the software installed fail ,its show the

[Jiangjiangzhang6]

hello
it's show that the REPcluster module not install, but via the pip install its always fail

[zhangrengang]

It should be download via git clone --recurse-submodules https://github.com/zhangrengang/Centromics. It is a submodule of Centromics.

[Jiangjiangzhang6]

It should be download via git clone --recurse-submodules https://github.com/zhangrengang/Centromics. It is a submodule of Centromics.

thank you for replying , i just download the software via the github,not git, I will try it

[Jiangjiangzhang6]

I had tried ,its show error , I continue install the software ignore the information, but its also the same bug , lack of the 'REPcluster' module

[Jiangjiangzhang6]

我先直接吧这个东西下载下来试试

[Jiangjiangzhang6]

我先直接吧这个东西下载下来试试

I had found the link of the REPcluster, so i would try to download and put it in the dir of the centromere ,and then re-install .maybe it could be ok

[Jiangjiangzhang6]

[Jiangjiangzhang6]

您好，这个merge_nodups.hic 是生成的merged_nodups.txt 吗

[zhangrengang]

需转换格式：

java -jar 3d-dna/visualize/juicebox_tools.jar pre -n aligned/merged_nodups.txt merged_nodups.hic ref.fa.chrom.sizes

[Jiangjiangzhang6]

感谢您🙏🙏

…

---- 回复的原邮件 ---- | 发件人 | ***@***.***> | | 日期 | 2023年05月20日 20:36 | | 收件人 | ***@***.***> | | 抄送至 | ***@***.***>、State ***@***.***> | | 主题 | Re: [zhangrengang/Centromics] the software installed fail ,its show the (Issue #4) | 需转换格式： java -jar 3d-dna/visualize/juicebox_tools.jar pre -n aligned/merged_nodups.txt merged_nodups.hic ref.fa.chrom.sizes — Reply to this email directly, view it on GitHub, or unsubscribe. You are receiving this because you modified the open/close state.Message ID: ***@***.***>

[Jiangjiangzhang6]

包了一个节点3t内存，160个核心，但是还是显示java设定的内存不够，因为我看这也没办法直接能够设置centromics的选项。

[Jiangjiangzhang6]

[Jiangjiangzhang6]

这里面也没有相关关于内存的选项

[Jiangjiangzhang6]

或者我想的是找到那个jar的命令脚本一个一个加上去，没找到他们在哪

[Jiangjiangzhang6]

我搜索到一个这个我试试
set JAVA_OPTS=-Xms20g -Xmx60g

[Jiangjiangzhang6]

跑了几个还是解决不了，也设置了
export JAVA_OPTS="$JAVA_OPTS -Xms10g -Xmx10g -Xss1024m -XX:PermSize=12g -XX:MaxPermSize=20g"
查看还是报错

[Jiangjiangzhang6]

[Jiangjiangzhang6]

这种问题，您看应该如何解决

[zhangrengang]

你先拿出一句命令来测试。这个命令按说是不费内存的。

[Jiangjiangzhang6]

这个跑完了，您看没有报错

[Jiangjiangzhang6]

我方便加您个vx吗，有问题可以直接请教您

[zhangrengang]

ulimit -a看看是否可用资源受限？

[zhangrengang]

设置了多少线程？

[Jiangjiangzhang6]

感觉没有问题啊，您看

[Jiangjiangzhang6]

设置了多少线程？

没设置这个，默认的，在包的这个节点，有160个线程

[zhangrengang]

试试只设置1个或者几个？

[Jiangjiangzhang6]

我找到这个，然后centromics -h

我推测您这个软件是进行系统检测，然后默认最多的是硬件所能支持的最多，我现在设置了40个试试，刚跑起来，也不知道可否成功

[Jiangjiangzhang6]

我用了40个

[Jiangjiangzhang6]

这种情况，

[Jiangjiangzhang6]

还有个不是这边的问题，我用trf并没有鉴定到着丝粒，repeat unit 从100开始，然后比对回基因组没有明显的potential centromre，我看文献，着丝粒是属于crm这个gypsy类别中的有CR结构的元件是，然后用您 TEsorter对基因组整体进行鉴定，在用CRM比对回基因组感觉这个分别应该是潜在的centromre，我的问题是，

它是这种情况，有些染色体这个范围确定就比较大了，您有其他的什么办法可以精准的确定他的位置吗，物种重复序列80%，基因组740mb，组装的gap-free LAI 23 ，contig N50 78MB，基因组和protein的busco 分别是99.8%和96%。组装应该没问题。期待您的回答

[zhangrengang]

没有好法，有条件可以做个ChIP-Seq

[Jiangjiangzhang6]

没有好法，有条件可以做个ChIP-Seq

好的，感谢，那我就先做个chip看看结果，还有端粒也是，就很奇怪，只有在repeat unit 370bp在两端有。
再次感谢您

[zhangrengang]

哦对了，也可能着丝粒基序丰度较低或长度较短，-min_ratio可以调低看看。

[Jiangjiangzhang6]

哦对了，也可能着丝粒基序丰度较低或长度较短，-min_ratio可以调低看看。

您说用centromics这个软件吗，好的，我看看
还有端粒我用其他的软件鉴定只有几条染色体是T2T,怀疑是高度重复的基因组可能序列太相似，组装软件会出错

[Jiangjiangzhang6]

我找到这个，然后centromics -h 我推测您这个软件是进行系统检测，然后默认最多的是硬件所能支持的最多，我现在设置了40个试试，刚跑起来，也不知道可否成功

还是相同的报错，不知为何原因，核心40也不行

[zhangrengang]

试试1

[Jiangjiangzhang6]

感谢您，我已经跑出来了，端粒和我igv的结果一样

那我就把这个c关闭了