Overlap, Layout, and Multiple Alignment
Yazmış olduğum java kodu, Kullanıcıdan alınmış bir DNA veya rastgele oluşturulmuş bir DNA ile istenilen adette sekanslar elde ederek bu sekansların ters komplementlerini oluşturmaktadır. Bu işlemleri “dnaolustur , sekansolustur ve tumleyensekansolustur” adlı metodlar yerine getirmektedir. Ayrıca elde edilen sekanslar ve komplementleri ile skorlama işlemi ”skorlama” metodu ile yapılarak skorlar OverlapMatrisi içinde tutulmaktadır ve oluşturulan sekanslar ve overlap matrisi “.txt” uzantılı bir dosyaya yazılmaktadır. Son olarak ise, bu skorlara göre Layout işlemi için örtüşen sekanslar alttan ve üstten eklenerek ekrana yazılmaktadır.