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专注用户友好、高效、智能的3D医疗图像标注平台

简介

EISeg-Med3D 是一个用于智能医学图像分割的 3D Slicer 插件，通过使用训练的交互式分割 AI 模型来进行交互式医学图像标注。它安装简单、使用方便，结合高精度的预测模型，可以获取比手工标注数十倍的效率提升。

特性

• 高效：每个类别只需数次点击直接生成3d分割结果，从此告别费时费力的手工标注。

• 准确：点击 3 点 mIOU 即可达到0.85，配合搭载机器学习算法和手动标注的标注编辑器，精度 100% 不是梦。

• 便捷：四步轻松安装；标注结果、进度自动保存；标注结果透明度调整提升标注准确度；用户友好的界面交互，让你标注省心不麻烦。

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使用指南

Slicer的使用整体流程如下图所示，我们将按照环境安装、模型下载和使用步骤三部分说明，其中使用步骤也可以参见简介中的视频。

整体使用流程

智能标注模块流程

环境安装

1. 下载并安装3D slicer软件：下载&安装参考

2. 下载插件代码：

git clone https://github.com/PaddlePaddle/PaddleSeg.git

3. 安装其他库，在slicer的python中，找到slicer对应的python路径，并进行相应的下载安装。（如果 window上运行，则进入git对应的MINGW64中；如果为linux则任意选择终端进行安装）

import sys
sys.executable # 'D:/slicer/Slicer 5.0.3/bin/PythonSlicer.exe'
'D:/slicer/Slicer 5.0.3/bin/PythonSlicer.exe' -m pip install -r requirments.txt

4. 安装PaddlePaddle： 请参考快速安装文档或者详细安装文档，安装PaddlePaddle。 比如Windows、CUDA 11.1，安装GPU版本，执行如下命令：

'D:/slicer/Slicer 5.0.3/bin/PythonSlicer.exe' -m pip install paddlepaddle-gpu==2.3.1.post111 -f  https://www.paddlepaddle.org.cn/whl/windows/mkl/avx/stable.html

模型、数据下载

目前我们提供在下列模型和数据上的试用体验：

数据	模型	下载链接
MRI椎骨数据	交互式 Vnet	pdiparams-pw: 6ok7 | pdmodel-pw: sg80 | 椎骨数据

使用步骤

0. 加载插件

• 找到 Extension wizard 插件：

• 点击 Select Extension，并选择到contrib/SlicerEISegMed3D目录，并点击加载对应模块，等待 Slicer 进行加载。

• 加载完后，切换到 EISegMed3D模块。

1. 加载模型

• 在Model Settings中加载保存在本地的模型，点击Model Path路径选择框后面的...的按钮，选择后缀名为.pdodel的本地文件，点击Param Path路径选择框后面的...的按钮，选择后缀名为.pdiparams的本地文件。
• 点击Load Static Model按钮，此时会有弹窗提示Sucessfully loaded model to gpu!，表示模型已经加载进来。

2. 加载图像

• 点击Data Folder后面的按钮，选择待标注的医学图像文件所在路径后，会自动把该路径下的所有图像全部加载，此时可以在Progress中查看加载进来的所有图像以及当前已标注完成的图像。

3. 开始标注

• 在Segment Editor中点击Add/Remove按钮便可自行添加标签或是删除标签，添加标签时会有默认命名，也可以双击标签自行给标签命名。
• 添加标签完毕后即可选中某个标签，点击Positive Point或是Negative Point后的按钮即可给图像加点，开始交互式标注。
• 点击Finish Segment按钮，即可结束当前所选标签下的标注，此时可点击左侧的橡皮擦等工具对标注结果进行精修。或者可重复以上步骤进行下一个对象的标注，否则可点击Finish Scan按钮，便会切换下一张图像。

• 关于精细修改标注工具的使用，详细可见Slicer Segment editor

4. 切换图像

• 点击Prev Scan按钮可以切换上一张图像到当前视图框内。
• 点击Next Scan按钮可以切换下一张图像到当前视图框内。

5. 查看标注进程

• 在Progress中的Annotation Progress后面的进度条中可以查看当前加载进来的图像标注进程。
• 双击Annotation Progress下方表格中某一张图像文件名，便可以自动跳转到所选图像。

License

EISeg-Med3D is released under the Apache 2.0 license.

致谢

感谢 Idea icons created by Vectors Market - Flaticon 给我们提供了好看的图标