Labbook.txt

Podział pracy do tej pory:
Łukasz - nadzorowanie prac grupy, komunikacja z opiekunem projektu, utworzenie i utrzymywanie w porządku repozytorium na github, ustalenie strategii uzywania git (podzial na branches); dzielenie zadań między członków zespołu
- w 1 etapie projektu: utworzenie long-range interaction harmonicznego i z pomocą opiekuna namienienie tego w flat-bottom-force, 
- na głownym etapie projektu: utworzenie wstępnej macierzy zawierającej czas symulacji, siły wiązań, które się mają zmieniać; utworzenie pętli, która bierze z macierzy kolejne wartości sił wiązań, poprawa pętli poprawiająca wykres energii;
Ela i Łukasz - zrozumienie jak używa się narzędzia MDMovie w chimerze i wgrywanie tam skryptu kolorującego; rozczytanie kodu programu run_pinned.py; ustalenie strategii działania: macierz, co ileś kroków o małą wartość ma zmieniać sie siły wiązania
Ela - sprawdzenie, czy w symulacji z użyciem openmm puszczenie simulation.step z 1 krokiem 200 razy jest tym samym co puszczenie simulation.step raz z 200 krokami (steps_per_cycle) pod względem wyników i czasu działania; puszczanie symulacji z różną liczbą kroków po każdej zmianie siły wiązania
Maciek - puszczanie symulacji i tworzenie filmów w MDMovie; zrobienie sinusoidalnej macierzy, próbowanie różnych rodzajów macierzy w celu zrobienia stałej energii całkowitej, stworzenie generatora sinusoidalnej oraz liniowej macierzy z wartościami sił wiązania od 0 do zadanej wielkości w md_utils i wywoływana w głównym programie; napisanie programu kontakty.py generującemu macierz kontaktów z pliku CDC

Planowany podział:
Ela - wstęp teoretyczny w raporcie
Łukasz - opisanie wyników i wniosków w raporcie; formatowanie raportu w LateX; porównanie wyników z danymi eksperymentalnymi
Łukasz i Maciek - napisanie kodu one-sided simulation