生物信息分析工具整理2019年- 生信软件工具数据库搜集库
Online Bioinformatics Resources Collection https://www.hsls.pitt.edu/obrc/
国家生物信息中心https://bigd.big.ac.cn/
国家基因数据库 https://db.cngb.org/
一、蛋白质、蛋白组学数据处理、展示分析相关的软件收集
- http://www.bioinformatik.uni-frankfurt.de/tools/vplg/index.html
- http://proteowizard.sourceforge.net/download.html
- http://www.gpmaw.com/html/downloads.html
- TMT http://msstats.org/msstatstmt/ http://msstats.org/wp-content/uploads/2018/12/MSstatsTMT.html
- 金豆系统 http://www.omicsbean.cn/login/
- venn在线工具
（1）http://jvenn.toulouse.inra.fr/app/example.html?tdsourcetag=s_pctim_aiomsg
（2）http://bioinfogp.cnb.csic.es/tools/venny/index.html?tdsourcetag=s_pctim_aiomsg
（3）http://bioinformatics.psb.ugent.be/webtools/Venn/
7.UniProtKB https://www.uniprot.org/uniprot/
8.Matrix Science http://www.matrixscience.com/search_form_select.html
9.蛋白序列分子质量及等电点计算在线工具
http://www.detaibio.com/sms2/protein_iep.html https://www.novopro.cn/tools/protein_iep.html https://www.expasy.org/ https://web.expasy.org/protparam/
10.蛋白磷酸化位点Motif分析 https://www.phosphosite.org/homeAction.action
11.亚细胞定位
http://geneontology.org/ https://www.hsls.pitt.edu/obrc/index.php?page=localization_targeting http://www.psort.org/ https://www.ncbi.nlm.nih.gov/CBBresearch/Lu/subcellular/ http://www.geneinfinity.org/sp/sp_proteinloc.html
http://cello.life.nctu.edu.tw/
{% embed url="http://bioinformatics.ysu.edu/tools/subcell.html" %}
12.蛋白ID匹配 https://biodbnet-abcc.ncifcrf.gov/db/db2db.php
13.简书博客分享 大佬Lab 瑞士苏黎世联邦理工大学（ETH）Ruedi Aebersold团队 https://imsb.ethz.ch/research/aebersold.html 看看他们发的文章、软件，里面还有不少东西可挖，比如DIA视频课程：http://dia-swath-course.ethz.ch/videos.html 德国马普研究所Matthias Mann团队 https://www.biochem.mpg.de/en/rd/mann https://www.cpr.ku.dk/research/proteomics/mann-group/ 德国马普研究所Juergen Cox团队 https://www.biochem.mpg.de/en/rg/cox 因MaxQuant和Perseus有名。
比利时根特大学系统生物学团队（Computational Omics and Systems Biology Group） 这个团队生信很强，开发了不少软件，其中包括宏蛋白组学的研究。 https://www.compomics.com/
中国科学院pFind团队 https://github.com/pFindStudio http://pfind.ict.ac.cn/ p系列软件开发。
美国贝勒医学院张兵团队 http://www.zhang-lab.org/ https://github.com/bzhanglab
耶鲁大学刘延盛团队 https://www.yslproteomics.org/
西湖大学郭天南团队 http://www.guomics.com/
会议 中国计算蛋白质组学研讨会（CNCP） http://cncp.ict.ac.cn/2018/index.html 中国计算蛋白质组学会议是pFind团队主办的小型会议，算是集结了中国蛋白组生信力量。从2010年开始，会议每两年举办一次，目前已举办了五届。稍微看了下往届的安排、主题、内容和文化，感觉挺好的。希望今年有机会参加上海的会议。里面有部分公开的视频和课件，虽然是几年前的东西，感觉还不过时（可能是质谱技术发展受限的缘故吧），可挑取自己感兴趣的内容，仔细看看，收获会有不少。 国际蛋白质组学大会，HUPO（Human Proteome Organisation） https://hupo.org/ 历届会议资料：https://hupo.org/HUPO-Congresses 偏学术。看看就行，不评价。
中国蛋白质组学大会，CNHUPO（China Human Proteome Organization） 偏科研应用，貌似没官网。
美国质谱学会，ASMS（American Society for Mass Spectrometry） https://asms.org
14.volcano3D在线工具 https://peac.hpc.qmul.ac.uk/
15.Pfam scan https://www.ebi.ac.uk/Tools/pfa/pfamscan/
16.Jalview http://www.jalview.org/
17生物信息学Bioinformatics and Functional Genomics 3rd Edition http://www.bioinfbook.org/php/
18.生物大分子三维结构实验数据库www.pdb.org；
19.欧洲生物信息学中心(EBI)http:www.ebi.ac.uk/clustalw/; http://rcsb.org/pdb/101/; http://www.sbc.su.se/; (隶属于瑞典斯德哥尔摩大学生物信息学中心) http://www.basic.northwestern.edu/biotools/; http://www.protocol-online.org; http://expasy.hcuge.ch(双向电泳数据库)； “据RNA的一级结构，预测其二级结构”相关软件：RNA Draw&RNA Structure 相关网站http://rna.tbi.univie.ac.at/cgi-bin/RNAfold.cgi
20.蛋白序列逆翻译为核苷酸序列：emboss_backtranseq https://www.ebi.ac.uk/Tools/st/emboss_backtranseq/
21.MetaboAnalyst在线分析工具 https://www.metaboanalyst.ca/MetaboAnalyst/ModuleView.xhtml
22.泛素化数据库 http://iuucd.biocuckoo.org/
23.High-quality Automated and Manual Annotation of Proteins https://hamap.expasy.org/
24.Pantherdb http://www.pantherdb.org/
25.PIR https://proteininformationresource.org/pirsf/
26.PRINTS www.bioinf.manchester.ac.uk/dbbrowser/PRINTS/
27.SUPFAM http://supfam.mbu.iisc.ernet.in/
28.InParanoid https://inparanoid.sbc.su.se/cgi-bin/index.cgi
29.OMA https://omabrowser.org/oma/home/
二、基因组学数据处理、可视化的相关软件收集 1. 灭绝生物的信息数据库 https://www.ncbi.nlm.nih.gov/Taxonomy/taxonomyhome.html/index.cgi?chapter=extinct
-
UCSC
三、转录组学数据处理、可视化的相关软件收集
- GSEA分析 http://software.broadinstitute.org/gsea/index.jsp
- GenePattern http://software.broadinstitute.org/cancer/software/genepattern/
- Reactome http://reactome.ncpsb.org/
4.转录因子 https://cloud.tencent.com/developer/article/1380035
5.转录因子AnimalTFDB3.0 http://bioinfo.life.hust.edu.cn/AnimalTFDB#!/
6.TRANSFAC
http://gene-regulation.com/pub/databases.html#transfac
7.富集分析 http://amp.pharm.mssm.edu/Enrichr/
8.Mutational Signatures (v3.1 - June 2020) https://cancer.sanger.ac.uk/cosmic/signatures
9.PlnTFDB (3.0) http://plntfdb.bio.uni-potsdam.de/v3.0/
10.植物转录因子数据库 http://planttfdb.gao-lab.org/ http://plntfdb.bio.uni-potsdam.de/v3.0/
11.动物转录因子数据库 http://bioinfo.life.hust.edu.cn/AnimalTFDB/#!/
12.真菌转录因子 http://ftfd.snu.ac.kr/download.php
13.genepattern https://www.genepattern.org/
14.hTFtarget http://bioinfo.life.hust.edu.cn/hTFtarget#!/
四、全组学研究
1.OmicsNet https://www.omicsnet.ca/
2.Omics Net https://www.omicsnet.ca/faces/home.xhtml
3.omicxX https://omictools.com/
4.omicsonline https://www.omicsonline.org/
5.reactome http://reactome.ncpsb.org/
6.Pathway Tools http://bioinformatics.ai.sri.com/ptools/
7.OMIM http://www.ncbi.nlm.nih.gov/omim
8.KEGG DISEASE http://www.genome.jp/kegg/disease/
9.FunDO http://django.nubic.northwestern.edu/fundo/
10.GAD http://geneticassociationdb.nih.gov/
11.NHGRI http://www.genome.gov/gwastudies/
四、物种进化树信息
1.Lifemap http://lifemap-ncbi.univ-lyon1.fr/
2.WIKISPECIES https://species.wikimedia.org/wiki/Main_Page
3.NCBI_Taxonomy https://www.ncbi.nlm.nih.gov/taxonomy/?term=homo+sapiens
4.phyloXML http://www.phyloxml.org/
5.Tree of Life http://get.carrotsearch.com/foamtree/demo/demos/large.html
6.LPSN https://lpsn.dsmz.de/species/wenyingzhuangia-fucanilytica
7.bacdive https://bacdive.dsmz.de/strain/132995
8.Orthodb https://www.orthodb.org/
9.TreeFam https://www.ebi.ac.uk/services/teams/treefam
五、文献、SCI文献IF查询
2.蛋白质组学相关的杂志
（2）https://www.sciencedirect.com/journal/journal-of-proteomics/
（3）https://www.proteomics.com.au/
（4）https://www.nature.com/subjects/proteomics
（5）https://pubs.acs.org/journal/jprobs
3.scihub https://vk.com/sci_hub
4.GeenMedical https://www.geenmedical.com/
5.谷粉学术 [图片]https://gfsoso.99lb.net/sci-hub.html
6.生信相关期刊杂志 https://academic.oup.com/bib
7.ScienceDirect [https://www.sciencedirect.com]
8.IEEE [https://www.ieee.org]
9.KAGGLE [https://www.kaggle.com]
10.SPRINGER [https://www.springer.com/cn]
11.JSTOR [https://www.jstor.org]
12.PROQUEST [https://www.proquest.com]
13.Researchgate [https://www.researchgate.net]
14.PubMed [https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov]
15.Web of Science [https://access.clarivate.com/]
16.Sci_hub [https://sci-hub.se]
17.Youdao_scholar [https://note.youdao.com/scholar.html] 六、药理、生物制药
1.PHARMACOLOGY https://www.guidetopharmacology.org/
七、公开课、学习资源
1.基因课 http://genek-pc.duanshu.com/
2.生物谷 http://xy.bioon.com/
八、宏基因组、转录组和蛋白质组
1.MEGAN http://megan.informatik.uni-tuebingen.de/
2.PFAM ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/Pfam/releases/Pfam33.1/
3.RDP http://rdp.cme.msu.edu/
4.EMP https://press.igsb.anl.gov/earthmicrobiome/
5.silva https://www.arb-silva.de/
6.MG-RAST http://www.mg-rast.org/
7.microbiome https://db.cngb.org/microbiome/
8.HOMPPD http://www.homd.org/
9.tree https://yulab-smu.top/treedata-book/
九、酶学相关
1.ExPaSy https://enzyme.expasy.org/enzyme-search-ec.html
2.Brenda-enzymes https://www.brenda-enzymes.org/
3.SFLD http://sfld.rbvi.ucsf.edu/archive/django/index.html
十、Biomarker数据库
2.https://www.criver.com/resources/biomarker-database
3.http://ibi.imim.es/disease-related-biomarker-database/
4.https://www.biomarkerbase.com/
十一、物种数据库
1.Populocrescentia ammophilae https://www.italianmicrofungi.org/pleosporales/phaeosphaeriaceae/populocrescentia/populocrescentia-ammophilae.html
3.GBIF https://www.gbif.org/species/3485773
4.MyCoCosm https://mycocosm.jgi.doe.gov/Anasp1/Anasp1.info.html
5.NBN Atlas https://nbnatlas.org/about-nbn-atlas/
6.微生物分类权威查询系统 http://classesgate.com/
7.芝麻数据库 http://www.sesame-bioinfo.org/Sinbase2.0/index.html
十二、生信分析流程 https://www.commonwl.org/
Snakemake Nextflow BigDataScript Ruffus bpipe Pegasus Queue Toil Luigi Galaxy Taverna DNAnexus SevenBridges Arvados Agave