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EricMarcon committed Dec 13, 2021
1 parent 9b11d6c commit 4d7dc2f
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Showing 17 changed files with 300 additions and 253 deletions.
12 changes: 12 additions & 0 deletions chap-ci.html
Original file line number Diff line number Diff line change
Expand Up @@ -848,6 +848,18 @@ <h3><span class="header-section-number">6.3.3</span> Articles et présentations<
<p>L’étape chargée du tricot utilise un script pour lister tous les fichiers <code>.Rmd</code>, les traiter (tous les formats de sortie listés dans leur entête yaml sont produits).
La fonction <code>build_githubpages()</code> (voir section <a href="chap-rediger.html#sec:memo">4.3.2</a>) place les résultat dans <code>docs</code>.</p>
<p>La tâche de déploiement indique aux pages GitHub d’utiliser Jekyll, c’est-à-dire d’utiliser le fichier <code>README.md</code> comme page d’accueil.</p>
<p>Si l’étape de tricot nécessite de modifier la langue utilisée par R, par exemple pour afficher correctement la date de production des documents, elle peut être modifiée comme ceci:</p>
<pre><code> - name: Render Rmarkdown files
run: |
Sys.setlocale(&quot;LC_TIME&quot;, &quot;fr_FR&quot;)
lapply(list.files(pattern=&quot;*.Rmd&quot;), function(file) rmarkdown::render(file, &quot;all&quot;))
memoiR::build_githubpages()
shell: Rscript {0}</code></pre>
<p>La sélection des fichiers est ici réalisée par un script R, qui inclut une commande de localisation, ici en Français.</p>
<p>Cette étape peut être complétée par la sélection d’un thème GitHub Pages pour que la page d’accueil contienne un lien vers le code:</p>
<pre><code> run: |
echo &#39;theme: jekyll-theme-slate&#39; &gt; docs/_config.yml</code></pre>
<p>Le thème est ici “Slate”, un des choix proposés par les pages GitHub.</p>
</div>
<div id="sec:blogdown-ci" class="section level3">
<h3><span class="header-section-number">6.3.4</span> Site web blogdown</h3>
Expand Down
16 changes: 8 additions & 8 deletions chap-conclusion.html
Original file line number Diff line number Diff line change
Expand Up @@ -432,14 +432,14 @@ <h1><span class="header-section-number">9</span> Conclusion</h1>
La présentation des résultats est assurée par les pages GitHub et des modèles de documents couvrant la majorité des besoins.</p>
<p>Pour les pauses, R fournit même quelques jeux dans le package <strong>fun</strong>, dont le célèbre démineur:</p>

<div class="sourceCode" id="cb455"><pre class="sourceCode r"><code class="sourceCode r"><span id="cb455-1"><a href="chap-conclusion.html#cb455-1"></a><span class="co"># Installation du package</span></span>
<span id="cb455-2"><a href="chap-conclusion.html#cb455-2"></a><span class="kw">install.packages</span>(<span class="st">&quot;fun&quot;</span>)</span>
<span id="cb455-3"><a href="chap-conclusion.html#cb455-3"></a><span class="co"># Ouverture d&#39;une fenêtre X et exécution</span></span>
<span id="cb455-4"><a href="chap-conclusion.html#cb455-4"></a><span class="cf">if</span> (<span class="kw">interactive</span>()) {</span>
<span id="cb455-5"><a href="chap-conclusion.html#cb455-5"></a> <span class="cf">if</span> (.Platform<span class="op">$</span>OS.type <span class="op">==</span><span class="st"> &quot;windows&quot;</span>)</span>
<span id="cb455-6"><a href="chap-conclusion.html#cb455-6"></a> <span class="kw">x11</span>() <span class="cf">else</span> <span class="kw">x11</span>(<span class="dt">type =</span> <span class="st">&quot;Xlib&quot;</span>)</span>
<span id="cb455-7"><a href="chap-conclusion.html#cb455-7"></a> fun<span class="op">::</span><span class="kw">mine_sweeper</span>()</span>
<span id="cb455-8"><a href="chap-conclusion.html#cb455-8"></a>}</span></code></pre></div>
<div class="sourceCode" id="cb457"><pre class="sourceCode r"><code class="sourceCode r"><span id="cb457-1"><a href="chap-conclusion.html#cb457-1"></a><span class="co"># Installation du package</span></span>
<span id="cb457-2"><a href="chap-conclusion.html#cb457-2"></a><span class="kw">install.packages</span>(<span class="st">&quot;fun&quot;</span>)</span>
<span id="cb457-3"><a href="chap-conclusion.html#cb457-3"></a><span class="co"># Ouverture d&#39;une fenêtre X et exécution</span></span>
<span id="cb457-4"><a href="chap-conclusion.html#cb457-4"></a><span class="cf">if</span> (<span class="kw">interactive</span>()) {</span>
<span id="cb457-5"><a href="chap-conclusion.html#cb457-5"></a> <span class="cf">if</span> (.Platform<span class="op">$</span>OS.type <span class="op">==</span><span class="st"> &quot;windows&quot;</span>)</span>
<span id="cb457-6"><a href="chap-conclusion.html#cb457-6"></a> <span class="kw">x11</span>() <span class="cf">else</span> <span class="kw">x11</span>(<span class="dt">type =</span> <span class="st">&quot;Xlib&quot;</span>)</span>
<span id="cb457-7"><a href="chap-conclusion.html#cb457-7"></a> fun<span class="op">::</span><span class="kw">mine_sweeper</span>()</span>
<span id="cb457-8"><a href="chap-conclusion.html#cb457-8"></a>}</span></code></pre></div>

<p>Ce document n’a pas pour objectif d’être exhaustif sur les possibilités de R mais plutôt de présenter une méthode de travail et des moyens simples de l’appliquer rapidement.
On se reportera aux ouvrages plus détaillés cités dans le texte pour approfondir tel ou tel point.</p>
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19 changes: 11 additions & 8 deletions chap-package.html
Original file line number Diff line number Diff line change
Expand Up @@ -701,7 +701,7 @@ <h2><span class="header-section-number">5.3</span> Vignette et pkgdown</h2>
subtitle: &quot;Multiples of numbers&quot;</code></pre>
<p>Le reste de l’entête permet à R de construire la vignette à partir de code R Markdown.</p>
<p>Le corps de la vignette contient par défaut du code R pour déclarer les options de présentation des bouts de code et le chargement du package.
Une introduction à l’utilisation du package doit être écrite dans ce documents, en R Markdown.</p>
Une introduction à l’utilisation du package doit être écrite dans ce document, en R Markdown.</p>
<p>Le package <strong>pkgdown</strong> permet de créer un site d’accompagnement du package<a href="#fn96" class="footnote-ref" id="fnref96"><sup>96</sup></a>, qui reprend le fichier <code>README.md</code> comme page d’accueil, la vignette dans une rubrique “Get Started”, l’ensemble des fichiers d’aide avec leurs exemples exécutés (section “Reference”), le fichier <code>NEWS.md</code> pour un historique du package (section “Changelog”) et des informations du fichier <code>DESCRIPTION</code>.</p>
<p>Créer le site avec <strong>usethis</strong></p>

Expand Down Expand Up @@ -815,7 +815,7 @@ <h4><span class="header-section-number">5.4.2.2</span> Méthodes</h4>
<div class="sourceCode" id="cb351"><pre class="sourceCode r"><code class="sourceCode r"><span id="cb351-1"><a href="chap-package.html#cb351-1"></a>plot</span></code></pre></div>
<pre><code>## function (x, y, ...)
## UseMethod(&quot;plot&quot;)
## &lt;bytecode: 0x7f9780f6c710&gt;
## &lt;bytecode: 0x7ffd8013f748&gt;
## &lt;environment: namespace:base&gt;</code></pre>

<p>Il existe dans R de nombreuses déclinaisons de <code>plot</code> qui sont des fonctions dont le nom est de la forme <code>plot.class()</code>.
Expand Down Expand Up @@ -962,13 +962,13 @@ <h4><span class="header-section-number">5.4.3.1</span> Création d’une méthod
<span id="cb379-3"><a href="chap-package.html#cb379-3"></a> <span class="kw">triple</span>(2L))</span></code></pre></div>
<pre><code>## Unit: nanoseconds
## expr min lq mean median uq
## triple.integer(2L) 324 335.0 27086.02 352 389.5
## triple.numeric(2) 324 337.0 23376.28 352 395.0
## triple(2L) 1306 1341.5 1967.55 1378 1445.5
## triple.integer(2L) 316 326.0 21957.52 336.0 370.5
## triple.numeric(2) 314 328.5 18749.92 337.5 386.0
## triple(2L) 1279 1309.5 1409.66 1334.0 1392.0
## max neval
## 2667049 100
## 2299345 100
## 49769 100</code></pre>
## 2160145 100
## 1838588 100
## 5510 100</code></pre>

<p>La mesure des performances par le package <strong>microbenchmark</strong> ne montre pas de différence entre les fonctions <code>triple.integer()</code> et <code>triple.numeric</code> comme attendu parce que le temps consacré au calcul lui-même est négligeable en comparaison du temps d’appel de la fonction.
La méthode générique consomme beaucoup plus de temps que les calculs très simples ici.
Expand Down Expand Up @@ -1440,6 +1440,9 @@ <h3><span class="header-section-number">5.10.1</span> Test du package</h3>
Le site <em>R-hub builder</em><a href="#fn101" class="footnote-ref" id="fnref101"><sup>101</sup></a> permet de le faire simplement.</p>
<p>Le package, dont la version ne doit pas être de développement (limitée à trois nombres, voir section <a href="chap-package.html#sec:package-description">5.2.1</a>), doit être construit au format source: dans la fenêtre <em>Build</em> de RStudio, cliquer sur “More &gt; Build Source Package”.
Sur le site <em>R-hub builder</em>, cliquer sur “Advanced”, sélectionner le fichier source du package et la plateforme de test: <em>Debian Linux, R-devel, GCC</em>.</p>
<p>Le package <strong>rhub</strong> permet d’utiliser la même plateforme de vérification que le site <em>R-hub builder</em> depuis RStudio.
La première étape consiste à valider son adresse de messagerie avec la commande <code>validate_email()</code>.
Ensuite, il suffit d’appeler la fonction <code>check_for_cran()</code> pour lancer une vérification complète.</p>
</div>
<div id="soumission" class="section level3">
<h3><span class="header-section-number">5.10.2</span> Soumission</h3>
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