Guide d'annotation

Objectif

L'objectif est d'annoter chaque texte afin d'extraire un maximum d'informations sur tous les traitements médicamenteux pris ou liés au patient. Pour chaque traitement un ensemble de concepts peuvent être annotés (ex : classe de médicament, dose). Ces concepts peuvent être liés liés à une médicament à l'aide de relations. Les notions de temporalités sont particulièrement importante et sont annotés avec une relation ou sans relation avec le médicament.

Entités à annoter

Le premier objectif est d'annoter des entités. La tâche d'annotation est centrée sur le médicament. L'ensemble des concepts suivant doivent être annotés s'ils sont en relation avec un médicament ou une classe. Une seule exception : les dates isolé doit être annotée sans relation avec un médicament.

Concept (cliquer pour le détail)	Classes	Lien avec un médicament
Médicament ou Classe de médicament	Med, Classe
Dose	Dosage	en relation avec un médicament
Fréquence	Freq	en relation avec un médicament
Durée	Duree	en relation avec un médicament
Voie d'administration	Route	en relation avec un médicament
Condition	Condition	en relation avec un médicament
Date/Date relative	Date/Date_relat	en relation ou non avec un médicament
Contexte	Contexte	en relation avec un médicament

Relations à annoter

Le deuxième objectif est d'extraire les relations entre ces annotations et les médicaments, l'ensemble des relations suivantes nécessite d'être annoté :

Relation	Entités liées
Start	entre une Date/Contexte et un Med ou Classe
Stop	entre une Date/Contexte et Med ou Classe
En_cours	entre une Date/Contexte et Med ou Classe
Duree_presc	entre une Duree et Med ou Classe
Duree_admin	entre une Duree et Med ou Classe IV
Refer_to	entre une Dosage, une Route, une Freq ou une Condition et un Med ou Classe
Augmentation, Diminution	entre une Contexte et Med ou Classe
Negation, Hypothetique,Contre_indique,Experiencer	entre un Contexte et Med ou Classe
Disc_ent	Si une entité est discontinue, la relation Disc_ent doit être utilisé entre les deux parties de l'entité.
Coref	Cette relation fait référence à une répétition d'un médicament dans un document. Toutes répétitions au sein d'un document doit être annotée, qu'elle soit dans la même phrase ou non. Si la classe d'un médicament est spécifié, donc qu'il y a une entité Med et une entité Classe", il faut utiliser la relation coref, le sens de la relation doit aller de la classe au médicament.

Le sens des relations Disc_ent et Coref n'ont pas d'importance, car les entités reliées appartiendront toujours à la même frame (en dehors de la relation liant une Classe et un Med).

Unité d'annotation

L’annotation est centrée sur le concept de frame basé sur la temporalité d'administration des médicaments. Chaque médicament unique est défini par une date de début, date de fin différente. Cette notion de date de dispensation différente peut être explicite (date de fin et de début explicitement écrite) ou implicite (changement de dose, changement de fréquence...). Ces différentes dispensations seront centrales pour générer les frames

Si un médicament est renseigné de manière simple dans le dossier patient, et qu'il respecte ce concept de frame, l'ensemble des attributs des médicaments doivent être reliés au médicament. Voir exemple Il s'agira de l'entité centrale de la frame.

Si un médicament est renseigné avec plusieurs coréférences, choisir une des entités comme entité centrale, en priorité une entité Med par rapport aux entités Classe.

Si un médicament est indiqué avec plusieurs prescriptions différentes, il faut relier l'ensemble des attributs du médicament à une entité unique du médicament si celui-ci n'est pas répété (dans l'ordre de préférence : Médicament > Classe > dose > fréquence > Durée d'administration > voie d'administration > Condition de dispensation > date de début > date de fin> Contexte ). Le but étant de pouvoir créer sans hésitation les frames pour chacune des différentes prescriptions, même si des données sont manquantes. Voir exemple Exemple. Ces entités seront les entités centrales des différentes frames.

Dans le cas de médicaments avec des coreférences, ou avec mention de la classe du médicaments, les attributs présents dans le textes doivent être reliés avec l'entité la plus proche sauf si les attributs ne peuvent pas être relié au médicaments, car plusieurs frames sont présentes, dans ce cas tout relier à l'entité centrale. Exemple

À annoter	Class d'annotation	Relation avec le médicament	exemple
médicaments	Med/Classe		arimidex/corticoïde
Dose	Dosage	Refer_to	1 G de doliprane
Fréquence	Freq	Refer_to	3 cp/jour
Voie d'administration	Route	Refer_to	en intraveineuse
Durée d'administration	Duree	Duree_admin	1L de serum phy pendant 5h
Durée de prescription	Duree	Duree_presc	arimidex pendant 5 ans
Condition de dispensation	Condition	Refer_to	doliprane en si besoin
Date de début	DATE	Start	dès ce jour
Date de fin	DATE	Stop	arrêt le 4 juin
Traitement en cours	DATE	En_cours
Date non spécifié	DATE	Refer_to	il y a environ 3-4 semaines
Élément contextuel	Context	Negation
Élément contextuel	Context	Hypothetique
Élément contextuel	Context	Experiencer
Élément contextuel	Context	Augmentation
Élément contextuel	Context	Diminution
Élément contextuel	Context	Start
Élément contextuel	Context	Stop
Élément contextuel	Context	En_cours	actuellement sous amoxicilline

Les annotations doivent être faites même s'il y a des fautes d'orthographe, sauf si ces fautes d'orthographe peuvent induire une confusion.

Médicament ou Classe de Médicaments

Tous les médicaments énumérés dans le résumé de décharge et donnés (présents, passés ou futurs) ou contre-indiqués à un expérimentateur.

Que faut-il annoter ?

Nom du médicament, génériques, classe de médicaments ou de substances, si un médicament est composé d'une association de plusieurs molécules (correspond à une classe ATC), annoté comme une seule entité (ex: Doliprane Codéiné ; ATC: "N02AJ06 : Codéine et paracétamol" ). Ne pas annoter "traitement par", uniquement le nom du médicament.

La différence entre médicament et classe : une classe fait référence à une catégorie de médicament (ex: Corticoïdes, Antibiotique...), un médicament fait référence à une combinaison de molécule spécifique (Paractétamol, doliprane codéiné, une sous classe ATC) Lien pour identifier si l'entité est un médicament ou une classe :

-Observatoire du médicament

• sifr Bioportal

• Hetop, pas de classification ATC

Médicament (Med)

Inclus :

• Les substances sur ordonnance :

  • Les médicaments de marque, par exemple, doliprane.
  • Génériques, par ex., paracétamol.
  • Ingrédients, par exemple, furosémide.
  • Nom collectif d'un groupe de médicaments, par exemple corticoïdes (il sera annoté comme une classe de médicaments).

• Médicaments en vente libre :

  • Noms de marque, par exemple, Aspirine.

• Substances biologiques requises ou suggérées par les médecins

  • Ingrédients de la nutrition parentérale totale s'ils sont énumérés individuellement
  • Composants des liquides IV et des solutions salines énumérés (y compris l'"eau minérale" et le "sérum physiologique")
  • Débit glucidique

• Thérapie par substance, par exemple, Corticothérapie ou traitement antirétroviral (elle sera annotée comme une classe de médicaments).

Exclus :

• Nourriture et eau non utilisées comme traitement
• Régime alimentaire
• Tabac
• Alcool
• Médicaments illicites
• transfusion

Classe de médicaments (Classe)

Inclus :

• Nom collectif d'un groupe de médicaments, par exemple corticoïdes.
• Noms collectifs pour un groupe de médicaments, par exemple vitamines.
• Thérapie par substance, par exemple, Corticothérapie ou traitement antirétroviral.
• "therapie"
  • oxygénothérapie
  • corticothérapie
  • antibiothérapie
  • antibiotique
• "traitement anti-" avec ou sans "traitement" avant
  • traitement antalgique
  • traitement antirétroviral
  • antihypertenseur
  • vaccination antigrippale
  • antifongique
• Protocole de chimiothérapie
  • abvd
• Autres
  • vaccination contre l'hépatite b/méningocoque...
  • nutrition (si utilisée comme traitement)
    • "oral/parentérale/entérale"
      • inclure le nom du médicament
      • sauf s'il y a une distinction entre les deux "nutrition orale, mais pas entérale".
    • régime d'urgence
  • complément nutritionnel
• Acronyme
  • np (pour nutrition parentérale)
  • avk (pour anti-vitamine K)
  • o2
  • vit-d
• Ingrédients, par exemple, vitamine D.
  • Noms collectifs pour un groupe de médicaments, par exemple vitamines (ils seront annotés comme une classe de médicaments).

Exclus :

• "traitement" sans précision
  • traitement prophylactique
  • traitement pour son asthme
• Action suivie par "par"
  • sedation
  • (re)hydratation
  • antibioprophylaxie
• Dispositif médical, sauf s'il contient un médicament (e.g. on annote Pompe à Insuline)

Comment annoter ?

Annotez la phrase nominale complète qui correspond au nom du médicament, par exemple, amoxicilline acide clavulanique. L'annotation doit être faite même s'il y a des fautes d'orthographe. Ne pas inclure des mots tels que "injectable", "crème", "nébuliseur", "solution" comme faisant partie du nom du médicament même s'ils apparaissent immédiatement après le nom du médicament, par exemple, sélénium injectable, xylocaïne nébuliseur. N'incluez pas d'informations numériques dans le nom du médicament, p. ex. renutril 500, à moins qu'il ne s'agisse d'un type de substance, p. ex. iodure 131.

Les pronoms qui font référence à un médicament doivent être annotés et une relation de Coref doit être rajoutée.

Exemples :

• amlor : 10 mg le matin
  • Med : amlor
• ialuset plus creme
  • Med : ialuset plus
  • (creme non inclus dans Med)
• sevrage de l oxygenotherapie en fevrier 2013
  • Classe : oxygenotherapie
• grand-mere maternelle : diabete de type 2 a 61 ans, sans surpoids, traitee par insuline
  • Med : insuline
  • context : grand-mere maternelle
  • relation : grand-mere maternelle <--> insuline : Experiencer

Chaque référence conjointe d'un médicament (nom de classe ou de médicament) ou de ses génériques, y compris avec des fautes d'orthographe, dans le même paragraphe, doit être annotée si elles appartiennent à la même frame (même médicament, même temporalité). Une relation de Coref entre les entités doit être rajoutée.

• doliprane 1 dose poids*4/ jour si douleurs (paracetamol 1 boite)
  • Med : doliprane
  • Med : paracetamol
  • relation : doliprane <--> paracetamol : Coref
• (matin : 9-12 ui novorapid(1), 20 ui levemir(1), dans les 4 zones. (gouter : 5-7 ui novorapid(2). (soir : 6-8 ui novorapid(3), 15 ui levemir(2), dans les 4 zones.
  • Med : novorapid(1)
  • Med : levemir(1)
  • Med : novorapid(2)
  • Med : novorapid(3)
  • Med : levemir(2)
  • relations :
    • novorapid(1) <--> novorapid(2) : Coref
    • novorapid(2) <--> novorapid(3) : Coref
    • levemir(1) <--> levemir(2) : Coref

Si un médicament est écrit comme médicament et comme classe dans la même phrase, annoter les deux (comme classe et comme médicament). L'association d'un médicament à une classe dans la même phrase entraîne une annotation d'une relation de type "Refer_to" par médicament :

• relais par avk au cours de l'hospitalisation (coumadine)
  • Med : coumadine
  • Classe : avk
  • relation : avk <-- coumadine : Refer_to
• un traitement antiretroviral a ete debute (truvada, reyataz et norvir avec une charge virale…)
  • Classe : traitement antiretroviral
  • Med : truvada
  • Med : reyataz
  • Med : norvir
  • relations :
    • traitement antiretroviral <-- truvada : Refer_to
    • traitement antiretroviral <-- reyataz : Refer_to
    • traitement antiretroviral <-- norvir : Refer_to

L'énumération des médicaments partageant un mot doit être annotée en entité disjointe en utilisant les relations Disc_ent :

• vitamine C , D , A , and E

  • Med : vitamine C
  • Med : vitamine
  • Med : C
  • Med : D
  • Med : A
  • Med : E
  • relations :
    • vitamine --> D : Disc_ent
    • vitamine --> A : Disc_ent
    • vitamine --> E : Disc_ent

• une dose de vitamine C et vitamine D

  • Med : vitamine C
  • Med : vitamine D

Annoter le nom des médicaments même si leurs attributs sont niés

• pas de necessite de doublement des doses d hydrocortisone
  • Med : hydrocortisone

Dans le cas d'un dispositif médical, on annote uniquement le médicament (s'il s'y trouve). Le dispositif sera annoté comme une [voie d'administration](#voie-dadministration-route (Route).

• Pompe à Insuline

  • Med : Insuline

• DIU MIRENA

  • Med : MIRENA

Dose (Dosage)

La quantité d'un seul médicament utilisé dans chaque administration, par exemple un comprimé, une dose, 30 mg.

Que faut-il annoter ?

Les informations numériques et/ou textuelles qui marquent la quantité et l'unité d'administration d'un médicament utilisé dans une seule administration, uniquement si elles sont en rapport avec un médicament. Annoter le dosage numérique et l'unité.

Inclus (liste non exhaustive) :

• 1 cp
• un comprimé
• 0.4 mg
• 0.5 m.g.
• 100 mg/kg
• une dose kilo
• 100 mg x 2 comprimés
• 500 mg : 2 gelules
• 4000 ui / 0,4
• 1 sachet
• 2 cuillère-mesure
• deux bouffées
• 3 bolus
• double dose
• [renutril] 500

Exclus :

• si la dose est niée et que le médicament est donné, par exemple :

  • n'annotez pas "doublement des doses" pour "pas de necessite de doublement des doses d hydrocortisone".

• Doses cumulées (car trop de variabilité dans la signification) :

  • 3 boîtes
  • dans doliprane 1 dose poids*4/ jour si douleurs (paracetamol 1 boite)
    • Dosage : 1 dose poids
    • annoter 1 boite mais ne pas mettre de relation, car unité de délivrance

Commnent annoter ?

Annotez tous les doses mentionnées de tous les médicaments présents dans le résumé de sortie et leur relation avec celui-ci, même s'il fait partie du nom du médicament.

Relations avec le médicament

Utiliser la relation Refer_to pour relier une dose à un médicament.

Exemples :

• speciafoldine 5mg 10 jours par mois
  • Med : speciafoldine
  • Dosage : 5mg
  • relation : 5mg --> speciafoldine : Refer_to
• oracilline 500mui x 2 par jour.
  • Med : oracilline
  • Dosage : 500mui
  • relation : 500mui --> oracilline : Refer_to
• depakine 500 x 3 par jour
  • Med : depakine
  • Dosage : 500
  • relation : 500 --> depakine : Refer_to
• vitabact 0,05 % : x4/jour dans chaque oeil pendant 10 jours
  • Med : vitabact
  • Dosage: 0,05 %
  • relation : 0,05 % --> vitabact : Refer_to

si la dose est séparée en plusieurs parties, reliés l'ensemble des parties à l'entité centrale de la frame (unité de dispensation).

Si les doses correspondent à une conversion d'unité, utiliser la relation coref

• hydrea 500mg un jour sur 2, 1000mg un jour sur 2.
  • Dosage : 500mg
  • Dosage : 1000mg
  • relation :
    • 500mg --> hydrea : Refer_to
    • 1000mg --> hydrea : Refer_to
• hydrocortisone : 7,5 mg le matin, 5 mg le soir (12,5 mg/m²/jour )
  • Dosage : 7,5 mg
  • Dosage : 5 mg
  • Dosage : 12,5mg/m²
  • relation :
    • 7,5 mg --> hydrocortisone : Refer_to
    • 5 mg--> hydrocortisone : Refer_to
    • 5 mg <--> 12,5mg/m : Coref

Annotez les différentes façons de se référer aux mêmes doses dans des entrées séparées, et les rassembler avec une relation de Coref:

• sandostatine : 100µg/8h en sc soit 50µg/kg/j

  • Dosage : 100µg
  • Dosage : 50µg/kg
  • relation :
    • 100µg <--> 50µg/kg : Coref

• seretide 50 deux bouffeesx2/j

  • Dosage : 50
  • Freq : deux bouffeesx2/j

• singulair 1 sachet de 4mg/jour,

  • Dosage : 1 sachet de 4mg

Annoter un seul motif pour tous les médicaments lorsque la dose en concerne plusieurs et les relier par une entité Refer_to

• doliprane et ibuprofene, 1 comprime toutes les 6 heures chacun
  • Dosage : 1 comprime
  • Med : doliprane
  • Med : ibuprofene
  • relation :
    • 1 comprime --> doliprane : Refer_to
    • 1 comprime --> ibuprofene : Refer_to

Fréquence (Freq)

Termes, phrases ou abréviations qui décrivent la fréquence à laquelle chaque dose du médicament doit être prise. Annoter également les fréquences non en rapport avec la prise d'un médicament.

Que faut-il annoter ?

Toute expression qui indique la fréquence d'administration d'une dose unique d'un médicament doit être annotée.

Inclut :

• Les fréquences :

  • par jour
  • toutes les 8 heures
  • toutes les semaines
  • /jour
  • /j
  • /24 heures
  • par mois
  • tous les soirs
  • x 3 par jour
  • jour (si précéder d'un dose)
  • 1 - 1 - 1
  • 850 - 1000 - 1000
  • 19/03, 25/03 et 01/04/2016
  • a J3, J5 et J7
  • le matin

• Les phrases temporelles qui précisent quand un médicament doit être pris (il s'agit généralement de phrases prépositionnelles et la préposition doit être incluse dans l'information extraite) :

  • quotidiennement
  • quotidien
  • mensuel
  • après/avant manger
  • a 4 heures
  • avant chaque repas

Comment annoter ?

Appliquez les mêmes principes de base que pour le balisage de la dose. Annotez chaque fréquence, même si elle est répétée dans la même phrase.

Relations avec le médicament

Comme pour la dose, utiliser la relation Refer_to si la fréquence est en rapport avec un médicament.

Exemples :

• doliprane 1 dose poids*4/ jour si douleurs
  • freq : *4/ jour
• sectral : 48 mg matin et soir
  • freq : matin et soir

Annoter la partie immédiatement adjacente d'une fréquence comme une seule entrée :

• singulair a chaque bolus : 15g a 7h et 16h30
  • freq : a 7h et 16h30

Si la fréquence est segmentée et concerne la même frame, annoter toutes les parties et les relier à l'entité la plus proche si l'entité centrale est un médicament, sinon relié l'ensemble des parties à l'entité centrale.

• speciafoldine : 1 comprime par jour, 10 jours par mois.
  • freq : 10 jours par mois
  • freq : 1 comprime par jour
  • relation :
    • 10 jours par mois --> speciafoldine : Refer_to
    • 1 comprime par jour --> speciafoldine : Refer_to

Durée (duree)

Une expression de temps écoulé qui indique pendant combien de temps le médicament doit être administré. Ces expressions sont souvent des syntagmes nominaux, des syntagmes prépositionnels ou des clauses. Cette expression doit être compatible avec un durée en relation avec un médicament. Ne pas annoter l'âge. Annoter uniquement les durées en relation avec un médicament. Si une durée est utilisée pour exprimer une date relative (ex: dans 3 mois), annoter comme une date relative.

Qu'est-ce qui doit être annoté ?

Expressions qui décrivent la durée totale pendant laquelle le médicament doit être pris à une dose donnée.

Inclus :

• Des expressions de durée (sans les adverbes) :

  • 10 jours
  • un mois
  • 2 semaines
  • tant que nécessaire
  • 3h

Exclus :

• Les expressions temporelles qui indiquent quand chaque dose doit être prise. Incluez-les dans la rubrique fréquence.

  • a prendre pendant une activité physique
    • pendant une activite physique n'est pas une durée

• Expression temporelle du début ou de l'arrêt d'un médicament (date realtive) :

  • dans 10 jours
  • depuis 10 jours

• l'âge des patients

Comment annoter ?

Suivez les mêmes principes de base que pour l'annotation de la fréquence. N'incluez pas les prépositions complètes.

Ne pas inclure les "pendant" ou les "durant", etc. dans l'annotation, mais seulement la durée elle-même.

Relations avec le médicament

Deux relations sont possibles :

• Duree_admin : pour la durée d'administration d'une dose de médicament (ex : administration IV)
• Duree_presc : pour la durée de prescription

Exemples

• vitabact 0,05 % : x4/jour dans chaque oeil pendant 10 jours
  • duree : 10 jours
  • Med : vitabact
  • relation : 10 jours --> vitabact : Duree_presc
• ciflox 500 mg par 24 heures pour une duree totale de 3 semaines
  • duree : 3 semaines
  • Med : ciflox
  • relation : 3 semaines --> ciflox : Duree_presc
• a donc beneficie de sa 2ieme perfusion de remicade (200mg) sur 3h
• duree : 3h
• Med : remicade
• relation : 3h --> remicade : Duree_admin
• a ete traite pendant 2 ans par remicade
  • duree : 2 ans
  • Med : remicade
  • relation : 2 ans --> remicade : Duree_presc

Voie d'administration (Route)

Décris la méthode d'administration du médicament.

Qu'est-ce qui doit être annoté ?

Le texte qui exprime le mode/voie d'administration, même s'il est exprimé dans le cadre du nom du médicament ou de la posologie.

Inclus :

• per os
• intraveineux ou iv
• topique
• sublingual
• cutanée
• sous-cutanée
• intramusculaire
• perfusion
• creme
• solution buvable
• ophtalmique
• Abréviations de ce qui précède

Comment annoter ?

Suivez les mêmes principes de base que pour l'annotation de la durée. Plusieurs routes peuvent être liées à un seul nom de médicament.

• spray de ventoline : 2 bouffees x4 par jour pendant 4 jours au babyhaler.
  • Route : spray
  • Route : babyhaler
• hyperhydratation par voie intraveineuse
  • Route : intraveineuse
• necessitant un traitement par kayexalate et aerosol de ventoline
  • Route : aerosol
• Pompe à Insuline
  • Route : Pompe
• DIU MIRENA
  • Route : DIU

Les changements dans le mode d'administration d'un médicament doivent être inclus dans des entrées séparées, dans des frames séparées.

• traitement pendant 5 jours par clamoxyl iv puis relais per os
  • Route : iv
  • Route : per os

Les différentes façons de désigner le même mode d'administration doivent être incluses dans des entrées séparées et relié par la relation de coref.

• nebulisation de ventoline toutes les 6 heures puis relais par chambre d inhalation (baby-haler) le 06/02/2012
  • Route : nebulisation
  • Route : chambre d inhalation
  • Route : baby-haler
  • relations :
    • chambre d inhalation <--> baby-haler : coref

Condition (Condition)

Expressions qui indiquent la condition pour laquelle le médicament doit être administré. Ces expressions sont souvent des propositions conditionnelles et commencent par une expression conditionnelle telle que "si", "en cas de", "en fonction de"...

Qu'est-ce qui doit être annoté ?

Condition pour laquelle le médicament doit être administré.

Inclus (liste non exhaustive) :

• [en cas de] fièvre
• [si] besoin
• [si] veut
• [en fonction des] ASAT

Comment annoter ?

Annotez toujours la phrase adjectivale de base la plus informative ou la phrase nominale de base la plus courte comme condition du médicament. N'incluez pas les phrases complexes, n'incluez pas les phrases coordonnées. Au lieu de cela, extrayez de ces phrases la phrase de base, même si cela signifie que vous vous retrouverez avec plusieurs conditions.

Inclure les "si" ou les "en cas de", etc. dans l'annotation.

Exemples

• codenfan une dose/poids si besoin maximum 3x par jour
  • Condition : si besoin

S'il y a différentes conditions mentionnées pour le même médicament, alors inclure une entrée par condition et les relier au médicament. Dans les cas où plusieurs médicaments sont donnés avec la même condition, indiquez la condition et relié la avec tous les médicaments.

• il a ete explique aux parents d utiliser l oxygene en cas d inconfort, de paleur ou de gene respiratoire et non en fonction d un chiffre de saturation
  • Condition : en cas d inconfort
  • Condition : paleur
  • Condition : gene respiratoire
  • Condition : chiffre de saturation
  • contexte : non
  • relations :
    • en cas d inconfort --> oxygene : Refer_to
    • paleur --> oxygene : Refer_to
    • gene respiratoire --> oxygene : Refer_to
    • chiffre de saturation --> oxygene : Refer_to
    • non --> chiffre de saturation : Negation

Si une condition est composée de plusieurs sous-conditions (séparées par "et"), annoter séparément avec plusieurs entrées.

• melatonine 2mg : 1 gelule au coucher si agitation et probleme d endormissement
  • Condition : si agitation
  • Condition : probleme d endormissement

Les différentes façons de désigner la même condition pour les médicaments doivent être traitées comme des conditions distinctes, rajouter une relation coref.

• en cas d'anemie aregenerative (hemolyse non mecanique) augmenter les corticoides
  • Condition : en cas d'anemie aregenerative
  • Condition : hemolyse non mecanique
  • relations :
    • en cas d'anemie aregenerative <--> hemolyse non mecanique : coref

Date (Date)

Annotez toutes les mentions temporelles mentionnées présentes dans les documents, rajoutez des relations si elles sont reliées à des médicaments. Annotez les dates relatives (dans 10 jours, il y a 6 mois ) comme des Date_relative.

Cette information est généralement exprimée par une date ou une heure. Annotez la date/heure la plus précise possible, sans prendre en compte les prépositions. Si une date est composée d'un jour et d'une horaire, annoter l'ensemble comme une seule entité (ex : 01/20/2022 02:00)

Qu'est-ce qui doit être annoté ?

En priorité il est nécessaire d'annoter la date la plus précise possible.

Comment annoter les relations avec les médicaments

Choisissez parmi les valeurs possibles :

• Start : date indiquant le début de la prise du médicament ou la date du début.
• Stop : date indiquant l'arrêt de la prise du médicament .
• Refer_to : date indiquant une notion de temporalité du médicament, sans spécifier la date de début ou de fin (ex : prise de 1 cp de doliprane le 21/01/2023)
• en_cours : date indiquant la poursuite de la prise du médicament

Exemples :

• le 01/20/2022 02:00
  • Date : 01/20/2022 02:00
• meningocoque a + c : 11/07.
  • Date : 11/07
  • Med : meningocoque a + c
  • relations :
    • 11/07 --> meningocoque a + c : Refer_to
• antibiotherapie debutee lors de la chirurgie, a arrete a j5
  • Classe : antibiotherapie
  • Date_relative : j5
  • relations :
    • j5 --> antibiotherapie : Stop
• doliprane du 11 mai au 25 mai
  • Med : doliprane
  • Date : 11 mai
  • Date : 25 mai
  • relations :
    • 11 mai --> doliprane : Start
    • 25 mai --> doliprane : Stop
• arret du nubain le 14/12/2010
  • Med : nubain
  • Date : 14/12/2010
  • relations :
    • 14/12/2010 --> nubain : Stop
• janvier 2006 : nouveau syndrome thoracique aigu, mise sous hydrea.
  • Med : hydrea
  • Date : janvier 2006
  • relations :
    • janvier 2006 --> hydrea : Start
• compte-rendu d hospitalisation de jour du 27/12/2012 pour sa 16ieme perfusion de remicade
  • Med : remicade
  • Date : 27/12/2012
  • relations :
    • 27/12/2012 --> remicade : Refer_to

Le passage d'un médicament à un autre comprend deux événements sur la même expression. Un médicament est arrêté et un autre est commencé.

• la pancytopenie s est compliquee apres la chimiotherapie d un sepsis a escherichia coli resistant a la tazocilline (tazocilline* depuis le 6 septembre 2010) traite par fortum a partir du 15 septembre 2010
  • Classe : chimiotherapie
  • Med : tazocilline
  • Med : tazocilline
  • Med : fortum
  • Date : 6 septembre 2010
  • Date : 15 septembre 2010
  • relations :
    • tazocilline <--> tazocilline : Coref
    • 6 septembre 2010 --> tazocilline : Start
    • 15 septembre 2010 --> tazocilline : Stop
    • 15 septembre 2010 --> fortum : Start

S'il y a plusieurs prescriptions (en terme de temporalité) pour un même évenement, annoter l'ensemble des entités et créer des relations permettant de recréer une frame pour chaque prescription. Relier tout les attributs à l'entité la plus discriminante entre les prescriptions ((dans l'ordre de préférence : date, dose, fréquence, voie d'administration ) .

• debut du traitement par ambisome le 29 mars 2014 a 3 mg/kg jusqu au 2 avril puis 5 mg/kg jusqu au 7 avril, puis 7,5 mg/kg jusqu au 30 avril
  • med : ambisome
  • Date : 29 mars 2014
  • Date : 2 avril
  • Date : 7 avril
  • Date : 30 avril
  • relations :
    • ambisome --> 29 mars 2014 : start
    • ambisome --> 2 avril : start
    • ambisome --> 7 avril : start
    • 2 avril --> 29 mars 2014 : end
    • 7 avril --> 2 avril : end
    • 30 avril --> 7 avril : end

Attributs de contexte

Que faut-il annoter ?

Il faut annoter les cas où le contexte d'une entité est modifié (négation, hypothétique, contre-indication, lié à une autre personne, diminution de la dose, augmentation de la dose) ou dans le cas d'un début ou arrêt d'un médicament. Les relations avec les entités caractériserent les éléments de contexte. Annoter la plus petite expression possible prenant en compte le contexte.

1. Annoter les entités modifiant le contexte de la phrase (ex: pas de prise de doliprane, relais par héparine).
2. Puis reliez ces éléments aux médicaments avec une des relations possible : Negation, Hypothetique,Contre_indique,Experiencer, Diminution , Augmentation, Start, Stop.

Ajouter ces entités et relations, même si une entité plus spécifique est présente (exemple une date pour Start, Stop)

Types de relations :

• Pour les médicaments suggérés ou incertains, un attribut de certitude Hypothetique doit être ajouté.

• Pour les médicaments non pris ou non donnés, un attribut de certitude Negation doit être ajouté (la relation sur un médicament négativé peut être annotée, par exemple, la relation entre avk et durée doit être annotée pour "pas d'avk pendant 2 jours").

• Pour les médicaments mentionnés comme contre-indication, la certitude Contre_indique doit être annotée.

• Expérimentateur (Experiencer) : Si la médication concerne d'autres personnes, elle doit être annotée avec un attribut d'expérimentateur

• Diminution augmentation (Diminution/augmentation) pour les médicaments ayant une notion de diminution augmentation sans temporalité clairement définie .

Exemples

• antibiotherapie debutee lors de la chirurgie, a arrete a j5
  • Classe : antibiotherapie
  • Context : lors de la chirurgie
  • relations :
    • lors de la chirurgie --> antibiotherapie : Start
• Aspirine 500mg /jour, pas de precription de dolipran
  • Med : Aspirine
  • Med : dolipran
  • Contexte : pas de prescription
  • relations : pas de prescription --> dolipran : Negation

Exemples Globaux:

1 :

• La pancytopenie s'est compliquée après la chimiothérapie d’un sepsis a Escherichia coli résistant a la tazocilline (tazocilline* depuis le 6 septembre 2010) traite par fortum à partir du 15 septembre 2010
  • Classe : chimiotherapie
  • Med : tazocilline
  • Med : tazocilline
  • Date : 6 septembre 2010
  • Med : fortum
  • Med : 15 septembre 2010
  • relations :
    • tazocilline --> tazocilline : Coref
    • 6 septembre 2010 --> tazocilline : Start
    • 15 septembre 2010 --> tazocilline : Stop
    • 15 septembre 2010 --> fortum : Start

2 :

• AUGMENTIN 600mg toutes les 8h jusuq'au 2019-10-11 inclus. PARACÉTAMOL(1;2) 250mg(1;2) toutes les 6h de façon systématique pendant 48h puis en cas de douleurs pendant 7 jours

• Med : AUGMENTIN

• Dosage : 600mg

• Freq : toutes les 8h

• Date : 2019-10-11

• Med : PARACETAMOL(1;2)

• Dosage : 250mg(1;2)

• Freq : toutes les 6h

• duree : 48h

• Condition : de façon systématique

• Contexte : puis

• duree : 7 jours

• Condition : en cas de douleurs

• relations :

  • 600mg --> AUGMENTIN : Refer_to

  • toutes les 8h --> AUGMENTIN : Refer_to

  • 2019-10-11 --> AUGMENTIN : Stop

  • 250mg(1;2) --> de façon systématique : Refer_to

  • toutes les 6h --> de façon systématique : Refer_to

  • PARACETAMOL(1;2) --> de façon systématique: Refer_to

  • 48h --> de façon systématique : Duree_presc

  • puis --> de façon systématique : Stop

  • 250mg(1;2) --> en cas de douleurs : Refer_to

  • PARACETAMOL(1;2) --> en cas de douleurs: Refer_to

  • 7 jours --> en cas de douleurs : Duree_presc

  • puis --> en cas de douleurs : Start

3.1 :

• Différence d'attribution des relations, cas simple, cas multi-frame

3.2 :

• il a été explique aux parents d’utiliser l oxygène en cas d’inconfort, de pâleur ou de gene respiratoire et non en fonction d’un chiffre de saturation
• Classe : oxygène
• Condition : en cas d’inconfort
• Condition : de pâleur
• Condition : gene respiratoire
• Contexte : non
• Condition : en fonction d’un chiffre de saturation
• relations :
• en fonction d’un chiffre de saturation --> oxygène : Refer_to
• gene respiratoire --> oxygène : Refer_to
• de pâleur --> oxygène : Refer_to
• en cas d’inconfort --> oxygène : Refer_to
• non --> en fonction d’un chiffre de saturation : Negation

4 :

• doliprane 1 dose poids*4/ jour si douleurs (paracetamol 1 boite)
  • Med : doliprane
  • Med : paracetamol
  • Dosage : 1 dose poids
  • Freq : 4/jour
  • Condition : si douleurs
  • Dosage : 1 boite
  • relations :
    • paracetamol --> doliprane : Coref
    • 1 dose poids --> doliprane : Refer_to
    • 4/jour --> doliprane : Refer_to
    • si douleurs --> doliprane : Refer_to

Ici le 1 boite ne correspond pas à une dose de médicaments, mais une dose de dispensation en pharmacie, ne pas le relié au médicament

5

• A l'arrêt du traitement par Lansoprazole 15 mg/jour, le patient présente une récidive des épigastralgies. Je lui renouvelle son traitement à la demande.

  • Contexte : A l'arrêt

  • Med : Lansoprazole

  • Dosage : 15 mg

  • Freq : /jour

  • relations :

    • A l'arrêt --> Lansoprazole : Stop
    • 15 mg --> Lansoprazole : Refer_to
    • /jour --> Lansoprazole : Refer_to

Ici pas assez de contexte pour savoir si le traitement renouvelé est le lansoprazole.

6

• SOLUPRED 7,5 mg/jour pendant 4 semaines (du 30/11/2020 au 27/12/2020 inclus) Puis 5 mg/jour pendant 4 semaines (du 28/12/2020 au 24/01/2021 inclus) Puis diminuer d?1 mg toutes les 4 semaines jusqu'?à l?arrêt complet du traitement.
  • Med : SOLUPRED
  • Dosage : 7,5 mg
  • Freq : /jour
  • Duree : 4 semaines
  • Date : 30/11/2020
  • Date : 27/12/2020
  • Dosage : 5 mg
  • Freq : /jour
  • Duree : 4 semaines
  • Date : 28/12/2020
  • Date : 24/01/2021
  • Contexte : diminuer
  • Dosage : 1 mg
  • Freq : toutes les 4 semaines
  • Contexte : jusqu'?à l?arrêt complet du traitement
  • relations :

    • SOLUPRED --> 7,5 mg : Refer_to

    • 30/11/2020 --> 7,5 mg : Start

    • /jour --> 7,5 mg : Refer_to

    • 4 semaines --> 7,5 mg : Duree_presc

    • 27/12/2020 --> 7,5 mg : Stop

    • SOLUPRED --> 5 mg : Refer_to

    • 28/12/2020 --> 5 mg : Start

    • /jour --> 5 mg : Refer_to

    • 4 semaines --> 5 mg : Duree_presc

    • 24/01/2021 --> 5 mg : Stop

    • jusqu'?à l?arrêt complet du traitement --> 24/01/2021 : Stop

    • 1 mg --> 24/01/2021 : Refer_to

    • diminuer --> 1 mg : Diminution

    • toutes les 4 semaines --> diminuer : Refer_to

7 :

• je ne modifie pas son traitement, soit toujours lasilix 20 mg/j, atacand 8 mg, ezetrol , calciparat 1 g, allopurinol 300 mg et crestor 5.
  • Contexte : toujours
  • Med : lasilix
  • Dosage : 20 mg
  • Freq : /j
  • Med : atacand
  • Dosage : 8 mg
  • Med : ezetrol
  • Med : calciparat
  • Dosage : 1 g
  • Med : allopurinol
  • Dosage : 300 mg
  • Med : crestor
  • Dosage : 5
  • relations :
    • toujours --> lasilix : en_cours
    • toujours --> atacand : en_cours
    • toujours --> ezetrol : en_cours
    • toujours --> calciparat : en_cours
    • toujours --> allopurinol : en_cours
    • toujours --> crestor : en_cours
    • 20 mg --> lasilix : Refer_to
    • /j --> lasilix : Refer_to
    • 8 mg --> atacand : Refer_to
    • 1 g --> calciparat : Refer_to
    • 300 mg --> allopurinol : Refer_to
    • 5 --> crestor : Refer_to

8 :

• Pluyqieurs bilans biologiques ont été réalisés notant un syndrome inflammatoire oscillant entre 11 et 45mg/l mi-juillet
• entre 11 et 45mg/l : dose
• mi-juillet : date

10 :

• traitement pendant 5 jours par clamoxyl iv puis relais per os

  • Duree : 5 jours

  • Med : clamoxyl

  • Route : iv

  • Contexte : puis

  • Route : per os

  • relations :

    • 5 jours --> iv : Duree_presc

    • clamoxyl --> iv : Refer_to

    • puis --> iv : Stop

    • clamoxyl --> per os : Stop

    • puis --> per os : Start

11

• nebulisation de ventoline toutes les 6 heures puis relais par chambre d inhalation (baby-haler) le 06/02/2012

  • Route : nebulisation

  • Med : ventoline

  • Freq : toutes les 6 heures

  • Route : chambre d inhalation

  • Route : baby-haler

  • Date : 06/02/2012

  • Contexte : puis

  • relations :

    • ventoline --> nebulisation : Refer_to

    • toutes les 6 heures --> nebulisation : Refer_to

    • 06/02/2012 --> nebulisation : Stop

    • puis --> nebulisation : Stop

    • baby-haler --> chambre d inhalation : Coref

    • 06/02/2012 --> chambre d inhalation : Start

    • puis --> chambre d inhalation : Start

    • ventoline --> chambre d inhalation : Refer_to

12

Les (1),(2),(3) sont uniquement présents pour différencier les différentes entités.

• (matin : 9-12 ui novorapid(1), 20 ui levemir(1), dans les 4 zones. (gouter : 5-7 ui novorapid(2). (soir : 6-8 ui novorapid(3), 15 ui levemir(2), dans les 4 zones.
  • Dosage : 9-12 ui
  • Med : novorapid(1)
  • Dosage : 20 ui
  • Med : levemir(1)
  • Dosage : 5-7 ui
  • Med : novorapid(2)
  • Dosage : 6-8 ui
  • Med : novorapid(3)
  • Dosage : 15 ui
  • Med : levemir(2)
  • Freq : Matin
  • Freq : gouter
  • Freq : soir
  • relations :

    • 9-12 ui --> novorapid(2) : Refer_to

    • 6-8 ui --> novorapid(3) : Refer_to

    • 5-7 ui --> novorapid(1) : Refer_to

    • novorapid(2) --> novorapid(1) : Coref

    • novorapid(3) --> novorapid(1) : Coref

    • Matin --> novorapid(1) : Refer_to

    • soir --> novorapid(3) : Refer_to

    • gouter --> novorapid(2) : Refer_to

    • 15 ui --> levemir(2) : Refer_to

    • 20 ui --> levemir(1) : Refer_to

    • levemir(2) --> levemir(1) : Coref

    • Matin --> levemir(1) : Refer_to

    • soir --> levemir(2) : Refer_to