生信分析-TCGA数据库相关操作

[zemise]

一、前言

TGCA数据库为肿瘤基因组图谱计划，其收集整理了癌症相关的各种组学数据，包括基因组、转录组、表观遗传、蛋白组等各个组学，简单来说就是可以用于癌症研究参考数据库。截至目前，该数据库一共收录了33种癌症类型。

二、下载癌症数据

以某一癌症如肺腺癌LUAD为例，在其官方网址下载该癌症的所有数据。

1. 官网地址
2. Repository➡️Cases➡️选择Program里的TCGA，以及Project里的TCGA- LUAD➡️Files➡️勾选transcriptome profiling、Gene Expression Quantification、RNA-Seq、SRAT- Counts
3. Add All Files to Cart➡️右上角点击Cart➡️此时可见该癌症数据的大致信息和下载选项：

• 点击Clinical下载临床信息，
• 点击Metadata 下载样本信息
• 点击Cart 下载基因文件

三、todo

• TCGA data to expression boxplot