Для работы достаточно использовать файл substitutions.py (В него уже вшит класс ngram_score). Запускать на 3 питоне.
Также для корректной работы требуется передать в скрипт файл с частотами и комбинациями.
Посмотртеть дополнительную информацию, а также дополнительные файлы можно здесь: http://practicalcryptography.com/cryptanalysis/stochastic-searching/cryptanalysis-simple-substitution-cipher/