反转座子类型的着丝粒鉴定

[hcsun1]

您好，

谢谢您的软件，想请教您以下3个问题：
1、这个软件可以鉴定反转座子类型的着丝粒吗？
2、针对这种类型的基因组以您在着丝粒研究中的丰富经验，您有什么建议吗？
3、我自己根据Hi-C map大概确定着丝粒区域是否能得到审稿人认可呢？

谢谢您

[zhangrengang]

1-2、不知“反转座子类型的着丝粒”指的啥？一般着丝粒都含有反转座子？这个软件在序列上是根据tandem array来鉴定着丝粒的、不涉及转座子。 3、不知着丝粒区域用来干啥？大概确定的着丝粒区域只能做些大概的推论，比较精细的难以实现。 2024-08-05 11:05:51"jenny315" ***@***.***>写道： 您好， 谢谢您的软件，想请教您一下以下3个文件， 1、这个软件可以鉴定反转座子类型的着丝粒吗？ 2、针对这种类型的基因组以您在着丝粒研究中的丰富经验，您有什么建议吗？ 3、我自己根据Hi-C map大概确定着丝粒区域是否能得到审稿人认可呢？ 谢谢您 — Reply to this email directly, view it on GitHub, or unsubscribe. You are receiving this because you are subscribed to this thread.Message ID: ***@***.***>

[hcsun1]

因为我做的这个植物，已报道主要是由LTR组成，根据tandem array来鉴定着丝粒的区域的软件通常无法鉴定。 因为审稿人有提问鉴定的SV主要是位于基因组的centromeric or euchromatic?所以就想着鉴定一下基因组的着丝粒区域。 谢谢您 | | 飞宸~ | | ***@***.*** | ---- 回复的原邮件 ---- | 发件人 | ***@***.***> | | 发送日期 | 2024年8月5日 15:11 | | 收件人 | ***@***.***> | | 抄送人 | ***@***.***> , ***@***.***> | | 主题 | Re: [zhangrengang/Centromics] 反转座子类型的着丝粒鉴定 (Issue #22) | 1-2、不知“反转座子类型的着丝粒”指的啥？一般着丝粒都含有反转座子？这个软件在序列上是根据tandem array来鉴定着丝粒的、不涉及转座子。 3、不知着丝粒区域用来干啥？大概确定的着丝粒区域只能做些大概的推论，比较精细的难以实现。 2024-08-05 11:05:51"jenny315" ***@***.***>写道： 您好， 谢谢您的软件，想请教您一下以下3个文件， 1、这个软件可以鉴定反转座子类型的着丝粒吗？ 2、针对这种类型的基因组以您在着丝粒研究中的丰富经验，您有什么建议吗？ 3、我自己根据Hi-C map大概确定着丝粒区域是否能得到审稿人认可呢？ 谢谢您 — Reply to this email directly, view it on GitHub, or unsubscribe. You are receiving this because you are subscribed to this thread.Message ID: ***@***.***> — Reply to this email directly, view it on GitHub, or unsubscribe. You are receiving this because you authored the thread.Message ID: ***@***.***>