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Dev/v2024 changes during commenting #42

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Oct 15, 2024
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Changes from 37 commits
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38 commits
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7d9ef60
Add Publisher, Version, Copyright and Date to ValueSets
lucscherer Sep 3, 2024
18d83cd
Update Date to ballot-startdate
lucscherer Sep 3, 2024
6e6f938
Add Publisher and Copright to Profiles
lucscherer Sep 3, 2024
d20de36
Update Date to ballot-startdate
lucscherer Sep 3, 2024
288e173
Add Copyright to extensions
lucscherer Sep 3, 2024
6de93bb
structureupdate
lucscherer Sep 3, 2024
746a387
Update JSON after FSH updates
lucscherer Sep 3, 2024
23c0dc5
Fix ReadME
lucscherer Sep 4, 2024
4778586
Fix Readme
lucscherer Sep 4, 2024
9604814
UPdate Readme
lucscherer Sep 4, 2024
952e126
Add Github Actions
lucscherer Sep 4, 2024
38424fa
Add custom rules qc
lucscherer Sep 4, 2024
7f8af63
Add PAckage.json
lucscherer Sep 4, 2024
b2416b1
Update Custom rules
lucscherer Sep 4, 2024
1e589c6
Update Version Custom Rules
lucscherer Sep 4, 2024
f950afc
UPdate CI Validation
lucscherer Sep 4, 2024
cab6aa9
Update Readme
lucscherer Sep 4, 2024
270401a
Update README.md
lucscherer Sep 4, 2024
efc9aa1
Update README.md
lucscherer Sep 4, 2024
b6779e4
Update Readme
lucscherer Sep 4, 2024
9cf504c
Fix Readme
lucscherer Sep 4, 2024
563140f
Update Readme
lucscherer Sep 4, 2024
c17026e
Update readme
lucscherer Sep 4, 2024
b541c1a
Typo Fix Readme
lucscherer Sep 4, 2024
6577bd1
Fix SearchParams
lucscherer Sep 6, 2024
cfdf54e
Fixes after CI Validation
lucscherer Sep 6, 2024
5f666ef
Fix IG Style Export Issue
lucscherer Sep 20, 2024
1394d6c
Add additional UMLs
lucscherer Sep 20, 2024
6019f88
Update Profiles
lucscherer Sep 20, 2024
06b3641
UML Fix References, Cardinalities, an missing Content
lucscherer Sep 23, 2024
ebbe09a
Add additional Report UMLs
lucscherer Sep 23, 2024
1d04289
Fix Typos and Content of LM
lucscherer Sep 23, 2024
6fbec49
Typofix
lucscherer Sep 30, 2024
2586809
Splitting Extension PT and NM
lucscherer Oct 2, 2024
685c6ff
Update Searchparams
lucscherer Oct 2, 2024
97b808f
Update SPs and CPS
lucscherer Oct 2, 2024
0c53fab
Add new UMLs
lucscherer Oct 2, 2024
cae7033
Merge branch 'main' into dev/v2024
lucscherer Oct 15, 2024
File filter

Filter by extension

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Diff view
Diff view
45 changes: 45 additions & 0 deletions .github/workflows/main.yml
Original file line number Diff line number Diff line change
@@ -0,0 +1,45 @@
# This is a basic workflow to help you get started with Actions

name: CI (FHIR Validation)

# Controls when the action will run.
on:
# Triggers the workflow on push or pull request events but only for the master branch
push:
branches: [ master, main ]
pull_request:
branches: [ master, main ]

# Allows you to run this workflow manually from the Actions tab
workflow_dispatch:

# A workflow run is made up of one or more jobs that can run sequentially or in parallel
jobs:

# Validate all resources using Firely Terminal
CI_FHIR_VALIDATION:
# The type of runner that the job will run on
runs-on: ubuntu-latest

# Steps represent a sequence of tasks that will be executed as part of the job
steps:

- name: Checkout code
uses: actions/checkout@v3

# Java and .NET are already installed on ubuntu-latest

- name: Firely.Terminal (GitHub Actions)
uses: FirelyTeam/[email protected]
with:
PATH_TO_CONFORMANCE_RESOURCES: fsh-generated/resources
PATH_TO_EXAMPLES: fsh-generated/resources
PATH_TO_QUALITY_CONTROL_RULES: qc/custom
DOTNET_VALIDATION_ENABLED: true
JAVA_VALIDATION_ENABLED: true
EXPECTED_FAILS: VALIDATION_CONFORMANCE_DOTNET VALIDATION_CONFORMANCE_JAVA VALIDATION_EXAMPLES_JAVA
OUTPUT_FORMAT: RAW
JAVA_VALIDATION_OPTIONS: -allow-example-urls true -tx n/a
SIMPLIFIER_USERNAME: ${{ secrets.SIMPLIFIER_USERNAME }}
SIMPLIFIER_PASSWORD: ${{ secrets.SIMPLIFIER_PASSWORD }}
JAVA_VALIDATOR_VERSION: 6.3.2
2 changes: 1 addition & 1 deletion .gitignore
Original file line number Diff line number Diff line change
Expand Up @@ -204,6 +204,6 @@ fabric.properties
/input-cache/*
/node_modules/*
package-lock.json
package.json
# package.json
.idea/*
.history
69 changes: 46 additions & 23 deletions README.md
Original file line number Diff line number Diff line change
@@ -1,45 +1,38 @@
# Erweiterungsmodul Bildgebung
_Erweiterungsmodul Diagnostik: Befunde bildgebender Verfahren_
## Medizininformatik-Initiative - Kerndatensatz - Modul Diagnostik: Befunde bildgebender Verfahren

Subtask AG:
- [AG Befundtext](#teilmodul:-befundtext)
- [AG Imaging Metadaten](#teilmodul:-imaging-metadaten)
### Übersicht

Dieses Begleitdokument dient als Vorschlag zum Vorgehen bezüglich der Implementierung und Datensatzbeschreibung.
[![FHIR Project on GitHub.com](https://img.shields.io/badge/FHIR_project_on_GitHub.com-kerndatensatzmodul--bildgebung-green)](https://github.com/medizininformatik-initiative/kerndatensatz-bildgebung)

Hiermit soll das Dokument für die **1. Ballotierungsphase** (_23.08.2024 – 04.10.2024_) freigegeben werden.
[![CI (FHIR Validation)](https://github.com/medizininformatik-initiative/kerndatensatz-bildgebung/actions/workflows/main.yml/badge.svg)](https://github.com/medizininformatik-initiative/kerndatensatz-bildgebung/actions/workflows/main.yml)

---
Das vorliegende Projekt beschreibt die FHIR-Spezifikation des Erweiterungsmoduls 'Diagnostik: Befunde bildgebender Verfahren', welches einen zentralen Teil des Kerndatensatzes der Medizininformatik-Initiative darstellt. Die hier veröffentlichten FHIR-Profile und ImplemenationGuides dienen als zentrale und verbindliche Spezifikation für die syntaktische und semantische Kodierung der Modulinhalte

## Updates
2024.01.16 - Restrukturierung und Verschönerung des UML Diagramms von Lucas Scherer (UKER).

2024.02.06 - UML-Anpassung an die Guidelines des EU Health Data Space (AG Befundtext).
### Status

2024.04.19 - Finale Überarbeitung UML für NSG-Beschlussvorlage
Aktuelle Kommentierungsversion: [2025.0.0-ballot](https://simplifier.net/packages/de.medizininformatikinitiative.kerndatensatz.bildgebung/2025.0.0-ballot)

2024.08.23 - Finale Überarbeitung der FHIR-Implementierung und des Implementation Guides für die 1. Ballotierungsphase
Alle veröffentlichen FHIR-Artefakte innerhalb des Projektes verfügen über einen Status durch welchen der jeweilige Reifegrad abgeleitet werden kann. Profile mit dem Status 'Draft' wurden noch nicht ballotiert und können noch diversen und substantiellen Änderungen unterliegen. Verpflichtende und ballotierte Ergebnisse sind unter dem Tab 'Packages' zu finden.

### Mitwirkungs- und Kommentierungsmöglichkeiten

## Kurzbeschreibung
Das Erweiterungsmodul Bildgebung umfasst sowohl ein Teilmodul zum _radiologischen_ **Befund** (z.B. Indikation, Beurteilung, Auffälligkeiten, Aufnahmequalität etc.) als auch ein Teilmodul zu den **Imaging-Metadaten**, welche im DICOM-Header enthalten sind (z.B. technische Parameter, Studiendetails, Modalitäten, Körperregionen und -seiten etc.).
* Kommentareinreichung via [GitHub](https://github.com/medizininformatik-initiative/kerndatensatz-bildgebung/issues)
* Diskussionsforum im int. [FHIR-Chat](https://chat.fhir.org/#narrow/stream/179307-german.2Fmi-initiative)
* Teilnahme am [Interoperabilitätsforum](https://wiki.hl7.de/index.php?title=Interoperabilit%C3%A4tsforum)

Eine detaillierte Version der Modulbeschreibung und Aufbau finden Sie im Sharepoint der MII unter:
- [Taskforce Kerndatensatz > 04_Erweiterungsmodule > Modul_Befunde_bildgebender_Verfahren > 02_Dokumente > Feedback_Round_1 ([Link](https://tmfev.sharepoint.com/:w:/r/sites/tmf/mi-i/_layouts/15/Doc.aspx?sourcedoc=%7B9AABAF04-58FC-44A7-A22C-0B2F47D79AFC%7D&file=2023-12-20_KDS_Modul_Befunde_bildgebender_Verfahren_Feedback.docx&action=default&mobileredirect=true&wdsle=0](https://tmfev.sharepoint.com/sites/tmf/mi-i/Taskforce%20Kerndatensatz/Forms/AllItems.aspxid=%2Fsites%2Ftmf%2Fmi%2Di%2FTaskforce%20Kerndatensatz%2F04%5FErweiterungsmodule%2FModul%5FBefunde%5Fbildgebender%5FVerfahren%2F02%5FDokumente%2FFeedback%5FRound%5F1)))
### Zusammenfassung

---
Das Erweiterungsmodul Bildgebung umfasst sowohl ein Teilmodul zum _radiologischen_ **Befund** (z.B. Indikation, Beurteilung, Auffälligkeiten, Aufnahmequalität etc.) als auch ein Teilmodul zu den **Imaging-Metadaten**, welche im DICOM-Header enthalten sind (z.B. technische Parameter, Studiendetails, Modalitäten, Körperregionen und -seiten etc.).

## Teilmodul Befundtext
#### Teilmodul Befundtext
Das Teilmodul zum Befund berücksichtigt zwei Sichtweisen, deren gemeinsames Element die Entität Befundbericht ist:
1. bereits hochstrukturierte Reports und deren Ergebnisse können über die generische Beobachtung abgebildet werden,
2. un- bzw. semistrukturierte Befunde (i.e. historische Freitext-Befunde) können über die Entitäten semistrukturierter Befundbericht und Befundabschnitt abgebildet werden. Hier ist es zusätzlich möglich, einzelne strukturierte Beobachtungen auch als generische _Observations_ abzubilden.

Dieses Konzept ermöglicht einerseits der Abbildung und Einschließung der bereits vorliegenden retrospektiven historischen Befunde (i.S.v. „backward compatibility“) der Standorte, andererseits bietet dies die Möglichkeit für die Berücksichtigung der neuen hochstrukturierten Befundtemplates von
Tools aus der Industrie (i.S.v. „foward compatibility“).

---

## Teilmodul Imaging Metadaten
#### Teilmodul Imaging Metadaten
Die hier vorliegende Spezifikation des Informationsmodells bezieht sich auf die Metadaten. Dafür wurde sich an der FHIR Ressource „ImagingStudy“ aus der [FHIR-Kernspezifikation](https://hl7.org/fhir/R4/imagingstudy.html) orientiert und überlegt, welche Elemente für die MII relevant sind und welche zusätzlichen Attribute der DICOM-Header abgebildet werden sollen.

Zur Modellierung wurde das Teilmodul „Metadaten“ analog zu der Hierarchie im DICOM-Standard und in der Imaging Study in drei Teilmodule strukturiert:
Expand All @@ -48,3 +41,33 @@ Zur Modellierung wurde das Teilmodul „Metadaten“ analog zu der Hierarchie im
- Instanzebene

Zusätzlich gibt es modalitätsspezifische Metadaten, die sich je nach vorliegender Modalität unterscheiden. Im Moment werden die Modalitäten MR, CT, DX, CR, MG, NM und PET betrachtet und es ist geplant, in einem stufenweisen Verfahren, in Zukunft auch weitere modalitätsspezifische Attribute anderer Modalitäten zu spezifizieren.

#### Updates
2024.01.16 - Restrukturierung und Verschönerung des UML Diagramms von Lucas Scherer (UKER).

2024.02.06 - UML-Anpassung an die Guidelines des EU Health Data Space (AG Befundtext).

2024.04.19 - Finale Überarbeitung UML für NSG-Beschlussvorlage

2024.08.23 - Finale Überarbeitung der FHIR-Implementierung und des Implementation Guides für die 1. Ballotierungsphase

### Wichtige Dokumente und Links

* [Beschreibung des MII-Kerndatensatzes in der Version 1.0 vom 10.3.2017 (PDF)](https://www.medizininformatik-initiative.de/sites/default/files/inline-files/MII_04_Kerndatensatz_1-0.pdf)
* [Datenmodellbeschreibung des MII-Kerndatensatzes in ART-DECOR](https://art-decor.org/ad/#/mide-/datasets/dataset/2.16.840.1.113883.3.1937.777.24.1.1/2018-06-05T12:44:12/concept/2.16.840.1.113883.3.1937.777.24.2.2795/2023-11-14T08:32:26)
* [GitHub Repository](https://github.com/medizininformatik-initiative/kerndatensatz-bildgebung)

### Autoren und Ansprechpartner

#### Leitung des Moduls:

* Máté Maros, Universitätsmedizin Mannheim

#### Technische Umsetzung:

* Steven Böhner (Technische Umsetzung FHIR Profile, Implementation Guides)
* Viola Braunmüller (Technische Umsetzung FHIR Profile, Implementation Guides)
* Noemi Deppenwiese (Technische Umsetzung FHIR Profile, Implementation Guides)
* Alexa Iancu (Technische Umsetzung FHIR Profile, Implementation Guide, Logical Models)
* Johannes Kast (Technische Umsetzung FHIR Profile)
* Lucas Scherer (Technische Umsetzung FHIR Profile, Implementation Guides)
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