AmberTools23: antechamber -i mol.pdb -fi pdb -o mol_bcc.mol2 -fo mol2 -pf y -c bcc parmchk2 -i mol_bcc.mol2 -f mol2 -o mol_gaff2.frcmod -s 2 -a Y -pf 2 -FC 2 amber2lt.py --in mol.frcmod --name MyForceField >> my_force_field.lt mol22lt.py --in mol_bcc.mol2 --out aac.lt --name Aac --ff MyForceField --ff-file my_force_field.lt 获得基底lt模板文件： ltemplify.py -name slab slab.data > slab.lt 其中slab.dataw文件是使用msi2lmp.exe工具获得的！ 通过packmol获得system.pdb格式： packmol < min.inp min.inp: tolerance 2.0 filetype pdb output systemAB.pdb add_box_sides structure SLAB.pdb number 1 inside box 0. 0. 6. 62. 65. 35. end structure structure GLU.pdb number 30 inside box 0. 0. 20. 62. 65. 90. end structure structure spce.pdb number 30 inside box 0. 0. 20. 62. 65. 90. end structure 通过moltemplate.sh获得与systemAB.pdb缺失的拓扑参数；、 moltemplate.sh -pdb systemAB.pdb system.lt