Para poder ejecutar el código se necesita de las siguientes librerias
opencv-python 4.4.0.46
pydicom 2.1.1
scikit-image 0.16.2
SimpleITK 2.0.2
tqdm 4.54.1
También se puede crear un ambiente virtual con conda, mediante el archivo .yml, solo es necesario ejecutar el comando
conda env create -f environment.yml
Para poder ejecutar el codigo, solo sera necesario ubicarse en la carpeta donde se encuantra el archivo .py y el comando:
python Read_dcm.py --data <Path to dcm files>
El codigo buscará todos los archivos que concluyan en .dcm o .DCM, para posteriormente leerlos y convertirlos a .tif
Tambien se pueden haceptar los siguientes argumentos opcionales:
--width <new_width>
--height <new_height>
--wh <new_shape>
se aceptan enteros como valores y la funcion de estos argumentas es hacer internamente un reshape al arreglo obtenido de los archivos .dcm, de modo que es posible modificar de forma independiente el alto y ancho de la imagen resultante.