Genome Sequencing

Week 1 - How do we aseemble genomes? part I

Shotgun Sequencing을 하기 위해 적절한 데이터 구조를 알아보자.

과제 사례

파일명	내용	결과	비고
OverlapGraph.py	주어진 k-mers 데이터에서 뒤의 k-1과 앞의 k-1가 겹치는 k-mer끼리 묶어서 output을 출력한다	ATGCG GCATG CATGC AGGCA GGCAT GGCAC	CATGC: ATGCG \ GCATG: CATGC \ GGCAT: GCATG \ AGGCA: GGCAC GGCAT
DeBrujinGraphFromKMers.py	위의 OverlapGraph.py와 달리 k-mers와 k-mers 간의 연결 관계를 표시하는 것이 아니라, k-mer의 앞의 k-1 부분(prefix)과 뒤의 k-1(suffix)를 edge로 만든다. 즉, k-mer가 노드가 되는 것이 아니라 엣지로서 표현된다.	GAGG CAGG GGGG GGGA CAGG AGGG GGAG	AGG: GGG \ CAG: AGG AGG \ GAG: AGG \ GGA: GAG \ GGG: GGA GGG

Week 2 - How do we aseemble genomes? part II

오일러 경로와, d 간격을 두고 읽은 k-mer를 통해 error를 교정하는 sequencing을 해보자.

과제 사례

파일명	내용	결과	비고
EulerianCycle.py	주어진 edge 데이터에서 오일러 회로를 만들었다.	-	-
EulerianPath.py	주어진 edge 데이터에서 오일러 경로를 만들었다.	-	-
kUniversalCircularString.py	길이 k의 모든 이진수에서, 오일러 회로를 만들었다.	-	-

Week 3 - How do we sequence antibiotics? part I

Mass spectrometer를 통해 읽어 들인 단백질의 질량 데이터를 통해 단백질의 아미노산 서열을 sequencing해보자.

과제 사례

파일명	내용	결과	비고
CycloPeptideSequencing.py	Mass spectromter를 통해 알게 된 단백질의 질량 데이터를 통해, 단백질의 아미노산 서열(각 서열의 질량)을 sequencing하였다	186-147-114-128-163-99-128-113-147-97 147-114-128-163-99-128-113-147-97-186 ... 결과	Tyrocidine_B1

Week 4 - Sequencing antibiotics from erred mass spectrometry

이번에는 "에러를 포함한" Mass spectrometer를 통해 읽어 들인 단백질의 질량 데이터를 통해 단백질의 아미노산 서열을 sequencing해보자.

과제 사례

파일명	내용	결과	비고
LeaderboardCyclopeptideSequencing.py	amino acid 를 1개의 길이부터 하나씩 붙여가며, 주어진 spectrometry 결과와 비교한다. 가장 잘 맞는 것들을 남겨가며 amino acid를 추가해서 sequencing을 한다.
ConvolutionCyclopeptideSequencing.py	spectrometry의 결과의 각 질량들의 차이값(convolution)을 통해 sequencing을 한다