Skip to content
New issue

Have a question about this project? Sign up for a free GitHub account to open an issue and contact its maintainers and the community.

Sign up for GitHub

By clicking “Sign up for GitHub”, you agree to our terms of service and privacy statement. We’ll occasionally send you account related emails.

Already on GitHub? Sign in to your account

Test the case of a constant dependent variable or NaN in an input #27

Open
wants to merge 3 commits into
base: master
Choose a base branch
from
Open

Test the case of a constant dependent variable or NaN in an input #27

Changes from all commits
Commits
Show all changes
3 commits
Select commit Hold shift + click to select a range
c12cbf5
Add tests for regression in the case of constant dependent variable a…
Apr 16, 2015
fe85d56
Add ommitted change to expectations when there's a NaN in the inputs
Apr 16, 2015
8e66ded
Fix wording of assertion
Apr 16, 2015
File filter

Filter by extension

Filter by extension
Conversations
Failed to load comments.
Loading
Jump to
Jump to file
Failed to load files.
Loading
Diff view
Diff view
79 changes: 70 additions & 9 deletions test/test_regression.rb
View file
Open in desktop
Original file line number Diff line number Diff line change
Expand Up @@ -2,10 +2,10 @@

class StatsampleRegressionTestCase < MiniTest::Unit::TestCase
context "Example with missing data" do
setup do
setup do
@x=[0.285714285714286, 0.114285714285714, 0.314285714285714, 0.2, 0.2, 0.228571428571429, 0.2, 0.4, 0.714285714285714, 0.285714285714286, 0.285714285714286, 0.228571428571429, 0.485714285714286, 0.457142857142857, 0.257142857142857, 0.228571428571429, 0.285714285714286, 0.285714285714286, 0.285714285714286, 0.142857142857143, 0.285714285714286, 0.514285714285714, 0.485714285714286, 0.228571428571429, 0.285714285714286, 0.342857142857143, 0.285714285714286, 0.0857142857142857].to_scale

@y=[nil, 0.233333333333333, nil, 0.266666666666667, 0.366666666666667, nil, 0.333333333333333, 0.3, 0.666666666666667, 0.0333333333333333, 0.333333333333333, nil, nil, 0.533333333333333, 0.433333333333333, 0.4, 0.4, 0.5, 0.4, 0.266666666666667, 0.166666666666667, 0.666666666666667, 0.433333333333333, 0.166666666666667, nil, 0.4, 0.366666666666667, nil].to_scale
@y=[nil, 0.233333333333333, nil, 0.266666666666667, 0.366666666666667, nil, 0.333333333333333, 0.3, 0.666666666666667, 0.0333333333333333, 0.333333333333333, nil, nil, 0.533333333333333, 0.433333333333333, 0.4, 0.4, 0.5, 0.4, 0.266666666666667, 0.166666666666667, 0.666666666666667, 0.433333333333333, 0.166666666666667, nil, 0.4, 0.366666666666667, nil].to_scale
@ds={'x'=>@x,'y'=>@y}.to_dataset
@lr=Statsample::Regression::Multiple::RubyEngine.new(@ds,'y')
end
Expand All @@ -21,11 +21,11 @@ class StatsampleRegressionTestCase < MiniTest::Unit::TestCase
assert_in_delta(0.064, @lr.constant_se,0.001,"constant se")
end
end
should "return an error if data is linearly dependent" do
should "return an error if data is linearly dependent" do
samples=100

a,b=rand,rand

x1=samples.times.map { rand}.to_scale
x2=samples.times.map {rand}.to_scale
x3=samples.times.map {|i| x1[i]*(1+a)+x2[i]*(1+b)}.to_scale
Expand All @@ -50,13 +50,13 @@ def test_parameters

end
def _test_simple_regression(reg)

assert_in_delta(40.009, reg.a,0.001)
assert_in_delta(-0.957, reg.b,0.001)
assert_in_delta(4.248,reg.standard_error,0.002)
assert(reg.summary)
end

def test_summaries
a=10.times.map{rand(100)}.to_scale
b=10.times.map{rand(100)}.to_scale
Expand Down Expand Up @@ -87,7 +87,7 @@ def test_multiple_dependent
assert_in_delta(0.07, lr.p2yx,0.001)

end

def test_multiple_regression_pairwise_2
@a=[1,3,2,4,3,5,4,6,5,7,3,nil,3,nil,3].to_vector(:scale)
@b=[3,3,4,4,5,5,6,6,4,4,2,2,nil,6,2].to_vector(:scale)
Expand Down Expand Up @@ -186,7 +186,7 @@ def test_regression_matrix
@y=[3,4,5,6,7,8,9,10,20,30].to_vector(:scale)
ds={'a'=>@a,'b'=>@b,'c'=>@c,'y'=>@y}.to_dataset
cor=Statsample::Bivariate.correlation_matrix(ds)

lr=Statsample::Regression::Multiple::MatrixEngine.new(cor,'y', :y_mean=>@y.mean, :x_mean=>{'a'=>ds['a'].mean, 'b'=>ds['b'].mean, 'c'=>ds['c'].mean}, :cases=>@a.size, :y_sd=>@y.sd , :x_sd=>{'a' => @a.sd, 'b' => @b.sd, 'c' => @c.sd})
assert_nil(lr.constant_se)
assert_nil(lr.constant_t)
Expand Down Expand Up @@ -229,4 +229,65 @@ def test_regression_rubyengine
end

end
def test_dependent_variable_constant_gsl_engine
a=[2.0, 2.0, 6.0, 1.0].to_vector(:scale)
b=[1.0, 5.0, 9.0, 2.0].to_vector(:scale)
y=[1, 1, 1, 1].to_vector(:scale)

ds={'a'=>a,'b'=>b,'y'=>y}.to_dataset

lr=Statsample::Regression::Multiple::GslEngine.new(ds,'y')

assert(lr.r.nan?, 'r should be NaN')
assert(lr.r2.nan?, 'r2 should be NaN')
lr.coeffs.each do |(coeff_key, coeff_value)|
assert_in_delta(coeff_value, 0, 0.001, "#{coeff_key} should be 0")
end
assert_in_delta(lr.constant, 1, 0.001, 'constant should be 1')
end

def test_nan_value_gsl_engine
a=[2.0, 2.0, 6.0, 1.0].to_vector(:scale)
b=[1.0, 5.0, 9.0, 2.0].to_vector(:scale)
y=[1, 1, 1, 1].to_vector(:scale)

ds={'a'=>a,'b'=>b,'y'=>y}.to_dataset

lr=Statsample::Regression::Multiple::GslEngine.new(ds,'y')

assert(lr.r.nan?, 'r should be NaN')
assert(lr.r2.nan?, 'r2 should be NaN')
lr.coeffs.each do |(coeff_key, coeff_value)|
assert_in_delta(coeff_value, 0, 0.001, "#{coeff_key} should be 0")
end
assert_in_delta(lr.constant, 1, 0.001, 'constant should be 1')
end

def test_dependent_variable_constant_ruby_engine
a=[2.0, 2.0, 6.0, Float::NAN].to_vector(:scale)
b=[1.0, 5.0, 9.0, 2.0].to_vector(:scale)
y=[1, 1, 1, 1].to_vector(:scale)

ds={'a'=>a,'b'=>b,'y'=>y}.to_dataset

lr=Statsample::Regression::Multiple::RubyEngine.new(ds,'y')

assert(lr.r.nan?, 'r should be NaN')
assert(lr.r2.nan?, 'r2 should be NaN')
assert(lr.constant.nan?, 'constant should be NaN')
end

def test_nan_value_ruby_engine
a=[2.0, 2.0, 6.0, Float::NAN].to_vector(:scale)
b=[1.0, 5.0, 9.0, 2.0].to_vector(:scale)
y=[1, 1, 1, 1].to_vector(:scale)

ds={'a'=>a,'b'=>b,'y'=>y}.to_dataset

lr=Statsample::Regression::Multiple::RubyEngine.new(ds,'y')

assert(lr.r.nan?, 'r should be NaN')
assert(lr.r2.nan?, 'r2 should be NaN')
assert(lr.constant.nan?, 'constant should be NaN')
end
end