How to run using Docker

1. Clone the repo

git clone https://github.com/BOUN-TABILab-TULAP/Question-Answering.git

2. Launch a terminal in the root directory of the repo and build the Docker image where

• -t is the tag for the Docker image. You can provide any name you want
• . is the relative path to the Dockerfile

docker build -t question-answering .

3. Run the Docker image where

• -d indicates "detach", let the container run in the background
• -p 3030:3030 indicates mapping port 3030 of the container to the port 3030 of the host.

docker run -d -p 3030:3030 question-answering

4. Send a POST request

• via curl

  curl -X POST http://localhost:3030/hc-api/v0.1/hazircevap 
  -H 'Content-Type: application/json' 
  -d '{"questionText":"Mitokondri nedir?"}'
  
  > {"question":{"done":true,"qId":1,"qRelated_doc_titles":["Mitokondri","\u00dcre d\u00f6ng\u00fcs\u00fc","\u00d6karyot","Kinetoplast","Mitokondriyal DNA","Endosimbiyoz kuram\u0131","Hidrosiyonik asit","\u0130nsan genomu","Sitoplazma Ve Organeller  (EBA)","RNA polimeraz"],"qText":"Mitokondri nedir?","summaries":["\nBaz\u0131 h\u00fccreler tek bir b\u00fcy\u00fck mitokondri i\u00e7erebilse de \u00e7o\u011funlukla b\u00fcy\u00fck say\u0131larda bulunurlar.\nSay\u0131lar\u0131 h\u00fccrenin enerji ihtiyac\u0131na g\u00f6re de\u011fi\u015fir. \u00d6zellikle kas ve sinir h\u00fccreleri gibi enerji ihtiyac\u0131 fazla olan h\u00fccrelerde \u00e7ok say\u0131da mitokondri bulunur.Bir karaci\u011fer h\u00fccresinde say\u0131lar\u0131 2500 civar\u0131na ula\u015fabilir.\nD\u0131\u015f ve i\u00e7 zar aras\u0131ndaki b\u00f6lgeye periferal b\u00f6lge ad\u0131 verilir. \u0130\u00e7 zar mitokondri matriksine do\u011fru girintiler yaparak krista denilen yap\u0131lar\u0131 olu\u015fturur.\nKristalar kese,boru,t\u00fcp\u00e7\u00fck,zigzag gibi \u00e7e\u015fitli \u015fekillerde olabilirler.Kristalar\u0131n mitokondri eksenine uzanma bi\u00e7imleri genelde enine olmakla birlikte,boyuna ve \u00e7apraz olarak da olabilir. \u0130\u00e7 zar \u00fczerinde solunumda g\u00f6rev alan ETS proteinleri bulunur.\nBu sebeple enerji ihtiyac\u0131 fazla olan h\u00fccrelerin mitokondrilerindeki krista say\u0131s\u0131 daha fazlad\u0131r. \u0130\u00e7 zar \u00fczerinde elementer partik\u00fcl ( Racker partik\u00fcl\u00fc) denilen yap\u0131lar vard\u0131r.\nKemiozmotik Hipoteze g\u00f6re mitokondriler, uzun zaman \u00f6nce, b\u00fcy\u00fck h\u00fccrelere ge\u00e7ebilen tek canl\u0131 organizmalard\u0131.\n","\nKaraci\u011fer h\u00fccrelerinin mitokondri matrikslerinde ger\u00e7ekle\u015fen bu evrede ilk olarak oksidatif deaminasyon sonucu olu\u015fmu\u015f olan amonyak,aktif karbondioksit ve 2 adet ATP molek\u00fcl\u00fcne de alarak \"Karbomoil Fosfat Sentaz I\" enziminin yard\u0131m\u0131yla Karbomoil Fosfat olu\u015fturur.\n","\nBakteri ve arkeler \u00e7ekirdeksiz olduklar\u0131ndan beraberce prokaryot olarak adland\u0131r\u0131l\u0131rlar (evvel (-) ve \u00e7ekirdek ()). \u00c7ekirde\u011fin yan\u0131 s\u0131ra \u00f6karyotlar\u0131n kloroplast veya mitokondri gibi zarla \u00e7evrili \u00e7e\u015fitli organelleri vard\u0131r.\nVezik\u00fcl veya koful (vak\u00fcol) gibi basit b\u00f6lmeler ba\u015fka zarlardan tomurcuklanarak meydana gelir. \u00c7o\u011fu h\u00fccreler endositoz ad\u0131 verilen bir s\u00fcre\u00e7le besin ve di\u011fer maddeleri i\u00e7lerine al\u0131rlar; endositozda d\u0131\u015f zar i\u00e7e k\u0131vr\u0131l\u0131p sonra b\u00fcz\u00fclerek bir vezik\u00fcl olu\u015fturur. \u00c7o\u011fu zarla \u00e7evrili organelin evrim s\u0131ras\u0131nda bu t\u00fcr vezik\u00fcllerden meydana gelmi\u015f oldu\u011fu varsay\u0131lmaktad\u0131r.\n\u00c7ekirdek, \u00e7ekirdek k\u0131l\u0131f\u0131 olarak adland\u0131r\u0131lan bir \u00e7ift zar ile \u00e7evrilidir. \u00c7ekirdek \u00f6rt\u00fcs\u00fcnde bulunan g\u00f6zenekler molek\u00fcllerin girip \u00e7\u0131kmas\u0131n\u0131 sa\u011flar. \u00c7ekirdek k\u0131l\u0131f\u0131n\u0131n \u00e7e\u015fitli t\u00fcp veya yapraks\u0131 uzant\u0131lar\u0131, endoplazmik retikulum (ER) olarak adland\u0131r\u0131lan yap\u0131y\u0131 olu\u015fturur.\n","\n\n\nBir Kinetoplast i\u00e7inde bir\u00e7ok mitokondri genom kopyas\u0131 bar\u0131nd\u0131ran b\u00fcy\u00fck bir mitokondri i\u00e7indeki disk \u015fekilli dairesel DNAlar\u0131n olu\u015fturdu\u011fu bir kitledir.\nTripanozomlar, bir grup kam\u00e7\u0131l\u0131 protozoa, bir tek b\u00fcy\u00fck bir mitokondri i\u00e7inde yer alan bir kinetoplasta sahiptir. \"Trypanosoma brucei\", Afrika tripanozomiyas\u0131na (Afrika uyku hastal\u0131\u011f\u0131)neden olan parazit, kinetoplast i\u00e7eren tripanozoma \u00f6rnektir.\n","\nKromozomal DNA bir \u00e7ift bulunabilirken, mitokondriyal DNA daha fazla say\u0131da olabilir.\nBunun nedeni sperm h\u00fccresinde mitokondrilerin, d\u00f6llenmede yumurta ile birle\u015fmeyen boyun k\u0131sm\u0131nda bulunmalar\u0131ndand\u0131r.\nFakat yine de mitokondrinin b\u00f6l\u00fcnme frekansi h\u00fccreye direkt olarak bagimli degildir.\nSentezlenen proteinler bir translokasyon mekanizmasi (TOM/TIM) yardimiyla mitokondrinin dis ve ic membranindan mitokondri icerisine tasinirlar.\nSon olarak, mtDNA mitokondri matrixi icerisinde \"Nucleoid\" adi verilen \u00f6zel yapilar seklinde organize olmustur.\n"]}}

• via Python's requests library

  import requests
  res = requests.post('http://localhost:3030/hc-api/v0.1/hazircevap', json={'questionText':"Mitokondri nedir?"})
  print(res.json())
  
  > {'question': {'done': True, 'qId': 1, 'qRelated_doc_titles': ['Mitokondri', 'Üre döngüsü', 'Ökaryot', 'Kinetoplast', 'Mitokondriyal DNA', 'Endosimbiyoz kuramı', 'Hidrosiyonik asit', 'İnsan genomu', 'Sitoplazma Ve Organeller  (EBA)', 'RNA polimeraz'], 'qText': 'Mitokondri nedir?', 'summaries': ['\nBazı hücreler tek bir büyük mitokondri içerebilse de çoğunlukla büyük sayılarda bulunurlar.\nSayıları hücrenin enerji ihtiyacına göre değişir. Özellikle kas ve sinir hücreleri gibi enerji ihtiyacı fazla olan hücrelerde çok sayıda mitokondri bulunur.Bir karaciğer hücresinde sayıları 2500 civarına ulaşabilir.\nDış ve iç zar arasındaki bölgeye periferal bölge adı verilir. İç zar mitokondri matriksine doğru girintiler yaparak krista denilen yapıları oluşturur.\nKristalar kese,boru,tüpçük,zigzag gibi çeşitli şekillerde olabilirler.Kristaların mitokondri eksenine uzanma biçimleri genelde enine olmakla birlikte,boyuna ve çapraz olarak da olabilir. İç zar üzerinde solunumda görev alan ETS proteinleri bulunur.\nBu sebeple enerji ihtiyacı fazla olan hücrelerin mitokondrilerindeki krista sayısı daha fazladır. İç zar üzerinde elementer partikül ( Racker partikülü) denilen yapılar vardır.\nKemiozmotik Hipoteze göre mitokondriler, uzun zaman önce, büyük hücrelere geçebilen tek canlı organizmalardı.\n', '\nKaraciğer hücrelerinin mitokondri matrikslerinde gerçekleşen bu evrede ilk olarak oksidatif deaminasyon sonucu oluşmuş olan amonyak,aktif karbondioksit ve 2 adet ATP molekülüne de alarak "Karbomoil Fosfat Sentaz I" enziminin yardımıyla Karbomoil Fosfat oluşturur.\n', '\nBakteri ve arkeler çekirdeksiz olduklarından beraberce prokaryot olarak adlandırılırlar (evvel (-) ve çekirdek ()). Çekirdeğin yanı sıra ökaryotların kloroplast veya mitokondri gibi zarla çevrili çeşitli organelleri vardır.\nVezikül veya koful (vaküol) gibi basit bölmeler başka zarlardan tomurcuklanarak meydana gelir. Çoğu hücreler endositoz adı verilen bir süreçle besin ve diğer maddeleri içlerine alırlar; endositozda dış zar içe kıvrılıp sonra büzülerek bir vezikül oluşturur. Çoğu zarla çevrili organelin evrim sırasında bu tür veziküllerden meydana gelmiş olduğu varsayılmaktadır.\nÇekirdek, çekirdek kılıfı olarak adlandırılan bir çift zar ile çevrilidir. Çekirdek örtüsünde bulunan gözenekler moleküllerin girip çıkmasını sağlar. Çekirdek kılıfının çeşitli tüp veya yapraksı uzantıları, endoplazmik retikulum (ER) olarak adlandırılan yapıyı oluşturur.\n', '\n\n\nBir Kinetoplast içinde birçok mitokondri genom kopyası barındıran büyük bir mitokondri içindeki disk şekilli dairesel DNAların oluşturduğu bir kitledir.\nTripanozomlar, bir grup kamçılı protozoa, bir tek büyük bir mitokondri içinde yer alan bir kinetoplasta sahiptir. "Trypanosoma brucei", Afrika tripanozomiyasına (Afrika uyku hastalığı)neden olan parazit, kinetoplast içeren tripanozoma örnektir.\n', '\nKromozomal DNA bir çift bulunabilirken, mitokondriyal DNA daha fazla sayıda olabilir.\nBunun nedeni sperm hücresinde mitokondrilerin, döllenmede yumurta ile birleşmeyen boyun kısmında bulunmalarındandır.\nFakat yine de mitokondrinin bölünme frekansi hücreye direkt olarak bagimli degildir.\nSentezlenen proteinler bir translokasyon mekanizmasi (TOM/TIM) yardimiyla mitokondrinin dis ve ic membranindan mitokondri icerisine tasinirlar.\nSon olarak, mtDNA mitokondri matrixi icerisinde "Nucleoid" adi verilen özel yapilar seklinde organize olmustur.\n']}}