MaNGA Portal

Installation

Clone the repository

git clone https://github.com/linea-it/manga.git
cd manga

Development

1; Configuration

You can modify the variables inside the file .env.dev.

2; Running database only in first time.

docker-compose up database

After message: database system is ready to accept connections stop database container ctrl + c

3; Build and run backend

docker-compose up backend

Create django super user

docker-compose exec backend python manage.py createsuperuser

4; Build and run Frontend

docker-compose run frontend yarn

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Insert Data

Os dados do portal Manga consitem em duas entidades principais a lista de objetos e os megacubos.

Cada objeto possui um arquivo megacubo que possui varios HDUs.

Para que o portal tenha acesso aos dados de um megacubo primeiro temos que importar a lista de objetos que será registrada em uma tabela no database.

No momento que escrevo o arquivo com os objetos, foi disponibilizado pelo Rogerio Riffel. O arquivo contem varios atributos dos objetos, mas para o portal o importante são os campos necessários para montar o path para os megacubos. O nome do arquivo que foi disponibilizado é drpall-v3_1_1.fits

Pontos de atenção:

• Só é ingerido no banco os objetos que possuem o arquivo Megacubo no diretório /images.
• O filename do arquivo está sendo montado dinamicamente dentro do código, pode acontecer dos arquivos no diretório estarem com um nome diferente, neste caso é necessário alterar o código. O filename é manga-<plateifu>-MEGACUBE.fits sendo plateifu extraido da lista de objetos.

Considerando que o arquivo de objetos se chama drpall-v3_1_1.fits e está no diretório montado como /images e que existam arquivos megacubo neste diretório.

Estando com os containers do ambiente ligado execute o seguinte comando para preencher a tabela de objetos.

docker-compose exec backend python manage.py insert_metadata drpall-v3_1_1.fits

Proximo passo é extrair os HDUs do megacubo em arquivos menores. isto é necessário para permitir um acesso rápido aos dados pela interface. Cada megacubo tem ~1GB o que torna inviavel a sua leitura em tempo real, para isso esse comando abre cada megacubo que foi registrado pelo insert_metada e executa rotinas para extrair os dados. Para cada megacubo no diretório /images que tenha cido registrado na etapa anterior, será criado um diretório /images/megacube_parts/manga-<plateifu>/ com um arquivo .json para cada HDU extraido.

OBS: Atualmente só são suportados megacubos compactados (tar.bz2)

docker-compose exec backend python manage.py extract_image_parts

Build Manual das imagens docker

cd frontend
docker build -t linea/manga_frontend:$(git describe --always) .

cd backend
docker build -t linea/manga_backend:$(git describe --always) .

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Arquivos de exemplo: https://www.dropbox.com/sh/ksyxnnm4l7rgbjy/AADRj3hu6b7FIetRThbZCWpJa?dl=0

https://github.com/danielrd6/ifscube

tar -xvjf manga-8261-3702-MEGACUBE.fits.tar.bz2 manga-8261-3702-MEGACUBE.fits

https://github.com/danielrd6/ifscube/blob/master/bin/fit_scrutinizer

fit_scrutinizer manga-8261-3702-MEGACUBE.fits --small-screen