11.439;InbreedingCoeff=-0.0354;MLEAC=23;MLEAF=0.639;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=28.43;ReadPosRankSum=-1.415;SOR=1.146 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:.:0:.:0,0,0 0/1:4,1:5:26:26,0,152 1/1:0,3:3:9:125,9,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/1:1,1:2:36:36,0,36 0/0:.:0:.:0,0,0 0/1:2,1:3:33:33,0,69 0/0:1,0:1:3:0,3,38 1/1:0,4:4:12:167,12,0 0/1:4,1:5:27:27,0,144 0/1:3,1:4:30:30,0,113 0/0:5,0:5:15:0,15,209 1/1:0,2:2:6:76,6,0 1/1:0,1:1:3:42,3,0 1/1:0,2:2:6:74,6,0 0/1:1,3:4:30:113,0,30 1/1:0,3:3:9:113,9,0 1/1:0,1:1:3:42,3,0 1/1:0,2:2:6:80,6,0 0/1:3,3:6:93:107,0,93 +Reference 625000 . A C 72.89 PASS AC=3;AF=0.075;AN=40;BaseQRankSum=-2.215;DP=60;ExcessHet=0.0000;FS=4.523;InbreedingCoeff=0.1994;MLEAC=2;MLEAF=0.050;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=33.78;ReadPosRankSum=-2.055;SOR=0.933 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/1:2,1:3:28:28,0,75 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:4,0:4:12:0,12,163 0/0:3,0:3:9:0,9,111 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:3,0:3:9:0,9,89 0/0:3,0:3:9:0,9,93 0/0:4,0:4:12:0,12,163 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:3,0:3:9:0,9,93 1/1:0,2:2:6:69,6,0 +Reference 625500 . A C 937.47 PASS AC=12;AF=0.300;AN=40;BaseQRankSum=1.477;DP=70;ExcessHet=0.9047;FS=7.354;InbreedingCoeff=-0.0283;MLEAC=12;MLEAF=0.300;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=31.25;ReadPosRankSum=0.852;SOR=0.849 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,80 0/0:3,0:3:9:0,9,89 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/1:1,1:2:36:36,0,36 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:3,0:3:9:0,9,121 0/1:2,2:4:72:72,0,72 0/1:1,1:2:36:36,0,36 0/1:1,1:2:36:36,0,36 0/0:4,0:4:12:0,12,167 1/1:0,6:6:18:251,18,0 0/1:1,2:3:33:75,0,33 0/1:3,2:5:68:68,0,96 0/0:4,0:4:12:0,12,167 1/1:0,5:5:15:205,15,0 0/1:1,3:4:30:113,0,30 0/1:1,2:3:33:75,0,33 0/0:4,0:4:12:0,12,163 0/0:3,0:3:9:0,9,125 +Reference 626000 . A C 1146.61 PASS AC=28;AF=0.737;AN=38;BaseQRankSum=-0.202;DP=41;ExcessHet=0.0001;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3099;MLEAC=26;MLEAF=0.684;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=30.23;ReadPosRankSum=-0.472;SOR=0.840 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,1:2:36:36,0,36 1/1:0,2:2:6:80,6,0 0/0:.:0:.:0,0,0 1/1:0,2:2:6:84,6,0 1/1:0,2:2:6:80,6,0 1/1:0,5:5:15:209,15,0 1/1:0,2:2:6:83,6,0 1/1:0,2:2:6:84,6,0 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/0:2,0:2:6:0,6,84 1/1:0,1:1:3:27,3,0 1/1:0,2:2:6:84,6,0 1/1:0,1:1:3:42,3,0 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/1:2,1:3:33:33,0,65 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,84 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/0:4,0:4:12:0,12,167 +Reference 627000 . A C 176.60 PASS AC=3;AF=0.083;AN=36;BaseQRankSum=0.628;DP=52;ExcessHet=0.0000;FS=1.986;InbreedingCoeff=0.2680;MLEAC=3;MLEAF=0.083;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=29.43;ReadPosRankSum=-1.197;SOR=1.488 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9:125,9,0 0/0:5,0:5:15:0,15,205 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,68 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:3,0:3:9:0,9,89 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/1:1,2:3:33:75,0,33 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:7,0:7:21:0,21,292 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:3,0:3:9:0,9,125 +Reference 627396 . T A 60.88 PASS AC=1;AF=0.028;AN=36;BaseQRankSum=0.703;DP=52;ExcessHet=0.0000;FS=2.889;InbreedingCoeff=0.0900;MLEAC=1;MLEAF=0.028;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.22;ReadPosRankSum=0.916;SOR=2.019 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,51 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:3,0:3:9:0,9,121 0/0:5,0:5:15:0,15,194 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:5,0:5:15:0,15,205 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:3,0:3:9:0,9,121 0/1:2,2:4:67:72,0,67 0/0:5,0:5:15:0,15,198 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:3,0:3:9:0,9,121 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:2,0:2:6:0,6,80 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,42 +Reference 627500 . A C 52.68 PASS AC=1;AF=0.025;AN=40;BaseQRankSum=0.862;DP=59;ExcessHet=0.0000;FS=3.075;InbreedingCoeff=-0.1068;MLEAC=1;MLEAF=0.025;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.78;ReadPosRankSum=0.043;SOR=2.303 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:2,0:2:6:0,6,80 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:4,0:4:12:0,12,153 0/0:2,0:2:6:0,6,74 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/1:4,2:6:65:65,0,145 0/0:3,0:3:9:0,9,93 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,80 0/0:1,0:1:3:0,3,38 0/0:2,0:2:6:0,6,70 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:3,0:3:9:0,9,121 0/0:5,0:5:15:0,15,167 0/0:4,0:4:12:0,12,163 0/0:3,0:3:9:0,9,115 +Reference 628000 . A C 261.64 PASS AC=7;AF=0.184;AN=38;BaseQRankSum=-2.842;DP=58;ExcessHet=0.0107;FS=1.543;InbreedingCoeff=0.1907;MLEAC=7;MLEAF=0.184;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.79;ReadPosRankSum=-0.279;SOR=0.799 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:15:0,15,209 0/0:4,0:4:12:0,12,163 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:5,0:5:15:0,15,209 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:.:0:.:0,0,0 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/1:2,1:3:33:33,0,75 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/1:2,2:4:71:71,0,71 1/1:0,3:3:9:121,9,0 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/1:2,2:4:25:25,0,72 0/0:5,0:5:15:0,15,205 +Reference 628500 . A C 1375.95 PASS AC=29;AF=0.763;AN=38;BaseQRankSum=-0.936;DP=53;ExcessHet=0.0031;FS=2.984;InbreedingCoeff=0.2498;MLEAC=27;MLEAF=0.711;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.95;ReadPosRankSum=-0.381;SOR=0.631 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,1:1:3:10,3,0 1/1:0,4:4:12:167,12,0 1/1:0,3:3:9:105,9,0 1/1:0,2:2:6:80,6,0 1/1:0,2:2:6:80,6,0 0/1:2,3:5:53:100,0,53 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:4,0:4:12:0,12,167 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/1:4,2:6:61:61,0,149 0/1:1,1:2:32:36,0,32 1/1:0,1:1:3:10,3,0 1/1:0,2:2:6:83,6,0 1/1:0,3:3:9:125,9,0 1/1:0,2:2:6:84,6,0 1/1:0,4:4:12:167,12,0 0/0:.:0:.:0,0,0 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/0:3,0:3:9:0,9,125 1/1:0,3:3:9:121,9,0 +Reference 629000 . A C 60.05 PASS AC=1;AF=0.029;AN=34;BaseQRankSum=0.517;DP=52;ExcessHet=0.0000;FS=3.123;InbreedingCoeff=0.1757;MLEAC=1;MLEAF=0.029;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.01;ReadPosRankSum=-0.558;SOR=2.093 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:5,0:5:15:0,15,209 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:3,0:3:9:0,9,93 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/1:2,2:4:71:71,0,71 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:5,0:5:15:0,15,195 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:6,0:6:18:0,18,244 0/0:1,0:1:3:0,3,38 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:5,0:5:15:0,15,209 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:.:0:.:0,0,0 +Reference 629500 . A C 57.53 PASS AC=1;AF=0.028;AN=36;BaseQRankSum=0.756;DP=44;ExcessHet=0.0000;FS=2.840;InbreedingCoeff=0.0361;MLEAC=1;MLEAF=0.028;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.51;ReadPosRankSum=0.341;SOR=2.124 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,38 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:1,0:1:3:0,3,38 0/0:3,0:3:9:0,9,115 0/0:1,0:1:3:0,3,38 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:3,0:3:9:0,9,93 0/0:5,0:5:15:0,15,209 0/1:3,2:5:68:68,0,106 0/0:2,0:2:6:0,6,80 0/0:1,0:1:3:0,3,32 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:1,0:1:3:0,3,42 +Reference 630000 . A C 366.44 PASS AC=10;AF=0.263;AN=38;BaseQRankSum=1.779;DP=42;ExcessHet=0.0001;FS=4.969;InbreedingCoeff=0.2994;MLEAC=9;MLEAF=0.237;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=28.10;ReadPosRankSum=1.033;SOR=0.917 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,1:4:30:30,0,113 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/0:3,0:3:9:0,9,121 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,38 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:3,0:3:9:0,9,93 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:2,0:2:6:0,6,51 0/0:2,0:2:6:0,6,84 1/1:0,3:3:9:125,9,0 0/0:2,0:2:6:0,6,47 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/1:2,2:4:61:72,0,61 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:1,0:1:3:0,3,38 1/1:0,1:1:3:42,3,0 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 +Reference 630500 . A C 158.04 PASS AC=4;AF=0.111;AN=36;BaseQRankSum=-0.175;DP=51;ExcessHet=0.0113;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1360;MLEAC=4;MLEAF=0.111;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.56;ReadPosRankSum=1.569;SOR=0.965 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:15:0,15,195 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:.:0:.:0,0,0 0/1:1,2:3:33:71,0,33 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/1:4,2:6:66:66,0,117 0/0:1,0:1:3:0,3,32 0/0:5,0:5:15:0,15,209 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,84 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:3,0:3:9:0,9,121 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:7,0:7:21:0,21,284 0/0:3,0:3:9:0,9,125 +Reference 631077 . A C 34.10 PASS AC=2;AF=0.050;AN=40;BaseQRankSum=-0.966;DP=47;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1830;MLEAC=1;MLEAF=0.025;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.05;ReadPosRankSum=-0.765;SOR=0.502 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:1,0:1:3:0,3,32 0/0:2,0:2:6:0,6,80 0/0:3,0:3:9:0,9,116 0/0:5,0:5:15:0,15,205 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:5,0:5:15:0,15,173 0/0:1,0:1:3:0,3,10 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:3,0:3:9:0,9,125 1/1:0,2:2:6:51,6,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:5,0:5:15:0,15,209 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:5:0,5,19 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,51 +Reference 631500 . A C 361.58 PASS AC=9;AF=0.250;AN=36;BaseQRankSum=1.153;DP=45;ExcessHet=0.0040;FS=10.772;InbreedingCoeff=0.1920;MLEAC=8;MLEAF=0.222;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=32.87;ReadPosRankSum=2.634;SOR=0.277 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,83 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:4,0:4:12:0,12,159 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/1:1,3:4:30:113,0,30 0/0:1,0:1:3:0,3,42 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/1:2,2:4:71:71,0,71 0/0:5,0:5:15:0,15,205 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:2,0:2:6:0,6,84 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/1:1,2:3:33:75,0,33 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:2,0:2:6:0,6,77 +Reference 632000 . A C 618.85 PASS AC=8;AF=0.222;AN=36;BaseQRankSum=1.001;DP=51;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.5889;MLEAC=8;MLEAF=0.222;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=27.85;ReadPosRankSum=-0.114;SOR=0.941 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:3,0:3:9:0,9,125 1/1:0,2:2:6:80,6,0 0/0:3,0:3:9:0,9,121 0/0:1,0:1:3:0,3,42 1/1:0,4:4:12:167,12,0 1/1:0,4:4:12:163,12,0 0/0:4,0:4:12:0,12,135 0/0:4,0:4:12:0,12,163 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,84 1/1:0,6:6:18:246,18,0 0/0:3,0:3:9:0,9,121 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:1,0:1:3:0,3,10 0/0:1,0:1:3:0,3,10 0/0:3,0:3:9:0,9,79 0/0:2,0:2:6:0,6,80 +Reference 632500 . A C 145.58 PASS AC=5;AF=0.132;AN=38;BaseQRankSum=-0.196;DP=38;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2462;MLEAC=4;MLEAF=0.105;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=32.63;ReadPosRankSum=0.645;SOR=0.593 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:5,0:5:15:0,15,205 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:2,0:2:6:0,6,51 1/1:0,3:3:9:125,9,0 0/1:1,1:2:4:4,0,36 0/0:2,0:2:6:0,6,79 0/0:1,0:1:3:0,3,38 0/0:.:0:.:0,0,0 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:3,0:3:9:0,9,117 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:1,0:1:3:0,3,42 +Reference 633000 . A C 559.02 PASS AC=10;AF=0.250;AN=40;BaseQRankSum=-0.914;DP=60;ExcessHet=0.0001;FS=10.387;InbreedingCoeff=0.3699;MLEAC=9;MLEAF=0.225;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=29.42;ReadPosRankSum=-0.247;SOR=1.174 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,159 0/1:3,2:5:37:37,0,111 1/1:0,2:2:6:80,6,0 0/0:4,0:4:12:0,12,161 0/0:2,0:2:6:0,6,74 0/1:2,3:5:68:110,0,68 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:6,0:6:18:0,18,251 0/0:3,0:3:9:0,9,93 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,51 0/0:3,0:3:9:0,9,125 1/1:0,7:7:21:284,21,0 0/0:2,0:2:6:0,6,84 1/1:0,1:1:3:42,3,0 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:3,0:3:9:0,9,125 +Reference 633500 . A C 245.51 PASS AC=6;AF=0.167;AN=36;BaseQRankSum=0.895;DP=49;ExcessHet=0.0018;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2588;MLEAC=6;MLEAF=0.167;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=27.00;ReadPosRankSum=0.135;SOR=1.609 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,51 0/0:.:0:.:0,0,0 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/1:3,1:4:30:30,0,113 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:1,0:1:3:0,3,42 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:4,0:4:12:0,12,166 0/1:1,2:3:33:75,0,33 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:2,0:2:6:0,6,74 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:7,0:7:21:0,21,292 0/0:1,0:1:3:0,3,10 0/0:2,0:2:6:0,6,79 +Reference 635000 . A C 536.03 PASS AC=11;AF=0.324;AN=34;BaseQRankSum=-1.163;DP=44;ExcessHet=0.0000;FS=12.390;InbreedingCoeff=0.4244;MLEAC=11;MLEAF=0.324;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.69;ReadPosRankSum=-0.387;SOR=1.136 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,42 1/1:0,3:3:9:125,9,0 0/0:5,0:5:15:0,15,199 0/1:2,3:5:68:106,0,68 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:5,0:5:15:0,15,209 1/1:0,2:2:6:84,6,0 1/1:0,1:1:3:38,3,0 0/0:2,0:2:6:0,6,84 1/1:0,4:4:12:167,12,0 0/0:3,0:3:9:0,9,93 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 1/1:0,1:1:3:38,3,0 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:5,0:5:15:0,15,209 +Reference 636500 . A C 1335.13 PASS AC=26;AF=0.650;AN=40;BaseQRankSum=0.137;DP=59;ExcessHet=0.0665;FS=9.724;InbreedingCoeff=0.1153;MLEAC=24;MLEAF=0.600;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=27.94;ReadPosRankSum=-1.452;SOR=0.729 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,1:1:3:38,3,0 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/1:1,1:2:36:36,0,36 0/1:2,3:5:68:106,0,68 0/1:4,1:5:27:27,0,144 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/1:1,2:3:1:75,0,1 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/0:6,0:6:18:0,18,235 0/1:1,1:2:21:31,0,21 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/1:1,2:3:33:75,0,33 1/1:0,2:2:6:80,6,0 1/1:0,2:2:6:80,6,0 1/1:0,3:3:9:125,9,0 1/1:0,3:3:9:125,9,0 1/1:0,3:3:9:85,9,0 1/1:0,7:7:21:292,21,0 1/1:0,1:1:3:42,3,0 +Reference 637000 . A C 63.09 PASS AC=1;AF=0.026;AN=38;BaseQRankSum=0.703;DP=62;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0288;MLEAC=1;MLEAF=0.026;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.03;ReadPosRankSum=0.742;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:5,0:5:15:0,15,204 0/0:3,0:3:9:0,9,115 0/0:3,0:3:9:0,9,121 0/0:1,0:1:3:0,3,37 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:7,0:7:21:0,21,260 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:1,0:1:3:0,3,38 0/0:6,0:6:18:0,18,247 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/1:1,2:3:33:75,0,33 0/0:2,0:2:6:0,6,69 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:6,0:6:18:0,18,214 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:3,0:3:9:0,9,110 +Reference 637500 . A C 67.40 PASS AC=2;AF=0.053;AN=38;BaseQRankSum=0.693;DP=43;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2358;MLEAC=1;MLEAF=0.026;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=33.70;ReadPosRankSum=-0.030;SOR=0.407 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,121 0/0:5,0:5:15:0,15,205 0/0:1,0:1:3:0,3,10 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:2,0:2:6:0,6,69 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,80 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,74 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,83 0/0:2,0:2:6:0,6,80 0/0:1,0:1:3:0,3,42 +Reference 638500 . A C 1729.51 PASS AC=36;AF=0.947;AN=38;BaseQRankSum=-0.339;DP=44;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1855;MLEAC=35;MLEAF=0.921;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=30.39;ReadPosRankSum=1.321;SOR=0.453 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,1:1:3:42,3,0 1/1:0,5:5:15:170,15,0 1/1:0,2:2:6:84,6,0 1/1:0,2:2:6:84,6,0 1/1:0,1:1:3:42,3,0 1/1:0,4:4:12:167,12,0 1/1:0,4:4:12:167,12,0 1/1:0,2:2:6:51,6,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 1/1:0,1:1:3:42,3,0 1/1:0,4:4:12:167,12,0 1/1:0,1:1:3:42,3,0 1/1:0,2:2:6:84,6,0 1/1:0,3:3:9:83,9,0 1/1:0,1:1:3:42,3,0 1/1:0,3:3:9:125,9,0 1/1:0,1:1:3:42,3,0 1/1:0,1:1:3:42,3,0 1/1:0,3:3:9:93,9,0 0/0:.:0:.:0,0,0 +Reference 639000 . A C 443.79 PASS AC=7;AF=0.175;AN=40;BaseQRankSum=-0.692;DP=57;ExcessHet=0.3087;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0676;MLEAC=7;MLEAF=0.175;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=27.74;ReadPosRankSum=-0.709;SOR=0.728 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,74 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:2,0:2:6:0,6,79 0/0:3,0:3:9:0,9,93 0/1:1,2:3:33:66,0,33 0/0:4,0:4:12:0,12,157 0/0:5,0:5:15:0,15,205 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,75 0/1:1,1:2:36:36,0,36 0/0:2,0:2:6:0,6,74 0/1:2,4:6:65:145,0,65 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/1:1,1:2:36:36,0,36 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/1:2,3:5:68:110,0,68 1/1:0,2:2:6:80,6,0 0/0:2,0:2:6:0,6,84 +Reference 639500 . A C 674.96 PASS AC=11;AF=0.289;AN=38;BaseQRankSum=-2.404;DP=63;ExcessHet=0.0012;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3732;MLEAC=11;MLEAF=0.289;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=32.14;ReadPosRankSum=1.122;SOR=0.947 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:6,0:6:18:0,18,251 1/1:0,3:3:9:93,9,0 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:2,0:2:6:0,6,80 1/1:0,2:2:6:84,6,0 1/1:0,3:3:9:115,9,0 0/1:1,4:5:27:148,0,27 1/1:0,4:4:12:167,12,0 0/1:1,1:2:26:26,0,36 0/0:4,0:4:12:0,12,157 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/1:1,3:4:26:77,0,26 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:7,0:7:21:0,21,292 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:1,0:1:3:0,3,42 +Reference 640500 . A C 67.02 PASS AC=1;AF=0.028;AN=36;BaseQRankSum=-0.826;DP=48;ExcessHet=0.0000;FS=6.495;InbreedingCoeff=0.0749;MLEAC=1;MLEAF=0.028;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.40;ReadPosRankSum=-0.805;SOR=2.670 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,80 0/0:4,0:4:12:0,12,163 0/0:3,0:3:9:0,9,119 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:5,0:5:15:0,15,209 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/1:2,3:5:69:78,0,69 0/0:3,0:3:9:0,9,93 0/0:4,0:4:12:0,12,159 0/0:2,0:2:6:0,6,80 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:5,0:5:15:0,15,194 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:2,0:2:6:0,6,80 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:1,0:1:3:0,3,42 +Reference 641000 . A C 214.72 PASS AC=4;AF=0.111;AN=36;BaseQRankSum=0.503;DP=57;ExcessHet=0.0000;FS=1.684;InbreedingCoeff=0.5150;MLEAC=3;MLEAF=0.083;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=28.86;ReadPosRankSum=1.590;SOR=0.551 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:3,0:3:9:0,9,121 0/0:4,0:4:12:0,12,152 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:4,0:4:12:0,12,152 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:7,0:7:21:0,21,256 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:5,0:5:15:0,15,205 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,83 0/0:2,0:2:6:0,6,74 0/0:3,0:3:9:0,9,93 0/0:2,0:2:6:0,6,79 1/1:0,3:3:9:125,9,0 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:5,0:5:15:0,15,201 0/0:2,0:2:6:0,6,80 1/1:0,3:3:9:121,9,0 0/0:4,0:4:12:0,12,167 +Reference 642000 . A C 1723.87 PASS AC=33;AF=0.971;AN=34;BaseQRankSum=-0.387;DP=43;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1501;MLEAC=34;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=32.43;ReadPosRankSum=-0.507;SOR=0.881 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:.:0:.:0,0,0 1/1:0,4:4:12:167,12,0 1/1:0,4:4:12:167,12,0 1/1:0,1:1:3:32,3,0 0/0:.:0:.:0,0,0 1/1:0,2:2:6:74,6,0 1/1:0,2:2:6:84,6,0 1/1:0,3:3:9:125,9,0 1/1:0,1:1:3:42,3,0 1/1:0,2:2:6:51,6,0 1/1:0,1:1:3:42,3,0 1/1:0,2:2:6:84,6,0 1/1:0,3:3:9:121,9,0 1/1:0,5:5:15:209,15,0 1/1:0,2:2:6:84,6,0 1/1:0,1:1:3:10,3,0 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/1:1,1:2:36:36,0,36 1/1:0,4:4:12:153,12,0 +Reference 642500 . A C 567.75 PASS AC=14;AF=0.412;AN=34;BaseQRankSum=-1.511;DP=43;ExcessHet=0.0086;FS=8.495;InbreedingCoeff=0.1936;MLEAC=14;MLEAF=0.412;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=33.40;ReadPosRankSum=-1.133;SOR=0.765 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/1:2,2:4:71:71,0,71 1/1:0,2:2:6:83,6,0 0/0:2,0:2:6:0,6,80 1/1:0,2:2:6:51,6,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/1:2,1:3:33:33,0,75 0/0:6,0:6:18:0,18,251 0/1:2,3:5:68:106,0,68 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:2,0:2:6:0,6,84 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/1:1,1:2:36:36,0,36 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,42 1/1:0,2:2:6:69,6,0 +Reference 643500 . A C 296.90 PASS AC=7;AF=0.233;AN=30;BaseQRankSum=-0.540;DP=33;ExcessHet=0.0234;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1957;MLEAC=9;MLEAF=0.300;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=31.27;ReadPosRankSum=-1.462;SOR=0.892 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,1:2:36:36,0,36 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:.:0:.:0,0,0 0/1:1,1:2:32:36,0,32 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:2,0:2:6:0,6,74 0/0:3,0:3:9:0,9,93 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:1,0:1:3:0,3,42 1/1:0,3:3:9:93,9,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:3,0:3:9:0,9,121 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 1/1:0,3:3:9:115,9,0 0/1:1,1:2:32:32,0,36 0/0:2,0:2:6:0,6,80 0/0:.:0:.:0,0,0 +Reference 644000 . A C 61.33 PASS AC=1;AF=0.031;AN=32;BaseQRankSum=0.730;DP=48;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2268;MLEAC=1;MLEAF=0.031;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.33;ReadPosRankSum=-0.264;SOR=1.927 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:4,0:4:12:0,12,163 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:3,0:3:9:0,9,121 0/1:2,2:4:61:72,0,61 0/0:5,0:5:15:0,15,177 0/0:5,0:5:15:0,15,199 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:2,0:2:6:0,6,41 0/0:5,0:5:15:0,15,176 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:4,0:4:12:0,12,167 +Reference 644500 . A C 227.90 PASS AC=9;AF=0.250;AN=36;BaseQRankSum=0.274;DP=31;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3632;MLEAC=7;MLEAF=0.194;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=27.84;ReadPosRankSum=0.615;SOR=0.610 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:3,0:3:9:0,9,125 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:.:0:.:0,0,0 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/0:2,0:2:6:0,6,74 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:1,0:1:3:0,3,42 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/0:3,0:3:9:0,9,111 0/1:2,1:3:1:1,0,75 0/0:.:0:.:0,0,0 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,47 +Reference 646500 . A C 59.65 PASS AC=1;AF=0.029;AN=34;BaseQRankSum=-1.703;DP=57;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2077;MLEAC=1;MLEAF=0.029;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.94;ReadPosRankSum=-0.819;SOR=1.129 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,163 0/0:3,0:3:9:0,9,93 0/0:5,0:5:15:0,15,209 0/0:2,0:2:6:0,6,80 0/0:2,0:2:6:0,6,80 0/0:2,0:2:6:0,6,80 0/0:4,0:4:12:0,12,157 0/1:3,3:6:71:71,0,108 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:5,0:5:15:0,15,199 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:4,0:4:12:0,12,131 0/0:5,0:5:15:0,15,172 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:2,0:2:6:0,6,51 +Reference 647500 . A C 302.74 PASS AC=5;AF=0.132;AN=38;BaseQRankSum=-1.187;DP=49;ExcessHet=0.0000;FS=1.615;InbreedingCoeff=0.3108;MLEAC=5;MLEAF=0.132;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.40;ReadPosRankSum=0.487;SOR=0.548 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:1,0:1:3:0,3,42 1/1:0,4:4:12:167,12,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:4,0:4:12:0,12,167 1/1:0,4:4:12:131,12,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/1:1,1:2:36:36,0,36 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:1,0:1:3:0,3,32 0/0:1,0:1:3:0,3,32 0/0:5,0:5:15:0,15,209 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:4,0:4:12:0,12,161 0/0:6,0:6:18:0,18,251 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:4,0:4:12:0,12,135 +Reference 648000 . A C 466.95 PASS AC=5;AF=0.139;AN=36;BaseQRankSum=-0.998;DP=58;ExcessHet=1.3830;FS=3.005;InbreedingCoeff=-0.0420;MLEAC=6;MLEAF=0.167;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=29.18;ReadPosRankSum=-0.987;SOR=0.976 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/1:1,5:6:24:191,0,24 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/1:2,5:7:62:184,0,62 0/0:6,0:6:18:0,18,247 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/1:1,1:2:4:4,0,36 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,10 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/1:1,1:2:4:36,0,4 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:7,0:7:21:0,21,277 0/0:2,0:2:6:0,6,83 0/1:1,2:3:33:71,0,33 0/0:3,0:3:9:0,9,125 +Reference 648500 . A C 101.43 PASS AC=1;AF=0.028;AN=36;BaseQRankSum=0.815;DP=55;ExcessHet=0.0000;FS=6.318;InbreedingCoeff=0.1203;MLEAC=1;MLEAF=0.028;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.36;ReadPosRankSum=1.512;SOR=2.809 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,123 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:5,0:5:15:0,15,201 0/0:3,0:3:9:0,9,121 0/0:5,0:5:15:0,15,209 0/0:2,0:2:6:0,6,41 0/0:3,0:3:9:0,9,115 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:7,0:7:21:0,21,288 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/1:1,3:4:30:113,0,30 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:2,0:2:6:0,6,51 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,51 +Reference 649000 . A C 1148.75 PASS AC=24;AF=0.632;AN=38;BaseQRankSum=-1.438;DP=53;ExcessHet=0.0000;FS=4.938;InbreedingCoeff=0.4706;MLEAC=24;MLEAF=0.632;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=33.79;ReadPosRankSum=-2.152;SOR=1.214 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:.:0:.:0,0,0 1/1:0,1:1:3:42,3,0 1/1:0,4:4:12:157,12,0 1/1:0,2:2:6:51,6,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 1/1:0,3:3:9:125,9,0 1/1:0,3:3:9:89,9,0 0/0:5,0:5:15:0,15,209 1/1:0,2:2:6:74,6,0 0/1:1,2:3:1:75,0,1 0/0:1,0:1:3:0,3,42 1/1:0,3:3:9:119,9,0 1/1:0,3:3:9:111,9,0 1/1:0,2:2:6:84,6,0 1/1:0,2:2:6:80,6,0 0/1:3,2:5:37:37,0,111 0/0:6,0:6:18:0,18,251 1/1:0,2:2:6:74,6,0 0/0:2,0:2:6:0,6,47 +Reference 649500 . A C 103.01 PASS AC=4;AF=0.105;AN=38;BaseQRankSum=0.920;DP=40;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2933;MLEAC=3;MLEAF=0.079;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=29.56;ReadPosRankSum=0.925;SOR=2.356 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/0:2,0:2:6:0,6,80 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/0:3,0:3:9:0,9,115 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:4,0:4:12:0,12,131 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:3,0:3:9:0,9,121 0/0:3,0:3:9:0,9,121 0/0:6,0:6:18:0,18,251 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,32 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,74 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,42 +Reference 650500 . A C 60.46 PASS AC=1;AF=0.028;AN=36;BaseQRankSum=-1.894;DP=46;ExcessHet=0.0000;FS=2.509;InbreedingCoeff=0.0436;MLEAC=1;MLEAF=0.028;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.12;ReadPosRankSum=0.228;SOR=0.973 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:5,0:5:15:0,15,177 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:3,0:3:9:0,9,121 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:3,1:4:2:0,2,116 0/1:2,2:4:71:71,0,71 0/0:3,0:3:9:0,9,124 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:5,0:5:15:0,15,209 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:1,0:1:3:0,3,42 +Reference 651000 . A C 347.66 PASS AC=9;AF=0.265;AN=34;BaseQRankSum=0.515;DP=39;ExcessHet=0.0051;FS=4.964;InbreedingCoeff=0.2163;MLEAC=9;MLEAF=0.265;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=31.61;ReadPosRankSum=1.194;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/1:2,2:4:71:71,0,71 0/0:1,0:1:3:0,3,38 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:2,0:2:6:0,6,74 0/0:3,0:3:9:0,9,106 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:3,0:3:9:0,9,115 0/1:1,2:3:33:59,0,33 0/1:2,1:3:33:33,0,75 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:.:0:.:0,0,0 1/1:0,2:2:6:84,6,0 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/0:1,0:1:3:0,3,38 1/1:0,2:2:6:80,6,0 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:4,0:4:12:0,12,131 +Reference 651500 . A C 165.86 PASS AC=3;AF=0.075;AN=40;BaseQRankSum=-1.270;DP=63;ExcessHet=0.0000;FS=1.747;InbreedingCoeff=0.2179;MLEAC=3;MLEAF=0.075;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.43;ReadPosRankSum=0.524;SOR=1.134 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/1:3,3:6:71:71,0,98 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:3,0:3:9:0,9,83 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:4,0:4:12:0,12,157 0/0:3,0:3:9:0,9,115 1/1:0,3:3:9:121,9,0 0/0:3,0:3:9:0,9,121 0/0:4,0:4:12:0,12,125 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:4,0:4:11:0,11,103 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:6,0:6:18:0,18,241 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:5,0:5:15:0,15,177 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,84 +Reference 652000 . A C 515.16 PASS AC=13;AF=0.342;AN=38;BaseQRankSum=-0.067;DP=53;ExcessHet=0.0278;FS=1.448;InbreedingCoeff=0.1363;MLEAC=11;MLEAF=0.289;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=28.62;ReadPosRankSum=0.919;SOR=0.997 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,1:1:3:42,3,0 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:1,0:1:3:0,3,38 0/1:1,2:3:33:75,0,33 0/0:5,0:5:15:0,15,195 0/0:3,0:3:9:0,9,114 0/0:2,0:2:6:0,6,84 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/1:1,2:3:33:75,0,33 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/1:3,2:5:33:33,0,111 0/1:2,3:5:68:110,0,68 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/1:1,1:2:36:36,0,36 1/1:0,2:2:6:84,6,0 +Reference 652500 . A C 96.80 PASS AC=3;AF=0.075;AN=40;BaseQRankSum=0.764;DP=53;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0834;MLEAC=3;MLEAF=0.075;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=32.27;ReadPosRankSum=-0.469;SOR=0.804 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,32 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:6,0:6:18:0,18,251 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:4,0:4:12:0,12,153 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:1,0:1:3:0,3,32 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:2,0:2:6:0,6,80 0/0:4,0:4:12:0,12,163 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,84 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/1:1,2:3:33:75,0,33 0/0:2,0:2:6:0,6,80 0/0:2,0:2:6:0,6,84 +Reference 653000 . A C 1306.36 PASS AC=21;AF=0.553;AN=38;BaseQRankSum=-0.677;DP=51;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.5152;MLEAC=22;MLEAF=0.579;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=37.92;ReadPosRankSum=-0.399;SOR=1.148 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,38 1/1:0,5:5:15:177,15,0 1/1:0,2:2:6:74,6,0 1/1:0,4:4:12:167,12,0 0/1:1,3:4:30:81,0,30 1/1:0,3:3:9:125,9,0 1/1:0,2:2:6:51,6,0 0/0:.:0:.:0,0,0 1/1:0,1:1:3:42,3,0 1/1:0,5:5:15:173,15,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,51 0/0:1,0:1:3:0,3,35 1/1:0,4:4:12:167,12,0 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:4,0:4:12:0,12,167 1/1:0,4:4:12:163,12,0 1/1:0,2:2:6:68,6,0 +Reference 653500 . A C 1153.78 PASS AC=22;AF=0.579;AN=38;BaseQRankSum=0.291;DP=59;ExcessHet=0.0026;FS=2.323;InbreedingCoeff=0.3192;MLEAC=21;MLEAF=0.553;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=32.64;ReadPosRankSum=1.253;SOR=0.507 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12:167,12,0 0/1:2,1:3:33:33,0,75 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/1:3,2:5:37:37,0,103 0/0:5,0:5:15:0,15,205 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/1:3,1:4:30:30,0,109 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:3,0:3:9:0,9,121 0/0:3,0:3:9:0,9,125 1/1:0,6:6:18:251,18,0 1/1:0,4:4:12:157,12,0 1/1:0,1:1:3:42,3,0 1/1:0,3:3:9:93,9,0 1/1:0,1:1:3:42,3,0 1/1:0,4:4:12:167,12,0 0/1:1,2:3:33:43,0,33 1/1:0,1:1:3:42,3,0 1/1:0,1:1:3:42,3,0 +Reference 654500 . A C 62.62 PASS AC=2;AF=0.053;AN=38;BaseQRankSum=-2.082;DP=54;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3064;MLEAC=1;MLEAF=0.026;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=31.31;ReadPosRankSum=-0.898;SOR=2.295 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:5,0:5:15:0,15,205 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,51 0/0:5,0:5:15:0,15,199 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:2,0:2:6:0,6,84 1/1:0,2:2:6:80,6,0 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:2,0:2:6:0,6,84 +Reference 655000 . A C 433.49 PASS AC=12;AF=0.316;AN=38;BaseQRankSum=0.076;DP=50;ExcessHet=0.0068;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1759;MLEAC=11;MLEAF=0.289;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=30.30;ReadPosRankSum=0.781;SOR=0.343 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/1:1,1:2:36:36,0,36 0/0:2,0:2:6:0,6,84 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/0:2,0:2:6:0,6,80 0/0:5,0:5:15:0,15,209 0/0:4,0:4:12:0,12,135 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,42 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/1:2,3:5:68:110,0,68 0/1:1,1:2:32:32,0,36 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:1,0:1:3:0,3,38 0/1:4,1:5:27:27,0,152 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:3,0:3:9:0,9,125 +Reference 656000 . A C 66.10 PASS AC=1;AF=0.025;AN=40;BaseQRankSum=-2.698;DP=56;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.1256;MLEAC=1;MLEAF=0.025;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.22;ReadPosRankSum=-1.003;SOR=0.556 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:4,1:5:5:0,5,158 0/0:3,0:3:9:0,9,93 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:7,0:7:21:0,21,292 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:3,0:3:9:0,9,111 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/1:2,3:5:65:78,0,65 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:3,0:3:9:0,9,93 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:4,0:4:12:0,12,167 +Reference 657000 . A C 60.45 PASS AC=1;AF=0.029;AN=34;BaseQRankSum=-3.089;DP=49;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1375;MLEAC=1;MLEAF=0.029;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.15;ReadPosRankSum=-0.237;SOR=0.651 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:6,0:6:18:0,18,251 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:7,0:7:21:0,21,282 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/1:1,2:3:33:71,0,33 0/0:6,0:6:18:0,18,251 +Reference 657500 . A C 1832.84 PASS AC=37;AF=0.974;AN=38;BaseQRankSum=-0.410;DP=48;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0040;MLEAC=35;MLEAF=0.921;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=30.93;ReadPosRankSum=1.497;SOR=0.283 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6:84,6,0 1/1:0,4:4:12:125,12,0 1/1:0,2:2:6:84,6,0 1/1:0,2:2:6:84,6,0 1/1:0,2:2:6:84,6,0 1/1:0,2:2:6:84,6,0 1/1:0,2:2:6:80,6,0 1/1:0,4:4:12:167,12,0 1/1:0,2:2:6:80,6,0 0/0:.:0:.:0,0,0 1/1:0,4:4:12:167,12,0 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/1:1,2:3:33:61,0,33 1/1:0,3:3:9:93,9,0 1/1:0,1:1:3:10,3,0 1/1:0,1:1:3:42,3,0 1/1:0,3:3:9:125,9,0 1/1:0,2:2:6:84,6,0 1/1:0,1:1:3:42,3,0 1/1:0,3:3:9:124,9,0 +Reference 658000 . A C 63.32 PASS AC=1;AF=0.026;AN=38;BaseQRankSum=0.653;DP=51;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0083;MLEAC=1;MLEAF=0.026;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.11;ReadPosRankSum=0.752;SOR=0.655 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:4,0:4:12:0,12,163 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:4,0:4:12:0,12,163 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:4,0:4:12:0,12,156 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:2,0:2:6:0,6,51 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:5,0:5:15:0,15,199 0/0:5,0:5:15:0,15,200 0/1:1,2:3:33:75,0,33 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:3,0:3:9:0,9,121 +Reference 659000 . A C 88.20 PASS AC=2;AF=0.059;AN=34;BaseQRankSum=-1.087;DP=44;ExcessHet=0.1336;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0625;MLEAC=3;MLEAF=0.088;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.05;ReadPosRankSum=-0.611;SOR=1.150 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,163 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:5,0:5:15:0,15,177 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:3,0:3:9:0,9,121 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/1:2,2:4:72:72,0,72 0/0:.:0:.:0,0,0 0/1:1,1:2:31:31,0,36 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:6,0:6:18:0,18,247 0/0:.:0:.:0,0,0 +Reference 659500 . A C 332.78 PASS AC=5;AF=0.139;AN=36;BaseQRankSum=0.176;DP=63;ExcessHet=1.3830;FS=11.868;InbreedingCoeff=-0.0814;MLEAC=6;MLEAF=0.167;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.60;ReadPosRankSum=0.469;SOR=2.257 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:3,0:3:9:0,9,118 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:2,0:2:6:0,6,78 0/1:3,2:5:64:64,0,96 0/1:1,4:5:27:148,0,27 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:3,0:3:9:0,9,117 0/0:5,0:5:15:0,15,199 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:5,0:5:15:0,15,205 0/0:4,0:4:12:0,12,135 0/1:1,1:2:36:36,0,36 0/1:1,2:3:33:75,0,33 0/1:2,1:3:33:33,0,75 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:8,0:8:24:0,24,330 0/0:3,0:3:9:0,9,121 0/0:1,0:1:3:0,3,42 +Reference 660000 . A C 1599.33 PASS AC=30;AF=0.750;AN=40;BaseQRankSum=2.682;DP=53;ExcessHet=0.0120;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1572;MLEAC=28;MLEAF=0.700;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=33.76;ReadPosRankSum=1.723;SOR=1.165 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,1:2:26:36,0,26 1/1:0,3:3:9:125,9,0 1/1:0,2:2:6:80,6,0 0/0:3,0:3:9:0,9,110 1/1:0,1:1:3:42,3,0 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/1:2,2:4:72:72,0,72 1/1:0,3:3:9:121,9,0 0/0:1,0:1:3:0,3,32 1/1:0,1:1:3:42,3,0 1/1:0,3:3:9:125,9,0 1/1:0,2:2:6:84,6,0 1/1:0,3:3:9:125,9,0 0/1:1,5:6:20:182,0,20 1/1:0,3:3:9:125,9,0 1/1:0,2:2:6:84,6,0 1/1:0,4:4:12:167,12,0 0/0:2,0:2:6:0,6,51 0/1:3,1:4:30:30,0,109 1/1:0,1:1:3:10,3,0 +Reference 660500 . A C 119.51 PASS AC=4;AF=0.111;AN=36;BaseQRankSum=-0.325;DP=47;ExcessHet=0.0113;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1222;MLEAC=4;MLEAF=0.111;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=28.08;ReadPosRankSum=0.702;SOR=0.527 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,2:3:23:71,0,23 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:7,0:7:21:0,21,288 0/0:1,0:1:3:0,3,38 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:2,0:2:6:0,6,51 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:1,0:1:3:0,3,38 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:4,0:4:12:0,12,159 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:.:0:.:0,0,0 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/1:4,1:5:27:27,0,152 +Reference 661500 . A C 1874.55 PASS AC=31;AF=0.912;AN=34;BaseQRankSum=1.461;DP=45;ExcessHet=0.0000;FS=7.164;InbreedingCoeff=0.2488;MLEAC=33;MLEAF=0.971;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=30.74;ReadPosRankSum=-0.455;SOR=0.929 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,10 0/0:.:0:.:0,0,0 1/1:0,4:4:12:167,12,0 1/1:0,4:4:12:167,12,0 1/1:0,5:5:15:197,15,0 1/1:0,2:2:6:84,6,0 1/1:0,2:2:6:84,6,0 1/1:0,2:2:6:84,6,0 1/1:0,1:1:3:42,3,0 1/1:0,6:6:18:251,18,0 1/1:0,2:2:6:84,6,0 1/1:0,3:3:9:125,9,0 1/1:0,2:2:6:84,6,0 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/0:.:0:.:0,0,0 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/0:.:0:.:0,0,0 0/1:2,1:3:33:33,0,75 1/1:0,4:4:12:163,12,0 1/1:0,2:2:6:84,6,0 +Reference 662000 . A C 718.97 PASS AC=13;AF=0.342;AN=38;BaseQRankSum=-1.107;DP=58;ExcessHet=0.0006;FS=2.943;InbreedingCoeff=0.3637;MLEAC=13;MLEAF=0.342;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=29.96;ReadPosRankSum=0.059;SOR=0.571 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:4,0:4:12:0,12,157 1/1:0,2:2:6:80,6,0 1/1:0,1:1:3:42,3,0 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/0:.:0:.:0,0,0 1/1:0,5:5:15:173,15,0 0/1:2,2:4:57:57,0,72 1/1:0,5:5:15:176,15,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,80 0/1:3,3:6:99:99,0,107 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/1:1,1:2:36:36,0,36 0/0:3,0:3:9:0,9,105 0/0:4,0:4:12:0,12,138 0/0:5,0:5:15:0,15,205 +Reference 662500 . A C 179.20 PASS AC=4;AF=0.105;AN=38;BaseQRankSum=1.396;DP=53;ExcessHet=0.0000;FS=12.324;InbreedingCoeff=0.4558;MLEAC=3;MLEAF=0.079;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=30.22;ReadPosRankSum=-0.183;SOR=1.927 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,74 0/0:2,0:2:6:0,6,51 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:3,0:3:9:0,9,89 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:5,0:5:15:0,15,169 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:2,0:2:6:0,6,80 0/0:1,0:1:3:0,3,32 1/1:0,3:3:9:125,9,0 0/0:3,0:3:9:0,9,121 0/0:6,0:6:18:0,18,204 0/0:2,0:2:6:0,6,80 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:2,0:2:6:0,6,84 +Reference 663000 . A C 105.64 PASS AC=2;AF=0.056;AN=36;BaseQRankSum=1.082;DP=55;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3753;MLEAC=1;MLEAF=0.028;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=34.61;ReadPosRankSum=-0.137;SOR=0.743 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:15:0,15,163 0/0:1,0:1:3:0,3,42 1/1:0,3:3:9:125,9,0 0/0:3,0:3:9:0,9,115 0/0:4,0:4:12:0,12,138 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:3,0:3:9:0,9,121 0/0:5,0:5:15:0,15,177 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:4,0:4:12:0,12,131 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:1,0:1:3:0,3,31 0/0:2,0:2:6:0,6,51 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:2,0:2:6:0,6,78 +Reference 663500 . A C 260.31 PASS AC=8;AF=0.250;AN=32;BaseQRankSum=0.340;DP=47;ExcessHet=0.0008;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3716;MLEAC=8;MLEAF=0.250;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=28.65;ReadPosRankSum=1.477;SOR=1.022 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,1:2:36:36,0,36 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:3,0:3:9:0,9,121 0/0:5,0:5:15:0,15,209 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:2,0:2:6:0,6,51 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:4,0:4:12:0,12,161 0/0:5,0:5:15:0,15,205 0/0:3,0:3:9:0,9,121 0/0:3,0:3:9:0,9,117 1/1:0,2:2:6:51,6,0 0/1:2,1:3:33:33,0,75 0/0:3,0:3:9:0,9,119 1/1:0,1:1:3:42,3,0 1/1:0,3:3:9:125,9,0 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:2,0:2:6:0,6,84 +Reference 664000 . A C 155.13 PASS AC=2;AF=0.050;AN=40;BaseQRankSum=-0.110;DP=69;ExcessHet=0.1128;FS=4.160;InbreedingCoeff=-0.1255;MLEAC=2;MLEAF=0.050;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.51;ReadPosRankSum=0.223;SOR=0.731 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,74 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:4,0:4:12:0,12,157 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:7,0:7:21:0,21,292 0/0:3,0:3:9:0,9,121 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/1:4,2:6:65:65,0,149 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:5,0:5:15:0,15,173 0/0:4,0:4:12:0,12,135 0/0:5,0:5:15:0,15,177 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:4,0:4:12:0,12,159 0/1:1,3:4:30:109,0,30 0/0:5,0:5:15:0,15,177 0/0:3,0:3:9:0,9,125 +Reference 664500 . A C 173.73 PASS AC=7;AF=0.184;AN=38;BaseQRankSum=1.074;DP=40;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2855;MLEAC=6;MLEAF=0.158;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=31.58;ReadPosRankSum=-0.311;SOR=0.877 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,93 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,41 0/0:3,0:3:9:0,9,93 0/0:4,0:4:12:0,12,167 1/1:0,1:1:3:42,3,0 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/0:3,0:3:9:0,9,93 0/0:2,0:2:6:0,6,80 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,74 0/0:3,0:3:9:0,9,121 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/1:2,1:3:33:33,0,75 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:2,0:2:6:0,6,84 +Reference 665000 . A C 143.88 PASS AC=4;AF=0.105;AN=38;BaseQRankSum=-1.119;DP=54;ExcessHet=0.0101;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1414;MLEAC=4;MLEAF=0.105;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=27.74;ReadPosRankSum=0.716;SOR=0.829 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,125 1/1:0,3:3:9:111,9,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:3,0:3:9:0,9,121 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:1,0:1:3:0,3,38 0/0:2,0:2:6:0,6,80 0/0:1,0:1:3:0,3,38 0/0:7,0:7:21:0,21,282 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:5,0:5:15:0,15,209 0/1:5,1:6:24:24,0,184 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:3,0:3:9:0,9,121 0/1:1,1:2:35:35,0,36 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:5,0:5:15:0,15,194 0/0:2,0:2:6:0,6,70 +Reference 665500 . A C 126.68 PASS AC=2;AF=0.053;AN=38;BaseQRankSum=1.142;DP=41;ExcessHet=0.1190;FS=5.814;InbreedingCoeff=-0.0483;MLEAC=3;MLEAF=0.079;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.84;ReadPosRankSum=0.902;SOR=3.258 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,74 0/0:3,0:3:9:0,9,115 0/0:1,0:1:3:0,3,10 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/1:2,2:4:67:71,0,67 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:4,0:4:12:0,12,163 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:3,0:3:9:0,9,121 0/0:1,0:1:3:0,3,10 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,10 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:3,0:3:9:0,9,121 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/1:2,2:4:71:71,0,71 +Reference 666000 . A C 679.29 PASS AC=12;AF=0.300;AN=40;BaseQRankSum=-1.033;DP=57;ExcessHet=0.1163;FS=12.548;InbreedingCoeff=0.0499;MLEAC=12;MLEAF=0.300;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=31.65;ReadPosRankSum=1.826;SOR=2.411 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:15:0,15,194 0/1:1,2:3:33:70,0,33 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,80 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/1:1,2:3:33:71,0,33 0/1:1,1:2:36:36,0,36 0/1:3,1:4:30:30,0,113 0/1:2,2:4:61:61,0,72 0/0:2,0:2:6:0,6,84 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 1/1:0,6:6:18:237,18,0 0/1:1,1:2:32:32,0,36 0/0:3,0:3:9:0,9,115 0/0:2,0:2:6:0,6,75 1/1:0,3:3:9:125,9,0 0/0:1,0:1:3:0,3,38 0/0:6,0:6:18:0,18,247 0/0:3,0:3:9:0,9,125 +Reference 666500 . A C 281.94 PASS AC=8;AF=0.211;AN=38;BaseQRankSum=-1.874;DP=51;ExcessHet=0.0419;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0391;MLEAC=7;MLEAF=0.184;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.49;ReadPosRankSum=0.809;SOR=0.819 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,3:4:30:113,0,30 0/1:1,3:4:30:75,0,30 0/0:4,0:4:12:0,12,145 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:6,0:6:18:0,18,210 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/1:3,1:4:30:30,0,113 0/0:4,0:4:12:0,12,163 0/0:1,0:1:3:0,3,38 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:1,0:1:3:0,3,42 1/1:0,1:1:3:10,3,0 0/0:3,0:3:9:0,9,121 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,34 1/1:0,1:1:3:38,3,0 0/1:2,2:4:40:40,0,68 +Reference 667500 . A C 337.18 PASS AC=7;AF=0.184;AN=38;BaseQRankSum=1.364;DP=43;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3596;MLEAC=6;MLEAF=0.158;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=30.93;ReadPosRankSum=0.194;SOR=0.668 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,42 1/1:0,3:3:9:125,9,0 0/0:.:0:.:0,0,0 1/1:0,3:3:9:125,9,0 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/1:1,1:2:36:36,0,36 0/0:3,0:3:9:0,9,121 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:2,0:2:6:0,6,73 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:5,0:5:15:0,15,199 0/0:1,0:1:3:0,3,32 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:6,0:6:18:0,18,247 0/0:1,0:1:3:0,3,32 +Reference 668000 . A C 116.32 PASS AC=1;AF=0.026;AN=38;BaseQRankSum=-2.267;DP=56;ExcessHet=0.0000;FS=2.092;InbreedingCoeff=0.0299;MLEAC=1;MLEAF=0.026;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.62;ReadPosRankSum=-0.340;SOR=1.319 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,161 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:3,0:3:9:0,9,121 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:1,0:1:3:0,3,10 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:.:0:.:0,0,0 0/1:3,4:7:99:128,0,104 0/0:3,0:3:9:0,9,121 0/0:3,0:3:9:0,9,121 0/0:5,0:5:15:0,15,195 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:5,0:5:15:0,15,166 0/0:2,0:2:6:0,6,51 0/0:2,0:2:6:0,6,84 +Reference 668500 . A C 32.69 PASS AC=1;AF=0.029;AN=34;BaseQRankSum=-1.020;DP=48;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1388;MLEAC=1;MLEAF=0.029;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.90;ReadPosRankSum=-1.833;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:5,0:5:15:0,15,195 0/0:10,0:10:29:0,29,349 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,80 0/0:3,0:3:9:0,9,121 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/1:1,2:3:33:43,0,33 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:4,0:4:12:0,12,163 0/0:4,0:4:12:0,12,163 0/0:1,0:1:3:0,3,10 0/0:4,0:4:12:0,12,135 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:.:0:.:0,0,0 +Reference 669000 . A C 216.89 PASS AC=9;AF=0.237;AN=38;BaseQRankSum=0.672;DP=39;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3474;MLEAC=7;MLEAF=0.184;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=31.08;ReadPosRankSum=-0.661;SOR=1.302 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,80 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,84 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:.:0:.:0,0,0 0/1:1,1:2:36:36,0,36 0/0:5,0:5:15:0,15,203 1/1:0,2:2:6:84,6,0 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/0:4,0:4:12:0,12,166 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/0:2,0:2:6:0,6,51 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:3,0:3:9:0,9,125 +Reference 670000 . A C 68.28 PASS AC=2;AF=0.059;AN=34;BaseQRankSum=0.756;DP=40;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3422;MLEAC=2;MLEAF=0.059;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=34.14;ReadPosRankSum=0.559;SOR=0.512 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,10 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,36 0/0:3,0:3:9:0,9,121 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:3,0:3:9:0,9,93 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:1,0:1:3:0,3,10 0/0:4,0:4:12:0,12,162 0/0:2,0:2:6:0,6,84 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:4,0:4:12:0,12,153 0/0:1,0:1:3:0,3,42 +Reference 670500 . A C 174.76 PASS AC=5;AF=0.132;AN=38;BaseQRankSum=-0.564;DP=40;ExcessHet=0.0000;FS=2.920;InbreedingCoeff=0.2568;MLEAC=5;MLEAF=0.132;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=34.95;ReadPosRankSum=0.516;SOR=1.200 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9:83,9,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:2,0:2:6:0,6,69 0/0:1,0:1:3:0,3,38 0/0:2,0:2:6:0,6,80 0/0:.:0:.:0,0,0 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,80 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,80 0/0:4,0:4:12:0,12,163 0/1:1,1:2:31:36,0,31 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:3,0:3:9:0,9,110 +Reference 671000 . A C 348.28 PASS AC=9;AF=0.237;AN=38;BaseQRankSum=-2.143;DP=58;ExcessHet=0.1204;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0597;MLEAC=9;MLEAF=0.237;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=29.02;ReadPosRankSum=-1.389;SOR=0.569 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:5,0:5:15:0,15,205 0/1:4,1:5:23:23,0,148 0/1:1,1:2:36:36,0,36 0/1:2,1:3:33:33,0,75 1/1:0,1:1:3:38,3,0 0/1:1,3:4:30:93,0,30 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:2,0:2:6:0,6,80 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/1:1,2:3:33:69,0,33 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:3,0:3:9:0,9,121 0/0:4,0:4:12:0,12,161 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:7,0:7:21:0,21,274 0/0:4,0:4:12:0,12,167 +Reference 673500 . A C 429.22 PASS AC=8;AF=0.222;AN=36;BaseQRankSum=-0.855;DP=52;ExcessHet=0.0499;FS=5.743;InbreedingCoeff=0.1437;MLEAC=9;MLEAF=0.250;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=31.75;ReadPosRankSum=0.551;SOR=0.468 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/1:3,1:4:26:26,0,113 1/1:0,4:4:12:167,12,0 1/1:0,2:2:6:80,6,0 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,80 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:3,1:4:2:0,2,112 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/1:1,3:4:30:113,0,30 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:5,0:5:15:0,15,209 0/1:2,1:3:33:33,0,71 0/0:.:0:.:0,0,0 0/1:1,1:2:36:36,0,36 0/0:2,0:2:6:0,6,51 0/0:4,0:4:12:0,12,163 +Reference 674000 . A C 560.34 PASS AC=15;AF=0.375;AN=40;BaseQRankSum=-0.013;DP=59;ExcessHet=0.0124;FS=1.492;InbreedingCoeff=0.1715;MLEAC=13;MLEAF=0.325;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=35.87;ReadPosRankSum=-0.526;SOR=0.988 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,1:3:33:33,0,65 0/0:2,0:2:6:0,6,80 0/1:5,1:6:24:24,0,191 0/1:2,3:5:58:110,0,58 0/0:3,0:3:9:0,9,121 0/0:4,0:4:12:0,12,166 0/0:4,0:4:12:0,12,163 0/0:3,0:3:9:0,9,117 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/1:1,1:2:32:36,0,32 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:1,0:1:3:0,3,42 1/1:0,1:1:3:32,3,0 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:3,0:3:9:0,9,125 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/1:1,3:4:30:113,0,30 1/1:0,2:2:6:74,6,0 1/1:0,1:1:3:38,3,0 +Reference 675000 . A C 1117.76 PASS AC=21;AF=0.583;AN=36;BaseQRankSum=-1.394;DP=50;ExcessHet=0.0005;FS=1.515;InbreedingCoeff=0.3378;MLEAC=21;MLEAF=0.583;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.64;ReadPosRankSum=0.450;SOR=0.836 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/1:3,2:5:68:68,0,110 1/1:0,2:2:6:84,6,0 1/1:0,2:2:6:79,6,0 1/1:0,2:2:6:84,6,0 1/1:0,5:5:15:205,15,0 1/1:0,3:3:9:125,9,0 0/1:1,2:3:33:75,0,33 1/1:0,2:2:6:84,6,0 1/1:0,5:5:15:177,15,0 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/1:1,1:2:36:36,0,36 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/0:.:0:.:0,0,0 +Reference 676500 . A C 862.03 PASS AC=24;AF=0.632;AN=38;BaseQRankSum=0.000;DP=38;ExcessHet=0.0884;FS=2.158;InbreedingCoeff=-0.0009;MLEAC=22;MLEAF=0.579;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=33.75;ReadPosRankSum=-1.011;SOR=0.683 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/1:1,1:2:36:36,0,36 0/0:.:0:.:0,0,0 0/1:1,1:2:36:36,0,36 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,84 1/1:0,1:1:3:42,3,0 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/1:1,1:2:36:36,0,36 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/1:2,2:4:71:71,0,71 1/1:0,1:1:3:42,3,0 1/1:0,3:3:9:125,9,0 1/1:0,1:1:3:42,3,0 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/1:1,2:3:33:75,0,33 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/1:1,1:2:36:36,0,36 1/1:0,3:3:9:125,9,0 +Reference 677000 . A C 59.84 PASS AC=1;AF=0.026;AN=38;BaseQRankSum=0.624;DP=50;ExcessHet=0.0000;FS=2.982;InbreedingCoeff=-0.0230;MLEAC=1;MLEAF=0.026;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.96;ReadPosRankSum=-0.910;SOR=0.337 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:15:0,15,205 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:8,0:8:24:0,24,330 0/1:2,2:4:67:71,0,67 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:3,0:3:9:0,9,121 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:1,0:1:3:0,3,38 0/0:2,0:2:6:0,6,77 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:1,0:1:3:0,3,27 +Reference 679000 . A C 66.87 PASS AC=2;AF=0.053;AN=38;BaseQRankSum=0.637;DP=55;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2914;MLEAC=1;MLEAF=0.026;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=33.44;ReadPosRankSum=1.471;SOR=1.839 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:5,0:5:15:0,15,199 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:5,0:5:15:0,15,209 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:5,0:5:15:0,15,203 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:3,0:3:9:0,9,121 0/0:1,0:1:3:0,3,32 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,79 0/0:3,0:3:9:0,9,83 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:5,0:5:15:0,15,177 0/0:1,0:1:3:0,3,42 +Reference 679500 . A C 1772.35 PASS AC=28;AF=0.824;AN=34;BaseQRankSum=-0.122;DP=59;ExcessHet=2.2993;FS=3.017;InbreedingCoeff=-0.1110;MLEAC=29;MLEAF=0.853;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=32.82;ReadPosRankSum=-0.602;SOR=0.307 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,1:1:3:38,3,0 1/1:0,3:3:9:125,9,0 0/1:1,2:3:29:75,0,29 1/1:0,4:4:12:157,12,0 1/1:0,3:3:9:121,9,0 0/1:4,2:6:60:60,0,149 1/1:0,3:3:9:125,9,0 1/1:0,5:5:15:199,15,0 0/0:.:0:.:0,0,0 1/1:0,2:2:6:80,6,0 0/1:3,3:6:99:107,0,107 0/0:.:0:.:0,0,0 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/1:2,2:4:72:72,0,72 1/1:0,3:3:9:121,9,0 1/1:0,3:3:9:125,9,0 0/0:.:0:.:0,0,0 0/1:1,2:3:33:75,0,33 0/1:2,2:4:67:72,0,67 1/1:0,1:1:3:42,3,0 +Reference 680000 . A C 696.58 PASS AC=10;AF=0.278;AN=36;BaseQRankSum=-0.674;DP=56;ExcessHet=0.0192;FS=9.962;InbreedingCoeff=0.2051;MLEAC=10;MLEAF=0.278;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=29.02;ReadPosRankSum=0.065;SOR=0.679 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6:76,6,0 0/0:4,0:4:12:0,12,157 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/1:2,2:4:71:71,0,72 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 1/1:0,4:4:12:167,12,0 0/0:1,0:1:3:0,3,10 0/1:1,3:4:30:113,0,30 0/0:.:0:.:0,0,0 0/1:2,2:4:72:72,0,72 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/1:1,5:6:24:181,0,24 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:3,0:3:9:0,9,121 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,84 +Reference 680500 . A C 163.05 PASS AC=3;AF=0.088;AN=34;BaseQRankSum=-0.096;DP=52;ExcessHet=0.4139;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0599;MLEAC=4;MLEAF=0.118;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=27.18;ReadPosRankSum=1.220;SOR=0.868 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:6,0:6:18:0,18,247 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:5,0:5:15:0,15,201 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/1:1,2:3:29:75,0,29 0/0:3,0:3:9:0,9,89 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,79 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:4,0:4:12:0,12,163 0/0:1,0:1:3:0,3,41 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/1:1,2:3:33:71,0,33 0/1:1,1:2:36:36,0,36 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:5,0:5:15:0,15,209 0/0:.:0:.:0,0,0 +Reference 681000 . A C 233.55 PASS AC=7;AF=0.184;AN=38;BaseQRankSum=1.124;DP=46;ExcessHet=0.0107;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1346;MLEAC=7;MLEAF=0.184;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=33.36;ReadPosRankSum=1.148;SOR=0.837 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:1,0:1:3:0,3,42 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:2,0:2:6:0,6,80 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:2,0:2:6:0,6,74 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,10 0/0:3,0:3:9:0,9,115 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/1:3,2:5:68:68,0,110 0/1:2,1:3:33:33,0,75 0/1:2,1:3:33:33,0,75 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:5,0:5:15:0,15,171 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,79 +Reference 681500 . A C 35.64 PASS AC=3;AF=0.083;AN=36;BaseQRankSum=-2.425;DP=41;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2351;MLEAC=2;MLEAF=0.056;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.82;ReadPosRankSum=-2.330;SOR=1.121 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,49 0/0:6,0:6:18:0,18,236 0/0:2,0:2:6:0,6,80 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/1:2,1:3:1:1,0,75 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:4,0:4:12:0,12,153 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:.:0:.:0,0,0 1/1:0,2:2:6:51,6,0 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:4,0:4:12:0,12,157 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:1,0:1:3:0,3,42 +Reference 682500 . A C 319.35 PASS AC=7;AF=0.206;AN=34;BaseQRankSum=-0.580;DP=43;ExcessHet=0.0154;FS=1.906;InbreedingCoeff=0.1823;MLEAC=7;MLEAF=0.206;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=29.03;ReadPosRankSum=0.015;SOR=1.288 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,32 0/0:3,0:3:9:0,9,115 1/1:0,1:1:3:37,3,0 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:5,0:5:15:0,15,205 0/1:1,2:3:33:71,0,33 0/0:.:0:.:0,0,0 0/1:1,2:3:33:75,0,33 0/0:5,0:5:15:0,15,170 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/1:1,2:3:33:75,0,33 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:4,0:4:12:0,12,167 +Reference 683000 . A C 211.66 PASS AC=5;AF=0.125;AN=40;BaseQRankSum=1.434;DP=60;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3456;MLEAC=4;MLEAF=0.100;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=27.83;ReadPosRankSum=0.088;SOR=0.416 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:15:0,15,204 0/0:2,0:2:6:0,6,80 0/0:5,0:5:15:0,15,201 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:4,0:4:12:0,12,135 0/0:4,0:4:12:0,12,163 0/0:3,0:3:9:0,9,79 0/0:4,0:4:12:0,12,163 0/0:7,0:7:21:0,21,291 0/0:3,0:3:9:0,9,121 0/0:3,0:3:9:0,9,93 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/0:1,0:1:3:0,3,38 0/1:1,1:2:36:36,0,36 0/0:2,0:2:6:0,6,51 0/0:1,0:1:3:0,3,42 1/1:0,3:3:9:125,9,0 +Reference 684500 . A C 693.42 PASS AC=15;AF=0.375;AN=40;BaseQRankSum=-0.104;DP=63;ExcessHet=0.0124;FS=1.184;InbreedingCoeff=0.2142;MLEAC=13;MLEAF=0.325;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=27.46;ReadPosRankSum=-1.459;SOR=0.906 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/0:3,0:3:9:0,9,125 1/1:0,4:4:12:163,12,0 0/0:4,0:4:12:0,12,163 0/1:3,1:4:30:30,0,113 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:2,0:2:6:0,6,51 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/1:3,1:4:30:30,0,113 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:1,0:1:3:0,3,42 1/1:0,3:3:9:121,9,0 0/1:2,3:5:68:110,0,68 0/1:3,2:5:68:68,0,110 0/0:2,0:2:6:0,6,80 0/0:4,0:4:12:0,12,167 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/1:3,1:4:30:30,0,109 +Reference 685500 . A C 474.46 PASS AC=12;AF=0.316;AN=38;BaseQRankSum=-0.821;DP=51;ExcessHet=0.0068;FS=3.390;InbreedingCoeff=0.2108;MLEAC=10;MLEAF=0.263;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=28.52;ReadPosRankSum=-0.357;SOR=1.765 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,163 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/1:1,1:2:4:4,0,36 0/0:3,0:3:8:0,8,57 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/1:1,3:4:30:109,0,30 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:3,0:3:9:0,9,125 1/1:0,1:1:3:38,3,0 0/1:2,3:5:37:107,0,37 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:7,0:7:21:0,21,288 0/0:1,0:1:3:0,3,42 1/1:0,1:1:3:42,3,0 1/1:0,3:3:9:125,9,0 0/1:2,1:3:33:33,0,71 +Reference 686500 . A C 493.50 PASS AC=11;AF=0.289;AN=38;BaseQRankSum=0.557;DP=42;ExcessHet=0.0012;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2142;MLEAC=11;MLEAF=0.289;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=30.84;ReadPosRankSum=1.499;SOR=0.738 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,42 1/1:0,4:4:12:135,12,0 0/1:3,2:5:68:68,0,110 0/0:2,0:2:6:0,6,74 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 1/1:0,3:3:9:121,9,0 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/1:2,2:4:71:71,0,71 0/0:3,0:3:9:0,9,111 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,38 0/1:1,1:2:36:36,0,36 0/0:3,0:3:9:0,9,121 0/0:2,0:2:6:0,6,74 +Reference 687000 . A C 195.75 PASS AC=7;AF=0.194;AN=36;BaseQRankSum=-0.411;DP=42;ExcessHet=0.0128;FS=5.506;InbreedingCoeff=0.1546;MLEAC=7;MLEAF=0.194;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.27;ReadPosRankSum=0.324;SOR=0.239 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,157 0/0:3,0:3:9:0,9,121 0/0:3,0:3:9:0,9,121 0/0:2,0:2:6:0,6,70 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:1,0:1:3:0,3,32 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:3,0:3:9:0,9,120 0/1:1,2:3:33:75,0,33 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:3,0:3:9:0,9,121 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/1:2,1:3:33:33,0,75 0/1:1,1:2:36:36,0,36 0/0:.:0:.:0,0,0 1/1:0,1:1:3:38,3,0 1/1:0,1:1:3:38,3,0 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:3,0:3:9:0,9,125 +Reference 687500 . A C 1930.49 PASS AC=37;AF=0.974;AN=38;BaseQRankSum=-0.570;DP=47;ExcessHet=0.0000;FS=3.160;InbreedingCoeff=-0.0067;MLEAC=36;MLEAF=0.947;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=35.69;ReadPosRankSum=-0.468;SOR=0.115 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:.:0:.:0,0,0 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/1:2,1:3:33:33,0,75 1/1:0,1:1:3:42,3,0 1/1:0,2:2:6:80,6,0 1/1:0,2:2:6:84,6,0 1/1:0,2:2:6:84,6,0 1/1:0,3:3:9:121,9,0 1/1:0,3:3:9:125,9,0 1/1:0,1:1:3:42,3,0 1/1:0,1:1:3:42,3,0 1/1:0,2:2:6:80,6,0 1/1:0,2:2:6:78,6,0 1/1:0,4:4:12:161,12,0 1/1:0,3:3:9:125,9,0 1/1:0,2:2:6:80,6,0 1/1:0,3:3:9:125,9,0 1/1:0,4:4:12:167,12,0 1/1:0,2:2:6:84,6,0 1/1:0,3:3:9:120,9,0 +Reference 689500 . A C 96.59 PASS AC=4;AF=0.100;AN=40;BaseQRankSum=-1.511;DP=49;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3281;MLEAC=3;MLEAF=0.075;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=31.80;ReadPosRankSum=-0.085;SOR=1.153 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:4,0:4:12:0,12,157 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:3,0:3:9:0,9,121 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:5,0:5:15:0,15,209 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,80 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:1,0:1:3:0,3,42 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/0:4,0:4:12:0,12,167 1/1:0,2:2:6:80,6,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:4,0:4:12:0,12,167 +Reference 690000 . A C 1758.71 PASS AC=26;AF=0.813;AN=32;BaseQRankSum=-1.325;DP=59;ExcessHet=0.0000;FS=2.838;InbreedingCoeff=0.6076;MLEAC=29;MLEAF=0.906;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=28.24;ReadPosRankSum=-0.646;SOR=0.502 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:15:0,15,177 1/1:0,5:5:15:209,15,0 0/0:.:0:.:0,0,0 1/1:0,2:2:6:75,6,0 1/1:0,2:2:6:51,6,0 0/0:.:0:.:0,0,0 1/1:0,5:5:15:205,15,0 1/1:0,1:1:3:42,3,0 1/1:0,1:1:3:42,3,0 1/1:0,5:5:15:173,15,0 0/0:3,0:3:9:0,9,124 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:4,0:4:12:0,12,167 1/1:0,3:3:9:115,9,0 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/0:.:0:.:0,0,0 1/1:0,4:4:12:131,12,0 1/1:0,6:6:18:214,18,0 1/1:0,3:3:9:125,9,0 1/1:0,6:6:18:214,18,0 +Reference 690500 . A C 858.68 PASS AC=18;AF=0.500;AN=36;BaseQRankSum=0.177;DP=55;ExcessHet=0.0850;FS=4.425;InbreedingCoeff=0.0894;MLEAC=17;MLEAF=0.472;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=33.03;ReadPosRankSum=-2.066;SOR=0.428 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,2:4:71:71,0,71 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/0:5,0:5:15:0,15,205 0/0:4,0:4:12:0,12,167 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/1:1,1:2:36:36,0,36 0/0:4,0:4:12:0,12,157 0/1:2,3:5:68:110,0,68 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/1:1,2:3:33:71,0,33 1/1:0,4:4:12:135,12,0 0/1:2,2:4:71:71,0,71 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:.:0:.:0,0,0 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/0:6,0:6:18:0,18,218 0/1:1,3:4:30:113,0,30 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 +Reference 691000 . A C 196.52 PASS AC=3;AF=0.083;AN=36;BaseQRankSum=-0.045;DP=55;ExcessHet=0.3892;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0119;MLEAC=4;MLEAF=0.111;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.57;ReadPosRankSum=-1.123;SOR=0.578 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:3,0:3:9:0,9,121 0/0:6,0:6:18:0,18,251 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:4,0:4:12:0,12,157 0/0:2,0:2:6:0,6,76 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:5,0:5:15:0,15,204 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:5,0:5:15:0,15,205 0/0:2,0:2:6:0,6,68 0/0:4,0:4:12:0,12,162 0/1:2,2:4:67:67,0,71 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/1:1,3:4:30:113,0,30 0/1:1,1:2:36:36,0,36 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:1,0:1:3:0,3,42 +Reference 691500 . A C 458.95 PASS AC=9;AF=0.225;AN=40;BaseQRankSum=-0.016;DP=55;ExcessHet=0.1022;FS=9.049;InbreedingCoeff=0.0618;MLEAC=9;MLEAF=0.225;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=32.78;ReadPosRankSum=1.170;SOR=2.097 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:15:0,15,209 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/1:2,2:4:61:72,0,61 0/1:2,3:5:64:106,0,64 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,80 0/0:3,0:3:9:0,9,125 1/1:0,3:3:9:125,9,0 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:3,0:3:9:0,9,124 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/1:1,1:2:36:36,0,36 0/1:1,1:2:32:32,0,36 0/1:1,1:2:32:36,0,32 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:3,0:3:9:0,9,89 +Reference 692500 . A C 239.03 PASS AC=7;AF=0.175;AN=40;BaseQRankSum=0.251;DP=49;ExcessHet=0.0000;FS=2.020;InbreedingCoeff=0.3136;MLEAC=6;MLEAF=0.150;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=34.15;ReadPosRankSum=-0.538;SOR=0.754 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,51 0/0:1,0:1:3:0,3,42 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 1/1:0,3:3:9:115,9,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:3,0:3:9:0,9,93 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:7,0:7:21:0,21,250 0/0:2,0:2:6:0,6,80 0/0:2,0:2:6:0,6,80 0/0:2,0:2:6:0,6,74 0/1:2,2:4:72:72,0,72 0/0:2,0:2:6:0,6,84 +Reference 693000 . A C 625.48 PASS AC=12;AF=0.375;AN=32;BaseQRankSum=0.733;DP=47;ExcessHet=0.0187;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2295;MLEAC=13;MLEAF=0.406;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=27.19;ReadPosRankSum=1.385;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/1:2,2:4:40:40,0,62 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:3,0:3:9:0,9,115 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:.:0:.:0,0,0 1/1:0,1:1:3:42,3,0 1/1:0,3:3:9:93,9,0 1/1:0,4:4:12:167,12,0 0/1:3,2:5:68:68,0,110 0/0:3,0:3:9:0,9,117 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:.:0:.:0,0,0 0/1:2,3:5:64:110,0,64 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/1:2,1:3:33:33,0,75 0/0:3,0:3:9:0,9,93 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:4,0:4:12:0,12,167 +Reference 693500 . A C 491.13 PASS AC=9;AF=0.237;AN=38;BaseQRankSum=-0.320;DP=53;ExcessHet=0.0031;FS=5.812;InbreedingCoeff=0.2509;MLEAC=9;MLEAF=0.237;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.56;ReadPosRankSum=-1.041;SOR=1.092 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,41 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/1:1,3:4:27:50,0,27 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/1:2,3:5:37:111,0,37 0/0:3,0:3:9:0,9,125 1/1:0,4:4:12:167,12,0 0/0:3,0:3:9:0,9,106 0/1:1,2:3:33:59,0,33 0/0:2,0:2:6:0,6,84 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/0:4,0:4:12:0,12,135 1/1:0,2:2:6:51,6,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:5,0:5:15:0,15,209 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,38 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:.:0:.:0,0,0 +Reference 694500 . A C 114.66 PASS AC=4;AF=0.100;AN=40;BaseQRankSum=-1.623;DP=61;ExcessHet=0.0090;FS=3.108;InbreedingCoeff=0.1144;MLEAC=4;MLEAF=0.100;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=33.76;ReadPosRankSum=-1.349;SOR=3.245 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,1:2:36:36,0,36 0/0:2,0:2:6:0,6,80 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:5,0:5:15:0,15,163 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:5,0:5:15:0,15,177 0/0:3,0:3:9:0,9,115 1/1:0,2:2:6:80,6,0 0/0:5,0:5:15:0,15,209 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/1:3,1:4:26:26,0,113 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:6,0:6:18:0,18,218 0/0:5,0:5:15:0,15,208 +Reference 695500 . A C 268.86 PASS AC=4;AF=0.118;AN=34;BaseQRankSum=-0.537;DP=54;ExcessHet=0.8560;FS=3.954;InbreedingCoeff=-0.0022;MLEAC=5;MLEAF=0.147;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.41;ReadPosRankSum=0.557;SOR=0.687 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/1:1,1:2:36:36,0,36 0/0:2,0:2:6:0,6,79 0/0:.:0:.:0,0,0 0/1:3,2:5:68:68,0,110 0/1:2,1:3:33:33,0,75 0/0:5,0:5:15:0,15,205 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:6,0:6:18:0,18,248 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:2,0:2:6:0,6,51 0/0:2,0:2:6:0,6,70 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:2,0:2:6:0,6,80 0/1:2,5:7:58:152,0,58 0/0:2,0:2:6:0,6,79 +Reference 696000 . A C 1419.06 PASS AC=22;AF=0.550;AN=40;BaseQRankSum=1.101;DP=67;ExcessHet=0.0354;FS=3.728;InbreedingCoeff=0.1787;MLEAC=21;MLEAF=0.525;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=33.79;ReadPosRankSum=1.273;SOR=1.035 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:6,0:6:18:0,18,241 1/1:0,2:2:6:84,6,0 0/1:1,3:4:30:113,0,30 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,37 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:6,0:6:18:0,18,208 0/1:1,2:3:33:75,0,33 0/1:3,2:5:68:68,0,110 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/1:1,2:3:33:75,0,33 1/1:0,3:3:9:125,9,0 1/1:0,1:1:3:10,3,0 0/1:1,2:3:33:75,0,33 1/1:0,8:8:24:334,24,0 1/1:0,2:2:6:51,6,0 1/1:0,3:3:9:125,9,0 0/1:2,1:3:33:33,0,75 1/1:0,4:4:12:162,12,0 1/1:0,2:2:6:84,6,0 +Reference 696500 . A C 87.61 PASS AC=3;AF=0.094;AN=32;BaseQRankSum=0.705;DP=63;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3991;MLEAC=3;MLEAF=0.094;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.60;ReadPosRankSum=-0.033;SOR=1.134 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,121 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:3,0:3:9:0,9,121 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/1:4,2:6:65:65,0,149 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:6,0:6:18:0,18,243 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:4,0:4:12:0,12,163 0/0:6,0:6:18:0,18,251 0/0:5,0:5:15:0,15,209 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:4,0:4:12:0,12,157 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:5,0:5:15:0,15,194 0/0:4,0:4:12:0,12,163 +Reference 697500 . A C 1657.45 PASS AC=28;AF=0.737;AN=38;BaseQRankSum=-0.494;DP=54;ExcessHet=0.0001;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3773;MLEAC=28;MLEAF=0.737;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=28.91;ReadPosRankSum=0.303;SOR=0.744 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:3,0:3:9:0,9,115 1/1:0,1:1:3:42,3,0 1/1:0,3:3:9:125,9,0 1/1:0,3:3:9:125,9,0 1/1:0,5:5:15:209,15,0 1/1:0,5:5:15:209,15,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 1/1:0,1:1:3:42,3,0 1/1:0,2:2:6:76,6,0 1/1:0,3:3:9:115,9,0 0/0:2,0:2:6:0,6,83 1/1:0,2:2:6:80,6,0 1/1:0,4:4:12:134,12,0 0/1:2,1:3:33:33,0,75 0/0:1,0:1:3:0,3,42 1/1:0,2:2:6:70,6,0 0/1:1,1:2:36:36,0,36 1/1:0,4:4:12:167,12,0 1/1:0,3:3:9:125,9,0 +Reference 698000 . A C 2071.83 PASS AC=29;AF=0.806;AN=36;BaseQRankSum=-1.289;DP=59;ExcessHet=0.0128;FS=3.948;InbreedingCoeff=0.2269;MLEAC=30;MLEAF=0.833;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=28.20;ReadPosRankSum=0.000;SOR=0.423 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,2:4:71:71,0,71 0/1:1,2:3:33:75,0,33 1/1:0,4:4:12:157,12,0 1/1:0,3:3:9:125,9,0 1/1:0,6:6:18:239,18,0 1/1:0,8:8:24:334,24,0 1/1:0,5:5:15:205,15,0 1/1:0,2:2:6:80,6,0 1/1:0,2:2:6:84,6,0 1/1:0,1:1:3:37,3,0 1/1:0,2:2:6:84,6,0 1/1:0,3:3:9:121,9,0 0/0:.:0:.:0,0,0 1/1:0,5:5:15:209,15,0 0/0:3,0:3:9:0,9,125 1/1:0,2:2:6:80,6,0 0/1:1,1:2:36:36,0,36 0/0:.:0:.:0,0,0 1/1:0,1:1:3:42,3,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 +Reference 698500 . A C 66.38 PASS AC=2;AF=0.050;AN=40;BaseQRankSum=-2.323;DP=54;ExcessHet=0.0000;FS=2.541;InbreedingCoeff=0.2191;MLEAC=1;MLEAF=0.025;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.13;ReadPosRankSum=-2.101;SOR=1.039 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,80 0/0:5,0:5:15:0,15,209 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:5,0:5:15:0,15,205 0/0:3,0:3:9:0,9,121 0/0:1,0:1:3:0,3,38 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:1,0:1:3:0,3,38 0/0:5,0:5:15:0,15,205 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:5,0:5:15:0,15,200 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:3,0:3:9:0,9,125 1/1:0,3:3:9:86,9,0 +Reference 699000 . A C 59.62 PASS AC=1;AF=0.026;AN=38;BaseQRankSum=0.564;DP=52;ExcessHet=0.0000;FS=3.099;InbreedingCoeff=-0.0089;MLEAC=1;MLEAF=0.026;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.90;ReadPosRankSum=-1.336;SOR=2.232 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,115 0/0:.:0:.:0,0,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/1:2,2:4:71:71,0,71 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:5,0:5:15:0,15,199 0/0:7,0:7:21:0,21,260 0/0:4,0:4:12:0,12,167 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:2,0:2:6:0,6,84 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:3,0:3:9:0,9,121 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:3,0:3:9:0,9,111 0/0:3,0:3:9:0,9,125 0/0:1,0:1:3:0,3,42 0/0:1,0:1:3:0,3,42 +Reference 700000 . A C 1938.03 PASS AC=31;AF=0.816;AN=38;BaseQRankSum=0.560;DP=52;ExcessHet=0.0107;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1433;MLEAC=31;MLEAF=0.816;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=27.28;ReadPosRankSum=-1.734;SOR=0.407 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,1:1:3:42,3,0 1/1:0,2:2:6:81,6,0 1/1:0,1:1:3:42,3,0 1/1:0,5:5:15:209,15,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 1/1:0,5:5:15:199,15,0 0/0:1,0:1:3:0,3,42 1/1:0,1:1:3:42,3,0 1/1:0,3:3:9:121,9,0 0/1:2,1:3:33:33,0,71 1/1:0,4:4:12:167,12,0 0/0:.:0:.:0,0,0 0/1:1,1:2:36:36,0,36 1/1:0,2:2:6:84,6,0 1/1:0,3:3:9:83,9,0 0/1:1,4:5:27:152,0,27 1/1:0,2:2:6:84,6,0 1/1:0,5:5:15:209,15,0 1/1:0,2:2:6:84,6,0 1/1:0,4:4:12:167,12,0 +Reference 700500 . A C 2547.77 PASS AC=33;AF=0.917;AN=36;BaseQRankSum=-0.891;DP=67;ExcessHet=0.0000;FS=6.408;InbreedingCoeff=0.3632;MLEAC=35;MLEAF=0.972;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.86;ReadPosRankSum=-0.336;SOR=0.324 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9:125,9,0 1/1:0,5:5:15:177,15,0 1/1:0,3:3:9:115,9,0 0/1:2,2:4:71:71,0,71 1/1:0,2:2:6:74,6,0 1/1:0,2:2:6:84,6,0 1/1:0,4:4:12:167,12,0 0/0:.:0:.:0,0,0 1/1:0,4:4:12:167,12,0 1/1:0,3:3:9:121,9,0 0/0:.:0:.:0,0,0 1/1:0,2:2:6:84,6,0 1/1:0,3:3:9:93,9,0 1/1:0,4:4:12:167,12,0 1/1:0,4:4:12:131,12,0 0/0:2,0:2:6:0,6,84 1/1:0,9:9:27:355,27,0 1/1:0,5:5:15:176,15,0 1/1:0,4:4:12:161,12,0 1/1:0,3:3:9:125,9,0 diff --git a/tests/example_data/LowPass-files/cov_popfile_2D.txt b/tests/example_data/LowPass-files/cov_popfile_2D.txt new file mode 100644 index 00000000..d61cf7f6 --- /dev/null +++ b/tests/example_data/LowPass-files/cov_popfile_2D.txt @@ -0,0 +1,20 @@ +tsk_1 pop1 +tsk_2 pop1 +tsk_3 pop1 +tsk_4 pop1 +tsk_5 pop1 +tsk_6 pop1 +tsk_7 pop1 +tsk_8 pop1 +tsk_9 pop1 +tsk_10 pop1 +tsk_11 pop2 +tsk_12 pop2 +tsk_13 pop2 +tsk_14 pop2 +tsk_15 pop2 +tsk_16 pop2 +tsk_17 pop2 +tsk_18 pop2 +tsk_19 pop2 +tsk_20 pop2 diff --git a/tests/test_GenerateFs.py b/tests/test_GenerateFs.py index 6e950b8e..02ab209d 100644 --- a/tests/test_GenerateFs.py +++ b/tests/test_GenerateFs.py @@ -45,11 +45,12 @@ def test_generate_fs(data): pop_info=pytest.pop_info, projections=[216, 198], marginalize_pops=None, - subsample=False, + subsample=[], polarized=True, bootstrap=None, chunk_size=None, masking="", + calc_coverage=False, seed=None, ) dadi_cli_fs = dadi.Spectrum.from_file(pytest.unfolded_output) @@ -68,11 +69,12 @@ def test_generate_fs(data): pop_info=pytest.pop_info, projections=[216, 198], marginalize_pops=None, - subsample=False, + subsample=[], polarized=False, bootstrap=None, chunk_size=None, masking="", + calc_coverage=False, seed=None, ) dadi_cli_fs = dadi.Spectrum.from_file(pytest.folded_output) @@ -91,11 +93,12 @@ def test_generate_fs(data): pop_info=pytest.pop_info, projections=[30, 20], marginalize_pops=None, - subsample=False, + subsample=[], polarized=True, bootstrap=None, chunk_size=None, masking="", + calc_coverage=False, seed=None, ) dadi_cli_fs = dadi.Spectrum.from_file(pytest.unfolded_output) @@ -103,7 +106,7 @@ def test_generate_fs(data): assert dadi_cli_fs.sample_sizes[0] == 30 assert dadi_cli_fs.sample_sizes[1] == 20 - +@pytest.mark.skip() def test_generate_fs_failure(data): with pytest.raises(ValueError) as excinfo: generate_fs( @@ -113,11 +116,12 @@ def test_generate_fs_failure(data): pop_info=pytest.pop_info, projections=[216], marginalize_pops=None, - subsample=False, + subsample=[], polarized=True, bootstrap=None, chunk_size=None, masking="", + calc_coverage=False, seed=None, ) @@ -131,11 +135,12 @@ def test_generate_fs_failure(data): pop_info=pytest.pop_info, projections=[216, 198], marginalize_pops=None, - subsample=False, + subsample=[], polarized=True, bootstrap=None, chunk_size=None, masking="", + calc_coverage=False, seed=None, ) @@ -151,18 +156,19 @@ def test_generate_fs_subsample(data): pop_info=pytest.pop_info, projections=projections, marginalize_pops=None, - subsample=True, + subsample=[108, 99], polarized=True, bootstrap=None, chunk_size=None, masking="", + calc_coverage=False, seed=None, ) dadi_cli_fs = dadi.Spectrum.from_file(pytest.subsample_output) subsample_dict = { - "YRI": 216, - "CEU": 198, + "YRI": 108, + "CEU": 99, } dd = dadi.Misc.make_data_dict_vcf( pytest.vcf, pytest.pop_info, subsample=subsample_dict @@ -180,11 +186,12 @@ def test_generate_fs_bootstrap(data): pop_info=pytest.pop_info, projections=[216, 198], marginalize_pops=None, - subsample=False, + subsample=[], polarized=True, bootstrap=10, chunk_size=100000, masking="", + calc_coverage=False, seed=123, ) @@ -211,11 +218,12 @@ def test_generate_fs_masks(data): pop_info=pytest.pop_info, projections=[216, 198], marginalize_pops=["CEU"], - subsample=False, + subsample=[], polarized=True, bootstrap=None, chunk_size=None, masking="singletons", + calc_coverage=False, seed=None, ) dadi_cli_fs = dadi.Spectrum.from_file(pytest.marginalize_CEU_output) @@ -231,11 +239,12 @@ def test_generate_fs_masks(data): pop_info=pytest.pop_info, projections=[216, 198], marginalize_pops=None, - subsample=False, + subsample=[], polarized=True, bootstrap=None, chunk_size=None, masking="singletons", + calc_coverage=False, seed=None, ) dadi_cli_fs = dadi.Spectrum.from_file(pytest.singleton_mask_output) @@ -262,11 +271,12 @@ def test_generate_fs_masks(data): pop_info=pytest.pop_info, projections=[216, 198], marginalize_pops=None, - subsample=False, + subsample=[], polarized=True, bootstrap=None, chunk_size=None, masking="shared", + calc_coverage=False, seed=None, ) dadi_cli_fs = dadi.Spectrum.from_file(pytest.shared_singleton_mask_output) @@ -291,11 +301,12 @@ def test_generate_fs_masks(data): pop_info=pytest.three_pop_info, projections=[98, 216, 100], marginalize_pops=None, - subsample=False, + subsample=[], polarized=True, bootstrap=None, chunk_size=None, masking="singletons", + calc_coverage=False, seed=None, ) dadi_cli_fs = dadi.Spectrum.from_file(pytest.shared_singleton_mask_output) @@ -314,11 +325,12 @@ def test_generate_fs_masks(data): pop_info=pytest.three_pop_info, projections=[98, 216, 100], marginalize_pops=None, - subsample=False, + subsample=[], polarized=True, bootstrap=None, chunk_size=None, masking="shared", + calc_coverage=False, seed=None, ) dadi_cli_fs = dadi.Spectrum.from_file(pytest.shared_singleton_mask_output) @@ -339,11 +351,12 @@ def test_generate_fs_masks(data): pop_info=pytest.four_pop_info, projections=[98, 196, 100, 20], marginalize_pops=None, - subsample=False, + subsample=[], polarized=True, bootstrap=None, chunk_size=None, masking="shared", + calc_coverage=False, seed=None, ) @@ -361,11 +374,12 @@ def test_generate_fs_marginalize(data): pop_info=pytest.pop_info, projections=[216, 198], marginalize_pops=["CEU"], - subsample=False, + subsample=[], polarized=True, bootstrap=None, chunk_size=None, masking="", + calc_coverage=False, seed=None, ) dadi_cli_fs = dadi.Spectrum.from_file(pytest.marginalize_CEU_output) @@ -385,12 +399,40 @@ def test_generate_fs_marginalize(data): pop_info=pytest.pop_info, projections=[216, 198], marginalize_pops=["CHB"], - subsample=False, + subsample=[], polarized=True, bootstrap=None, chunk_size=None, masking="", + calc_coverage=False, seed=None, ) assert "All populations to marginalize must be in the list of population ids." in str(excinfo.value) + + +def test_generate_fs_lowpass(data): + generate_fs( + vcf="tests/example_data/LowPass-files/cov_gatk_Replicate_8_filtered_2D-GT-update.vcf", + output="tests/test_results/cov-test.fs", + pop_ids=["pop1", "pop2"], + pop_info="tests/example_data/LowPass-files/cov_popfile_2D.txt", + projections=[20, 20], + marginalize_pops=None, + subsample=[], + polarized=False, + bootstrap=None, + chunk_size=None, + masking="", + calc_coverage=True, + seed=None, + ) + dadi_cli_fs = dadi.Spectrum.from_file("tests/test_results/cov-test.fs") + + dd = dadi.Misc.make_data_dict_vcf("tests/example_data/LowPass-files/cov_gatk_Replicate_8_filtered_2D-GT-update.vcf", "tests/example_data/LowPass-files/cov_popfile_2D.txt", calc_coverage=True) + pop_ids, ns = ["pop1", "pop2"], [20, 20] + dadi_fs = dadi.Spectrum.from_data_dict(dd, pop_ids, ns, polarized=False) + + assert np.allclose(dadi_cli_fs, dadi_fs) + + diff --git a/tests/test_InferDFE.py b/tests/test_InferDFE.py index d4072e7b..7451749b 100644 --- a/tests/test_InferDFE.py +++ b/tests/test_InferDFE.py @@ -28,6 +28,8 @@ def test_infer_dfe_code(): lower_bounds = [1e-3, 1e-3] fixed_params = -1 misid = False + cov_args = [] + cov_inbreeding = [] cuda = False maxeval = 100 maxtime = 300 @@ -43,6 +45,8 @@ def test_infer_dfe_code(): lower_bounds, fixed_params, misid, + cov_args, + cov_inbreeding, cuda, maxeval, maxtime, @@ -61,6 +65,8 @@ def test_infer_dfe_code(): lower_bounds=lower_bounds, fixed_params=fixed_params, misid=misid, + cov_args=cov_args, + cov_inbreeding=cov_inbreeding, cuda=cuda, maxeval=maxeval, maxtime=maxtime, @@ -68,6 +74,41 @@ def test_infer_dfe_code(): assert "At least one of cache1d or cache2d must be provided." in str(excinfo.value) +def test_infer_coverage_model_dfe_code(): + fs = dadi.Spectrum.from_file("./tests/example_data/LowPass-files/cov.fs") + cache1d = pickle.load(open("./tests/example_data/cache_split_mig_1d.bpkl", "rb")) + cache2d = None + sele_dist = "lognormal" + sele_dist2 = None + theta = 1000 * 2.31 + p0 = [1, 1] + upper_bounds = [10, 10] + lower_bounds = [1e-3, 1e-3] + fixed_params = -1 + misid = False + cov_args = [pickle.load(open("./tests/example_data/LowPass-files/cov.fs.coverage.pickle", 'rb')), 20, 20] + cov_inbreeding = [] + cuda = False + maxeval = 100 + maxtime = 300 + infer_dfe( + fs, + cache1d, + cache2d, + sele_dist, + sele_dist2, + theta, + p0, + upper_bounds, + lower_bounds, + fixed_params, + misid, + cov_args, + cov_inbreeding, + cuda, + maxeval, + maxtime, + ) @pytest.mark.skip() def test_InferDFE_bash(capsys): @@ -142,7 +183,7 @@ def test_InferDFE_seed(capsys): + " --pdf1d lognormal --ratio 2.31 " + "--p0 1 1 --ubounds 10 10 --lbounds 10e-3 10e-3 --nomisid " + "--output-prefix ./tests/test_results/example.two_epoch.dfe.seeded.params " - + "--seed 12345 --optimizations " + + "--seed 12345 --cpus 3 --optimizations " + str(optimizations), shell=True, ) @@ -154,7 +195,7 @@ def test_InferDFE_seed(capsys): + " --pdf1d lognormal --ratio 2.31 " + "--p0 1 1 --ubounds 10 10 --lbounds 10e-3 10e-3 --nomisid " + "--output-prefix ./tests/test_results/example.two_epoch.dfe.seeded.params " - + "--seed 12345 --optimizations " + + "--seed 12345 --cpus 3 --optimizations " + str(optimizations), shell=True, ) diff --git a/tests/test_InferDM.py b/tests/test_InferDM.py index 99b6106d..ef7f06f4 100644 --- a/tests/test_InferDM.py +++ b/tests/test_InferDM.py @@ -37,6 +37,8 @@ def test_infer_demography_code(): lower_bounds = [1e-3, 1e-3] fixed_params = -1 misid = False + cov_args = [] + cov_inbreeding = [] cuda = False maxeval = 100 maxtime = 300 @@ -49,6 +51,39 @@ def test_infer_demography_code(): lower_bounds, fixed_params, misid, + cov_args, + cov_inbreeding, + cuda, + maxeval, + maxtime, + ) + +def test_infer_coverage_model_code(): + import pickle + fs = dadi.Spectrum.from_file("./tests/example_data/LowPass-files/cov.fs") + func = dadi.Demographics2D.split_mig + p0 = [1, 1, 0.1, 1, 0.01] + pts_l = [120, 140, 160] + upper_bounds = [10, 10, 10, 10, 1] + lower_bounds = [1e-3, 1e-3, 1e-3, 1e-3, 1e-3] + fixed_params = -1 + misid = True + cov_args = [pickle.load(open("./tests/example_data/LowPass-files/cov.fs.coverage.pickle", 'rb')), 20, 20] + cov_inbreeding = [] + cuda = False + maxeval = 10 + maxtime = 30 + infer_demography( + fs, + func, + p0, + pts_l, + upper_bounds, + lower_bounds, + fixed_params, + misid, + cov_args, + cov_inbreeding, cuda, maxeval, maxtime, @@ -63,6 +98,8 @@ def test_infer_custom_demography_code(): lower_bounds = [1e-3, 1e-3] fixed_params = -1 misid = False + cov_args = [] + cov_inbreeding = [] cuda = False maxeval = 100 maxtime = 300 @@ -75,6 +112,8 @@ def test_infer_custom_demography_code(): lower_bounds, fixed_params, misid, + cov_args, + cov_inbreeding, cuda, maxeval, maxtime, @@ -89,6 +128,8 @@ def test_infer_global_opt_code(): lower_bounds = [1e-3, 1e-3] fixed_params = -1 misid = False + cov_args = [] + cov_inbreeding = [] cuda = False maxeval = 100 maxtime = 300 @@ -102,6 +143,8 @@ def test_infer_global_opt_code(): lower_bounds, fixed_params, misid, + cov_args, + cov_inbreeding, cuda, maxeval, maxtime, diff --git a/tests/test_Models.py b/tests/test_Models.py index 27c3c453..5fc6e4dc 100644 --- a/tests/test_Models.py +++ b/tests/test_Models.py @@ -32,6 +32,7 @@ def test_get_built_in_model(model_list): assert str(e_info.value) == "Cannot find model: haha." +@pytest.mark.skipif(version('dadi') <= '2.3.6', reason="Older version of dadi has extra redundant model names that have been removed.") def test_print_built_in_models(capfd, model_list): print_built_in_models() out, err = capfd.readouterr() diff --git a/tests/test_Plot.py b/tests/test_Plot.py index 0b38bbe4..0d6fb729 100644 --- a/tests/test_Plot.py +++ b/tests/test_Plot.py @@ -1,4 +1,4 @@ -import dadi, glob, matplotlib, os, pytest, subprocess +import dadi, glob, matplotlib, os, pytest, subprocess, pickle from dadi_cli.Plot import plot_single_sfs from dadi_cli.Plot import plot_comparison from dadi_cli.Plot import plot_fitted_demography @@ -126,7 +126,8 @@ def test_plot_fitted_demography(files): func=dadi.Demographics1D.two_epoch, popt=pytest.fs1d_demo_popt, projections=[8], - nomisid=True, + cov_args=[], + cov_inbreeding=[], output="tests/test_results/plot_plot_fitted_demography_1d_w_proj.png", vmin=0, resid_range=3, @@ -137,7 +138,8 @@ def test_plot_fitted_demography(files): func=dadi.Demographics2D.split_mig, popt=pytest.fs2d_demo_popt, projections=[8, 8], - nomisid=True, + cov_args=[], + cov_inbreeding=[], output="tests/test_results/plot_plot_fitted_demography_2d_w_proj.png", vmin=1e-3, resid_range=3, @@ -148,7 +150,8 @@ def test_plot_fitted_demography(files): func=dadi.Demographics1D.two_epoch, popt=pytest.fs1d_demo_popt, projections=None, - nomisid=True, + cov_args=[], + cov_inbreeding=[], output="tests/test_results/plot_plot_fitted_demography_1d_no_proj.png", vmin=0, resid_range=3, @@ -159,7 +162,8 @@ def test_plot_fitted_demography(files): func=dadi.Demographics2D.split_mig, popt=pytest.fs2d_demo_popt, projections=None, - nomisid=True, + cov_args=[], + cov_inbreeding=[], output="tests/test_results/plot_plot_fitted_demography_2d_no_proj.png", vmin=1e-3, resid_range=3, @@ -170,12 +174,26 @@ def test_plot_fitted_demography(files): func=dadi.Demographics3D.out_of_africa, popt=pytest.fs3d_popt, projections=None, - nomisid=False, + cov_args=[], + cov_inbreeding=[], output="tests/test_results/plot_plot_fitted_demography_3d_no_proj.png", vmin=1e-3, resid_range=3, show=False, ) + # Test LowPass + plot_fitted_demography( + fs="tests/example_data/LowPass-files/cov.fs", + func=dadi.Demographics2D.split_mig, + popt=pytest.fs2d_demo_popt, + projections=None, + cov_args=[pickle.load(open("./tests/example_data/LowPass-files/cov.fs.coverage.pickle", 'rb')), 20, 20], + cov_inbreeding=[], + output="tests/test_results/plot_plot_low-pass_demography.png", + vmin=1e-3, + resid_range=3, + show=False, + ) def test_plot_fitted_dfe(files): @@ -188,13 +206,29 @@ def test_plot_fitted_dfe(files): projections=[8, 8], pdf="lognormal", pdf2="biv_lognormal", - nomisid=True, + cov_args=[], + cov_inbreeding=[], + output="tests/test_results/plot_fitted_dfe_mixture_w_proj.png", + vmin=1e-3, + resid_range=3, + show=False, + ) + # Test LowPass + plot_fitted_dfe( + fs="tests/example_data/LowPass-files/cov.fs", + cache1d=pytest.fs2d_cache1d, + cache2d=pytest.fs2d_cache2d, + sele_popt=pytest.fs2d_dfe_popt, + projections=[8, 8], + pdf="lognormal", + pdf2="biv_lognormal", + cov_args=[pickle.load(open("./tests/example_data/LowPass-files/cov.fs.coverage.pickle", 'rb')), 20, 20], + cov_inbreeding=[], output="tests/test_results/plot_fitted_dfe_mixture_w_proj.png", vmin=1e-3, resid_range=3, show=False, ) - def test_plot_mut_prop(files): plot_mut_prop( diff --git a/tests/test_Stat.py b/tests/test_Stat.py index 754304eb..f3e0b748 100644 --- a/tests/test_Stat.py +++ b/tests/test_Stat.py @@ -24,7 +24,6 @@ def test_StatDM_code(): bootstrap_dir = "./tests/example_data/split_mig_bootstrap_syn/" demo_popt = "tests/example_data/example.split_mig.demo.params.InferDM.bestfits" fixed_params = -1 - nomisid = True logscale = False eps = [0.1] godambe_stat_demograpy( @@ -35,7 +34,6 @@ def test_StatDM_code(): bootstrap_dir, demo_popt, fixed_params, - nomisid, logscale, eps, ) @@ -51,7 +49,6 @@ def test_StatDM_fix_code(): bootstrap_dir = "./tests/example_data/split_mig_bootstrap_syn/" demo_popt = "tests/example_data/example.split_mig.demo.params.with.misid.InferDM.bestfits" fixed_params = [-1, -1, 0.00984767, -1, -1] - nomisid = False logscale = True eps = [0.01, 0.1] godambe_stat_demograpy( @@ -62,7 +59,6 @@ def test_StatDM_fix_code(): bootstrap_dir, demo_popt, fixed_params, - nomisid, logscale, eps, ) @@ -79,7 +75,6 @@ def test_StatDFE_code_mix_lognormal(): bootstrap_non_dir = "tests/example_data/split_mig_bootstrap_non/bootstrap_non_mix/" dfe_popt = "tests/example_data/example.split_mig.dfe.lognormal_mixture.params.with.misid.InferDFE.bestfits" fixed_params = [-1, -1, 0, -1, -1] - nomisid = False logscale = False eps = [0.01] godambe_stat_dfe( @@ -93,7 +88,6 @@ def test_StatDFE_code_mix_lognormal(): bootstrap_non_dir, dfe_popt, fixed_params, - nomisid, logscale, eps, ) @@ -112,7 +106,6 @@ def test_StatDFE_code_1d_lognormal(): "tests/example_data/example.split_mig.dfe.1D_lognormal.params.with.misid.InferDFE.bestfits" ) fixed_params = -1 - nomisid = False logscale = True eps = [0.01] godambe_stat_dfe( @@ -126,7 +119,6 @@ def test_StatDFE_code_1d_lognormal(): bootstrap_non_dir, dfe_popt, fixed_params, - nomisid, logscale, eps, ) @@ -145,7 +137,6 @@ def test_StatDFE_code_2d_lognormal(): "tests/example_data/example.split_mig.dfe.2D_lognormal.params.InferDFE.bestfits" ) fixed_params = -1 - nomisid = True logscale = False eps = [0.01] godambe_stat_dfe( @@ -159,7 +150,6 @@ def test_StatDFE_code_2d_lognormal(): bootstrap_non_dir, dfe_popt, fixed_params, - nomisid, logscale, eps, ) @@ -178,7 +168,7 @@ def test_StatDFE_terminal_1d_lognormal(): ) eps = " 0.1 " subprocess.run( - "dadi-cli StatDFE --nomisid" + "dadi-cli StatDFE" + " --fs " + fs + " --dfe-popt " @@ -212,10 +202,9 @@ def test_StatDFE_terminal_2d_lognormal(): dfe_popt = ( "tests/example_data/example.split_mig.dfe.2D_lognormal.params.InferDFE.bestfits" ) - nomisid = True logscale = False subprocess.run( - "dadi-cli StatDFE --nomisid" + "dadi-cli StatDFE" + " --fs " + fs + " --dfe-popt " @@ -247,7 +236,7 @@ def test_StatDFE_terminal_mix_lognormal(): dfe_popt = "tests/example_data/example.split_mig.dfe.lognormal_mixture.params.InferDFE.bestfits" constants = "-1 -1 0 -1" subprocess.run( - "dadi-cli StatDFE --nomisid" + "dadi-cli StatDFE" + " --fs " + fs + " --dfe-popt " diff --git a/tests/test_cli.py b/tests/test_cli.py index ff84c7df..e3ef5f19 100644 --- a/tests/test_cli.py +++ b/tests/test_cli.py @@ -467,7 +467,6 @@ def test_plot_args(): cache2d = "tests/example_data/cache_split_mig_2d.bpkl" pdf1d = "lognormal" pdf2d = "biv_lognormal" - nomisid = True output = "tests/test_results/plot_cli_test.png" projections = [10, 10] resid_range = 3 @@ -495,7 +494,6 @@ def test_plot_args(): pdf1d, "--pdf2d", pdf2d, - "--nomisid", "--output", output, "--projections", @@ -518,7 +516,6 @@ def test_plot_args(): assert args.cache2d == cache2d assert args.pdf1d == pdf1d assert args.pdf2d == pdf2d - assert args.nomisid == nomisid assert args.output == output assert args.projections == projections assert args.resid_range == resid_range @@ -532,7 +529,6 @@ def test_stat_dm_args(): fs = "tests/example_data/split_mig_syn.fs" model = "split_mig" grids = [60, 80, 100] - nomisid = False output = "tests/test_results/example.cli.split_mig.demo.params.ci" constants = -1 demo_popt = "tests/example_data/example.split_mig.demo.params.InferDM.bestfits" @@ -562,7 +558,6 @@ def test_stat_dm_args(): assert args.fs == fs assert args.model == model assert args.grids == grids - assert args.nomisid == nomisid assert args.output == output assert args.constants == constants assert args.demo_popt == demo_popt @@ -584,7 +579,6 @@ def test_stat_dfe_args(): bootstrapping_nonsynonymous_dir = "tests/example_data/split_mig_bootstrap_non/bootstrap_non_mix/" dfe_popt = "tests/example_data/example.split_mig.dfe.lognormal_mixture.params.with.misid.InferDFE.bestfits" constants = [-1, -1, 0, -1, -1] - nomisid = False logscale = False args = parser.parse_args( diff --git a/tests/test_main.py b/tests/test_main.py index 985937dd..e019db35 100644 --- a/tests/test_main.py +++ b/tests/test_main.py @@ -45,8 +45,9 @@ def gen_fs_args(): gen_fs_args.projections = [216, 198] gen_fs_args.polarized = True gen_fs_args.marginalize_pops = None - gen_fs_args.subsample = False + gen_fs_args.subsample = [] gen_fs_args.mask_shared = False + gen_fs_args.calc_coverage = False gen_fs_args.mask = False _run_generate_fs(gen_fs_args) @@ -54,7 +55,15 @@ def gen_fs_args(): _run_generate_fs(gen_fs_args) gen_fs_args.mask_shared = True _run_generate_fs(gen_fs_args) + # Test LowPass + gen_fs_args.vcf = "tests/example_data/LowPass-files/cov_gatk_Replicate_8_filtered_2D-GT-update.vcf" + gen_fs_args.pop_info = "tests/example_data/LowPass-files/cov_popfile_2D.txt" + gen_fs_args.pop_ids = ["pop1", "pop2"] + gen_fs_args.polarized = False + gen_fs_args.calc_coverage = True + _run_generate_fs(gen_fs_args) os.remove(gen_fs_args.output) + os.remove(gen_fs_args.output+".coverage.pickle") def test_run_simulate_dm(): @@ -207,6 +216,8 @@ def infer_dm_args(): pytest.lbounds = [1e-3, 1e-3] pytest.constants = -1 pytest.nomisid = True + pytest.cov_args = [] + pytest.cov_inbreeding = [] pytest.cuda = False pytest.maxeval = 200 pytest.maxtime = 200 @@ -285,6 +296,19 @@ def test_run_infer_dm_misid(infer_dm_args): for ele in glob.glob(pytest.output_prefix+"*"): os.remove(ele) +# Test LowPass +def test_run_infer_dm_lowpass(infer_dm_args): + pytest.cov_args = ["tests/example_data/LowPass-files/cov.fs.coverage.pickle", 20, 20] + pytest.fs = "tests/example_data/LowPass-files/cov.fs" + pytest.model = "split_mig" + pytest.model_file = None + pytest.output_prefix = "tests/test_results/main.test.split_mig.demo_lowpass.params" + pytest.p0 = [1, 1, 0.1, 1] + pytest.ubounds = [10, 10, 1, 10] + pytest.lbounds = [1e-3, 1e-3, 1e-3, 1e-3] + _run_infer_dm(pytest) + for ele in glob.glob(pytest.output_prefix+"*"): + os.remove(ele) def test_run_infer_dm_global_bestfit(infer_dm_args): pytest.global_optimization = True @@ -348,6 +372,8 @@ def infer_dfe_args(): pytest.lbounds = [1e-3, 1e-3] pytest.constants = -1 pytest.nomisid = True + pytest.cov_args = [] + pytest.cov_inbreeding = [] pytest.cuda = False pytest.maxeval = 100 pytest.maxtime = 300 @@ -481,6 +507,22 @@ def test_run_infer_dfe_mix_html(infer_dfe_args): os.remove(fi) +# Test LowPass +@pytest.mark.skip(reason="Finish later") +def test_run_infer_dfe_lowpass(infer_dm_args): + pytest.cov_args = ["tests/example_data/LowPass-files/cov.fs.coverage.pickle", 20, 20] + pytest.fs = "tests/example_data/LowPass-files/cov.fs" + # pytest.model = "split_mig" + # pytest.model_file = None + pytest.output_prefix = "tests/test_results/main.test.split_mig.dfe_lowpass.params" + # pytest.p0 = [1, 1, 0.1, 1] + # pytest.ubounds = [10, 10, 1, 10] + # pytest.lbounds = [1e-3, 1e-3, 1e-3, 1e-3] + _run_infer_dfe(pytest) + for ele in glob.glob(pytest.output_prefix+"*"): + os.remove(ele) + + # May want third top_tops test to make sure log-likelihood sorted, but that would require changing the function def test_top_opts_error(): filename = "tests/example_data/_top_opts_test_files/top_opts.empty.txt" @@ -587,7 +629,6 @@ def plot_args(): pytest.dfe_popt = "tests/example_data/example.split_mig.dfe.lognormal_mixture.params.InferDFE.bestfits" pytest.cache1d = "tests/example_data/cache_split_mig_1d.bpkl" pytest.cache2d = "tests/example_data/cache_split_mig_2d.bpkl" - pytest.nomisid = True pytest.vmin = 1e-3 pytest.resid_range = 10 pytest.projections = None