Eigenes Environment anlegen. Als Grundlage dafür dient die mit cp .env.example .env kopiert und anschließend an die eigenen Bedürfnisse angepasst werden kann.
Ein OncoKB Token kann hier angefordert werden. Diese muss in die .env Datei eintegraten werden.
Initialisierung einmalig starten:
sudo ./build.sh cbioportal && docker-compose -f init.yml up
Starten der Development-Version:
sudo docker-compose -f docker-compose-dev.yml up
Der erste Startvorgang dauert ca. 15 Minuten, da hierbei initial drei Docker Images gebaut werden. Nachfolgende Startvorgänge sind deutlich schneller.
Einzelne Dienste (cbioportal, cbioproxy, fhirspark, genome-nexus, genome-nexus-vep) können über den Befehl
sudo ./build.sh <Dienstname>
neu gebaut werden.
docker-compose run cbioportal metaImport.py -u http://cbioportal:8080 -s /study/testpatient -o
- Löschen der Datenbank
echo "drop database cbioportal; create database cbioportal;" | docker exec -i cbioportal_database_container mysql -uroot -pP@ssword1
- Import der Studiendatenbank
zcat public-portal-dump.latest.sql.gz | docker exec -i cbioportal_database_container mysql -uroot -pP@ssword1 cbioportal
- NGINX Reverse Proxy
- cBioPortal
- MariaDB Datenbank
- cBioPortal Session Service
- Mongo DB
- Genome-Nexus
- Mongo DB
- VEP
- FHIRspark
- HAPI FHIR Server
- PostgreSQL Server
| Dienst | Pfad (hinter NGINX) | Port (docker-compose-dev.yml) |
|---|---|---|
| NGINX | / | 8080 |
| cBioPortal | / | 8081 |
| cBioPortal Debugger | - | 5005 |
| MariaDB-Datenbank | - | 3306 |
| Session Service | - | 5000 |
| Genome-Nexus | /genome-nexus | 8888 |
| Genome-Nexus-VEP | - | 6060 |
| Mongo DB | - | 27017 |
| FHIRspark | /mtb/ | 3001 |
| HAPI FHIR Server | /fhir/ | 8082 |
| PostgreSQL Server | - | 5432 |
An das Backend von cBioPortal kann ein Debugger angehängt werden. Für Visual Studio Code existiert bereits eine Konfiguration.