Nextflow workflow used to generate various taxonomic reference database files in use by MGnify analysis pipelines.
Simply run this command:
nextflow run main.nf
The script will generate output like this, one subdirectory for each database:
├── ITSone
│ └── 1.141
│ ├── ITSone.fasta
│ ├── ITSone.otu
│ └── ITSone-tax.txt
├── PR2
│ └── 5.0.0
│ ├── PR2.fasta
│ ├── PR2.otu
│ └── PR2-tax.txt
├── RFAM
│ └── 14.10
│ ├── ribo.clan_info
│ └── ribo.cm
├── SILVA-LSU
│ └── 138.1
│ ├── SILVA-LSU.fasta
│ ├── SILVA-LSU.otu
│ └── SILVA-LSU-tax.txt
├── SILVA-SSU
│ └── 138.1
│ ├── SILVA-SSU.fasta
│ ├── SILVA-SSU.otu
│ └── SILVA-SSU-tax.txt
└── UNITE
└── 9.0
├── UNITE.fasta
├── UNITE.otu
└── UNITE-tax.txt
You may need to modify some values in the nextflow.config file to update a new version of the database, change output directory, etc.