Oreome

Introduction

• tOxicopROtEOMics Lab. Expansions
• 성균관대학교 독성단백체학 연구실 단백체 분석을 위한 자동화 파이프라인 프로젝트
• 원활한 연구활동을 위해 데이터 전처리, API를 이용해 인포매틱스 정보를 인앤아웃하는 등의 기능들을 구현함으로 연구실 데이터 처리 프로세스를 자동화함을 목표로 하고 있습니다.

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Context

우리 연구실에 적용하는 옵스

Chapter 1. Shotgun Proteomics 데이터 핸들링

1. Maxquant

   1. Search 후의 디렉터리
   2. combined/txt 디렉터리의 파일들
      • proteinGroups.txt
      • Modification (X)Sites.txt
      • 그 외
   3. Maxquant, Perseus 데이터 export
   4. DIA datasheets

2. Mascot

Chapter 2. 데이터베이스 파싱과 API 활용방안

1. Uniprot: 넘버원 단백질 데이터베이스
   1. Uniprot API 이용한 ID mapping
   2. idmapping_yyyy_mm_dd.json 트리와 파싱

2. SIB Expasy: 인포매틱스 툴스
   1. Prosite & ScanProsite
   2. 최대 10개?

3. DAVID Bioinformatic Resources

4. Gene Ontology

5. KEGG

6. Reactome

Chapter 3. 시각화 중심의 데이터 분석

1. Motif 분석을 위한 sequence alignment

2. [데이터 N수에 따른 평균 차이 검정]

3. DAVID Annotation Table to Dot-plot

4. Clustering

5. peptide spectrum visualize

Chapter 4. 같이 보기

1. 사용자 패키지는 setup.py 로 관리하자

2. [자주 등장하는 통계]

3. [Data integration tools]

4. [PrimerBank 에서 primer 검색 자동화]

5. [ProteomeXchange 데이터 업로드와 SDRF]

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Upcomming

Process *.txt file from MaxQuant Software.

• evidence.txt
• modification (X)Sites.txt
• peptides.txt
• proteinGroups.txt

Visualization

• Correlations
• LE(%) for TMT, SILAC
• Box-plot, Venn-diagram, Volcano-plot
• Clustering: Hierachical, UMAP

The others

• Uniprot: (ID mapping)
• DAVID
• Omics integration

Updates (Major)

2022.06.16. Project released.
2023.01.17. Renew (organize old files, Update folder structure.)
2023.01.19. Uniprot API - id mapping 2024.06.26. DAVID annotaion table to dot plot (.ipynb ver)