HDF5 file compare utility

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Introduction

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比对两个具有相同索引空间的HDF5文件的工具

Installation

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确保你已经安装了如下的Python包:

• python 3.x or python 2.7.x
• NumPy
• h5py
• prettytable

建立HDF5 比对工具，你只需要简单的运行:

$ python compare.py src_file dst_file

测试脚本的运行:

> python compare.py --error_distributed 1 --absolute_error test_01.hdf5 test_02.hdf5

Description

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• 显示比对误差分布：

1. 全局级别统计，统计两个比对的hdf5文件全局性数据, 包括全场数据的最大最小平均误差,和介于最小最大值之间默认为8个bins（可通过输入参数自行设置bins数量,下同）的直方图分布，以及缺失值和单元总数。

2. 数据项级别上的统计， 统计每个物理场不同索引号上的所有数据, 包括全场数据的最大最小平均误差,和介于最小最大值之间的默认为8个bins的直方图分布，以及缺失值和数据总量计数。

3. 数据级别统计， 统计所有比对误差大于阈值1e-12且为非缺失数据的详细误差信息， 包括数据的比对误差，对应的源数据和目标数据，数据索引号，和所属的索引空间;并对这些数据统计。

• 支持多种比对规则 可选比对规则：包括绝对误差、相对误差、2-误差范数、inf-误差范数，默认显示绝对误差下的比对。

Usage

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参考：python compare.py -h

Notes

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* 缺失值或比对误差小于1e-12 的数据将不会显示在详细的误差分布中
* 比对的两个hdf5文件应该数据索引号一致
* 对于非结构数据，detail info显示的索引元组(index)第一个分量表示data
  index,第二个分量表示depth编号，第三个分量表示group编号
* 为避免在计算相对误差时，分母除零，仅针对分母为零的源数据加了1e-14方，
    因此，在误差比对结果的显示上，相对误差将显示源数据(为零)加了1e-14后的结果。