GBM8378

Cours "Principes d'imagerie biomédicale" à Polytechnique Montréal.

Ce répertoire contient le matériel de laboratoire pour ce cours.

Documentation et ressources

Pour débuter avec Python, on recommande cet excellent tutoriel par Guillaume Sheehy.

Mise en route (sur poste informatique local)

1) Installer miniconda pour préparer l'environnement python.

Note: Pour MacOS avec la puce M1/M2/M3, installer la version x86_64.pkg (version Intel).

Sur la page d'installation, choisir, MacOS/Linux installation --> MacOS terminal Installer --> Intel

2) Cloner ce répertoire GitHub sur votre ordinateur et sélectionner la dernière version:

git clone https://github.com/jcohenadad/GBM8378.git
cd GBM8378
git checkout r20241218

• Pour les usagers Windows, vous devrez peut-être installer git avant de cloner ce répertoire GitHub.
• Si git clone ne fonctionne pas, vous pouvez télécharger directement la dernière version de ce répertoire sur votre ordinateur.

3) Une fois que miniconda est installée et que ce répertoire est cloné, lancez les commandes suivantes pour créer votre environnement virtuel et lancez jupyter notebook:

Après, lancez les commandes suivantes pour créer l'environnement virtuel et ouvrir le notebook.

⚠️ Note: Ne pas utiliser le notebook dans VScode, certaines images n'afficheront pas.

conda env create -f environment.yml # Seulement pour créer l'environnement (peut prendre quelques minutes)

# Lancer le jupyter notebook:
conda activate env-GBM8378  # À faire à chaque fois que vous voulez lancer le notebook
jupyter notebook  

• Assurez-vous que sur votre terminal, vous êtes bien dans le dossier GBM8378 lorsque vous appelez le fichier environment.yml
• Pour les usagers Windows, vous devrez peut-être écrire ces commandes dans Anaconda Prompt si cmdne reconnait pas conda.

Assurez-vous d'avoir la dernière version des fichiers en effectuant un git pull du répertoire avant chaque nouveau laboratoire. Déplacez vos Notebooks ailleurs si vous ne voulez pas qu'ils soient écrasés par la dernière version.

Créer PDF

Sur le jupyter notebook, imprimez la page et exporter/enregistrer au format PDF.

Mise en route (avec Binder)

Cliquez sur l'icône Binder:

Attendre que Binder termine de créer l'environnement (peut prendre 5-10 minutes), après cliquez sur le Jupyter notebook. Ex.: sous lab3-irm/GBM8378-lab3-IRM.ipynb.

Attention: Après 10 d'inactivité, Binder va s'arrêter et vous devrez le relancer à nouveau. Enregistrez votre travail avant de fermer le notebook ou il sera perdu.