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Structure shrink

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     log_drain=jnp.array([]),
 )
 structure = KineticModelStructure(
-    S=jnp.array([[-1, 0, 0], [1, -1, 0], [0, 1, -1], [0, 0, 1]]),
-    water_stoichiometry=jnp.array([0, 0, 0]),
+    S=jnp.array(
+        [[-1, 0, 0], [1, -1, 0], [0, 1, -1], [0, 0, 1]], dtype=jnp.float64
+    ),
     balanced_species=jnp.array([1, 2]),
-    rate_to_enzyme_ix=[[0], [1], [2]],
-    rate_to_km_ixs=jnp.array([[0, 1], [2, 3], [4, 5]]),
-    species_to_metabolite_ix=jnp.array([0, 0, 1, 1]),
-    rate_to_subunits=jnp.array([1, 1, 1]),
-    rate_to_tc_ix=[[0], [1], []],
-    rate_to_dc_ixs_activation=[[0], [], []],
-    rate_to_dc_ixs_inhibition=[[], [1], []],
-    rate_to_drain_ix=[[], [], []],
-    drain_sign=[],
-    dc_to_species_ix=jnp.array([2, 1]),
-    ki_to_species_ix=jnp.array([1]),
-    rate_to_ki_ixs=[[], [0], []],
+    unbalanced_species=jnp.array([0, 3]),
 )
+
 unparameterised_model = UnparameterisedKineticModel(
     structure,
     [
-        AllostericReversibleMichaelisMenten,
-        AllostericReversibleMichaelisMenten,
-        ReversibleMichaelisMenten,
+        AllostericReversibleMichaelisMenten(
+            kcat_ix=0,
+            enzyme_ix=0,
+            km_ix=jnp.array([0, 1], dtype=jnp.int16),
+            ki_ix=jnp.array([], dtype=jnp.int16),
+            reactant_stoichiometry=jnp.array([-1, 1], dtype=jnp.int16),
+            reactant_to_dgf=jnp.array([0, 0], dtype=jnp.int16),
+            ix_ki_species=jnp.array([], dtype=jnp.int16),
+            substrate_km_positions=jnp.array([0], dtype=jnp.int16),
+            substrate_reactant_positions=jnp.array([0], dtype=jnp.int16),
+            ix_substrate=jnp.array([0], dtype=jnp.int16),
+            ix_product=jnp.array([1], dtype=jnp.int16),
+            ix_reactants=jnp.array([0, 1], dtype=jnp.int16),
+            product_reactant_positions=jnp.array([1], dtype=jnp.int16),
+            product_km_positions=jnp.array([1], dtype=jnp.int16),
+            water_stoichiometry=jnp.array(0.0),
+            tc_ix=0,
+            ix_dc_inhibition=jnp.array([], dtype=jnp.int16),
+            ix_dc_activation=jnp.array([0], dtype=jnp.int16),
+            species_activation=jnp.array([2], dtype=jnp.int16),
+            species_inhibition=jnp.array([], dtype=jnp.int16),
+            subunits=1,
+        ),
+        AllostericReversibleMichaelisMenten(
+            kcat_ix=1,
+            enzyme_ix=1,
+            km_ix=jnp.array([2, 3], dtype=jnp.int16),
+            ki_ix=jnp.array([0]),
+            reactant_stoichiometry=jnp.array([-1, 1], dtype=jnp.int16),
+            reactant_to_dgf=jnp.array([0, 1], dtype=jnp.int16),
+            ix_ki_species=jnp.array([1]),
+            substrate_km_positions=jnp.array([0], dtype=jnp.int16),
+            substrate_reactant_positions=jnp.array([0], dtype=jnp.int16),
+            ix_substrate=jnp.array([1], dtype=jnp.int16),
+            ix_product=jnp.array([2], dtype=jnp.int16),
+            ix_reactants=jnp.array([1, 2], dtype=jnp.int16),
+            product_reactant_positions=jnp.array([1], dtype=jnp.int16),
+            product_km_positions=jnp.array([1], dtype=jnp.int16),
+            water_stoichiometry=jnp.array(0.0),
+            tc_ix=1,
+            ix_dc_inhibition=jnp.array([1], dtype=jnp.int16),
+            ix_dc_activation=jnp.array([], dtype=jnp.int16),
+            species_activation=jnp.array([], dtype=jnp.int16),
+            species_inhibition=jnp.array([1], dtype=jnp.int16),
+            subunits=1,
+        ),
+        ReversibleMichaelisMenten(
+            kcat_ix=2,
+            enzyme_ix=2,
+            km_ix=jnp.array([4, 5], dtype=jnp.int16),
+            ki_ix=jnp.array([], dtype=jnp.int16),
+            ix_substrate=jnp.array([2], dtype=jnp.int16),
+            ix_product=jnp.array([3], dtype=jnp.int16),
+            ix_reactants=jnp.array([2, 3], dtype=jnp.int16),
+            reactant_to_dgf=jnp.array([1, 1], dtype=jnp.int16),
+            reactant_stoichiometry=jnp.array([-1, 1], dtype=jnp.int16),
+            ix_ki_species=jnp.array([], dtype=jnp.int16),
+            substrate_km_positions=jnp.array([0], dtype=jnp.int16),
+            substrate_reactant_positions=jnp.array([0], dtype=jnp.int16),
+            product_reactant_positions=jnp.array([1], dtype=jnp.int16),
+            product_km_positions=jnp.array([1], dtype=jnp.int16),
+            water_stoichiometry=jnp.array(0.0),
+        ),
     ],
 )
 model = KineticModel(parameters, unparameterised_model)