align

这是一个生物信息学双序列比对程序。输入两条蛋白质序列，输出对比分数可对比结果。举例： long sequence：EEEEEKKKKKAAAAAFFF short sequence：EEEEEBBBBBFFF

输出结果为： Alignment Score:27 E E E E E K K K K K A A A A A F F F E E E E E B B B B B _ _ _ _ _ F F F

使用BLOSUM62矩阵来对序列中氨基酸符号的match和mismatch打分。 使用动态规划的方法（Needleman-Wunsch算法）。 计算空位的罚分时，使用仿射空位罚分策略，gap opening的分数为-11，gap extension的分数为-1。

环境搭建

本项目采用前端html和pyscript后端代码，使用Node.js搭建web服务。python版本为3.11.2，Node.js版本为18.16.0。需要安装python的pyscript库和Node.js的express模块。

建议使用vscode打开align文件，在终端中使用dos命令cd切换目录到./align，输入

安装python的pyscript库

pip install pyscript

安装Node.js的express模块

npm install express

启动web服务

node Server.js

启动web服务器，在浏览器中输入localhost:9090访问页面（在Server.js中设置的端口为9090，可以自行更改）。

使用方法

打开页面后需要等待3到5秒使pyscript完全加载 

​ 在longSeq中输入长蛋白质序列，在short中输入短蛋白质序列。点击submit输出对比结果，点击reset清除输出的结果，点击blastonline可以打开内嵌网页在线输入序列查看结果(加载速度较慢，请耐心等待)。