两套单倍型分配不平均

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张老师好！ 我组装了一个2倍体基因组, 因为做kmer分析的时候, 整个基因组的杂合度很高, 所以选择装出两套单倍型基因组，我想用subphaser来对这两套单倍型基因组进行分型, -f 参数默认是2，如果我使用-f 默认参数就显示ValueError: 0 kmer remained after filtering. Please reset the filter options. 后来我将-f参数设为1.6, 跑出来的结果发现染色体分配不平均, 一组为10条，一组为16条。这种情况应该怎样处理，能使得染色体平均分组？
我的代码: subphaser -i wzmt.fasta -c sp.config -disable_ltr -f 1.6 -pre sp_out > sp.log

sp_outk15_q200_f1.6.circos.pdf
sp_outk15_q200_f1.6.kmer.mat.pdf
sp_outk15_q200_f1.6.kmer_freq.pdf
sp_outk15_q200_f1.6.kmer_pca.pdf

[zhangrengang]

对于一个可以正常传代、正常重组的二倍体，即使杂合度很高，subphaser也不能分开。subphaser理论上只能分开异源的二倍体F1代（或F2？）。 2024-08-05 15:21:20"jenny315" ***@***.***>写道： 张老师好！ 我组装了一个2倍体基因组, 因为做kmer分析的时候, 整个基因组的杂合度很高, 所以选择装出两套单倍型基因组，我想用subphaser来对这两套单倍型基因组进行分型, -f 参数默认是2，如果我使用-f 默认参数就显示ValueError: 0 kmer remained after filtering. Please reset the filter options. 后来我将-f参数设为1.6, 跑出来的结果发现染色体分配不平均, 一组为10条，一组为16条。这种情况应该怎样处理，能使得染色体平均分组？ 我的代码: subphaser -i wzmt.fasta -c sp.config -disable_ltr -f 1.6 -pre sp_out > sp.log sp_outk15_q200_f1.6.circos.pdf sp_outk15_q200_f1.6.kmer.mat.pdf sp_outk15_q200_f1.6.kmer_freq.pdf sp_outk15_q200_f1.6.kmer_pca.pdf — Reply to this email directly, view it on GitHub, or unsubscribe. You are receiving this because you are subscribed to this thread.Message ID: ***@***.***>

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好的，谢谢老师！