- Agnès BARNABE
- Hassene BENYEDDER
- Nicolas POULAIN
- Martin DAVY
Notre projet avait pour but de rendre le projet docking du M1 reproductible.
Nous avons donc utilisé le système de Workflow Snakemake. Le programmme ainsi développé a été installé dans une machine virtuelle dédiée à python
(PS pour plus d'information cf Snakemake-VM.pdf
)
Dans ce git vous ne trouverez que le code qui concerne la partie snakemake
## Utilisation de snakemake pour faire du docking
Il faut dans un premier temps installer les programmes suivants:
- pypy3
- snakemake
./+-----------Python/+---------confs_withH/ -> Conformations du ligand à tester
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| +---------Lig_natif.pdb -> Conformation du ligand natif
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| +---------Rec_natif.pdb -> Conformation du recepteur natif
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+-----------snakemake/+------fonctions/ -> Module contenants les fonctions
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| +------clean.sh -> Supprime les outputs du snakefile
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| +------cornell.py -> fonction qui calcul le score de cornell
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| +------hydrophobic.py-> fonction qui calcul le score d'hydrophobicité
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| +------rulegraph.png -> image présente les dépendances des régles
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| +------Snakefile -> programme (ensemble des régles) pour faire le docking
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+-----------README.md -> Vous etes en train de le lire =)
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+-----------Snakemake-VM.pdf -> Notre présentation
Pour lancer notre programme il faut se placer dans le répertoire snakemake/
puis lancer dans un terminal la commande suivante:
snakemake --cores X
Avec X le nombre de coeur que vous voulez utiliser pour ce programme